Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-09-28T17:27:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 602951 bytes, checksum: be9f39871f5625522012ae4c8c9c6ed4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-28T17:27:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 602951 bytes, checksum: be9f39871f5625522012ae4c8c9c6ed4 (MD5) Previous issue date: 2016-06-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O uso de parasitoides no controle de insetos pragas é bem sucedido, mas técnicas de criação devem ser desenvolvidas com objetivo de maximizar o fitness. O objetivo foi verificar se os insetos praga Helicoverpa armigera, Helicoverpa zea e Spodoptera cosmioides podem ser utilizados na criação do parasitoide P. elaeisis visando o controle das mesmas. Dez pupas de H. armigera, H. zea e S. cosmioides de 48 horas de idade, foram expostos individualmente ao parasitismo por 28 fêmeas de P. elaeisis com 72 horas de idade, durante 24 horas. As porcentagens de parasitismo, emergência, o ciclo de vida e número de descendentes do parasitoide por pupa destes hospedeiros, demostram o potencial para controle de H. armigera, H. zea e S. cosmioides, este foi o primeiro registro de parasitismo de P. elaeisis nestas pragas do milho. Foi comparado e avaliado o desenvolvimento de P. elaeisis em pupas de H. armigera, H. zea e seu hospedeiro alternativo Tenebrio molitor. Pupas de H. armigera (384,71 ± 9,0 mg), H. zea (466,19 ± 17 mg), e T. molitor (95 ± 2,93 mg) com 24 horas de idade, foram pesadas e individualizadas com fêmeas acasaladas de P. elaeisis durante 48 horas. As fêmeas de P. elaeisis apresentam boa aceitação e adaptação dos hospedeiros H. armigera e H. zea. A progênie de P. elaeisis nos hospedeiros H. armigera e H. zea comparada com a progênie em T. molitor, apresentou um incremento no fitness (tamanho do corpo, razão sexual, e número de progênie). Pupas de H. armigera e H. zea podem ser alternativas para a criação massal do parasitoide. Os efeitos do hospedeiro e a densidade de parasitismo são importantes nas criações massais para liberações aumentativas dos parasitoides. Foi estabelecida a densidade ótima de parasitismo de P. elaeisis nos hospedeiros H. armigera e H. zea. Pupas de H. armigera (350 a 390.00 mg) e de H. zea (450 a 500 mg) com 24 horas de idade foram individualizadas com as densidades 1, 4, 8, 12, 16, 20, 24 e 28 fêmeas de P. elaeisis. O aumento da densidade de fêmeas de P. elaeisis diminui a longevidade, o tamanho da capsula cefálica e o comprimento do corpo dos adultos. Quatro fêmeas de P. elaeisis podem ser suficientes para obter parasitismo em pupas de H. armigera e H. zea. P. elaeisis apresentou superparasitismo com o aumento da densidade de suas fêmeas por pupa dos hospedeiros. A porcentagem de parasitismo, emergência, razão sexual, longevidade, ciclo de vida e tamanho dos adultos demostram que as densidades de 12 a 20 fêmeas são adequadas para a criação massal desse parasitoide em pupas de H. armigera e H. zea. / Use of parasitoids in insect pest control is successful but mass rearing techniques must be developed in order to maximize fitness.The objective was to determine whether the pest insect Helicoverpa armigera, Helicoverpa zea and Spodoptera cosmioides can be used in mass rearing of P. elaeisis for the control of them. Ten pupae of H. armigera, H. zea and S. cosmioides with 48 hours-old were individually exposed to parasitism by 28 female P. elaeisis 72 hours-old for 24 hours. Parasitism and emergence percentages, life cycle and number of offspring per pupa of these hosts demonstrate the potencial to controle of H. armigera, H. zea and S. cosmioides, this was the first report of parasitism of P. elaeisis in these corn pests. Compared and evaluated the biological characteristics of P. elaeisis in H. armigera, H. zea pupae and pupae of its alternate host T molitor. H. armigera (384.71 ± 9.0 mg), H. zea (466.19 ± 17 mg) and T. molitor (95 ± 2.93 mg) pupae with 24 hours-old, were weighed and individualized with P. elaeisis mated females for 48 hours. P. elaeisis females have good acceptance and adaptation to H. armigera and H. zea pupae. Offspring of P. elaeisis in H. armigera and H. zea compared to offspring in T. molitor, showed an increase in fitness (body size, sex ratio, and number of offspring). H. armigera and H. zea pupae could be alternatives to mass rearing of the parasitoid. The effects of host and parasitism density are important in mass rearing for augmentative releases of parasitoids. Optimal density of P. elaeisis parasitism in the host H. armigera and H. zea was established. H. armigera (350 to 390.00 mg) and H. zea (450 to 500 mg) pupae with 24 hours old were individually with the density 1, 4, 8, 12, 16, 20, 24 and 28 females of P. elaeisis. The increased density females of P. elaeisis reduce longevity, the size of the cephalic capsule and the body length of adults. Four females of P. elaeisis may be sufficient to produce parasitism in H. armigera and H. zea pupae. P. elaeisis showed superparasitism with increasing density of female per pupae of these hosts. Parasitism and emergence rates, sex ratio, longevity, life cycle and adult size demonstrate that the densities 12 to 20 females are suitable for mass rearing of this parasitoid in H. armigera and H. zea pupae.

Made available in DSpace on 2014-12-02T11:16:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-21Bitstream added on 2014-12-02T11:20:55Z : No. of bitstreams: 1 000798202.pdf: 1289333 bytes, checksum: 0752daea1b24b47c73f9e73c6fd5a528 (MD5) / O amendoim, Arachis hypogaea L., é uma cultura em crescimento no Brasil e a sua produção atual é de cerca de 340 mil toneladas, cultivado em uma área de 102,3 mil hectares. Entretanto, a rentabilidade é limitada pela ocorrência de pragas e doenças e o controle químico eleva o custo de produção. Entre as diversas pragas que atacam a cultura, a mais importante no Brasil é o tripes do prateamento Enneothrips flavens Moulton (Thysanoptera: Thripidae). O trabalho teve por objetivos avaliar, em condições de campo, táticas de manejo do tripes do prateamento E. flavens em cultivar de amendoim de crescimento rasteiro; as fases de suscetibilidade do amendoim de hábito de crescimento rasteiro ao ataque do tripes do prateamento E. flavens e seus reflexos na produtividade; e os efeitos da adubação potássica sobre a população do tripes do prateamento E. flavens em cultura de amendoim de hábito de crescimento rasteiro. Os três experimentos, instalados nos anos agrícolas 2012 e 2013, foram conduzidos na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira-FE/UNESP, localizada no município de Selvíria, MS. No primeiro experimento foi avaliado, como táticas de manejo, o tratamento de sementes; tratamento de sementes + pulverização foliar com 20%, 30% e 40% dos folíolos com a presença de pelo menos 1 tripes, respectivamente; o método do produtor (convencional), na forma de tratamento de sementes + pulverizações foliares com inseticida, aos 30, 45, 60, 75, 90 e 105 dias após emergência das plantas; pulverização foliar com inseticida com 30% dos folíolos com a presença de pelo menos 1 tripes e a testemunha (ausência de controle). No segundo experimento avaliou-se os períodos de proteção das plantas aos 10-20 dias; 10-30 dias; 10-40 dias; 10-50 dias; 10-60 dias; 10-70 dias; 10-80 dias; 10-90 dias; 10-100 dias; 20-100 dias; 30-100 dias; 40-100 dias; 50-100 ... / The peanut, Arachis hypogaea L., is a growing crop in Brazil and its current production is about 340 thousand tons, cultivated on an area of 102,3 thousand hectares. However, the yield is limited by the occurrence of pests and diseases and chemical control increases the cost of production. Among the various pests that attack the crop, the most important in Brazil is the silvering thrips Enneothrips flavens Moulton (Thysanoptera: Thripidae). The study aimed to evaluate, under field conditions, management tactics of silvering thrips E. flavens in peanut cultivar of creeping growth; phases of susceptibility peanut creeping growth habit of attack the silvering thrips E. flavens and its effects on productivity; and the effects of potassium fertilization on the population of the silvering thrips E. flavens cultured peanut creeping habit of growth. The three experiments installed in the agricultural years 2012/ 2013 were conducted in Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira-FE/UNESP, located in Selvíria, MS. In the first experiment was evaluated as management tactics, seed treatment; seed treatment + foliar spraying with 20%, 30% and 40% leaflets in the presence of at least one thrips, respectively; The method of producer (conventional) in the form of seed treatment insecticide + foliar sprays at 30, 45, 60, 75, 90 and 105 days after emergence of the plants; foliar spray insecticide with 30% of the leaflets with the presence of at least 1 and thrips, and control (lack of control). In the second experiment we assessed protection periods of the plants at 10-20 days; 10-30 days; 10-40 days; 10-50 days; 10-60 days; 10-70 days; 10-80 days; 10-90 days; 10-100 days; 20-100 days; 30-100 days; 40-100 days; 50-100 days; 60-100 days; 70-100 days after emergence; and control (lack of control), to characterize the phases of increased susceptibility of peanut, the creeping ...

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-23Bitstream added on 2015-03-03T12:07:25Z : No. of bitstreams: 1 000813686.pdf: 326575 bytes, checksum: 07c43c03f8e32860c7bc5d7ff45a606d (MD5) / A mancha de ramularia, causada pelo fungo Ramularia areola, é responsável pela desfolha prematura da planta de algodoeiro, resultando na redução do potencial produtivo. Dessa forma, o presente trabalho teve o objetivo avaliar o agente etiológico, a produção de inóculo de R. areola, a resistência genética de genótipos e o controle integrado da mancha de ramularia. Os ensaios foram conduzidos nos Laboratório e em telado da Embrapa Meio Ambiente, Jaguariúna, SP; e em condições de campo nas safras 2011/2012 em Primavera do Leste, MT, Correntina, BA e Santa Helena de Goiás, MT, e na safra 2012/2013 em Sapezal, MT. Nos ensaios conduzidos em laboratório, foram avaliados o crescimento micelial em diferentes meios de cultura, a germinação de conídios e a identificação molecular do isolado IMA244. No ensaio conduzido em telado foi avaliada a severidade da doença por meio de uma escala diagramática. Neste ensaio foi realizada a inoculação artificial de diversos genótipos de algodoeiro utilizando o isolado IMA244. Nos ensaios a campo foram estudados os comportamentos de cultivares suscetíveis e resistentes a mancha de ramularia tratadas com e sem a aplicação de fungicidas; plantas de algodoeiro da cultivar FM 951LL suscetível a doença tratadas com e sem a aplicação foliar de agentes de biocontroles; e plantas de algodoeiro das cultivares BRS 293 e BRS 423 tratadas com e sem fungicida e agente de biocontrole (Trichoderma asperelum). Os parâmetros avaliados nos estudos em campo foram: severidade, produtividade e qualidade de fibra. Os meios de cultura extrato de Malte, V8 e BDA apresentaram os melhores resultados, quando analisado o crescimento micelial do isolado IMA244. .. / Ramularia leaf Spot, caused by Ramularia areola, is responsible for premature defoliation of the cotton plant, thus resulting in yield potential reduction. The present study aimed to evaluate the control of Ramularia leaf spot through the use of cotton genotypes and biocontrol agents. The tests were conducted in laboratory and screen house at Embrapa Environment, Jaguariuna, SP; field trials were performed in 2011/2012 in Primavera do Leste, MT, Correntina, BA and Santa Helena de Goiás, MT, and at the season 2012/2013 in Sapezal, MT. In tests conducted in laboratory evaluations of mycelia growth in different culture media, conidial germination and molecular identification of isolated IMA244 were performed. The trial in screen house the disease severity using a diagrammatic scale was evaluated. In this test the artificial inoculation of various cotton genotypes using isolated IMA244 and IMA 237 was performed. In field trials we study the susceptible and resistant genotypes to R. areola treated with and without application of fungicides; cotton plants of cultivar FM 951LL treated with and without foliar sprays of biocontrols agents; and cultivars BRS 293 and BRS 423 treated with and without fungicide and biocontrol agent (Trichoderma asperelum). It was evaluated severity, yield and fiber quality. The culture media malt extract, V8 and PDA showed the best results when analyzing the mycelia growth of isolate IMA244. The isolated IMA244 showed 99% similarity when compared with ITS 1 region of isolates of Mycosphaerella areolla deposited in NCBI. The CNPA 2007-419 grown in greenhouse and artificially inoculated with isolate IMA244 had the lowest ratio of area under the progress of the severity, when compared with the other treatments. In field trials BRS 272 and lineage CNPA GO 1265 ...

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-08-06T15:21:16Z No. of bitstreams: 1 2013_BernardoSouzaMelloViscardi.pdf: 946847 bytes, checksum: 6166f63c54e067123ac75785157ad32f (MD5) / Approved for entry into archive by Leandro Silva Borges(leandroborges@bce.unb.br) on 2013-08-06T20:13:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_BernardoSouzaMelloViscardi.pdf: 946847 bytes, checksum: 6166f63c54e067123ac75785157ad32f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-06T20:13:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_BernardoSouzaMelloViscardi.pdf: 946847 bytes, checksum: 6166f63c54e067123ac75785157ad32f (MD5) / O feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris) e o caupi (Vigna unguiculata) são culturas de grande importância para o Brasil. Doenças, cujos patógenos sobrevivem e se multiplicam no solo, como a podridão radicular causada por Sclerotium rolfsii, é um dos principais fatores que limitam a produtividade dessas culturas. O alto custo do uso de fungicidas e os problemas ambientais associados ao uso de agroquímicos levaram a um incremento na pesquisa de métodos alternativos para o controle de doenças. Na primeira parte deste trabalho foi testada a eficiência do esterco bovino (0, 10, 20, 40, 80 e 160 g/kg de solo) e a combinação destas com a inoculação de sementes de feijão-caupi com Trichoderma harzianum e procimidona, na produção de massa de grãos, massa de parte aérea, massa de raízes e altura de plantas. A segunda parte avaliou a eficiência da aplicação de T, harzianum e procimidona ao solo no controle de S. rolfsii e o impacto dessas técnicas combinadas com esterco bovino (0, 40, 80 e 160g/kg de solo), nas características biométricas do feijoeiro comum. Nos dois experimentos as doses crescentes de esterco foram favoráveis ao desenvolvimento da massa de parte aérea, de raízes e de grãos. Trichoderma harzianum mostrou ter influência positiva na produtividade de grãos de caupi e na redução da podridão em P. vulgaris contaminadas com S. rolfsii (UB 193). ______________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The common bean (Phaselous vulgaris) and the cowpea (Vigna unguiculata) are important crops in Brazil. Soil-borne diseases, such as the southern blight (Sclerotium rolfsii), is among the causes of yield reduction. The high costs of fungicide applications and the environmental problems, the chemicals might cause, led to an increase in research of alternative methods for disease control. Therefore, in the first part of this work, cattle manure (0, 10, 20, 40, 80 and 160 g/kg of soil) was added to soil. Vigna seeds were treated with Trichoderma harzianum or procimidone and sowed in soil with or without cattle manure. The following variables were evaluated for each combination of treatment: seed germination, total grain weight, fresh plant weight, fresh root weight, and plant height of cowpea. The second part of the study was conducted to measure the effects of T. harzianum and procimidone applied on soil amended with cattle manure (0, 40, 80, and 160 g/kg of soil) on southern-blight of common bean. The same biometric variables were evaluated as in the first part of the study. The increasing manure doses resulted in greater fresh weight of grains, plants, and roots. The application of T. harzianum into soil had a positive impact on the cowpea yield and in the decrease of disease (S. rolfsii UB 193) on P. vulgaris.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2017. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-04-13T14:02:07Z No. of bitstreams: 1 2017_MoanaLimaTavares.pdf: 3476137 bytes, checksum: 86b634a5033a3276f2eeb85ebea21d18 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-18T23:03:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_MoanaLimaTavares.pdf: 3476137 bytes, checksum: 86b634a5033a3276f2eeb85ebea21d18 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T23:03:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_MoanaLimaTavares.pdf: 3476137 bytes, checksum: 86b634a5033a3276f2eeb85ebea21d18 (MD5) / O tomateiro (Solanum lycopersicum L.) é uma das principais hortaliças cultivadas no mundo. O cultivo de tomateiro representa uma importante atividade econômica e social no Brasil. As viroses representam um grande desafio fitossanitário para as principais regiões produtoras desta hortaliça, sendo que os begomovírus, tospovírus e crinivírus destacam-se pela importância e alta incidência. Recentemente, houve relatos de ocorrência de um tobravírus em tomateiro no Brasil e a carência de informações sobre essa virose justifica uma alta demanda para a realização de estudos sobre esse importante grupo de vírus de plantas. Representantes do gênero Tobravirus apresentam o genoma constituído por RNA senso positivo e bipartido (RNA1 e RNA2). Os tobravírus são transmitidos planta a planta por nematoides de solo e raízes dos gêneros Paratrichodorus e Trichodorus (Família Trichodoridae), considerados seus vetores naturais. Este gênero é representado por apenas três espécies, Tobacco rattle virus (TRV), Pea early-browning virus (PEBV) e Pepper ringspot virus (PepRSV). Conhecido como vírus da mancha anelar do pimentão ou vírus da faixa amarela do tomateiro, o PepRSV foi descrito somente no Brasil, causando doenças nas culturas de pimenta, alcachofra, patchuli e tomate. O primeiro isolado a ser caracterizado foi proveniente de pimenta e é conhecido como isolado CAM (Campinas-SP). Em 2012, a ocorrência de dois isolados de PepRSV foi relatada em tomateiro rasteiro em Luziânia, GO, denominados LAV e Pivo4. O objetivo geral deste trabalho foi estudar a interação de PepRSV com plantas hospedeiras e construir clones infecciosos de PepRSV (isolado CAM e LAV). Dois isolados foram utilizados, CAM de pimentão e LAV, isolado de tomateiro. Inicialmente, estes isolados foram caracterizados biologicamente e um antissoro foi produzido (cap. 2). Adicionalmente, clones infecciosos foram construídos (cap. 3). No capítulo 2, o círculo de hospedeiro foi analisado a partir inoculação mecânica em plantas indicadoras e cultivares de tomateiro. Partículas virais foram purificadas visando a produção de anticorpos em coelhos. A presença das partículas purificadas foi confirmada em microscópio eletrônico de transmissão e o antissoro anti-CP foi produzido. No capítulo 3, descreve-se a construção de clones infeciosos de PepRSV isolado CAM e LAV através da extração de RNA total, seguido por uma RT-PCR do RNA1 e RNA2 que foram inseridos no vetor de clonagem pJL-89 por Gibson Assembly. Os clones de PepRSV (isolado CAM e LAV) gerados foram agroinfiltrados em plantas de N. benthamiana. Conclui-se com esse trabalho que foi possível a produção do antissoro policlonal anti-CP que foi utilizado como técnica de detecção sorológica para determinar o círculo de hospedeiros do isolado CAM de PepRSV (infectou sistemicamente 16 plantas distintas); PepRSV isolado CAM se transloca para o sistema radícular quando inoculado na parte aérea das hospedeiras Nicotiana tabacum ‘Samsun’, N. tabacum ‘TNN’, N. rustica, Capsicum chinense PI159236, C. annuum ‘Ikeda’, S. lycopersicum cv. Santa Clara, Chenopodium quinoa e Gomphrena globosa; as cultivares de tomateiro Santa Clara, AP533, N901, U2006, Money Maker e Gaucho são suceptíveis à infecção por PepRSV isolado CAM; foi detectado um novo isolado de PepRSV denominado Ag1. Finalmente, os clones infeciosos de dois isolados construídos se mostraram infectivos em plantas de N. benthamiana, viabilizando a realização de estudos aprofundados de replicação, transmissão e translocação. / The tomato (Solanum lycopersicum L.) is one of the main vegetables grown in the world. The cultivation of tomato represents an important economic and social activity in Brazil. Viruses represent a major phytosanitary problem for the major growing regions of this vegetable, being the begomovirus, tospovirus and crinivirus the ones with great importance and high incidence. Recently, there were reports of the occurrence of a tobravirus in Brazil and the lack of information about this virus disease justifies a high demand on starting a research on this important virus group. Members of the genus Tobravirus have the genome constituted by positive sense RNA in a bipartite genome (RNA1 and RNA2). Tobraviruses are transmitted plant-by-plant by soil nematodes of the genus Paratrichodorus and Trichodorus (family Trichodoridae), considered as their natural vectors. This genus is represented by only three species, Tobacco rattle virus (TRV), Pea early-browning virus (PEBV) and Pepper ringspot virus (PepRSV). Known as ‘vírus da mancha anelar do pimentão’ or ‘vírus da faixa amarela’, PepRSV is only described in Brazil, causing diseases in pepper, artichoke, patchuli and tomato plants. The first isolate characterized was from pepper and is known as isolate CAM (Campinas-SP). In 2012, the occurrence two isolates of PepRSV was reported in processing tomatoes in Luziânia, GO, denominated LAV and Pivo4 . The general objective of this work was to study the interaction of PepRSV with the host. Two isolates were used, CAM from pepper and LAV, collected in tomato in 2012. Initially, these isolates were characterized biologically and an antibody was produced (Chapter 2). Furthermore, infectious clones were constructed (Chapter 3). In the chapter 2, the host range was analyzed afer mechanical inoculation in indicator plants, and tomato cultivars. Viral particles were purified for the production of antibodies in rabbits. The presence of the purified particles was confirmed by transmission electron microscopy, and an atibody with good specificity was produced. In the chapter 3, PepRSV infectious clones were constructed by extracting total RNA, followed by an RNA-1 and RNA2 RT-PCR that were inserted into the pJL-89 cloning vector by Gibson Assembly and later were agro-infiltrated into susceptible plants. It was concluded that it was possible to produce anti-CP polyclonal antibody; the PepRSV CAM isolate infects 16 different plants systemically; PepRSV isolate CAM translocates to the root system when inoculated on the aerial part of the hosts Nicotiana tabacum 'Samsun', N. tabacum 'TNN', N. rustica, Capsicum chinense PI159236, C. annuum 'Ikeda', S. lycopersicum cv. Santa Clara, Chenopodium quinoa and Gomphrena globosa; the tomato cultivars AP533, N901, U2006, Money Maker and Gaucho were susceptible to infection by PepRSV isolated CAM; a new PepRSV isolate named Ag1 was detected; and finally the clones of PepRSV were infectious to N. benthamiana plants.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-02-27T19:26:39Z No. of bitstreams: 1 2017_BrunoFerreiradeOliveira.pdf: 2786370 bytes, checksum: 3fa18978b4cfb5fb94da7811b2a7dc70 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-03-02T21:18:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_BrunoFerreiradeOliveira.pdf: 2786370 bytes, checksum: 3fa18978b4cfb5fb94da7811b2a7dc70 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-02T21:18:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_BrunoFerreiradeOliveira.pdf: 2786370 bytes, checksum: 3fa18978b4cfb5fb94da7811b2a7dc70 (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). / A antracnose, uma das principais doenças de pós-colheita em jiló (Solanum aethiopicum L.), tem sido pouco investigada em vários aspectos, principalmente no que se refere a etiologia e controle que foram os objetivos desse trabalho. Para que estes estudos fossem conduzidos nas referidas áreas foi necessário que se dispusesse, inicialmente, de uma metodologia adequada que permitisse a reprodução dos sintomas da doença em condições de laboratório. Estabeleceu-se, portanto, um método de inoculação utilizando o isolado Coll-265 dentre os quatro procedimentos: 1) ferimento no fruto com um furo utilizando uma agulha de metal de 1,25 mm de diâmetro + deposição de 15 μL do inóculo (M1); 2) apenas deposição de 15 μL do inóculo sobre o epicarpo do fruto sem ferimento (M2); 3) ferimento no fruto com um furo utilizando uma agulha de metal de 1,25 mm de diâmetro + deposição de um disco de 0,5 cm de diâmetro de BDA com cultivo do fungo (M3) e 4) apenas deposição de um disco de 0,5 cm de diâmetro de BDA com cultivo do fungo sobre o epicarpo do fruto (M4). A concentração estimada do inóculo foi de 2 x 105 conídios/mL. Nas testemunhas foram depositadas água destilada esterilizada e disco de BDA sem cultivo do fungo. Avaliou-se a incidência e o diâmetro médio da lesão por tratamento. Os dados de diâmetro da lesão foram submetidos à ANOVA e teste de Tukey a 0,05 de probabilidade. Após, quinze isolados de Colletotrichum obtidos de antracnose em jiló foram testados quanto à virulência em frutos da cultivar Tinguá. Avaliou-se incidência de antracnose, diâmetro médio da lesão, períodos de incubação e latência. Os dados de diâmetro médio da lesão foram submetidos à ANOVA e testes de média Tukey e Dunnet ao nível de 5 % de significância. Em seguida, um isolado, dentre os mais virulentos, foi identificado com base em sequências de regiões genômicas gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), actina (ACT) e beta-tubulina (TUB2), enquanto que os demais isolados virulentos foram identificados com base apenas na região genômica GAPDH. Duas árvores filogenéticas foram geradas por ‘Máxima Verossimilhança’, uma para análise multigene utilizando as sequências concatenadas e outra para GAPDH. In vitro foi observado o crescimento micelial do isolado Coll-265 em meio com quitosana nas seguintes condições: 1) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,1 %; 2) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,2 %; 3) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,3 % e 4) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,4 %. Como testemunha, apenas batata-dextrose-ágar. Todas as placas foram armazenadas em BOD a 25°C e fotoperíodo de 12 h. Iniciou-se a avaliação 48 h após a implantação do experimento pela medição do crescimento radial do fungo em dois sentidos opostos, repetindo-se a medição a cada 48 h até completar 10 dias. A taxa de crescimento micelial e a porcentagem de inibição do crescimento micelial foram calculadas. Repetiu-se uma vez o experimento adotando as mesmas condições. Para análise estatística, fez-se ANOVA, teste F e regressão. Para controle in vivo, jilós foram submetidos aos tratamentos: T1 – não revestidos e não inoculados; T2 – não revestidos e inoculados; T3 – revestidos com quitosana a 0,1 % e inoculados; T4 – revestidos com quitosana a 0,2 % e inoculados e T5 – revestidos com quitosana a 0,3 % e inoculados. Os tratamentos T1 e T2 serviram como testemunhas. Analisou-se perda de massa fresca; incidência média da doença e severidade da doença. Repetiu-se uma vez o experimento adotando as mesmas condições. Os valores de severidade da doença de cada tratamento foram utilizados para o cálculo da AACPD. Para análise estatística, fez-se ANOVA, teste F e regressão. Utilizou-se DIC para todos os experimentos. Concluiu-se que M1 foi o mais efetivo para reprodução de sintomas de antracnose em laboratório sendo utilizado nos experimentos posteriores, quando necessário. Os isolados Coll-182, Coll-265, Coll-266, Coll-297, Coll-586 e Coll-588 foram os mais virulentos, com destaque para Coll-265 e Coll-266 que apresentaram as maiores médias de diâmetro da lesõe e 100 % de incidência de antracnose. Todos os isolados virulentos foram identificados molecularmente como Colletotrichum tamarilloi. In vitro, a quitosana em todas as concentrações testadas inibiu o crescimento micelial do fungo. In vivo, o revestimento de quitosana a 0,2 % (T4) reduziu a severidade da antracnose em jiló pós-colheita, mas não impediu a sua incidência. / Anthracnose, a major post-harvest disease in scarlet eggplant fruit (Solanum aethiopicum L.), has been little investigated in several aspects, mainly regarding etiology and control, which were the objectives of this work. For these studies to be conducted it was necessary initially to have an adequate methodology that would allow the reproduction of the symptoms of the disease under laboratory conditions. A method of inoculation using the Coll-265 isolate was therefore established among the four procedures: 1) injury in the fruit with a metal needle bore of 1.25 mm diameter + deposition of 15 μL of the inoculum (M1); 2) only deposition of 15 μL of the inoculum on the epicarp of the uninjured fruit (M2); 3) injury in the fruit with a metal needle hole of 1.25 mm diameter + deposition of a 0.5 cm diameter BDA disc with fungus culture (M3) and 4) only deposition of a 0.5 cm diameter BDA disc with fungus culture on the epicarp of the fruit (M4). The estimated concentration of the inoculum was 2 x 105 conidia/ mL. Sterilized distilled water and BDA disc without culture of the fungus were deposited in the controls. The incidence and mean diameter of the lesion in each treatment were evaluated. The data of mean diameter of the lesion were submitted to ANOVA and Tukey's test at 0.05 probability. Fifteen isolates of Colletotrichum obtained from anthracnose in scarlet eggplant fruit were tested for virulence in Tinguá fruits. The incidence of anthracnose, mean lesion diameter, incubation and latency period were evaluated. The data of mean diameter of the lesion were submitted to ANOVA and Tukey’s and Dunnet’s mean tests at the 5% level of significance. The most virulent isolates were identified based on genomic sequences of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), actin (ACT) and beta-tubulin (TUB2), whereas the other virulent isolates were identified based only on the GAPDH genomic region. Two phylogenetic trees were generated by ‘Maximum Likelihood’, one for multigene analysis using the concatenated sequences and another for GAPDH. In vitro, the mycelial growth of the Coll-265 isolate in chitosan medium was observed under the following conditions: 1) potato-dextrose-agar with 0.1% chitosan; 2) potato-dextrose-agar with 0.2% chitosan; 3) potato-dextrose-agar with 0.3% chitosan and 4) potato-dextrose-agar with 0.4% chitosan. As a control, only potato-dextrose-agar. All plates were stored in BOD at 25°C and photoperiod of 12 h. The evaluation was iniciated 48 h after the implantation of the experiment by measuring radial growth of the fungus in two opposite directions, repeating the measurement every 48 h until completing 10 days. The mycelial growth rate and percent inhibition of mycelial growth were calculated. The experiment was repeated once under the same conditions. For statistical analysis, we performed ANOVA, F test and regression. For the in vivo control test, scarlet eggplant fruits were submitted to treatments: T1 - uncoated and uninoculated; T2 - uncoated and inoculated; T3 - coated with 0.1% chitosan and inoculated; T4 - coated with 0.2% chitosan and inoculated and T5 - coated with 0.3% chitosan and inoculated. The T1 and T2 treatments served as controls. Loss of fruit fresh mass was analyzed; mean incidence of disease and severity of the disease. The experiment was repeated once under the same conditions. The disease severity values of each treatment were used to calculate AACPD. For statistical analysis, we performed ANOVA, F test and regression. DIC was used for all experiments. It was concluded that M1 was the most effective for reproduction of anthracnose symptoms in the laboratory and, therefore, it was used in later experiments when necessary. Coll-265, Coll-266, Coll-266, Coll-297, Coll-586 and Coll-588 isolates were the most virulent, with Coll-265 and Coll-266 showing the highest lesion diameter means and 100% incidence of anthracnose. All virulent isolates were molecularly identified as Colletotrichum tamarilloi. In vitro, chitosan at all concentrations tested inhibited fungal mycelial growth. In vivo, the 0.2% chitosan coating (T4) reduced the severity of anthracnose in post-harvest jelly but did not prevent its incidence.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-01-05T14:35:38Z No. of bitstreams: 1 2016_MaurícioRossato.pdf: 3410176 bytes, checksum: deb7c72c5b63bb15ba465dfeee816c69 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-08T21:24:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_MaurícioRossato.pdf: 3410176 bytes, checksum: deb7c72c5b63bb15ba465dfeee816c69 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T21:24:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_MaurícioRossato.pdf: 3410176 bytes, checksum: deb7c72c5b63bb15ba465dfeee816c69 (MD5) / A murcha bacteriana, atualmente reconhecida como sendo causada por um complexo de espécies do gênero Ralstonia (Ralstonia solanacearum, R. pseudosolanacearum e R. syzygii) apresenta uma ampla diversidade, podendo ser dividida em raças, biovares, filotipos e sequevares. O objetivo deste trabalho foi: (i) ampliar os conhecimentos sobre o importante complexo de espécies de Ralstonia por meio da caracterização biológica, bioquímica e molecular do isolado CNPH-RS 488, que se mostrou capaz de suplantar a resistência da linhagem ‘Hawaii 7996’; (ii) gerar um novo protocolo de identificação de biovares por meio de técnicas moleculares, visando aumentar a eficiência do processo e reduzir os custos associados com o teste de biovar; (iii) identificar novas fontes de resistência em tomateiro à murcha bacteriana em germoplasma selvagem de Solanum, considerando o melhoramento antecipatório contra possíveis novos variantes do patógeno, como o isolado CNPH-RS 488; (iv) gerar informações sobre o patossistema Coffea – Ralstonia. No presente estudo, o isolado CNPH-RS 488 foi classificado quanto ao biovar e filotipo, e foram caracterizados o seu perfil de virulência, a capacidade de suplantar de resistência da linhagem ‘Hawaii 7996’, a produção de EPS e de biofilme, bem como a sensibilidade a antibióticos e sua gama de hospedeiras. Os sistemas de marcadores RAPD/SCAR em associação com a estratégia de bulk segregant analysis foram inicialmente empregados visando o desenvolvimento de primers específicos para identificação de biovares. Para a busca por novas fontes de resistência avaliou-se uma coleção de 75 genótipos de Solanum peruvianum em comparação com as linhagens controle ‘Hawaii 7996’ (resistente) e ‘L390’ (suscetível). Os genótipos foram inoculados com os isolados CNPH-RS 488 (biovar 2A) e CNPH-RS 489 (biovar 1). O status do cafeeiro como hospedeira do complexo de espécies de Ralstonia foi demonstrado em bioensaios com nove isolados em três cultivares de Coffea arabica, comparando com a resposta do tomateiro suscetível ‘San Vito’. A confirmação da capacidade de suplantação da resistência do ‘Hawaii 7996’ pelo CNPH-RS 488 não pôde ser explicada pelos testes de produção de exopolissacarídeo e biofilme. Foi também constatado que o isolado apresenta uma maior virulência sobre espécies mais resistentes como jiló e berinjela. Onze primers RAPD foram selecionados com potencial valor diagnóstico para identificação de biovares. Amplicons obtidos com quatro primers que geraram marcadores estáveis foram clonados e a informação de sequência foi utilizada para o desenho dos primers do tipo SCAR. Os primers J1-B1-B e SCAR-i18-B2A apresentaram especificidade parcial para isolados de biovar 1 e 2A, respectivamente. Para a biovar 3, foi empregada uma estratégia de subtração in silico que permitiu o desenho de um par de primers específico para a região do gene polS (codificador da enzima sorbitol desidrogenase). Sete genótipos dos 75 de S. peruvianum foram considerados como promissoras fontes para o melhoramento do tomateiro visando à resistência à murcha bacteriana. O cafeeiro se mostrou suscetível exclusivamente a isolados de R. pseudosolanacearum, indicando os potenciais riscos que a murcha bacteriana pode apresentar para a cafeicultura brasileira. O presente trabalho destaca que a existência de isolados capazes de suplantar a resistência do tomateiro, como o CNPH-RS 488, e isso implica em potenciais riscos da disseminação dos mesmos pelo país, podendo inviabilizar as cultivares de tomateiro atualmente disponíveis no mercado e que usam a linhagem ‘Hawaii 7996’ como parental. Estudos adicionais sobre esse variante do patógeno serão necessários bem como o desenvolvimento de programas de melhoramento com novas fontes de resistência efetivas contra isolados com um perfil de virulência similar ao apresentado pelo CNPH-RS 488. / The bacterial wilt is currently recognized as being caused by a complex of three species: Ralstonia solanacearum, R. pseudosolanacearum, and R. syzygii. The causal agents of the bacterial wilt display a wide diversity, being classified in races, biovars, phylotypes, and sequevars. The objective of the present thesis was: (i) add new information about this important bacterial complex via biological, biochemical and molecular characterization of the isolate R. solanacearum CNPH-RS 488, which was found to be able to break down the resistance of the tomato (Solanum lycopersicum) inbred line ‘Hawaii 7996’; (ii) develop a new protocol for molecular characterization of biovars, focusing on making a faster and cheaper biovar identification test; (iii) search for new sources of resistance to bacterial wilt disease within a germplasm collection of wild Solanum (section Lycopersicon) species, using the preemptive breeding and developing new resistant cultivar to new and atypical strains like the CNPH-RS 488; (iv) study and characterize a new pathosystem: Coffea – Ralstonia. Studies with the isolate R. solanacearum CNPH-RS 488 involved different approaches: (1) determination of its biovar and phylotype; (2) determination of its virulence profile, including the capability of breaking down the resistance of ‘Hawaii 7996’; (3) production of exopolysaccharides (EPS) and biofilm; (4) antibiotic sensitivity, and (5) host range. The RAPD/SCAR marker systems in association with bulk segregant analysis was the strategy initially employed aiming to develop biovar-specific PCR-based markers. The search for new sources of resistance to bacterial wilt was carried using 75 Solanum peruvianum accessions and two standard lines ‘Hawaii 7996’ (resistant) and ‘L390’ (susceptible). Bioassays were carried out with two isolates, CNPH-RS 488 (biovar 2A) and CNPH-RS 489 (biovar 1). For the study of coffee as a host of the Ralstonia species complex, plants of three C. arabica cultivars were inoculated with a collection of nine isolates and their reactions were compared with that of the susceptible standard (tomato ‘San Vito’). The ‘Hawaii 7996’-resistant breaking ability of the isolate CNPH-RS 488 could not be explained by EPS and biofilm production. In addition, it was found that this isolate displayed a wider virulence profile being also able to infect accessions of scarlet eggplant and eggplant (which are naturally more tolerant to bacterial wilt). Eleven RAPD primers with potential diagnostic value for biovar were selected. Four stable amplicons (generated by four RAPD primers) were gel-purified and cloned. The sequence information was used for the design of SCAR-like primers. The primers J1-B1-B and SCAR-i18-B2A displayed partial specificity to isolates biovar 1 and 2A, respectively. For the biovar 3, it was employed the in silico subtraction technique, which allowed the design of a polS (sorbitol dehydrogenase) gene-specific primer. Seven out of the 75 S. peruvianum accessions were considered as promising sources for future use in tomato breeding programs to bacterial wilt resistance. Coffee accessions were susceptible exclusively to R. pseudosolanacearum isolates, indicating the potential risk of the bacterial wilt for the Brazilian coffee production. The present work emphasizes the existence of isolates (such as the CNPH-RS 488), which are able to break down the major sources of resistance available in tomato breeding programs. The present work also points out the potential risks of the spread of isolates with similar virulence profile across the country, which may preclude the employment of ‘Hawaii 7996’ as parental material. More studies on these variants will be necessary aiming to help the tomato breeding programs in the search for new sources of resistance to isolates with virulence profiles similar to CNPH-RS 488.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Texto parcialmente liberado pelo autor. Conteúdo restrito: capítulos I, II e III. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-06-29T16:49:59Z No. of bitstreams: 1 2015_RayssaAlmeidaGarcia_Parcial.pdf: 404317 bytes, checksum: 9c6cd5a3cdd519dad13504c7fdb4b4e4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-07-20T12:06:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_RayssaAlmeidaGarcia_Parcial.pdf: 404317 bytes, checksum: 9c6cd5a3cdd519dad13504c7fdb4b4e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-20T12:06:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_RayssaAlmeidaGarcia_Parcial.pdf: 404317 bytes, checksum: 9c6cd5a3cdd519dad13504c7fdb4b4e4 (MD5) / O algodão é uma das principais commodities da economia brasileira, alavancando o País ao posto de quinto maior produtor mundial. Entre as diferentes pragas da cotonicultura, o bicudo-do-algodoeiro é o inseto-praga mais destrutivo. Pela biotecnologia, um dos métodos alternativos de controle de insetos-praga é o silenciamento gênico, por meio do RNA interferente. Contudo, em insetos, absorção do RNA fita dupla (dsRNA) produzidos por plantas é dificultada, principalmente em decorrência da clivagem do dsRNA na planta e da ação de nucleases presentes no intestino dos insetos. Assim, os objetivos do presente estudo foram estudar o papel de nucleases intestinais de Anthonomus grandis na degradação do dsRNA e aumentar a estabilidade das moléculas de dsRNA. Primeiramente, a atividade nucleásica ácida foi detectada no homogenato intestinal de A. grandis. Por meio da busca no transcritoma de A. grandis foram encontradas três contigs codificadores de nucleases, denominados AgNuc1, AgNuc2 e AgNuc3, cujas sequências foram caracterizadas e validadas por RNAi. As três sequências apresentaram similaridade acima de 50 % em relação às outras nucleases de insetos. A análise por qPCR demonstrou que AgNuc2 e AgNuc3 foram altamente expressas no intestino de A. grandis. O silenciamento específico de AgNuc2 culminou na redução da degradação do dsRNA; demonstrando ser a principal nuclease associada à degradação de dsRNA no lúmen intestinal de A. grandis. Além disso, visando aumentar a estabilidade do dsRNA, foram desenhados dsRNAs, baseados na arquitetura de viróide, que são resistentes à ação de nucleases. A análise do movimento de dsRNA-viróide marcado com Cy3 no sistema vascular de Arabidopsis thaliana demonstrou uma localização celular específica para a estrutura do dsRNA. O dsRNA baseado na arquitetura da família Pospiviroidae, foi localizado no núcleo das células, enquanto que o dsRNA, baseado na arquitetura da família Avsunviroidae, foi localizado nos cloroplastos das células. Os dsRNAs estabilizados mostraram uma capacidade de silenciamento gênico 8 vezes superior, quando comparado ao dsRNA linear não estruturado Os dados aqui gerados contribuem para o conhecimento do mecanismo de RNAi em insetos e demonstram que as moléculas de dsRNA estabilizados apresentam grande potencial para a aplicabilidade da tecnologia do RNAi visando o controle de insetos-praga. / Cotton is one of the most important Brazilian commodities and Brazil is the fifth largest world producer. Nonetheless, productivity is constantly crippled by a variety of agricultural pests. Among the different cotton insect pests, cotton boll weevil is the most destructive. By using biotechnology strategies, one of the alternative methods for controlling crop pests is gene silencing through RNA interference. However, in insects, the absorption of double stranded RNA produced by plants is hampered due to dsRNA cleavage in plants tissues and due to the presence of insect gut nucleases. In this context, the objects of this study were to investigate the dsRNA degradation by Anthonomus grandis gut nucleases and improve the stability of dsRNA. Nucleasic activity was detected in A. grandis intestinal homogenate. After searching in A. grandis transcriptome, three contigs codifying nucleases were found, called AgNuc1, AgNuc2 and AgNuc3, whose sequences were characterized and validated by RNAi. The three sequences showed similarity above 50% when compared to other insect nucleases. qPCR analysis showed that AgNuc2 and AgNuc3 are highly expressed in A. grandis midgut. AgNuc2 gene silencing resulted on reduction of dsRNA degradation; thereby, we concluded that AgNuc2 is the main nuclease associated with dsRNA degradation in A. grandis gut lumen. Additionally, in order to increase dsRNA stability, dsRNA with viroid architecture were designed, wich are resistant to plant nucleases. Viroid-dsRNA were marked with Cy3 and analysed regarding their movement in A. thaliana vascular system, wich showed that they are adressed to a specif cellular localization. dsRNA based on Pospiviroidae family architecture was located on cell nuclei while dsRNA based on Avsunviroidae family was located in chloroplasts. Moreover, these stabilized dsRNAs showed high gene silencing activity, eight times higher than linear dsRNA. The data here generated contribute to our understandings of RNAi mechanisms in insects and show that stabilized dsRNAs exhibit great pontential in RNAi applicability aiming crop insect pest control.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-graduação em Fitopatologia, 2015. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2015-10-28T14:48:53Z No. of bitstreams: 1 2015_AmandadeMeloGonçalves.pdf: 3250475 bytes, checksum: b74e9154c26b83ec3861fe69fcd4370b (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2015-11-06T13:51:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_AmandadeMeloGonçalves.pdf: 3250475 bytes, checksum: b74e9154c26b83ec3861fe69fcd4370b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-06T13:51:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_AmandadeMeloGonçalves.pdf: 3250475 bytes, checksum: b74e9154c26b83ec3861fe69fcd4370b (MD5) / O tomateiro (Solanum lycopersicum L.) é uma das principais hortaliças cultivadas no Brasil. A cultura pode ser afetada por diversas doenças, dentre elas destaca-se a murcha de fusário, que já foi relatada na maioria dos países onde o tomateiro é cultivado. O fungo Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol) infecta tanto espécies cultivadas como espécies selvagens de tomateiro, onde coloniza as raízes e invade o sistema vascular, causando amarelecimento, murcha e posterior morte da planta. Três fatores de resistência têm sido identificados e caracterizados em espécies de Solanum (Lycopersicon) e incorporados em cultivares e híbridos comerciais. Os isolados de Fol têm sido agrupados em três raças, de acordo com a habilidade de infectar e causar doença em um conjunto de acessos diferenciadores contendo os loci de resistência I, I-2 e I-3. A identificação e caracterização genética de novas fontes e de novos alelos de resistência, bem como o estabelecimento de uma plataforma de seleção assistida por marcadores desses fatores já caracterizados, seriam importantes contribuições no sentido de aumentar a eficiência dos programas de melhoramento, permitindo, inclusive, que os melhoristas antecipem potenciais problemas relacionados ao surgimento de novas raças de Fol. Um dos principais objetivos dos modernos programas de melhoramento para resistência a doenças é o estabelecimento de sistemas de marcadores moleculares para caracterizar tanto a diversidade dos patógenos como para identificar regiões genômicas contendo alelos de resistência na planta hospedeira. Essas ferramentas moleculares fornecem uma visão mais completa do patossistema de interesse para o melhorista uma vez que possibilitam: (1) a caracterização em larga escala de um grande número de genótipos do patógeno e de genitores contrastantes da planta hospedeira; (2) a seleção de isolados representativos do patógeno para uso em sistemas efetivos de seleção e (3) a identificaçãode genes ou regiões genômicas da planta hospedeira contendo fatores de resistência. Neste contexto, os objetivos do presente trabalho foram: estudar a diversidade genética-molecular de isolados das três raças de Fol e buscar marcadores moleculares do tipo raça-específicos (Capítulo 2). Nesse trabalho, uma coleção de isolados de Fol foi caracterizada utilizando uma combinação de primers do tipo raça-específicos descritos na literatura com sendo capazes de discriminar isolados das três raças de Fol e também isolados F. oxysporum f. sp. radicis-lycopersici. A diversidade entre as raças foi avaliada utilizando primers universais buscando polimorfismos que serviram de base para o desenho de novos primers raça-específicos. Estes estudos são de grande valor no diagnóstico e na identificação de diferentes isolados de forma rápida e eficaz. Outro objetivo foi a caracterização genética de populações segregantes obtidas a partir de cruzamentos entre genótipos suscetíveis e resistentes às diferentes raças, visando identificar e validar novos marcadores associados a resistência a murcha de fusário em tomateiro (Capítulos 3 e 4). Para isso, as populações F2 foram inoculadas, com uma suspensão de esporos do patógeno, por meio de corte e imersão de raízes, e avaliadas quanto à resistência por meio de uma escala de notas. O DNA genômico de plantas resistentes e suscetíveis em populações segregantes para as raças 1 e 3 de Fol foi extraído e usado como molde em diferentes sistemas de marcadores, visando identificar polimorfismos ligados as essas duas características em estudo. Além disso, primers já descritos foram avaliados nas populações segregantes, para validar sua ligação aos loci de resistência. Esse aporte de informações de genômica e bioinformática tem aumentado a eficiência e oferecido uma maior segurança no processo de seleção de plantas superiores dentro dos programas de melhoramento. / The tomato (Solanum lycopersicum L.) is one of the main vegetable crops grown in Brazil, being affected by a variety of diseases under open field and protected crop conditions. Fusarium wilt has been reported in most countries where tomatoes are cultivated. The causal agent is the fungus Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol), which is able to infect both cultivated and wild tomato species. This fungus colonizes the roots and invades the vascular system, causing yellowing, wilting, and plant death. Three resistance loci (I, I-2 and I-3) have been characterized in wild species of Solanum (section Lycopersicon) and incorporated into commercial cultivars. The Fol strains have been grouped into three races, according to their ability to infect and cause disease in a set of differential accessions carrying one of these three resistance loci. Identification and genetic characterization of new resistance alleles and the establishment of a marker-assisted selection platform of the already known alleles can increase the efficiency of breeding programs, allowing the breeders to anticipate potential problems related to the emergence of new races of Fol. A major objective of breeding programs is the identification of molecular markers linked to resistance alleles that allow the characterization of a large number of genotypes, selection of parental inbred lines and detection of genes of agronomic interest. Thus, the objectives of the present study were to survey the diversity of a collection of Fol races and the search for Fol race-specific molecular markers (Chapter 2). The collection of Fol isolates was characterized using race-specific primers previously reported in the literature. These primers can separate the three races of Fol as well as isolates belonging to F. oxysporum sp. radicis-lycopersici. However, this distinction has only been possible by the combination of marker systems. In this context, the diversity among races was evaluated using universal primers looking for polymorphisms that were the basis for the design of new race-specific primers. These studies are of great value in the diagnosis and identification of different strains quickly and effectively. Another objective was the genetic characterization of segregating populations obtained from crosses between genotypes susceptible and resistant to different races, aiming to validate and identify new markers associated with resistance to fusarium wilt in tomato, (Chapters 3 and 4). For this reason, distinct F2 populations were inoculated with a suspension of spores of the pathogenvia root dipping method and evaluated using a disease severity scale. The resistant and susceptible plants were evaluated in the search for polymorphisms to be used in the design of markers linked to resistance factors to Fol race 1 (gene I) and Fol race 3 (gene I-7). In addition, primers previously described were evaluated in the segregating populations to validate their linkage with these resistance loci. This genomic information and bioinformatics will be important contribution aiming to increase the selection efficiency multi-race resistance plants within the breeding programs.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-01-14T16:24:56Z No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-01-21T20:53:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-21T20:53:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_ NancyEuniceNiñoCastañeda.pdf: 7740594 bytes, checksum: 31b928be0bd73c18fdd2d5a4ceb2eac9 (MD5) / Na cultura da bananeira (Musa spp.) o nematoide das galhas Meloidogyne incognita é uma das espécies predominantes principalmente no subgrupo Cavendish, causando perdas consideráveis em algumas regiões do Brasil. Meloidogyne ncognita é também considerado um dos fitoparasitas de ampla importância na agricultura mundial por sua adaptabilidade ao ambiente e ampla gama de hospedeiras. Com as limitações do melhoramento convencional no desenvolvimento de variedades resistentes de bananeiras a nematoides, o uso da genômica é uma alternativa importante para entender os mecanismos moleculares envolvidos na resposta de defesa da planta ao parasitismo. O genótipo de Musa acuminata 4279-06 foi classificado em estudos anteriores como resistente ao nematoide das galhas, e foi selecionado para este estudo com o genótipo Cavendish Grande Naine (GN), utilizado como padrão de suscetibilidade. Assim o objetivo deste trabalho foi estudar a interação M. acuminata - M. incognita a fim de identificar genes associadas ao parasitismo do nematoide e genes de defesa da planta. Inicialmente verificou-se que o ciclo de vida de M. incognita em banana GN, desde a inoculação dos J2 até a formação de fêmeas com ovos, foi de 24 dias a 25º C. Na análise histológica dos genótipos GN e 4279-06, entre 2-7 dias após de inoculação (DAI) observaram se os J2 de M. incognita penetrando pelo ápice das raízes e migrando pelo córtex até o cilindro central e aos 9 DAI já haviam estabelecido sítios de alimentação. Utilizando microscopia de fluorescência não foi observada resposta hipersensível (RH) no genótipo 4279-06, sendo que o nematoide concluiu o ciclo de vida entre 27- 30 dias, com 3-6 dias de atraso em comparação ao genótipo GN (24 dias). Foi realizada análise de transcritoma aos 3, 7 e 10 DAI nos dois genótipos, com base nos dados histológicos, utilizando a tecnologia de sequenciamento massal de RNA por Illumina e análise de bioinformática para identificar genes diferencialmente expressos relacionados ao parasitismo do nematoide e a resposta de defesa. O sequenciamento gerou um total de 510.937.976 sequências paired-end. Na análise de gene ontology (GO), um total de 320.113 termos de GO foram encontrados e relacionados às 27.604 sequências anotadas distribuídos em três categorias principais: processos biológicos (27.551 sequências), função molecular (25.362 sequências) e componente celular (25.487 sequências). Na análise de expressão diferencial, 680 genes apresentaram expressão diferencial significante. Dentre estes, 474 genes foram modulados no genótipo 4279-06 e 235 genes no genótipo GN, evidenciando uma maior regulação da expressão gênica na interação em 4279-06. Os genótipos apresentaram 29 genes comumente regulados, 445 genes exclusivamente modulados em 4279-06 e 206 em GN. Na resposta de Musa acuminata à infecção por M. incognita, foi evidente o grande envolvimento de genes ligados a fatores de transcrição das famílias MYB e WRKY, e de hormônios. Pouca resposta de defesa relacionadas ao Ácido Salicílico (de resposta a parasitas biotróficos) foi encontrada, mas sim uma ampla resposta pela via do etileno. Também foram encontrados genes que aumentam os níveis de auxinas e citocininas e que estão associados à formação de células gigantes, assim como expansinas e proteínas de domínio NAC. Proteínas da família bHLH, calose e endotransglucosilase xiloglucano foram expressas exclusivamente no genótipo 4279-06. Os resultados deste trabalho contribuem para uma maior compreensão dessa complexa interação molecular. / In banana crop (Musa spp.), the root-knot nematode Meloidogyne incognita is one of the predominant species, mainly in Cavendish (GN), causing considerable losses in some regions of Brazil. Meloidogyne incognita, also considered one of the plant parasites of wide importance in world agriculture for their adaptability to the environment and wide host range. With the difficulties of the traditional breeding programs in search for resistant varieties of bananas to nematodes, the use of genomics is an important alternative to understand the molecular mechanisms involved in plant defense response to parasitism. The banana genotype 4279-06 was classified in previous studies as resistant to the root-knot nematode, and was selected for this study, with the Cavendish Grande Naine genotype (GN) used as susceptibility standard. So the aim of this work was to study the interaction Musa acuminata - Meloidogyne incognita in order to identify genes associated with parasitism of nematode and plant defense genes. Initially, the life cycle of M. incognita in banana (NG), from the inoculation of J2 to the formation of females with eggs was 24 days at 25oC. On histological analysis of both genotypes GN and 4279-06, between 2-7 days after inoculation (DAI) it was observed that J2 of M. incognita penetrated at the roots tips and moved through the cortex to the central cylinder, and that at 9 DAI had already feeding sites established. Using fluorescence microscopy, no hypersensitive response (HR) was observed in 4279-06 genotype, and its life cycle has completed between 27- 30 days after inoculation, with 3-6 days delay in comparison with the GN genotype (24 days). Transcriptome analysis was performed at 3, 7 and 10 DAI, based on histological data, using RNA mass sequencing technology by Ilumina and bioinformatics analysis to identify differentially expressed genes related to the banana defense response in nematode interaction with the two genotypes. Sequencing generated a total of 510,937,976 sequences paired-end. In ontology gene analysis (GO), a total of 320,113 terms of GO were found and related to 27,604 annotated sequences divided into three main categories: biological processes (27,551 sequences), molecular function (25,362 sequences) and cellular component (25,487 sequences). In the analysis of differential expression, 680 genes showed significant differential expression. Of these, 474 genes were modulated in genotype 4279-06 and 235 genes in GN genotype, showing greater regulation of gene expression in the interaction with 4279-06. The genotypes showed 29 commonly regulated genes, 445 genes uniquely modulated in 4279-06 and 206 in GN. In Musa acuminata response to infection with M. incognita, was evident the great involvement of genes linked to the MYB transcription factors and WRKY families, and hormones. Little defense response related to salicylic acid (response to biotróficos parasites) was observed, but a broad response for the ethylene pathway. They have also found genes that increase the levels of cytokinins and auxins and that are associated with the formation of giant cells, like expansins and NAC domain proteins. Proteins bHLH family, callose and xyloglucan endotransglucosilase were exclusively expressed in the genotype 4279-06. These results contribute to a better understanding of this complex molecular interaction.