Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-05Bitstream added on 2014-06-13T19:12:48Z : No. of bitstreams: 1 ribeiro_ao_me_botib.pdf: 1200014 bytes, checksum: e1f590cd087700ef38c4458945aa5242 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Impactos antropogênicos são uma ameaça crescente para a diversidade de peixes, especialmente em áreas próximas a grandes centros urbanos, e muitas ações efetivas de conservação dependem da identificação acurada de espécies. Considerando a utilidade do DNA barcoding como um sistema global de identificação e descoberta de espécies, o presente estudo intenta compilar uma biblioteca referência de sequências barcode para os peixes marinhos das regiões Sudeste e Sul do Brasil, com ênfase no estado de São Paulo. O fragmento barcode padrão de 652 pares de bases do gene citocromo c oxidase subunidade I (COI) foi amplificado por PCR e sequenciado bidirecionalmente para 875 indivíduos pertencentes a 156 espécies. A análise de neighbor-joining revelou que esta abordagem discrimina sem ambiguidade 93,6% das espécies analisadas. A maioria das espécies exibiu baixas distâncias genéticas intraespecíficas (0,40%), cerca de 30 vezes menor que a distância entre espécies congenéricas. Seis espécies apresentaram divergências intraespecíficas entre 2,03 e 12,63%, sugerindo diversidade subestimada. Notavelmente, apenas dois pares de espécies apresentaram divergência menor que 2% entre elas. Esta biblioteca é um primeiro passo para conhecer melhor a diversidade molecular das espécies de peixes marinhos do Sudeste e do Sul do Brasil, fornecendo subsídios para estudos posteriores sobre esta fauna — aumenta a capacidade de identificar as espécies a partir de todos os estágios de vida e mesmo a partir de fragmentos, abre caminhos para uma melhor compreensão acerca das interações entre espécies, auxilia na calibração das estimativas de composição e riqueza das espécies de um ecossitema, e fornece ferramentas para a autenticação de bioprodutos e para o monitoramento da exploração ilegal de espécies / Anthropogenic impacts are an increasing threat to the diversity of fishes, especially in areas around large urban centers, and many effective conservation actions depend on accurate species identification. Considering the utility of DNA barcoding as a global system for species identification and discovery, the present study aims to assemble a DNA barcode reference sequence library for marine fishes from the Southeast and South regions of Brazil, with emphasis on the São Paulo state. The standard 652 base-pair ‘barcode’ fragment of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene was PCR amplified and bi-directionally sequenced from 875 individuals belonging to 156 species. A neighbor-joining analysis revealed that this approach can unambiguously discriminate 93.6% of the species surveyed. Most species exhibited low intra-specific genetic distances (0.40%), about 30-fold less than the distance among species within a genus. Six species showed intra-specific divergences ranging from 2.03 to 12.63%, suggesting overlooked diversity. Notably, just two species-pairs exhibited barcode divergences of less than 2%. This library is a first step to better know the molecular diversity of marine fish species from the Southeast and South regions of Brazil, providing subsidies for further studies in this fauna ― extending the ability to identify these species from all life stages and even fragmentary remains, setting the stage for a better understanding of interactions among species, calibrating estimatives about species composition and richness in an ecosystem, and providing tools for authenticating bioproducts and monitoring illegal species exploitation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-25Bitstream added on 2014-06-13T20:33:47Z : No. of bitstreams: 1 melo_bf_me_botib.pdf: 659115 bytes, checksum: d3257e8cc3843a61dc7ce69cb51f1e93 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Rio São Francisco forma uma das maiores bacias hidrográficas sulamericanas e vem sofrendo grandes impactos causados por ações antrópicas. A bacia conta com uma rica fauna de peixes, muitos de elevada importância para a pesca comercial e de subsistência. O estado de Minas Gerais apresenta uma importante indústria pesqueira e a região de Três Marias representa a zona mais produtiva na bacia do São Francisco. Nesta região, duas espécies de peixes são encontradas abundantemente: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), responsável por até 50% do pescado, sendo a espécie de maior porte da família Prochilodontidae com alguns indivíduos alcançando 15 kg, e Prochilodus costatus (curimatã-pioa) que possui um importante papel ecológico e para a pesca de subsistência. Estudos prévios sugerem a existência de diferentes populações de P. argenteus na região de Três Marias e de apenas uma população de P. costatus na mesma área. No entanto, os níveis de estruturação e os padrões de migração das espécies não foram testados utilizando indivíduos pertencentes aos tributários de todo o médio São Francisco. No presente estudo, duas hipóteses foram testadas: (i) os peixes que nascem nas lagoas marginais dos tributários vivem, preferencialmente nesses próprios tributários, não migrando para o leito do São Francisco; (ii) os peixes que nascem nas lagoas dos tributários migram preferencialmente para o leito do São Francisco no período de alimentação, retornando aleatoriamente ou não para os tributários durante o período de reprodução. Nove amostragens de P. argenteus com um total de 273 espécimes e cinco de P. costatus com 156 espécimes foram coletadas em todo o médio São Francisco em dois períodos, chuvoso e seco. Utilizamos seis loci microssatélites altamente polimórficos e os resultados indicaram... / The São Francisco is one of the largest South America river basin and has suffered large impacts caused by human actions. The basin has a rich fish fauna, many of great importance for commercial fishing and for subsistence. The Minas Gerais State has a strong fishery activity and the Três Marias region is the most productive fishing region in the São Francisco basin. In this region, two fish species are abundantly found: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), representing almost 50% of the total catch, being the largest member of the Prochilodontidae family sometimes reaching a body weight of 15 kg and P. costatus (curimatã-pioa) that has an important ecological role and for subsistence fishing. Previous studies suggest the existence of distinct populations of P. argenteus and only one population of P. costatus in the Três Marias region. However, the structuring levels and migration patterns were not tested using individuals from tributaries of the middle São Francisco. Here we tested two hypotheses: (i) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries live preferably in these tributaries; (ii) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries preferentially migrate downstream to the main stream of the São Francisco River in the feeding season, returning upstream randomly or not to the tributaries for reproduction. Nine populations of P. argenteus with 273 specimens and five populations of P. costatus with 156 specimens were collected throughout middle São Francisco in the rainy and dry seasons. We used six highly polymorphic microsatellite loci and the results indicated high levels of variability within populations for both species. Additionally, low values of population differentiation were detected in P. argenteus (FST = 0,008, P < 0,008) and P. costatus (FST = 0,031, P < 0,008) with high values... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-24Bitstream added on 2014-06-13T20:14:46Z : No. of bitstreams: 1 ferrette_bls_me_botib.pdf: 603120 bytes, checksum: f2c62ecea9610761a773e52cb38c0d94 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Para o setor pesqueiro, a identificação e manutenção de estoques diferenciados são fundamentais, pela sua relação direta com a produtividade total e uso sustentável dos recursos, sendo um dos objetivos básicos para programas de controle e conservação de espécies em perigo, a conservação da variabilidade genética. Entre os tubarões mais explorados, as espécies pelágicas apresentam uma maior complexidade na avaliação e monitoramento de suas populações devido às suas distribuições em vastas áreas geográficas. Entre essas espécies, Pseudocarcharias kamoharai, popularmente conhecida como tubarão-crocodilo ou tubarão-cachorro, atinge tamanhos máximos em torno de 140 cm de comprimento total, habita profundidades máximas em torno de 600 metros e ocorre em todos os oceanos tropicais, sendo registrada no Brasil principalmente nas áreas oceânicas do Nordeste. A análise genética molecular realizada utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial (D-loop) de 125 indivíduos capturados em quatro regiões distintas no Oceano Atlântico (Equatorial Oeste, Noroeste Africano, Golfo da Guiné e Sudoeste Africano) Permitiu identificar 22 haplótipos com diversidade haplotípica h=0.627 e diversidade nucleotídica π=0.00167. Estes índices são similares aos encontrados em outras espécies de tubarões pelágicos também do Atlântico e podem ser considerados dentro dos níveis médios de diversidade genética entre os tubarões. O índice de FST=0.00125 obtido nas comparações pode sugerir ausência de estruturação populacional entre os quatro grupos amostrados. Tendo em vista a contínua inclusão de espécies de tubarões na Lista Vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais (IUCN), os resultados obtidos neste estudo podem auxiliar na gestão adequada da pesca e na conservação desta espécie no Oceano Atlântico / For the fishing sector, the identification and delimitation of the fishing stocks constitute fundamental information due to their direct relationship to the overall productivity and sustainable utilization of the resources. This constitutes a basic objective in terms of population management and conservation of endangered species that can be represented by the conservation of the genetic variability. Among the most exploited sharks, pelagic species have a greater complexity in terms of evaluation and monitoring due to their distributions along large geographical areas. One of these species is the crocodile shark, Pseudocarcharias kamoharai, which reaches maximum sizes of around 140 cm in total length, inhabits maximum depths of around 600 meters, and occurs in all tropical oceans including in Brazil, mainly in the Northeast region. The molecular genetic analysis using sequences of the mitochondrial DNA control region (D-loop) of 125 individuals captured in four distinct regions in the Atlantic Ocean (Western Equatorial, Northwest Africa, Gulf of Guinea and Southwest Africa), allowed the identification of 22 haplotypes which revealed a haplotype diversity of h=0627 and a nucleotide diversity of π=0.00167. These indices showed to be similar to those found in other species of pelagic sharks, also from the Atlantic sites and can be considered inside of the average levels of genetic diversity among the sharks. The value of FST=0.00125 index found in the comparisons may suggest the absence of population subdivision among the four sampled regions analyzed. Given the continued inclusion of shark species in the Red List of the International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN), the results obtained in this study may be used to help a more sustainable management of fisheries and conservation programs of this species in the Atlantic Ocean

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2953.pdf: 1029817 bytes, checksum: b1a6dda0d93021f958200ffaa7c6a6a2 (MD5) Previous issue date: 2008-07-08 / The genus Zungaro known as jaú, is composed by two species distributed along the rivers of South America: Zungaro jahu is found further south in the basin of the Paraná-Paraguay whereas Zungaro zungaro is found further north in the basin of the rivers Amazon and Orinoco. However, in the literature the classification and distribution of each of those species is still unclear and the basic information on the biology and natural history is scarce. In Brazil the jaú is listed as one of endangered species, over-exploited or threatened by overexploitation; however, the regulations fail to protect the jaú because they have mistakenly identified it as Zungaro zungaro. In Colombia, according to the freshwater species Red Book, the Zungaro zungaro has been declared endangered. Considering the limited information on the population genetics of these fish, the purpose of this study was to obtain the genetic characterization of the jaú population through mitochondrial and nuclear molecular markers. This purpose includes the following research questions: 1- Given the uncertainties encountered in the taxonomic genus Zungaro, is this group composed by two species, or are they two different populations? 2- Considering the jaú´s big size and the fact that they migrate long distances, would than mean that there is a population structure? and 3- The jaú´s endangered condition, its habitat´s changes and overfishing, could be responsible for a reduction of the genetic variation of these catfishes? In order to conduct the characterization we used molecular markers such as the mitochondrial cytochrome b gene, the nuclear gene RAG (Recombination Activation Gene) and the nuclear gene coding for ribosomal protein S7. Additionally, a total of eight polymorphic microsatellite loci capable of producing a considerable genetic variation was prospected. The population analysis of the genus Zungaro with mitochondrial and nuclear markers indicated the existence of a population structure among the individuals sampled. This result is due mainly to the differences between the populations of Pantanal - Paraná and the populations of Meta and Amazon; this finding supports the separation of these species. It was also found that these populations share a central haplotype, indicating a genetic cohesion in the genus, where the populations of Meta-Amazon had a greater number of derived haplotypes suggesting a possible population expansion. The occurrence of a unique and central haplotype to the populations of Pantanal- Parana from which the haplotypes of Meta and the Amazon are derived, when the gene RAG was used, would support the idea that these populations would be the center of dispersion and they would retain the ancestral haplotype. Regarding the prospected microsatellite loci, the results indicated they were efficient in the amplification and verification of polymorphism in Zungaro jahu, and were effective in heterologous amplification of other species of the Pimelodidae family. Statistical analyses on the microsatellites loci showed evidence of a single population of the Z jahu specie inhabiting the north and south Pantanal. In contrast, the two Z zungaro populations studied (the Meta River, basin of the Orinoco and the Amazon River) shown to be significantly different, indicating a population structure. In spite of the jaú being an endangered species, the results of the genetic variation showed values comparable to other species of fish. These results open the possibility of developing clear management programs specifically directed to each of these populations, seeking the protection and recovery of individual fish stocks. / O gênero Zungaro, conhecido como Jaú, está conformado por duas espécies distribuídas pelos rios da América do Sul. Zungaro jahu ocorre mais ao sul, na bacia do Paraná- Paraguai e Zungaro zungaro que ocorre mais ao norte, na bacia dos rios Amazonas e Orinoco. No entanto, na literatura ainda não existe clareza sobre a classificação e a distribuição da cada uma das espécies e informações básicas sobre a biologia e história natural são escassas. No Brasil o jaú encontra-se listado como uma das espécies ameaçadas de extinção, sobre-explotadas ou ameaçadas de sobre-explotação, no entanto, as normativas emitidas para proteger o jaú apresentam um erro de mencioná-lo como Zungaro zungaro. Na Colômbia, segundo o livro vermelho de espécies de água doce, o Zungaro zungaro encontra-se declarada como em perigo. Considerando a escassez de informações sobre a estrutura genética populacional desses peixes o objetivo do presente estudo foi, através de marcadores moleculares mitocondriais e nucleares, responder se dadas as incertezas taxonômicas encontradas no gênero Zungaro, este está conformado por duas espécies ou são simplesmente populações diferentes, se pelo fato do jaú ser um peixe de grande porte e, aparentemente, de grandes migrações, existe estruturação das populações e se conhecendo a condição de espécie ameaçada e dadas as alterações de habitat sofridas e a sobrepesca, isso já está refletindo numa redução da variação genética desses bagres. Para tanto, foram utilizados como marcadores moleculares como o gene mitocondrial do citocromo b, o gene nuclear RAG (Gene Ativador da Recombinação) e o gene nuclear que codifica para a proteína ribosomal S7, assim mesmo foi prospectado um total de oito locos microssatéllites polimórficos. A análise populacional do gênero Zungaro com os marcadores mitocondriais e nucleares indicou a existência de uma estrutura populacional entre os indivíduos amostrados. Esta estruturação é devida principalmente as diferenças encontradas entre as populações do Pantanal Paraná com relação às populações do Meta e Amazonas, corroborando a separação das espécies. Igualmente, foi encontrado que as populações compartilham um haplótipo central, indicando uma coesão genética no gênero onde as populações do Meta- Amazonas apresentaram um maior número de haplótipos derivados indicando uma provável expansão populacional. A ocorrência de um haplótipo exclusivo e central para as populações do Pantanal-Paraná do qual são derivados os haplótipos do Meta e Amazonas, quando utilizado o gene RAG, suportariam a idéia de que estas populações seriam o centro de dispersão e manteriam o haplótipo ancestral. Enquanto aos locos microssatélites prospectados estes foram eficientes na amplificação e verificação de polimorfismo em Zungaro jahu , assim como mostraram se eficientes na amplificação heteróloga para outras espécies da família Pimelodidae. As análises estatísticas mostraram evidencia da existência de uma única população da espécie Z jahu habitando o pantanal norte e sul. Em contraste, em Z zungaro as duas populações estudadas (do rio Meta, bacia do Orinoco, e do rio Amazonas) mostraram-se significativamente diferentes, evidenciando uma estruturação populacional. Os resultados de variação genética evidenciaram valores comparáveis a outras espécies de peixes de outras localidades, a despeito do jaú ser uma espécie ameaçada. Com esses resultados abre-se a possibilidade de estabelecer programas de manejo claros e dirigidos especialmente para cada uma das populações aqui estudadas visando a proteção e recuperação de cada um dos estoques pesqueiros.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMHS.pdf: 1182741 bytes, checksum: 57f363f6583bd0736e6fa0914d77fdfb (MD5) Previous issue date: 2005-12-02 / Roseate spoonbill (Platalea ajaja) is a neotropical bird with wide geographic distribution in intercontinental and coastal wetland habitats. Populations are morphologically indistinguishable, with no apparent differentiation from the southern United States to northern Argentina. In this study we aim to determine the genetic diversity and to delineate the Brazilian population structure of this specie, using genetic data of a 483 base-pair fragment of the first domain of the mitochondrial DNA control region. Samples of 50 individuals were collected from five breeding colonies in two important Brazilian wetland areas, the Pantanal (four colonies, n = 39) and the Banhado do Taim (one colony, n = 11). The levels of variability estimated using nucleotide (&#960;) and haplotipic (H) diversities were higher in the Pantanal (&#960; = 0.004 and H = 0.753) than in Taim (&#960; = 0,0004 and H = 0,182). No significant levels of genetic differentiation among Pantanal colonies (Fst and AMOVA values are not significant) and between Pantanal and Taim colonies (Fst and AMOVA values are not significant) were found. The unimodal pattern of the mismatch distribution and the neutrality tests results (Tajima`s D = -1,942, Fu = -23,271 and R2 = 0,055) pointed a recent expansion in the Pantanal population. The time since the expansion was estimated to be 30242 years before present and the Ne was estimated as 14556 females. Our results were discuss considering that the present Pantanal population was originated from a geographically limited founder population. The Ne estimates indicates that the Pantanal population represents around 10-30% of Roseate Spoonbill continental population. / O colhereiro (Platalea ajaja) é uma ave aquática neotropical, com distribuição ampla por áreas costeiras e intracontinentais. As populações são morfologicamente indistinguíveis, sem diferenciação aparente entre as populações do sul dos Estados Unidos até o norte da Argentina. Esse estudo visou à determinação da variabilidade e estruturação genética de algumas colônias reprodutivas brasileiras dessa espécie. A análise foi baseada na variação de um fragmento de 483 pares de bases do primeiro domínio da região controladora do DNA mitocondrial. Foram coletadas 50 amostras provenientes de cinco colônias reprodutivas em duas importantes áreas úmidas do Brasil, o Pantanal (quatro colônias n = 39) e o Banhado do Taim (uma colônia, n = 11). O nível de variabilidade para a região do Pantanal foi estimado usando a diversidade genética (&#960;) e a diversidade haplotípica (H) e foram mais altas (&#960; = 0,004, H = 0,753) do que o encontrado para o Taim (&#960; = 0,0004, H =0,182). Não foi encontrada diferenciação genética entre as colônias do Pantanal (Fst e AMOVA, valores não significativos) e entre o Pantanal e Taim (Fst e AMOVA, valores não significativos). A distribuição unimodal do histograma de freqüências relativas das diferenças pareadas e os testes de neutralidade (Tajima = -1,942, Fu = -23,271 e R2 = 0,055) sugerem uma expansão recente para as colônias da região do Pantanal. O tempo desde a expansão foi estimado em 30242 anos atrás e o Ne = 14556 fêmeas. Os resultados foram discutidos supondo que a população contemporânea de colhereiro no Pantanal é originária de uma população fundadora geograficamente mais limitada e a população atual da região representa cerca de 10 a 30% de toda a população do continente.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2146.pdf: 1671091 bytes, checksum: f97eeea1da741ae03253f4c73616f003 (MD5) Previous issue date: 2007-11-30 / Universidade Federal de Minas Gerais / Several Psittacidae species, as those of Ara genus, have biological characteristics frequently associate with extinction risk. These include corporal size, specialized food preferences, low rate of population growth, restricted habitat and geographic dispersal. Genetic studies are important tools because they provide helpfulness for the conservation of those species with high extinction risks. Microsatellite markers are frequently used in population and conservation studies, and are usually isolated from the genome of the targeted species or of the related species. The main goal of this study was evaluate the genetic variation of Ara chloroptera inhabiting a touristic area, named Buraco das Araras, in Mato Grosso do Sul. For such way, six microsatellite loci were isolated and characterized and were useful to assess the genetic variation of Ara chloroptera and presented also a good value to study other Neotropical parrot. The studied population showed a genetic variation value comparable to that previously observed in a non endangered congeneric species. A significant Hardy-Weinberg disequilibrium was detected, probably related to migrants. It was hypothesized the occurrence a throughout of the years alternation of visiting individuals. The Buraco das Araras constitutes a favorable and helpful environment for reproduction and food of the red-and-green macaw and species conservation. / Certas espécies de psitacídeos possuem uma série de características normalmente associadas ao risco de extinção, como grande tamanho corporal, pequena diversidade de itens alimentares, alta especificidade de hábitat, pequena taxa de crescimento populacional e distribuição geográfica restrita, como o gênero Ara. Estudos genéticos são importantes ferramentas para auxiliar a conservação de espécies sob risco de extinção. Um dos marcadores moleculares mais utilizados é o microssatélite, o qual deve ser isolado da própria espécie ou de espécies correlatas. O objetivo principal desse estudo foi avaliar a variação genética de uma população de Ara chloroptera que habita uma região turística do Mato Grosso de Sul, conhecida por Buraco das Araras. Para tanto foram identificados e caracterizados seis locos de microssatélites na espécie, os quais foram úteis para acessar a variação genética e também apresentaram potencial para utilização em estudos com outros psitacídeos neotropicais. A população estudada apresentou uma variabilidade genética comparável a observada em uma espécie congenérica não ameaçada. Mostrouse significativamente em desequilíbrio de Hardy-Weinberg, provavelmente devido aos imigrantes detectados. Foi hipotetizada a ocorrência de alternância de indivíduos visitantes ao através dos anos. O Buraco das Araras proporciona um ambiente favorável para reprodução e alimentação da arara vermelha, ajudando na conservação da espécie.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2684.pdf: 1745831 bytes, checksum: de44549cd06256556eeedbb0b3f3e643 (MD5) Previous issue date: 2008-12-19 / Universidade Federal de Minas Gerais / Habitat fragmentation is one of the main results of human alterations on nature. Understanding the biological consequences of this process is essential to reach the goal of conserving natural resources. The aim of this project was to assess levels of diversity and genetic structure of a population of the marsupial Micoureus paraguayanus, in forest remnants of a Semi-Decidual Estational Forest in the region of Pontal do Paranapanema, São Paulo. This variation was evaluated in ten microsatellite loci scored in 95 individuals sampled from six habitat fragments, including the Morro do Diabo State Forest. Genetic diversity in each subgroup was estimated by considering the average number of alleles (6,1 overall) and heterozygosity (0,488 when averaging all subpopulations). The latter was lower than values described in the literature for non-inbred populations on average. The number of alleles of three loci were also lower than what was observed for other population from the same species. So, on average, diversity was slightly lower than observed elsewhere. We detected a significant positive correlation (R = 0,087; P = 0,003) between genetic and geographic distances of populations of the fragments. The high number of migrants per generation (Nm) indicates historic gene flow between the analyzed populations. In spite of that, significant values of Fst and Rst were detected between some of the populations. A significant genetic differentiation was detected between Santa Teresa, Santa Maria and Ponte Branca. To analyze the genetic structure of this population we used the softwares Tess and Structure, which indicated tree clusters in the population of M paraguayanus sampled, which are associated with the three populations previously mentioned. These localities were the smallest and most disturbed fragments evaluated in this study and their differences probably indicate that the recent fragmentation process about 60 years could be responsible for promoting changes, by founder effect or bottleneck, in the genetic composition of the studied population. / A fragmentação de habitat é um dos principais resultados das alterações causadas pelos seres humanos na natureza. Entender as conseqüências biológicas desse processo é essencial para atingir o objetivo de conservar a natureza antropizada. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade e estrutura genética de uma população do marsupial Micoureus paraguayanus, em fragmentos remanescentes de Floresta Estacional Semi- Decidual, na região do Pontal do Paranapanema, São Paulo. Foram avaliados dez locos de microssatélites em 95 indivíduos, amostrados em seis fragmentos de hábitat, incluindo o Parque Estadual Morro do Diabo. A diversidade genética dos grupos de indivíduos da população estudada foi verificada através do número de alelos (média de 6,1) e heterozigozidade (média de 0,488). A heterozigosidade ficou abaixo dos valores descritos na literatura como característicos de populações não endogâmicas e também foram encontrados menos alelos em três dos locos estudados, quando comparados com outra população dessa mesma espécie. Sendo assim, a diversidade genética foi considerada baixa. Foi encontrada uma correlação positiva significativa entre as distâncias genética e geográficas dos grupos de indivíduos nos fragmentos (R = 0,087; P = 0,003). Também, o número de imigrantes por geração (Nm) evidenciou um fluxo gênico histórico entre as populações analisadas. No entanto, através da observação dos valores de Fst e Rst foi evidenciada uma diferenciação genética significante entre as populações de Santa Teresa, Santa Maria e Ponte Branca. Na analise da estrutura genética dessa população foram usados os programas Tess e Structure, que indicaram haver três agrupamentos nessa amostra populacional de M. paraguayanus. A estruturação em três grupos provavelmente deva-se a diferenciação entre os fragmentos de Santa Teresa, Santa Maria e Ponte Branca. Estes são os menores e mais alterados fragmentos avaliados e a sua diferenciação indica que o processo recente de fragmentação cerca de 60 anos já pode ter sido o responsável por mudanças na composição genética da população.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissTC.pdf: 1619984 bytes, checksum: 76d1cb378458a8d85ee4612f5379354c (MD5) Previous issue date: 2004-08-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Apis mellifera subspecies are classified into evolutionary branches originally distributed in the African (branches A and Y), European (branches C and M) and Asian (branch O) continents. This distribution has been changing due to the subspecies introductions to other countries, mainly occurred by beekeeping activities. Therefore, population genetics studies on the already established and newly introduced populations have increased. The introduction of the African honeybee in American continent, known as Africanization, became one of the most studied events related to Apis mellifera introductions. The characterization of different lineages that contribute to hybrid populations is the first approach of the studies related to subspecies introductions. In this way, we describe the restriction patterns obtained from a 16S region fragment of the mitochondrial DNA. These patterns enables the differentiation among races from the three evolutionary branches using only one region of the mitochondrial genome, without the requirement of amplification of other regions. The determination of the racial composition of the hybrid product of Africanization in America led to the development of diverse tools suitable for it, including mtDNA analysis. We present here the results obtained with the polymorphism produced by Dra I endonuclease in a fragment of the tRNAleu_COII intergenic region. These results contribute to the understanding of the genetic structure of Africanized populations from Brazil. From 11 mitotypes observed, three have not been described in previous analysis and present similar patterns to some found at Iberian Peninsula. The most frequent patterns were the African A1 and A4, probably introduced in Brazil by Apis mellifera scutellata in 1956. Although the patterns analyzed in this work are more informative than the ones used until now in Africanized populations, the distribution of A1 pattern evidences the importance of using other mitochondrial regions to identify its origin. Working with these regions and other markers, it will be possible to clarify the genetic structure of Africanized honeybees of the Americas. / Os ramos evolutivos dentro dos quais as subespécies de Apis mellifera são classificadas estão originalmente distribuídos nos continentes africano (ramos A e Y), europeu (ramos M e C) e asiático (ramo O). Essa distribuição vem sendo progressivamente alterada devido às introduções de subespécies em várias outras regiões do mundo, ocasionadas principalmente por atividades apícolas. Dessa forma, a genética de populações vem ganhando um amplo campo de estudos relacionados às mudanças na composição das populações já estabelecidas e das recém introduzidas. A introdução das abelhas africanas no continente americano, que resultou no processo conhecido como africanização, se tornou um dos eventos mais estudados, dentre aqueles relacionados às introduções de Apis mellifera. Uma das primeiras abordagens nos estudos que envolvem introduções de subespécies é a caracterização das diferentes linhagens que contribuem para a formação das populações. Nesse sentido, são descritos neste trabalho os diferentes padrões de restrição obtidos a partir de um fragmento da região 16S do DNA mitocondrial que, em relação às metodologias utilizadas até então, permitem uma melhor diferenciação das subespécies pertencentes aos ramos evolutivos A, M e C. No sentido de caracterizar a composição racial da abelha híbrida resultante da africanização do continente americano, a necessidade de identificar a contribuição de raças européias e africanas para as populações africanizadas que se expandiram a partir da década de 50 levou ao desenvolvimento de diversas ferramentas adequadas para tal fim. Portanto, são apresentados os resultados obtidos com o polimorfismo gerado pela enzima Dra I em fragmento da região intergênica tRNAleu_COII que contribuirão para o entendimento da estrutura genética das populações de abelhas africanizadas do Brasil. Dos 11 mitótipos observados, três não haviam sido descritos em análises prévias e apresentam padrões similares a alguns encontrados na Península Ibérica. Os padrões mais freqüentes foram os africanos A1 e A4, provavelmente introduzidos no Brasil via Apis mellifera scutellata em 1956. Embora os padrões analisados neste trabalho tenham se mostrado mais informativos em relação aos anteriormente utilizados nas populações africanizadas, a distribuição do padrão A1 evidencia a importância de se utilizar regiões mitocondriais ainda mais polimórficas, cujos resultados, aliados a outros marcadores, trarão maiores esclarecimentos a respeito da estrutura genética das populações de abelhas africanizadas das Américas.

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:52:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-12Bitstream added on 2015-05-14T16:59:41Z : No. of bitstreams: 1 000829504.pdf: 1230516 bytes, checksum: b7d237b03a2512a50543b61b02ab9478 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O objetivo deste trabalho foi caracterizar a estrutura e a composição da ictiofauna do rio Sapucaí-Mirim (SP), em trechos que sofrem interferência direta de Pequenas Centrais Hidroelétricas (PCH´s) dispostas em cascata no eixo principal do rio. Da montante para jusante as PCH’s estão dispostas da seguinte maneira: Palmeiras, Anhanguera e Retiro (em construção durante a execução da pesquisa). Novas PCHs estão previstas tanto no trecho superior como no trecho inferior do rio. Foram realizadas oito campanhas amostrais, considerando oito diferentes locais, com periodicidade trimestral de junho/2011 a março/2013. Como aparato de captura, foram utilizadas redes de emalhar com malhas variando de 3 a 18 cm entre nós opostos, todas com 20 m de comprimento e altura variando de 1,5 a 2,0 m, totalizando 450 m² por local de amostragem. Foram identificados 66 táxons de peixes, distribuídos em seis ordens, 19 famílias e 41 gêneros. A ordem mais especiosa foi a Characiformes (29 espécies), pelos Siluriformes (25), Perciformes (seis), Gymnotiformes (quatro), Synbranchiformes e Cyprinodontiformes (um táxon cada). O rio Sapucaí-Mirim se mostrou altamente especioso em relação ao tamanho reduzido de sua bacia de drenagem. A composição da ictiofauna na área de influência dos reservatórios segue o mesmo padrão de composição de grandes barragens, com proliferação de espécies de pequeno porte, com alto potencial reprodutivo e baixa longevidade. No caso do rio Sapucaí-Mirim destaca-se ainda a expressiva abundância e riqueza de cascudos, cujas populações podem ser afetadas pela perda de habitats fluviais típicos utilizados por esses organismos (pedrais, corredeiras). Já a distribuição espacial dos peixes dentro dos reservatórios das PCHs difere dos grandes represamentos, devido às diferentes proporções de tamanho dos compartimentos formados. Não foram identificados padrões claros que demonstrem a interferência direta das ... / The aim of this study was to characterize the composition and structure of the ichthyofauna of the Sapucaí - Mirim River (SP) in stretches under direct interference of Small Hydropower Plants (SHP’s), which are disposed in a cascade system along the river main axis. From upstream to downstream the sequence of SHP’s are: Palmeiras, Anhanguera and Retiro (under construction during the investigation). New plants are to be constructed, in the superior and inferior river stretches. Eight sampling campaigns, considering eight sampling points, were conducted quarterly from June/2011 until March/2013. As capture apparatus, gillnets were used with meshes ranging from 3 to 18cm between opposite knots, all with 20m length and height ranging 1.5 to 2.0 m, totaling 450 m² per sampling site. Sixty-six taxa of fishes were identified and distributed in six orders, 19 families and 41 genus. The most specious order was Characiformes (29 species), followed by Siluriformes (25), Perciformes (six), Gymnotiformes (four), Synbranchiformes and Cyprinodontiformes orders (one taxon each). The Sapucaí-Mirim is a highly specious river, considering its limited drainage area. The ichthyofauna composition in the areas under reservoirs influence follows the same pattern observed in large dams, with proliferation of small size species with high reproductive potential and reduced longevity. It is also noticeable for Sapucaí River the expressive richness and abundance of catfishes. These fish group is highly dependent on typical fluvial habitats threatened by dam construction, such as the riffles. The fish spatial distribution did not follow the pattern observed in large impoundments, probably due the reduced effect of reservoir compartmentalization in case of SHPs. Our results did not evidence the direct interference of SHPs construction on the ichthyofauna. Therefore, it is of fundamental importance to increase the monitoring area along the river, not only ...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-12Bitstream added on 2015-05-14T16:58:59Z : No. of bitstreams: 1 000826564.pdf: 1316430 bytes, checksum: 3e3722dfa54f8e9617ce84d42c56ae16 (MD5) / Genipa americana L., popularmente conhecida como jenipapo, é uma espécie arbórea neotropical cuja sobrevivência encontra-se ameaçada devido aos processos de destruição, fragmentação e degradação de seus ambientes naturais. Visando contribuir para a conservação in situ e ex situ dessa espécie, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de reprodução e o fluxo gênico contemporâneo de G. americana em um pequeno remanescente florestal (7,2 ha) localizado na Mata da Figueira, na Estação Ecológica de Mogi-Guaçu, Mogi-Guaçú (SP). Na população estudada foram encontradas 188 árvores adultas e sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em dois eventos reprodutivos consecutivos. Trinta e dois locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 40 indivíduos de G. americana. Destes, dezessete foram polimórficos, revelando de três a sete alelos por loco. Utilizando os genótipos das árvores-matrizes e progênies, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de seis locos isolados de G. americana, não sendo detectado desequilíbrio genotípico. No entanto, foram detectados desvios significativos da segregação mendeliana em 20,4% e 36,7% e ligação genética entre os locos em 53% e 68% dos testes realizados nos eventos reprodutivos de 2010 e 2011, respectivamente. A riqueza alélica média dos adultos foi de 8,8, para os juvenis de 7,0 e para as sementes de 2010 e 2011, de 7,2 e 8,4, respectivamente. A heterozigosidade média esperada para os adultos foi de 0,581, para os juvenis de 0,568 e para as sementes de 2010 e 2011, de 0,576 e 0,735, respectivamente. A heterozigosidade média observada para os adultos foi de 0,499, juvenis de 0,356 e sementes de 2010 e 2011, 0,476 e 0,542, respectivamente. O índice ... / Genipa americana L., popularly known as jenipapo is a neotropical tree species whose survival is threatened due to the processes of destruction, fragmentation and degradation of their natural habitats. To contribute to the conservation in situ and ex situ this species, the objective of this study was to investigate the genetic diversity, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), the mating system and contemporary gene flow of G. americana in a small remnant forest (7.2 ha) located in the Mata da Figueira, in Mogi Guaçu Ecological Station, Mogi Guaçú (SP). In the population studied we found 188 adult trees and seeds were collected and sampled hierarchically within and among fruits directly from the tree canopy of 15 seed-trees on two consecutive reproductive events. Thirty-two microsatellite loci were developed and validated in 40 individuals of G. americana. Of these, seventeen were polymorphic, revealing of three to seven alleles per locus. Using the genotypes os seed-trees and progenies, was investigated Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of six loci isolated of G. americana, not detecting genotypic disequilibrium. However, significant deviations from Mendelian segregation were found in 20.4% and 36.7 and genetic linkage between the loci in 53% and 68% of the tests performed in the reproductive events of 2010 and 2011, respectively. The average allelic richness of adults was of 8.8, for juvenile of 7.0 and seeds of 2010 and 2011, 7.2 and 8.4, respectively. The average expected heterozygosity for adults was of 0.581, for juvenile of 0.568 and seeds of 2010 and 2011, 0.576 and 0.735, respectively. The average observed heterozygosity for adults was of 0.499, for juvenile of 0.356 and seeds of 2010 and 2011, 0.476 and 0.542, respectively. The average fixation index was significantly different from zero for all samples, suggesting the occurrence of inbreeding. The multilocus crossing rate ( t m ) in ...