Orientadores: Sonia Nair Bao, Guarino Rinaldi Colli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:57:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Teixeira_RuscaiaDias_D.pdf: 17531780 bytes, checksum: 016a58d00cf880db59332986a7801fe0 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Vários estudos têm sido realizados entre os lagartos da família Teiidae, utilizando diversas linhas de evidência morfológicas, sem resolver as relações filogenéticas entre os gêneros dentro das subfamílias Teiinae e Tupinambinae. A utilização de conjuntos de dados morfológicos tradicionais ainda não utilizados (hemipênis, língua e escamas), e dados morfológicos não tradicionais (a ultra-estrutura de espermatozóide) pode dar subsídio para a construção de uma árvore filogenética mais resolvida e provável para o grupo. A proposta do presente trabalho é buscar uma melhor compreensão das relações de parentesco entre os gêneros de teiídeos, avançar os conhecimentos do novo conjunto de dados morfológicos não tradicionais, a ultra-estrutura de espermatozóide, e avaliar a utilidade filogenética desta nova fonte de caracteres no nível genérico. Os estudos comparativos da ultra-estrutura de espermatozóide indicam altos níveis de variabilidade inter e intra-genérica, sugerindo o uso de espécies como táxons terminais, a fim de melhorar as estimativas da filogenia da família. Apesar da filogenia derivada dos conjuntos de dados morfológicos tradicionais e ultraestrutura de espermatozóide apresentar muitas incongruências com os estudos prévios, ela reflete uma melhor estimativa da história filogenética da família devido ao grande número de caracteres empregados. Comparações do grau de congruência entre as filogenias derivadas pelo conjunto de dados morfológicos tradicionais e a ultra-estrutura de espermatozóide, indicam que a ultra-estrutura de espermatozóide é um bom indicador de filogenia da farm1ia Teiidae, apresentando poucas regiões conflitantes e de pouco suporte com a topologia baseada nos conjuntos de dados morfológicos tradicionais / Abstract: Several studies have attempted to clarify the relationship among the teiid genera, based on several types of morphological data sets. Therefore, the relationships among teiid genera are not completely solved. Increase the number of characters, using new sources of characters, the sperm ultrastructure, and additional traditional morphological characters such as hemipenis, scales, and tongue were included to possibly improve the resolution of Teiidae phylogenetic hypotheses. The proposals of this work are (1) to clarify the phylogenetic relationships of teiids, (2) to expand the knowledge on the new data set, sperm ultrastructure, investigating the level of variability in sperm ultrastructure, in order to reveal intergeneric stability of characters, and (3) to evaluate the usefulness of sperm ultrastructure characters in phylogenetic reconstruction at the generic level. Comparative studies among teiid genera indicate high levels of inter and intra generic levels of variability in sperm ultrastructure characters, suggesting a spliting of genera in species as terminals, in order to give more accurate estimates of phylogeny. Despite the fact that phylogeny derived from the combined data show high levels of incongruence with those of previous studies, it reflects favorably the evolutionary history of the family due to the high number of characters applied (those data sets used in the previous hypotheses, combined with meristic, tongue, hemipenis and sperm ultrastructural data), surely improving the estimates of teiid relationships. Sperm ultrastructure may be a good indicator of phylogeny, producing topologies with major areas in congruence with the traditional morphological phylogeny, having on1y few incongruent areas weak1y supported by the traditional topology / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Carlos Frederico Duarte da Rocha / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T18:33:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kiefer_MaraCintia_D.pdf: 8906377 bytes, checksum: 86e147c4918ad33ce9b0408a8aba8481 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Estudos sobre ecologia geográfica permitem detectar a ocorrência de variação nos diferentes atributos ecológicos de uma espécie ao longo de sua distribuição geográfica e avaliar em que extensão fatores históricos e/ou ambientais locais explicam essas variações. O lagarto tropidurídeo Tropidurus torquatus possui ampla distribuição geográfica, constituindo uma espécie apropriada para estudos de ecologia geográfica. Neste estudo foram investigados três aspectos da ecologia de T. torquatus (ecologias reprodutiva, térmica e parasitária) em 10 populações de restinga nos estados do Rio de Janeiro, Espírito Santo e Bahia, incluindo a quase totalidade da extensão da distribuição costeira da espécie. O tamanho mínimo na maturidade foi semelhante para as fêmeas das várias populações, embora os tamanhos corpóreos médios tenham variado. O tamanho médio das ninhadas foi, em geral, baixo e pouco variável, predominantemente constituído por dois ovos e pouco influenciado pelo tamanho da fêmea. O volume dos ovos foi afetado pelo tamanho da fêmea e variou entre as populações. Houve evidência de que as fêmeas produzem mais de uma ninhada por estação reprodutiva em quase todas as restingas. Todas as populações tiveram dimorfismo sexual no tamanho do corpo e, exceto em Maricá, também no tamanho da cabeça, com os machos sempre maiores do que as fêmeas. A variação geográfica existente no tamanho da ninhada e dos ovos pôde ser explicada por fatores filogenéticos (tamanho corpóreo), mas os fatores ambientais locais (estrutura do habitat e características climáticas) também parecem ter influenciado alguns atributos ecológicos (tamanho da ninhada). As populações litorâneas de T. torquatus têm tamanho corpóreo médio menor do que as interioranas e as insulares, resultando em diferenças nos vários aspectos reprodutivos e apontando para a possibilidade de que elas constituam um grupo diferenciado dentro da espécie. As temperaturas corpóreas médias em atividade das populações de T. torquatus de restinga foram semelhantes às temperaturas corpóreas registradas para outras populações da espécie. As temperaturas do substrato e do ar influenciaram conjuntamente a temperatura corpórea dos lagartos, mas a importância relativa dessas fontes de calor variou entre as localidades em função das condições climáticas locais. Na maioria das populações, a temperatura do ar predominou como a principal fonte de calor utilizada pelos lagartos. A termorregulação primariamente ativa foi constatada para várias populações: à medida em que as temperaturas ambientais aumentam, os lagartos termorregulam mais ativamente para evitar o aquecimento excessivo. A hipótese de conservatividade filogenética foi comprovada para essas populações: as temperaturas corpóreas em atividade tendem a permanecer constantes ao longo da distribuição geográfica da espécie e as diferenças constatadas resultam da influência das temperaturas ambientais locais sobre elas. Em relação aos helmintos endoparasitas associados, foram registradas pelo menos oito espécies de helmintos infectando as populações de T. torquatus nas restingas estudadas. Dentre os nematódeos, foram encontradas quatro espécies"core" (P. lutzi, P. retusa, S. oscari e P. sceleratus), três espécies secundárias (P. venancioi, S.lacertilia e S. intermedia) e uma espécie cuja infecção foi acidental (H. boddaertii). A composição das comunidades de helmintos variou pouco, pois as espécies "core" ocorreram em todas ou em quase todas as populações do lagarto. A principal variação geográfica ocorreu na estrutura das comunidades componentes, pois as espécies tiveram diferentes abundâncias ao longo das populações. O tamanho do corpo do lagarto influenciou significativamente a riqueza de nematódeos e/ou a intensidade da infecção pelos helmintos em todas as populações. Quando comparado com outras espécies de lagartos, T. torquatus tem uma fauna de helmintos rica e complexa e parece constituir uma espécie-chave para a comunidade de parasitas das restingas onde ocorre, pois é importante para manter a riqueza e a estrutura dessas comunidades / Abstract: Studies of geographical ecology can detect variation in a species' ecological attributes along its geographical range, and determine the extent to which historical factors and/or local environmental factors can explain such variations. The wide geographic distribution of the tropidurid lizard Tropidurus torquatus makes it a good model for geographical ecology studies. In the present work three ecological aspects (reproductive traits, thermal ecology and parasite ecology) of T. torquatus were investigated in 10 populations of "restinga" (coastal sand dune) habitats along the coast of the states of Rio de Janeiro, Espírito Santo and Bahia. The minimum size at maturity of the females of T. torquatus was similar in all studied populations, although the mean body size varied. Mean c1utch size was low and showed little variation. The c1utch usually contained two eggs, most1y independent of female body size. Egg size was determined by female body size and showed marked interpopulational variation. 1n almost all populations of T. torquatus studied, females produced more than one c1utch during each reproductive season. Sexual dimorphism in size occurred in all populations and, except for the Maricá restinga, in head size as well. Geographical variation in c1utch and egg size can be explained by phylogenetic factors (body size), but local environmental factors (habitat structure and c1imatic conditions) seem to influence some ecological attributes such as c1utch size. Coastal populations of T. torquatus have a smaller body size than inland and insular populations, resulting in differences in many life history characteristics and suggesting that these coastal populations could make up a single group within the species. The mean body temperature of activity of the coastal T. torquatus populations was similar to those of other conspecific populations. The environmental temperatures (substrate and air) together influenced lizard body temperature, but their relative importance varied among the different populations as a consequence of the local c1imatic conditions. In most of the populations, air temperature was the main source of heat for the lizards. Active thermoregulation was recorded for several populations studied: as the environmental temperature increases, the lizards tend to thermoregulate more actively to avoid overheating. The conservative phylogenetic hypothesis was confirmed for the coastal populations of T. torquatus: the body temperatures in activity tend to remain constant along the geographic distribution of the species, and the differences observed result from the influence of environmental temperatures. At least eight helminth species were recorded in the community infecting T. torquatus in coastal populations. Considering only the nematodes, four species were considered "core" (P. lutzi, P. retusa, S. oscari and P. sceleratus), three were secondary species (P. venancioi, S. lacertilia and S. intermedia) and one resulted from accidental infection (H. boddaertii). The composition of the helminth community varied little as the core species were common in all or almost alllizard populations. The main geographical variation occurred in the structure of the helminth community as the abundance of the parasite species varied along the T. torquatus coastal populations. Lizard body size had a strong influence over nematode richness and helminth infection in all populations. Compared with other lizard species, T. torquatus has a rich and complex helminth fauna and seems to be a key host species for the coastal restinga parasite community harboured by it and other sympatric lizards, since it helps to maintain the richness and structure of the helminth communities / Doutorado / Doutor em Ecologia

Orientador: Satie H. Ogo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-19T15:47:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Torsoni_MarcioAlberto_M.pdf: 12383432 bytes, checksum: 55c7560b08c5d521c6907cc2cf9d2eaf (MD5) Previous issue date: 1994 / Resumo: O hemolisado de Geochelone carbonaria apresentou heterogeneidade eletroforética. No hemolisado foram observados 8 componentes e o oitavo componente foi completamente reduzido quando a amostra foi tratada com agente redutor, indicando que tenha sido originado pela polimerização através da formação de pontes de dissulfeto entre as hemoglobinas. O hemolisado tratado com agente alquilante (iodoacetamida), apresentou apenas 3 frações em cromatografia de troca iônica. A determinação das cadeias que constituem estes componentes demonstrou que apenas dois componentes são estruturalmente diferentes e constituídos pelas cadeias de globina (G1G2)2 e (G1G3)2. Baixa afinidade da hemoglobina pelo oxigênio foi observada tanto para o hemolisado total como para o hemolisado "stripped". O hemolisado "stripped" na presença de ATP ou IHP, mostrou ligeira alteração com relação ao valor de P50. Em concentrações fisiológicas o efeito destes polifosfatos foi ainda menor. No entanto, o sítio para ligação de polifosfatos mostrou maior afinidade pelo IHP. Todas as formas do hemolisado apresentaram efeito Bohr e os valores de nH foram sensivelmente maiores em pH próximos de 7,5 e em presença de ATP. A polimerização iniciou-se logo após a hemólise e após 210 dias de estoque do hemolisado "stripped", 73% do hemolisado era constituído pelo polímero maior (256.000 Da) e 27% por hemoglobina tetramérica. O número de grupos -SH reativos encontrados para o hemolisado "stripped" logo após a hemólise (5,3 SH/mol de Hb), corrobora os dados eletroforéticos e de peso molecular. O hemolisado total apresentou 7,3 SH/mol de Hb, logo após a hemólise. A diferença observada entre o hemolisado "stripped" e total, pode ser devido a presença de tióis não protêicos no hemolisado total, possivelmente glutationa. A ligação de glutationa a hemoglobina pode aumentar a heterogeneidade eletroforética, originando componentes GS-SHb. As pontes de dissulfeto mistas foram menos acessíveis ao agente redutor / Abstract: G. carbonaria hemolysate shows electrophoretic heterogeneity. In hemolysate 8 components were observed. The eighth component was completely reduced when the sample was treated with a reducing agent, indicating that it originated through polymeryzation induced by dissulphide bridge formation between hemoglobins. Hemolysate treated with an alkylating agent (iodoacetamide) presented only 3 fraction in ion exchange chromatography. The determination of constituent globin chains demonstrated that only two types of structurally distinct components exist, constituted by globin chains (G1G2)2 e (G1G3)2. Low hemoglobin oxygen affinity was observed for total and stripped hemolysate and both were dependent of pH. Stripped hemolysate showed a slight alteration in P50 values in the presence of ATP or IHP. In physiological concentration, the effect of these polyphosphate was even smaller. The polyphosphate binding site demonstrated higher affinity for IHP. The nH values were considerably higher in pH dose to 7,5 and in the presence of ATP. Polymeryzation initiated soon after hemolysis, and after 210 days of stocking the stripped hemolysate showed 73% the larger polymer (256.000 Da) and 27% of tetrameric hemoglobin. The number of reactive -SH groups found for the stripped hemolysate following hemolysis (5,3 SH/moles of Hb) corroborates the electrophoretic and molecular mass data. Total hemolysate presented 7,3 SH/moles of Hb following hemolysis. The observed difference between total and stripped hemolysate may be due to non-proteic thiol, present in total hemolysate, possibly glutathione. The binding of glutathione to hemoglobin can raise electrophoretic heterogeneity, originating GS-SHb components. The mixed dissulphide bridges were less acessible to the reducing agent / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Ciências Biológicas

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-21Bitstream added on 2014-06-13T21:08:02Z : No. of bitstreams: 1 grazziotin_fg_dr_rcla.pdf: 876560 bytes, checksum: 3e4c47b55167b94d86962842d103f78a (MD5) / A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon

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A herpetofauna do Cerrado foi investigada ao longo de extensa área da bacia do rio Tocantins de três formas distintas e complementares. Primeiro, uma amostragem rápida realizada em 11 áreas situadas entre o Planalto Central em Goiás e o norte da depressão do Tocantins na divisa dos estados de Tocantins e Maranhão obteve dados menos completos, porém em toda a extensão estudada. Segundo, na parte central da área a UHE LEM, foi intensamente amostrada, obtendo-se uma lista completa de espécies para a área e dados sobre sua distribuição na paisagem. As informações reunidas também permitiram identificar alguns dos impactos causados pelo empreendimento. Terceiro, nesta área, seis pontos foram amostrados bimestralmente ao longo de três anos, permitindo obter informações mais finas sobre o efeito do habitat, da sazonalidade e do deslocamento da fauna pelo enchimento do reservatório nas assembléias de anuros e lagartos. Os dendrogramas construídos com índices de similaridade de Jaccard entre áreas do Cerrado e de outras paisagens neotropicais adjacentes relativamente bem amostradas indica que a fauna de serpentes, lagartos e anuros do Cerrado forma um grupo em relação outras paisagens, subdivido em dois grupos. Um deles está asssociado às depressões de baixa altitude, o outro aos planaltos centrais ou meridionais. No norte do Cerrado a riqueza de espécies é maior, ocorrendo espécies compartilhadas com a Amazônia ou com a Caatinga. No sul, ocorrem espécies com distribuição meridional. O número de espécies geralmente aumenta das áreas meridionais mais áridas para as áreas mais chuvosas próximas ao Equador. Os grupos aquáticos, fossoriais e arborícolas são especialmente mais diversos nas áreas equatoriais. O Cerrado da Depressão do Tocantins é, após as áreas Amazônicas, geralmente a área mais rica em espécies. Lagartos de alta temperatura corporal são mais freqüentes nos cerrados abertos situados nos interflúvios; espécies mais sensíveis a desidratação e de menor temperatura corporal ocorrem nas florestas de fundo de vale. No baixo curso dos rios, nas planícies aluviais e terraços registraram-se abundâncias elevadas de anuros de reprodução aquática, que usam habitats abertos ou florestados. Nas áreas de relevo mais encaixado das cabeceiras estes espécies são menos freqüentes. Os lagartos são menos afetados pelas sazonalidade climática que os anuros. Na estação chuvosa, especialmente em dezembro, ocorreram picos de freqüência de ocorrência, de atividade e maior riqueza de anuros. A reprodução e os nascimentos ocorrem concentrados na estação chuvosa na maioria das espécies, mas esta é especialmente mais concentrada nesta época nos anuros. A diferenciação filogenética dos nichos termo-hídricos das espécies de anuros e lagartos nas assembléias permite a partilha de recursos no tempo e no espaço. Os nichos termo-hídricos das espécies variam entre espécies com maior temperatura corporal e resistência elevada à desidratação e espécies com menor temperatura corporal e baixa resistência a desidratação. A organização espaço temporal das assembléias é fortemente influenciada pela distribuição dos recursos termo-hídricos (microhabitats e microclimas) e pelos fatores que determinam esta distribuição: as interações entre perfis topográficos, o embasamento geológico e a sazonalidade climática. A temperatura e a pluviosidade determinam a organização das assembléias e a distribuição geográfica das espécies. As variações históricas da temperatura podem influenciar a diferenciação das espécies tanto quanto as variações de pluviosidade. O enchimento do reservatório causou a perda de populações de muitas espécies, mas os efeitos foram especialmente graves sobre as espécies de distribuição restrita ou que ocorriam em densidades elevadas em ambientes exclusivos da área inundada. Também houve fragmentação de habitats e alteração dos regimes fluviais a jusante, afetando os habitats inundáveis a jusante. O represamento também impede o transporte de animais em balsas de vegetação pelo rio, interrompendo o provável fluxo gênico entre as margens e rio abaixo. Nas comunidades da margem do reservatório o efeito principal do enchimento foi um aumento extraordinário da freqüência de Chaunus gr. granulosus e Physalaemus centralis nos meses de dezembro. No cerrado, o aumento das freqüências de várias espécies de anuros, principalmente Chaunus gr. granulosus ocorreu logo após o inicio do enchimento. Na floresta o grande aumento de freqüência de Physalaemus centralis ocorreu na próxima estação chuvosa, quando houve também uma redução dos lagartos. Nos estudos de impacto ambiental realizados em 1998 uma parcela pequena da diversidade foi registrada. Um esforço muito maior é necessário para diagnosticar os impactos de um empreendimento do porte da UHE LEM. O estudo dos impactos ambientais é fundamental para permitir desenvolver procedimentos menos prejudiciais ao meio ambiente, mas também é uma estratégia para investigar como as condições ambientais influenciam a organização das comunidades biológicas. / The Cerrado herpetofauna was studied along the basin of the Tocantins river using three distinct and complementary approaches. First, a fast sampling scheme, covering all the studied area, was conducted in 11 sites between the Central Plateau, in the state of Goiás, and the northern portion of the Tocantins depression, at the border of the states of Tocantins and Maranhão. Second, the central portion of the studied area, the UHE LEM, was intensively sampled, resulting in a complete list of species for this area and data about their distribution in the landscape in a way that allowed the identification of some of the impacts caused by the construction of the dam. Third, six sites were sampled in two months intervals during three years, providing accurate information about the effects of habitat, seasonality, and of the movement of the fauna in response to the filling of the lake on the anuran and lizard assemblages. The comparisons among Cerrado sites and sites in other adjacent Neotropical landscapes that have been relatively well sampled, based on Jaccard similarity indices, indicate that the Cerrado snakes, lizards and anurans constitute a distinct group relative to the other landscapes. The Cerrado group can be further subdivided in two groups: one associated to the depressions in low altitude, and the other associated to the central or southern plateaus. In northern Cerrado, species richness is greater, and some species are shared with Amazonia or with Caatinga. The number of species generally increases from the more arid, southern areas to the more humid areas close to the Equator. The aquatic, fossorial, and arboreal groups are specially more diverse in the Equatorial areas. The Cerrado of the Tocantins Depression is, after the Amazonian areas, the area with larger species richness. Lizards with high body temperature are more common in the open cerrados located in the interfluvia; species that are more susceptible to dehydration and with lower body temperature occur in the forests at the bottom of the valleys. In the lower portion of the rivers, at the alluvial plains and terraces, there was a high abundance of anurans with aquatic reproduction, occurring in open or forested habitats. In the headwater regions, were the relief is more steep, these species are less common. Lizards are less affected by climatic seasonality than anurans. In the rainy season, specially in December, there were peaks in the frequency of occurrence, activity and richness of anurans. Reproduction is concentrated in the rainy season for most species, but specially for the anurans. The phylogenetic differentiation of the thermo-hydric 329 niches of the anuran and lizard species in the assemblages allows for the partitioning of the resources in time and space. The thermo-hydric niches vary between species with larger body temperature and less susceptibility to dehydration, and species with smaller body temperature, and more prone to dehydration. The spatial and temporal organization of the assemblages is highly influenced by the distribution of the thermohydric resources (microhabitats and microclimates) and by the factors that determine this distribution: the interactions among topography, geology, and seasonality. Temperature and pluviosity determine the organization of the assemblages and the geographic distribution of the species. Historical variations in both temperature and pluviosity may influence the differentiation of species. The filling of the lake caused the loss of populations of many species, but the effects were specially important on species with restricted distributions or that occurred in high densities in habitats that were exclusive of the flooded area. There was also fragmentation of habitats and alterations in the fluvial regimen upriver, affecting the seasonally flooded habitats in this region. The lake also restricts the movement of animals on top of vegetation fragments that are carried by the river, interrupting a possible gene flow between the opposite margins and to the regions downriver. In the communities at the margins of the lake, the main effect of the lake formation was a high increase in the frequency of Chaunus gr. granulosus and Physalaemus centralis in the month of December. In the cerrado, the increase in frequency of several anuran species, mainly Chaunus gr. granulosus, occurred closely after the formation of the lake. In the forest, the high increase in frequency of Physalaemus centralis happened in the next rainy season, when a reduction in the frequency of lizards was also observed. In the Environmental Impact studies conducted in 1998, a small portion of the diversity was recorded. A larger effort is necessary to diagnose the impacts of such a large dam as was UHE LEM. The study of environmental impacts is of fundamental importance to allow the development of techniques that cause less harm to the environment, but is also a strategy to investigate how the environmental conditions influence the organization of biological communities.

Orientador: Hussam El Dine Zaher / Coorientador: Sandro Luis Bonatto / Banca: Taran Grant / Banca: Marcio Roberto Costa Martins / Banca: Giovanna Gondim Montigelli / Banca: Ricardo Jannini Sawaya / Resumo: A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / Abstract: The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon / Doutor

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000440888-Texto+Completo-0.pdf: 1750102 bytes, checksum: 2d4b0ddd911b604f135c53931233d8f2 (MD5) Previous issue date: 2011 / The first chapter of this thesis is the first study about the olive ridley turtle’s (Lepidochelys olivacea) genetic diversity and population structure in Brazil. The olive ridley is the most abundant species of marine turtle and is listed as vulnerable by the IUCN. Olive ridleys had a strong history of harvest in the Atlantic Ocean, with some populations being severely depleted; in Brazil the egg exploitation was intense until before 1982. However, a single study with a very low sample size so far investigated the species´ mtDNA diversity in the region. Herein we characterize the genetic diversity and population structure of the olive ridley nesting populations in the Brazilian coast based on 92 samples sequenced for the mtDNA control region and 67 samples genotyped for fifteen microsatellite loci. Although three mtDNA haplotypes were found, two previously unknown but very rare, the Brazilian nesting population presented one of the lowest mtDNA diversity known for the species. Contrary, our newly described microsatellite data showed moderate to high genetic diversity for olive ridleys from Brazilian nesting sites, similar to the few other nesting populations studied so far, suggesting that the high level of egg harvest in Brazil did not result in a recent genetic bottleneck. mtDNA data indicated a population expansion following a population decline in the past while microsatellite data suggested a scenario of demographic stability, supporting the scenario of colonization of Atlantic Ocean via a founder effect. Since results from both markers present no evidence of significant genetic differences between the studied olive ridleys nesting areas in the Brazilian coast, conservation strategies should consider the Brazilian olive ridleys as a single interbreeding population. The second chapter is a global phylogeographic study of the olive ridley. It was proposed that the ridley turtles diverged after the closure of the Isthmus of Panama during the Pliocene, and then L. olivacea has spread from the Pacific Ocean into the Indo-Pacific, Indian and only recently to the Atlantic Ocean. Genetic analyses have been consistent with this scenario although some authors have proposed the Indo-Pacific region as the center of origin for the ridley turtles instead. To address this and other questions on the population structure patterns and demographic changes through time, we used mtDNA sequence and the STRs for 300 samples of ridley turtles across their range. The olive ridley nesting sites are well structured for the mtDNA, while for STRs the population divergences are lower for regional rookeries but highly significant among oceans, suggesting male-mediated gene flow within oceans. Beyond a kemp’s clade, we corroborated the existence of four geographic mtDNA clades for the olive ridleys: the K clade only found in Indian Ocean, and the East Pacific, Indo- Pacific and Atlantic clades. The K clade originated around 1. 6 Mya, the East Pacific clade about 0. 61 Mya, and the split between the Indo-Pacific and Atlantic lineages around 0. 36 Mya. These results are mostly consistent with the recent colonization of East Pacific and the Atlantic and suggest a model of recurrent extinction/colonization for most ridley nesting sites that may be explained by the climatic changes, especially during the Pleistocene. Diversification times within all five clades are very similar, ranging between 221 Kya and 342 Kya, suggesting the most recent demographic events for most oceanic regions may have been concurrent. Significant statistics for the STR data and similarly shaped star trees in each of the four major olive ridley clades suggested a population expansion, a scenario partially corroborated by the Bayesian Skyline Plot analysis which is indicating a population expansion for L. olivacea after the last glacial maximum. / O capítulo inicial desta tese é o primeiro estudo sobre a diversidade genética e estrutura populacional de Lepidochelys olivacea (tartaruga oliva) no Brasil. O litoral de Sergipe e do norte da Bahia correspondem as principais áreas de desova da tartaruga oliva no Brasil. Desde 1992, o número de desovas de tartaruga oliva vem crescendo nestas áreas, indicando um aumento populacional; porém, a espécie continua ameaçada, principalmente devido às atividades de pesca e ao desenvolvimento costeiro desordenado. Neste estudo foram utilizadas sequências do DNA mitocondrial (mtDNA), além de 15 loci de microssatélites (STRs) para avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional da tartaruga oliva em sítios de desova no Brasil. Além disso, utilizaram-se sequências previamente publicadas do mtDNA do Suriname para comparações populacionais. Identificou-se baixa diversidade genética no mtDNA da tartaruga oliva, com registro de apenas três haplótipos (F, F1 e F2), sendo o mais comum deles (F) encontrado em quase 95% dos indivíduos amostrados. Por outro lado, os loci de STRs mostraram maior diversidade genética. Os resultados também evidenciaram a falta de diferenciação genética entre as praias de desova na costa do Brasil, tanto para o mtDNA quanto para os STRs, sugerindo assim, a existência de uma única população de desova da tartaruga oliva no Brasil. As análises de diferenciação populacional entre Brasil e Suriname indicaram baixa distinção genética entre estas duas áreas, porém características biológicas sugerem que as duas populações atualmente estejam isoladas.O segundo capítulo estuda a filogeografia global de L. olivacea, utilizando um segmento do mtDNA e 15 loci de STRs em 330 e 291 indivíduos amostrados, respectivamente. Foram encontradas quatro clados mitocondriais correspondentes aos oceanos Índico, Indo-Pacífico, Pacífico leste e Atlântico. As idades de separação foram 1,6, 0,6 e 0, 32 milhão de anos atrás para o clado exclusivo do oceano Índico, do Pacífico leste e do Indo-Pacífico e Atlântico, respectivamente, ou ainda, mais recente que isto. Nossos resultados corroboram um modelo de extinção/colonização recorrentes para a maioria dos sítios de desova da espécie. A estruturação genética entre os oceanos foi altamente significativa, bem como entre a maior parte dos diferentes sítios de desova intra-oceânicos. Da mesma forma, a análise dos STRs demonstrou que a diferenciação entre os oceanos é alta, no entanto, dentro dos oceanos esta diferenciação é consideravelmente menor e não significativa entre a maior parte das áreas de desova, indicando os machos como importantes veículos para o fluxo gênico. Nossos resultados indicam que as linhagens atuais se diversificaram há aproximadamente 200 mil anos atrás com uma expansão populacional para a espécie há aproximadamente 15 mil anos, sendo que, este cenário é parcialmente corroborado quando analisamos as linhagens separadamente. Os resultados com STRs indicaram crescimento populacional quando as análises foram realizadas agrupando as populações dentro dos oceanos. Os resultados obtidos neste estudo indicam que as populações de desova de L. olivacea dos oceanos Índico, Indo-Pacífico, Pacífico leste e Atlântico são distintas e devem ser manejadas separadamente.