A retinopatia diabética (RD) é a mais freqüente complicação crônica do diabete melito (DM). Existe uma variação considerável na presença e gravidade da RD que não é totalmente explicada pelos principais fatores de risco conhecidos, como o tempo de duração de DM e controles glicêmico e pressórico inadequados. O objetivo deste manuscrito é revisar aspectos genéticos relacionados à RD. O papel dos fatores genéticos na RD é sugerido pela presença de diferentes prevalências de RD em diferentes etnias e pela ocorrência de agregação familiar de RD. A presença de RD em um familiar aumenta de forma significativa a chance de outro familiar também apresentar esta complicação. Finalmente, a identificação de possíveis genes associados à RD (genes candidatos), a maioria deles relacionados à sua patogênese, tem sido avaliada através de estudos de polimorfismos genéticos. Os principais polimorfismos associados ao risco para RD são os ligados aos genes da aldose redutase, VEGF, PPAR-gama e ICAM-1. A identificação dos genes associados à RD deverá proporcionar novas opções para prevenção e tratamento desta complicação em pacientes portadores de DM. / Diabetic retinopathy (DR) is the most frequent chronic complication of Diabetes Mellitus (DM). There is a great variation in the presence and severity of DR in patients with DM that is not fully explained by the main known risk factors, such as duration of DM and poor glycemic and blood pressure control. The aim of this manuscript is to review genetic aspects associated with DR. The role of genetic factors on DR is suggested by different prevalences of DR in different ethnic groups, and also by the occurrence of familial aggregation of this diabetic complication. The presence of DR in one family member increases the chance of other family member also having DR. Finally, several studies on genetic polymorphisms have been performed in order to identify genes possibly related with DR (candidate genes). These genes are mostly connected to DR pathogenesis. The genetic polymorphisms of aldose reductase, VEGF, PPAR-gama and ICAM-1 are associated to increased risk of DR. The identification of the genes associated with DR will provide new prevention and treatment options of this complication in DM patients.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Enfermagem, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T05:01:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 276844.pdf: 3808900 bytes, checksum: 909bc97b0f71dc64222d561d06181de0 (MD5) / Estudo quantitativo, tipo transversal analítico realizado em 2009 em uma Universidade da região Sul de Santa Catarina que abordou a predisposição ao DM tipo 2 em acadêmicos de enfermagem. Teve como objetivos: identificar os fatores predisponentes para o desenvolvimento do DM tipo 2 e identificar e analisar as ações de prevenção ao DM tipo 2 adotadas pelos acadêmicos de enfermagem de uma Universidade da Região Sul de Santa Catarina. O projeto foi aprovado pelo comitê de ética da instituição sob o parecer 147/2009, iniciando-se a pesquisa somente após esse procedimento. A amostra do estudo foi a probabilística estratificada de 154 estudantes estipulados pela base de cálculo do SESTAT NET®. Os alunos foram sorteados, convidados a participar e, após assinar o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, foram solicitados a responder um formulário de pesquisa, permitir a coleta de sangue em polpa digital para análise da glicemia capilar e ter verificada a medida de circunferência abdominal. Foi utilizado o glicosímetro portátil MEDICENSER® para verificação da glicemia capilar casual e fita métrica de tecido (0 a 200 cm), aprovada pelo Instituto Nacional de Metrologia, Normalização e Qualidade Industrial (Inmetro) para avaliar a medida da circunferência abdominal. Os dados coletados foram armazenados no banco de dados do programa SPSS® 12.0 para efetuar os testes de comparação, qui quadrado de Pearson, freqüências, médias, percentagens e o teste de variáveis ANOVA. A média de idade dos acadêmicos é de 24,2 (DP±5,4), 50% de acadêmicos estão na faixa etária de 17 a 22 anos e 29,5% com 23 a 28 anos. Quanto à ocupação, 29,3% (n=45) são apenas estudantes, 32,4%(n=50) são técnicos de enfermagem e 15,1% são classificados como outros: gerentes, estagiários, técnicos de farmácia, de laboratório, serventes, etc., e 23,3% (n=36) não relatam ocupação. A hereditariedade quanto ao DM foi uma informação não respondida por 76%(n=117) dos acadêmicos, porém, dentre os respondentes foi constatado que havia hereditariedade em parentes de 1º grau (pai, mãe, irmãos) em 5,8% (n=09) e de 2º grau (tios, tias, primos, avós) em 16,9% (n=26). Quando se trata do IMC, no que tange a classificação em grau de obesidade, identifica-se que 23,4% (n=36) apresentamse com obesidade grau 1 ou 2. Os graus de obesidade I ou II e a medida de circunferência abdominal (MCA) aumentada, foram comparados e geraram significâncias de p=0,002, tornando-se fatores relevantes para a predisposição ao DM tipo 2. Sobre o hábito alimentar e o consumo de carboidratos, verifica-se que dentre os 154 acadêmicos, 52,6% (n=81) ingerem uma dieta rica nesse componente; assim como 66,9% (n=23) dos obesos, e 44,29% (n=31) dos com MCA acima do normal. Outros alimentos como leguminosos e cereais não foram citados na dieta de praticamente nenhum dos participantes. O estudo mostrou uma forte relação (valor de p 0,024), entre as variáveis obesidadecarboidratos. Sobre o sedentarismo auto-referido, verificou-se que 93.5% (n=144) são sedentários, sendo que, a dieta desses foi avaliada em pouco ou nada saudável em 59,1% (n=85), se constituindo um risco para o aumento do peso e da gordura central. A Obesidade e a MCA também foram comparadas e, dentre os 36 participantes que apresentaram obesidade grau I ou II, 72,2% (n=26) têm deposição de gordura identificada pela medida da circunferência abdominal (p=0,014), sendo esses dois fatores associados que predispõem ao DM tipo 2. Os valores da glicemia capilar casual estiveram entre 141mg/dL a 162mg/dL, sendo constatada glicemia alterada em 3,6% (n=5) dos acadêmicos, e não obteve-se significância entre as variáveis: sexo (p=0,654), obesidade (p=0,720), MCA aumentada (p=0.962), hereditariedade ao Diabetes Mellitus tipo 2 (p=0,614), hábitos alimentares # dieta pouco/nada saudável - (p=0,820) e sedentarismo auto referido (p=0,775). No que diz respeito às ações de prevenção, verifica-se que os acadêmicos, não demonstraram adotar nenhum tipo de mecanismo, fato esse que serve de alerta aos educadores da instituição tanto para planejamento nesse enfoque quanto no sentido de possibilidades de novos estudos diagnósticos com os acadêmicos que possuem fatores predisponentes, bem como estudos sobre ações de prevenção voltadas aos hábitos de vida. / Quantitative cross-sectional analytical study held in 2009 at a University in the southern of Santa Catarina addressing the predisposition of type 2 diabetes in nursing students. The aims were: to identify factors predisposing to the development of type 2 diabetes and identify and analyze the actions used to prevent that disease adopted by nursing students at a university in the South of Santa Catarina. The project was approved by the ethics committee of the institution under the resolution 147/2009, the research starting only after this procedure.The study sample was stratified among 154 students determined by the calculating base from the SESTAT NET ®. Students were randomly invited to participate and, after signing the Informed Consent, were required to answer a survey form, have collected blood for analysis of fingertip capillary glucose, and have measured their waist circumference.A portable glucose meter MEDICENSER ® was used to verify the casual CBG and a fabric metric tape (for 0 to 200 cm measurement), adopted by the National Institute of Metrology, Standardization and Industrial Quality (Inmetro) to evaluate the abdominal circumference.The data collected were stored in the database using SPSS ® 12.0 for making the comparison tests, chi square test, frequencies, averages, percentages and ANOVA variables test. The average age of the students is 24.2 (SD ± 5.4), 50% of them are aged 17 to 22 years, and 29.5% of them are 23 to 28 years old. As for occupation 29.3% (n = 45) are only students, 32.4% (n = 50) are nurse assitants, 15.1% are classified as other occupations: managers, interns, pharmacy technicians, laboratory attendants, among others, and 23.3% (n = 36) do not report any occupation.The heritability of MD was an information not answered by 76% (n = 11 117) of the students, however, among respondents was found that heredity had relatives in the 1st degree (father, mother, siblings) in 5.8% (n = 09) and 2nd degree (uncles, aunts, cousins, grandparents) in 16.9% (n = 26).When it comes to BMI, with respect to the classification in degrees of obesity, we identified that 23.4% (n = 36) present grade 1 or 2 obesity.The degrees of obesity I and II and the increased measure of waist circumference (WCM) were compared and generated significance of p = 0.002, making it relevant factors for predisposition to type 2 DM.As for food habits and consumption of carbohydrates, it appears that among the 154 students, 52.6% (n = 81) eat a diet rich in that component, as do 66.9% (n = 23) of obese, and 44 , 29% (n = 31) of the ones with WCM above normal. Other foods such as legumes and cereals have not been cited in the diet of virtually none of the participants. The study showed a strong relationship (p value 0.024) between the variables obesity-carbohydrates. About the lifestyle, it was found that 93.5% (n = 144) are self reposted sedentary, and the diet was assessed in these little or not at all healthy for 59.1% (n = 85), constituting a risk for increased weight and central fat. Obesity and WCM were also compared and, among the 36 participants who had obesity class I or II, 72.2% (n = 26) have identified fat deposition by measuring waist circumference (p = 0.014), being those two factors associated that predispose to type 2 DM. The casual capillary blood glucose values ranged from 141mg/dL to 162mg/dL, and altered glucose levels was observed in 3.6% (n = 5) of the students, and did not get to the significance among the variables: gender (p = 0.654), obesity (p = 0.720), increased WCM (p = 0,962), heredity for type 2 diabetes (p = 0.614), eating style # close to unhealthy / unhealthy (p = 0.820) and self reported sedentary life (p = 0.775). With regard to prevention actions, it appears that the nursing students have not been shown to adopt any kind of prevention mechanism, which actually serves as a reminder to teachers of the institution both for planning in this approach as to potential new diagnostic studies with nursing students who have predisposing factors, as mucha as studies on prevention strategies targeted to lifestyle.

A retinopatia diabética (RD) é a mais freqüente complicação crônica do diabete melito (DM). Existe uma variação considerável na presença e gravidade da RD que não é totalmente explicada pelos principais fatores de risco conhecidos, como o tempo de duração de DM e controles glicêmico e pressórico inadequados. O objetivo deste manuscrito é revisar aspectos genéticos relacionados à RD. O papel dos fatores genéticos na RD é sugerido pela presença de diferentes prevalências de RD em diferentes etnias e pela ocorrência de agregação familiar de RD. A presença de RD em um familiar aumenta de forma significativa a chance de outro familiar também apresentar esta complicação. Finalmente, a identificação de possíveis genes associados à RD (genes candidatos), a maioria deles relacionados à sua patogênese, tem sido avaliada através de estudos de polimorfismos genéticos. Os principais polimorfismos associados ao risco para RD são os ligados aos genes da aldose redutase, VEGF, PPAR-gama e ICAM-1. A identificação dos genes associados à RD deverá proporcionar novas opções para prevenção e tratamento desta complicação em pacientes portadores de DM. / Diabetic retinopathy (DR) is the most frequent chronic complication of Diabetes Mellitus (DM). There is a great variation in the presence and severity of DR in patients with DM that is not fully explained by the main known risk factors, such as duration of DM and poor glycemic and blood pressure control. The aim of this manuscript is to review genetic aspects associated with DR. The role of genetic factors on DR is suggested by different prevalences of DR in different ethnic groups, and also by the occurrence of familial aggregation of this diabetic complication. The presence of DR in one family member increases the chance of other family member also having DR. Finally, several studies on genetic polymorphisms have been performed in order to identify genes possibly related with DR (candidate genes). These genes are mostly connected to DR pathogenesis. The genetic polymorphisms of aldose reductase, VEGF, PPAR-gama and ICAM-1 are associated to increased risk of DR. The identification of the genes associated with DR will provide new prevention and treatment options of this complication in DM patients.

Made available in DSpace on 2016-04-07T13:20:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carolinne_marques_ioc_dout_2014.pdf: 6884657 bytes, checksum: 1eac92fc38cd066689b127f6397b3b85 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A hanseníase é uma doença infecciosa causada pelo Mycobacterium leprae, uma bactéria intracelular obrigatória. Estudos demonstram que a genética do hospedeiro pode influenciar no desfecho da doença em pelo menos em três etapas distintas: na hanseníase per se, no desenvolvimento das formas clínicas e nos episódios reacionais. Genes que participam da via principal de ativação da resposta imune inata a micobactérias tais como TRL1/2 e NOD2, foram apontados como associados à hanseníase em diferentes populações, alguns desses estudos avaliando os episódios reacionais como desfecho. Entretanto, o efeito dessas associações na população brasileira merece maior investigação. Assim o objetivo geral desse projeto foi estudar a associação dos genes TRL1 e NOD2 na susceptibilidade à hanseníase per se, e a associação de sete genes candidatos da resposta imune nos episódios reacionais. Inicialmente foram realizados estudos caso-controle e em famílias, conduzidos em quatro populações de diferentes regiões do Brasil, para verificar o efeito de SNPs do TLR1 na hanseníase. Os resultados mostraram a associação entre o TLR1 +743A>G (equivalente à troca N248S) e risco à hanseníase per se, o que foi confirmado em todas as populações estudadas (ORGG= 1,51, p<0,001). Em seguida, a correlação genótipo-fenótipo foi avaliada, e o alelo +743G foi relacionado à redução da razão TNF/IL10, bem como à alteração no perfil eletrostático protéico (diminuição da eletronegatividade) em estudos in silico Na segunda etapa do trabalho, foi desenvolvido um estudo multicêntrico incluindo cinco populações brasileiras de regiões distintas, onde foram avaliados genes candidatos à associação com a hanseníase, escolhidos com base no primeiro estudo de associação do genoma completo conduzido em chineses. Dentre os 36 marcadores avaliados, os SNPs rs8057341 no gene NOD2 e rs4942254 no locus CCDC-LACC1 exibiram efeito protetor à doença, e a análise combinada confirma a associação com proteção na população brasileira (ORAA= 0,49, p<0,001; ORCC = 0,72, p = 0,003, respectivamente). Por fim, investigamos a associação dos genes TNF/LTA, IFNG, IL10, TLR1, NOD2 e IL6 com os episódios reacionais ou subtipos (tipo 1 e tipo 2) em uma amostra de pacientes do Rio de Janeiro. Como resultado, observamos a associação do gene IL6 com reação, indicando que os genótipos rs2069840-GG e rs2069845-AG conferem proteção (OR= 0.14, p= 0.001) e risco (OR= 1.78, p = 0.01), respectivamente, ao desfecho reação per se. Os resultados do presente estudo confirmam a associação dos genes TLR1 e NOD2 na hanseníase per se, bem como do gene IL6 nas reações hansênicas, indicando-os como possíveis marcadores de susceptibilidade a esses desfechos na população brasileira / Leprosy is an infectiou s disease caused by Mycobacterium leprae , an obligatory intracellular bacterium. Studies have shown that genes are able to influence the disease outcome in at least three distinct steps: leprosy per se, clinical forms development, and leprosy reactions. Ge nes in the major pathway of innate immune response against mycobacteria such as TRL1/2 and NOD2 , have been pinpointed as associated with leprosy in different populations , some studies including leprosy reaction as outcome . However, the effect of such assoc iations in Brazilian population deserves further investigation. Therefore, the aim of this project was to study the association of TRL1 and NOD2 genes in susceptibility to leprosy per se and also the association of seven immune response candidate genes in leprosy reactions. First, case - control and family - based studies were performed in four populations from different regions of Brazil, to investigate the effect of TLR1 SNPs in leprosy. The results indicated an association between +743A>G (amino acid exchang e N248S) and leprosy risk, which was confirmed in all populations used (OR GG = 1.51, p<0.001) . In addition, we evaluated the genotype - phenotype correlation, and found the +743 G allele related to lower TNF/IL10 ratio, and also modifying the electrostatic pr ofile (reducing the electronegativity) at TLR1 protein by in silico approach . In the second step of our work, we performed a multicentric study including five Brazilian populations, to evaluate the association of candidate genes with leprosy. These genes w ere selected from the first genome - wide association study in leprosy, performed in Chinese. Among the 36 markers evaluated , both rs8057341 at NOD2 gene and rs4942254 at CCDC122 - LACC1 gene showed protector effect to leprosy, and the combined analysis confir med the association with protection in Brazilians (OR AA = 0.49, p<0.001; OR CC = 0.72, p = 0.003, respectively). Finally, we investigated the association between TNF/LTA , IFNG , IL10 , TLR1 , NOD2 and IL6 genes and leprosy reacti ons or subtypes (type 1 and type 2), using a sample of patients from Rio de Janeiro. As result, we observed the association between IL6 gene and reaction, indicating a protective (OR= 0.14, p= 0.001) and risk (OR= 1.78, p = 0.01) effect of rs2069840 - GG and rs2069845 - AG genotypes, respectively. The results of our study confirm the association of TLR1 and NOD2 genes with leprosy per se , as well as the IL6 gene with leprosy reactions, indicating them as potential markers of susceptibility to these outcomes in Brazilians

Uma parcela significativa dos casos de câncer de mama e ovário é consequência de variantes patogênicas germinativas em genes de alta e moderada penetrância, e o diagnóstico molecular é fundamental para definir o manejo adequado dos pacientes e suas famílias. Variantes patogênicas nos genes BRCA1 e BRCA2 (BRCA) são a causa mais comum da síndrome de predisposição hereditária ao câncer de mama e ovário (HBOC), embora outros genes também possam estar envolvidos neste fenótipo. No Brasil, o acesso ao teste genético ainda é muito limitado, e o espectro mutacional de genes relacionados à HBOC é pouco conhecido. Assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil clínico, as alterações moleculares e somáticas em indivíduos com síndromes de predisposição hereditária ao câncer de mama e/ou ovário no Brasil. Inicialmente, avaliamos a utilidade clínica de um painel de baixo custo para genotipagem de variantes patogênicas hispânicas recorrentes em BRCA (HISPANEL), visando superar uma das principais limitações de acesso ao teste: o custo. Embora seja eficaz em outras populações da América Latina, o painel avaliado apresentou uma baixa capacidade de detecção na nossa população. Apesar de não ser efetivo em seu formato atual, o HISPANEL poderia ser customizado com as variantes patogênicas mais frequentes no Brasil. Assim, buscando identificar estas alterações e caracterizar o perfil mutacional de BRCA no Brasil, realizamos uma compilação de 649 mutações reportadas em 11 estados brasileiros. No entanto, os resultados deste trabalho mostraram que são poucas as mutações recorrentes e/ou fundadoras presentes na nossa população. Em um próximo passo, mostramos que a mutação fundadora portuguesa BRCA2 c.156_157insAlu está presente em 0,65% dos 1.380 probandos testados (com critérios HBOC) não sendo, portanto, tão frequente no Brasil quanto em Portugal. No entanto, ela é a terceira mutação mais frequente de BRCA2 na nossa população, e tem sido negligenciada no diagnóstico molecular de HBOC. Assim, estes dados ressaltam a importância de sua inclusão nos testes de rotina para este gene. Em um grupo de famílias HBOC do Rio Grande do Sul, caracterizamos o perfil e a prevalência de mutações em BRCA, e avaliamos a sensibilidade dos 12 critérios de testagem empregados atualmente. Ao todo, 19,1% de todos os 418 probandos com critérios HBOC apresentavam mutações em BRCA, enquanto 5,7% dos casos possuíam ao menos uma variante de significado incerto (VUS). Além disso, este trabalho demonstrou a importância do detalhamento da história familiar e revelou um subgrupo de critérios com maior chance de identificar uma mutação patogênica em BRCA. Em um contexto de recursos limitados, estes critérios podem ser utilizados como uma ferramenta para priorizar a testagem de indivíduos com maior risco. Através da análise dos dados de painéis multigênicos testados por sequenciamento de nova geração, avaliamos a contribuição de outros genes no fenótipo HBOC, além de BRCA. Entre os 358 probandos com critérios HBOC testados, 18,2% apresentavam uma variante patogênica em genes de alto e moderado risco, incluindo BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 e MUTYH. Embora essa abordagem apresente algumas desvantagens, como o alto número de VUS (identificadas em 35,5% dos probandos), a utilização de painéis multigênicos permite a identificação de mutações em genes não-BRCA, beneficiando assim um número maior de pacientes. O papel destes e outros genes, envolvidos no fenótipo HBOC através de sua atuação no reparo de quebras bifilamentares no DNA por recombinação homóloga, foi detalhado em um artigo de revisão. Finalmente, realizamos um estudo inédito com o objetivo de caracterizar o perfil de alterações somáticas de tumores de mama diagnosticados em pacientes com síndrome de Li-Fraumeni, isto é, portadores de mutações germinativas em TP53. Este trabalho mostrou que estes tumores apresentam poucas mutações recorrentes, e uma carga mutacional alta, em comparação com tumores de mama esporádicos. Além disso, os tumores de mama relacionados à mutações germinativas em TP53 possuem uma contribuição significativa da assinatura 3 (típica de tumores relacionados à perda de função em BRCA1 e BRCA2), além de assinaturas mutacionais nunca descritas em tumores de mama esporádicos. Juntos, esses resultados sugerem que tumores de mama de pacientes com mutações germinativas em TP53 podem ser deficientes na via de recombinação homóloga. / An important fraction of all breast and ovarian cancers can be attributed to germline mutations in high and moderate penetrance cancer genes, and the identification of such mutations is essential to define the management and genetic counseling of these patients and their families. Germline mutations in BRCA1 and BRCA2 (BRCA) are the most common cause of hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC), but mutations in other genes can also be associated with this phenotype. In Brazil, there is very limited access to genetic testing, and the mutational profile of HBOC-related genes is largely unknown. Thus, in this work we aimed to characterize the clinical profile, the germline and somatic mutations in individuals at-risk for hereditary breast and/or ovarian cancer predisposition in Brazil. We evaluate the clinical utility of a low-cost panel designed to genotype BRCA1 and BRCA2 recurrent Hispanic mutations (HISPANEL). Although this is a sensitive tool in other Latin-American populations, the HISPANEL had a low mutation detection-rate among our cohort, precluding its use as a screening tool in its current composition. This panel, however, could be customized to include recurrent Brazilian mutations which would likely increase its sensitivity. Thus, we next sought to identify recurrent and/or founder mutations, and characterized the mutational landscape of BRCA variants in Brazil. We compiled data from 649 BRCA mutations reported in patients from 11 Brazilian States, and these results showed a highly heterogeneous profile, and only few recurrent mutations. Next, we screened 1,380 HBOC probands for the Portuguese founder mutation BRCA2 c.156_157insAlu, and found a mutational prevalence of 0.65%, far less than observed in Portugal. Despite its overall low frequency, this is the third most frequent BRCA2 mutation in Brazil, and it has been neglected in the molecular testing of HBOC, since a specific protocol is required for its detection. This data highlights the importance of including specific testing for this mutation in routine HBOC testing in Brazil. The characterization of the BRCA molecular profile of probands from Southern Brazil showed a prevalence of pathogenic mutations variants of 14 uncertain significance (VUS) of 19.1% and 5.7% of 418 tested HBOC probands, respectively. We also characterize the clinical profile of this cohort, and the evaluation of international testing criteria revealed a set of high-sensitivity criteria, which enables the prioritization of high-risk individuals as a first step towards offering testing in a scenario of limited resources. Aiming to access the contribution of germline mutations in cancer predisposing genes to the HBOC phenotype, we evaluated multigene panel sequencing results from 358 probands. Among them, 18.2% carried a pathogenic germline mutation in high and moderate risk genes, including BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 and MUTYH. Although this approach has some caveats, such as the high number of VUS (reported in 35.5% of all probands), the use of multigene panels allows the identification of mutations in several non-BRCA genes, and may benefit a large number of patients. Finally, considering the paucity of information about breast cancers arising in carriers of TP53 germline mutations (i.e. Li-Fraumeni syndrome patients), we sought to define the repertoire of somatic genetic alterations and the mutational signatures underpinning these tumors. The analyses revealed that these breast tumors harbored only few recurrent mutations, and present an increased burden of somatic mutations and copy number alterations. Interestingly, most tumors had a significant contribution of Signature 3, and many had a high large-scale transitions score. Breast cancers from germline TP53 mutation carriers might have an impairment in the homologous recombination repair pathway.

Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-05-03T00:00:27Z No. of bitstreams: 1 IsabelleCristinaClementeDosSantos_DISSERT.pdf: 2438763 bytes, checksum: 4b6084ab5320a59121b13b7e45b91126 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-05-08T22:15:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 IsabelleCristinaClementeDosSantos_DISSERT.pdf: 2438763 bytes, checksum: 4b6084ab5320a59121b13b7e45b91126 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-08T22:15:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IsabelleCristinaClementeDosSantos_DISSERT.pdf: 2438763 bytes, checksum: 4b6084ab5320a59121b13b7e45b91126 (MD5) Previous issue date: 2018-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O câncer de tireoide (CT) é o tumor endócrino mais comum e corresponde a 1% de todas as neoplasias malignas. O número de casos diagnosticados vem aumentando e estima-se que surjam 212 mil novos casos anuais no mundo. Atualmente, não há nenhum estudo de predisposição genética ao CT realizado na população miscigenada do Rio Grande do Norte, local cuja indecência é elevada em comparação à média da população brasileira. Desta forma, o presente projeto busca avaliar a predisposição genética da população local em desenvolver o CT, a fim de compreender melhor a fisiopatologia desta doença e estabelecer potenciais biomarcadores de predisposição. Neste intuito, foi selecionado material histopatológico do banco de amostras do laboratório de Patologia da LNRCC para compor o grupo de estudo, e sangue periférico de doadores do banco de sangue Hemovida, como grupo controle. O DNA genômico das glândulas tireoide emblocadas em parafina e sangue periférico dos controles foram extraídos utilizando o conjunto de reagentes QIAamp® DNA FFPE Tissue e QIAamp® genomic DNA, respectivamente. A genotipagem de um painel de 84 SNPs foi executada através do espectrofotômetro de massa MALDI-TOF Sequenom® MassARRAY iPLEX Gold, em colaboração com o Centro Nacional de Genotipagem de Santiago de Compostela – Espanha. Trinta e seis SNPs mostraram diferenças significativas em suas frequências alélicas quando comparados entre os casos e controles. Destes, 23 SNPs foram associados ao risco de desenvolvimento do CT, destacando-se entre eles as variantes rs2997312 (OR= 6,33), rs7024345 (OR= 2,97), rs10788123 (OR= 2,78), rs116909374 (OR= 3,40) e rs965513 (OR= 2,91) por conferir maior risco de desenvolver CT aos pacientes. Adicionalmente, 13 SNPs se apresentaram como um fator de proteção para o não desenvolvimento desta neoplasia. Desta forma, o presente estudo, inédito na população do Rio Grande do Norte, sugere a associação destes SNPs como biomarcadores de predisposição de CT nesta população. / Thyroid cancer (CT) is the most common endocrine tumor and accounts for 1% of all malignancies. The number of cases diagnosed has been increasing and it is estimated that 212 thousand new cases will appear each year in the world. Currently, there is no study of genetic predisposition to CT performed in the admixture population of Rio Grande do Norte, a place where its incidence is high compared to the Brazilian average. In this way, the present project aims to evaluate the genetic predisposition of the local population to develop the CT, to better understand the pathophysiology of this disease and to establish potential biomarkers of predisposition. To this purpose, histopathological material was selected from the sample bank of the LNRCC Pathology Laboratory to compose the study group, and venous blood from donors from Hemovida blood bank as a control group. Genomic DNA from thyroid gland paraffin blocks and controls blood samples were extracted using the QIAamp® DNA FFPE Tissue kit and QIAamp® genomic DNA kit, respectively. The genotyping of a panel of 84 SNPs was performed using the MALDI-TOF Sequenom® MassARRAY iPLEX Gold Mass Spectrophotometer, in collaboration with the National Center for Genotyping of Santiago de Compostela - Spain. Thirty-six SNPs showed significant differences in their allelic frequencies when compared cases and controls. Of these, 23 SNPs were associated with risk of developing CT, mainly the variants rs2997312 (OR= 6,33), rs7024345 (OR= 2,97), rs10788123 (OR= 2,78), rs116909374 (OR= 3,40) and rs965513 (OR= 2,91) once they confer greater risk to patients. Additionally, 13 SNPs presented as a protective factor for the non-development of this neoplasia. Thus, the present study, unprecedented in the population of Rio Grande do Norte, suggests the association of these SNPs as biomarkers of CT predisposition in this population.

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Resumo: A identificação de fatores de predisposição e a caracterização de fatores genéticos de risco para odesenvolvimento do câncer são essenciais para o diagnóstico, prognóstico e aconselhamento genéticodos pacientes afetados e seus familiares. Há uma alta incidência de pacientes que possuem carcinomasde mama (CM) e/ou carcinoma de tireoide (CT) e com história familial destes tumores, sugerindo oenvolvimento de gene(s) associado(s) com a predisposição hereditária ao câncer. O objetivo destetrabalho foi investigar a presença de genes de predisposição ao desenvolvimento de CM e CT pormeio do sequenciamento total do exoma, em pacientes que sejam afetados por pelo menos um destestumores e possuam história familial de câncer. Foram incluídas seis pacientes que apresentavam CM,12 com CT e seis com ambos os tumores, todos com história destes tumores em suas famílias. O DNAde sangue periférico foi sequenciado pela plataforma HiSeq 1000 (Illumina). Após análise debioinformática foram identificadas alterações em genes de alta e baixa penetrância comuns e raras. Asalterações raras destes genes foram consideradas como patogênicas quando presentes em pelo menostrês bancos de dados e em até dois indivíduos. A paciente 14 teve diagnóstico de síndrome de Cowdenconfirmado pela presença da mutação p.R233X no gene PTEN. Também foram investigadas outrasalterações em novos genes o que resultou em 911 SNVs (single nucleotide variations), sendo 287 não-sinônimas e 50 alteraç... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The identification of predisposing genes and characterization of genetic risk factors for cancer development are essential for the diagnosis, prognosis and genetic counseling of affected patients and their families. A significant number of patients with breast (BC) and papillary thyroid carcinomas (TC) and family history of these tumors suggest the involvement a hereditary cancer predisposition gene. The aim of this study was to evaluate new predisposing genes related to BC and TC by whole exome sequencing, in patients who are affected by at least one of these tumors and have cancer family history. Six patients with CM, 12 with CT and six with both tumors were included in the study, all of them with family history of these tumors. DNA from peripheral blood sample was sequenced by HiSeq 1000 platform (Illumina). After the bioinformatics analysis, variations in high and lowpenetrance genes were identified; most of them were considered common according to 1000 Genomes and 6500 Exomes. Furthermore, rare variations were described in these genes, which were considered pathogenic in at least three databases and observed in up to two patients. Patient 14 presented the p.R233X mutation in PTEN confirming the diagnosis of Cowden Syndrome. Other genes were investigated in order to characterize new variations related to the phenotype studied. This analysis resulted in 911 SNVs (single nucleotide variations), 287 non-synonymous alterations and 50 rare pathogenic variations (detected in at... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Uma parcela significativa dos casos de câncer de mama e ovário é consequência de variantes patogênicas germinativas em genes de alta e moderada penetrância, e o diagnóstico molecular é fundamental para definir o manejo adequado dos pacientes e suas famílias. Variantes patogênicas nos genes BRCA1 e BRCA2 (BRCA) são a causa mais comum da síndrome de predisposição hereditária ao câncer de mama e ovário (HBOC), embora outros genes também possam estar envolvidos neste fenótipo. No Brasil, o acesso ao teste genético ainda é muito limitado, e o espectro mutacional de genes relacionados à HBOC é pouco conhecido. Assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil clínico, as alterações moleculares e somáticas em indivíduos com síndromes de predisposição hereditária ao câncer de mama e/ou ovário no Brasil. Inicialmente, avaliamos a utilidade clínica de um painel de baixo custo para genotipagem de variantes patogênicas hispânicas recorrentes em BRCA (HISPANEL), visando superar uma das principais limitações de acesso ao teste: o custo. Embora seja eficaz em outras populações da América Latina, o painel avaliado apresentou uma baixa capacidade de detecção na nossa população. Apesar de não ser efetivo em seu formato atual, o HISPANEL poderia ser customizado com as variantes patogênicas mais frequentes no Brasil. Assim, buscando identificar estas alterações e caracterizar o perfil mutacional de BRCA no Brasil, realizamos uma compilação de 649 mutações reportadas em 11 estados brasileiros. No entanto, os resultados deste trabalho mostraram que são poucas as mutações recorrentes e/ou fundadoras presentes na nossa população. Em um próximo passo, mostramos que a mutação fundadora portuguesa BRCA2 c.156_157insAlu está presente em 0,65% dos 1.380 probandos testados (com critérios HBOC) não sendo, portanto, tão frequente no Brasil quanto em Portugal. No entanto, ela é a terceira mutação mais frequente de BRCA2 na nossa população, e tem sido negligenciada no diagnóstico molecular de HBOC. Assim, estes dados ressaltam a importância de sua inclusão nos testes de rotina para este gene. Em um grupo de famílias HBOC do Rio Grande do Sul, caracterizamos o perfil e a prevalência de mutações em BRCA, e avaliamos a sensibilidade dos 12 critérios de testagem empregados atualmente. Ao todo, 19,1% de todos os 418 probandos com critérios HBOC apresentavam mutações em BRCA, enquanto 5,7% dos casos possuíam ao menos uma variante de significado incerto (VUS). Além disso, este trabalho demonstrou a importância do detalhamento da história familiar e revelou um subgrupo de critérios com maior chance de identificar uma mutação patogênica em BRCA. Em um contexto de recursos limitados, estes critérios podem ser utilizados como uma ferramenta para priorizar a testagem de indivíduos com maior risco. Através da análise dos dados de painéis multigênicos testados por sequenciamento de nova geração, avaliamos a contribuição de outros genes no fenótipo HBOC, além de BRCA. Entre os 358 probandos com critérios HBOC testados, 18,2% apresentavam uma variante patogênica em genes de alto e moderado risco, incluindo BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 e MUTYH. Embora essa abordagem apresente algumas desvantagens, como o alto número de VUS (identificadas em 35,5% dos probandos), a utilização de painéis multigênicos permite a identificação de mutações em genes não-BRCA, beneficiando assim um número maior de pacientes. O papel destes e outros genes, envolvidos no fenótipo HBOC através de sua atuação no reparo de quebras bifilamentares no DNA por recombinação homóloga, foi detalhado em um artigo de revisão. Finalmente, realizamos um estudo inédito com o objetivo de caracterizar o perfil de alterações somáticas de tumores de mama diagnosticados em pacientes com síndrome de Li-Fraumeni, isto é, portadores de mutações germinativas em TP53. Este trabalho mostrou que estes tumores apresentam poucas mutações recorrentes, e uma carga mutacional alta, em comparação com tumores de mama esporádicos. Além disso, os tumores de mama relacionados à mutações germinativas em TP53 possuem uma contribuição significativa da assinatura 3 (típica de tumores relacionados à perda de função em BRCA1 e BRCA2), além de assinaturas mutacionais nunca descritas em tumores de mama esporádicos. Juntos, esses resultados sugerem que tumores de mama de pacientes com mutações germinativas em TP53 podem ser deficientes na via de recombinação homóloga. / An important fraction of all breast and ovarian cancers can be attributed to germline mutations in high and moderate penetrance cancer genes, and the identification of such mutations is essential to define the management and genetic counseling of these patients and their families. Germline mutations in BRCA1 and BRCA2 (BRCA) are the most common cause of hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC), but mutations in other genes can also be associated with this phenotype. In Brazil, there is very limited access to genetic testing, and the mutational profile of HBOC-related genes is largely unknown. Thus, in this work we aimed to characterize the clinical profile, the germline and somatic mutations in individuals at-risk for hereditary breast and/or ovarian cancer predisposition in Brazil. We evaluate the clinical utility of a low-cost panel designed to genotype BRCA1 and BRCA2 recurrent Hispanic mutations (HISPANEL). Although this is a sensitive tool in other Latin-American populations, the HISPANEL had a low mutation detection-rate among our cohort, precluding its use as a screening tool in its current composition. This panel, however, could be customized to include recurrent Brazilian mutations which would likely increase its sensitivity. Thus, we next sought to identify recurrent and/or founder mutations, and characterized the mutational landscape of BRCA variants in Brazil. We compiled data from 649 BRCA mutations reported in patients from 11 Brazilian States, and these results showed a highly heterogeneous profile, and only few recurrent mutations. Next, we screened 1,380 HBOC probands for the Portuguese founder mutation BRCA2 c.156_157insAlu, and found a mutational prevalence of 0.65%, far less than observed in Portugal. Despite its overall low frequency, this is the third most frequent BRCA2 mutation in Brazil, and it has been neglected in the molecular testing of HBOC, since a specific protocol is required for its detection. This data highlights the importance of including specific testing for this mutation in routine HBOC testing in Brazil. The characterization of the BRCA molecular profile of probands from Southern Brazil showed a prevalence of pathogenic mutations variants of 14 uncertain significance (VUS) of 19.1% and 5.7% of 418 tested HBOC probands, respectively. We also characterize the clinical profile of this cohort, and the evaluation of international testing criteria revealed a set of high-sensitivity criteria, which enables the prioritization of high-risk individuals as a first step towards offering testing in a scenario of limited resources. Aiming to access the contribution of germline mutations in cancer predisposing genes to the HBOC phenotype, we evaluated multigene panel sequencing results from 358 probands. Among them, 18.2% carried a pathogenic germline mutation in high and moderate risk genes, including BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 and MUTYH. Although this approach has some caveats, such as the high number of VUS (reported in 35.5% of all probands), the use of multigene panels allows the identification of mutations in several non-BRCA genes, and may benefit a large number of patients. Finally, considering the paucity of information about breast cancers arising in carriers of TP53 germline mutations (i.e. Li-Fraumeni syndrome patients), we sought to define the repertoire of somatic genetic alterations and the mutational signatures underpinning these tumors. The analyses revealed that these breast tumors harbored only few recurrent mutations, and present an increased burden of somatic mutations and copy number alterations. Interestingly, most tumors had a significant contribution of Signature 3, and many had a high large-scale transitions score. Breast cancers from germline TP53 mutation carriers might have an impairment in the homologous recombination repair pathway.

A retinopatia diabética (RD) é a mais freqüente complicação crônica do diabete melito (DM). Existe uma variação considerável na presença e gravidade da RD que não é totalmente explicada pelos principais fatores de risco conhecidos, como o tempo de duração de DM e controles glicêmico e pressórico inadequados. O objetivo deste manuscrito é revisar aspectos genéticos relacionados à RD. O papel dos fatores genéticos na RD é sugerido pela presença de diferentes prevalências de RD em diferentes etnias e pela ocorrência de agregação familiar de RD. A presença de RD em um familiar aumenta de forma significativa a chance de outro familiar também apresentar esta complicação. Finalmente, a identificação de possíveis genes associados à RD (genes candidatos), a maioria deles relacionados à sua patogênese, tem sido avaliada através de estudos de polimorfismos genéticos. Os principais polimorfismos associados ao risco para RD são os ligados aos genes da aldose redutase, VEGF, PPAR-gama e ICAM-1. A identificação dos genes associados à RD deverá proporcionar novas opções para prevenção e tratamento desta complicação em pacientes portadores de DM. / Diabetic retinopathy (DR) is the most frequent chronic complication of Diabetes Mellitus (DM). There is a great variation in the presence and severity of DR in patients with DM that is not fully explained by the main known risk factors, such as duration of DM and poor glycemic and blood pressure control. The aim of this manuscript is to review genetic aspects associated with DR. The role of genetic factors on DR is suggested by different prevalences of DR in different ethnic groups, and also by the occurrence of familial aggregation of this diabetic complication. The presence of DR in one family member increases the chance of other family member also having DR. Finally, several studies on genetic polymorphisms have been performed in order to identify genes possibly related with DR (candidate genes). These genes are mostly connected to DR pathogenesis. The genetic polymorphisms of aldose reductase, VEGF, PPAR-gama and ICAM-1 are associated to increased risk of DR. The identification of the genes associated with DR will provide new prevention and treatment options of this complication in DM patients.

Uma parcela significativa dos casos de câncer de mama e ovário é consequência de variantes patogênicas germinativas em genes de alta e moderada penetrância, e o diagnóstico molecular é fundamental para definir o manejo adequado dos pacientes e suas famílias. Variantes patogênicas nos genes BRCA1 e BRCA2 (BRCA) são a causa mais comum da síndrome de predisposição hereditária ao câncer de mama e ovário (HBOC), embora outros genes também possam estar envolvidos neste fenótipo. No Brasil, o acesso ao teste genético ainda é muito limitado, e o espectro mutacional de genes relacionados à HBOC é pouco conhecido. Assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil clínico, as alterações moleculares e somáticas em indivíduos com síndromes de predisposição hereditária ao câncer de mama e/ou ovário no Brasil. Inicialmente, avaliamos a utilidade clínica de um painel de baixo custo para genotipagem de variantes patogênicas hispânicas recorrentes em BRCA (HISPANEL), visando superar uma das principais limitações de acesso ao teste: o custo. Embora seja eficaz em outras populações da América Latina, o painel avaliado apresentou uma baixa capacidade de detecção na nossa população. Apesar de não ser efetivo em seu formato atual, o HISPANEL poderia ser customizado com as variantes patogênicas mais frequentes no Brasil. Assim, buscando identificar estas alterações e caracterizar o perfil mutacional de BRCA no Brasil, realizamos uma compilação de 649 mutações reportadas em 11 estados brasileiros. No entanto, os resultados deste trabalho mostraram que são poucas as mutações recorrentes e/ou fundadoras presentes na nossa população. Em um próximo passo, mostramos que a mutação fundadora portuguesa BRCA2 c.156_157insAlu está presente em 0,65% dos 1.380 probandos testados (com critérios HBOC) não sendo, portanto, tão frequente no Brasil quanto em Portugal. No entanto, ela é a terceira mutação mais frequente de BRCA2 na nossa população, e tem sido negligenciada no diagnóstico molecular de HBOC. Assim, estes dados ressaltam a importância de sua inclusão nos testes de rotina para este gene. Em um grupo de famílias HBOC do Rio Grande do Sul, caracterizamos o perfil e a prevalência de mutações em BRCA, e avaliamos a sensibilidade dos 12 critérios de testagem empregados atualmente. Ao todo, 19,1% de todos os 418 probandos com critérios HBOC apresentavam mutações em BRCA, enquanto 5,7% dos casos possuíam ao menos uma variante de significado incerto (VUS). Além disso, este trabalho demonstrou a importância do detalhamento da história familiar e revelou um subgrupo de critérios com maior chance de identificar uma mutação patogênica em BRCA. Em um contexto de recursos limitados, estes critérios podem ser utilizados como uma ferramenta para priorizar a testagem de indivíduos com maior risco. Através da análise dos dados de painéis multigênicos testados por sequenciamento de nova geração, avaliamos a contribuição de outros genes no fenótipo HBOC, além de BRCA. Entre os 358 probandos com critérios HBOC testados, 18,2% apresentavam uma variante patogênica em genes de alto e moderado risco, incluindo BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 e MUTYH. Embora essa abordagem apresente algumas desvantagens, como o alto número de VUS (identificadas em 35,5% dos probandos), a utilização de painéis multigênicos permite a identificação de mutações em genes não-BRCA, beneficiando assim um número maior de pacientes. O papel destes e outros genes, envolvidos no fenótipo HBOC através de sua atuação no reparo de quebras bifilamentares no DNA por recombinação homóloga, foi detalhado em um artigo de revisão. Finalmente, realizamos um estudo inédito com o objetivo de caracterizar o perfil de alterações somáticas de tumores de mama diagnosticados em pacientes com síndrome de Li-Fraumeni, isto é, portadores de mutações germinativas em TP53. Este trabalho mostrou que estes tumores apresentam poucas mutações recorrentes, e uma carga mutacional alta, em comparação com tumores de mama esporádicos. Além disso, os tumores de mama relacionados à mutações germinativas em TP53 possuem uma contribuição significativa da assinatura 3 (típica de tumores relacionados à perda de função em BRCA1 e BRCA2), além de assinaturas mutacionais nunca descritas em tumores de mama esporádicos. Juntos, esses resultados sugerem que tumores de mama de pacientes com mutações germinativas em TP53 podem ser deficientes na via de recombinação homóloga. / An important fraction of all breast and ovarian cancers can be attributed to germline mutations in high and moderate penetrance cancer genes, and the identification of such mutations is essential to define the management and genetic counseling of these patients and their families. Germline mutations in BRCA1 and BRCA2 (BRCA) are the most common cause of hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC), but mutations in other genes can also be associated with this phenotype. In Brazil, there is very limited access to genetic testing, and the mutational profile of HBOC-related genes is largely unknown. Thus, in this work we aimed to characterize the clinical profile, the germline and somatic mutations in individuals at-risk for hereditary breast and/or ovarian cancer predisposition in Brazil. We evaluate the clinical utility of a low-cost panel designed to genotype BRCA1 and BRCA2 recurrent Hispanic mutations (HISPANEL). Although this is a sensitive tool in other Latin-American populations, the HISPANEL had a low mutation detection-rate among our cohort, precluding its use as a screening tool in its current composition. This panel, however, could be customized to include recurrent Brazilian mutations which would likely increase its sensitivity. Thus, we next sought to identify recurrent and/or founder mutations, and characterized the mutational landscape of BRCA variants in Brazil. We compiled data from 649 BRCA mutations reported in patients from 11 Brazilian States, and these results showed a highly heterogeneous profile, and only few recurrent mutations. Next, we screened 1,380 HBOC probands for the Portuguese founder mutation BRCA2 c.156_157insAlu, and found a mutational prevalence of 0.65%, far less than observed in Portugal. Despite its overall low frequency, this is the third most frequent BRCA2 mutation in Brazil, and it has been neglected in the molecular testing of HBOC, since a specific protocol is required for its detection. This data highlights the importance of including specific testing for this mutation in routine HBOC testing in Brazil. The characterization of the BRCA molecular profile of probands from Southern Brazil showed a prevalence of pathogenic mutations variants of 14 uncertain significance (VUS) of 19.1% and 5.7% of 418 tested HBOC probands, respectively. We also characterize the clinical profile of this cohort, and the evaluation of international testing criteria revealed a set of high-sensitivity criteria, which enables the prioritization of high-risk individuals as a first step towards offering testing in a scenario of limited resources. Aiming to access the contribution of germline mutations in cancer predisposing genes to the HBOC phenotype, we evaluated multigene panel sequencing results from 358 probands. Among them, 18.2% carried a pathogenic germline mutation in high and moderate risk genes, including BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 and MUTYH. Although this approach has some caveats, such as the high number of VUS (reported in 35.5% of all probands), the use of multigene panels allows the identification of mutations in several non-BRCA genes, and may benefit a large number of patients. Finally, considering the paucity of information about breast cancers arising in carriers of TP53 germline mutations (i.e. Li-Fraumeni syndrome patients), we sought to define the repertoire of somatic genetic alterations and the mutational signatures underpinning these tumors. The analyses revealed that these breast tumors harbored only few recurrent mutations, and present an increased burden of somatic mutations and copy number alterations. Interestingly, most tumors had a significant contribution of Signature 3, and many had a high large-scale transitions score. Breast cancers from germline TP53 mutation carriers might have an impairment in the homologous recombination repair pathway.