Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-12Bitstream added on 2014-06-13T18:44:31Z : No. of bitstreams: 1 neves_mc_dr_jabo.pdf: 5007913 bytes, checksum: dbd1f98db55ea3fe7154227df200f61f (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Estratégias para reduzir o aquecimento da Terra e aumentar a produção animal requerem novos sistemas, onde devem ser consideradas as emissões de metano e de outros gases que possam provocar danos ao meio ambiente. O objetivo deste trabalho foi a mensuração da produção de metano por arquéias e aplicação da metagenômica para detecção destas na fração sólida do conteúdo ruminal. Para a análise da produção de metano foi colhido o conteúdo ruminal seguido do preparo da solução a ser fermentada e armazenamento dos gases. A amplificação da região 168 rDNA foi obtida por PCR e a seguir foram feitas clonagem, seqüenciamento e análise das seqüências pelos programas Sequencing Analysis 3.4 e Phred/Phrap/Consed, submetendo-as ao programa BLA8T. Maiores produções de metano e relações acetato:propionato foram observadas nos tratamentos contendo 70% de volumoso. As análises do BLA8T permitiram identificar nos tratamentos com 70% e 30% de feno, 96 seqüências relacionadas à família Methanobacteriaceae, 47 seqüências a arquéias não cultiváveis e 60 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T1), 125 seqüências relacionadas à família Methanobacteriaceae, 42 seqüências a arquéias não cultiváveis e 32 seqüências foram de arquéias não conhecidas (T2). Para os tratamentos feitos com 70% e 30% de silagem de milho, foram observadas 30 seqüências referentes à família Methanobacteriacea, 18 seqüências à família Methanomicrobiacea, 43 seqüências a arquéias não cultiváveis e 118 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T3) e 173 seqüências referentes à família Methanobacteriacea, 31 seqüências a arquéias não cultiváveis e 25 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T4). As análises deste experimento mostraram variação na produção de metano quanto às diferentes proporções V:C e a metagenômic... / Strategies to reduce the Earth worming and raise animal production require new systems, where it must be considered methane and other gases emission that might cause environmental damages. The aim of this work was to evaluate the archaea methane production and the metagenomic evaluation of these bacteria present on the solid phase of the bovine ruminal content. For methane production analysis the ruminar content was collected followed by the proper manipulation for the fermentation process to take place and produced gas storage. The ribosomal 16S rRNA region was obtained by PCR amplification which was followed by cloning and DNA sequencing. The data was later analyzed by the software Sequencing Analysis 3.4, Phred/Phrap/Consed and BLAST. The highest methane production and acetate:propionate ratios were observed for the treatments containing 70% of roughage. The BLAST analysis allowed to identify 96 DNA sequences related to the Methanobacteriaceae family, 47 DNA sequences related to unculturable archaea and 60 DNA sequences were related to unknown archaea (T1), 125 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 42 DNA sequences do unculturable archaea and 32 DNA sequences were considered related to unknown archaea (T2) for the treatments containing 70% and 30% of hay. For those containing 70% and 30% of com silage it was possible to detect 30 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 18 DNA sequences related to Methanomicrobiaceae, 43 sequences related to unculturable archaea, 118 DNA sequences related to unknown archaea (T3) and 173 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 31 sequences related to unculturable archaea, and 25 to unknown archaea (T4). The analysis carried out in this experiment have shown a variation of the methane production as different R:C ratio were used and metagenomic with the rDNA conserved region together with archaea taken from the ruminal content DNA... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2000Bitstream added on 2015-03-03T12:06:22Z : No. of bitstreams: 1 000800314_20160307.pdf: 286328 bytes, checksum: 0f0b5c545f16ee37737e2e8c5a43a17c (MD5) Bitstreams deleted on 2016-03-07T11:06:17Z: 000800314_20160307.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T11:07:08Z : No. of bitstreams: 1 000800314.pdf: 1268218 bytes, checksum: f4729461b52712f8f52075ab13040415 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O líquen plano caracteriza-se como uma doença inflamatória crônica mucocutânea relativamente comum na população. Possui etiologia incerta, sendo possivelmente associado a fatores genéticos, psicológicos e infecciosos, dentre os quais o último vem ocupando um maior destaque devido a uma possível correlação com o vírus do papiloma humano (HPV) e com o Epstein-Barr vírus (EBV). O HPV possui alguns tipos considerados oncogênicos associados ao câncer de colo de útero e fortemente associado ao carcinoma espinocelular (CEC) de orofaringe. O EBV pertence à família herpesvirus humano e está relacionado com o carcinoma nasofaríngeo, linfoma de Burkitt e linfoma não-Hodgkin e sua possível relação com o CEC vem sendo estudada. O objetivo deste estudo foi detectar a presença do DNA do HPV e do EBV em amostras de tecido fresco, plasma sanguíneo, saliva e células esfoliadas orais, extraídas de um grupo pareado por sexo e idade de pacientes portadores de líquen plano bucal (LPB) e de um grupo de pacientes sem lesões de LPB, além de correlacionar as variáveis epidemiológicas dos grupos estudados com a presença viral e verificar se as fontes materiais testadas por este estudo são fontes viáveis para detecção do HPV e do EBV. Foram avaliados 24 pacientes portadores de LPB (Grupo caso) e 17 pacientes sem lesões de LPB (Grupo controle). A extração de DNA das amostras foi realizada após confirmar a presença e integridade do DNA. Os resultados obtidos foram submetidos à análise estatística (Teste exato de Fisher e Teste do Qui-Quadrado Mantel-Haenszel, ambos, com nível de significância de 5%). A nPCR foi utilizada para detecção do HPV e do EBV. Obteve-se a positividade viral para o HPV em 41,7% das amostras teciduais, em 12,5% das amostras de células esfoliadas e em nenhuma amostra de plasma sanguíneo e saliva dos pacientes do Grupo / Lichen planus is characterized as a chronic inflammatory mucocutaneous disease relatively common in the population. It has uncertain etiology, possibly associated with genetic, psychological and infectious factors. The infectious factor has excelled due the possible correlation of lichen planus with human papilloma virus (HPV) and Epstein-Barr virus (EBV). HPV has some types considered oncogenic, associated with cervical cancer and strongly associated with squamous cell carcinoma (SCC) of oropharynx. EBV belongs to human herpesvirus family and is associated with nasopharyngeal carcinoma, Burkitt's lymphoma and non-Hodgkin lymphoma. Its possible relation to SCC has been studied. The aim of this study was to detect the presence of the DNA of the HPV and EBV in fresh tissue samples, blood plasma, saliva and oral exfoliated cells extracted from a group of patients with oral lichen planus (OLP) paired by age and gender and from a group of patients without OLP lesions, and also correlate the epidemiological variables of the studied groups with the viral presence and verify that the source materials tested in this study are viable for HPV and EBV detection. It was evaluated 24 patients with OLP (Case group) and 17 patients without OLP lesions (Control group). DNA extraction of samples was performed after confirming the presence and integrity of DNA. The results were subjected to statistical analysis (Fisher's exact test and Mantel-Haenszel 19 chi-square test, both with a significance level of 5%). The nPCR was used to detect the presence of HPV and EBV. Was obtained the viral positivity for HPV in 41.7% of tissue samples and in 12.5% of exfoliated cells samples. No samples of blood plasma and saliva were positive in the Case group. On the other hand, the Control group / FAPESP: 11/05499-8

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-27Bitstream added on 2015-03-03T12:07:01Z : No. of bitstreams: 1 000811220.pdf: 462686 bytes, checksum: 819f94ea9094e6242a1747ff899e45b2 (MD5) / O gênero Clostridium é amplamente distribuído na natureza, está presente no solo e conteúdo intestinal dos animais, produzem toxinas que são capazes de provocar doenças e intoxicações. O Clostridium perfringens está envolvido com prejuízos na avicultura, pois a doença (Enterite Necrotica) na maioria das vezes é subclínica, e o produtor só observa na hora do abate que a ave não ganhou o peso esperado. O controle dessa e de outras enfermidades e agentes patogênicos na avicultura de corte tem grande importância uma vez que o Brasil está entre os principais países exportadores de carne. O objetivo deste trabalho primeiramente foi pesquisar Clostridium perfringens em frangos de corte sadios, provenientes de dois grandes frigoríficos com Inspeção federal, um no Estado de São Paulo e outro no Estado de Minas Gerais. Foram obtidos 300 raspados intestinais, os quais foram semeados em Agar SPS e incubados em anaerobiose. A identificação dos tipos A, B, C, D e E de C. perfringens foi realizada mediante o emprego da PCR multiplex por amplificação dos genes codificadores das toxinas alfa, beta, épsilon e iota do mesmo. A partir das amostras positivas na PCR (37), procedeu-se o isolamento do agente. Depois de muitas tentativas, verificou-se por meio do sequenciamento da região 16S rDNA, que as colônias sulfito redutoras que estavam sendo isoladas eram Enterococcus spp, microrganismo coexistente na microbiota intestinal de frango de corte, que compete com o C. perfringens pelo crescimento das colônias no mesmo meio de cultura, ainda que este seja seletivo e diferencial para clostrídios sulfito redutores. Dessa forma, notou-se que o crescimento de colônias de enterococos interferia muito na identificação e enumeração do C. perfringens e ainda apresentavam colônias muito semelhantes às de C. perfringens nos oito meios de cultura testados. Visto isto, foram feitos alguns testes para avaliar o comportamento dos ... / Clostridium genus is widely distributed in nature and is present in soil and intestinal contents of animals, produce toxins which are capable of causing diseases and intoxication. Clostridium perfringens is involved with losses in the poultry industry, because the disease is most often subclinical, and producer only observed at the time of slaughter the bird has not gained the expected weight. The control of this and other diseases and pathogens in poultry production is very important since Brazil is among the major meat exporting countries. The aim of this study was to evaluate the presence of Clostridium perfringens in poultry coming from two large slaughter-house, one from São Paulo state and another from Minas Gerais. Were obtained 300 intestinal scraped and cecal contents, which were sown onto SPS agar and incubated anaerobically. The identification of C. perfringens types A, B, C, D and E was performed by the use of multiplex PCR. After identification of the presence of C. perfringens in 37 of 300 samples by amplification of the cpa gene, alpha toxin encoder, the isolation of pure colonies was proceeded. However, through the sequencing of 16S rDNA region, it was also found the presence of Enterococcus spp. that lives in the intestinal microbiota of poultry and disputes in growth on the same culture medium, even been selective and differential for clostridia. Thus, it was observed that colony morphology of enterococci is very similar to C. perfringens in this medium what make isolation of pure colonies difficult. Having on mind the difficulty of C. perfringens isolation under these circumstances, the PCR is an rapid and secure alternative for detection of C. perfringens and its different types, being effective for diagnostics

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Alex Akira Nakamura / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência e os métodos de diagnóstico para Cryptosporidium spp. em psitacídeos exóticos de cativeiro provenientes das regiões sul e sudeste do Brasil. A purificação dos oocistos nas amostras fecais de 463 psitacídeos foi realizada por meio de centrifugo-flutuação em solução de Sheather. Para análise microscópica, nós utilizamos a coloração negativa de verde malaquita. A amplificação de um fragmento parcial do gene 18S rRNA de Cryptosporidium spp. foi feita usando-se nested PCR seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados (nPCR/S). As amostras também foram testadas por meio de PCR duplex em tempo real, visando-se amplificar um fragmento do gene 18S rRNA de Cryptosporidium galli e Cryptosporidium genótipo III de aves. A ocorrência de Cryptosporidium spp. pela microscopia e nested PCR (nPCR) foi de 3, 02% (14/463) e 4, 97% (23/463), respectivamente. A nPCR/S demonstrou positividade de 1, 73% (8/463) para Cryptosporidium genótipo III de aves, 0, 86% (4/463) para Cryptosporidium parvum e 0, 22% (1/463) para Cryptosporidium canis. A PCR duplex em tempo real demonstrou positividade de 9, 50% (44/463) para as criptosporidiose gástrica, sendo 1, 94% (9/463) para C. galli, 5, 83% (27/463) para Cryptosporidium genótipo III de aves e 1, 73% (8/463) para infecções mistas. Não houve diferença estatística significante entre a positividade pela nPCR e microscopia (p = 0. 1237) e houve concordância justa entre elas (Kappa = 0. 242). Diferença es... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the prevalence and diagnostic methods for Cryptosporidium spp. in caged adult exotic parrots from Southern and Southeastern Brazil. The oocyst purification in fecal samples from 463 psittacines was performed by centrifugal-flotation in Sheather's sugar solution. For microscopic analysis, we used malachite green negative staining. Amplification of a partial fragment of the 18S rRNA gene of Cryptosporidium spp. was accomplished using nested PCR (nPCR) followed by sequencing of the amplified fragments (nPCR/S). Samples were also tested by duplex real-time PCR targeting the 18S rRNA gene of Cryptosporidium galli and Cryptosporidium avian genotype III. The prevalence rates of Cryptosporidium spp. by microscopy and nPCR was 3. 02% (14/463) and 4. 97% (23/463), respectively. The nPCR/S showed positivity of 1. 73% (8/463) for Cryptosporidium avian genotype III, 0. 86% (4/463) for Cryptosporidium parvum and 0. 22% (1/463) for Cryptosporidium canis. Duplex real-time PCR showed a positivity of 9. 50% (44/463) for gastric cryptosporidiosis, 1. 94% (9/463) for C. galli, 5. 83% (27/463) for Cryptosporidium avian genotype III and 1. 73% (8/463) for mixed infections. There was no statistically significant difference between positivity for nPCR and microscopy (p = 0. 1237) and fair agreement between them (Kappa = 0. 242). A significant statistical difference (p <0. 0001) and fair agreement (Kappa = 0. 317) were obtained between nPCR and duplex real-time PCR. We found out that duplex real-time PCR is the best option for the diagnosis of gastric cryptosporidiosis and that Cryptosporidium avian genotype III is the most common Cryptosporidium species /genotype in psittacines / Mestre

Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Coorientador: Alex Akira Nakamura / Banca: Gisele Fabrino MAchado / Banca Weslen Fabricio Pires Teixeira / Resumo: Objetivou-se determinar a ocorrência de Cryptosporidium spp. em amostras de fezes de galinha doméstica em criações extensivas, semiextensivas e intensivas, no Estado de São Paulo, e avaliar três protocolos da reação em cadeia pela polimerase (nested PCR) para diagnóstico de Cryptosporidium spp. A purificação e concentração dos oocistos presentes em amostras fecais provenientes de 190 aves foram realizadas por meio de centrífugo-flutuação em solução de Sheather. As amostras foram submetidas à extração do DNA genômico dos oocistos e submetidas à pesquisa de Cryptosporidium spp. utilizando três protocolos de nested PCR para amplificação de fragmento parcial do gene da subunidade 18S do rRNA (18S rRNA), seguida de sequenciamento dos fragmentos amplificados. Os resultados obtidos pelos três protocolos de nested PCR foram analisados pelo teste de McNemar e pelo índice de correlação Kappa. As amostras que foram identificadas como Cryptosporidium meleagridis ou Cryptosporidium sp., pela análise do gene 18S rRNA, foram submetidas à caracterização adicional por meio de subgenotipagem de C. meleagridis pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene GP60 ou pela nested PCR e sequenciamento de fragmento parcial do gene da actina, respectivamente. A positividade total para Cryptosporidium (total de amostras positivas em pelo menos um método diagnóstico) obtida pela nested PCR foi de 12,6% (24/190), com identificação de Cryptosporidium baileyi (9,47%; 18/190), C. meleagridis ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to determine the occurrence of Cryptosporidium spp. in domestic chickens raised in different chicken production systems in Brazil using three nested PCR protocols. The purification and concentration of oocysts present in 190 fecal samples from chickens raised in extensive, semi-intensive and intensive production systems were accomplished by centrifugal flotation in Sheather's solution and were followed by the extraction of genomic DNA. The detection and molecular characterization of Cryptosporidium species and genotypes were performed using three nested polymerase chain reaction (nested PCR) protocols targeting the 18S rRNA gene followed by sequencing of the amplified fragments. The results obtained by the three nested PCR reactions were analyzed using the McNemar test and the Kappa correlation index. Subgenotyping of Cryptosporidium meleagridis was performed using a nested PCR reaction targeting the gp60 gene. Samples identified as Cryptosporidium sp. genetically similar to Cryptosporidium xiaoi and Cryptosporidium bovis by 18S rRNA gene sequencing were further analyzed by nested PCR targeting the actin gene and subsequent sequencing of the amplified fragment. The overall positivity for Cryptosporidium spp. (total samples positive in at least one protocol) from the nested PCR results was 12.6% (24/190), including Cryptosporidium baileyi (9.47%; 18/190), C. meleagridis (0.53%, 1/190), Cryptosporidium parvum (2.1%; 4/190) and Cryptosporidium sp.... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo:As leishmanioses são protozoonoses transmitidas nas Américas por fêmeas de flebotomíneos do gênero Lutzomyia infectadas por Leishmania infantum chagasi durante a hematofagia. Embora os cães estejam bem estabelecidos como os principais reservatórios para a doença em áreas urbanas, vários relatos de gatos naturalmente infectados em todo o mundo podem indicar um papel importante desta espécie no ciclo da enfermidade. A detecção de anticorpos circulantes em gatos infectados é difícil, e estes animais são supostamente menos propensos a desenvolver sinais clínicos quando comparados aos cães. Este estudo teve como objetivo avaliar gatos residentes em área endêmica para leishmaniose visceral (LV) por métodos parasitológico e sorológico (ELISA e RIFI), PCR em tempo real (qPCR) e Intradermoreação de Montenegro (IDRM), a fim de verificar se este último pode ser uma ferramenta para identificar gatos infectados. Para tanto, foram utilizados 96 gatos adultos, independentemente do sexo, sintomáticos ou não, provenientes do município de Araçatuba, São Paulo. Considerando os resultados da qPCR e/ou do exame parasitológico, a frequência de infecção em felinos foi de 55,21% (53/96). Dos gatos infectados, 58,49% (31/53) eram assintomáticos, 62,26% (33/53) fêmeas e 41,51% (22/53) com idade entre 1 e 3 anos (p = 0,0002). A maioria dos felinos infectados apresentou baixos títulos de anticorpos (37/53, 69,81%) e não demonstrou alterações clínicas (24/37, 64,86%). Somente dois (2,08%) foram sororeativos na RIFI com títulos de anticorpos iguais a 1:40. Os 96 animais apresentaram IDRM negativa com leishmanina de L. infantum chagasi (4.107 parasitos/mL). Destes, 11 gatos foram selecionados e apenas um felino apresentou IDRM positiva com leishmanina de L. (L.) amazonensis (107 parasitos/mL). Os achados indicaram que a qPCR demonstrou eficácia e deve ser empregada...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract:Leishmaniasis are protozoan zoonotic diseases transmitted in the Americas by female sandflies of the genus Lutzomyia infected by Leishmania infantum chagasi during blood feeding. Although dogs are well established as the main reservoirs for the disease in urban areas, various reports of cats naturally infected worldwide may indicate an important role of this species in the disease cycle. Since the detection of circulating antibodies in infected cats is difficult, and infected cats in endemic areas are reportedly less likely to develop clinical signs when compared to dogs, this study aimed to evaluate cats living in endemic area by means of parasitological and serological (ELISA and IFAT), real time PCR and Montenegro skin test (MST), in order to use the later test to identify infected cats that did not develop antibody titers or clinical signs of the disease. For this purpose, 96 adult cats, regardless of sex, symptomatic or asymptomatic, from Araçatuba, São Paulo, were evaluated. Considering the results of qPCR and/or parasitological examination, the prevalence of infection in the evaluated population was 55.21% (53/96). Of the infected cats, 58.49% (31/53) were asymptomatic, 62.26% (33/53) females and 41.51% (22/53) aged between 1 and 3 years (p = 0.0002). Most of the infected cats had low antibody titers (37/53, 69.81%) and showed no clinical alterations (24/37, 64.86%). Only two (2.08%) were seroreactive by IFAT with titers of antibodies equal to 1:40. All 96 cats showed negative to MST with leishmanin of L. infantum chagasi (4.107 parasites/mL). Of these, 11 cats were selected and just one was positive to MST with leishmanin of L. (L.) amazonensis (107 parasites/mL). These findings indicate that qPCR demonstrated efficacy and should be used for visceral leishmaniasis diagnosis in cats and the MST, in the conditions in which it was tested, does not constitute a tool for identifying cats infected by L. infantum chagasi / Orientador:Mary Marcondes / Banca:Suely Regina Mogami Bomfim / Banca:Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca:Márcia Dalastra Laurenti / Banca:Raimundo Souza Lopes / Doutor

Orientador:Caris Maroni Nunes / Co-orientador:David Anthony Orin Courtenay / Banca:Márcia Dalastra Laurenti / Banca:Mary Marcondes / Resumo:As estratégias de controle da leishmaniose visceral (LV) no Brasil estão baseadas no diagnóstico e tratamento precoce de casos humanos, no controle dos vetores, através do uso de inseticidas e na triagem sorológica com posterior eutanásia de cães positivos para leishmaniose. Assim, o diagnóstico da leishmaniose visceral canina (LVC) deve ser capaz de identificar adequadamente o reservatório canino, garantindo a eficiência desta medida de controle. Considerando-se que a resposta imune humoral desenvolvida por cães à infecção natural por Leishmania spp. é dependente da carga parasitária, o objetivo desta pesquisa foi avaliar se o resultado dos testes diagnósticos atualmente utilizados em inquéritos soro epidemiológicos no Brasil (teste rápido-DPP BioManguinhos® e teste ELISA indireto EIE-ELISA BioManguinhos®) apresentam relação com a carga parasitária do sangue de cães. Para tal foram avaliadas amostras de 610 cães da região noroeste do Estado de São Paulo a qual é endêmica para LV. A positividade variou de 15,9 a 68.4% acordo com as técnicas utilizadas, devido às diferenças na sensibilidade e especificidade dos testes. De modo geral, cães sorologicamente positivos apresentaram carga parasitária média maior que a dos cães negativos. Entretanto, a avaliação do potencial de transmissão dos cães sorologicamente negativos faz-se necessária / Abstract:Visceral leishmaniasis (VL) control strategies in Brazil are based on the early detection and treatment of the patients, vector control by insecticide and the serological screening and euthanasia of positive dogs. Thus, canine visceral leishmaniasis (CVL) diagnosis must accurately identify canine reservoir hosts to ensure the efficiency of screening. Considering that the humoral immune response of dogs to natural Leishmania spp. infection is dependent on parasite load, our aim was to evaluate if outcomes of the diagnostic kits currently used in canine seroepidemiological surveys in Brazil (DPP-BioManguinhos™ rapid test and EIA-ELISA Indirect ELISA BioManguinhos™) could be related to the blood parasite loads in dogs. Six hundred and 10 dogs from the VL endemic region of Northwest São Paulo State were sampled for this evaluation. Positivity varied from 15.9 to 68.4% between diagnostic techniques, due to differences in test sensitivity and specificity. Overall, positive dogs had higher mean parasite loads than negative dogs. Nevertheless, the potential of transmission of the negative dogs shall be investigated / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: A pesca predatória vem ocasionando um enorme declínio de estoques e populações de inúmeras espécies marinhas. Tendo em vista a vulnerabilidade à exploração pesqueira da maioria das espécies de tubarões, associada às dificuldades de identificação morfológica devido às similaridades entre diversas espécies, agravada ainda, pela prática da pesca com a retirada de partes dos animais ainda antes dos desembarques, a geração de mecanismos alternativos de identificação de espécies são extremamente valiosos para oferecer uma ferramenta de controle e fiscalização da indústria pesqueira. No presente estudo foram desenvolvidos métodos de identificação simultânea, utilizando PCR - Multiplex para a identificação de espécies de tubarões com um importante valor econômico, sendo que as espécies analisadas foram divididas em seis grupos para serem aplicadas as técnicas de identificação. Com base na composição nucleotídica do gene mitocondrial ribossomal 16S de quatorze espécies de tubarões do Brasil, foram identificados os sítios polimórficos e desenhados primers espécie-especificos, para a utilização na identificação de espécies de tubarões espécimes desembarcados pela indústria pesqueira. A aplicação da metodologia resultou na caracterização de primers específicos que permitem a identificação particular de cada uma das espécies de tubarões Alopias superciliosus, Alopias vulpinus, Carcharhinus falciformes, Carcharhinus leucas, Carcharhinus longimanus, Carcharhinus plumbeus, Carcharhinus porosus, Carcharhinusn signatus, Galeocerdo cuvier, Isurus oxyhinchus, Isurus paucus, Prionace glauca, Rhizoprionodon lalandii e Rhizoprionodon porosus. Considera-se que a correta identificação do material desembarcado, que representaria o resultado da pesca das espécies de ocorrência na região, possa permitir o estabelecimento de estatísticas confiáveis nesta área, bem como ... / Abstract: The overfishing has caused a huge decline in stocks and populations of many marine species. Given the vulnerability to overfishing of most shark species, associated with difficulties in morphological identification due to similarities between different species, aggravated by the practice of fishing with the removal of parts of animals even before the landings, the generation of alternative mechanisms for species identification are extremely valuable to offer a tool to control and monitor the fishing industry. In this study we developed methods of simultaneous identification using PCR - Multiplex for identifying shark species with an important economic value, and the species were divided into six groups for application of identification techniques. Based on the nucleotide composition of the mitochondrial 16S ribosomal gene of fourteen species of Brazilian sharks, was identified polymorphic sites and species-specific primers designed for use in identification of species of sharks landed by the fishing industry. The application of the methodology resulted in the characterization of specific primers that allow the unique identification of each shark species Alopias superciliosus, Alopias vulpinus, Carcharhinus sickle, Carcharhinus leucas, Carcharhinus longimanus, Carcharhinus plumbeus, Carcharhinus porosus, signatus Carcharhinus, Galeocerdo cuvier, Isurus oxyhinchus, Isurus paucus, Prionace glauca, and Rhizoprionodon lalandii Rhizoprionodon porosus. It is considered that the correct identification of the material landed, which represent the result of fishing of the species occurring in the region, may permit the establishment of reliable statistics in this area, and make allowances for effective control and strict fishing, assisting in the preparation of proper plans and management of the fishery resources / Mestre

Orientador: Everlon Cid Rigobelo / Resumo: Bactérias que habitam os tecidos externos e internos de plantas sem lhes causarem prejuízos são conhecidas como epífitas e endofíticas, atuando como promotoras de crescimento em plantas ou agindo como agentes de controle biológico. Dentre os benefícios proporcionados por essas bactérias, destacam-se a solubilização do fósforo, a fixação do nitrogênio e a produção de ácido indol acético (fitohormônio), mas também a resistência a patógenos e a adaptação a situações de estresse. Os desafios da agricultura moderna e a importância da cultura do milho exigem inovações como o uso de microrganismos promotores de crescimento. Nesse sentido, o objetivo do presente estudo foi de isolar e caracterizar bactérias epífitas e endofíticas obtidas da cultura do milho com capacidade solubilizar fósforo, fixar nitrogênio e produzir ácido indol acético. O isolamento resultou em 320 isolados retirados das folhas, caules e raízes, sendo 57% epífitas e 43% endofíticas. Foram selecionados 10 isolados, todas solubilizadoras de fósforo e fixadoras de nitrogênio, além de produtoras de ácido indol acético, que também foi quantificado e comparadas ao controle positivo. Os microrganismos selecionados foram submetidos à reação em cadeia da polimerase (PCR) e análise da porção 16S do rDNA, sendo que a identificação resultou em três espécies bacterianas diferentes, 8 Bacillus subtilis, 1 Bacillus velezensis e 1 Lactococcus lactis, encontradas nos diferentes órgãos vegetais. / Mestre

Orientador: Helio Langoni / Banca: Márcio Garcia Ribeiro / Banca: Nilson Robeti Benites / Resumo: Alguns dos agentes patogênicos de mastite bovina são relevantes em relação à qualidade do leite, bem como, para a saúde pública. Foram estudadas dez fazendas localizadas em cinco regiões do estado de São Paulo. Foram examinadas 1.148 vacas, correspondentes a 4.592 glândulas mamárias avaliadas pelos testes de tamis e CMT. Foram colhidas 1.318 amostras de leite, das vacas positivas na triagem para avaliação microbiológica e contagem de células somáticas (CCS). A frequência dos agentes variou de 0,3 a 36,4%. Do total de isolados de Staphylococcus spp (36,4%), 48,7% corresponderam a estafilococos coagulase negativa (SCN), 34,2% S. aureus e 15,9% outros estafilococos coagulase positiva (SCP). Streptococcus spp foram isolados de 23,3% das amostras, dos quais 41,7% Streptococcus. agalactiae, 41,1% Streptococcus dysgalactiae e 17,3% Streptococcus uberis. Corynebacterium spp. foram isolados em 31,8% dos casos de mastite. As amostras de leite das glândulas mamárias infectadas apresentaram CCS significativamente mais elevada que as negativas. Dos 48,7% de SCN foram identificadas 18 espécies: S. warneri, S. epidermidis, S. hyicus, S. xylosus, S. haemolyticus, S. auriculares, S. cohnii subsp cohnii, S. lugdunensis, S. pasteuri, S. saccharolyticus, S. saprophyticus subsp bovis, S. schleiferi subsp scheleiferi, S. simulans, S. saccharolyticus, S. capitis, S. saprophyticus subsp saprophyticus, S. sciuri subsp sciuri e S. chromogenes. As fazendas, II (27,3%) e III (26,7%) apresentaram maior frequência de SCN, enquanto as fazendas I (13,3%) e X (44,4%) revelaram maior prevalência de SCP sendo as diferenças significantes. Foram avaliados por PCR 263 estafilococos para detecção de gene codificadores das enterotoxinas clássicas. Entre os SCN foram detectados: sea (35,5%) seb (7,1%), sec (6,5%), sed (1,8%) e associações destes genes. Em SCP foram detectados: sea (9,5%) seb (4,4%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The purpose of this study was to assess the occurrence of mastitis cases in ten Brazilian dairy herds located in five regions in São Paulo state, to characterize the main etiological agents and, to proceed staphylococcal isolates identification to species level, to perform detection by PCR assays of enterotoxin encoded genes aiming the awareness of their potential capability in producing the classical enterotoxins and, mecA a methicilin resistance gene and, evaluated resistance toward antimicrobials. A total of 4,592 mammary glands of 1,148 dairy cows were examined by strip cup and CMT. From these 1,318 milk samples were collected for microbiological exams. It was isolated 263 (19.9%) staphylococci from mastitis cases and they were identified, as being: S.aureus (34.2%), other CPS (15.9%) respectively, S. intermedius (15.2%), S.hyicus(12.9%) and, S. schleiferi subsp coagulans(3.8%), and CNS (48.7%). Among these 128 CNS isolates eighteen species were identified: S. xylosus, S. haemolyticus, S. auriculares; S. cohnii subsp cohnii, S. lugdunensis, S. pasteuri, S. saccharolyticus, S. saprophyticus subsp bovis, S. schleiferi subsp scheleiferi, S. simulans, S. capitis, S. saprophyticus subsp saprophyticus, S. sciuri subsp sciuri and, S. chromogenes. The more frequently isolated species were: S.warneri (31.3%), S. epidermidis (14.8%) and S.hyicus (12.5%). The milk samples from infected mammary glands showed higher CCS than the negatives. PCR assay was used to determine the presence of classical enterotoxin codifying genes (sea, seb, sec and sed). Among CNS the occurrence of enterotoxin classical genes was determined as: 35.1% for sea, 7.1% for seb, 6.5% for sec, 1.8% for sed) 5.3% for both sea and seb, 3.6% for both sea, sec and sed, 1.8% for both sec and sed. Whereas among CPS isolates the occurrence of enterotoxin... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre