Les cassures Double-brin de l'ADN (DSBs) sont une menace majeure pour la stabilité du génome. Afin de se protéger des effets délétères de ces dommages, les cellules activent une voie de réponse aux cassures double-brins (DDR) qui comprend des évènements qui conduisent à la reconnaissance et à la réparation de ces cassures ainsi qu'à un délai du cycle cellulaire. Cette DDR repose largement sur 2 membres de la famille des PI3K-like kinase, ataxia telangiectasia mutated (ATM) et DNA Protein Kinase (DNAPK) dont les fonctions respectives lors de la réparation restent controversées. Grâce à l'utilisation d'une lignée cellulaire contenant l'enzyme de restriction AsiSI combinée à de la cartographie par ChIP-chip, de l'analyse de la réparation de cassures séquence-spécifique ainsi qu'à de la microscopie haute résolution, j'ai pu, au cours de ma thèse mettre en évidence que aussi bien ATM que DNAPK sont recrutées sur une région confinée autour des DSBs. Cependant, une fois recrutées, elles présentent des fonctions non-redondantes que ce soit pour la ligation des cassures ou pour l'établissement des domaines yH2AX. Concernant la réparation, DNAPK est absolument requise pour la ligation des extrémités de la cassure alors que ATM est dispensable mais promeut la fidélité. En revanche, ATM est la principale kinase requise pour l'établissement des domaines yH2AX et ce quelque soit la cassure. J'ai aussi pu mettre en évidence le fait que plusieurs cassures induites par AsiSI sont capables de se regrouper au sein d'un "foyer de réparation" et ce de manière dépendante d'ATM et indépendante de DNAPK. Cette étude éclaircit les rôles respectifs des kinases ATM et DNAPK que ce soit pour la ligation des extrémités ou l'établissement des domaines yH2AX. Enfin elle a permis de mettre en évidence un nouveau rôle d'ATM dans l'organisation spatiale de la réparation et plus précisemment dans le regroupement de plusieurs DSBs au sein de "foyers de réparation" afin d'être réparées. / DNA Double Strand Breaks (DSBs) form a major threat to the genome stability. To circumvent the deleterious effects of DSBs, cells activate the DNA damage response (DDR), which comprises events that lead to detection and repair of these lesions, as well as a delay in cell cycle progression. This DDR largely rely on two members of the PI3K-like kinase family : ataxia telangiectasia mutated (ATM) and DNA Protein Kinase (DNAPK), whose respective functions during the DDR remains controversial. Using a cell line, expressing the AsiSI restriction enzyme, combined with high resolution ChIP-chip mapping, sequence-specific DSB repair kinetics analysis and advanced high resolution microscopy, we uncovered that both ATM and DNA-PK are recruited to a confined region surrounding DSBs. However, once present at the DSB site, they exhibit non-overlapping functions on end-joining and yH2AX domain establishment. At the repair level, DNAPK is absolutely required for end-joining while ATM is dispensable although promoting repair fidelity. By contrast, ATM is the main kinase required for the establishment of the histone mark yH2AX at all breaks. We also clearly demonstrated that multiple AsiSI-induced DSBs are able to associate within "repair foci", in a manner that strictly depends on ATM, but not DNAPK, activity. Our study shed light on the respective roles of ATM and DNAPK regarding end joining and yH2AX domain establishment. Lastly it allowed us to uncover a function of ATM in the spatial organisation of the repair, more precisely in the clustering of multiple breaks within "repair foci" in order to be repaired.

En arbitrage international comme dans la majorité des systèmes de droit, la réparation du dommage est une question essentielle dans la résolution des litiges et implique la détermination d’un dommage réparable et de l’étendue de la réparation, ainsi que l’évaluation de ce dommage. L’arbitrage d’investissement, qui tranche les litiges entre Etats et investisseurs étrangers, personnes privées, est au carrefour entre les droits nationaux et le droit international, entre responsabilité contractuelle et responsabilité internationale des Etats, entre droit commercial et droit public, et reflète ainsi l’ensemble des problématiques récurrentes soulevées par la réparation du dommage. La publicité fréquente des sentences rendues en la matière permet d’analyser les solutions qu’y apportent les tribunaux arbitraux, révélant l’existence d’une réelle pratique cohérente et développée. L’étude de la jurisprudence arbitrale d’investissement montre une coexistence de questions de fait et de droit, de problématiques juridiques et économiques, tout au long du processus de détermination du dommage et de l’étendue de la réparation, puis de celui de la détermination du montant accordé à la victime. Les exigences juridiques de certitude, prévisibilité et causalité du dommage, de même que les principes de réparation intégrale et adéquate, sont influencés de manière significative par des considérations économiques et d’équité. Dans le mouvement inverse, les règles financières qui sont appliquées par les arbitres pour l’évaluation du dommage, indépendamment du droit applicable, sont de plus en plus juridicisées. Identifier ce corps de règles applicables à la réparation du dommage et l’application qui en est faite dans l’arbitrage d’investissement constitue une clarification nécessaire pour permettre aux acteurs internationaux de connaître l’étendue de leurs droits et obligations. / In international arbitration, as in most legal systems, compensation of damage is a key part of dispute resolution. It is a threefold process: the arbitral tribunal decides on compensable damage, then on the extent of compensation, and finally, evaluates damage. Investment arbitration, which settles disputes between states and foreign investors - private entities - is at the crossroads between national and international law, between contractual liability and international state liability, between commercial and public law, thus covering the wide scope of issues raised by compensation of damage. The awards given in this field are often made public, allowing for an analysis of the – thoroughly consistent – solutions brought forward by arbitral tribunals. This study shows how, throughout the process of compensation of damage, questions of fact and law as well as legal and economic issues are raised. The legal requirements of certainty, foreseeability and remoteness of damage are significantly impacted by the economic context and by the notion of fairness. Conversely, the financial rules applied throughout the process of damage evaluation, without taking into account applicable law, are increasingly governed by law. Identifying the corpus of rules that are applied throughout the process of compensation of damage, and studying the way these rules are applied in investment arbitration therefore represents a useful tool for international bodies seeking to understand their own rights and duties.

Les oxydations sur les bases nucléiques constituent l'une des sources principale d'apparition de lésions sur l'ADN, qui peuvent être mutagènes ou létales pour les cellules en l'absence de réparation de l'ADN. La Formamidopyrimidine-ADN glycosylase (Fpg), une enzyme procaryote du système de réparation de l'ADN par excision de base (BER), initie la réparation d'un large panel de lésions de ce type via ses activités ADN glycosylase (excision de la base oxydée) et AP lyase (clivage du site abasique par β,δ-élimination). Nous avons réalisé des études fonctionnelles par des techniques biochimiques et structurales par cristallographie des rayons X afin de préciser la spécificité de substrat et le mécanisme catalytique de Fpg. Ainsi, nous avons pu mettre en évidence des déterminants structuraux permettant à cette enzyme d'accommoder des lésions de tailles très différentes dans son site actif, en l'occurrence des résidus 2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine (FapyG) substitués ou non en N7 par des adduits encombrants. D'autre part, nous avons caractérisé structuralement et fonctionnellement la reconnaissance et l'excision par Fpg d'une lésion pyrimidique, la 5-hydroxy-5-méthyle-hydantoïne (Hyd). Ainsi, nous avons montré que cette lésion appariée à une cytosine était un bon substrat pour l'enzyme, et nous avons précisé structuralement le mode de reconnaissance de l'Hyd par Fpg. D'autre part, nous avons mis en évidence un comportement inattendu de l'enzyme sur ce substrat. En l'occurrence, nous avons montré biochimiquement et structuralement qu'un pontage covalent se formait en quantités non négligeables entre Fpg et l'Hyd dans des conditions physiologiques. Mots clés : Réparation de l'ADN; Réparation par excision de base; Formamidopyrimidine-ADN glycosylase; 2,6- diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine; 7,8-dihydro-8-oxo-guanine; 5-hydroxy-5-méthyle-hydantoïne.

La présente thèse de doctorat examine l’application du droit commun de la responsabilité civile dans le cadre de l’action en réparation collective dans la perspective que ce type d’action aboutisse, en pratique, à une indemnisation effective des victimes des dommages de masse ainsi qu’à une prévention de ce type de dommage tout en conciliant le respect des droits des parties et l’économie des ressources judiciaires.Dans une première partie, après avoir dressé le constat que la loi du 28 mars 2014 (portant insertion d’un titre 2 « De l’action en réparation collective » au livre XVII « Procédures juridictionnelles particulières » du Code de droit économique et portant insertion des définitions propres au livre XVII dans le livre 1er du Code de droit économique) comporte des faiblesses importantes, il est démontré qu’elle se concilie mal avec le droit commun de la responsabilité civile que l’action en réparation collective tend cependant à mettre en œuvre et ce, en particulier, lorsque le tribunal saisi fera le choix du mécanisme de l’option d’exclusion pour composer le groupe. Le droit de la responsabilité civile est en effet fondé sur une approche individualiste. La victime doit établir non seulement une faute, ou plus généralement un fait générateur, mais encore un dommage personnel en relation causale avec cette faute. De plus, il n’a pas été conçu pour répondre à l’hypothèse où les personnes à indemniser sont inconnues au moment où le juge se prononce sur le fond de la demande.D’où l’invitation à s’interroger, dans une deuxième partie, sur la manière dont le droit québécois est parvenu à assurer une coordination de l’action collective avec le droit commun de la responsabilité civile. Le choix du Québec comme point de comparaison s’explique, d’une part, par l’expérience acquise depuis l’entrée en vigueur le 19 janvier 1978 de la loi sur le recours collectif et, d’autre part, par la proximité des droits québécois et belge qui s’inscrivent dans la même tradition civiliste même si le droit québécois entretient également des rapports étroits avec la common law. Sur la base de l’examen de droit comparé et après une analyse au regard du principe constitutionnel d’égalité et de non discrimination, il est proposé, dans une troisième partie, d’ « importer » en droit belge trois « outils » issus du droit québécois pour renforcer l’efficacité du système en place en Belgique. / Doctorat en Sciences juridiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les systèmes canadien et français abordent le dédommagement de la victime dans le procès pénal de façon diamétralement opposée. En droit pénal canadien, le dédommagement de la victime fait partie intégrante de la peine et il s’analyse selon les objectifs de détermination de la peine. En droit pénal français, la victime peut se constituer partie civile devant la juridiction répressive afin d’intenter une action en réparation. Le juge pénal analyse alors cette demande selon les règles de la responsabilité civile. Malgré cette différence fondamentale, l’évolution de la place de la victime dans le procès pénal a suivi une évolution similaire au Canada et en France. En 2015, deux lois concernant les droits des victimes sont adoptées à quelques mois d’intervalle. Au Canada, la Loi sur la Charte des droits des victimes prétend donner à la victime des droits substantiels dans la procédure pénale, notamment un droit au dédommagement. En France, la Loi no 2015-993 du 17 août 2015 regroupe, au titre préliminaire du Code de procédure pénale, les principaux droits de la victime française dans la procédure pénale. Le régime de l’ordonnance de dédommagement prévu au Code criminel peut-il s’inspirer de l’action en réparation en droit français pour améliorer l’accès des victimes au dédommagement ? À la lumière de cette considération, le présent mémoire propose une brève étude de l’évolution historique des deux régimes, en portant une attention particulière à l’impact des récentes réformes sur le droit positif. Il propose également une analyse comparée des conditions d’ouverture, de l’analyse judiciaire et des modalités d’exécution de chacun des régimes, dans l’optique d’identifier des pistes d’amélioration pour élargir le régime de dédommagement canadien.

This project was undertaken to determine the effect of various type of lightweight coarse aggregates (LWCA) on engineering properties, durability, autogenous, drying and restrained shrinkage of SCC made with and with or without lightweight sand (LWS) used for internal curing. Given the mix design of SCC (high volume of paste), high degree of autogenous shrinkage can increase risk of early-age cracking of SCC subjected to restrained shrinkage. Shrinkcage of repair materials can be restrained by existing concrete and reinforcement. The risk of cracking of SCC can be high given the high elastic modulus of the concrete and its lower degree of stress relaxation at early age. With the process of hydration, SCC with low W/B ratio can have high degree of autogenous shrinkage. Lightweight coarse aggregate (LWCA) are water-saturated materials that provide a dispersed source of water within the mass of the concrete located very close to the cement particles. Better cement hydration can be obtained with lower development of self-desiccation. Given the morphology of the aggregate surface, the presence of water in the porous structure of the aggregate, and the compatibility of elastic modulus of LWCA and that of the cement paste, lightweight aggregate can reduce the risk of microcracking at the interfacial transition zone that can be present initially in conventional concrete as well as microcracking that can develop during service life due to repetitive structural loading, cycles of wetting and drying and freezing and thawing. The project was divided into three parts : evaluation of frost durability of SCC made with various types of LWCA ; evaluation of effect of type and dosage of LWCA on SCC performance ; and evaluation of effect of a shrinkage reducing admixture (SRA) and an expansive agent (EA) on lightweight SCC. All lightweight SCC exhibited excellent frost durability and mixtures made with 20% LWS replacement had greater resistance to de-icing salt scaling than those without LWS. Incorporation of LWCA between 25% and 50% led to decrease in modulus of elasticity and compressive strength. The use of LWCA led to an increase in total creep function. The use of LWS and LWCA resulted in significant decrease in total and autogenous shrinkage. The use of LWCA led to a decrease in total shrinkage between 25% and 75%, depending of the use of LWS, the type and rate of replacement of LWCA. Thus, SCC made with LWS and LWCA exhibited longer elapsed time before cracking compared to similar concrete prepared without any LWS and LWCA. The estimated time to cracking ranged from 4 days for the reference concrete without LWA to 42 days for the mixture prepared with 50% LWCA and 20% LWS.

Les dysferlinopathies constituent un groupe de dystrophies musculaires autosomiques récessives comprenantprincipalement la myopathie des ceintures (LGMD) de type 2B et la myopathie distale de Miyoshi. Elles sont causéespar des mutations dans le gène DYSF qui se situe dans la région chromosomique 2p13.1-13.3 (NM_003494). Ce gènecomporte 55 exons répartis sur plus de 230 kb. Il est exprimé principalement dans le muscle squelettique etcardiaque, mais également dans d'autres tissus (placenta...) et types cellulaires tels que lesmonocytes/macrophages. La dysferline (2080 acides aminés, 237 kDa, O75923) fait partie de la famille des Ferlineset comporte 7 domaines C2, senseur de calcium et un domaine transmembranaire C-terminal.La dysferline participe à la formation des tubules-T et à la fusion des myoblastes en myotubes avec lamyoferline (un autre membre de la famille). Elle est localisée au sarcolemme de la fibre musculaire squelettiqueadulte, où elle joue un rôle dans sa réparation. En effet, chez l’homme comme dans les modèles murins, en absencede dysferline, des vésicules, dont la nature n’est pas clairement établie, s’accumulent sous le sarcolemme lésé sansfusionner avec celui-ci. Elle interagirait avec plusieurs protéines membranaires ou cytosoliques, dont certaines(comme la cavéoline 3) sont aussi impliquées dans d’autres formes de LGMD.Au cours de ma thèse, mon travail a été axé d’une part sur l’amélioration des techniques de diagnostic : étudede délétion/duplication dans le gène DYSF par CGH et le développement d’un test permettant d’évaluerl’absence/présence de la dysferline à partir de sang total par des techniques de FACS et d’immunofluorescence.D’autre part j’ai également étudié la pertinence d’approches thérapeutiques. Ainsi, nous avons mis en évidence unelarge délétion homozygote des ¾ du gène DYSF chez une patiente présentant un phénotype modéré dedysferlinopathies. Cette délétion permet cependant la production d’une dysferline tronquée. L’identification decette miniprotéine, la première identifiée à ce jour a permis de mettre en évidence l’aspect en partie modulaire dela dysferline. Une autre donnée sur le caractère modulaire de la dysferline est apparue dans la littérature, cette foismontrant le caractère dispensable de l’exon 32. Sur la base de cette observation clinique, nous avons développéune approche thérapeutique par saut d’exon pour les dysferlinopathies, en démontrant dans un premier temps safaisabilité technique sur l’exon 32.L’ensemble de ces travaux permettront probablement l’amélioration du diagnostic différentiel desdysferlinopathies, tout en fournissant de nouvelles pistes pour comprendre les rôles de la dysferline et offrir ainsides pistes thérapeutiques pour le traitement de patients souffrant de ces pathologies. / Dysferlinopathies are a group of autosomal recessive muscular disorders including mainly limb girdlemuscular dystrophy 2B (LGMD2B) and Miyoshi Myopathy (MM), caused by mutation in DYSF gene (2p13.1-13.3). It is composed by 55 exons spreading on 234 kb of genomic DNA and it is expressed mainly in skeletal and heart muscle and monocytes/macrophages.Dysferlin (2080 amino-acids, molecular weight 237 kDa) belongs to the Ferlin family as Myoferline, which is also expressed in muscle. Dysferlin is involved with Myoferlin in myoblasts fusion and T-tubule formation. In adult skeletal muscle, Dysferlin is localized at the sarcolemma where it plays its main function: the sarcolemma repair after muscular wounding. It has been suggested that Dysferlin allows them to fuse with the plasma membrane in order to provide the required plasma membrane to reseal the wound. During these years, my work was essentially focused on the improvement of diagnosis technique (evaluation of CGH array to detect deletion/duplication event in DYSF gene and development of test able to detect absence/presence of Dysferlin in whole blood), the functional exploration of diagnosis technique (evaluation of CGH array to detect deletion/duplication event in DYSF gene and development of test able to detect absence/presence of Dysferlin in whole blood), and the development of promising therapeutics approaches: AAV gene transfer of a minidysferlin which was identified in patient presenting a mild phenotype and for the first time the demonstration of the feasibility of an exon-skipping therapeutics strategy for dysferlinopathies.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Résumé : Les télomères sont des structures nucléoprotéiques spécialisées qui assurent la stabilité du génome en protégeant les extrémités chromosomiques. Afin d’empêcher des activités indésirables, la réparation des dommages à l’ADN doit être convenablement régulée au niveau des télomères. Pourtant, il existe peu d’études de la réparation des dommages induits par les ultraviolets (UVs) dans un contexte télomérique. Le mécanisme de réparation par excision de nucléotides (NER pour « Nucleotide Excision Repair ») permet d’éliminer les photoproduits. La NER est un mécanisme très bien conservé de la levure à l’humain. Elle est divisée en deux sous voies : une réparation globale du génome (GG-NER) et une réparation couplée à la transcription (TC-NER) plus rapide et plus efficace. Dans notre modèle d’étude, la levure Saccharomyces cerevisiae, une forme compactée de la chromatine nommée plus fréquemment « hétérochromatine » a été décrite. Cette structure particulière est présente entre autres, au niveau des régions sous-télomériques des extrémités chromosomiques. La formation de cette chromatine particulière implique quatre protéines nommées Sir (« Silent Information Regulator »). Elle présente différentes marques épigénétiques dont l’effet est de réprimer la transcription. L’accès aux dommages par la machinerie de réparation est-il limité par cette chromatine compacte ? Nous avons donc étudié la réparation des lésions induites par les UVs dans différentes régions associées aux télomères, en absence ou en présence de protéines Sir. Nos données ont démontré une modulation de la NER par la chromatine, dépendante des nucléosomes stabilisés par les Sir, dans les régions sous-télomériques. La NER était moins efficace dans les extrémités chromosomiques que dans les régions plus proches du centromère. Cet effet était dépendant du complexe YKu de la coiffe télomérique, mais pas dépendant des protéines Sir. La transcription télomériques pourrait aider la réparation des photoproduits, par l’intermédiaire de la sous-voie de TC-NER, prévenant ainsi la formation de mutations dans les extrémités chromosomiques. Des ARN non codants nommés TERRA sont produits mais leur rôle n’est pas encore clair. Par nos analyses, nous avons confirmé que la transcription des TERRA faciliterait la NER dans les différentes régions sous-télomériques. / Abstract : Telomeric DNA is made of short tandem repeats located at the ends of chromosomes and their maintenance is critical to prevent genome instability. DNA lesions constitute a serious risk to genome integrity. Thus, DNA repair mechanisms are required for continuous and unabridged cell divisions. The nucleotide excision repair (NER) pathway removes bulky DNA lesions such as UV-induced photoproducts, like the cyclobutane pyrimidine dimers (CPD). NER is divided in two sub-pathways: global genome repair (GGR) and the faster transcription-coupled repair (TCR), which only differ in how they recognize UV-induced lesions. In eukaryotes, NER must find and repair DNA lesions that are buried in nucleosomes. In the yeast S. cerevisiae, genes positioned close to telomeres are silenced by a heterochromatin-like structure that is formed by silent information regulator proteins (Sir). To determine if nucleosomes and chromatin in subtelomeric regions affect the efficiency of NER, we studied the repair of photoproducts in different telomere-associated regions in both, WT and SIR genes deleted cells (sirΔ). We found that NER efficiency was modulated by the presence of nucleosomes on the subtelomeric type X element. In addition, in absence of Sir proteins, NER efficiency increased and was not modulated by nucleosomes, indicating that nucleosome positioning was less defined in sirΔ cells. Remarkably, in telomeric restriction fragment, NER was less efficient at telomeres than in the subtelomere type Y’ element. We suggest that low NER efficiency at the very end of chromosomes results from attachment sites to the nuclear periphery. Our data indicate that NER in sub-telomeric chromatin is modulated by Sir proteins stabilized-nucleosomes, and that NER is inhibited in telomeric chromatin by the presence of YKu, independently from the presence of Sir proteins. It was recently shown that the chromosome ends are transcribed and a non-coding RNA, called TERRA, is produced. Currently the precise functions of TERRA are not understood. Our second goal is to help understand the function of TERRA. We think that transcription at the chromosome ends could facilitate the removal of DNA lesions from heterochromatin by TCR, which would prevent the formation of mutations and, ultimately, chromosome shortening. Our data showed that TC-NER is effective in Y’ element and the telomere. Without Sir proteins, TERRA transcription is found in a particular region at the end of the X element. The transcription of TERRA could improve the repair of UV-induced lesions.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.