Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Lors de la vie, des mécanismes de réparation de l’ADN sont mis en oeuvre lors d’agressions, pour protéger le génome. La réparation par excision de nucléotides (NER) est l’un de ces mécanismes. Des mutations des facteurs NER sont à l’origine de 3 maladies génétiques humaines: Xeroderma pigmentosum (XP), la trichothiodystrophie (TTD) et le syndrome de Cockayne (CS). Certains de leurs signes cliniques ne sont pas expliqués par un défaut de réparation de l’ADN. Des études suggèrent que ces facteurs interviennent dans d’autres processus, notamment lors de l’expression des gènes. Durant ma thèse, je me suis intéressé aux rôles des facteurs NER dans la transcription. En effet, j’ai montré que ces facteurs, dit de réparation, étaient recrutés avec la machinerie transcriptionnelle au niveau du promoteur et du terminateur de gènes activés. Ils influencent l’environnement chromatinien des gènes activés (boucles de chromatine et modifications post-­‐ traductionnelles des histones). Ma thèse apporte une meilleure compréhension du processus de transcription des gènes activés, permettant de mieux comprendre certaines anomalies associées aux yndromes XP, CS et TTD. / Throughout life, the mechanisms of DNA repair are implemented in attacks to protect the integrity of our DNA. The nucleotide excision repair (NER) is one of these mechanisms. Mutations targeting genes of NER factors (XPA-­‐G, TTD-­‐A, CSA and CSB) are responsible for three human genetic diseases : Xeroderma pigmentosum (XP), trichothiodystrophy (TTD) and Cockayne syndrome (CS). Some of them clinical features cannot be explained by a defect in DNA repair only. Previous studies suggest that these factors could be involved in other functions, including gene expression. In my thesis, I am interested in the roles of NER factors during the transcription process. Indeed, we have shown that these “repair” factors, were recruited with the transcription al machinery at the promoter and terminator of activated genes during transcription. They influence the chromatin environment of activated genes (chromatin loops and post-­‐translational modifications of histones).My thesis provides a better understanding of the transcription process of activated genes and allows a better understanding of some syndromes associated with XP, CS and TTD.

Le domaine de la réparation et de la réhabilitation des ouvrages en béton armé est en pleine évolution. En effet, la plupart des ouvrages en béton armé, en particulier les structures marines, ont plus de 40 ans et beaucoup d’entre eux nécessitent des travaux de maintenance et de réparation vu leur état de dégradation. La corrosion des armatures occupe le premier rang des dégradations causant ainsi des désordres dans le béton jusqu'à la ruine partielle de l’ouvrage. Le coût engendré par ces réparations représente de grands enjeux économiques pour les maitres d’ouvrages. D’après la norme européenne EN 1504, il existe de nombreuses méthodes de réparation pour les ouvrages en béton armé (« produit et système pour la protection et la réparation des structures en béton »). Parmi lesquelles figure la réparation par mortiers, méthode choisie dans le cadre de ce projet de thèse. L’objectif principal de ce travail est de réaliser une analyse performantielle sur des mortiers de réparation industriels et de proposer un meilleur choix quant à l’utilisation de ces matériaux dans un milieu marin. Huit mortiers de réparation disponibles dans l'industrie ont été sélectionnés pour cette étude. Dans un premier temps, la formulation de ces mortiers a été estimée par la recherche des proportions de leurs constituants. Dans un deuxième temps, la quantification de leurs indicateurs de durabilité a été réalisée. Dans un troisième temps, l'objectif a été de quantifier leurs performances par des essais expérimentaux de corrosion accélérée sur des éprouvettes de béton armé réparé par ces mortiers. La méthode utilisée est la Spectroscopie d'Impédance Electrochimique. Enfin, une simulation de la pénétration des ions chlorures dans les mortiers de réparation a été réalisée, moyennant un modèle développé au laboratoire qui se base sur l’équation de Nernst-Planck. / The repair and rehabilitation domain of concrete structures is continuesly evolving. In fact, most of reinforced concrete structures, especially marine structures are more than 40 years old, many of them require maintenance and repair due to all the damage they are facing. Corrosion is the main cause of damage leading to disorders inconcrete until the partial destruction of the structure. The cost of those repairs represent large economic stakes for the constructors who need to find solutions and appropriate methods of repair. According to the European standard EN 1504, there are many methods of repair for reinforced concrete structures ("products and systems for the protection and repair of concrete structures"). Which include the mortars repair method chosen in the context of this thesis project. The main objective is to achieve a performance-analysis on industrial repair mortars and offer a better choice for the use of these materials in a marine environment. For this study, eight repair mortars available in the industry were selected. As a starting point, the formulation of these mortars was estimated by finding the constituents proportion. In the second step, the quantification of their sustainability indicators has been achieved. In the third step, the objective was to quantify their performance through accelerated corrosion experimental tests on concrete samples repaired by these mortars. The method used is Electrochemical Impedance Spectroscopy. Finally, a simulation of the chloride ions penetration in repair mortars was carried out, with a model developed in the laboratory based on the Nernst-Planck equation.

Ce travail traite la problématique des séquelles l’esclavage dans le contexte mauricien. Depuis les premiers mois de l’indépendance en mars 1968 jusqu'à nos jours, il y a eu un mouvement militant en faveur des descendants d’esclaves. Le crime de l’esclavage a laissé des préjudices et dommages sont encore visibles dans la République de l’Île Maurice. Ce travail contient deux objectifs. D’abord il démontre que le cas mauricien peut servir de modèle de comparaison où l’esclavage a été pratiqué car il y a eu plusieurs réalisations rendant possibles la réparation pour crime de l’esclavage. Ces réalisations mauriciennes sont les suivantes : • Un jour férié est décrété pour commémorer l’abolition de l’esclavage chaque 1er février ; • Une Commission Vérité et Justice a été instituée en 2009 pour faire un constat de l’héritage laissé par le système esclavagiste et l’engagisme jusqu'à ce jour. En novembre 2011, la Commission a soumis un rapport de 4 volumes confirmant que les descendants d’esclaves subissent encore les préjudices et dommages causés par le système de l’esclavage dans la République de l’Île Maurice. La Commission a fait état de plusieurs secteurs démontrant effectivement que l’héritage esclavagiste est toujours d’actualité. De plus la Commission a émis 290 recommandations pour pallier ces préjudices et dommages. • L’assemblée nationale mauricienne en 2003 a voté une motion privée décrétant l’esclavage et l’engagisme comme crimes contre l’humanité. • En 2008, la montagne du Morne lieu de refuge des esclaves marrons a été inscrit comme paysage culturel par le Nations Unies. Le deuxième objectif est de faire des propositions pour pouvoir réparer les préjudices et dommages causés par le système de l’esclavage. La réparation est possible dans la mesure qu’elle n’a pas une application uniquement légale. / This research deals with the issue of the consequences of the crime slavery in the Mauritian context. Since the first months of independence in March 1968 to date, there has been a movement seeking reparations for the descendants of slaves as its aftermath of slavery is still visible. This work contains two objectives. First, it shows that the case of Mauritius can serve as a model of comparison where slavery was practised because there have been several achievements making possible reparation for the crime of slavery. These Mauritian achievements are as follows: • A public holiday is decreed to commemorate the abolition of slavery every February 1st; • A Truth and Justice Commission was instituted in 2009 to confirm the legacy left by the slave system and its impact to date. In November 2011, the Commission submitted a 4-volume report confirming that the descendants of slaves still suffer the damage caused by the slavery system in the Republic of Mauritius. The Commission has reported several areas that effectively demonstrate that the slave system legacy is still relevant. In addition, the Commission issued 290 recommendations to mitigate these damages. • The Mauritian National Assembly in 2003 passed a private motion declaring slavery and committing as crimes against humanity. • In 2008, Morne Mountain, a place of refuge for escaped slaves, was inscribed as a cultural landscape by the United Nations. The second objective is to make proposals to repair the damage caused by the system of slavery. Reparation is possible as it does not only involve legal implications.

La popularité des smartphones engendre un nombre croissant d’applications mobiles qui sont publiées dans des magasins officiels d’applications. En fait, des études antérieures ont démontré que les utilisateurs d'applications sont intolérants à des problèmes de qualité (e.g., des arrêts inopinés). Les utilisateurs qui rencontrent des problèmes désinstallent fréquemment les applications et se dirigent vers des applications concurrentes. Par conséquent, détecter et prévenir rapidement des problèmes dans les applications est crucial pour rester compétitif sur le marché. Même si les développeurs testent les applications avant le déploiement, de nombreux bugs peuvent encore apparaitre dans la nature. Le grand défi qui demeure est que l'environnement reste hors du contrôle des développeurs d'applications. Plus précisément, l'écosystème mobile est confronté à une rapide évolution des plate-formes mobile, une forte fragmentation des équipements, et une grande diversité des contextes d'exécution. Cette thèse présente donc une nouvelle génération de magasins d’applications mobiles qui exploite des données collectées sur les applications, les appareils et les utilisateurs afin d'augmenter la qualité globale des applications mobiles publiées en ligne. Cette nouvelle génération de magasins d'applications peut exploiter l’intelligence collective pour obtenir des feedbacks pratiques à partir de les données retournées par les utilisateurs. Ces feedbacks concrets aident les développeurs d'applications à traiter les erreurs et les menaces potentielles qui affectent leurs applications avant la publication ou même lorsque les applications sont dans les mains des utilisateurs finaux. / The popularity of smartphones is leading to an ever growing number of mobile apps that are published in official app stores. In fact, previous studies have demonstrated that app users are intolerant to quality issues (e.g., crashes). Users who encounter issues frequently uninstall apps and move to alternative apps. Hence, quickly detecting and preventing issues is crucial for staying competitive in the market. Although developers use emulators and test apps before deployment, many bugs emerge in the wild. Developing apps which run without errors along time remains a primary concern for app developers. The big challenge is that the environment is out of the app developers’ control. More specifically, the mobile ecosystem faces rapid platform evolution, high device fragmentation, and high diversity of execution contexts. This thesis introduces a new generation of app stores which exploit crowdsourced information about apps, devices and users to increase the overall quality of the delivered mobile apps. We claim that app stores can exploit the wisdom of the crowd to distill actionable insights from the feedback returned by the crowds. These actionable insights assist app developers to deal with potential errors and threats that affect their apps prior to publication or even when the apps are in the hands of end-users.

Une recherche active se consacre depuis trente ans au développement de matériaux auto-réparants capables de sentir un dommage et d'y répondre de façon autonome afin de restaurer leurs propriétés d'origine. Nous nous sommes intéressés à l'auto-réparation remarquable d'élastomères supramoléculaires formés par un réseau d'oligomères associés via des liaisons hydrogènes faibles et réversibles. Pour cela, une approche expérimentale a été mise au point afin de caractériser quantitativement l'adhésion entre deux surfaces d'élastomère et notamment de comparer l'auto-adhésion de surfaces vieillies proches de l'équilibre thermodynamique et l'auto-réparation de surfaces de fracture hors-équilibres. Sur une large plage de temps de contact allant de 1s à 17h, nous trouvons que la séparation de surfaces de fracture remises en contact requiert une énergie de près d'un ordre de grandeur supérieure à celle pour des surfaces vieillies. En combinant ces essais à des traitements thermiques, nous avons vérifié qu'un recuit des surfaces de fracture accélère la perte de leur pouvoir autoréparant. Ces résultats suggèrent fortement que cette désactivation est gouvernée par les mécanismes de reconstruction des surfaces hors-équilibre et que la contamination n'intervient pas significativement. Plus généralement, la mesure des intensités et cinétiques de réparation et de désactivation apportent des éléments nouveaux pour comprendre les mécanismes moléculaires en jeu dans l'auto-réparation de ces matériaux. Dans une dernière partie, notre approche a été utilisée pour caractériser l'auto-adhésion de réseaux époxy hybrides combinant réticulation covalente et liaisons supramoléculaires.

En phase somatique, plusieurs mécanismes de réparations de l'ADNinterviennent pour réparer les cassures double brin (CDB) de l'ADN. Enphase méiotique, les CDB de l'ADN engendrées de façon programmées parSpo11 sont réparées par la recombinaison homologue (RH) dont les acteursprincipaux sont Rad51 et Dmc1 aidés de Brca2. Chez Arabidopsis, en absencede Brca2, le déroulement méiotique est perturbé, les chromosomes nes'associent pas en bivalents, ils apparaissent emmêlés. Ainsi, en absencede Brca2, la recombinaison homologue pourrait ne plus être fonctionnelleet les anomalies chromosomiques observées pourraient être le résultat deréparations aberrantes des CDB de l'ADN effectuée par d'autres mécanismesde réparation de l'ADN. Nous avons montrés, chez Arabidopsis, que le Nonhomologous End Joining (NHEJ) et/ou le Single Strand Annealing (SSA),mécanismes de réparation des CDB de l'ADN en phase somatique,n'intervenaient pas en phase méiotique dans la formation des anomaliesobservées en absence de Brca2. Toujours dans l'hypothèse où ces figuresméiotiques soient le résultat de liaisons covalentes, nous avons regardési les ADN-ligases ne pourraient pas être impliquées. Ainsi, nous avons pumontrer que la Ligase 6, ADN-ligase spécifique des plantes, n'avait pas derôle dans les anomalies chromosomiques observées en méiose en absence deBrca2. D'ailleurs la Ligase 6 ne semble pas non plus intervenir dans lesfigures chromosomiques observées chez les mutants rad51 et mnd1. Le rôlede la Ligase 6 n'ayant pas été déterminé lorsque nous avons démarré cetravail, nous avons voulu identifier son le rôle en étudiant le mutantcorrespondant. Le mutant ligase 6 ne présente pas de sensibilité auxstress génotoxiques utilisés ce qui indique que la Ligase 6 ne semble pasintervenir dans la réparation de l'ADN. La mutation dans le gène LIGASE Iest létal à l'état homozygote, de plus nous avons pu observer uneségrégation anormale chez l'hétérozygote mutant pour le gène LIGASE I. Lalétalité du mutant ligase I a été contournée par l'utilisation d'unsystème ARNi pour éteindre l'expression du gène LIGASE I uniquement enméiose. Cependant, l'implication de la Ligase I, dans les anomaliesméiotiques observées en absence de Brca2 n'a pas pu être déterminée.Enfin, nous avons confirmé que, chez Arabidopsis, Xrcc4 avait un rôle dansle NHEJ via son interaction avec la Ligase IV et via la sensibilité dumutant xrcc4 à différents stress génotoxiques. En revanche, Xrcc4-like nesemble pas interagir avec les acteurs du complexe de ligation du NHEJ etle mutant ne présente pas de sensibilité aux stress génotoxique, indiquantque cette protéine n'est pas impliquée dans le NHEJ et plus généralementdans les mécanismes de réparation de l'ADN.

L'ambition de cette thèse est de contribuer à la caractérisation de la qualité des réparations des structures composites primaires en carbone par collage structural en s'appuyant pour cela sur la technique de la Thermographie InfraRouge (TIR). Le caractère ténu de la différence de comportement entre les parties constitutives de l'assemblage réparé (parent et patch en carbone-époxyde, adhésif époxyde) et donc la difficulté de capter la réponse thermique du joint collé constituent les enjeux principaux de ce travail. A cette fin, une procédure expérimentale de Contrôle Non Destructif (CND) a tout d'abord été spécifiquement mise au point pour cette étude, permettant une modélisation numérique physiquement cohérente du problème thermique ainsi qu'une bonne concordance avec les champs de température mesurés. Le travail propose par ailleurs une piste complémentaire visant à modifier les propriétés thermiques intrinsèques du joint à l'aide d'additifs dont la signature infrarouge permet d'identifier plus nettement des défauts de collage. / This PhD work intends to contribute to the characterization of structural bonded repair quality of primary composite structures using InfraRed Thermography (IRT). Generally, in this case, the parent structure and the repair patch are both made of carbon-epoxy and are linked together by an epoxy adhesive. Such repair configuration then leads to a weak property contrast between the parts of the repaired assembly. Therefore, the non-destructive analysis of the bonding quality remains difficult and represents the very challenging issue of this study. In this way, a new specific Non Destructive Testing (NDT) procedure has been firstly developed that allows physically consistent numerical model of the thermal problem and a good correlation with experimental data. Additionally, it is proposed to use relevant additives that modify the thermal properties of the glue joint in order to improve the detection of bond defects.