Les tensioactifs et hydrotropes anioniques précipitent en présence de cations mono- et divalents et perdent ainsi leurs propriétés fonctionnelles. Les amphiphiles salino-résistants actuellement proposés par les industriels sont pour la plupart contraires aux 12 principes de la chimie verte et à la loi REACH. Le but de ce travail de recherche a donc été de développer de nouveaux tensioactifs et hydrotropes biosourcés, issus d’une synthèse durable et solubles en milieu salin. Pour ce faire, un classement de la salino-résistance des têtes polaires anioniques, non-ioniques, éthoxylées/anioniques et propoxylées/anioniques a été établi en mesurant l’évolution du point de Krafft ou de la température de trouble en présence de NaCl et CaCl2. Ensuite, les propriétés hydrotropiques (volatilité, solubilité, agrégation, solubilisation et salino-résistance) de trois nouvelles familles d’amphiphiles non-ioniques dérivées d’éthers de glycérol di-alkylés, d’érythritol et de pentaérythritol ont été étudiées et certaines ont été prédites par COSMO-RS. Enfin, trois nouvelles familles d’amphiphiles hybrides, dérivés d’alkylglycérylcarboxylates, ont été synthétisées et leurs propriétés physico-chimiques caractérisées. La première comporte une tête polaire partiellement biosourcée. Les dérivés aux chaînes alkyles inférieures à 8 atomes de carbones présentent des salino-résistances exceptionnelles et inattendues car ils sont solubles en présence de 20% massique de CaCl2 à 25°C. Des simulations de dynamique moléculaire ont aidé à rationnaliser ces résultats. Les deux autres familles de composés hybrides, issues d’une synthèse éco-compatible, présentent eux aussi des salino-résistances élevées. / Anionic surfactants and hydrotropes precipitate in the presence of mono- and divalent cations, thus losing their functional properties. Current salt resistant amphiphiles proposed by industrial suppliers are mostly not in accordance with the twelve principles of green chemistry, as well as the REACH legislation. The objective of this research thesis was to develop new bio sourced surfactants and hydrotropes, soluble in salt rich environment and are based on a sustainable synthesis. Therefore, a ranking concerning the salt resistance of the anionic, non-ionic, ethoxylate/anionic, propoxylate/anionic polar head groups was established, by measuring the evolution of the Krafft point or Cloud point in the presence de NaCl and CaCl2. Further, the hydrotropic properties (volatility, solubility, aggregation, solubilization and salt resistance) of three new non-ionic amphiphilic families, derived from alkyl, erythritol and pentaerythritol glycerol ethers, were studied and some were predicted by COSMO-RS. Finally, three new types of hybrid amphiphiles, derived from alkyl glycerolcarboxylates were synthesized and their physico-chemical properties characterized. The first contains a polar head group partly bio sourced. The derivatives with an alkyl chain length below eight carbon atoms possess exceptional and unexpected salt resistant properties since they are soluble in water in the presence of up to 20 wt.% of CaCl2 at 25°C. Molecular dynamic simulations were most helpful to rationalize these results. The other two types of hybrid compounds, based on an eco-compatible synthesis, present also an elevated salt resistant.

Les dérivés aminostéroïdiens (DASs) comme la squalamine et ses analogues ont démontré une activité antimicrobienne évaluée in vitro contre des bactéries et des champignons de référence et jamais contre des souches cliniques et/ou multi résistantes. Il a été montré que la squalamine agit contre des bactéries à Gram négatif en perturbant l’intégrité de leur membrane externe. Au contraire, son mécanisme contre les bactéries à Gram-positif n’a pas été étudié. Ainsi, l’objectif de ce travail a été d’évaluer d’une part l’activité antimicrobienne in vitro de la squalamine et de dérivés aminostéroïdiens (DAS 1-2, Figure 1) contre un panel de souches cliniques de bactéries et de champignons filamenteux isolés des crachats des patients atteints de mucoviscidose et des levures impliquées dans des fongémies, et d’autre part de mieux comprendre leur mécanisme d’action vis-à-vis des bactéries à Gram-positif et à Gram-négatif. Nous avons trouvé que les DASs possèdent une activité antibactérienne intéressante qui était d’autant plus importante que la bactérie est non mucoïde et/ou sensible à la colistine laissant supposer qu’une corrélation existe entre l’activité des DASs et celle de la colistine vis-à-vis des bactéries à Gram-négatif. Malgré cette corrélation, les DASs ont été plus actifs contre les bactéries à Gram-positif suggérant la présence de deux mécanismes d’action différents à l’égard des deux groupes de bactéries. Alors que les agents antifongiques classiques ont montré des activités hétérogènes vis-à-vis des champignons filamenteux et des levures testés d’une manière dépendante de l’espèce, les DASs ont présenté des activités homogènes indiquant que ces molécules possèdent un mécanisme d’action différent e ceux rapporté avec les antifongiques classiques. Ainsi, nous données préliminaires ont indiqué que la squalamine induit une rupture de la membrane de levures par, probablement, un effet "mécanique". L’analyse du mécanisme d’action antibactérien de la squalamine a montré que cette molécules agit en perturbant l’intégrité de bactéries à Gram-négatif d’un mécanisme comparable à celui d’un détergeant et en dépolarisant la membrane des bactéries à Grampositif conduisant à la rupture totale de cette membrane et au drainage de la matière cytoplasmique. Finalement, la faisabilité d’une forme galénique aérosol contenant un composé aminostéroïdien a été démontrée. / Aminosterol derivatives (ASDs) such as squalamine and its analogs have demonstrated an interesting in vitro antimicrobial activity evaluated against bacterial and fungal reference strains and never against clinical and / or multiresistant pathogens. It was shown that squalamine acts against Gram-negative bacteria by disrupting the integrity of their outer membrane. Instead, its mechanism of action against Gram-positive bacteria has never been studied. Thus, the aim of this study was firstly to evaluate in vitro antimicrobial activity of squalamine and two synthesized ASDs (ASD 1-2, Figure 1) against a panel of clinical strains of bacteria and filamentous fungi isolated from sputum of cystic fibrosis patients and yeasts involved in fungemia, and secondly to better understand their mechanism of action against Gram-positive and Gram-negative bacteria. We found that ASDs possess an interesting in vitro antibacterial activity which was more important against non-mucoid and/or colistin sensitive strains suggesting that a correlation exists between the activity of ASDs and that of colistin against Gram-negative bacteria. Despite this correlation, ASDs were more active against Gram-positive bacteria indicating the presence of two different mechanisms of action against both groups of bacteria. While classical antifungal agents showed heterogeneous activities against tested filamentous fungi and yeasts specie-dependent manner, ASDs presented homogeneous activities indicating that these molecules may possess a mechanism of action different from those reported with conventional antifungals. Thus, our preliminary data indicated that squalamine induced the disruption of yeast membrane, probably via a "mechanical" effect. Analysis of the antibacterial mechanism of action of squalamine has shown that this molecule acts by disrupting the integrity of bacterial membrane of Gram-negative bacteria via a detergent-like mode of action and by depolarizing the membrane of Grampositive leading to a total disruption of this membrane. Finally, the suitability of one of our compounds to be integrated in an aerosol formulation has been demonstrated.

Ce mémoire de thèse présente mes travaux sur la détermination de la susceptibilité et de la résistance des intégrases (INs) du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) aux inhibiteurs de transfert de brins de l'IN (INSTIs) ainsi que le développement de fragments d’anticorps simple-chaîne (sdAbs) ciblant l’IN du VIH. Tout d’abord, car les études antérieures ont suggéré que les variations significatives de l’IN de souche CRF02_AG pourrait avoir des effets consécutifs sur l'interaction entre l'inhibiteur et l’IN, la susceptibilité de l’IN de souche CRF02_AG du VIH-1 aux dernières INSTIs a été déterminée. Accord avec l'étude in silico, nous avons mis en évidence que l’activité de 3’-processing et de transfert de brin des INs de souche B et de souche CRF02_AG sont comparables. La susceptibilité des INs recombinantes de souche CRF02_AG aux INSTIs utilisés (Raltégravir-RAL, Elevitégravir-EVG et L-731, 988) est similaire à celle de l’IN de souche B, malgré les variations naturelles qui se produisent dans les INs de souche CRF02_AG. Le polymorphisme de l’IN de CRF02_AG n’a pas d’effet significatif sur la susceptibilité aux INSTIs. Dans un second temps, la résistance de l’IN du VIH-2 au RAL, l’unique INSTI approuvé, a été confirmée in vitro avec des enzymes mutées portant des mutations de résistance. Les mutations aux positions 155 et 148 jouent un rôle similaire pour les VIH-1 et VIH-2, en rendant l'IN résistante au RAL. La mutation G140S confère peu de résistance, mais compense le défaut catalytique dû à la mutation Q148R. À l'inverse, Y143C seule ne confère pas de résistance au RAL excepté si la mutation E92Q est également présente. De plus, l'introduction de la mutation Y143C dans le mutant résistant N155H baisse le niveau de résistance de l’enzyme contenant la mutation N155H, ce qui pourrait expliquer l'absence de détection de ces deux mutations ensemble dans un seul génome. Enfin, des anti-VIH sdAbs avec nombreuses propriétés intéressantes ont été sélectionnés pour développer des agents antirétroviraux. Après la sélection de sdAb ciblant l’IN du VIH, nous avons obtenu des qui sdAbs qui reconnaissent spécifiquement une vaste gamme d’INs in vitro, y compris le mutant G140S/Q148R résistant aux INSTIs. Néanmoins, l'activité inhibitrice des sdAbs n'a pas été observée. Les sdAbs ciblant l’IN du VIH peuvent être utilisés pour d'autres applications, telles que des réactifs ciblant des nanocapteurs. À l'avenir, en raison des avantages uniques des sdAbs, le développement de sdAbs anti-IN du VIH qui bloquent la réplication du VIH reste attractive pour l'obtenir des inhibiteurs efficaces de l’IN. / This thesis presents the determination of susceptibility and resistance of HIV integrases (INs) to IN strand transfer inhibitors (INSTIs) and the development of single domain antibody (sdAb) targeting HIV IN. Firstly, the susceptibility of HIV-1 subtype CRF02_AG INs to the latest INSTIs was determined, since previous studies suggested that the significant variations of CRF02_AG IN may have consequential effects on the interaction between the inhibitor and IN. Consistent with in silico study, we found that 3’-processing and strand transfer activity of both HIV-1 subtype B IN and subtype CRF02_AG IN are comparable. The susceptibility of recombinant CRF02_AG INs to employed INSTIs (Raltegravir-RAL, Elevitegravir-EVG and L-731, 988) is similar to that of HIV-1 B IN. Hence, the polymorphism of CRF02_AG IN cannot significantly effect on the susceptibility to INSTIs. Secondly, the resistance of HIV-2 IN to RAL, the unique approved INSTI, has been confirmed in vitro with mutated enzymes harboring resistance mutations. Mutations at positions 155 and 148 played a similar role in HIV-1 and HIV-2, rendering the IN resistant to RAL. The G140S mutation conferred little resistance, but compensated for the catalytic defect due to the Q148R mutation. Conversely, Y143C alone did not confer resistance to RAL unless E92Q is also present. Furthermore, the introduction of the Y143C mutation into the N155H resistant background decreased the resistance level of enzyme containing the N155H mutation, possibly accounting for the lack of detection of these two mutations together in a single genome. Finally, anti-HIV IN sdAb that is endowed with many attractive properties was selected for developing antiretroviral agents. After the selections, we have obtained some sdAbs that specifically recognize a broad range of INs in vitro, including INSTI-resistance mutant G140S/Q148R. However, the inhibition activity of anti-HIV IN sdAbs has not been observed yet. Anti-HIV IN sdAbs can be applied for other application, such as targeting reagents for nanosensor. In future, development of anti-HIV IN sdAbs which are able to block HIV replication remains attractive for obtaining efficient inhibitor of IN.

Le tissu adipeux (TA) joue un rôle majeur dans les maladies métaboliques induites par l’obésité. L’activation de l’anti-oncogène p53 dans l’adipocyte a été impliquée dans le développement de la résistance à l’insuline lors de l’obésité. Cependant, les causes et les conséquences de cette activation étaient encore inconnues. Nos travaux montrent que, chez des souris obèses, le niveau d'oxydation de l'ADN est plus élevé et la longueur des télomères réduite dans le TA épididymaire. Nous observons également une augmentation des dommages à l’ADN dans les adipocytes. Ces dommages à l’ADN provoquent l’activation de la voie de réponse aux dommages à l’ADN puisque nous avons observé une activation de la voie p53 (stabilisation de la protéine et expression d’une cible p21). De manière intéressante, nous avons démontré que les dommages à l’ADN et l’activation de la voie p53 dans les adipocytes sont des événements précoces lors du développement de l’obésité qui pourraient être la conséquence d’une augmentation également précoce du stress oxydatif dans le tissu adipeux et les adipocytes. De plus, l’augmentation des dommages à l’ADN et l’activation de p53 dans les adipocytes précèdent l’inflammation du tissu adipeux et la résistance à l’insuline systémique. Nous apportons également des arguments en faveur d’un rôle causal des dommages à l’ADN et de l’activation de p53 dans l’adipocyte dans le développement de l’inflammation du tissu adipeux et la résistance à l’insuline adipocytaire. In vitro, nous montrons que la création expérimentale de dommages à l’ADN avec de la doxorubicine et l’activation pharmacologique de p53 avec l’inhibiteur de l’ubiquitine ligase Mdm2, la nutline3a, dans des adipocytes humains et murins en culture inhibent la signalisation insulinique, le transport de glucose et la translocation de Glut4 stimulés par l’insuline. Ils perturbent également l’activité sécrétoire des adipocytes. En particulier, le sécrétome de ces adipocytes possède une activité chimioattractive pour les neutrophiles et les macrophages. Des résultats préliminaires indiquent qu’il pourrait également affecter les préadipocytes en perturbant leur survie et leur différenciation en 8 adipocytes. In vivo, l’injection de doxorubicine à des souris provoque l’infiltration de neutrophiles et de macrophages dans le TA, l’inflammation du TA, et la résistance à l’insuline adipocytaire. Nous montrons également une induction précoce du locus CDKN2A dans le TA lors de l’obésité. Ce locus code pour p16INK4A, un inhibiteur des kinases dépendantes des cyclines CDK4/6, et p19ARF, un inhibiteur de Mdm2. Nous confirmons que la surexpression de p19ARF dans des adipocytes en culture permet la stabilisation de p53 et étudions actuellement l’impact de l’absence de p19ARF dans les adipocytes in vivo dans le développement des maladies métaboliques lors de l’obésité. En résumé, nos travaux démontrent que les dommages à l’ADN observés précocement dans les adipocytes lors du développement de l’obésité ont le potentiel de déclencher des signaux dépendants de p53 impliqués dans l'altération du métabolisme adipocytaire et de sa fonction sécrétoire conduisant à une inflammation du TA, un dysfonctionnement des adipocytes, et la résistance à l'insuline. / Non disponible

Les staphylocoques sont des bactéries commensales de la peau et des muqueuses. On distingue Staphylococcus aureus qui est un pathogène virulent bien connu, des staphylocoques à coagulase négative (SCoN), qui sont de plus en plus impliqués dans les infections sur matériel et multirésistants aux antibiotiques. Le linézolide (LZD) est un antibiotique de la classe des oxazolidinones qui inhibent la synthèse protéique au niveau de la SU ribosomale 50S. La résistance est liée à des mutations dans l’ADNr23S (rrl) et les protéines ribosomales ainsi qu’à l’acquisition des gènes cfr et optrA. L’objectif de la thèse était d’étudier la cinétique d’acquisition des mécanismes de résistance au LZD chez les staphylocoques. Nous avons montré in vitro chez les SCoN, que la résistance était liée à une accumulation des différents mécanismes de résistance avec une cinétique d’acquisition identique commençant par l’apparition de mutations dans les protéines ribosomales facilitant possiblement l’acquisition secondaire de mutation dans rrl. Nous avons décrit in vivo chez un patient atteint de mucoviscidose sur 5 ans que l’émergence de la résistance au LZD chez S. aureus pouvait être rapide et de haut niveau sous traitement, avec une adaptation du niveau de résistance dans le temps. Nous avons pu décrire les différentes adaptations liées à la résistance au LZD, telle que la perte d’une copie d’opéron ribosomique, ainsi que le développement d’une dépendance partielle au LZD liée à la présence du gène cfr associé à d’autres mécanismes de résistance. En conclusion, nous avons montré le rôle facilitant de certaines mutations dont le dépistage pourrait prévenir l’émergence de résistance sous traitement ainsi que le rôle de cfr dans la dépendance expliquant potentiellement sa dissémination. Enfin le rôle de mutations apparues dans des gènes non liés directement à la résistance lors de l’émergence de celle-ci devra être précisé. / Staphylococci are commensal bacteria from skin and mucous membrane. Staphylococcus aureus a well-known virulent species could be distinguish from coagulase negative staphylococci (CoNS) which are increasingly implied in indwelling devices infections and are frequently multiresistant to antibiotics. Linezolid (LZD) is an antibiotic of the oxazolidinone family inhibiting protein synthesis by binding to the 50S ribosomal SU. Resistance is related to mutations in 23S rDNA (rrl) and in ribosomal protein as well as to the acquisition of the cfr and optrA genes. We aimed to investigate resistance emergence timeline in staphylococci. We reported in vitro that resistance in CoNS was due to accumulation of resistance mechanism with a similar timeline of acquisition including firstly resistance in ribosomal proteins that probably facilitated second mutation in 23S rRNA. Our in vivo study in a cystic fibrosis patient over a 5 years that LZD resistance emergence in S. aureus could be fast with a high level under treatment and with resistance level adaptation over time. We also described different consequences of LZD resistance such as the loss of a copy of the ribosomal operon, but also the presence of a partial LZD dependence linked to the cfr gene associated with others mutations. In conclusion, we showed the facilitating role of ribosomal mutation whose screening could prevent the emergence of resistance as well as the role of the cfr gene in LZD dependence thus potentially explaining its dissemination. Finally, the role of mutations appeared in genes not directly linked to the resistance during the emergence of it should be further studied.

Théoricienne américaine particulièrement connue pour son ouvrage Trouble dans le genre, Judith Butler est une autrice amplement discutée dans le milieu académique sur les questions de genre, et considérée par plusieurs comme une penseuse centrale des théories queer. Toutefois, ses plus récents écrits ont davantage porté sur des questions politiques plus larges qui ont étendu la portée de sa réflexion à d’autres formes d’oppression, notamment à partir de réflexions sur la précarité et la vulnérabilité. Cette thèse porte sur l’œuvre de Butler, plus précisément sur ses réflexions politico-philosophiques entourant la vulnérabilité, l’agentivité et la résistance politique. J’y défends que les idées de Butler sont particulièrement pertinentes pour penser le politique et les pratiques émancipatrices, car Butler accorde une grande importance à la critique, à la résistance et aux pouvoirs d’agir des précaires. Dans mon premier chapitre, j’explique la place qu’occupe le concept de vulnérabilité dans les théories féministes contemporaines et je situe Butler au sein de cette littérature. À cette fin, je propose une nouvelle typologie des théories féministes contemporaines de la vulnérabilité se divisant en trois courants : les théories libérales, les théories du care et les théories féministes critiques. Dans le deuxième chapitre, je montre comment la conception de la vulnérabilité proposée par Butler lui permet de défendre une nouvelle compréhension de la responsabilité sociale qui fait en partie écho aux éthiques du care – un nouvel éthos de la solidarité. Puis, j’explique en quoi cette vulnérabilité est nécessairement liée à la capacité d’agir même du sujet (son agentivité) et en quoi la critique – comprise comme pratique – occupe un rôle central dans cette approche lorsque l’on parle de lutte et de résistance politique. J’y soutient également que Butler engage un discours et un cadre théorique qui permettent de parler des formes d’agir politiques employées par les opprimé·e·s, et d’envisager la création d’alliances et d’une solidarité entres les luttes. Dans le troisième et dernier chapitre, je puise chez les auteurs et autrices qui travaillent sur ce que j’appelle les silences agentifs afin d’offrir quelques exemples de résistances politiques pouvant s’inscrire dans un projet butlerien de lutte contre les inégalités, la précarité et la violence. Cet excursus dans ces écrits me permet d’analyser de manière critique l’opposition binaire qui a été historiquement constituée entre passivité et agentivité, puis entre silence et parole – mais également de défendre des pratiques politiques alternatives pouvant être mobilisées par les dépossédé·e·s.

Cette thèse de maîtrise porte sur la résistance paysanne de l’Ile-à-Vache (Haïti) face au projet de développement écotouristique de l’État sur l’île. Elle s’inscrit au carrefour des sociologies du développement et des mouvements sociaux. Il s’agit d’une recherche qualitative menée à partir d’une étude de cas avec des entretiens et des observations informelles à Ile-à-Vache. D’une part, cette thèse montre que la question foncière était le principal enjeu autour duquel le projet (éco) touristique de l’État ainsi que la résistance induite par cedit projet étaient construits. D’autre part, cette recherche met en évidence la contradiction existante entre la mise en œuvre du projet et sa prétention écotouristique à travers un choix délibéré de l’État d’exclure la population locale, les impacts socio-environnementaux néfastes et sa contribution à la dégradation des conditions matérielles d’existence des paysan.ne.s. Ce qui a occasionné un mouvement de résistance coordonné par KOPI (Konbit peyizan Ilavach) qui a fait un travail de conscientisation au niveau de la population locale sur les enjeux, menaces et dangers du projet afin de parvenir à un engagement collectif d’une part, et un travail de médiatisation qui a donné une visibilité nationale et internationale à cette résistance paysanne, d’autre part. Tout ce processus avait bénéficié de la solidarité des acteurs externes venus principalement de Port-au-Prince. Ainsi, la résistance a choisi de s’exprimer à travers des manifestations qui ont été systématiquement réprimées par la police. Le blocage était aussi une autre forme de protestation qui s’exprimait à travers des actions nocturnes et discrètes. Malgré les tentatives de cooptation et de répression, la résistance paysanne de cette île a réussi à bloquer le projet, une réussite qu’on ne saurait voir de manière isolée puisque le contexte social et politique était également important. Le mouvement national populaire contre le régime au pouvoir qui a provoqué la démission du gouvernement a favorisé ce succès.

Le glioblastome multiforme (GBM) est la tumeur cérébrale primaire la plus fréquente et la plus agressive chez l’adulte. Malgré un traitement associant radiothérapie et chimiothérapie, la récidive est quasi systématique du fait de la résistance des cellules tumorales. En effet, elles peuvent détourner des mécanismes de survie, comme l’autophagie, qui est amplifiée lorsque la disponibilité en oxygène est réduite. De la même manière, la signalisation des facteurs de croissance, comme celle des neurotrophines, est détournée de sorte à favoriser la survie cellulaire. Ces deux mécanismes sont connus pour être associés à une population de cellules tumorales particulières, les cellules souches cancéreuses (CSC), identifiées comme participant à la résistance aux traitements du GBM et à la récidive. Elles sont en effet peu sensibles à la radiothérapie et à la chimiothérapie et sont capables de reformer une tumeur. Nous avons ciblé deux objectifs principaux : i) identifier le rôle de l’autophagie et de la signalisation neurotrophique passant par TrkC dans la survie des cellules de GBM soumises à un stress hypoxique, ii) étudier l’implication de ces deux mécanismes dans la mise en place et le maintien d’un compartiment de CSC au sein de la tumeur. Nos travaux (réalisés sur quatre lignées cellulaires de GBM) ont montré que l’autophagie et la signalisation TrkC sont activées en cas de stress hypoxique court (< 24h). De plus, il existe une compensation entre ces deux voies de survie lorsque l’une ou l’autre est déficiente. Nous avons également pu mettre en évidence que la perte de l’une des voies modifie le phénotype de la population des CSC, que ce soit au niveau fonctionnel (prolifération, résistance au Témozolomide) ou au niveau de l’expression des marqueurs de cellules souches. Ainsi l’invalidation de ces voies de survie pourrait influencer l’état plutôt activé ou plutôt quiescent des CSC, ce qui modifie leur résistance au traitement. Cette capacité d’adaptation des CSC souligne l’aspect dynamique de ce compartiment dans le GBM. / Glioblastoma multiforme (GBM) is the most common and aggressive adult primary brain tumor. Despite a treatment combining radiotherapy and chemotherapy, recurrence is almost systematic because of the tumor cell resistance. Indeed, they are able to develop various survival mechanisms, such as autophagy, which is amplified in hypoxic conditions. Furthermore, several growth factors, such as neurotrophins, promote cell survival signaling. These two survival processes are highly related to the development of cancer stem cells (CSCs). CSCs have been identified as contributing to the GBM resistance to radiotherapy and chemotherapy treatments and recurrence by their ability to reconstitute a tumor. Our two main objectives were: i) to identify the role of the autophagy and neurotrophin signaling, mediated by the receptor TrkC, in survival of GBM cells under hypoxic stress condition, ii) to study the involvement of these two mechanisms in the CSCs resistance to treatment processes, and their maintenance within the tumor. Our results (assessed on four GBM cell lines) showed that both autophagy and TrkC signaling were activated in hypoxic stress conditions (<24h). Interestingly, there is a compensation between these two survival pathways. We demonstrated that the loss of one of the pathways modifies the phenotype of the CSC population, whether at a functional level (proliferation, resistance to Temozolomide) or for the expression of stem cell markers. Thus, the invalidation of these survival pathways could affect the activation state of CSCs, which modifies their resistance to the treatment. This adaptive capacity of CSCs highlights their dynamic aspects in this compartment in the GBM.

La réponse immunitaire des plantes dépend entièrement du système immunitaire inné. La perception extracellulaire de motifs moléculaires conservés associés aux pathogènes/microbes (P/MAMP) par des récepteurs de reconnaissance de motifs moléculaires (PRR) induit un type de réponse immunitaire dénommé PTI (pattern-triggered immunity). Certains pathogènes interceptent cette réponse en injectant, dans les cellules hôtes, des protéines appelées effecteurs, qui peuvent être détectés par des récepteurs immunitaires intracellulaires de la famille des NLR (nucleotide-binding domain leucine-rich repeat containing). En cas de détection, les NLRs induisent une réponse immunitaire rapide, appelée ETI (effector-triggered immunity), souvent associée à la mort des cellules hôtes. Un des NLRs présents chez l’orge, MLA, confère une ETI protectrice contre Blumeria graminis f. sp. hordei. Bien que MLA n’ait d’homologues qu’au sein de la famille monocotylédone des Triticeae, MLA est fonctionnel dans une lignée transgénique chez l’espèce dicotylédone A. thaliana. Ceci indique que le mécanisme de résistance a été conservé chez les plantes dicotylédones et monocotylédones. Chez la plante dicotylédone Nicotiana benthamiana, l’expression transitoire du domaine coiled-coil (MLACC) qui correspond aux 160 premiers acides aminés en N-terminus de MLA, suffit à induire la mort cellulaire. MLA pourrait ainsi initier un mécanisme de signalisation conservé, via son domaine MLACC. Le but de cette thèse a été de décrire le(s) mécanisme(s) de signalisation en aval de MLACC dans des lignées transgéniques d’A. thaliana. L’expression conditionnelle de MLACC induit une réponse similaire à la réponse immunitaire, et caractérisée par l’initiation d’une reprogrammation transcriptionnelle massive à ~2 h post-induction (hpi) suivie par la mort des cellules à ~4 hpi. Cette réponse est aussi induite par MLACC chez une lignée transgénique d’A. thaliana qui est simultanément dépourvue de trois composants (PEN2, PAD4 et SAG101) et des trois principales phytohormones (éthylène, acide jasmonique et acide salicylique) impliqués dans la régulation immunitaire. La comparaison des profils d’expression au cours du temps chez des plantes exprimant MLACC, avec ceux induits au cours de l’ETI et de la PTI chez A. thaliana, a révélé de larges similitudes lors de la réponse précoce. Ainsi, la signalisation initiée par MLACC, l’ETI et la PTI pourrait converger rapidement vers une machinerie de transcription commune qui active les gènes de la réponse immunitaire. De plus, ces données indiquent que le domaine MLACC de l’orge suffit à induire la réponse immunitaire normalement associée à l’ETI chez A. thaliana, et que l’activation des gènes de la réponse immunitaire peut se produire indépendamment de la PTI. La plupart (> 74.7%) des 562 gènes significativement induits à 2 hpi sont caractéristiques des gènes de type « immediate early response » puisqu’ils sont induits rapidement sans nécessiter la synthèse de novo de protéine, vraisemblablement par élimination d’un répresseur à courte durée de vie. Les régions 5’-UTR de ces gènes contiennent des motifs fortement enrichis associés à des facteurs de transcription sensibles au Ca2+, tels que le calmodulin-binding transcription activator 3 (CAMTA3) qui est rapidement dégradé au cours de l’ETI. Ceci pourrait expliquer l’inhibition totale de la réponse médiée par MLACC en présence de LaCl3, un inhibiteur des canaux calciques, inhibition qui a aussi été décrite par le passé concernant durant l’ETI et la PTI. J’ai effectué un crible génétique de mutants obtenus par mutagénèse chimique et ainsi identifié trois candidats suppresseurs de la réponse médiée par MLACC. La purification des complexes protéiques associés à MLACC, ainsi qu’un crible en double-hybride chez la levure ont permis d’identifier plusieurs candidats interagissant avec MLACC. Ces approches ont révélé de nouveaux candidats impliqués dans la signalisation médiée par MLACC. / Plants rely entirely on innate immunity to fight pathogens. Extracellular perception of evolutionarily conserved pathogen/microbe-associated molecular patterns (P/MAMP) by membrane-resident pattern recognition receptors (PRRs) leads to pattern-triggered immunity (PTI). Host-adapted pathogens intercept PRR-mediated immunity by delivering effectors into host cells. These polymorphic effectors can be recognized by intracellular immune receptors of the nucleotide-binding domain leucine-rich repeat (NLR) family. Upon effector recognition, NLRs trigger a rapid immune response, termed effector-triggered immunity (ETI), which is typically associated with a host cell death response. In barley, the NLR MLA confers ETI against the pathogenic powdery mildew fungus, Blumeria graminis f sp hordei. Although MLA orthologues are found only in the Triticeae family of monocotyledonous plants, barley MLA is functional in transgenic dicotyledonous A. thaliana, indicating that the underlying disease resistance mechanism has been evolutionarily conserved for at least 150 Mya in monocot and dicot plants. In dicotyledonous Nicotiana benthamiana, transient gene expression of the coiled-coil (MLACC) domain, consisting of the N-terminal 160 amino acids of the receptor, was sufficient to activate a cell death response, raising the possibility that MLA initiates a conserved signalling mechanism through the MLACC domain. This thesis aimed at identifying signalling mechanism(s) acting downstream of the MLACC module in transgenic A. thaliana. Conditional MLACC expression triggered immune-related responses, characterized by a rapid onset of massive changes in gene expression at ~2 h post induction (hpi), followed by cell death at ~4 hpi. These MLACC–triggered responses are retained in A. thaliana plants simultaneously lacking the immune components PAD4, SAG101, PEN2, and all major defence phytohormones, i.e. ethylene, jasmonic acid, and salicylic acid. A comparison of time-resolved and genome-wide transcript profiles in MLACC-expressing plants with expression profiles induced during ETI and PTI by endogenous A. thaliana NLRs or PRRs revealed at early time points highly similar patterns. This suggests that early signalling mediated by MLACC, ETI, and PTI converges on a common transcriptional machinery that activates immune response genes, indicating that the barley MLACC domain is sufficient to stimulate an ETI response in A. thaliana. This also shows that activation of these immune response genes can occur independently of PTI. Most (> 74.7%) of the 562 genes that were significantly upregulated at 2 hpi in MLACC-expressing plants are immediate early response genes since their induction does not depend on de novo protein synthesis, suggesting that these genes are activated by the removal of short-lived repressors. In the 5’ regulatory regions of the early induced genes, I found a striking enrichment of cis-acting motifs that serve as binding sites for Ca2+-responsive transcription factors, including the calmodulin-binding transcription activator 3 (CAMTA3), which is known to be rapidly degraded during ETI. This might explain complete inhibition of MLACC–mediated responses by the Ca2+ channel inhibitor LaCl3, which was previously also reported for several NLR-mediated and P/MAMP-triggered responses. Using chemical mutagenesis, I identified three candidate suppressor mutants of MLACC-mediated responses. Affinity purification of MLACC complexes and a yeast two-hybrid screen identified several MLACC candidate interacting proteins. Together this has revealed novel candidate components engaged in MLACC signalling.

Streptococcus pneumoniae est le pathogène bactérien le plus important des voies respiratoires chez les adultes et les enfants causant la pneumonie, la bronchite et l’otite de l’oreille moyenne. Cette bactérie est responsable d’une morbidité et d’une mortalité importante, entre autres, chez les jeunes enfants. La prévalence générale des souches de pneumocoques résistants et multirésistants est en hausse dans le monde compliquant la thérapie antimicrobienne vis-à-vis cette bactérie. Face à cette problématique, nous avons voulu caractériser les mécanismes de résistance à la ciprofloxacine (CIP), la tétracycline (TC) et la tigécycline (TGC) chez des mutants sélectionnés en laboratoire et des souches cliniques afin de potentiellement découvrir de nouvelles cibles diagnostiques de la résistance vis-à-vis ces molécules. L’approche génomique utilisée dans cette thèse (séquençage de génome et transformation) a permis de faire la caractérisation génotypique et phénotypique des mutants résistants aux trois antibiotiques utilisés dans l’étude. Cette approche, en plus de préciser le rôle des mutations dans les gènes parC et gyrA dans la résistance à la CIP, a permis de déterminer que le pneumocoque peut mettre en place des mécanismes de résistance secondaires le rendant résistant à la CIP et à la TC. En effet, l’acquisition d’une mutation dans le gène spr1902 protège la bactérie contre les dérivés réactifs à l’oxygène (ROS) induit par la CIP. De plus, la surexpression de PatA/PatB ainsi que la présence de mutations dans l’opéron du transporteur PatA/PatB induit de faibles niveaux de résistance à la CIP et à la TC, en absence de tetM et tetO. Un lien a également été établi entre la résistance à la TC et la surexpression de gènes de la voie de biosynthèse de la thiamine chez des souches de S. pneumoniae non-sensibles à la TC. Finalement, les mécanismes de résistance à la TGC ont été décrit, pour la première fois, chez le pneumocoque (mutations dans la protéine ribosomale S3 (rpsC ; spr0195), S10 (rpsJ; spr0187), l’ARNr 16S et une méthyltransférase de l’ARNr 16S hypothétique (spr1784). Ceuxi-ci causent une résistance croisée aux TCs de première et deuxième génération. Dans cette thèse, nous avons mis en lumière de nouveaux marqueurs de la résistance aux antibiotiques chez S. pneumoniae. / Streptococcus pneumoniae is a Gram-positive pathogen responsible for pneumonia, bronchitis and otitis media leading to considerable morbidity and mortality among children and adults. The prevalence of resistant and multi-resistant strains increases worldwide impairing antimicrobial treatments toward this bacterium. We characterised resistance to ciprofloxacin (CIP), tetracycline (TC) and tigecycline (TGC) in laboratory-derived resistant mutants and unsusceptible clinical isolates to further our comprehension of resistance mechanisms and potentially uncover new therapeutic and diagnostic targets toward these drugs. The genomic approaches used in this thesis (genome sequencing and DNA transformation) allowed the phenotypic and genotypic characterisation of mutants resistant to three antibiotics. By this approach, the role of parC and gyrA mutations in CIP resistance was confirmed and even extended and it was also possible to determine that S. pneumoniae may select secondary mechanisms of resistance to CIP and TC besides target-site mutations. Acquisition of a mutation in spr1902 is shown to protect the bacteria against oxygen-reactive species induced by CIP. Furthermore, overexpression of the ABC transporter PatA/PatB and mutations in the coding region of this transporter confer low-level resistance to CIP and TC. A link was also established between TC resistance and overexpression of genes involved in the thiamine biosynthesis and salvage pathway in S. pneumoniae TC non-susceptible isolates. Finally, for the first time, the mechanisms of resistance to TGC in S. pneumoniae were described (mutations in ribosomal protein S3 (rpsC; spr0195), S10 (rpsJ: spr0187), 16S ribosomal RNA (rRNA) and a putative 16S rRNA methyltransferase). These confer cross-resistance to first and second generation TCs. This work highlights new markers of antibiotic resistance in S. pneumoniae.