Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-06T12:00:41Z No. of bitstreams: 3 Dissertação - Lorraine Andrade Malaspina - 2014 - (1).pdf: 19847965 bytes, checksum: 80a80b846a7ec7bf574c1a4bbeb45756 (MD5) Dissertação - Lorraine Andrade Malaspina - 2014 - (2).pdf: 481787 bytes, checksum: 75b49000c4d8d2964d52487b43437104 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-06T12:06:22Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Dissertação - Lorraine Andrade Malaspina - 2014 - (1).pdf: 19847965 bytes, checksum: 80a80b846a7ec7bf574c1a4bbeb45756 (MD5) Dissertação - Lorraine Andrade Malaspina - 2014 - (2).pdf: 481787 bytes, checksum: 75b49000c4d8d2964d52487b43437104 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T12:06:22Z (GMT). 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With the growing demand for renewable energy sources, its been proposed it's use to obtain energy, called biofuels. For such purpose, the main approach is the search of the degradation of biomass via enzymatic hydrolysis. In this context, the study of microorganisms capable of carrying out the degradation of biomass and the study of the enzymes involved in this process play a key role. Particularly, the thermophilic fungus Humicola grisea var. thermoidea presents signi cant production of active lignocellulolytic enzymes at high temperature and has been considered a strong candidate for industrial applications. However, the scienti c literature still lacks of structural information on fungal enzymes involved in the hydrolysis of lignocellulose. In previous work, the cellulolytic enzyme cellobiohydrolase (CBH1.2) from Humicola grisea has been identi ed and cloned into Pichia pastoris as well as one of the endoxylanases (HXYN2) from this same organism. In this master's project, the enzymes CBH1.2 and HXYN2 were expressed using heterologous expression system obtaining satisfactory yield for in vitro assays. Puri - cation protocols were established via precipitation by ammonium sulfate and initial experiments of enzyme activity were performed via the reducing sugars method for both enzymes. XX Crystallization conditions were found for the enzyme CBH1.2r, where small needleshaped crystals were obtained in crystallization trials. In addition to this, the cloning of the enzyme CBH1.2 from Humicola grisea with the pHIL-D2 expression vector (for extracellular expression) was performed. This vector was used to transform GS115 and SMD1168 strains of the yeast P. pastoris both with the genotype his4-. Transformants that were able to secrete active protein were detected in both strains. / A obten c~ao da estrutura tridimensional de uma enzima pode ser utilizada como passo inicial em projetos de engenharia gen etica e engenharia enzim atica com intuito de optimiza c~ao da atividade catal tica e/ou a produ c~ao em escala industrial de enzimas alvo. Atualmente, a cristalogra a e o m etodo mais empregado para a determina c~ao de estruturas tridimensionais de macromol eculas. A biomassa vegetal, na forma de celulose, hemicelulose e lignina, apresenta grande potencial para aplica c~oes biotecnol ogicas. Com a crescente demanda por fontes renov aveis de energia, tem-se proposto sua utiliza c~ao para a obten c~ao de energia, os ditos biocombust veis. Para esse m, a principal abordagem que se tem procurado e a degrada c~ao da biomassa via hidr olise enzim atica. Neste contexto, o estudo de micro-organismos capazes de realizar a degrada c~ao da biomassa e o estudo das enzimas envolvidas no processo apresentam papel chave. Particularmente, o fungo term o lo Humicola grisea var. thermoidea apresenta produ c~ao signi cativa de enzimas lignocelulol ticas ativas a alta temperatura e tem sido considerado um forte candidato para aplica c~oes industriais. Contudo, a literatura cient ca ainda carece de informa c~oes estruturais sobre as enzimas do fungo envolvidas na hidr olise da lignocelulose. Em trabalhos anteriores, a enzima celulol tica celobiohidrolase (CBH1.2) de H. grisea foi identi cada e clonada em Pichia pastoris bem como uma das endoxilanases (HXYN2) deste mesmo organismo. Neste projeto de mestrado, foram expressadas as enzimas CBH1.2 e HXYN2 utilizando sistema heter ologo de express~ao, obtendo rendimento satisfat orio para ensaios in vitro. Foram estabelecidos protocolos de puri ca c~ao via precipita c~ao por sulfato de am^onio e realizados experimentos iniciais de atividade enzim atica via o m etodo dos a c ucares redutores para as duas enzimas. XVIII Foi encontrada condi c~ao de cristaliza c~ao para a enzima CBH1.2r onde foram obtidos pequenos cristais em forma de agulha nos ensaios de cristaliza c~ao. Al em deste, tamb em foi realizada a clonagem da enzima CBH1.2 de Humicola grisea no vetor de express~ao pHIL-D2 (para express~ao extracelular). Este vetor foi utilizado para transformar as linhagens SMD1168 e GS115 da levedura P. pastoris ambas com o gen otipo his4-. Foram detectados transformantes capazes de secretar a prote na ativa em ambas as linhagens.

Em Medicina Veterinária, o uso do surfactante como conduta assistencial em neonatos pré-termos ainda é um desafio. Destarte, foram objetivos deste estudo: avaliar a terapia com surfactante porcino intra-traqueal, correlacionando-a com a evolução de neonatos ovinos prematuros. Para tal, gruparam-se os neonatos nos grupos Ventilação (VEN; n = 5), Surfactante-1aplicação (SURF1; n = 5), Surfactante-2 aplicações (SURF2; n = 6) e Surfactante-3 aplicações (SURF3, n = 6). Ao nascimento todos os neonatos foram intubados e ventilados com balão auto-inflável durante 2 horas. Para os grupos SURF 1, 2 e 3, instilou-se pela via traqueal 100 mg/kg PV de surfactante porcino e colheu-se amostras nos seguintes momentos: exame clínico pelo escore Apgar, temperatura retal e oximetria de pulso aos minutos 0, 5, a cada 10 minutos até 1,5h, 2, 4, 6 e 24h, radiografia torácica às 0 e 24 h, hemogasometria arterial, concentração sérica de enzimas antioxidantes (catalase-CAT, superóxido dismutase-SOD e glutationa peroxidase-GPx) e marcador do estresse oxidativo (TBARS); glicemia, lactatemia, uréia e creatinina séricas às 0, 2, 4, 6 e 24 h. Para a avaliação histopatológica pulmonar, incluiu-se o grupo CON (n = 3), formado por animais da mesma idade gestacional, não ventilados e sem acesso ao surfactante. No líquido amniótico, colhido intra-parto, foi avaliada a concentração de TBARS, SOD e GPx. Como resultados, houve maior sobrevida para o grupo VEN, em relação aos SURF1 e 3. Neonatos VEN apresentaram melhor evolução clínica, com notas Apgar, frequência cardíaca (FC), padrão respiratório (PR) e oximetria de pulso superiores aos demais. Todos os grupos apresentaram uremia e hiperlactatemia no primeiro dia de vida, com valores de lactato sérico significativamente superiores para SURF1. Na avaliação hemogasométrica, houve acidose para o grupo SURF1, hipoxemia e hipercapnia para todos os grupos, com valores de pO2 significativamente inferiores para SURF1, em relação ao VEN. Na avaliação do LA, não houve diferença entre os valores de TBARS, SOD e GPx entre os grupos. Todavia, na avaliação sanguínea, SOD e CAT correlacionaram-se com oximetria de pulso e GPx com lactato sérico. A avaliação histopatológica pulmonar evidenciou edema, congestão, atelectasia para todos os grupos, presença de monócitos mais evidente nos grupos SURF2 e 3 em relação ao VEN e CON; maior aporte de neutrófilos para o grupo SURF3 em relação ao VEN e CON e espessamento de parede mais evidente em VEN, SURF2 e 3, em comparação ao CON. Em conclusão, a terapia com surfactante intra-traqueal associada à ventilação manual acarretou menor vitalidade clínica e desempenho respiratório em cordeiros prematuros; foi determinado o perfil oxidativo no LA de fetos aos 135 dias de gestação, bem como, o grau de estresse oxidativo neonatal; a ventilação manual com balão auto-inflável, associada ou não à terapia com surfactante intra-traqueal, induziu alterações estruturais e inflamatórias no parênquima pulmonar neonatal; e, por fim, o protocolo terapêutico proposto a ovinos prematuros, com o desígnio de manter a adequada função respiratória e asseverar a sobrevivência neonatal mostrou-se pouco satisfatório em virtude da elevada mortalidade neonatal. / In veterinary medicine, the implement of surfactant therapy for preterm newborns is still a challenge. Thus, the aims of this study were: to evaluate the porcine surfactant intra-tracheal therapy, correlating with the overall evolution of preterm. Newborns were randomly allocated in groups: ventilation (VEN, n = 5), surfactant-1application (SURF1, n = 5), surfactant-2application (SURF2, n = 6) and surfactant-3 application (SURF3, n = 6). At birth, all neonates were tracheally intubated and ventilated with self-inflating bag for 2 hours. SURF1, 2 and 3 newborns were tracheally instilled with 100 mg/kg BW of porcine surfactant and samples were collected at the following times: clinical examination through the Apgar score, rectal temperature and pulse oximetry at birth, 5min, every 10 min, until 1,5h, 2, 4, 6 and 24h; chest radiography at 0 and 24 h; arterial blood gas analysis, serum TBARS, CAT, SOD and GPx, glucose, blood lactate, urea and serum creatinine at 0 , 2, 4, 6 and 24 h. For histopathological evaluation, a control group was included (CON, n = 3), constituted by animals of the same gestational age, non-ventilated and without access to the surfactant therapy. Amniotic fluid was collected during delivery and analysed for TBARS, SOD and GPx concentrations. Results demonstrated higher survival rate for VEN group, in relation to SURF1 and 3. VEN neonates showed better clinical outcome, with superior Apgar scores, HR, RP and pulse oximetry. All groups had uremia and hyperlactatemia, with serum lactate values significantly higher for SURF1. At hemogasometric evaluation, SURF1 group presented acidosis; all groups had hypercapnia and hypoxemia, with significantly lower values of pO2 for SURF1 group in relation to the VEN. Amniotic fluid evaluation showed no difference among groups for TBARS, SOD and GPx values. However, in blood analysis, SOD and CAT were correlated with pulse oximetry and GPx with serum lactate. Histopathology showed pulmonary edema, congestion, atelectasis for all groups. Monocytes were more evident in groups SURF2 and 3 compared to VEN and CON. Neutrophils were higher in SURF3 group compared to VEN and CON. Also, VEN, SURF2 and 3 groups presented more evident wall thickness compared to CON lambs. In conclusion, intra-tracheal surfactant therapy associated with manual ventilation leads to lower clinical vitality and respiratory performance in preterm lambs; AF oxidative profile was determined for ovin fetuses at 135 days of gestation, as well as the degree of neonatal oxidative stress; manual ventilation with self-inflating bag, with or without surfactant therapy induced inflammatory and structural changes in neonatal lung parenchyma; and finally, the therapeutic protocol proposed to preterm sheep, aiming to maintain adequate respiratory function and to assure neonatal survival was unsatisfactory due to the high neonatal mortality.

A parte intodutória deste trabalho descreve os conceitos básicos da teoria de determminação de estruturas cristalinas, além de alguns aspéctos de ditiocarbamatos. Na parte experimental estão descritas as estruturas cristalinas e moleculares de quatro compostos: Morfolinoditiocarbamato de potássio monoidratado: Sistema cristalino monoclínico; grupo espacial P21/c; Z=4; a=6,723(5); b=17,260(4); c=8,190(8) Å; Beta =108,99(1)0; V=898,7(3) Å3; D=1,621 Mg/m3. O índice de discordância é R(F)=0,0472 (R (F)*= 0,1064 para todas as reflexões), com S=1,012 para 1615 reflexões observadas com I > ou = 2 gama(I) e 107 parâmetros refinados. Morfolinoditiocarbamato de Morfolina: Sistema cristalino monoclínico; grupo espacial P21/c; Z=4; a=7,938(5); b=18,323(1); c=8,826(5) Å; Beta =110,21(5)0; V=1206,16(25) Å3; D=1,381 Mg/m3. O índice de discordância é R(F)= 0,0505 (R (F)*= 0,1273para todas as reflexões), com S=0,997 para 2021 reflexões observadas com I > ou = 2 gama(I) e 191 parâmetros refinados. Morfolinoditiocarbamato de Amônio: Sistema cristalino monoclínico; grupo espacial P21/a; Z=4; a=8,881(9); b=9,002(9); c=11,889(5) Å; beta =104,318(5) 0; V=921,85(12) Å3; D=1,30 Mg/m3. O índice de discordância é R(F)= 0,0557 (R (F)*= 0,0731 para todas as reflexões), com S=1,053 para 2093 reflexões observadas com I > ou = 2 gama(I) e 141 parâmetros refinados. 1-Piperidinoditiocarbamato de Piperidina: Sistema cristalino monoclínico; grupo espacial P21; Z=8; a=12,397(7); b=15,470(1); c=14,320(5) Å; beta =93,326(5)0; V=2741,99(9) Å3; D=1,191 Mg/m3. O índice de discordância é R(F)= 0,0541 (R (F)*= 0,1809 para todas as reflexões), com S=0,974 para 3850 reflexões observadas com I > ou = 2 gama(I) e 542 parâmetros refinados. / The first part of this work is a brief description of basics concepts of X ray for a structure solution and some concepts of dithiocarbamates. The experimental part contains the crystal and molecular structure for four compounds and its supramolecular interactions. Potassium Morfolinodithiocarbamate: monoclinic system; space group P21/c; Z=4; a=6.723(5); b=17.260(4); c=8.190(8) Å; b=108.9(1)0; V=898.7(3) Å3; D=1.621 Mg/m3; 1615 observed reflections (I ³ 2s(I)); NPAR=107. The final disagreement indices are: R(F)=0.0472. R (F)*= 0.1064; S=1.012. Morfoline Morfolinodithiocarbamate: monoclinic system; space group P21/c; Z=4; a=7.938(5); b=18.323(1); c=8.826(5) Å; b=110.2(5)0; V=1206.16(25) Å3; D=1.381 Mg/m3; 2021 observed reflections (I ³ 2s(I)); NPAR=191. The final disagreement indices are: R(F)= 0.0505; R(F)*=0.1273; S=0.997. Amonium Morfolinodithiocarbamate: monoclinic system; space group P21/a; Z=4; a=8.881(9); b=9.002(9); c=11.889(5) Å; b=104.3(5) 0; V=921.85(12) Å3; D=1.30 Mg/m3; 2093 observed reflections (I ³ 2s(I)); NPAR=141. The final disagreement indices are: R(F)= 0.0557; R(F)*=0.0731; S=1.053. Piperidiniun 1-Piperidinodithiocarbamate: monoclinic system; space group P21; Z=8; a =12.397(7); b=15.470(1); c=14.320(5) Å; b=93.326(5)0; V=2741.99(9) Å3; D=1.191 Mg/m3; 3850 observed reflections (I ³ 2s(I)); NPAR=542. The final disagreement indices are: R(F)= 0.0541; R(F)*= 0.1809; S=0.974.

A construção de bibliotecas metagenômicas tornou possível o acesso ao potencial biotecnológico de micro-organismos não cultiváveis. O solo é um habitat pouco explorado, com elevada diversidade bacteriana que possuem genes codificadores de enzimas de interesse industrial, chamadas de biocatalisadores naturais. Dentre estas, destacam-se as enzimas lipolíticas, lipases e esterases, por promoverem a hidrólise de matérias-primas de alto valor agregado e com muitas aplicações biotecnológica. Devido a necessidade, existe uma constante busca para isolar novos genes com diferentes especificações. Neste trabalho, o gene lip4, isolado de biblioteca metagenômica de solo, foi superexpresso, purificado e identificado como membro da família V das lipases bacterianas. Tem atividade ótima hidrolisando triacilglicerol de cadeia média em pH alcalino sem presença de íons. A estrutura cristalográfica obtida identificou o dobramento conservado das α/β hidrolases e a tríade catalítica, Ser94-Asp217-His245, além da presença do domínio CAP, comum nas esterases. / Metagenomic libraries construction make possible the access to the biotechnological potential of not cultivated microorganisms. Soil environment has a big bacterial diversity with genes encoding industrial interest enzymes, named natural biocatalysts. Among these, lipolytic enzymes, that includes lipases and estarases, are able to catalyse different biochemistry reaction and promoting raw material hydrolysis with added values. In this overview, a search for new genes with different specifications, allowed isolation by functional screening in tributyrin agar, a gene lip4 from a soil metagenomic library. These gene was overexpressed, purified and identified as a member to family V of bacterial lipases. Presents better activity in alkaline pH with medium chain triacyglycerol without ions. Three dimensional structure of Lip4 identified a conserved α/β hydrolase backbone and the catalytic triad Ser94-Asp217-His245, besides the presence of CAP domain, common structure in esterase.

As propriedades de espalhamento de raios X e atenuação de tecidos mamários normais (adiposo e fibroglandular), neoplásicos (benigno e maligno) e vários materiais tecido-equivalente (nylon, poliacetato, polimetilmetacrilato (PMMA), água, músculo-equivalente, osso-equivalente e adiposo-equivalente) foram determinados usando um sistema de raios X dispersivo em energia (SRXDE). O SRXDE consistiu de um tubo de raios X com anodo de tungstênio operando a 60kVp, um goniômetro e dois detectores: um detector de telureto de cádmio (CdTe), posicionado a 7 graus com relação ao feixe incidente usado para detectar a distribuição em energia dos fótons espalhados (numa faixa de momento transferido de 0,5nm-1 - 3,5nm-1) e um detector de silício (Silicon Drift Detector, SDD), posicionado a zero graus e usado para detectar a distribuição em energia do feixe transmitido (com amostra) ou do feixe incidente (sem amostra). A distribuição espectral foi processada para se obter o perfil de espalhamento e o coeficiente de atenuação linear de 100 amostras de tecidos mamários (59 normal, 30 maligno e 11 benigno). Este sistema foi, também, aplicado ao estudo de regiões de transição entre tecidos com diferentes composições. Os resultados encontrados neste trabalho mostram que os tecidos mamários podem ser caracterizados através de suas propriedades de atenuação e espalhamento. Perfis de espalhamento neoplásico apresentam formato do pico principal significativamente diferente na faixa de momento transferido de 0,8nm-1 - 2,0nm-1, aos tecidos normais. Especificamente, o tecido adiposo apresentou um perfil de espalhamento muito diferente (pico principal em 1,12nm-1 e LMA de 0,33nm-1) quando comparado com tecidos neoplásico maligno e benigno e normal fibroglandular (pico principal em torno de 1,54nm-1 e LMA em torno de 0,73nm-1). O coeficiente de atenuação linear observado para os tecidos maligno, benigno e fibroglandular são muito similares e mostraram diferenças menores que 8% para energias entre 10 e 35keV. Entretanto, o tecido adiposo apresentou diferenças significativas com relação aos outros tecidos em toda faixa de energia (diferenças de até 40% foram observadas). Os resultados obtidos da varredura espacial das amostras heterogêneas mostram que o sistema desenvolvido permite o estudo de regiões de transição entre tecidos com diferentes composições. Finalmente, nossos resultados foram comparados com dados experimentais previamente publicados na literatura, mostrando boa concordância dentro das incertezas estatísticas. / The X-ray scattering and attenuation properties for normal (adipose and glandular) and neoplastic (benign and malignant) breast tissues and several tissue-equivalent materials (nylon, polyacetate, polymethylmethacrylate (PMMA), water, muscle-equivalent, bone-equivalent and adipose-equivalent) were determined using an energy dispersive X-ray system (EDXS). The EDXS consisted of a tungsten anode X-ray tube operating at 60kVp, a goniometer, and two detectors: a Cadmium Telluride (CdTe) detector, positioned at 7 degrees with relation to the incident beam used for detecting the energy distribution of scattered photons (over the momentum transfer range of 0,5nm-1- 3,5nm-1) and a Silicon Drift Detector (SSD), positioned at zero degree used for detecting the energy distribution of the transmitted beam (with the sample) or the incident beam (without the sample). The spectra distributions were processed to obtaine the scattering profile and the linear attenuation coefficient of 100 samples of breast tissues (59 normal, 30 malignant and 11 benign). This system was also applied to the study of the transition regions between tissues with different composition. The results found in this work show that breast tissues may be characterized through their attenuation and scattering properties. Neoplastic scattering profiles presented format and the main peak position significantly different in the range of momentum transfer from 0,8nm-1- 2,0nm-1, to normal tissues. Specifically, adipose tissue presented a very different scattering profile (main peak at 1,12nm-1and FWHM of 0,33nm-1) when compared with malignant, benign and also normal glandular tissues (main peak around 1,54nm-1and FWHM about of 0,73nm-1). The linear attenuation coefficient observed for malignant, benign and normal glandular tissues were quite similar and showed differences smaller than 8% for energies between 10 and 35keV. However, adipose tissue presented significant differences from the others tissues type in all energy range (differences up to 40% were observed). The results of the spatial scan of heterogeneous samples show that the developed system allows the study of transition regions between tissues with different composition. Finally, our results were compared with previous experimental data showing a good agreement within the experimental uncertainties

O LED infravermelho tem sido considerado uma alternativa efetiva para o laser na bioestimulação. Entretanto, o efeito na remodelação óssea durante o movimento ortodôntico ainda deve ser esclarecido. Oitenta ratos machos com 10 semanas de idade, foram divididos em dois grupos de 40 animais cada: grupo LED (GLED) e grupo controle (GCON), e tiveram seu 1ºmolar superior esquerdo submetido a força de 10 g com uma mola helicoidal fixada entre o 1ºmolar superior esquerdo e incisivo superior esquerdo. Durante os primeiros cinco dias de movimentação dentária foi aplicada a luz infravermelha LED (850nm, 30mW) durante 5 minutos no GLED. O GCON não foi irradiado. Em 0, 7, 14 e 21 dias, 5 animais de cada grupo foram submetidos a microtomografia computadorizada. Para a avaliação histológica, todos os ratos foram subdivididos em subgrupos de 20 animais cada de acordo com a o dia da eutanásia 4, 7, 14 e 21 dias e as maxilas foram dissecadas e processadas para a microscopia de luz (HE e TRAP). A quantidade de movimento, segundo as microtomografias computadorizadas, foi maior no grupo LED em T1 (intervalo entre os dias 0 e 7) e em T3 (intervalo entre os dias 14 e 21). No dia 4 foi observada hialinização na área de pressão em ambos os grupos; nos períodos posteriores, 7, 14, a área hialina foi vista apenas no grupo controle. A reabsorção radicular ocorreu em ambos os grupos após o dia 7. A fototerapia LED melhora a movimentação dentária e minimiza a hialinização durante o movimento ortodôntico. Entretanto, não reduz o risco de reabsorção da superfície radicular. / Infrared LED has been considered an effective alternative to infrared LASER for biostimulation purposes. However, its effect on bone remodeling during orthodontic tooth movement (OTM) is unknown. Eighty 10 week-old male Wistar rats were divided into two groups of forty animals each: LED group (GLED) and control group (GCON) and had a coiled spring bonded to the first upper molar and upper incisor exerting 10g force to mesially move the molar. During the first five days of OTM the maxillae were daily irradiated with infrared LED (850nm, 30mW) during 5 minutes (LED group). The controls were not irradiated (GCON). At 0, 7, 14 and 21 days, 5 LED group and 5 CON group rats were submitted to ?CT. For the histological study, all rats were subvided into subgroups of 20 animal each according to the euthanasia day 4, 7, 14 e 21 days. The rats were euthanized after 4, 7, 14 and 21 days and the maxillae were processed to light microscopy and TRAP histochemistry. The amount of tooth movement was greater in the GLED on days 7 and 14. At 4 day, hyalinization was seen at the pressure areas in both groups; on the subsequent days it was seen only in the GCON. Root resorption occurred in both groups after 7 days. LED phototherapy enhances early tooth movement and minimizes periodontal hyalinization during OTM. However, it does not reduce the risk of tooth resorption.

Orientadores: Rodrigo de Souza Portugal, Adalene Moreira Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias / Made available in DSpace on 2018-08-11T23:11:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cavallaro_FranciscodeAssis_M.pdf: 3169392 bytes, checksum: 102911624b422474e306cc2cb62cdabd (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O processamento atual em gamaespectrometria necessita de novas ferramentas para auxiliar a remoção de ruídos, visto que ao final desta etapa há constatação de ruído remanescente. O ruído remanescente prejudica de forma expressiva os produtos finais. O decaimento radioativo é um processo aleatório e a estimativa de todas as medidas é governada por leis estatísticas. Os perfis de taxas de contagem são sempre "ruidosos" quando utilizados períodos curtos como um segundo para cada medida. Os filtros utilizados e, posteriormente, as correções efetuadas no processamento atual de dados gamaespectrométricos não são suficientes para remover ou diminuir consideravelmente o ruído oriundo do espectro. Dois métodos estatísticos que atuam diretamente nos dados coletados, isto é, nos espectros vêm sendo sugeridos na literatura para remover estes ruídos remanescentes: o Noise-Adjusted Singular Value Decomposition ¿ NASVD e Maximum Noise Fraction ¿ MNF. Estes métodos produzem uma redução no desvio padrão de forma significativa. Neste trabalho eles foram implementados dentro do ambiente de processamento do software OASIS MONTAJ e aplicados em uma área compreendida por dois blocos, I e II do levantamento aerogeofísico que recobre a porção oeste da Província Mineral do Tapajós - sudoeste do Estado do Pará e sudeste do Estado do Amazonas. Os dados filtrados e não-filtrados foram processados e comparados usando os coeficientes determinados pela empresa Lasa Engenharia e Prospecções S.A. Os resultados da comparação entre perfis e mapas apresentaram-se de forma promissora, pois houve um ganho na resolução dos produtos. / Abstract: The gamaespectrometry processing needs new tools to help the noise¿s removal, at the end of this step there are evidence of remaining noise; this remaining noise causes damages at the final product. The radioactive decline is a random process and the estimate of the measures is managed by statistical laws. The profiles of counting ratios are always noisy when analyzed for short periods, like a second for each measurement. Filters and corrections made in the airborne gamma-ray spectrometric data processing are not enough to remove or reduce the spectrum's noise. Two statistic methods which act directly at collected data, i.e., in the spectrum domain, the literature has been suggesting to remove such remaining noises, the Noise-Adjusted Singular Value Decomposition ¿ NASVD and Maximum Noise Fraction ¿ MNF. These methods produce a significant reduction in the standard deviation. In this work both methods were implemented in the software OASIS MONTAJ environment and applied in one area between two blocks, I and II of the airborne survey which covers the west area of Mineral Province of Tapajós ¿ southwest of Pará state and southeast of Amazonas state. The filtered and not filtered data were processed and compared using the coefficients determined by Lasa Engenharia e Prospecções S.A. The results of the comparison done, using maps and profiles showed up a promising form; therefore, these products had gained resolution. / Mestrado / Geologia e Recursos Naturais / Mestre em Geociências

Orientador: Lourenço Correr Sobrinho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-24T19:04:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_AmaroIlidioVespasiano_D.pdf: 825243 bytes, checksum: 348fd72cdb122213d969293a350a2f66 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O objetivo neste estudo foi investigar e comparar os efeitos da dieta de café e refrigerantes à base de cola e guaraná sobre a microarquitetura e resistência óssea em ratos. Foram utilizados 80 ratos (Rattus norvegicus, Albinus Wistar), sendo 40 machos e 40 fêmeas, distribuídos em 8 grupos experimentais que receberam água (grupos controles), refrigerantes à base de cola, guaraná e café ad libitum. Ao término dos 48 dias de administração das substâncias, todos os animais foram sacrificados e o fêmur direito coletado para análise por microtomografia computadorizada e ensaio de resistência à flexão de três pontos. Após tabulação dos dados e análise estatística (ANOVA), foi observado alteração na microarquitetura óssea nos seguintes parâmetros analisados pela microtomografia computadorizada: volume de tecido (TV), volume ósseo (BV), superfície de tecido (TS), superfície óssea (BS), número de trabéculas ósseas (Tb.N), espessura das trabéculas ósseas (Tb.Th), volume de poros fechados (Po.V(cl)) e Volume de poros abertos (Po.V(op)) além de alterações na resistência óssea nas fêmeas. Concluiu-se que A ingestão das substâncias avaliadas causou alteração na microarquitetura óssea, levando a um aumento dos parâmetros de volume, tanto ósseo quanto de tecido. Porém, o consumo de refrigerante à base de guaraná e de café reduziram a microarquitetura trabecular; além disso, a ingestão de café e de refrigerante à base de cola aumentou o risco à fratura óssea nas fêmeas / Abstract: The aim of this study was to investigate and compare the effects of daily diet of coffee and soft drinks based in coke and guarana over the microarchitecture and bone strength in rats. 80 rats ( Rattus norvegicus, Albinus Wistar ) were used, 40 males and 40 females, divided into 8 experimental groups that received water (control groups), coke and guarana and coffe ad libitum. At the end of the 30 days of administration of substances, all animals were sacrificed and the right femur collected for analysis by computerized microtomography and testing flexion module of three points. After tabulating the data and statistical analysis (ANOVA), was observed changes in the bone microarchitecture in the following parameters assessed by computed microtomography: tissue volume (TV), bone volume (BV), tissue surface (TS), bone surface (BS), trabecular number (Tb.N), trabecular thickness (Tb.Th), volume of closed pores (Po.V(cl)) and volume of open pores (Po.V(op)), also changes in bone strength in females . It was concluded that ingestion of substances evaluated caused change in bone microarchitecture, leading to an increase in volume parameters, both bone as tissue. However, the consumption of coolant based on guarana and coffee reduced trabecular microarchitecture; Furthermore, ingestion of coffee and cola soft drink to increased risk of bone fracture in females / Doutorado / Radiologia Odontologica / Doutor em Radiologia Odontológica

Orientadores: Andréa Dessen de Souza e Silva, David Neves / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T14:11:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Madeira_PauloViniciusdaMata_M.pdf: 3508240 bytes, checksum: 40070baffe8469acd5f3a60f9e82a931 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Segundo a Organização Mundial da Saúde, doenças infecciosas são a segunda principal causa de morte no mundo. Essas doenças são causadas por organismos patogênicos que podem compartilhar certas similaridades em seu modo de infecção. Bactérias patogênicas são responsáveis por diversas doenças de acometimento humano, sua patogenicidade, na maioria das vezes, apresenta-se associada a secreção de fatores de virulência que são responsáveis pela adesão, invasão e por danos ás células e tecidos do hospedeiro. P. aeruginosa é um patógeno oportunista, multiresistente a antibióticos e é a bactéria Gram negativa principal causadora de infecções hospitalares, podendo levar à óbito por pneumonia e sepse pacientes imunocomprometidos, principalmente pacientes com fibrose cística, AIDS e vítimas de queimadura. A proteína ExoU de P. aeruginosa é um fator de virulência, altamente citotóxico, secretado pela bactéria que apresenta atividade fosfolipase A, degradando a membrana celular e levando a rápida morte celular. ExoU é pertencente a família das proteínas tipo patatina, essas proteínas apresentam regiões homólogas a fosfolipase A2 citosólica humana e regiões homólogas a proteínas patatinas. A proteína PlpD encontrada em linhagens que não codificam ExoU, a saber: PA01 e PA14 de P. aeruginosa apresentam todas as regiões conservadas, classificando-a como uma proteína bacteriana do tipo patatina, assim como a ExoU. Além disso foi mostrado que seu domínio catalítico é secretado pela bactéria e apresenta atividade de lipase, importante para o processo infectivo do patógeno. Como P. aeruginosa, assim como outros patógenos, se tornaram multiresistentes a antibióticos, a busca por novos alvos terapêuticos vem sendo incentivada. A compreensão estrutural dos componentes envolvidos no processo infectivo é essencial para o desenvolvimento de novos agentes terapêuticos. Nesse trabalho a estrutura da porção secretada da proteína PlpD, com atividade catalítica, foi resolvida à uma resolção de 2.14 Angstroms. A análise da proteína mostrou diferenças interessantes entre sua estrutura e de seu homólogo ExoU, fornecendo pistas para a caracterização de seu mecanismo de ação à nível estrutural. Essa tese foi desenvolvida em colaboração com o grupo do Laboratório de Engenharia de Sistemas Macromoleculares de Marselha, França sob coordenação da Drª Sophie Bleves / Abstract: According to the World Health Organization, infectious diseases are the second leading cause of deaths worldwide . These diseases are caused by pathogenic organisms that may share certain similarities in their mode of infection. Pathogenic bacteria are responsible for many human diseases, their pathogenicity, most often appears associated with the secretion of virulence factors that are responsible for adhesion, invasion and damage to the cells and tissues of the host. P. aeruginosa is an opportunistic pathogen, multidrug-resistant and the main Gram negative cause of nosocomial infections, this pathogen may lead to death due to pneumonia and septcemia immunocompromised patients, especially patients with cystic fibrosis, AIDS and burn victims. The ExoU protein of P. aeruginosa is a highly cytotoxic virulence factor secreted by the bacterium which has phospholipase A activity by degrading the cell membrane and leading to rapid cell death. ExoU belongs to patatin-like protein family, these proteins have regions homologous to human cytosolic phospholipase A2 and regions homologous to patatins. The PlpD protein is found in strains that do not encode ExoU, namely P. aeruginosa PA01 and PA14. This protein shows all conserved regions of patatin-like proteins, classifying it as a bacterial patatin-like protein, as well as the ExoU. Furthermore it was shown that its catalytic domain is secreted by the bacterium and shows lipase activity, important for the infection process. As P. aeruginosa, as well as other pathogens have become multidrug resistant, the search for new therapeutic targets is being encouraged. The understanding of the structural components involved in the infective process is essential for the development of new therapeutic agents. In this work the structure of the secreted portion of PlpD protein which has catalytic activity was resolved at 2.14 angstroms resolution. The protein analysis showed interesting differences between its structure and its homologous ExoU, providing evidences to the characterization of its mechanism of action at a structural level. This thesis was developed in collaboration with the Macromolecular Engineering Systems Laboratory group in Marseille, France under the coordination of Dr Sophie Bleves / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Maria Izabel Maretti Silveira Bueno, Adriana Vitorino Rossi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-23T10:16:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Shimamoto_GustavoGiraldi_M.pdf: 5621340 bytes, checksum: c33c6947dc4bcd2cf1e67f3189f9ed3c (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Cosméticos e alimentos são produtos que recebem destaque, pois revelam importante influência na economia de muitos países, por apresentarem expressivo consumo. Nesse contexto, é necessário desenvolver metodologias cada vez mais rápidas e eficientes para analisá-los em termos de qualidade e autenticidade. O presente trabalho descreve métodos de análise com a técnica de fluorescência de raios X (XRF) associada à quimiometria para análise de creme hidratante, esmalte de unha, leite em pó e feijão. As análises foram realizadas diretamente nas amostras, dispensando a utilização de reagentes e sem geração de resíduos que necessitam de tratamento específico. A XRF permitiu quantificar, a partir do método dos parâmetros fundamentais, elementos metálicos e não metálicos nas amostras desses cosméticos e alimentos. Além disso, a associação desta técnica com a quimiometria também trouxe os seguintes resultados: 1) identificação simultânea de parabenos e propilenoglicol em cremes hidratantes, a partir da análise de componentes principais (PCA) e dos métodos de mínimos quadrados parciais para análise discriminante (PLS-DA) e K-ésimo vizinho mais próximo (KNN), com classificação de amostras externas com 100% de acerto; 2) detecção da resina toluenosulfonamida/formaldeído em esmaltes de unha a partir de PCA, PLS-DA e KNN com 100% de acerto na classificação de amostras externas; além disso, foi possível também evidenciar as principais diferenças entre as marcas brasileiras dos esmaltes, o que pode servir como ferramenta para as análises forenses; 3) identificação e quantificação dos adulterantes soro e amido (na faixa de 0 a 30% m/m) em leite em pó, pelo método dos mínimos quadrados parciais (PLS) e 4) reconhecimento de possíveis fatores intrínsecos para a germinação de grãos de feijão, associados principalmente com o teor de silício presente / Abstract: Cosmetics and food show expressive influence on the economy of several countries, due to their substantial consumption. In this context, it is necessary to develop methodologies increasingly faster and more efficient to analyze them in terms of quality and authenticity. This work describes analytical methods based on X-ray fluorescence (XRF) technique associated to chemometrics for analysis of moisturizer cream, nail polish, powder milk and crude bean seeds. X-ray radiation is applied directly on the samples, neither using reagents nor producing wastes, both sparing special final steps of residue treatment. Metallic and nonmetallic elements are quantified in these cosmetic and food samples using XRF fundamental parameters method. Furthermore, chemometrics applied to XRF spectra also resulted in: 1) simultaneous identifications of parabens and propylene glycol in moisturizer creams through principal component analysis (PCA), partial least squares discriminant analysis (PLS-DA) and K-nearest neighbor (KNN) methods, producing external sample classifications with accuracies of 100%; 2) detection of resin toluene-sulfonamide/formaldehyde in nail polishes through PCA, PLS-DA and KNN, also with accuracies of 100%; in addition, it was possible to highlight the main differences among Brazilian brands of nail polish, serving as a tool for forensic analysis; 3) identification and quantification of serum and starch as adulterants (in the range 0 to 30% w/w) in milk powder by partial least squares regression method (PLS) and 4) pointing possible intrinsic factors affecting the germination of bean seeds, here associated with silicon content / Mestrado / Quimica Analitica / Mestre em Química