OLIVEIRA, Francisco Mário Sidney. Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012. 2014. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T11:34:12Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_fmsoliveira.pdf: 1279732 bytes, checksum: b238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcd (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T12:06:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_fmsoliveira.pdf: 1279732 bytes, checksum: b238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T12:06:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_fmsoliveira.pdf: 1279732 bytes, checksum: b238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcd (MD5) Previous issue date: 2014 / Four genotypes of human coronavirus (CoVh-229E, OC43, NL63 and HKU1) are often associated with diseases of the upper respiratory tract as well as in the lower.Despite the diversity of human coronavirus associated with acute respiratory infections, little is known about the impact of infections associated with them in child populations living in tropical regions.The present study had as objective detect CoVh in nasopharyngeal samples from pediatric patients with pneumonia treated at emergency rooms and wards of a referral hospital in the city of Fortaleza - Ceará, during the years 2011 and 2012.To that end, we collected 522 nasopharyngeal aspirates, where the principle indirect immunofluorescence (IIF) was used for detection of influenza A and B viruses, respiratory syncytial virus, adenovirus and parainfluenza 1, 2 and 3, and 99 (19%) samples positive by this technique. Negative samples by IFA were subjected to polymerase chain reaction in real-time (RT-qPCR) for detection of CoVh. Of the 423 negative samples by IFA, 71 (16.80%) had a positive result for CoVh, where the type 229E was the most frequent (34.11%), followed by genotypes OC43 and NL63 with 28.23% each and with lower detection HKU1 genotype (9.4%).We observed 14 (19.71%) co-detections with at most two genotypes among CoVh.All types of CoVh were observed during the study period.A rate of 67.60% of the infected children was treated by CoVh in emergency, but it is worth mentioning the high detection rate in hospitalized patients (32.40%).HKU1 genotype identified in a child with one month old who died, where the only risk factor was age observed.Our results show the circulation four types of CoVh in our city,being detected in pediatric patients with pneumonia, demonstrating the potential importance of these viruses in severe respiratory syndromes. / Quatro genótipos de coronavírus humanos (CoVh-229E, OC43, NL63 e HKU1) são frequentemente associados a doenças no trato respiratório superior como também no inferior. Apesar da diversidade de coronavírus associados a infecções respiratórias agudas humanas pouco se conhece sobre o impacto das infecções a eles associadas em populações infantis que vivem em regiões tropicais. O presente estudo teve como objetivo detectar os CoVh em amostras de nasofaringe provenientes de pacientes pediátricos com pneumonia atendidos na emergência e nas enfermarias de um hospital de referênciana cidade de Fortaleza – Ceará, durante os anos de 2011 e 2012. Para tanto, foram coletadas 522 aspirados de nasofaringe, onde a princípio foi utilizada a técnica de imunofluorescência indireta (IFI) para detecção dos vírus influenza A e B, sincicial respiratório (VSRh), adenovírus (ADVh), e parainfluenza 1, 2 e 3 (VPIh 1, 2 e 3), sendo 99 (19%) amostras positivas por esta técnica. As amostras negativas por IFI foram submetidas à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-qPCR) para detecção dos CoVh. Das 423 amostras negativas por IFI, 71 (16,80%) tiveram o resultado positivo para os CoVh, onde o tipo 229E foi o mais frequente (34,11%), seguidos pelos tipos OC43 e NL63 com 28,23% cada e como menor detecção o HKU1 (9,4%). Todos os tipos de CoVh puderam ser observados durante o período de estudo. Uma taxa de 67,60% das crianças infectadas pelos CoVh foram atendidas na emergência, mas vale ressaltar a alta taxa de detecção em pacientes hospitalizados (32,40%). Quanto aos sinais e sintomas clínicos, observamos uma maior frequência de coriza, tosse, febre e dispnéia nos pacientes positivos para os CoVh. Identificamos o tipo HKU1 em uma criança com um mês de idade que foi a óbito, onde o único fator de risco observado foi a idade. Nossos resultados demonstram a circulação de quatro tipos de CoVh no Nordeste do Brasil, sendo detectados em pacientes pediátricos com pneumonia, mostrando a possível importância desses vírus em síndromes respiratórias mais graves. Este estudo representa a primeira análise sobre a epidemiologia dos CoVh em nosso estado.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6843_RESUMO NAYARA.pdf: 95537 bytes, checksum: c7dc2ac95e7ea64f2eafa92433cdfb1f (MD5) Previous issue date: 2013-07-29 / As hortaliças são uma fonte importante de vitaminas, minerais e fibras, que são essenciais para o bom funcionamento do organismo, por isso cada vez mais cresce o seu consumo. A alface é uma das hortaliças mais consumidas no Brasil, principalmente na sua forma crua, entretanto nos últimos anos tem sido associada a surtos alimentares. Várias metodologias podem ser utilizadas para determinação de micro-organismos em alimentos. No entanto, é crescente a necessidade da utilização de métodos que proporcionem resultados mais rápidos. Dessa forma a técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem se mostrado uma ferramenta eficaz para tal finalidade. Este trabalho objetivou em avaliar a ocorrência de Salmonella spp. em alface (Lactuca sativa) do tipo crespa, comercializada no município de Alegre-ES. Para realização do estudo foram utilizadas 60 amostras de alface do tipo crespa e cultivo convencional comercializadas na feira livre e outros estabelecimentos da cidade. Foi realizada a determinação dos seguintes grupos microbianos nas amostras avaliadas: mesófilos aeróbios, fungos filamentos e leveduras, coliformes totais e termotolerantes. A determinação da ocorrência de Salmonella spp. ocorreu por meio das seguintes etapas: pré-enriquecimento, enriquecimento seletivo, plaqueamento seletivo-diferencial e para confirmação foi utilizada a técnica de PCR. Foram avaliados 11 estabelecimentos, incluindo a feira livre. As amostras analisadas apresentaram contagens médias de mesófilos aeróbios de 6,80 log UFC.g-1 e fungos filamentosos e leveduras de 4,07 log UFC.g-1. Foi constatado que 100 % das amostras apresentaram coliformes totais e, com relação à presença de coliformes termotolerantes, 58 % das amostras apresentaram valores < 3 NMP g-1, 30 % entre 4 e 21 NMP g-1, e 12 % entre 43 e 93 NMP g-1. Pela técnica de PCR, 21,66 % (n = 13) das 60 amostras de alface avaliadas foram consideradas positivas para Salmonella spp. As amostras positivas para Salmonella spp. foram provenientes de oito dos 11 estabelecimentos avaliados. A partir dos resultados obtidos ressalta-se a importância da adoção de medidas preventivas para reduzir a contaminação da alface in natura e demais hortaliças ao longo de toda cadeia produtiva, como uma forma de reduzir os riscos à saúde associados ao consumo deste alimento.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-03-27T20:34:56Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Keyla Fonseca da Cunha.pdf: 1856967 bytes, checksum: 6b6cfc6d1a359bd14e7736905e4b5ac4 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-04-09T19:12:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Keyla Fonseca da Cunha.pdf: 1856967 bytes, checksum: 6b6cfc6d1a359bd14e7736905e4b5ac4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-09T19:12:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Keyla Fonseca da Cunha.pdf: 1856967 bytes, checksum: 6b6cfc6d1a359bd14e7736905e4b5ac4 (MD5) Previous issue date: 2013-08 / A diarreia é a segunda causa de mortalidade em <5 anos e é responsável pela diminuição da produtividade na população economicamente ativa. Dentre os agentes infecciosos envolvidos, seis patotipos diarreiogênicos de Escherichia coli (DEC) merecem destaque: E. coli enteropatogênica (EPEC), E.coli enteroinvasora (EIEC), E. coli enterotoxigênica (ETEC), E. coli enteroemorrágica ou produtora de toxina de Shiga (EHEC/STEC), E. coli enteroagregativa (EAEC) e E. coli de aderência difusa (DAEC). O objetivo deste estudo foi determinar a frequência dos patotipos de DEC e caracterizar fenotípica e genotipicamente EAEC, DAEC, aEPEC e E. coli chain-like adhesion (CLA) isolados de fezes indivíduos de todas as idades atendidos nas Unidades de Saúde do município de Vitória, ES, entre janeiro de 2008 e junho de 2011. Os isolados de E. coli foram submetidos à: (i) PCR para detecção dos genes eae, bfpA, aat, lt, st, ipaH, stx1 e stx2; (ii) hibridização de colônia com as sondas eae, aat e daaC; (iii) adesão em cultura de células HEp-2 para evidenciar padrão de aderência agregativa (AA), difusa (DA) e chain-like adhesion (CLA). PCR para detecção de genes de virulência foi realizado em isolados de EAEC, CLA, DAEC e aEPEC. Isolados de EAEC e CLA, foram submetidos a testes de formação de biofilme e de película. Foram obtidos 328 espécimes fecais e E. coli foi isolada de 85,7%. Os seguintes patotipos foram identificados: EAEC (18,3%), DAEC (11%), aEPEC (2,6%), ETEC (0,7%). CLA foi identificada em 4,9% e EIEC, tEPEC e STEC não foram detectados. Dos 60 isolados de EAEC (AA) (25% aat+ por PCR e 35% por hibridização), fímbrias de aderência agregativa foram evidenciadas em baixa frequência (aggA- 1,7%, aafA- 0%, agg3A- 11,7%, hdA- 8,3%). EAEC típica correspondeu a 31,7% dos isolados de EAEC (aggR+), e foram significantes nestas a formação de biofilme, escore 3+ de produção de película e presença dos genes aat, agg3A, hdA, aap, sat, pet, set1A e iucA. Todos os isolados CLA apresentaram o gene pet, 87,5%, foram aggR-, formaram película e nenhum produziu biofilme. Dentre dos 42 isolados de DAEC (DA), a sonda daaC detectou 52,4%. PCR evidenciou adesinas afa/Dr (daaD e afa) em 59,5% e adesina AIDA-I não foi encontrada, sugerindo que outras adesinas estejam envolvidas na adesão da DAEC. Isolados de DAEC afa/Dr + foram estatisticamente mais isolados de <5 anos. Em aEPEC, os genes da ilha de patogenicidade OI-122 pesquisados, nleE, efa1/lifA e paa foram evidenciados em 30% dos isolados, todos provenientes de <5 anos. Características de virulência de tEAEC e DAEC Afa/Dr sugerem que sejam subpopulações relacionadas com diarreia. CLA não parece ser variante de EAEC. / Diarrhea is the second leading cause of mortality in <5 years and is responsible for decreased productivity in the economically active population. Among the infectious agents involved six diarrheagenics pathotypes of Escherichia coli (DEC) are worth mentioning: enteropathogenic E. coli (EPEC), enteroinvasive E. coli (EIEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), enterohemorragic E. coli or Shiga toxin-producing (EHEC/STEC), enteroaggregative E. coli (EAEC) and diffuselly adherent E. coli (DAEC). The aim of this study was to determine the frequency of DEC and to characterize phenotypic and genotypically EAEC, DAEC, aEPEC and chain-like adhesion E. coli (CLA) isolated from feces of all ages individuals treated at health units in the city of Vitória, between January 2008 and June 2011. E. coli were subjected to: (i) PCR for detection of eaeA, bfpA, aat, lt, st, ipaH, stx1 and stx2 genes; (ii) colony hybridization with eae, aat and daac probes; (iii) HEp-2 cells culture to show aggregative adherence (AA), diffuse (DA) and chain-like adhesion (CLA). PCR for detection of virulence genes was carried out in EAEC, CLA, DAEC and aEPEC. CLA and EAEC isolates were tested for biofilm formation and clump test. Fecal specimens (n=328) were obtained and E. coli was isolated from 85.7%. The following pathotypes were identified: EAEC (18.3%), DAEC (11%), aEPEC (2.6%), ETEC (0.7%). CLA was identified in 4.9% and EIEC, STEC and tEPEC were not detected. Out of the 60 isolates of EAEC (AA) (25% aat+ by PCR and 35% by hybridization) the aggregative adherence fimbriae were observed at low frequency (aggA-1.7%, aafA-0%, agg3A-11.7%, hda-8.3%). Typical EAEC were 31.7% of the EAEC isolates (aggR+), and among these, biofilm formation, score 3+ in clump test and the presence of aat, agg3A, hda, aap, sat, pet, iucA and set1A were significant. CLA isolates (87.5%) possessed the pet gene, all were aggR- and were clump test+, and no one was biofilm forming. Among the 42 isolates of DAEC (DA), the probe detected DAAC 52.4%. PCR showed adhesin afa/Dr (daad+/afa+) in 59.5% and AIDA-I adhesin was not found, suggesting that other adhesins are involved in DAEC adhesion. afa/Dr DAEC isolates were significant among <5 years. In aEPEC, the genes of pathogenicity island OI-122 (nleE, efa1/lifA and paa) and were seen in 30% all from <5 years. Virulence characteristics of tEAEC and DAEC Afa/Dr suggest that subpopulations are related diarrhea. CLA does not appear to be a EAEC variant.

Submitted by Maykon Nascimento (maykon.albani@hotmail.com) on 2016-04-13T18:31:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao Lorena Carnielli.pdf: 1224533 bytes, checksum: 5ce69a9e54fbbc313add5eab9ac14e1b (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barros (patricia.barros@ufes.br) on 2016-05-16T14:30:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao Lorena Carnielli.pdf: 1224533 bytes, checksum: 5ce69a9e54fbbc313add5eab9ac14e1b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-16T14:30:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao Lorena Carnielli.pdf: 1224533 bytes, checksum: 5ce69a9e54fbbc313add5eab9ac14e1b (MD5) / CAPES / A cultura do abacaxi tem grande destaque para o Brasil devido sua importância econômica. No entanto, doenças que atingem os abacaxizeiros têm causado elevados prejuízos e dentre elas, destaca-se a fusariose. O agente etiológico da fusariose é o fungo Fusarium guttiforme. A dificuldade com o diagnóstico convencional para a correta identificação tem levado à busca de novas metodologias. Nesse trabalho, utilizou-se a técnica de PCR em tempo real com o objetivo de desenvolver uma metodologia rápida, sensível e específica para o diagnóstico do F. guttiforme. Os isolados foram avaliados quanto às características morfológicas e também identificados por PCR multiplex (β-tubulina e fator de elongação 1-α) e pela patogenicidade. No diagnóstico realizado por PCR em Tempo Real usou-se o corante SYBRGreen e um par de primer específico para o gene fator de elongação 1-α (tef1). Os resultados obtidos na caracterização morfológica demonstraram que as estruturas micromorfológicas dos isolados avaliados estavam de acordo com os descritores para espécie e verificou-se variabilidade no crescimento dos isolados nas temperaturas de 25 ºC e 30 ºC. No teste de patogenicidade em mudas da cv. Pérola (suscetível) houve variação entre os isolados em relação à severidade de doença. A presença de dois pares de primers contribui para um menor número de falsos negativos, mas o teste teve uma especificidade muito baixa. Entretanto o diagnóstico por meio da PCR em tempo real teve uma excelente sensibilidade (90,5%), especificidade (100%) com nível de significância de p<0,0001. A simplicidade do método, a especificidade e a sensibilidade, com a utilização do SYBRGreen, levam à recomendação do método como rápido, de reduzido risco de contaminação pós-amplificação e detecção de quantidades relativamente pequenas de DNA alvo. A facilidade de quantificação e a melhoria nos protocolos faz com que a tecnologia de PCR em tempo real seja referência para a detecção do Fusarium guttiforme em abacaxizeiro. / The pineapple crop has high significance in Brazil, due to its economic magnitude. However, diseases of the pineapple plant have caused major economic losses, and among those, the fusariosis is the most important. The etiological agent of the fusariosis is the fungus Fusarium guttiforme. The difficulty with the conventional diagnosis for correct identification has led to the search for new methods. In this study, the real time PCR method was tested with the goal of developing a rapid, specific and sensitive method for the diagnose of the F. guttiforme. The isolates were analyzed on its morphological characteristics and also identified by multiplex PCR (β-tubulin and factor 1-α gene) and by pathogenicity tests. In the diagnosis by real time PCR, SYBRGreen dye along with and a specific pair of primers for the elongation factor 1-α gene (tef1). The result obtained on the morphological characterization demonstrated that the micromorphological structures analyzed agreed with those described for the species and that there is variability in the growth of the isolates at 25ºC and 30ºC. In the pathogenicity test in seedlings of cv. Perola (susceptible) there was variation among isolates. The presence of two pairs of primers contributed to a low false number of negatives, but the test also had low specificity. However, the diagnostic by real time PCR showed good results, with high sensitivity (90,5%) and specificity (100%) with statistically significant p-value (p < 0,0001). The simplicity of the method, the specificity and the sensitivity using the SYBRGreen dye, indicates that de real time PCR technologies is recommended as fast, reduced risk of contamination and post-amplification detection of relatively low amount of target DNA. The ease of quantification and improving protocols makes real time PCR is a reference for the detection of Fusarium guttiforme in the pineapple plant.

Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2013-10-10T16:05:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) DISSERTAÇÃO_DetecçãoLeishmaniaPCR.pdf: 1009268 bytes, checksum: f3643332a0889fcb5d973bed29de784f (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2013-10-21T14:45:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) DISSERTAÇÃO_DetecçãoLeishmaniaPCR.pdf: 1009268 bytes, checksum: f3643332a0889fcb5d973bed29de784f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-21T14:46:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) DISSERTAÇÃO_DetecçãoLeishmaniaPCR.pdf: 1009268 bytes, checksum: f3643332a0889fcb5d973bed29de784f (MD5) Previous issue date: 2013 / A detecção do DNA de Leishmania spp, pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e suas variações, surgem como alternativas para o diagnóstico da LVC, por serem métodos altamente sensíveis e específicos. O objetivo deste trabalho foi comparar a PCR e suas variações (Seminested PCR e PCR em tempo real) utilizando amostras de pele e de baço de 60 cães soropositivos (RIFI e ELISA). Os animais foram agrupados considerando a forma clínica, sendo classificados como assintomáticos (CA; n=20), oligossintomáticos (CO; n= 22) e sintomáticos (CS; n= 18). Como controle negativo, foram utilizados fragmentos de três cães não infectados provenientes do canil da UFOP. O diagnóstico parasitológico, utilizado como padrão ouro, foi realizado por meio de duas metodologias: cultivo de aspirado medular em meio de cultura NNN/LIT e pela visualização direta de formas amastigotas do parasito em lâminas com imprints de pele e de baço. As análises moleculares foram realizadas utilizando iniciadores direcionados para a região conservada do minicírculo do kDNA de Leishmania – L150/L152 e LINR4/LIN17/LIN19 para as técnicas de PCRc e snPCR, respectivamente. Na qPCR foram utilizados iniciadores que amplificam o gene da DNA polimerase (DNA pol α) de L. infantum. De acordo com os testes parasitológicos 61,7% das amostras foram positivas. Nos fragmentos de pele, a sensibilidade da PCRc foi de 89,2%, já para a snPCR e qPCR foi de 86,5% e 97,3% respectivamente. VPP para a PCRc foi de 36,0%, snPCR de 35,3% e da qPCR foi 38,1%. O VPN foi de 93,6%, 92,1% e 98,3% pelas técnicas de PCRc, snPCR e qPCR respectivamente. Em amostras de baço, a sensibilidade da PCRc foi 81,1%, snPCR de 94,6% e de 100,0% pela qPCR. O VPP para a PCRc foi 33,9%, snPCR 37,4% e qPCR 38,7%. O VPN da PCRc foi de 89,3%, snPCR 96,7% e qPCR 100,0%. A positividade nos testes moleculares aumentou de acordo com a gravidade dos sinais clínicos. Foi observado que a qPCR apresentou os melhores resultados na pele e no baço devido a maior sensibilidade, VPP e VPN, em comparação as outras técnicas moleculares. Sendo assim, concluímos que a melhor técnica e tecido para o diagnóstico molecular da LVC é a qPCR de pele, devido à elevada sensibilidade e fácil obtenção da amostra biológica. ____________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: The detection of Leishmania DNA based on polymerase chain reaction (PCR) and its variations represent alternatives for CVL diagnosis with highly sensitive and specific methods. The aim of this work was to compare the PCR and its variations (Seminested PCR and quantitative PCR) in samples of skin and spleen of 60 seropositive dogs (IFAT and ELISA). The animals were divided according to their clinical presentation and were classified as asymptomatic (CA, n = 20), oligosymptomatic (CO, n = 22) and symptomatic (CS, n = 18). As a negative control, we used fragments of three uninfected dogs from the kennel of UFOP. The parasitological diagnosis used as gold standard was performed by two methods: culture of bone marrow aspirate in culture medium NNN/LIT and direct visualization of amastigotes of the parasite on slides with imprints of skin and spleen. The primers L150/L152 and LINR4/LIN17/LIN19 were used to amplify the conserved region of the Leishmania kDNA minicircle in the cPCR and snPCR and qPCR were performed out using the DNA polymerase gene (DNA pol α) primers from L. infantum. According to the parasitological test 61.7% the samples were positive. In skin samples, the sensitivity of cPCR was 89.2%, snPCR was 86.5% and qPCR was 97.3%. PPV for cPCR was 36.0%, snPCR was 35.3% and qPCR was 38.1%. The NPV was 93.6%, 92.1% and 98.3% by the techniques of cPCR, snPCR and qPCR. In spleen samples, the sensitivity of cPCR was 81.1%, snPCR was 94.6% and qPCR was 100.0%. PPV for cPCR was 33.9%, snPCR was 37.4% and qPCR was 38.7%. NPV for cPCR was 89.3%, snPCR was 96.7% and qPCR was 100.0%. Positivity in molecular tests increased with the progression of clinical signs. It was observed that the qPCR showed the best results in skin and spleen due to higher sensitivity, PPV and NPV compared to other molecular techniques. Thus, we conclude that the best technique and tissue for molecular diagnosis of CVL is the qPCR skin due to the high sensitivity and easy obtaining the biological sample.

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-16. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:30Z : No. of bitstreams: 1 000849239.pdf: 306516 bytes, checksum: cab162ea96c4456d9e47531798b2c3eb (MD5) / Leishmaniasis is a major public health problem in the world. The protozoa of the genus Leishmania has worldwide distribution and epidemiology of the disease depends on the characteristics of the parasites. Leishmaniasis are divided into visceral leishmaniasis and cutaneous. The dog plays a key role in the transmission of L. infantum to humans and in the epidemiology of the disease. Due to the adaptation of Leishmania to new hosts or vectors is important to know the current etiologic agent in dogs. Molecular techniques have been used for the diagnosis of leishmaniosis. The PCR-RFLP detects and distinguishes the different species of the parasite. The objective of this study was to identify the Leishmania species found in 103 samples of peripheral blood of dogs naturally infected with this protozoan, the city of Bauru - SP. For the diagnosis of leishmaniosis was determined by parasitological examination, indirect ELISA and PCR was performed. The determination of Leishmania species the DNA amplified intergenic region ITS1 was digested with the restriction enzyme HaeIII. Positive samples for Leishmania ssp. showed an identical restriction profile of L. amazonensis in 77/103 samples, 17/103 were similar to L. infantum, and 09/103 were mixed profile. In conclusion, we identified L. amazonensis greater number of dogs than L.infantum in Bauru city, SP

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-04-20Bitstream added on 2014-06-13T18:29:20Z : No. of bitstreams: 1 silva_jr_me_botib.pdf: 572070 bytes, checksum: 91e0d84d7ce9e5bd73020942f3c5e9df (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Grande parte do genoma dos eucariotos é composta de múltiplas cópias de DNA, conhecidas como DNAs repetitivos, cuja função em relação à manutenção, estrutura e funcionamento do genoma ainda precisa ser melhor investigada. Os DNAs repetitivos classificados como elementos transponíveis vêm sendo considerados como um dos principais representantes do genoma de vertebrados e, de maneira particular, os peixes têm chamado atenção em relação à grande diversidade de classes destes elementos encontradas em seus genomas. Visando ampliar os dados acerca de elementos transponíveis em peixes, o presente trabalho teve como objetivos o isolamento e a caracterização de retrotransposons da família Rex em duas espécies de Characidae - Brycon amazonicus e B. orbignyanus - e realizar inferências acerca de sua organização e dinâmica evolutiva. Desta forma, amostras de DNA foram utilizadas em PCR (Polymerase Chain Reaction) para amplificar segmentos dos retroelementos Rex1, Rex3 e Rex6 e os fragmentos obtidos foram clonados e sequenciados. Adicionalmente, estes segmentos de DNA foram utilizados como sondas em experimentos de hibridação in situ visando identificar a localização cromossômica destes retrotransposons. A identificação de elementos Rex em B. cephalus e B. orbignyanus demonstrou a presença destes retrotransposons não-LTR (Long Terminal Repetition) em um maior número de espécies de Characiformes e, especificamente, no grupo Characidae. Os segmentos analisados de Rex1 e Rex3 correspondem aos domínios codificantes 3-7 e 1, 2, 2A, A e B do gene da transcriptase reversa (RT), respectivamente. O fragmento de DNA relativo ao retroelemento Rex6 isolado codifica a porção C-terminal de uma endonuclease. Comparações entre sequências nucleotídicas de diferentes espécies de peixes... / A huge part of the eukaryote genome is constituted by multiple DNA copies, known as repetitive DNAs, which role regarding to the maintenance, structure, and function of the genome needs to be better understandable. The repetitive DNAs that are classified as transposable elements have been considered one of the main parts of the vertebrate genome and, particularly, fishes have gain attention due to the presence of many different classes of these elements in their genomes. In order to improve data on fish transposable elements, the present work intent to isolate and characterize retrotransposons of the Rex family in two Characidae species - Brycon amazonicus and B. orbignyanus - and infer on the organization and evolutionary dynamics of these elements. Therefore, DNA samples were used on PCR (Polymerase Chain Reaction) in order to amplify segments of the Rex1, Rex3, and Rex6 elements, and the obtained fragments were cloned and sequenced. Additionally, these DNA segments were used as probes throughout in situ hybridization procedures to identify the chromosome localization of these retrotransposons. The identification of Rex elements in B. cephalus e B. orbignyanus evidenced the presence of these non-LTR (Long Terminal Repetition) retrotransposons in a large number of Characiformes species and, specifically, in Characidae. The analyzed fragments of Rex1 and Rex3 correspond to the coding domains 3-7 and 1, 2, 2A, A and B of the reverse transcriptase (RT) gene, respectively. The DNA segment correlated to the Rex6 element codifies a C-terminal portion of an endonuclease. Nucleotide sequence comparisons among different fish species showed that these regions are highly conserved in diverse groups. Although the obtained data for B. amazonicus seemed to point to a higher similarity between Rex1 and Rex3 of... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-27Bitstream added on 2014-06-13T19:54:03Z : No. of bitstreams: 1 sousa_mc_me_jabo.pdf: 1262141 bytes, checksum: 754a27f31e87b5e771e534235e7eb0a7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A severidade dos sintomas provocados pelo Huanglongbing (HLB) ou Greening, a rápida progressão na incidência de plantas afetadas nos pomares e o fato de esta doença afetar indistintamente todas as variedades comerciais de citros, contribuíram para este estudo que visou conhecer o padrão de colonização da bactéria Candidatus Liberibacter americanus (Lam) e Candidatus Liberibacter asiaticus (Las) em plantas cítricas. O PCR convencional é o teste atualmente utilizado na diagnose. Apesar de ser uma técnica reconhecidamente sensível, para o caso do HLB tem sido apenas confirmatório, ou seja, somente permite detecção da presença da bactéria em amostras de folhas sintomáticas. Surgiram aprimoramentos da técnica de PCR, como é o caso do Nested PCR e o PCR quantitativo (qPCR), demonstrado neste trabalho ser o método empregado mais sensível que o PCR convencional. Assim, através deste estudo pode-se concluir que Las e Lam se concentraram prioritariamente nas partes com sintomas de HLB das plantas de campo, naturalmente inoculadas e infectadas por liberibacter, se diferenciando na média do número estimado de cópias de liberibacter por grama de folha de plantas afetadas, sendo Las com 5,63 contra 5,01 em plantas afetadas por Lam (título bacteriano). A proporção de amostras positivas para Lam foram de 21 (19%) contra 12 (11,2%) amostras positivas para Las. A maior parte das amostras foi negativa para ambas as liberibacters (96 – Las e 90 – Lam). O pequeno acréscimo nos resultados positivos obtido pelo método de qPCR, aliado ao seu alto custo, não justifica a substituição do PCR convencional por este método na diagnose laboratorial do HLB, ficando restrito somente a pesquisa / The degree of severity of the symptoms developed by Huanglongbing (HLB) or Greening, the fast incidence of diseased plants at different orchards and the fact that this phytopathogen affects various commercial citrus varieties have contributed to the proposition of the present work, that aimed to know the colonization pattern developed by the bacteria Candidatus Liberibacter americanus (LAM) and Candidatus Liberibacter asiaticus (LAS) on citrus plants. The conventional PCR is the current used assay to detect HLB. Besides being a sensitive and specific technique it is currently seen and a molecular technique that confirms the already symptomatic leaves of diseased plants. Improvements of the PCR technique named the Nested PCR and the quantitative PCR is described in this work as the most sensitive to detect the phytopathogen prior to the development of the symptoms disease. So, based on the results obtained in this work it was possible to conclude that LAS and LAM concentrate showed a tendency to appear mostly on parts of the plants exhibiting symptoms and that are already infected by these bacteria, showing difference when mean number of copies of liberibacter per g of leaf of infected plants, with LAS value of 5.63 as compared to 5.01 for LAM on plants with LAM detectable symptoms (high bacterial titer). The ratio of LAM positive samples was 21 (19%) against 12 (11.2%) positive for LAS. The majority of the samples were detected as negative for both bacteria (96% for LAS and 90% for LAM). The small increase on the positive results obtained when qPCR was used and considering its present high analysis cost, this type of PCR is not seen as adequate to diagnose LAM or LAS

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-13Bitstream added on 2014-06-13T20:14:44Z : No. of bitstreams: 1 morales_amr_me_jabo.pdf: 2247542 bytes, checksum: 86246681e04ea55e109f11ef3ef48d68 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este trabalho teve como objetivo analisar a expressão de genes de soja envolvidos na resistência ao nematóide de galhas, Meloidogyne javanica, utilizando a técnica de PCR em tempo real (RT-PCR). Foram avaliadas raízes de soja inoculadas e não inoculadas com o nematóide. Linhagens de soja resistentes (genótipo PI595099) e suscetíveis (cultivar BRS133) e indivíduos resultantes deste cruzamento foram inoculados com juvenis do nematóide. Raízes foram coletadas após um, três e seis dias de inoculação. O RNA total foi extraído e em seguida foi feita a síntese de cDNA, para ser utilizado nas reações de PCR em tempo real. As reações para quantificação do nível de expressão relativa foram preparadas em triplicatas, e um controle endógeno, o gene RNAr 18S também foi incluído. Os resultados mostraram que comparando os indivíduos resistentes com os suscetíveis, os resistentes apresentaram maior expressão dos genes, Chs, Xet, Hs1pro-1, Sth-2. / This work objective was to analyze the expression of soybean genes involved in the resistance to the root nematode, Meloidogyne javanica, using the Real Time PCR (RT-PCR) technique. Soybean roots inoculated and not inoculated with the nematode were evaluated. Resistant soybean lineages (genotype PI595099) and susceptible lineages (cultivate BRS133) and resulting individuals of this crossing were inoculated with juvenile of the nematode. Roots were collected after one, three and six days after inoculation. The Total RNA was extracted and, afterwards cDNA synthesis was made, to be used in the reactions of Real Time PCR. The reactions for quantification relative expression level were prepared in triplicate, and an endogenous control, gene rRNA 18S, was also included. The results showed that comparing the resistant individuals with the susceptible ones, resistants showed higher expression level of the genes, Chs, Xet, Hs1pro-1, Sth-2.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-05Bitstream added on 2014-06-13T19:43:38Z : No. of bitstreams: 1 troncarelli_mz_dr_botfmvz.pdf: 4588450 bytes, checksum: a779f6cb9a1e51d0648806d5715dc5d8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com o objetivo de normatizar a cadeia produtiva visando à melhoria da qualidade do leite no Brasil, o MAPA delineou a IN n° 51, em vigor desde julho de 2005. Em linha com estes parâmetros, objetivou-se, no presente estudo, padronizar o método de mPCR para a detecção de S. aureus, S. agalactiae e E. coli em amostras de leite bovino obtidas de tanques de expansão, e avaliar esta técnica como possível recurso diagnóstico a ser empregado em programas de controle de qualidade do leite oferecido para consumo. Foram visitadas 20 propriedades leiteiras do Estado de São Paulo, com sistema de ordenha mecânica e tanque de expansão próprio, nas quais foram colhidas amostras de leite para a realização da mPCR, cultivo microbiológico, CCS e CBT. S. aureus, S. agalactiae e E. coli foram isolados, em 30%; 10% e 40% das amostras de leite dos tanques de expansão, respectivamente, e detectados pela mPCR em 0; 10% e 35%, respectivamente. A mPCR apresentou acurácia de 78,3%; sensibilidade de 37,5% e especificidade de 93,2% e limiar de detecção de 100 picogramas. A CCS apresentou mediana de 395.000 células/mL, e 55% das amostras avaliadas resultou em valores de CBT satisfatórios para mesófilos. O índice de mastite subclínica nos rebanhos avaliados pelo CMT foi de 28,3%. Conclui-se que a mPCR para a detecção de S. aureus, S. agalactiae e E. coli foi padronizada com êxito no presente estudo, e pode ser indicada como método complementar aos utilizados na rotina diagnóstica de mastite bovina e qualidade do leite / Brazilian Ministry of Agriculture and Supply, objecting the improvement of milk quality in Brazil, published the Normative Instruction n. 51, a technical group of rules for milk business that has been attended since July 2005. In line with these parameters, the aim of the present study was to standardize the mPCR test for S. aureus, S. agalactiae and E. coli detection in bovine milk samples obtained from bulk tanks, in order to evaluate this method as a possible tool to be used in milk quality control programs. Twenty milk farms with milking machine system and individual bulk tank, of different regions of Sao Paulo state were sampled. Bulk milk samples were collected for mPCR, microbiological culture, Somatic Cell Count and Total Bacterial Count. S. aureus, S. agalactiae e E. coli were isolated in 30%; 10% and 40% samples, respectively, and detected by mPCR in 0; 10% and 35% samples, respectively. mPCR presented 78,3% accuracy; 37,5% sensitivity and 93,2% specitivity and detection lower of 100pg for each pathogen. CCCs presented medium of 395.000 cells/mL and 55% of evaluated samples resulted in TBC satisfactory values for mesophilus. Subclinical mastitis index in evaluated cattle, by CMT, was 28,3%. In conclusion, mPCR for S. aureus, S. agalactiae and E. coli detection was successfully standardized in the present study and can be indicated as a complementary diagnosis to the routine methods for bovine mastitis and milk quality’s monitoring