Dans un monde où les personnes et les objets sont de plus en plus connectés et localisés, l’information géographique (IG) est très présente dans notre quotidien et sa prise en compte dans les systèmes d'information (SI) de gestion devient incontournable. Les particuliers et les entreprises la mobilisent de manière croissante pour se repérer dans l’espace, accéder à diverses données statistiques géo-référencées, planifier des déplacements, etc.Les développements actuels sur les systèmes mobiles par exemple, impliquent de facto une dimension spatio-temporelle (ST), souvent réservée aux SI géographiques (SIG). Par conséquent, de nombreux systèmes logiciels sont amenés à entretenir une relation très étroite et précise avec le monde réel afin d'ouvrir de nouveaux champs d'applications comme les villes intelligentes, les usines du futur ou une nouvelle génération de systèmes de logistique.L'ampleur de cette évolution est majeure puisqu'en termes de données, au moins 80% sont concernées (http://www.esrifrance.fr/sig1.aspx). Cependant, un analyste est souvent confronté à des difficultés pour capturer des exigences d'une manière générale, rendant nécessaire une approche organisée et plus systématique. C'est dans ce contexte que nous orientons notre étude vers le domaine de l'ingénierie des exigences (IE) pour mieux construire un raisonnement qui prend en compte la dimension ST. C'est une étape clé dans le développement de telles exigences dans un projet d'évolution de SI de gestion.Le cadre proposé intègre des contributions dans les domaines de l'IE et de la géomatique. En ce sens, nous avons retenu particulièrement la méthode KAOS qui propose une approche d'IE orientée buts et outillée avec un logiciel nommé "Objectiver". Dans un premier temps, nous proposons une extension de la méthodologie KAOS à la dimension spatio-temporelle. KAOS répond déjà aux questions du "POURQUOI", du "COMMENT", du "QUOI" et du "QUI". Nous abordons dans notre recherche plus précisément, les questions du "QUAND "et du "OÙ". Nous utilisons pour ceci deux axes de recherche : d'une part nous explorons la dualité dimensions spatiales/temporelles, afin de transposer à la dimension spatiale des techniques d'IE déjà définies. D'autre part, nous prenons en considération des notations largement utilisées dans les SIG, et ce, afin de les intégrer dans les primitives d'IE et faciliter ainsi la capture d'exigences spatio-temporelles. Nous avons réalisé un prototype à l'aide de l'outil "Objectiver". Cependant, les résultats présentés restent applicables à d'autres méthodes et outils.Afin de pousser le plus possible l'évolution d'un système existant, nous proposons dans un deuxième temps, d'examiner plus spécifiquement des stratégies ouvertes d'intégration, exploitant ainsi des briques ouvertes en matière de données et/ou de services pour répondre à des besoins géomatiques identifiés. Nous pensons aux utilisateurs de ces SI qui doivent pouvoir intégrer des aspects spatiaux et temporels au sein de leurs règles de gestion ou règles métier.Se pose alors la question "comment identifier les aspects ST des règles métier par un processus d'IE ?" qui nous amène à réfléchir sur la construction d'un SI de gestion, qui soit capable de séparer la vue métier de la vue système. Nous montrons plus spécifiquement comment les règles métiers peuvent être identifiées sur la base d'aspects spatio-temporels. Nous avons outillé notre contribution et nous l'illustrons à travers une étude de cas réelle de fusion de deux universités. Ensuite, nous montrons à travers cette même étude de cas comment déployer de telles règles dans les composants les plus appropriés en veillant à garantir une architecture ouverte. / In a world where people and objects are increasingly connected and localized, geographic information (GI) is very present in our daily life and its inclusion in the management information systems becomes essential. Individuals and enterprises mobilize increasingly to orient themselves in space, access to various statistical data georeferenced, plan travel...Current developments on mobile systems, for example, involve a space-time dimension, often reserved for geographic information systems (GIS). Therefore, many software systems are required to maintain a very close relationship and precise with the real world to open up new fields of application such as smart cities, factories of the future or a new generation of logistics systems.The magnitude of this change is major since in terms of data, at least 80% are concerned (http://www.esrifrance.fr/sig1.aspx). However, an analyst often faces difficulties in capturing requirements in general, necessitating an organized and systematic approach. It is in this context that we direct our study to the field of requirements engineering (RE) to better build an argument that takes into account the space-time dimension. This is a key step in the development of such requirements in a management information system development project.The proposed framework includes contributions in the fields of RE and geomatics. In this sense, we have particularly caught the KAOS method that offers a goal oriented requirements engineering approach and equipped with a software named "Objectiver".First, we propose an extension of the KAOS methodology in the space-time dimension. KAOS already answered the questions of "WHY", the "HOW", the "WHAT" and the "WHO". We approach our research specifically, the issues of "WHEN" and "WHERE". We use this for two lines of research : one explores the duality between space and time dimensions in order to transpose the spatial dimension of requirements engineering techniques already defined. On the other hand, we consider notations widely used in GIS, and to integrate them in primitive requirements engineering and thus facilitate the capture of space-time requirements. We made a prototype using the tool "Objectiver". However, the results presented are applicable to other methods and tools.To push as much as possible the performance of an existing system, we propose as a second step, to examine more specifically the open integration strategies and operating bricks started in data and/or services to meet geomatics to identified needs. We believe the users of these information systems must be able to integrate space-time aspects in their management rules or business rules.This raises the question "how to identify the space-time aspects of business rules by a RE process ?" Which brings us to reflect on the construction of a management information system that is capable of separating the business view and the system view. We show specifically how business rules can be identified on the basis of space-time aspects. We have equipped our contribution and illustrate through a real case study of merger of two universities. Next, we show through this same case study how to deploy such rules in the most appropriate components ensuring secure an open architecture.

Ce travail présente une étude linguistique des expressions d'opinions issues de différentes sources dans des textes en espagnol. Le travail comprend la définition d'un modèle pour les prédicats d'opinion et leurs arguments (la source, le sujet et le message), la création d'un lexique de prédicats d'opinions auxquels sont associées des informations provenant du modèle et la réalisation de trois systèmes informatiques.Le premier système, basé sur des règles contextuelles, obtient de bons résultats pour le score de F-mesure partielle: prédicat, 92%; source, 81%; sujet, 75%; message, 89%, opinion, 85%. En outre, l'identification de la source donne une valeur de 79% de F-mesure exacte. Le deuxième système, basé sur le modèle Conditional Random Fields (CRF), a été développé uniquement pour l'identification des sources, donnant une valeur de 76% de F-mesure exacte. Le troisième système, qui combine les deux techniques (règles et CRF), donne une valeur de 83% de F-mesure exacte, montrant ainsi que la combinaison permet d'obtenir des résultats intéressants.En ce qui concerne l'identification des sources, notre système, comparé à des travaux réalisés sur des corpus d'autres langues que l'espagnol, donne des résultats très satisfaisants. En effet ces différents travaux obtiennent des scores qui se situent entre 63% et 89,5%.Par ailleurs, en sus des systèmes réalisés pour l'identification de l'opinion, notre travail a débouché sur la construction de plusieurs ressources pour l'espagnol : un lexique de prédicats d'opinions, un corpus de 13000 mots avec des annotations sur les opinions et un corpus de 40000 mots avec des annotations sur les prédicats d'opinion et les sources. / This work presents a study of linguistic expressions of opinion from different sources in Spanish texts. The work includes the definition of a model for opinion predicates and their arguments (source, topic and message), the creation of a lexicon of opinion predicates which have information from the model associated, and the implementation of three systems.The first system, based on contextual rules, gets good results for the F-measure score (partial match): predicate, 92%; source, 81%; topic, 75%; message, 89%; full opinion, 85%. In addition, for source identification the F-measure for exact match is 79%. The second system, based on Conditional Random Fields (CRF), was developed only for the identification of sources, giving 76% of F-measure (exact match). The third system, which combines the two techniques (rules and CRF), gives a value of 83% of F-measure (exact match), showing that the combination yields interesting results.As regards the identification of sources, our system compared to other work developed for languages ​other than Spanish, gives very satisfactory results. Indeed these works had scores that fall between 63% and 89.5%.Moreover, in addition to the systems made for the identification of opinions, our work has led to the construction of several resources for Spanish: a lexicon of opinion predicates, a 13,000 words corpus with opinions annotated and a 40,000 words corpus with opinion predicates end sources annotated.

L'objectif de cette thèse est de proposer une méthodologie statistique permettant de formuler une règle de classement capable de surmonter les difficultés qui se présentent dans le traitement des données lorsque la distribution a priori de la variable réponse est déséquilibrée. Notre proposition est construite autour d'un ensemble particulier de règles d'association appelées "class association rules". Dans le chapitre II, nous avons exposé les bases théoriques qui sous-tendent la méthode. Nous avons utilisé les indicateurs de performance usuels existant dans la littérature pour évaluer un classifieur. A chaque règle "class association rule" est associée un classifieur faible engendré par l'antécédent de la règle que nous appelons profils. L'idée de la méthode est alors de combiner un nombre réduit de classifieurs faibles pour constituer une règle de classement performante. Dans le chapitre III, nous avons développé les différentes étapes de la procédure d'apprentissage statistique lorsque les observations sont indépendantes et identiquement distribuées. On distingue trois grandes étapes: (1) une étape de génération d'un ensemble initial de profils, (2) une étape d'élagage de profils redondants et (3) une étape de sélection d'un ensemble optimal de profils. Pour la première étape, nous avons utilisé l'algorithme "apriori" reconnu comme l'un des algorithmes de base pour l'exploration des règles d'association. Pour la deuxième étape, nous avons proposé un test stochastique. Et pour la dernière étape un test asymptotique est effectué sur le rapport des valeurs prédictives positives des classifieurs lorsque les profils générateurs respectifs sont emboîtés. Il en résulte un ensemble réduit et optimal de profils dont la combinaison produit une règle de classement performante. Dans le chapitre IV, nous avons proposé une extension de la méthode d'apprentissage statistique lorsque les observations ne sont pas identiquement distribuées. Il s'agit précisément d'adapter la procédure de sélection de l'ensemble optimal lorsque les données ne sont pas identiquement distribuées. L'idée générale consiste à faire une estimation bayésienne de toutes les valeurs prédictives positives des classifieurs faibles. Par la suite, à l'aide du facteur de Bayes, on effectue un test d'hypothèse sur le rapport des valeurs prédictives positives lorsque les profils sont emboîtés. Dans le chapitre V, nous avons appliqué la méthodologie mise en place dans les chapitres précédents aux données du projet QUARITE concernant la mortalité maternelle au Sénégal et au Mali. / The aim of this thesis is to design a supervised statistical learning methodology that can overcome the weakness of standard methods when the prior distribution of the response variable is unbalanced. The proposed methodology is built using class association rules. Chapter II deals with theorical basis of statistical learning method by relating various classifiers performance metrics with class association rules. Since the classifier corresponding to a class association rules is a weak classifer, we propose to select a small number of such weak classifiers and to combine them in the aim to build an efficient classifier. In Chapter III, we develop the different steps of the statistical learning method when observations are independent and identically distributed. There are three main steps: In the first step, an initial set of patterns correlated with the target class is generated using "apriori" algorithm. In the second step, we propose a hypothesis test to prune redondant patterns. In the third step, an hypothesis test is performed based on the ratio of the positive predictive values of the classifiers when respective generating patterns are nested. This results in a reduced and optimal set of patterns whose combination provides an efficient classifier. In Chapter IV, we extend the classification method that we proposed in Chapter III in order to handle the case where observations are not identically distributed. The aim being here to adapt the procedure for selecting the optimal set of patterns when data are grouped data. In this setting we compute the estimation of the positive predictive values as the mean of the posterior distribution of the target class probability by using empirical Bayes method. Thereafter, using Bayes factor, a hypothesis test based on the ratio of the positive predictive values is carried out when patterns are nested. Chapter V is devoted to the application of the proposed methodology to process a real world dataset. We studied the QUARITE project dataset on maternal mortality in Senegal and Mali in order to provide a decision making tree that health care professionals can refer to when managing patients delivering in their health facilities.

La maîtrise du rendement d’un site de fabrication et l’identification rapide des causes de perte de qualité restent un défi quotidien pour les industriels, qui font face à une concurrence continue. Dans ce cadre, cette thèse a pour ambition de proposer une démarche d’analyse permettant l’identification rapide de l’origine d’un défaut, à travers l’exploitation d’un maximum des données disponibles grâce aux outils de contrôle qualité, tel que la FDC, la métrologie, les tests paramétriques PT, et le tri électriques EWS. Nous avons proposé une nouvelle méthode hybride de fouille de données, nommée CLARIF, qui combine trois méthodes de fouille de données à savoir, le clustering, les règles d’association et l’induction d’arbres de décision. Cette méthode se base sur la génération non supervisée d’un ensemble de modes de production potentiellement problématiques, qui sont caractérisés par des conditions particulières de production. Elle permet, donc, une analyse qui descend au niveau des paramètres de fonctionnement des équipements. L’originalité de la méthode consiste dans (1) une étape de prétraitement pour l’identification de motifs spatiaux à partir des données de contrôle, (2) la génération non supervisée de modes de production candidats pour expliquer le défaut. Nous optimisons la génération des règles d’association à travers la proposition de l’algorithme ARCI, qui est une adaptation du célèbre algorithme de fouille de règles d’association, APRIORI, afin de permettre d’intégrer les contraintes spécifiques à la problématique de CLARIF, et des indicateurs de qualité de filtrage des règles à identifier, à savoir la confiance, la contribution et la complexité. Finalement, nous avons défini un processus d’Extraction de Connaissances à partir des Données, ECD permettant de guider l’utilisateur dans l’application de CLARIF pour expliquer une perte de qualité locale ou globale. / Controlling the performance of a manufacturing site and the rapid identification of quality loss causes remain a daily challenge for manufacturers, who face continuing competition. In this context, this thesis aims to provide an analytical approach for the rapid identification of defect origins, by exploring data available thanks to different quality control systems, such FDC, metrology, parametric tests PT and the Electrical Wafer Sorting EWS. The proposed method, named CLARIF, combines three complementary data mining techniques namely clustering, association rules and decision trees induction. This method is based on unsupervised generation of a set of potentially problematic production modes, which are characterized by specific manufacturing conditions. Thus, we provide an analysis which descends to the level of equipment operating parameters. The originality of this method consists on (1) a pre-treatment step to identify spatial patterns from quality control data, (2) an unsupervised generation of manufacturing modes candidates to explain the quality loss case. We optimize the generation of association rules through the proposed ARCI algorithm, which is an adaptation of the famous association rules mining algorithm, APRIORI to integrate the constraints specific to our issue and filtering quality indicators, namely confidence, contribution and complexity, in order to identify the most interesting rules. Finally, we defined a Knowledge Discovery from Databases process, enabling to guide the user in applying CLARIF to explain both local and global quality loss problems.

L'objectif principal de cette thèse est d'étudier comment la sélection naturelle façonne les traits d'histoire de vie et le comportement des animaux en fonction de l'environnement écologique dans lequel ils évoluent. Ce cadre théorique soulève des hypothèses spécifiques concernant les processus de reproduction, de dispersion et d'approvisionnement chez le parasitoïde Ibalia leucospoides. Les expériences d'écologie comportementale et d'écophysiologie menées sur des parasitoïdes femelles d' Ibalia leucospoides démontrent principalement que (1) la proportion d'oeufs matures que possède la femelle à l'émergence est élevée par rapport à sa fécondité potentielle : I. Leucospoides adopte une stratégie proovigénique ; (2) l'alimentation a un effet négligeable sur les femelles adultes : elle n'influence ni la maturation des oeufs, ni la survie, ni les capacités de vol ; (3) dans nos conditions expérimentales, la capacité de vol dépend des caractéristiques morphologiques du parasitoïde (taille et charge alaire) ; et (4) concernant la recherche d'hôtes, les femelles sont capables de discerner des différences dans la qualité des patchs d'hôtes à distance, sans les échantillonner. D'autre part, le temps d'exploitation d'un patch dépend des informations obtenues des patchs voisins. Le succès reproductif du parasitoïde proovigénique Ibalia leucospoides, n'est pas limité par le manque de nourriture chez l'adulte. La stratégie d'allocation des ressources entre les différentes fonctions biologiques, ainsi que le comportement d'approvisionnement adopté par cette espèce de parasitoïde pourraient vraisemblablement être une réponse aux caractéristiques de l'habitat, telle que la distribution fortement agrégée des Sirex noctilio, l'hôte, ainsi que la disponibilité des ressources (i.e. hôtes et nourriture) / The central aim of this thesis is to explore how natural selection shapes life history traits and behaviuors according to the ecological environment in which an animal exists. This overall framework leads to specific hypotheses concerning the reproductive, dispersal and foraging processes in the parasitoid Ibalia leucospoides. The experiments in behavioural ecology and eco-physiology in female parasitoids of Ibalia leucospoides show as main results, that (1) the proportion of the potential lifetime eggs complement that is mature at female emergence is high; (2) low dependency on adult female feeding, not only for egg maturation but also for survival and flight; (3) under our experimental conditions flight capacity depends on the morphological characteristics of the parasitoid (size and wing loading); and (4) regarding host foraging, females accurately assess differences in host patch quality from a distance without the need of displaying a sampling process; in addition that patch exploitation times depend on the information obtained from the surrounding patches. The reproductive success of I. leucospoides, a proovigenic parasitoid, is not constrained by adult food deprivation. Both the resource allocation strategy toward the different biological functions and the foraging behaviour adopted by this parasitoid species may well be in respond to habitat characteristics, such as a strongly aggregated distribution of Sirex noctilio, the host, as well as to the resources availability (i.e. host and food)

Le succès dans l'utilisation de méthodes exactes d’optimisation combinatoire pour des problèmes de grande taille est encore limité à certains problèmes ou à des classes spécifiques d'instances de problèmes. Une approche alternative consiste soit à utiliser des métaheuristiques ou des matheuristiques qui reposent en partie sur des méthodes exactes. Dans le contexte de l'optimisation combinatoire, nous nous intéressons des heuristiques permettant de choisir les heuristiques appliquées au problème traité. Dans cette thèse, nous nous concentrons sur l'optimisation à l’aide d’hyperheuristiques pour des problèmes logistiques. Nous proposons un cadre hyperheuristique qui effectue une recherche dans l'espace des algorithmes heuristiques et apprend comment changer l'heuristique courante systématiquement tout au long du processus de telle sorte qu'une bonne séquence d'heuristiques permet d’obtenir des solutions de haute qualité. Nous étudions plus particulièrement deux problèmes en logistique pour lesquels nous proposons des HHs: un problème de planification d’interventions sur des puits de forage et un problème conjoint de localisation de hubs et de routage. Ensuite, nous comparons les performances de plusieurs HH décrites dans la littérature pour le second problème abordé reposant sur différentes méthodes de sélection heuristique telles que la sélection aléatoire, la fonction de choix, une approche de Q-Learning et un algorithme de colonie de fourmis. Les résultats numériques prouvent l'efficacité de HHs pour les deux problèmes traités, et la pertinence d'inclure l'information venant d’une relaxation de Lagrangienne pour le deuxième problème. / Success in using exact methods for large scale combinatorial optimization is still limited to certain problems or to specific classes of instances of problems. The alternative way is either using metaheuristics or matheuristics that rely on exact methods in some ways. In the context of combinatorial optimization, we are interested in heuristics to choose heuristics invoked to solve the addressed problem. In this thesis, we focus on hyperheuristic optimization in logistic problems. We focus on proposing a hyperheuristic framework that carries out a search in the space of heuristic algorithms and learns how to change the incumbent heuristic in a systematic way along the process in such a way that a good sequence of heuristics produces high quality solutions. We propose HHs for two problems in logistics: the workover rig scheduling problem and the hub location routing problem. Then, we compare the performances of several HHs described in the literature for the latter problem, which embed different heuristic selection methods such as a random selection, a choice function, a Q-Learning approach, and an ant colony based algorithm. The computational results prove the efficiency of HHs for the two problems in hand, and the relevance of including Lagrangian relaxation information for the second problem.

Étant une représentation formelle et explicite des connaissances d'un domaine, les ontologies font régulièrement l'objet de nombreux changements et ont ainsi besoin d'être constamment adaptées pour notamment pouvoir être réutilisées et répondre aux nouveaux besoins. Leur réutilisation peut prendre différentes formes (évolution, alignement, fusion, etc.), et présente plusieurs verrous scientifiques. L'un des plus importants est la préservation de la consistance de l'ontologie lors de son changement. Afin d'y répondre, nous nous intéressons dans cette thèse à étudier les changements ontologiques et proposons un cadre formel capable de faire évoluer et de fusionner des ontologies sans affecter leur consistance. Premièrement, nous proposons TGGOnto (Typed Graph Grammars for Ontologies), un nouveau formalisme permettant la représentation des ontologies et leurs changements par les grammaires de graphes typés. Un couplage entre ces deux formalismes est défini afin de profiter des concepts des grammaires de graphes, notamment les NAC (Negative Application Conditions), pour la préservation de la consistance de l'ontologie adaptée.Deuxièmement, nous proposons EvOGG (Evolving Ontologies with Graph Grammars), une approche d'évolution d'ontologies qui se base sur le formalisme GGTOnto et traite les inconsistances d'une manière a priori. Nous nous intéressons aux ontologies OWL et nous traitons à la fois : (1) l'enrichissement d'ontologies en étudiant leur niveau structurel et (2) le peuplement d'ontologies en étudiant les changements qui affectent les individus et leurs assertions. L'approche EvOGG définit des changements ontologiques de différents types (élémentaires, composées et complexes) et assure leur implémentation par l'approche algébrique de transformation de graphes, SPO (Simple PushOut). Troisièmement, nous proposons GROM (Graph Rewriting for Ontology Merging), une approche de fusion d'ontologies capable d'éviter les redondances de données et de diminuer les conflits dans le résultat de fusion. L'approche proposée se décompose en trois étapes : (1) la recherche de similarité entre concepts en se basant sur des techniques syntaxiques, structurelles et sémantiques ; (2) la fusion d'ontologies par l'approche algébrique SPO ; (3) l'adaptation de l'ontologie globale résultante par le biais des règles de réécriture de graphes.Afin de valider les travaux menés dans cette thèse, nous avons développé plusieurs outils open source basés sur l'outil AGG (Attributed Graph Grammar). Ces outils ont été appliqués sur un ensemble d'ontologies, essentiellement sur celles développées dans le cadre du projet européen CCAlps (Creatives Companies in Alpine Space) qui a financé les travaux de cette thèse. / Ontologies are a formal and explicit knowledge representation. They represent a given domain by their concepts and axioms while creating a consensus between a user community. To satisfy the new requirements of the represented domain, ontologies have to be regularly updated and adapted to maintain their consistency. The adaptation may take different forms (evolution, alignment, merging, etc.), and represents several scientific challenges. One of the most important is to preserve the consistency of the ontology during the changes. To address this issue, we are interested in this thesis to study the ontology changes and we propose a formal framework that can evolve and merge ontologies without affecting their consistency.First we propose TGGOnto (Typed Graph Grammars for Ontologies), a new formalism for the representation of ontologies and their changes using typed graph grammars (TGG). A coupling between ontologies and TGG is defined in order to take advantage of the graph grammars concepts, such as the NAC (Negative Application Conditions), in preserving the adapted ontology consistency. Second, we propose EvOGG (Evolving Ontologies with Graph Grammars), an ontology evolution approach that is based on the TGGOnto formalism that avoids inconsistencies using an a priori approach. We focus on OWL ontologies and we address both : (1) ontology enrichment by studying their structural level and (2) ontology population by studying the changes affecting individuals and their assertions. EvOGG approach defines different types of ontology changes (elementary, composite and complex) and ensures their implementation by the algebraic approach of graph transformation, SPO (Single pushout).Third, we propose GROM (Graph Rewriting for Ontology Merging), an ontologies merging approach that avoids data redundancy and reduces conflict in the merged result. The proposed approach consists of three steps: (1) the similarity search between concepts based on syntactic, structural and semantic techniques; (2) the ontologies merging by the algebraic approach SPO; (3) the global ontology adaptation with graph rewriting rules.To validate our proposals, we have developed several open source tools based on AGG (Attributed Graph Grammar) tool. These tools were applied to a set of ontologies, mainly on those developed in the frame of the CCAlps (Creatives Companies in Alpine Space) European project, which funded this thesis work.

Cette thèse présente: 1) le développement d'une nouvelle approche pour trouver des associations directes entre des paires d'éléments liés indirectement à travers diverses caractéristiques communes, 2) l'utilisation de cette approche pour associer directement des fonctions biologiques aux domaines protéiques (ECDomainMiner et GODomainMiner) et pour découvrir des interactions domaine-domaine, et enfin 3) l'extension de cette approche pour annoter de manière complète à partir des domaines les structures et les séquences des protéines. Au total, 20 728 et 20 318 associations EC-Pfam et GO-Pfam non redondantes ont été découvertes, avec des F-mesures de plus de 0,95 par rapport à un ensemble de référence Gold Standard extrait d'une source d'associations connues (InterPro). Par rapport à environ 1500 associations déterminées manuellement dans InterPro, ECDomainMiner et GODomainMiner produisent une augmentation de 13 fois le nombre d'associations EC-Pfam et GO-Pfam disponibles. Ces associations domaine-fonction sont ensuite utilisées pour annoter des milliers de structures de protéines et des millions de séquences de protéines pour lesquelles leur composition de domaine est connue mais qui manquent actuellement d'annotations fonctionnelles. En utilisant des associations de domaines ayant acquis des annotations fonctionnelles inférées, et en tenant compte des informations de taxonomie, des milliers de règles d'annotation ont été générées automatiquement. Ensuite, ces règles ont été utilisées pour annoter des séquences de protéines dans la base de données TrEMBL / This thesis presents: 1) the development of a novel approach to find direct associations between pairs of elements linked indirectly through various common features, 2) the use of this approach to directly associate biological functions to protein domains (ECDomainMiner and GODomainMiner), and to discover domain-domain interactions, and finally 3) the extension of this approach to comprehensively annotate protein structures and sequences. ECDomainMiner and GODomainMiner are two applications to discover new associations between EC Numbers and GO terms to protein domains, respectively. They find a total of 20,728 and 20,318 non-redundant EC-Pfam and GO-Pfam associations, respectively, with F-measures of more than 0.95 with respect to a “Gold Standard” test set extracted from InterPro. Compared to around 1500 manually curated associations in InterPro, ECDomainMiner and GODomainMiner infer a 13-fold increase in the number of available EC-Pfam and GO-Pfam associations. These function-domain associations are then used to annotate thousands of protein structures and millions of protein sequences for which their domain composition is known but that currently lack experimental functional annotations. Using inferred function-domain associations and considering taxonomy information, thousands of annotation rules have automatically been generated. Then, these rules have been utilized to annotate millions of protein sequences in the TrEMBL database

Ce travail réinterroge la philosophie sociale critique d’Adorno à partir des concepts de règle et de jeu. Il a pour objectif d’exposer la théorie de la société d’Adorno et d’en questionner les fondements. Ces fondements, telle est notre thèse, peuvent être conceptualisés dans un langage propre à la sociologie de l’action si on les reformule en termes de « règles », de « suivi des règles » et de « jeu » – concepts qu’Adorno lui-même utilise afin de décrire le social, plus précisément la société capitaliste dans laquelle il vivait. Le fameux tout « non-vrai », qu’est la société selon Adorno, peut ainsi être compris comme un jeu réglé par lui-même, indépendamment de l’intentionnalité des acteurs. Cette reformulation de la philoso-phie sociale d’Adorno nous permet de la faire dialoguer avec d’autres conceptions du social (Weber, Ha-bermas, Descombes, Searle et le structuralisme) et de montrer à quel point l’objet d’Adorno diffère de celui de Weber, de Habermas et de Searle alors qu’il est commensurable à celui du structuralisme. La méthode pour saisir cet objet, à savoir les règles non intentionnelles qui structurent le jeu social, est celle de Freud (interprétation, lecture symptômale). Adorno, toutefois, se distingue du structuralisme et aussi de Freud en ce qu’il pense pouvoir établir un lien entre société capitaliste et le social réglé comme un jeu inaccessible aux acteurs : ce jeu est non seulement l’objet de recherche d’Adorno mais aussi l’objet de sa critique. Notre travail s’emploie à étayer la possibilité de cette critique qui ne vise rien de moins que les conditions de possibilité du vivre en commun telles qu’elles ont été établies par la philosophie sociale structuraliste ainsi que par Freud : des règles à effet inconscient qui font en sorte que tous les acteurs ne réalisent ou ne di-sent pas les mêmes significations font l’objet de la critique adornienne. Critiquer ces règles implique de montrer qu’une critique de l’institution verticale des sujets est possible sans détruire ni poser comme abso-lu la subjectivité elle-même. Cette critique devient envisageable à partir du moment où l’on examine la pratique qui est incluse dans le suivi aveugle de la règle : au sein de cette « fausse » pratique – qu’Adorno appelle la pratique d’identification – se dégage une pratique autre qui met en question la soumission aveugle à la règle. Cette pratique critique est également appelée « jeu ». Notre travail se conclut sur l’exposition de cette pratique et de son potentiel critique au sein du jeu qu’est la société capitaliste. / This work reexamines the social critical philosophy of Adorno, starting form the concepts of rule and of game. It aims to expose the social theory of Adorno and to question its foundations. These foundations can be conceptualized in a language specific to the sociology of action if they are rephrased in terms of rules, rule-following and game; concepts which Adorno himself uses to describe the social, spe-cifically the capitalist society in which he lived. The famous all "non-true" which society is according to Adorno, can be understood as a game working in itself, regardless of the intentionality of the actors. This rephrasing of the social philosophy of Adorno allows us to dialogue with the other approaches of the social (Weber, Habermas, Descombes, Searle and the structuralism) and to show how the object of Adorno differs from that of Weber, Habermas and Searle, how it is commensurable with that of structuralism. The Method to seize the object, i.e. the rules that structure the unintentional social game, is the method of Freud (interpretation, symptomatic reading). Adorno, however, differs from structuralism and also from Freud’s conception of the social because he thinks that he can establish a link between capitalist society and the social regulated as a game inaccessible to players: for Adorno this game is not only the object of research but also the object of his criticism. Our work goes on to justify the possibility of such criticism that targets nothing less than the conditions of possibility of common living. What was established by structur-alist social philosophy as well as by Freud is the subject of criticism of Adorno: rules whose effects are unconscious, which ensure that all players do not realize or do not say the same meanings. To criticize these rules implies showing that the critique of vertical instituted subjects is possible without destroying subjec-tivity nor positing it as absolute. This criticism becomes possible from the moment you look at the prac-tice included in the blind following of the rule which is the "wrong" practice - Adorno calls this practice of identification ; the right practice included in practice of identification challenges the blind submission to

La dynamique semi-classique d'un opérateur pseudo-différentiel sur une variété est l'analogue quantique du flot classique de son symbole principal sur la variété . Cette dynamique semi-classique est décrite par l'équation de Schrödinger de l'opérateur ; alors que le flot classique hamiltonien est, lui, donné par les équations d'Hamilton associées a la fonction . Le spectre de l'opérateur pseudo-différentiel permet donc de pouvoir décrire les solutions générales en fonction du temps de l'équation de Schrödinger associée. Le comportement en temps long de la dynamique semi-classique donnée par ces solutions reste cependant sur bien des points mystérieux. La dynamique semi-classique dépend donc directement du spectre de l'opérateur et aussi par conséquent de la géométrie sous jacente dans induite par la fonction symbole classique . Dans cette thèse, on décrit d'abord la dynamique semi-classique en temps long dans le cas de la dimension 1 avec une fonction symbole n'ayant pas de singularité ou bien avec une singularité non-dégénérée de type elliptique : le feuilletage dans de est alors elliptique. Les règles de Bohr-Sommerfeld régulières fournissent alors le spectre d'un tel opérateur. On traite aussi le cas de la dimension 2 qui nous amène à quelques discussions de théorie de nombres. Pour finir, on s'intéresse au cas d'un opérateur pseudo-différentiel avec une singularité non-dégénérée de type hyperbolique : le feuilletage dans de est alors un ”huit hyperbolique ” (modèle difféomorphe au Schrödinger avec un potentiel double puits).