• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 91
  • 38
  • 32
  • 8
  • 8
  • 4
  • 3
  • 2
  • 2
  • 2
  • 2
  • 1
  • 1
  • 1
  • 1
  • Tagged with
  • 217
  • 114
  • 67
  • 26
  • 20
  • 19
  • 19
  • 19
  • 19
  • 17
  • 17
  • 16
  • 14
  • 14
  • 14
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
71

A composição da comunidade bacteriana do solo como fator determinante na micorrização de cana-de-açúcar por Glomus clarum / The bacterial community composition of soil as a factor in mycorrhizal sugarcane by Glomus clarum

Andrade, Pedro Avelino Maia de 19 June 2013 (has links)
A cana-de-açúcar é uma das principais culturas do sistema agrícola brasileiro, e apresenta-se atualmente em plena expansão. Porém o uso do solo e a implementação de diferentes tecnologias de manejo têm originado alterações no equilíbrio ambiental, onde importantes interações microbianas ocorrem de forma essencial para o desenvolvimento vegetal. Dentre a vasta diversidade de microrganismos do solo, destacam-se os fungos micorrízicos, organismos intimamente associados as raízes das plantas, auxiliando a mesma, dentre outras formas, na obtenção de água e nutrientes. Estes fungos, no entanto, interagem também com outros organismos do solo, como por exemplo, com a comunidade bacteriana presente neste ambiente. Desta forma, o presente trabalho buscou estudar a dinâmica de interação entre cana-de-açúcar e o fungo micorrízico arbuscular (FMA) G.clarum em solos com diferentes composições da comunidade bacteriana. A metodologia utilizada foi a \'diluição para extinção\', onde diluições seriadas (10-1; 10-3; 10-6 e 10-9) de um solo natural foram usadas para inocular o solo estéril. Sobre esta base, foi monitorada pelo período de 60 dias, a colonização da planta pelo FMA e a estruturação das comunidades bacterianas. Como resultado, foi observada uma maior colonização das raízes de cana-de-açúcar para os tratamentos inoculada com menores diluições da comunidade original (solo natural e diluições 10-1 e 10-3), sendo da mesma forma observada uma distinção entre as comunidades bacterianas destes tratamentos para os demais. Estabelecendo correlações entre os grupos microbianos e as taxas de colonização micorrízica, foi possível nomear, com base no sequenciamento massivo da região V6 do gene ribossomal 16S DNAr, a alteração conjunta da micorrização com mudanças nos grupos de Actinobacteria,Bacteriodetes,Firmicutes,Proteobacteria,Verrucomicrobiae Acidobacteria. Concluindo, este trabalho demonstra a dependência que um processo importante, como a micorrização, possui da comunidade bacteriana do solo, e indica que em áreas degradadas, com menores níveis de diversidade bacteriana, tal processo pode ocorrer com menor eficiência. / Sugarcane is an important Brazilian agricultural system crop and presents currently booming. Nevertheless, land use, and implementation of different management technologies have originated changes in environmental balance, where important microbial interactions occur as essential for plant development. Among the wide diversity of soil microorganisms, the mycorrhizal fungi is highilighted as organisms closely associated with plant roots, helping plants, in any way, to obtain water and nutrients. These fungi however, also interact with other soil organisms, such as for example, bacterial community in these environments. Thus, the present work aimed to study the dynamics of interaction between sugarcane and arbuscularmycorrhizal fungi (AMF) Glomusclarum in soils with different compositions of the bacterial community. The methodology used was \"dilution to extinction\", where serial dilutions (10-1, 10-3, 10-6 and 10-9) of a natural soil were used to inoculate a sterile soil. On this basis, were monitored along a period of 60 days, plant colonization by AMF, and structure of bacterial communities. As a result, we observed a higher colonization of roots of cane sugar for treatments inoculated with lower dilutions of the original community (natural soil and dilutions 10-1 and 10-3), and likewise observed a distinction between these bacterial communities treatments to others. Establishing correlations between microbial groups with observed rates of colonization, it was possible to name, based on the massive sequencing of the region V6 ribosomal gene 16S rDNA, the joint amendment of mycorrhiza with changes in groups of Actinobacteria; Bacteriodetes; Firmicutes, Proteobacteria; Verrucomicrobia and Acidobacteria. In conclusion, this work demonstrates the dependence of an important process, as the AMF, has tosoil bacterial community, and indicates that degraded areas, with lower levels of bacterial diversity, such a process can occur with lower efficiency.
72

Monitoramento temporal e espacial de contaminações bacterianas na produção de bioetanol: caracterização molecular por T-RFLP e detecção quantitativa por qPCRde comunidades formadoras de biofilmes / Temporal and spatial monitoring of bacterial contamination in bioethanol production: a molecular characterization by T-RFLP and quantitative detection by qPCR of community-formers biofilms

Campana, Felippe Buck 14 September 2012 (has links)
A contaminação bacteriana por espécies dos gêneros Lactobacillus, Bacillus e Leuconostoc entre outras bactérias lácticas é um dos principais fatores que afetam o rendimento da fermentação alcoólica. A formação de biofilmes acaba protegendo as bactérias e é uma fonte permanente de contaminação. Objetivando caracterizar tais contaminações em (1) biofilmes de centrífuga, dorna, trocador de calor e tubulação de água e (2) melaço, mosto, levedo, levedo tratado (com H2SO4) e vinho, amostras foram coletadas em diferentes períodos de um sistema fermentativo de alto teor alcoólico (16%). As enzimas de restrição AluI, BstUI, HaeIII, HinfI, MseI e MspI utilizadas nas análises de T-RFLP foram definidas por análises in silico com sequências do gene 16S rRNA de contaminantes freqüentes. Essas enzimas geram uma maior quantidade de T-RFs únicos entre 30 e 650 pb. Os DNAs extraídos das amostras foram submetidos às análises de T-RFLP para obtenção do perfil molecular das comunidades microbianas dos pontos de coleta. Os índices de diversidade de Shannon foram calculados com base no número dos T-RFs. Foram realizadas as análises dos componentes principais (PCA) e a inferência filogenética dos contaminantes com base nos perfis dos T-RFs. A quantificação dos principais táxons contaminantes foi feita por qPCR utilizando primers específicos delineados neste estudo e considerando a média de cópias do gene 16S rRNA presentes no genoma de cada táxon bacteriano. Na primeira coleta o biofilme de água apresentou maior índice de diversidade microbiana e na segunda, melaço e mosto. PCA sugere que os biofilmes (e não as fontes externas) são os principais contaminantes desse processo fermentativo devido as suas semelhanças com a composição das outras comunidades analisadas. Espécies de Lactobacillus e Bacillus predominaram entre as amostras da primeira coleta. Halomonas, Streptococcus, Lactococcus e Pseudomonas foram detectados em amostras de biofilme e em amostras líquidas, sendo os principais contaminantes provindos de biofilme no momento da primeira coleta. Na segunda coleta Bacillus foi o principal contaminante e novamente gêneros produtores de ácido lático como Streptococcus, Lactobacillus e Staphylococcus foram os mais freqüentes. Os resultados concordam com o reportado na literatura sobre sistemas fermentativos convencionais. Apenas os primers desenhados para amplificação do gene 16S rRNA de Burkholderia, Pseudomonas e Weissella apresentaram especificidade em testes com isolados. Halomonas sp. foi encontrada em biofilme de dorna através do sequenciamento utilizando primers para esse gênero. Halomonas pode produzir levânio podendo haver o consumo da sacarose disponível para fermentação. Biofilme da centrífuga teve a maior quantidade de micro-organismos nos dois momentos de coleta (1,93E+06 UFC.mg-1 e 2,14E+07 UFC.mg-1, respectivamente) assim como as amostra de levedo entre as amostras líquidas (1,03E+08 UFC.ml-1 e 2,96E+06 UFC.ml-1, na primeira e segunda coleta, respectivamente), indicando níveis consideráveis de contaminantes. Burkholderia e Pseudomonas foram os mais abundantes entre as amostras de biofilmes da primeira e segunda coleta. Nas amostras líquidas Burkholderia apresentou-se em maior quantidade na maioria das amostras da primeira coleta; enquanto Pseudomonas e Weissella em geral predominaram equivalentemente entre as amostras da segunda coleta / Bacterial contamination by Lactobacillus, Bacillus and Leuconostoc and other lactic acid bacteria is one of the main factors that affects the yield in alcoholic fermentation process. Biofilm formation protects the bacteria community and it is a permanent source of contamination. For characterization of these contaminations in (1) biofilms from centrifuge, tank fermentation, heat exchanger and water pipe and (2) molasses, must, yeast, yeast treated (with H2SO4) and wine, samples were taken at two different periods from fermentation system characterized by high alcohol yields (16%). Restriction enzymes AluI, BstUI, HaeIII, HinfI, MseI and MspI used in T-RFLP analysis were defined by 16S rRNA gene sequences analysis in silico from common contaminants. These enzymes generate high number of unique T-RFs between 30 and 650 bp. DNA from samples were used as template in T-RFLP reactions in order to obtain molecular profiles of microbial communities present at each sample. Shannon diversity index was calculated based on T-RFs numbers. Principal component analysis (PCA) and phylogenetic inference of contaminants were performed based on T-RFs profiles. The main contaminant bacterial taxa were quantified by qPCR using specific primers designed in this study and considering the average of 16S rRNA gene copies previously counted into the genome of each bacterial taxon. Water pipe biofilm showed the highest rate of bacterial diversity in the samples collected in the first sampling period. For the samples collected in the second sampling, the highest rate of bacterial diversity was revealed for molasses and must. PCA suggested that biofilms (but not external sources) are the main contaminants in the studied fermentation process. It is probably due their similarities with the composition of other analyzed communities. Lactobacillus and Bacillus species predominated in first sampling period. Halomonas, Streptococcus, Lactococcus and Pseudomonas were detected in biofilm and liquid samples. They were the main contaminants from biofilm at this time of sampling. In the second sampling period, Bacillus was the most common genera and other lactic acid bacteria such Streptococcus, Staphylococcus and Lactobacillus were also the most frequent contaminants. These results agree with other reported in the literature about conventional fermentation systems. Only the primers designed in this study to amplify the 16S rRNA gene of Burkholderia, Pseudomonas and Weissella showed specificity in tests with bacterial strains. Halomonas sp. was revealed in biofilms from tank fermentation by DNA sequencing using designed primers for genera. Halomonas can produce levan and may consume sucrose available for generation of alcohol. Centrifugal biofilm had the highest amount of bacteria in both sampling periods (1.93E+06 CFU.mg-1 and 2.14E+07 CFU.mg-1, respectively). In liquid samples, yeast had the highest amount of bacteria in both sampling periods (1.03E+08 CFU.ml-1 and 2.96E+06 CFU.ml-1, respectively); it shows significant levels of contaminants. Burkholderia and Pseudomonas were more abundant among biofilm samples of all samplings. Burkholderia was present in high quantities in the majority of liquid samples taken during the first sampling period; Pseudomonas and Weissella equivalently predominated among samples taken during the second sampling period
73

Ocorrência e isolamento de Toxoplasma gondii e Neospora spp. em equídeos do Brasil / Occurrence and isolation of Toxoplasma gondii and Neospora spp. in equids from Brazil

Esmerini, Patrícia de Oliveira 06 February 2013 (has links)
Neospora caninum é um parasito intracelular obrigatório, formador de cistos, que acomete vários animais domésticos e silvestres, tendo maior importância nas espécies canina e bovina, nas quais causa problemas nervosos e reprodutivos. Os canídeos do gênero Canis são os únicos reconhecidos como hospedeiros definitivos do N. caninum até o momento, nos quais ocorre a fase sexuada de multiplicação, resultando na eliminação de oocistos pelas fezes. Toxoplasma gondii também é um coccídio responsável por uma das zoonoses de maior importância e ocorrência em todo o mundo. A fase assexuada de desenvolvimento do T. gondii ocorre nos mamíferos e aves (hospedeiros intermediários) com formação de cistos teciduais e a fase sexuada de desenvolvimento ocorre no intestino delgado dos hospedeiros definitivos, que são os membros da família Felidae. Este estudo teve por objetivo determinar a soroprevalência de anticorpos contra Neospora spp. e T. gondii em equídeos de diferentes regiões do Brasil e o isolamento e caracterização genética destes coccídios em amostras de tecidos de equídeos. A sorologia para T. gondii e Neospora spp. foi realizada em 453 amostras de soros por meio da Reação de Imunofluorescência Indireta com ponto de corte de 50 para Neospora spp e 64 para T. gondii. Deste total, oito (1,75%) amostras (sete de jumentos e um de cavalo) foram positivas para Neospora spp. e 129 (28,47%) amostras (82 jumentos, 32 cavalos e 15 mulas) para T. gondii. Para o isolamento do T. gondii foram realizados 29 bioensaios em camundongos, sendo 19 de animais soropositivos e 10 de pools de tecidos de cavalos soronegativos. Por meio dessa prova biológica, foi possível o isolamento em uma amostra de jumento (Equus asinus) de Mossoró, RN, ocorrendo a morte dos dois únicos camundongos infectados, no 16o e 17o dia pós-inoculação. A caracterização genotípica do isolado foi realizada pela PCR-RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. A genotipagem dessa amostra evidenciou o genótipo #60 TgCkBr220, já isolado em galinha do Arquipélago de Fernando de Noronha, PE, Brasil. O isolamento de Neospora spp em gerbilos não pode ser feito uma vez que não foi possível a obtenção de tecidos dos equídeos soropositivos. / Neospora caninum is an obligate intracellular parasite, forming cysts that affect many domestic and wild animals, having greater importance in canine and bovine species due neurological and reproductive problems. Canids of the genus Canis are recognized as the only definitive hosts of N. caninum until the moment in which sexual phase occurs multiplication, resulting in the elimination of oocysts in the feces. Toxoplasma gondii is also a coccidian parasite responsible for a zoonotic disease of great importance and occurrence around the world. The asexual developmental stage of T. gondii occurs in mammals and birds, the intermediate hosts, resulting in the formation of cysts and the sexual stage occurs in the small intestine of definitive hosts, which are the felids, occurring oocysts formation. This study aimed to determine the seroprevalence of antibodies against Neospora spp. and Toxoplasma gondii in equids from different regions of Brazil and the isolation and genetic characterization of these parasites from equids tissue. Serology for T. gondii and Neospora spp. was performed in 453 serum samples by Immunofluorescence Antibody Test (IFAT). Of this total, eight (1.75%) samples (seven of donkeys and one of horse) were positive to Neospora spp. antibodies and 129 (28.47%) samples (82 donkeys, 32 horses, 15 mules) were T. gondii seropositive. For the isolation of T. gondii, bioassay was performed in mice. A sample of one donkey (Equus asinus) from Mossoró, RN, was obtained with two of the 20 inoculated mouse infected. The mouse died at day 16th and 17th post inoculation. The genotypic characterization of the isolate was performed by PCR-RFLP using 12 genotypic markers. Genotyping showed the genotype #60 TgCkBr220, already described in chickens from Fernando de Noronha, PE, Brazil. Due the impossibility of acquisition of tissue from Neospora spp seropositive equids, isolation of this coccidian by gerbil bioassay was not possible to be done.
74

Caracterização molecular por AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) de acessos de pinhão manso (Jatropha curcas L.) / Molecular Characterization by AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) in accessions of physic nut (Jatropha curcas L.)

Redondo, Mariana Letícia Costa 09 June 2011 (has links)
O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma planta versátil e com diversos usos potenciais em especial para produção de biodiesel. O óleo obtido de suas sementes é seu produto mais rentável e atualmente desperta grande interesse econômico em diversos setores. A caracterização molecular e a avaliação do potencial reprodutivo dos acessos de pinhão-manso são aspectos ainda pouco abordados no Brasil, sendo necessária a caracterização de acessos brasileiros e suas potencialidades. Os objetivos do presente trabalho foram analisar a diversidade genética e a divergência genética em acessos comerciais de pinhão-manso, coletados no estado de São Paulo (Alvinlândia, Lins, Itatinga e Jales), Minas Gerais (Janaúba) e Mato Grosso do Sul (Dourados). Primeiramente, foram comparadas as técnicas de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), RAPD-RFLP (Restrinction Fragment Length Polymorphism a partir do RAPD) e AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), quanto à potencialidade de detectar polimorfismos dentro dos acessos e entre os acessos. Posteriormente, os acessos foram caracterizados através de AFLP. Além disso, este trabalho visou detectar se há diferença nas estruturas e no desenvolvimento floral e na taxa de viabilidade polínica dos acessos de São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerais e Mato Grosso do Sul. Nessa parte do estudo, foram analisadas e identificadas as estruturas dos órgãos florais e do grão de pólen através das técnicas de microscopia de luz, eletrônica de varredura e transmissão. Na comparação entre as técnicas moleculares, apenas AFLP permitiu a detecção de polimorfismos, com base em um acesso escolhido para os testes (Alvinlândia, SP). As análises de todos acessos através de AFLP mostraram considerável polimorfismo, que foi refletido nas estimativas de diversidade genética de Nei e Índice de Shannon. Na análise de agrupamento, as amostras de cada acesso foram agrupadas coerentemente. Os acessos de Dourados e de Itatinga formaram um grupo separado, apresentando cerca de 76% de similaridade com o segundo grupo (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Dentro deste último, os acessos de São Paulo ficaram agrupados (com cerca de 84% de similaridade), enquanto que Janaúba mostrou-se separado, com 82% de similaridade genética. Estes resultados indicam que os acessos de São Paulo provavelmente tenham origem a partir de Janaúba. No entanto, Itatinga provavelmente tenha origem a partir de Dourados. Quanto à morfologia floral, não foi observada nenhuma diferença a nível microscópico na formação e nas estruturas dos órgãos florais. Quando comparada a viabilidade polínica entre os dois acessos coletados em campo (Minas Gerais e Mato Grosso do Sul), notou-se que há diferença significativa na taxa de viabilidade, mesmo os valores sendo muito próximos (Mato Grosso do Sul - 81,91% e Minas Gerais - 77,20%), mostra que tanto os acessos de Minas Gerais como os de Mato Grosso do Sul podem ser utilizados como parentais masculinos em programas de melhoramento genético. A divergência genética moderada e a baixa variabilidade morfológica sugerem que coletas de materiais em poucos locais poderiam representar a diversidade genética da espécie. Estudos mais aprofundados, empregando técnicas como de microssatélites e mais acessos, são 11 necessários para o conhecimento da diversidade e estrutura genética do pinhão-manso no Brasil / Physic nut (Jatropha curcas L) is a very versatile plant with several potential uses especially for the production of biodiesel. The oil obtained from its seeds is the most profitable product of this specie and it is currently attracting great interest in various economic sectors. Molecular characterization and evaluation of reproductive potential of the accessions of pysic nut have still little attention in Brazil, it still need the characterization of Brazilian accessions and its potenciality. The ains of this study were: to analyze the genetic diversity and genetic divergence in commercial accessions of physic nut, from the States of São Paulo (Alvinlândia, Lins, Jales and Itatinga), Minas Gerais (Janaúba)and Mato Grosso do Sul (Dourados). Firstly we compared the RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) RAPD-RFLP (Fragment Length Polymorphism Restriction from RAPD) and AFLP (Amplified Fragment Length Polymprphism) regarding the potencial to detect polymorphism within the accessions and among accessions. Subsequently, the accessions were characterized by AFLP. Moreover this work aimed to detect whether there are differenced on flower structures and development and the rate of pollen viability on the accessions of São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerias and Mato Grosso do Sul. On this part of the study were analysed and identified the structures of the floral organs and pollen grain through the techniques of, light microscopy, scanning electron and transmission microscopy. Comparing the molecular techniques, only AFLP allowed the detection of polymorphisms based on the accession chosen for testing (Alvinlândia, SP). Analyses of all accesses by AFLP showed considerable polymorphism, wich was reflected in estimates of genetic diversity index of Nei and Shannon. In cluster analysis, samples of each accessions were grouped consistently. The accessions of Dourados and Itatinga formed a separated group, with approximately 76% similarity with the second group (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Within the last, accessions of São Paulo werte grouped (about 84% similarity), while Janaúba showed p separately, with 82% of genetic similarity. These results indicates that the accessions of São Paulo probably originates from Janaúba. However Itatinga probably originates from Dourados. As floral morphology, we observed no difference at microscope level on the formation and on the structures of floral organs. When compared the pollen grain viability between the two accessions collected in the field (Minas Gerais and Mato Grosso do Sul), it was noted that the viability rated were significantly different, even though the values being very close (Mato Grosso do Sul Minas Gerais 81,91% - 77,20%), shows that both the accessions of Minas Gerais as the Mato Grosso do Sul can be used as male parental in breeding programs. The moderate and low genetic divergence suggests that morphological variability collections of materials in a few locations could represent the genetis diversity of the species. Further studies employing techniques such as microsatellite and more accessions are required for an understanding of diversity and genetic structure of physic nut in Brazil
75

Herança dos polimorfismos de restrição associados à região subtelomérica de Sporisorium scitamineum em análise de cruzamentos sexuados do fungo in planta / Inheritance of restriction polymorphisms of S. scitamineum subtelomeric region in fungal sexual crosses in planta

Longatto, Daniel Prezotto 06 November 2014 (has links)
A cana-de-açúcar constitui uma das principais fontes de alimento e de energia renovável no mundo. Entre os fatores bióticos que reduzem sua produtividade, destaca-se o carvão, doença causada pelo fungo biotrófico Sporisorium scitamineum, cujos danos à cultura podem ultrapassar 80%. No entanto, poucos estudos foram desenvolvidos sobre a genética desse patógeno. Assim, o presente trabalho estudou a dinâmica de marcas RFLP associados à região subtelomérica (tel-RFLP) e marcas GFP em três populações do patógeno (a, b e c) obtidas em ciclos sucessivos da doença. A população a inicialmente foi formada pela inoculação com teliósporos F1 oriundos do isolado 39 produzido em trabalho anterior (REIS, 2012). As populações b e c foram produzidas inicialmente por cruzamentos controlados. Estes envolveram como parentais esporídios haploides de tipos de reação sexual compatíveis e perfis tel-RFLP conhecidos. Na população b os esporídios parentais (18A e 39B) foram isolados de teliósporos distintos, apresentaram perfis tel-RFLP mais contrastantes e simularam fecundação cruzada. Na população c, os esporídios parentais 39Agfp e 39Bgfp apresentaram perfis tel- RFLP mais semelhantes. Esses mutantes foram obtidos pela inserção heteróloga do gene gfp em esporídios obtidos de um único teliósporo simulando autofecundação (reação sexual intra-tétrade). A comparação entre os perfis de tel-RFLP dos esporídios selvagens e mutantes GFP detectou a inserção do gene gfp possivelmente na região subtelomérica do individuo 39Agfp (parental). A cada ciclo da doença teliósporos selvagens e mutantes GFP foram obtidos, sendo isolados dois esporídios para os cruzamentos controlados que levaram à produção do ciclo seguinte de doença. O uso de cruzamentos controlados possibilitou a produção de teliósporos idênticos geneticamente, permitindo inferir sobre eventos meióticos ocorrentes numa mesma progênie. A fenotipagem sexual dos esporídios que tiveram os perfis de tel-RFLP analisados reduziu o viés advindo do desvio da segregação esperada de 1:1 entre os tipos sexuais de esporídios pertencentes à mesma divisão meiótica. Além disso, auxiliou na detecção de recombinantes, visto que os loci de reação sexual segregam na meiose I. A análise das marcas tel-RFLP das progênies mutantes GFP e selvagens, obtida respectivamente em 1 e 2 ciclos da doença, evidenciou eventos de recombinação na segregação de cromossomos homólogos e eventos de recombinação homóloga. Mesmo apresentando número elevado, as marcas tel-RFLP foram capazes de rastrear indivíduos pertencentes a uma mesma população, o que poderá auxiliar em futuras avaliações epidemiológicas do carvão da cana-de-açúcar. Por fim, a expressão do gene gfp em células de pró-basídios mutantes possibilitou a detecção de recombinação homóloga associada a essa marca e a observação inédita de tétrades lineares de quatro células para essa espécie. Observou-se elevado potencial de utilização do gene gfp em estudos genéticos aplicados a esse patossistema. A recombinação sugerida na região subtelomérica mostrou frequência de recombinação ainda não descrita para essa espécie a ser estudada posteriormente. / Sugarcane is a major source of food and renewable energy in the world. Among the biotic factors that reduce its productivity we highlight the sugarcane smut disease, caused by the biotrophic fungus Sporisorium scitamineum, whose damages to the crop can overpass 80%. However, few genetic studies have targeted this pathogen. Thus, the present work studied the dynamics of RFLP marks associated to the subtelomeric region (tel-RFLP) and GFP marks of three populations of the pathogen (a, b and c) obtained from consecutive disease cycles. Population a was initially formed with inoculation using teliospores F1 from the whip 39 obtained in previous work (REIS, 2012). Populations b and c were initially produced by controlled crosses of sexual compatible haploid sporidia with known tel-RFLP profiles as parents. In population b the parent sporidia (18A and 39B) were isolated from distinct teliospores, had more different tel-RFLP profiles (7 polymorphic marks) and simulated outcrossing. In population c, the parental sporidia 39Agfp and 39Bgfp had more similar tel-RFLP profiles. These mutants were obtained by heterologous insertion of gfp gene in sporidia obtained from single teliospore, simulating selfing (intra-tetrad mating type). The comparison between wild-type and GFP mutant sporidia tel-RFLP profiles had detected the gfp gene insertion in the subtelomeric region of the individual 39Agfp (parent). For each disease cycle wild-type and GFP mutant teliospores were obtained and two sporidia were isolated to perform controlled crosses that lead to the next disease cycle. The use of controlled crosses resulted in the production of genetically identical teliospores, which allowed inferring about same progeny meiotic occurring events. The sexual phenotyping of the sporidia that had their tel-RFLP analyzed reduced the bias resulted from deviation of expected 1:1 ratio segregation among the mating types of same meiotic division progeny. Besides, it helped in the recombinants detection, due to mating type loci segregation in meiosis I. The analysis of wild-type and GFP mutant progenies tel- RFLP marks, obtained for 2 and 1 disease cycles, has pointed out events of homologous chromosomes recombination and crossing-over events. Despite of the high amount of marks obtained, the tel-RFLP marks allowed the tracking of individuals from the same population, which can benefit future sugarcane smut disease epidemiologic evaluations. Moreover, the gfp gene expression of mutant probasidium cells led to the detection of crossing-over involving the GFP mark and the first observation of linear four-cells tetrads to this species. A high potential use of gfp gene in genetic studies applied to this pathosystem was observed. The recombination suggested for the subtelomeric region showed a recombination frequency haven\'t described for this species that needs to be further studied.
76

"Pesquisa de sítios de restrição enzimática em segmento da ORF K1 do genoma de herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8) em isolados clínicos de São Paulo: relação com subtipos virais e implantação da técnica de RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism Analyses) para determinar subtipos virais" / "Research of the restriction enzymatic sites in segment from ORF K1 genome HHV-8, isolates from KS-AIDS patients of São Paulo. Standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis for HHV-8 subtyping"

Moreira, Abdiel Aparecido 22 August 2003 (has links)
A epidemia da Síndrome de Imunodeficiência Adquirida (AIDS) fez aumentar a incidência de sarcoma de Kaposi (SK) em todos os países e o SK passou a ser considerado doença definidora de AIDS. Desde a descoberta de seu agente etiológico, o herpesvírus humano tipo 8 (HHV-8), vários estudos vêm sendo realizados com o objetivo de caracterizar subtipos virais presentes em todas as formas de SK: clássica, endêmica, iatrogênica e epidêmica. Os sistemas rotineiramente usados na subtipagem do HHV-8 têm usado o seqüenciamento de um gene que contém regiões hipervariáveis e que codifica uma glicoproteína de membrana viral (ORF K1). O presente trabalho apresenta um sistema de subtipagem alternativo que se baseia na presença de sítios de restrição enzimática em um pequeno segmento do gene ORF K1, região hipervariável 1 (VR1) e que permite discriminar subtipos virais. A análise de 68 seqüências; 50 que pertenciam a 36 pacientes com sarcoma de Kaposi infectados e não infectados pelo HIV-1 de São Paulo e 18 a protótipos dos subtipos A a E, mostraram mapas de restrição enzimática característicos dos principais subtipos virais descritos até o momento. Tomando como base apenas as enzimas disponíveis comercialmente, foram selecionadas cinco que se mostraram úteis para a subtipagem de HHV-8: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. Os resultados obtidos com a técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia de polimerase associada à análise do polimorfismo de fragmentos de restrição enzimática) mostraram que de 48 espécimes brasileiros previamente classificados como sendo dos subtipos A, B e C por seqüenciamento gênico, todos foram corretamente subtipados pela técnica de PCR-RFLP. Três amostras (duas do subtipo A e uma do B) apresentaram mais um sítio de restrição enzimática além dos descritos como sendo os predominantes. Mais recentemente, outras 27 amostras de 18 casos de infecção por HHV-8 foram subtipadas pela PCR-RFLP. Houve detecção de oito isolados do subtipo A, sendo seis de variante predominante, um de variante minoritária conhecida e um de nova variante viral. Dois casos de infecção por HHV-8 do subtipo B e sete do subtipo C também foram identificados. Finalmente, um provável caso de infecção pelo subtipo E foi encontrado em paciente com SK-AIDS disseminado, resistente à quimioterapia. Na avaliação global, houve maior número de casos de infecção por HHV-8 dos subtipos A e C. Concluindo, devido à alta sensibilidade e especificidade, baixo custo, rapidez e facilidade de execução, a técnica de PCR-RFLP pode ser usada em larga escala para estudos de epidemiologia molecular, principalmente em países em desenvolvimento. / AIDS epidemic has increased the incidence rates of Kaposi’ s sarcoma (KS) in all countries, and KS has been considered an AIDS-defining illness. Since the discovery of the human herpesvirus 8 (HHV-8), the etiological agent of KS, several studies have been conducted in order to characterize HHV-8 in all forms of KS: classic, endemic, iatrogenic, and epidemic. The HHV-8 genome presents a hypervariable region termed ORF K1 useful for virus subtyping. The objectives of the present study were to describe an alternative method for subtyping HHV-8, to compare this new method with DNA sequencing, and to use this method for HHV-8 subtyping. After cloning and sequencing a segment of the ORF K1 (VR1) in 50 HHV-8/DNA isolates from 36 Brazilian KS-AIDS patients, we searched for restriction enzymatic sites in this segment of DNA, and compared them with 18 sequences reported in the literature. Then we constructed the enzymatic restriction maps useful for discriminating all HHV-8 subtypes described up to now, and standardized a PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism analysis) using five commercial enzymes: Taq I, Nsi I, Hinf I, Hae III e Mse I. After comparing the results obtained by the two methods, we used PCR-RFLP for HHV-8 subtyping in 27 new HHV-8/DNA isolates. The results obtained by DNA sequencing and PCR-RFLP showed 100% of concordance, and allowed the use of PCR-RFLP for HHV-8 subtyping. Indeed, we disclosed that among KS-AIDS patients from São Paulo, subtypes A and C are more prevalent than subtype B. Although additional restriction sites were detected in some Brazilian HHV-8 isolates, the majority of them belonged to the predominant strains described in the literature. Interestingly, one probable case of HHV-8 subtype E was detected in a patient who presented disseminated KS and resistance to chemotherapy. Because of its high sensitivity, specificity, low cost, and rapid execution, PCR-RFLP could be used on a large scale, mostly in countries with poor resources and where KS is endemic.
77

A composição da comunidade bacteriana do solo como fator determinante na micorrização de cana-de-açúcar por Glomus clarum / The bacterial community composition of soil as a factor in mycorrhizal sugarcane by Glomus clarum

Pedro Avelino Maia de Andrade 19 June 2013 (has links)
A cana-de-açúcar é uma das principais culturas do sistema agrícola brasileiro, e apresenta-se atualmente em plena expansão. Porém o uso do solo e a implementação de diferentes tecnologias de manejo têm originado alterações no equilíbrio ambiental, onde importantes interações microbianas ocorrem de forma essencial para o desenvolvimento vegetal. Dentre a vasta diversidade de microrganismos do solo, destacam-se os fungos micorrízicos, organismos intimamente associados as raízes das plantas, auxiliando a mesma, dentre outras formas, na obtenção de água e nutrientes. Estes fungos, no entanto, interagem também com outros organismos do solo, como por exemplo, com a comunidade bacteriana presente neste ambiente. Desta forma, o presente trabalho buscou estudar a dinâmica de interação entre cana-de-açúcar e o fungo micorrízico arbuscular (FMA) G.clarum em solos com diferentes composições da comunidade bacteriana. A metodologia utilizada foi a \'diluição para extinção\', onde diluições seriadas (10-1; 10-3; 10-6 e 10-9) de um solo natural foram usadas para inocular o solo estéril. Sobre esta base, foi monitorada pelo período de 60 dias, a colonização da planta pelo FMA e a estruturação das comunidades bacterianas. Como resultado, foi observada uma maior colonização das raízes de cana-de-açúcar para os tratamentos inoculada com menores diluições da comunidade original (solo natural e diluições 10-1 e 10-3), sendo da mesma forma observada uma distinção entre as comunidades bacterianas destes tratamentos para os demais. Estabelecendo correlações entre os grupos microbianos e as taxas de colonização micorrízica, foi possível nomear, com base no sequenciamento massivo da região V6 do gene ribossomal 16S DNAr, a alteração conjunta da micorrização com mudanças nos grupos de Actinobacteria,Bacteriodetes,Firmicutes,Proteobacteria,Verrucomicrobiae Acidobacteria. Concluindo, este trabalho demonstra a dependência que um processo importante, como a micorrização, possui da comunidade bacteriana do solo, e indica que em áreas degradadas, com menores níveis de diversidade bacteriana, tal processo pode ocorrer com menor eficiência. / Sugarcane is an important Brazilian agricultural system crop and presents currently booming. Nevertheless, land use, and implementation of different management technologies have originated changes in environmental balance, where important microbial interactions occur as essential for plant development. Among the wide diversity of soil microorganisms, the mycorrhizal fungi is highilighted as organisms closely associated with plant roots, helping plants, in any way, to obtain water and nutrients. These fungi however, also interact with other soil organisms, such as for example, bacterial community in these environments. Thus, the present work aimed to study the dynamics of interaction between sugarcane and arbuscularmycorrhizal fungi (AMF) Glomusclarum in soils with different compositions of the bacterial community. The methodology used was \"dilution to extinction\", where serial dilutions (10-1, 10-3, 10-6 and 10-9) of a natural soil were used to inoculate a sterile soil. On this basis, were monitored along a period of 60 days, plant colonization by AMF, and structure of bacterial communities. As a result, we observed a higher colonization of roots of cane sugar for treatments inoculated with lower dilutions of the original community (natural soil and dilutions 10-1 and 10-3), and likewise observed a distinction between these bacterial communities treatments to others. Establishing correlations between microbial groups with observed rates of colonization, it was possible to name, based on the massive sequencing of the region V6 ribosomal gene 16S rDNA, the joint amendment of mycorrhiza with changes in groups of Actinobacteria; Bacteriodetes; Firmicutes, Proteobacteria; Verrucomicrobia and Acidobacteria. In conclusion, this work demonstrates the dependence of an important process, as the AMF, has tosoil bacterial community, and indicates that degraded areas, with lower levels of bacterial diversity, such a process can occur with lower efficiency.
78

Monitoramento temporal e espacial de contaminações bacterianas na produção de bioetanol: caracterização molecular por T-RFLP e detecção quantitativa por qPCRde comunidades formadoras de biofilmes / Temporal and spatial monitoring of bacterial contamination in bioethanol production: a molecular characterization by T-RFLP and quantitative detection by qPCR of community-formers biofilms

Felippe Buck Campana 14 September 2012 (has links)
A contaminação bacteriana por espécies dos gêneros Lactobacillus, Bacillus e Leuconostoc entre outras bactérias lácticas é um dos principais fatores que afetam o rendimento da fermentação alcoólica. A formação de biofilmes acaba protegendo as bactérias e é uma fonte permanente de contaminação. Objetivando caracterizar tais contaminações em (1) biofilmes de centrífuga, dorna, trocador de calor e tubulação de água e (2) melaço, mosto, levedo, levedo tratado (com H2SO4) e vinho, amostras foram coletadas em diferentes períodos de um sistema fermentativo de alto teor alcoólico (16%). As enzimas de restrição AluI, BstUI, HaeIII, HinfI, MseI e MspI utilizadas nas análises de T-RFLP foram definidas por análises in silico com sequências do gene 16S rRNA de contaminantes freqüentes. Essas enzimas geram uma maior quantidade de T-RFs únicos entre 30 e 650 pb. Os DNAs extraídos das amostras foram submetidos às análises de T-RFLP para obtenção do perfil molecular das comunidades microbianas dos pontos de coleta. Os índices de diversidade de Shannon foram calculados com base no número dos T-RFs. Foram realizadas as análises dos componentes principais (PCA) e a inferência filogenética dos contaminantes com base nos perfis dos T-RFs. A quantificação dos principais táxons contaminantes foi feita por qPCR utilizando primers específicos delineados neste estudo e considerando a média de cópias do gene 16S rRNA presentes no genoma de cada táxon bacteriano. Na primeira coleta o biofilme de água apresentou maior índice de diversidade microbiana e na segunda, melaço e mosto. PCA sugere que os biofilmes (e não as fontes externas) são os principais contaminantes desse processo fermentativo devido as suas semelhanças com a composição das outras comunidades analisadas. Espécies de Lactobacillus e Bacillus predominaram entre as amostras da primeira coleta. Halomonas, Streptococcus, Lactococcus e Pseudomonas foram detectados em amostras de biofilme e em amostras líquidas, sendo os principais contaminantes provindos de biofilme no momento da primeira coleta. Na segunda coleta Bacillus foi o principal contaminante e novamente gêneros produtores de ácido lático como Streptococcus, Lactobacillus e Staphylococcus foram os mais freqüentes. Os resultados concordam com o reportado na literatura sobre sistemas fermentativos convencionais. Apenas os primers desenhados para amplificação do gene 16S rRNA de Burkholderia, Pseudomonas e Weissella apresentaram especificidade em testes com isolados. Halomonas sp. foi encontrada em biofilme de dorna através do sequenciamento utilizando primers para esse gênero. Halomonas pode produzir levânio podendo haver o consumo da sacarose disponível para fermentação. Biofilme da centrífuga teve a maior quantidade de micro-organismos nos dois momentos de coleta (1,93E+06 UFC.mg-1 e 2,14E+07 UFC.mg-1, respectivamente) assim como as amostra de levedo entre as amostras líquidas (1,03E+08 UFC.ml-1 e 2,96E+06 UFC.ml-1, na primeira e segunda coleta, respectivamente), indicando níveis consideráveis de contaminantes. Burkholderia e Pseudomonas foram os mais abundantes entre as amostras de biofilmes da primeira e segunda coleta. Nas amostras líquidas Burkholderia apresentou-se em maior quantidade na maioria das amostras da primeira coleta; enquanto Pseudomonas e Weissella em geral predominaram equivalentemente entre as amostras da segunda coleta / Bacterial contamination by Lactobacillus, Bacillus and Leuconostoc and other lactic acid bacteria is one of the main factors that affects the yield in alcoholic fermentation process. Biofilm formation protects the bacteria community and it is a permanent source of contamination. For characterization of these contaminations in (1) biofilms from centrifuge, tank fermentation, heat exchanger and water pipe and (2) molasses, must, yeast, yeast treated (with H2SO4) and wine, samples were taken at two different periods from fermentation system characterized by high alcohol yields (16%). Restriction enzymes AluI, BstUI, HaeIII, HinfI, MseI and MspI used in T-RFLP analysis were defined by 16S rRNA gene sequences analysis in silico from common contaminants. These enzymes generate high number of unique T-RFs between 30 and 650 bp. DNA from samples were used as template in T-RFLP reactions in order to obtain molecular profiles of microbial communities present at each sample. Shannon diversity index was calculated based on T-RFs numbers. Principal component analysis (PCA) and phylogenetic inference of contaminants were performed based on T-RFs profiles. The main contaminant bacterial taxa were quantified by qPCR using specific primers designed in this study and considering the average of 16S rRNA gene copies previously counted into the genome of each bacterial taxon. Water pipe biofilm showed the highest rate of bacterial diversity in the samples collected in the first sampling period. For the samples collected in the second sampling, the highest rate of bacterial diversity was revealed for molasses and must. PCA suggested that biofilms (but not external sources) are the main contaminants in the studied fermentation process. It is probably due their similarities with the composition of other analyzed communities. Lactobacillus and Bacillus species predominated in first sampling period. Halomonas, Streptococcus, Lactococcus and Pseudomonas were detected in biofilm and liquid samples. They were the main contaminants from biofilm at this time of sampling. In the second sampling period, Bacillus was the most common genera and other lactic acid bacteria such Streptococcus, Staphylococcus and Lactobacillus were also the most frequent contaminants. These results agree with other reported in the literature about conventional fermentation systems. Only the primers designed in this study to amplify the 16S rRNA gene of Burkholderia, Pseudomonas and Weissella showed specificity in tests with bacterial strains. Halomonas sp. was revealed in biofilms from tank fermentation by DNA sequencing using designed primers for genera. Halomonas can produce levan and may consume sucrose available for generation of alcohol. Centrifugal biofilm had the highest amount of bacteria in both sampling periods (1.93E+06 CFU.mg-1 and 2.14E+07 CFU.mg-1, respectively). In liquid samples, yeast had the highest amount of bacteria in both sampling periods (1.03E+08 CFU.ml-1 and 2.96E+06 CFU.ml-1, respectively); it shows significant levels of contaminants. Burkholderia and Pseudomonas were more abundant among biofilm samples of all samplings. Burkholderia was present in high quantities in the majority of liquid samples taken during the first sampling period; Pseudomonas and Weissella equivalently predominated among samples taken during the second sampling period
79

Caracterização molecular por AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) de acessos de pinhão manso (Jatropha curcas L.) / Molecular Characterization by AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) in accessions of physic nut (Jatropha curcas L.)

Mariana Letícia Costa Redondo 09 June 2011 (has links)
O pinhão-manso (Jatropha curcas L.) é uma planta versátil e com diversos usos potenciais em especial para produção de biodiesel. O óleo obtido de suas sementes é seu produto mais rentável e atualmente desperta grande interesse econômico em diversos setores. A caracterização molecular e a avaliação do potencial reprodutivo dos acessos de pinhão-manso são aspectos ainda pouco abordados no Brasil, sendo necessária a caracterização de acessos brasileiros e suas potencialidades. Os objetivos do presente trabalho foram analisar a diversidade genética e a divergência genética em acessos comerciais de pinhão-manso, coletados no estado de São Paulo (Alvinlândia, Lins, Itatinga e Jales), Minas Gerais (Janaúba) e Mato Grosso do Sul (Dourados). Primeiramente, foram comparadas as técnicas de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), RAPD-RFLP (Restrinction Fragment Length Polymorphism a partir do RAPD) e AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), quanto à potencialidade de detectar polimorfismos dentro dos acessos e entre os acessos. Posteriormente, os acessos foram caracterizados através de AFLP. Além disso, este trabalho visou detectar se há diferença nas estruturas e no desenvolvimento floral e na taxa de viabilidade polínica dos acessos de São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerais e Mato Grosso do Sul. Nessa parte do estudo, foram analisadas e identificadas as estruturas dos órgãos florais e do grão de pólen através das técnicas de microscopia de luz, eletrônica de varredura e transmissão. Na comparação entre as técnicas moleculares, apenas AFLP permitiu a detecção de polimorfismos, com base em um acesso escolhido para os testes (Alvinlândia, SP). As análises de todos acessos através de AFLP mostraram considerável polimorfismo, que foi refletido nas estimativas de diversidade genética de Nei e Índice de Shannon. Na análise de agrupamento, as amostras de cada acesso foram agrupadas coerentemente. Os acessos de Dourados e de Itatinga formaram um grupo separado, apresentando cerca de 76% de similaridade com o segundo grupo (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Dentro deste último, os acessos de São Paulo ficaram agrupados (com cerca de 84% de similaridade), enquanto que Janaúba mostrou-se separado, com 82% de similaridade genética. Estes resultados indicam que os acessos de São Paulo provavelmente tenham origem a partir de Janaúba. No entanto, Itatinga provavelmente tenha origem a partir de Dourados. Quanto à morfologia floral, não foi observada nenhuma diferença a nível microscópico na formação e nas estruturas dos órgãos florais. Quando comparada a viabilidade polínica entre os dois acessos coletados em campo (Minas Gerais e Mato Grosso do Sul), notou-se que há diferença significativa na taxa de viabilidade, mesmo os valores sendo muito próximos (Mato Grosso do Sul - 81,91% e Minas Gerais - 77,20%), mostra que tanto os acessos de Minas Gerais como os de Mato Grosso do Sul podem ser utilizados como parentais masculinos em programas de melhoramento genético. A divergência genética moderada e a baixa variabilidade morfológica sugerem que coletas de materiais em poucos locais poderiam representar a diversidade genética da espécie. Estudos mais aprofundados, empregando técnicas como de microssatélites e mais acessos, são 11 necessários para o conhecimento da diversidade e estrutura genética do pinhão-manso no Brasil / Physic nut (Jatropha curcas L) is a very versatile plant with several potential uses especially for the production of biodiesel. The oil obtained from its seeds is the most profitable product of this specie and it is currently attracting great interest in various economic sectors. Molecular characterization and evaluation of reproductive potential of the accessions of pysic nut have still little attention in Brazil, it still need the characterization of Brazilian accessions and its potenciality. The ains of this study were: to analyze the genetic diversity and genetic divergence in commercial accessions of physic nut, from the States of São Paulo (Alvinlândia, Lins, Jales and Itatinga), Minas Gerais (Janaúba)and Mato Grosso do Sul (Dourados). Firstly we compared the RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) RAPD-RFLP (Fragment Length Polymorphism Restriction from RAPD) and AFLP (Amplified Fragment Length Polymprphism) regarding the potencial to detect polymorphism within the accessions and among accessions. Subsequently, the accessions were characterized by AFLP. Moreover this work aimed to detect whether there are differenced on flower structures and development and the rate of pollen viability on the accessions of São Paulo (Alvinlândia), Minas Gerias and Mato Grosso do Sul. On this part of the study were analysed and identified the structures of the floral organs and pollen grain through the techniques of, light microscopy, scanning electron and transmission microscopy. Comparing the molecular techniques, only AFLP allowed the detection of polymorphisms based on the accession chosen for testing (Alvinlândia, SP). Analyses of all accesses by AFLP showed considerable polymorphism, wich was reflected in estimates of genetic diversity index of Nei and Shannon. In cluster analysis, samples of each accessions were grouped consistently. The accessions of Dourados and Itatinga formed a separated group, with approximately 76% similarity with the second group (Alvinlândia, Jales, Lins, Janaúba). Within the last, accessions of São Paulo werte grouped (about 84% similarity), while Janaúba showed p separately, with 82% of genetic similarity. These results indicates that the accessions of São Paulo probably originates from Janaúba. However Itatinga probably originates from Dourados. As floral morphology, we observed no difference at microscope level on the formation and on the structures of floral organs. When compared the pollen grain viability between the two accessions collected in the field (Minas Gerais and Mato Grosso do Sul), it was noted that the viability rated were significantly different, even though the values being very close (Mato Grosso do Sul Minas Gerais 81,91% - 77,20%), shows that both the accessions of Minas Gerais as the Mato Grosso do Sul can be used as male parental in breeding programs. The moderate and low genetic divergence suggests that morphological variability collections of materials in a few locations could represent the genetis diversity of the species. Further studies employing techniques such as microsatellite and more accessions are required for an understanding of diversity and genetic structure of physic nut in Brazil
80

Genotipagem de isolados de Toxoplasma gondii obtidos de Gallus gallus naturalmente infectados no estado de Santa Catarina / Genotyping of Toxoplasma gondii isolates from Gallus gallus naturally infected in the state of Santa Catarina

Trevisani, Natascha 21 February 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA13MA101.pdf: 699148 bytes, checksum: 49c5f8f78753d18ac0c7b049d5052f86 (MD5) Previous issue date: 2013-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Toxoplasmosis is a widely-distributed zoonosis that can infect warm-blooded animals, including birds and humans. Chickens, as well as other birds, can be considered indicators of environmental contamination. Toxoplasma gondii has a distinct clonal populational structure of three lineages (I, II and III) with high recombination, resulting in wide genotypic diversity in Brazil. Recent studies have demonstrated the importance of T. gondii genotyping regard the relationship between genotypes and distinct clinical signs in hosts. This study aimed to isolate and characterize T. gondii isolates from chickens (Gallus gallus) naturally infected in the state of Santa Catarina. Serum samples from 133 fowls raised in free-range conditions were analyzed by Immunofluorescence Assay (IFA ≥ 1:16) to detect IgG antibodies to T. gondii. Brain and heart tissues from 30 seropositives (IFA) chickens were used to isolate the parasite (bioassay in mice). The isolates were subjected to genotypic characterization by PCR-RFLP using 12 genetic markers (SAG1, 5 -3 SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico and CS3). The results were classified according to the genotypes present in ToxoDB (http://toxodb.org/toxo/). Among 133 chicken serum samples analyzed, 84 (63.16%) were positive, with antibody titers ranging from 1:16 to 1:1024. Eleven isolates were obtained in the assay (Ck 3, Ck 32, Ck 35, Ck 56, Ck 63, Ck 89, Ck 102, Ck 103, Ck 125, Ck 127 and Ck 128). Genotyping revealed six genotypes, three of them were classified as #26, #53 and #120 and three were not previously described, denominated NEO 1, NEO 2 e NEO 3. In two isolates it was not possible to amplify all markers, but the 18S rRNA PCR-RFLP was performed for differentiation of other apicomplexans (Neospora spp. and Sarcocystis spp.) and it was confirmed as T. gondii. The present study confirms the high genetic diversity of the parasite observed in Brazil and this is the first mapping of genotypes obtained from naturally infected chickens in the state of Santa Catarina / A toxoplasmose é uma zoonose de ampla distribuição geográfica, que acomete animais homeotérmicos, incluindo as aves e o ser humano. Galinhas, assim como outras aves, são consideradas indicadoras de contaminação ambiental. Toxoplasma gondii possui uma estrutura populacional altamente clonal, constituída por três linhagens, designadas I, II e III com alta frequência de recombinação, o que resulta na grande diversidade genotípica observada no Brasil. Estudos recentes têm demonstrado a importância da genotipagem dos isolados de T. gondii considerando a relação de diferentes genótipos com as distintas patologias observadas nos hospedeiros. A realização do presente trabalho teve como objetivo isolar e caracterizar genotipicamente T. gondii de galinhas (Gallus gallus) naturalmente infectadas do estado de Santa Catarina. Soros de 133 aves criadas extensivamente foram analisados pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI ≥1:16) para detecção de anticorpos IgG contra T. gondii. Para o isolamento do parasito (bioensaio em camundongos) foram utilizados coração e cérebro de 30 aves soropositivas na RIFI. Os isolados obtidos foram submetidos à caracterização genotípica por meio da PCR-RFLP utilizando 12 marcadores genéticos (SAG1, 5 -3 SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico e CS3). Os resultados obtidos foram classificados de acordo com os genótipos presentes no ToxoDB (http://toxodb.org/toxo/). Das 133 amostras de soros de galinhas analisadas, 84 (63,16%) foram positivas, com títulos de anticorpos variando de 1:16 a 1:1024. No bioensaio foram obtidos 11 isolados (Ck 3, Ck 32, Ck 35, Ck 56, Ck 63, Ck 89, Ck 102, Ck 103, Ck 125, Ck 127 e Ck 128). Pela análise genotípica revelou-se a presença de seis genótipos, três dos quais classificados como #26, #53 e #120 e três não descritos anteriormente, denominados NEO 1, NEO 2 e NEO 3. Em dois isolados não foi possível amplificar todos os marcadores, entretanto foi realizada a 18S rDNA PCR-RFLP, para diferenciar de outros apicomplexas (Neospora spp. e Sarcocystis spp.), e que confirmou estes como T. gondii. O presente trabalho ratifica a ampla diversidade genética do parasito verificada no Brasil sendo este o primeiro mapeamento dos genótipos do protozoário, a partir de galinhas naturalmente infectadas, que ocorrem no estado de Santa Catarina

Page generated in 0.1243 seconds