No description available.

No description available.

Récemment, les microbiotes pulmonaires bactériens d’un nombre très limité de patients atteints de mucoviscidose et de pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) ont été étudiés en utilisant l'amplification du gène 16S rDNA bactérien suivie par la construction de librairies de clones et différentes approches de séquençage. Ces études ont montré que la population microbienne de patients atteints de maladies respiratoires était plus diversifiée que prévue. Dans l'étude actuelle, nous utilisons une approche comparable pour identifier exhaustivement les agents pathogènes (bactéries, virus, et champignons) composant le microbiote pulmonaire associé aux pneumopathies développées en unités de réanimation. L'étude a inclus des patients admis en réanimation et présentant des formes de pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (n = 106), de pneumopathies communautaires (n = 32), de pneumopathies nosocomiales sans ventilation mécanique (n = 22) et de pneumopathies d’aspiration (n = 25). Une cohorte de 25 patients admis en réanimation et ne présentant pas de symptômes de pneumopathie a été étudiée comme contrôle. Cette première partie du travail amènera ainsi à réaliser un catalogue exhaustif des agents de pneumopathies nosocomiales ; à connaître la prévalence des agents identifiés et d’identifier les co-infections fréquemment observées, et surtout à vérifier si ces agents peuvent être identifiés ou pas dans les prélèvements respiratoires profonds de patients non symptomatiques. Pour réaliser cette partie du travail, des séries de prélèvements, incluant des prélèvements de lavage broncho-alvéolaire (LBA), des prélèvements de sang et d'urine ont été étudiés. Ces prélèvements ont été testés par des moyens d’identification moléculaire moderne basés sur l’amplification de gènes conservés (gènes16S rDNA des bactéries et gène 18S rDNA des champignons) suivie par clonage et séquençage à grande échelle. D’autres pathogènes atypiques sont ciblés par des tests de PCR avec utilisation d’amorces spécifiques. Nous avons également inclus la culture, la co-culture d’amibes, la détection sérologique d'anticorps dirigés contre des agents sélectionnés et des tests d'antigène urinaire, afin de comparer ces tests de routine aux approches moléculaires. Comme résultats, les tests moléculaires nous ont permis d’identifier un vaste répertoire de 160 espèces bactériennes dont 73 n'ont jamais été précédemment rapportées à l’étiologie des pneumopathies. En outre, nous avons trouvé 37 phylotypes bactériens potentiellement nouveaux. Nous avons également identifié 24 espèces de champignons dont 6 n'ont pas été précédemment rapportées à l’étiologie des pneumopathies, 7 virus et étonnamment 6 espèces de plantes. De plus, certains agents pathogènes considérés comme typiques aux pneumopathies nosocomiales tels que Pseudomonas aeruginosa et des Streptococci ont été détectés chez les contrôles comme chez les patients. Cet étonnant résultat souligne l'existence d'un noyau de microbiote pulmonaire.Dans un deuxième travail, faisant suite aux travaux effectués dans notre laboratoire et qui ont pu mettre en évidence que 19% des pneumopathies nosocomiales étaient déterminées par des microorganismes associés aux amibes (MAAs) de l’eau préalablement ignorés ou négligés, nous avons utilisé un test d'immunofluorescence multiplexe pour tester la prévalence des anticorps contre les MAAs dans le sang de patients admis en réanimation et atteints de pneumopathies et la comparer à la prévalence au moment de l'admission. Comme résultat, nous démontrons que certains MAAs peuvent être plus fréquemment détectés après des épisodes de pneumopathies nosocomiales que lors de l’admission. En outre, la réponse immunitaire aux MAAs semble augmenter lorsque le séjour en réanimation est prolongé. Enfin, nous avons mis au point une stratégie de metagénomique pour tester les prélévements pour lesquels aucune étiologie n’a été retrouvée. [...] / Recently, bacterial microbiota from a limited number of patients with cystic fibrosis and ventilator-associated pneumonia (VAP) was studied using 16S rDNA gene amplification followed by clone libraries construction and sequencing. These studies have showed that the microbial population of patients with respiratory infections was more diverse than expected. In the current study, we use a similar approach to identify exhaustively the pathogens (bacteria, viruses, and fungi) comprising the microbiota associated with episodes of pneumonia developed in the intensive care units (ICU). Our study included patients admitted to ICUswith with episodes of ventilator-associated pneumonia (n = 106), community-acquired pneumonia (n = 32), nosocomial pneumonia without mechanical ventilation (n = 22) and aspiration pneumonia (n = 25). A cohort of 25 patients admitted to ICUs without symptoms of pneumonia were studied as controls. This first part of the work enables to prepare an exhaustive repertoire of nosocomial pneumonia pathogenes; to know the prevalence of the pathogens identified and to identify co-infections frequently observed, and especially to ascertain whether these agents can be identified or not in the respiratory samples of patients without symptoms of pneumonia. To perform this part of work, series of samples, including bronchoalveolar lavage (BAL) samples, blood samples and urine samples were collected. These samples were tested by means of modern molecular tools based on the amplification of conserved genes (bacterial 16S rDNA and fungal 18S rDNA genes), followed by highthroutput cloning and sequencing. The atypical pathogens are targeted by PCR tests using specific primers and probes. We also included culture, amoeba co-culture, serological detection of antibodies against selected agents and urinary antigen testing, to compare these routine tests to molecular approaches. Based on molecular testing, we identified a wide repertoire of 160 bacterial species of which 73 were never previously reported in pneumonia samples. Moreover, we found 37 putative new bacterial phylotypes. We also identified 24 fungal species of which 6 have not been previously reported in pneumonia, 7 viruses and surprisingly 6 plant species. Some pathogens considered being typical for ICU pneumonia such as Pseudomonas aeruginosa and Streptococcus species may be detected as commonly in controls as in pneumonia patients which strikingly highlight the existence of a core of pulmonary microbiota.In a second work, following previous works performed in our laboratory which were able to show that 19% of nosocomial pneumonia were determined by micro-organisms associated to amoebae (AAMs) previously ignored or neglected, we used a recent test based on multiplex serology to test for the prevalence of antibodies against the AAMs in the blood of patients admitted to ICU and developed episodes of pneumonia and compare it to the prevalence at the time of admission (controls). As a result, we demonstrate that some AAMs may be more frequently detected after episodes of nosocomial pneumonia than at the admission. In addition, the immune response to AAMS appears to increase when the ICU stay is prolonged.Finally, in order to explore samples for which no microbial aetiology was found, we have developed a subtractive hybridization metagenomic strategy and tested it on different clinical samples. The sensitivity of this strategy was also evaluated. We have demonstrated that our method, based on the detection of DNA and RNA of microorganisms in a single test, allows sensitive detection of different types of microorganisms.

O charque é um produto cárneo tipicamente brasileiro, salgado e seco ao sol, ainda produzido de maneira artesanal. Durante sua produção há uma etapa de fermentação, realizada pela microbiota naturalmente presente na matéria-prima, o que dificulta a padronização do produto, e pode influenciar negativamente em suas características sensoriais e qualidade microbiológica. O controle da etapa de fermentação do charque seria uma alternativa para minimizar este problema e, neste contexto, as bactérias láticas produtoras de bacteriocinas se enquadram de forma interessante. A microbiota autóctone de charque inclui principalmente bactérias láticas e micro-organismos halofílicos e halotolerantes, sendo assim, este produto apresenta potencial como fonte para o isolamento de novas bactérias láticas produtoras de bacteriocinas. Assim, este trabalho teve por objetivo isolar e identificar culturas de bactérias láticas produtoras de bacteriocinas naturalmente presentes no charque, caracterizar parcialmente as bacteriocinas produzidas por essas culturas, avaliar seu potencial de aplicação neste produto para a melhoria de sua qualidade microbiológica e avaliar seu efeito na ecologia microbiana do charque, nas diferentes etapas de sua fabricação. Através da técnica de tripla camada em ágar foi isolada uma cepa de Lactococcus lactis subsp. lactis apresentando o gene codificador para nisina Z e com capacidade de inibir, in vitro, micro-organismos medianamente e altamente halotolerantes isolados de charque, além de outros micro-organismos deteriorantes e patogênicos importantes em alimentos, como Lactobacillus spp., Listeria monocytogenes e Staphylococcus aureus. A bacteriocina produzida pela cepa isolada neste estudo também possui características interessantes para sua aplicação na bioconservação de alimentos, como resistencia ao calor, presença de agente químicos e altos teores de NaCl, além de não ser afetada pelo pH. A aplicação dessa cepa em charque modelo resultou na redução de até 2 ciclos log na população de micro-organismos halotolerantes, indicando apresentar um potencial de aplicação como agente de bioconservação do produto. Os ensaios de avaliação da ecologia microbiana, empregando DGGE, indicaram que a fermentação natural do charque ocorreu com a participação de bactérias láticas dos gêneros Lactobacillus, Streptococcus, Lactococcus e de micro-organismos halotolerantes do gênero Staphylococcus. Além disso, os estudos referentes à dinâmica populacional demonstraram que a adição da cepa bacteriocinogênica ao charque não influenciou, de forma qualitativa, as populações presentes no produto. / Charqui is a Brazilian traditional meat product, salted and sun-dried, still manufactured without control of the fermentation step, which is performed by the indigenous microbiota. This fact interferes on the standardization of the product and can negatively affect the sensorial properties and microbiological quality. The application of a known microbiota would be an alternative to minimize this problem and the bacteriocin-producing lactic acid bacteria can can fit in this purpose. The charqui indigenous microbiota mainly includes lactic acid bactéria and halophilic and halotolerant microorganisms, therefore, this product presents a potencial as a source for the isolation of new bacteriocin-producing lactic acid bacteria. The aim of the present work was to isolate and identify bacteriocin-producing lactic acid bacteria from charqui, characterize the bacteriocins produced by the isolated culture, evaluate its potential as biopreservative in charqui and its influence on the microbial populations during the manufacture of the product. A bacteriocinogenic Lactococcus lactis subsp. lactis strain was isolated from charqui through the triple-layer agar technique. This strain produces a nisin-like bacteriocin capable to inhibit in vitro medium and highly halotolerant bacteria isolated from charqui and other food-borne pathogenic and spoilage microorganisms. The application of this strain for charqui manufacturing caused a reduction of up to 2 log in the halotolerant bacteria population, evidencing its potential application for charqui biopreservation. Studies in the populational dynamics using DGGE indicated that the presence of the bacteriocinogenic strain did not affect the microbial populations in the product.

O filo Myxozoa possui uma grande diversidade, sendo conhecidas cerca de 2300 espécies, as quais infectam principalmente peixes, mas também anfíbios répteis e aves. Para este estudo, coletas dos peixes de água doce foram realizadas no Pantanal Mato-grossense (estados de Mato Grosso e do Matogrosso do sul) e no Rio Mogi Guaçu e piscicultura do CEPTA/ICMBio (estado de São Paulo), visando estudos moleculares e morfológicos de mixosporídeos parasitas de 6 espécies de peixes. Os resultados das análises moleculares (amplificação e sequenciamento do gene 18S rDNA) e morfológicas revelaram a ocorrência de 11 espécies de mixosporídeos, sendo cinco parasitas comuns a Pseudoplatystoma corruscans e Pseudplatystoma fasciatum, três parasitas de Salminus brasiliensis, uma espécie parasita de Brycon hilarii, uma de Zungaru jahu e outra de Piaractus mesopotamicus. Das onze espécies, cinco ainda não são descritas pela literatura. A análise filogenética, utilizando o método de Neighbor-Joining, mostrou que o agrupamento das espécies ocorre principalmente de acordo com a proximidade filogenética de seus hospedeiros e que todas as espécies da América do Sul agruparam em um clado monofilético. Foi observado, em alguns pontos da árvore filogenética, que o tropismo de tecido e/ou órgão de infecção caracteriza um importante fator de seleção evolutiva. Com menor frequência também foi observado alguns agrupamentos resultantes de parasitas cuja maior relação aparente era a sua localização geográfica, porém, novos estudos ainda são necessários para determinar o verdadeiro papel deste fator na evolução dos mixosporídeos. / The phylum Myxozoa has a great diversity, with about 2300 known species, which infect mainly fishes, but also amphibians, reptiles and birds. In this study, freshwater fishes were caught in the Brazilian Pantanal wetland (Mato Grosso and Mato Grosso do Sul states) and in the Mogi Guaçu River and CEPTA/ICMBio\'s fishfarm (São Paulo state) aiming the molecular and morphological studies of myxosporeans parasites of 6 fish species. The results of molecular (amplification and sequencing of the 18S rDNA gene) and morphological analysis revealed the occurrence of 11 species of myxosporeans, five of them infecting both Pseudoplatystoma corruscans and Pseudoplatystoma fasciatum, three parasites of Salminus brasiliensis, one specie infecting Brycon hilarii, one infecting Zungaro jahu and another infecting Piaractus mesopotamicus. Of these eleven species, five are not yet described by literature. The phylogenetic analysis, using the Neighbor-joining method, showed that the species clustered mainly according to the phylogenetic distance of their hosts and that all species of South America were grouped in a monophyletic clade. In some positions of the phylogenetic tree was observed that tissue tropism and/or organ of infection characterized an important factor in evolutionary selection. Less frequently was also observed some groups containing species which the major apparent relation is its geographical position, however, new studies are still needed to determine the true role of this factor in the evolution of myxosporeans.

O nucléolo é uma organela subnuclear formada pela atividade transcricional dos genes ribossomais 18S-5.8S-26S (rDNA 45S) e consequente biogênese dos ribossomos. A atividade destes genes resulta na região organizadora do nucléolo (NOR), na forma de uma constrição secundária em cromossomos metafásicos. As constrições secundárias se condensam progressivamente durante a mitose e se descondensam ao final da telófase quando a reestruturação do nucléolo se inicia. Genomas que apresentam mais de um locus de rDNA 45S deve apresentar, obrigatoriamente, pelo menos um par de NORs, enquanto os demais loci poderão ou não serem expressos. O controle da expressão dos genes ribossomais e a formação da cromatina nucleolar são modulados por eventos epigenéticos. Embora alguns pontos sobre o funcionamento dos genes ribossomais e a formação do nucléolo estejam bem estabelecidos, questões como o padrão de condensação da cromatina nucleolar durante a mitose, o padrão de funcionamento de sítios adicionais de genes ribossomais, o papel das modificações epigenéticas na dinâmica da cromatina nucleolar e na expressão do rDNA 45S e o mecanismo de herança dos genes ativos, permanecem abertas. A espécie Crotalaria juncea (Leguminosae-Papilionoideae), com 2n=2x=16 cromossomos, que possui um locus de rDNA 45S no braço curto do cromossomo 1, que sempre forma constrição secundária, e um sítio adicional com atividade facultativa no braço curto do cromossomo 4, é um excelente modelo para o estudo destas questões. No contexto apresentado, foram estudadas a dinâmica de condensação das NORs durante o ciclo celular e sua correlação com a atividade dos genes ribossomais, incluindo o locus adicional, e ainda o papel da metilação da citosina do DNA durante estes processos. Os resultados demonstram que a cromatina da região organizadora do nucléolo segrega em um estado descondensado durante a mitose, na forma de constrição secundária, ou seja, tal estrutura não se condensa durante a metáfase e não volta a se distender no início da telófase. Aparentemente, o que causa correlações equivocadas entre a atividade nucleolar e a observação morfológica da constrição secundária na metáfase é a contração forçada da cromatina da NOR causada por agentes antimitogênicos. Este modelo de segregação em um estado aberto pode ser explicado pela descrição de diversas proteínas que permanecem diretamente ligadas ou indiretamente associadas à região da NOR durante a mitose, funcionando como uma barreira física para a compactação. Ambos os sítios, principais e adicionais, do rDNA 45S presentes em Crotalaria juncea apresentam atividade transcricional, embora o locus do cromossomo 4 mostre atividade facultativa. Ao contrário do que foi anteriormente proposto, uma vez ativo, o locus adicional permanece descondensado durante todo o ciclo mitótico, seguindo o mesmo comportamento dos sítios principais. As constrições secundárias e a cromatina nucleolar são hipermetiladas em nível citológico, independentemente de sua atividade. A aparente hipometilação observada no rDNA 45S em cromossomos mitóticos e núcleos interfásicos se deve ao menor grau de compactação da região organizadora do nucléolo e, consequentemente, à baixa densidade de cromatina. / The nucleolus is a subnuclear organelle formed as a result of transcriptional activity of ribosomal RNA genes 18S-5.8S-26S (45S rDNA) and subsequent ribosome biogenesis. This activity forms the nucleolar organizing region (NOR) as a secondary constriction in metaphase chromosomes. The secondary constrictions progressively condense during mitosis and decondense at the end of telophase, when nucleoli start to reassemble. Genomes presenting more than one 45S rDNA locus must have at least one pair of NOR bearing chromosomes, while other loci may be expressed or not. Ribosomal gene expression and nucleolar chromatin assembly are modulated by specific epigenetic events. Although some topics related to rDNA gene activity and nucleolus formation are well understood, questions such as the behavior of nucleolar chromatin condensation during mitosis, standard functions associated with rDNA additional sites, role of epigenetic modifications in nucleolar chromatin and 45S rDNA expression processes, and inheritance mechanism of active genes, remain to be solved. Crotalaria juncea (Leguminosae - Papilionoideae) has 2n=2x=16 chromosomes and carries a 45S rDNA locus at the short arm of chromosome 1, always presenting a secondary constriction, and an additional site with facultative activity at the short arm of chromosome 4, being an excellent model to resolve these questions. Thus, this study aimed to study NOR condensation dynamics during the cell cycle and its correlation with ribosomal gene activity, including the additional locus, while analyzing the role of rDNA cytosine methylation during this process. The results show that NOR chromatin segregate in a decondensed way throughout mitosis, as a secondary constriction. In other words, this structure does not condense during metaphase and the NOR is not reassembled at the beginning of telophase. Misinterpretations relating nucleolar activity with morphological observations of secondary constrictions, appear to be induced by the artificial contraction of NOR chromatin caused by antimitotic drugs. This segregation model in an open state may be supported by strong diversity of proteins that are maintained attached to NORs during mitosis, serving as a physic barrier for condensation. Both principal and additional 45S rDNA sites of C. juncea are transcriptionally active, although the additional locus in chromosome 4 presented facultative activity depending upon ribosomal request. Unlike what was previously proposed, once the additional site is activated, it remains in an open configuration throughout the cell cycle, similarly to principal site behavior. Secondary constrictions and nucleolar chromatin are hypermethylated at cytological level, regardless of their activity. The seeming hipomethylated state of 45S rDNA in interphase nucleus and mitotic chromosomes is due to a lower compaction level of nucleolar organizing regions and subsequent low chromatin density.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ricardo Oliveira Brito.pdf: 1923139 bytes, checksum: 08b643e5706fe65ed2608e5a4ed4e1e9 (MD5) Previous issue date: 2011-03-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The order Thysanoptera comprises small insects known as thrips, which present different life histories and habits; they reproduce by haplodiploidy, and reached the status of prague by their feeding damage to plants. Their systematics, taxonomy and phylogenetic relationships are complicated, due to the small morphological variation among the taxa. Thus, this study aimed to analyze three species of the family Phlaeothripidae: Gynaikothrips uzeli, Liothrips sp. and Pseudophilothrips gandolfoi through conventional and molecular cytogenetics giving emphasis to the evolutionary processes that have occurred during the differentiation karyotype in the group, reinforcing the importance of cytogenetic studies as a tool for taxonomy of order, in addition to estimate genetic population parameters of G. uzeli. To that end, we analyzed the diploid number, the chromosome morphology, the distribution pattern of the heterochromatic regions, the chromosomes bearing Ag-NORs and performed mapping physical for cístrons of rDNA 18S. In addition, it was estimated the genetic variability and population structure of G. uzeli through the RAPD marker. The results obtained with the probe of 18S rDNA revealed a pair chromosomal bearer of RON in the three species, however, in G. uzeli only one of the elements of chromosomal 13 pair was marked. In addition, the results of cytogenetic analysis indicate that the genera Pseudophilothrips and Liothrips display strong similarities in their chromosomal complements. The low genetic variability, observed with the RAPD marker for G. uzeli, and result of the system of sexual determination haplodiploidy and ecological features. The cytogenetic analysis revealed differences that are difficult to observe the morphological level, demonstrating the importance of this methodology for systematic and taxonomy and clarification of complex evolutionary patterns presented in the order. / A ordem Thysanoptera compreende pequenos insetos conhecidos como tripes, os quais apresentam diversas histórias de vida e hábitos, se reproduzem por haplodiploidia, e alcançaram o status de praga por sua alimentação danificar as plantas. Sua sistemática, taxonomia e relações filogenéticas são complicadas, devido à pequena variação morfológica entre os taxa. Assim, este trabalho teve como objetivo analisar três espécies da família Phlaeothripidae: Gynaikothrips uzeli, Liothrips sp. e Pseudophilothrips gandolfoi através de citogenética convencional e molecular dando ênfase aos processos evolutivos que ocorreram durante a diferenciação cariotípica do grupo, reforçando a importância da citogenética como ferramenta para taxonomia da ordem, além de estimar parâmetros genético populacionais de G. uzeli. Para tal, foi analisado o número diplóide, a morfologia cromossômica, o padrão de distribuição das regiões heterocromáticas, os cromossomos portadores de Ag-RONs e realizado o mapeamento físico dos cístrons de rDNA 18S. Além disso, foi estimada a variabilidade genética e a estrutura populacional de G. uzeli através do marcador RAPD. Os resultados obtidos com a sonda de rDNA 18S revelaram um par cromossômico portador da RON nas três espécies, no entanto, em G. uzeli somente um dos elementos cromossômicos do 13º par foi marcado. Em adição, os resultados da análise citogenética indicam que os gêneros Pseudophilothrips e Liothrips apresentam grandes semelhanças em seus complementos cromossômicos. A Baixa variabilidade genética, observada com o marcador RAPD, para G. uzeli, é resultado do sistema de determinação sexual haplodiplóide e de características ecológicas. As análises citogenéticas revelaram diferenças que são difíceis de observar no nível morfológico, demonstrando a importância desta metodologia para a sistemática e a taxonomia e no esclarecimento dos complexos padrões evolutivos apresentado pela ordem.

Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2017-10-18T13:46:42Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Barbara de Melo.pdf: 1643171 bytes, checksum: abd718922152e41d663027fa3f15740b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-18T13:46:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Barbara de Melo.pdf: 1643171 bytes, checksum: abd718922152e41d663027fa3f15740b (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A subfamília Alticinae é considerada moderna com grande variação de número diplóide e sistema de determinação sexual. Considerando a tribo Systenini apenas seis espécies foram analisadas citogeneticamente e essas espécies possuem grande variação no número cromossômico e no sistema de determinação do sexo. Oedionychina, por outro lado, apresenta espécies com número diploide e sistema de determinação sexual conservados de 2n=22=20+X+y com cromossomos sexuais gigantes e assinápticos. A análise das Regiões Organizadoras de Nucléolo (RONs) tem sido realizada principalmente através de Impregnação pelo Íon Prata, poucas espécies de Alticinae têm sido analisadas através de Hibridação in situ Fluorescente até o presente momento. O mapeamento do gene ribossomal 5S foi analisado apenas em espécies de Scarabaeidae. Com relação ao cístron 45S somente 3 espécies de Alticinae foram descritas. Assim, o objetivo desse trabalho foi caracterizar citogeneticamente seis espécies de Alticinae (Omophoita octoguttata, Omophoita personata, Omophoita magniguttis, Alagoasa coccinelloide, Alagoasa florigera e Systena tenuis), visando estabelecer as diferenças cariotípicas e as estratégias de diferenciação cromossômicas, para compreender as relações evolutivas entre as espécies. A análise citogenética das espécies A. coccinelloide, A. florigera e S. tenuis estão concordantes com os dados da literatura. O número diploide das espécies do gênero Alagoasa é de 2n=22=20+X+y com cromossomos sexuais gigantes e assinápticos que segregam corretamente na anáfase I. S. tenuis apresentou o número diplóide de 2n=32=15II+neoXY. O uso de fluorocromo em S. tenuis mostrou à presença de regiões pericentrométicas ricas em repetições AT. A Hibridação in situ do Genoma confirmou o mecanismo cromossômico neoXY. A realização da FISH com sonda de 18S e 5S evidenciou que em O. octoguttata, O. personata e A. coccinelloide ocorre a presença de um par autossômico portador dos genes ribossomais. O. magniguttis e A. florigera mostraram uma derivação no cariótipo apresentando dois e três pares de cromossomos portadores dos genes ribossomais respectivamente. A dupla FISH mostra que, nas 5 espécies os genes estão colocalizados. S. tenuis evidenciou múltiplos sítios desses genes, e a dupla FISH mostrou os genes estão em cromossomos separados ou colocalizados. A FISH com fibras estendidas mostrou que em todos os casos os genes estão dispostos de forma interespaçada. / The Alticinae subfamily is considered modern with wide variation of the diploid number and sex determination system. Considering the Systenini tribe only 6 species were cytogenetically analyzed and these species exhibit wide variation in the chromosome number and the system of sex determination. Oedionychina, on the other hand, present species with diploid number and sex determination system conserved of 2n=22=20+X+y, with extremely large and asynaptic sex chromosomes. The analysis of Nucleolus Organizer Regions (NORs) has been attempted mainly by impregnation of the Ag-NOR, and a few species of Alticinae have been examined by using Fluorescent in situ Hybridization to date. The mapping of 5S ribosomal gene was analyzed only in Scarabaeidae species. In relation to the 45S cistron only three species of Alticinae have been described. The aim of the present study was characterize cytogenetically 6 species of Alticinae (Omophoita octoguttata, Omophoita personata, Omophoita magniguttis, Alagoasa coccinelloide, Alagoasa florigera e Systena tenuis), in order to determine the karyotype differentiation and the strategies of chromosome differentiation to understand the evolutionary relation among the species. The cytogenetic analysis of A. coccinelloide, A. florigera and S. tenuis are in accordance with the literature data. The diploid number of the Alagoasa species is 2n=22=20+X+y with large sex chromosomes, which are asynaptic although have regular segregation in anaphase I. Systena tenuis presented the diploid number of 2n=32=15II+neoXY. The fluorocrome analysis in S. tenuis showed the presence of pericentromeric region rich in AT repetitions. The Genome In situ Hybridization confirmed the system of sex determination of the type neoXY. Performing FISH with 18S and 5S probe revealed the presence of one autosomal pair carrier the ribosomal genes in O. octoguttata, O. personata and A. coccinelloide. Derivations on karyotype showing two or three pairs of chromosomes carrying of the ribosomal genes have been observed in O. magniguttis and A. florigera, respectively. The double FISH showed that genes are colocalized in the five species. S. tenuis showed multiple sites of these genes, and the double FISH showed the genes are in separate chromosomes or colocalized. The extended fiber FISH showed that in all cases the genes are interspersed arranged.

Cryptomonads are in majority autotrophic biflagellate organisms living in aquatic environments, which can be marine, brackish and freshwater. Although cells are easily reckonable at class level due to the asymmetrical shape and the gyrating swimming motion, the identification of species needs a broad morphological approach associated to molecular data. The group\'s taxonomy is confusing and controversial, due to authors\' disagreement concerning the diacritic features for taxa identification, and even the validity of the taxa. Furthermore, cryptomonads cells, many times, are diminutive and do not possess rigid structures, complicating the morphological distinction. Consequently, the knowledge of the group\'s biodiversity is very incomplete and based on very limited sampling. Accordingly, the present study aimed to enhance the knowledge of the cryptomonads species diversity maintained in cultures. We used 53 strains for the study of the phylogenetic diversity, using sequences of nuclear SSU and ITS2, and nucleomorph SSU rDNA. Six strains had their morphologies investigated by the use of light, confocal, scanning and transmission electron microscopies. As result, one new record for the Atlantic Ocean was registered, Nephroselmis viridis, a green algae genus initially described as Cryptophyceae. In addition, four new species form coastal regions of Brazil were described, Hemiselmis aquamarina, Rhodomonas iguapensis, Rhodomonas marataiama and Rhodomonas potiguaris. The first, has a new type of phycobiliprotein, Cr-PC- 564, and the others Cr-PE 545. All the new species proposed were highly supported as monophyletic lineages. Our molecular results suggest that Rhinomonas and Storeatula must be invalidated because these genera are not monophyletic and the morphological traits are not phylogenetic informative. The newly described species were also the first cryptomonads described for the marine environment of Brazil. Consequently, the present study contributed significantly to the initial knowledge of cryptomonads composition in the South Atlantic / Criptofíceas são organismos biflagelados, majoritariamente autotróficos, que habitam ambientes aquáticos, sejam marinhos, dulcícolas ou salobros. Embora facilmente diagnosticáveis em microscópio de luz devido à sua forma assimétrica e aos movimentos giratórios do nado, a identificação em nível específico exige uma ampla abordagem morfológica associada a dados molecular. A taxonomia do grupo é confusa, na qual os autores se contradizem a respeito dos caracteres diacríticos para identificação dos táxons e até mesmo da validade dos táxons. Tanta discussão advém do fato das células de criptofíceas muita das vezes serem diminutas e não possuírem estruturas rígidas, sendo difícil a sua distinção morfológica. Consequentemente, o conhecimento da biodiversidade do grupo é bastante incompleto e baseado em amostragens muito limitadas. Dessa forma, o presente estudo visou ampliar o conhecimento da diversidade de espécies de criptofíceas mantidas em culturas. Foram utilizadas 53 cepas para estudo da diversidade filogenética por meio dos marcadores nuclear SSU, ITS2 e nucleomorfo SSU rDNA. Seis cepas foram investigadas morfologicamente, usando microscópios de luz, confocal, eletrônico de varredura e transmissão. Como resultado, foi encontrado um novo registro de espécies para o Atlântico, Nephroselmis viridis, um gênero de alga verde primeiramente descrito como Cryptophyta. Além disso, quatro espécies novas advindas de regiões costeiras do Brasil foram descritas, Hemiselmis aquamarina, Rhodomonas iguapensis, Rhodomonas marataiama e Rhodomonas potiguaris. A primeira delas, tem um novo tipo de ficobiliproteína, Cr-PC 564, e as demais possuem Cr-PE 545. Essas novas espécies formam linhagens monofiléticas com altos valores de suporte dos nós. Os resultados sugerem que os gêneros Rhinomonas e Storeatula devem ser invalidados, uma vez que as características usadas na sua circunscrição não servem para todos as linhagens do gênero. As espécies novas de criptofíceas descritas também foram as primeiras descritas para criptofíceas marinhas do Brasil. Consequentemente, este estudo contribuiu significativamente para o conhecimento inicial da composição das criptofíceas no Atlântico Sul

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-04-18T20:10:31Z No. of bitstreams: 1 2010 - Cec?lia de Souza Ant?nio.pdf: 1613209 bytes, checksum: e560fdd88ef8707b79c6d4b0120730ec (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T20:10:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010 - Cec?lia de Souza Ant?nio.pdf: 1613209 bytes, checksum: e560fdd88ef8707b79c6d4b0120730ec (MD5) Previous issue date: 2010-04-20 / CAPES / The sugar cane is one of the major agricultural products in Brazil. The crop is able to associate with diazotrophic bacteria (fix nitrogen from the air), that may be located inside the plant tissue (entophytic). The diazotrophic bacteria are capable of promoting growth of sugar cane by means of biological nitrogen fixation (BNF) or production of hormones. But little is known about populations of these bacteria present in sugar cane. This work aimed to study diversity of the population and identify the isolates by molecular and physiological methods, as well as to assess the effectiveness of some isolates to promote plant growth of sugar cane in the field. In solid potato media, there were observed the formation of seven groups, with 95% of similarity, showing the great colonies morphology variation. Many isolates showed similar characteristics to the genus Gluconacetobacter, when analyzed in semi-solid LGI-P media and solid Potato-P and LGI-P media. Two isolates were most efficient in the endolar synthesis with production over 49 ?g/mL. All isolates were classified as Gram negative. Of the 36 isolates, 27.5% were similar to the standard strain RB 11366 (Burkholderia tropica), 45% to BR 11281 strain (Gluconacetobacter diazotrophicus) and 5% to the other patterns BR 11335 (Herbaspirillum seropedicae), BR 11504 (Herbaspirillum rubrisubalbicans) and BR 11145 (Azospirillum amazonense). Through the comparison of the sequencing of 16S rDNA with the NCBI GenBank isolate 215 was identified as belonging to species Gluconacetobacter diazotrophicus, the 179-1a belonging to Burkholderia tropica and the isolated 151-B, 211-A, and 219 to the gender Burkholderia. The inoculated strains 160-1 and 215 promoted an increase in the straw dry biomass (up to 0.7 Mg ha-1) and total nitrogen of flag leaf (above 69,7 kg ha-1), respectively in the tested varieties RB 72454 and RB 918,639. Only the 160-1 isolate was able to promote increase in biomass in the RB 867515 variety. Stalk yield was higher for the variety RB 918639 with 191.96 Mg ha-1. / A cana-de-a??car ? um dos principais produtos agr?colas do Brasil. A cultura ? capaz de se associar as bact?rias diazotr?ficas (fixam nitrog?nio do ar), que podem estar no interior do tecido da planta (endof?ticas). As bact?rias diazotr?ficas endof?ticas s?o capazes de promover o crescimento da cana-de-a??car por meio da fixa??o biol?gica do nitrog?nio (FBN) ou pela produ??o de fitorm?nios. Mas pouco se conhece sobre as popula??es presentes destas bact?rias em cana-de-a??car. O presente trabalho visou estudar a diversidade da popula??o e identificar estes isolados, atrav?s de m?todos moleculares e fisiol?gicos, assim como avaliar a efici?ncia de alguns isolados na promo??o de crescimento vegetal de plantas de cana-de-a??car no campo. Foi observada em meio s?lido Batata, com 95% de similaridade, a forma??o de sete grupos mostrando a grande varia??o morfol?gica de col?nias neste meio testado. Muitos isolados apresentaram caracter?sticas similares ao g?nero Gluconacetobacter, quando analisados em meio semi-s?lido LGI-P e s?lido Batata-P e LGI-P. Dois isolados foram mais eficientes na s?ntese de ind?les com produ??es acima de 49 ?g/mL. Todos os isolados foram classificados como Gram negativos. Dos 36 isolados avaliados, 27,5% foram semelhantes ? estirpe padr?o RB 11366 (Burkholderia tropica); 45% a BR 11281 (Gluconacetobacter diazotrophicus) e 5% aos demais padr?es BR 11335 (Herbaspirillum seropedicae), BR 11504 (Herbaspirillum rubrisubalbicans) e BR 11145 (Azospirillum amazonense). Atrav?s da compara??o do seq?enciamento do gene 16S rDNA com o NCBI GenBank o isolado 215 foi identificado com pertencente a esp?cie de Gluconacetobacter diazotrophicus , o 179-1A com pertencente a esp?cie Burkholderia tropica e os isolados 151-B, 211-A e 219 ao g?nero Burkholderia. As estirpes 160-1 e 215 inoculadas promoveram aumento na produ??o de biomassa seca da palha (acima de 0,7 Mg.ha-1) e nitrog?nio total da folha bandeira (acima de 69,7 kg.ha-1), respectivamente nas variedades RB 72454 e RB 918639 testadas. Apenas o isolado 160-1 foi capaz de promover um aumento de biomassa seca na variedade RB 867515. A produ??o de colmos foi maior para a variedade RB918639 com 191,96 Mg.ha-1.