Made available in DSpace on 2015-11-18T13:13:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 153.pdf: 1182479 bytes, checksum: 572ca8cb379e9adc3ceb185ab244a3eb (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A dengue é uma arbovirose causada pelo vírus Dengue (DENV), cujos principais vetores são os mosquitos Aedes aegypti e Aedes albopictus. A. aegypti é o único vetor de DENV em Cabo Verde, país que teve a sua primeira epidemia da dengue registrada em 2009. Contudo, pouco se sabe acerca da variação no nível de competência vetorial das populações do vetor aos diferentes sorotipos de DENV. O estudo teve como objetivo avaliar a competência vetorial de A. aegypti da ilha de Santiago, Cabo Verde, a quatro sorotipos de DENV. Para isso, os mosquitos foram alimentados artificialmente com sangue contendo diferentes sorotipos de DENV, e em seguida dissecados ao 7º, 14º e 21º dia após infecção (dpi) para verificar a presença do vírus no intestino, cabeça e glândulas salivares usando a técnica de RT-PCR. Adicionalmente, o número de cópias de RNA viral presente nas glândulas salivares foi determinado por qRT-PCR. Foram observadas altas taxas de infecção das glândulas salivares para DENV-2 e DENV-3 (65 e 75 por cento respectivamente), enquanto que para DENV-1, o RNA viral só foi detectado no intestino e cabeça, não chegando a infectar as glândulas salivares. DENV-4 não disseminou para cabeça e glândulas salivares, mantendo a infecção apenas no intestino (9 por cento). O número de cópias de RNA viral nas glândulas salivares não variou significativamente entre DENV-2 e DENV-3 e nem entre os diferentes períodos de incubação do vírus e títulos de DENV testados. Conclui-se, que a população de Aedes aegypti da ilha de Santiago, Cabo Verde, possui alta competência vetorial para as cepas de DENV-2 e DENV-3 e são pouco susceptíveis para as de DENV-1 e DENV-4. As cópias de RNA viral nas glândulas salivares mantêm-se relativamente constante por 21 dias após a infecção, o que pode potencializar a capacidade vetorial de mosquito A. aegypti e sugere alguma forma de modulação da replicação do vírus nesse órgão

Made available in DSpace on 2015-12-29T16:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 raquel_barbieri_ini_mest_2013.pdf: 1834473 bytes, checksum: 1e591eb91c0a6e3d12d71fd1c53d6769 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-10-29 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Introdução: Apesar do recente declínio dos coeficientes de detecção de casos novos, a hanseníase permanece endêmica no Brasil e em outros países do mundo. O diagnóstico da doença se baseia nos aspectos clínicos, embora o índice baciloscópico e a histopatologia sejam usados como suporte para o diagnóstico. Nas formas paucibacilares, bacilos são raramente detectados e o exame histopatológico pode ser inconclusivo. Neste estudo, analisamos os aspectos clínicos e histopatológicos de pacientes com suspeita de hanseníase paucibacilar e estabelecemos a contribuição do PCR no manejo clínico destes casos. Pacientes e Métodos: Foram estudados 66 pacientes com lesão cutânea única em placa, atendidos no Ambulatório Souza Araújo (ASA) da Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brasil, no período de janeiro de 2008 a dezembro de 2011. Dois patologistas independentes, que não tinham informações sobre a história clínica dos pacientes, realizaram a reanálise histopatológica. Os pacientes foram classificados como Alta (A), Média (M) e Baixa (B) probabilidade do diagnóstico de hanseníase ou outras dermatoses (O). O DNA foi extraído de fragmentos de biópsias de pele e os níveis de M. leprae Ag85B e 16S rDNA foram estimados usando a amplificação por PCR quantitativo (qPCR) Resultados: O qPCR foi positivo em 46/66 (69.7%) das amostras de pele. Dos 66 pacientes, 57 (86.3%) tinham recebido tratamento com poliquimioterapia (PQT) baseado nos aspectos clínicos e histopatológicos. A associação entre o resultado do PCR e a variável tratamento mostrou que entre os 19 pacientes classificados como L+O, 2 pacientes com PCR positivo não tinham recebido tratamento e 6 pacientes com PCR negativo tinham sido tratados com PQT por 6 meses. Conclusão: Concluímos que o qPCR é uma ferramenta útil para o diagnóstico e o manejo clínico dos pacientes com suspeita de hanseníase paucibacilar, nos casos em que a histopatologia não é conclusiva / Background: Despite recent decline in detection rates, leprosy remains endemic in Brazil and in others countries around the world. Frequently, the disease diagnosis is based only on clinical aspects, although the bacteriological index in skin smears and histopathological examination are used to support conclusions. In paucibacillary forms, ba cilli are rarely detected, and histopathological examination may not be conclusive. In this study, we analised the clinics and histopathological aspects of patients suspected of paucibacillary leprosy and try to establish the contribution of PCR to the clinical management of these cases. Methods: We evaluated 66 patients with single - plaque skin lesions who attended the Leprosy Outpatient Unit of Oswaldo Cruz Foundation, Rio de Janeiro, Brazil, between 2008 and 2011. Two independent pathologists who were blinded to the patients’ clinical details performed pathological reanalysis of slides. Patients were classified as High (H), Medium (M), and Low probability (L) for the diagnosis of leprosy or another dermatosis (O). DNA was extracted from the fragmen ts of skin biopsies, and the levels of M. leprae Ag85B and 16S rDNA were estimated using qPCR amplification . Findings: The qPCR was positive in 46/66 (69.7%) of skin samples. Out of 66 patients, 57 (86.3%) received multidrug therapy (MDT) based on clinical and histopathological examination. The association between previous treatment and qPCR results showed that among 19 patients classified as L+O, 2 qPCR - positive patients were not treated, whereas 6 patients with negative qPCR results were treated with MDT for 6 months. Conclusion: In conclusion, qPCR is a useful tool to diagnosis and clinical management in suspected cases of paucibacilary leprosy in cases with inconclusive histopathology.

Made available in DSpace on 2015-12-29T16:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 christiane_azevedo_ini_mest_2013.pdf: 9571573 bytes, checksum: 1cc8de622d03d6edb3f71cea551625ee (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-11-23 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A toxoplasmose é uma zoonose endêmica em todo o mundo causada pelo Toxoplasma gondii. Embora a maioria das infecções sejam subclínicas e assintomáticas, tem uma grande importância em hospedeiros imunocomprometidos e em recém-nascidos com infecção congênita. A infecção causada pelo Toxoplasma gondii durante a gestação pode causar graves lesões ao feto. A realização de exames laboratoriais para investigação diagnóstica da toxoplasmose congênita durante o prenatal é imprescindível para o tratamento correto da gestante e melhor prognóstico das crianças infectadas.O grande avanço no diagnóstico prenatal da infecção fetal pelo Toxoplasma gondii foi o uso da reação em cadeia da polimerase (PCR) no líquido amniótico. O objetivo da investigação é avaliar o desempenho diagnóstico da PCR para identificação da toxoplasmose fetal em gestantes com diagnóstico sorológico de toxoplasmose recente, através de uma revisão sistemática da literatura. Nessa revisão a sensibilidade global do teste da PCR foi de 77% e a especificidade de 98,3%, alcançando sensibilidade de 87% e especificidade de 99% quando realizado até cinco semanas após o diagnóstico materno. No entanto o desempenho do teste pode variar de acordo com o trimestre da gravidez. Pode ser recomendado para uso nas primeiras cinco semanas após o diagnóstico materno quando há suspeita de toxoplasmose fetal

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:47:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 janaina_felix_ioc_mest_2014.pdf: 2510072 bytes, checksum: f69b1e65e5e80f13661ea75612387326 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Vírus Linfotrópico de Células T Humanas (HTLV) foi o primeiro retrovírus identificado em humanos e posteriormente associado à leucemia/linfoma de células T do adulto (LTA). Podem-se encontrar quatro tipos: HTLV-1, HTLV-2, HTLV-3 e HTLV-4, sendo os dois primeiros de maior prevalência. Estima-se que cerca de 10 milhões de pessoas no mundo e 2,5 milhões no Brasil, estejam infectadas pelo HTLV. O HTLV-1 possui sete subtipos e o HTLV-2, quatro. Recentemente, foi identificado o subtipo HTLV-1b no estado do Rio de Janeiro, sendo anteriormente encontrado somente na África Central. A análise dos subtipos é importante em estudos sobre a origem geográfica e disseminação dos isolados virais. O presente estudo teve como principal objetivo caracterizar as variantes genotípicas do HTLV em um grupo de pacientes acompanhados no Hospital Universitário Pedro Ernesto \2013 UERJ. Objetivou também caracterizar o grupo quanto aos possíveis fatores de risco para infecção pelo HTLV, descrever a ocorrência de doenças associadas com HTLV, caracterizar o grupo quanto aos subtipos de HTLV, descrevendo-os de acordo com a naturalidade dos pacientes e caracterizar os casos de pacientes com sorologia de WB indeterminado utilizando técnicas de biologia molecular. Foram estudados pacientes com a infecção pelo HTLV, sintomática ou assintomática, com sorologia positiva ou indeterminada. As amostras foram submetidas ao teste confirmatório pela PCR A infecção foi confirmada em 31 dos 33 participantes do estudo. Dentre os positivos, 28 foram HTLV-1a e os demais HTLV-2b. O gênero mais frequente foi o feminino. Pacientes adultos, casados e pardos foram os mais frequentes dentro das variáveis de faixa etária, estado civil e grupo étnico, respectivamente. A maioria dos pacientes relatou não saber se manteve contato sexual com portador de HTLV, não fazer uso de drogas injetáveis ou já ter realizado transfusão de sangue. Dentre as co-infecções detectadas, estiveram HIV e HCV. Apenas 9,7% dos pacientes apresentou sintomatologia, sendo todos os casos de mielopatia associada ao HTLV-1. Apenas 29% dos pacientes informaram ter amamentado. Dos seis pacientes com WB indeterminado, cinco foram confirmados para HTLV-1 e um para HTLV-2. O único paciente usuário de drogas injetáveis era portador de HTLV-2b. Recomenda-se novos estudos com populações abertas do Rio de Janeiro, com maior número de participantes, afim de determinar mais precisamente a prevalência do HTLV e seus subtipos na região / The Human T - Cell Lymphotropic Virus (HTLV) was the first human retrovirus identified and associated to leukemia/lymphoma, adult T - cells (ATL). Can be found four types: HTLV - 1, HTLV - 2, HTLV - 3 and HTLV - 4. The first two are the most prevalent. About 10 million people around the world and 2.5 million in Brazil, are infected with HTLV. The HTLV - 1 type is subdivided into seven subtypes and HTLV - 2 in four. Recently, HTLV - 1b was identified in t he state of Rio de Janeiro. This subtype it was found only in Central Africa. The analysis of subtypes is important in studies of geographical origin and dissemination of viral isolates. The present study aimed to characterize the genotypic variants of HTLV in a group of patients treated at University Hospital Pedro Ernesto - UERJ. Aimed to characterize the group as to the possible risk factors for HTLV infection, describing the occurrence of diseases associated with HTLV, characterized the group as to the HTLV subtypes; correlations between subtypes and local of infection; assess risk factors and confirm or exclude cases of patients with indeterminate or not typed serology. This study char acterized the group as to the possible risk factors for HTLV infection, describing the occurrence of diseases associated with HTLV, characterized the group as the subtypes of HTLV, describing them according to the naturalness of patients and characterize t he cases of patients with serology indeterminate WB using molecular biology techniques. Patients were studied with HTLV, symptomatic or asymptomatic, with positive or indeterminate WB serology. The specimens were subjected to confirmatory testing by PCR. T he infection was confirmed in 31 of 33 study participants. Among posit i v e s, 28 were HTLV - 1a and other HTLV - 2b. The most frequent was the female gender. Adult patients, married and browns were the most frequent within the variables of age, marital status and e t h nic group, respectively. Most patients reported not knowing remained sexual contact with HTLV carrier , do not use intravenous drugs or have already done blood transfusion. T he co - infections detected were HIV and HCV. Only 9.7% of patients had symptoms , and all cases of myelopathy associated with HTLV - 1. Only 29% of patients rep orted having breastfed. Of the six patients with indeterminate WB five were confirmed HTLV - 1 and HTLV - 2. The only patient injecting drug user was infected by HTLV - 2b. We recommen d further studies with open populations of Rio de Janeiro, with the largest number of participants in order to more precisely determine the prevalence of HTLV and its subtypes in the region.

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:40:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 vanessa_neves_ioc_mest_2010.pdf: 3872823 bytes, checksum: 90bf38dc504d5226b7598ef2772eb07c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A automatização da Reação em Cadeia da Polimerase (PRC) abriu uma nova perspectiva no diagnóstico do Trypanossoma Cruzi tanto em amostras clínicas humanas, como na identificação do parasita em seus vetores e reservatórios. Para a realização da PCR é necessária a realização da extração do DNA (pré-etapa da amplificação), onde o ácido nucléico é liberado e purificado a partir da amostra biológica, tendo como condição ideal a obtenção de um DNA puro e em altas concentrações. Este trabalho visou avaliar o desempenho de protocolos de extração de DNA descritos na literatura científica, através dos seguintes parâmetros: concentração de DNA, grau de pureza, PCR (ampliação de uma seqüência de DNA específica), reprodutibilidade, praticidade e custo. Foram testados 12 protocolos, cujos critérios de seleção foram \201Cmétodos de extração de DNA in house de espécimes do Filo Arthropoda\201D e \201Ckits e/ou preparados comerciais mais citados na literatura científica no período de janeiro de 2002 a julho de 2009\201D. A extração foi realizada em exemplares da espécie Rhodnius brethesi infectados através de experimentos de reconstituição (infecção artificial) com 3 concentrações distintas de T. cruzi (1, 10 e 100 parasitas por amostra extraída). Os melhores resultados nos parâmetros concentração de DNA, grau de pureza e PCR, foram apresentados pelos protocolos 08 (in house) e 09 (QIAamp DNA Stool Mini Kit, Marca Qiagen, nº de cat 51504), tendo o protocolo 08 mostrado maior concentração estimada de DNA total e um maior número de amostras com valores dentro da faixa de pureza, em relação ao protocolo 09 e a todos os outros protocolos testados Atribuímos essa melhor performance a uma associação eficiente entre número de etapas de purificação e os componentes do tampão de lise. Em relação aos parâmetros custo e praticidade, o protocolo 09 (kit) revelou ser o mais econômico e demandar menos tempo na sua execução total, comparado ao protocolo 08. Dentro do questionário de opinião, que apontou grau de pureza como parâmetro mais importante, o protocolo mais indicado para extração de amostras a partir de triatomíneos foi o protocolo 08. Assim, dois protocolos podem ser indicados: o 08 e o 09. Dos seis parâmetros analisados, os valores de estimativa de concentração de DNA, obtidos como método da espectrofotometria, apresentaram-se discrepantes; devido a isso não indicamos esse método para avaliar o parâmetro concentração. / The Polymerase Chain Reaction (PCR) enabled a new diagnosis of Trypanosoma cruzi in human vertebrate samples such as the parasite identification in its vectors and reservoirs. PCR demands a pure and high concentrated DNA; therefore DNA extraction is an important step that must be well performed. Considering this, we have evaluated specific parameters – concentration and purity of the DNA, PCR (specific DNA sequence ampli ficat ion), reproducibility, practicality and cost – in order to assess the performance of extraction protocols. Twelve protocols were selected according to two criteria: 1 -in house methods used to extract DNA from specimens belonging to the Phylum Arthropo da; 2 -kits and/or commercial preparations most often cited in scientific papers from january 2002 to july 2009. Extraction was carried out on specimens of Rhodnius brethesi artificially infected with three different concentrations of T. cruzi (1, 10 and 10 0 parasites per sample extracted). Protocols 08 (in house CTAB based) and 09 (QIAamp DNA Stool Mini Kit, Qiagen, Cat number 51504) revealed the best concentration and purity of the DNA results in addition to the higher number of amplified samples. Comparat ively, protocol 08 was even better than 09 on these parameters, presumabily for the efficient association between number of purification steps and components of the lysis buffer. On the other hand, protocol 09 was less costly than protocol 08, besides fast er to execute. Participants of a survey designated DNA purity as the most important parameter regarding a DNA extraction protocol leading us to indicate protocol 08 for the extraction of samples taken from triatomine. Besides protocol 08, the kit represent ed by protocol 09 can also be indicated because of its lower cost and fastness. The discrepancy in the results obtained for DNA concentration lead us to discourage the uso of spectrophotometry to estimate DNA concentration

Made available in DSpace on 2016-05-02T13:06:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carmen_vieira_ioc_dout_2015.pdf: 6531759 bytes, checksum: 8c78e754c64e162a1229bcecc9f3e83b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A disseminação de vírus entéricos em ambientes aquáticos está diretamente relacionada ao despejo in natura de esgotos e, consequentemente, associada a doenças de veiculação hídrica. Atualmente, os vírus vêm sendo sugeridos como marcadores espécie-específicos para rastreamento microbiológico de fonte de contaminação fecal (Microbial Source Tracking [MST]) destes ambientes, podendo ser utilizados em estratégias de monitoramento e gestão de bacias hidrográficas. Neste contexto, este estudo teve como objetivo rastrear fontes de contaminação fecal de origem humana e animal utilizando marcadores virais e determinar a concentração dos principais vírus associados a gastroenterite aguda na bacia hidrográfica do Rio Negro, Manaus, Amazonas (AM), a fim de estimar o risco de infecções por estes vírus por diferentes vias de exposição da população local. Com este propósito, avaliou-se a metodologia de concentração viral por floculação orgânica, além de ensaios quantitativos (qPCR) de detecção. Posteriormente, realizou-se um monitoramento trimestral (2011-2012) ao longo do Rio Negro e dos igarapés da cidade, quando 272 amostras foram coletadas, assim como uma amostragem adicional durante a cheia histórica deste rio (junho de 2012). Parâmetros físico-químicos e bacteriológicos (E. coli e enterococos) também foram determinados, sendo investigada uma possível correlação bactéria-vírus. Adenovírus humanos (HAdV) e poliomavírus JC (JCPyV), utilizados como marcadores de contaminação humana, foram detectados em 91,9 % e 69,5 % das amostras, respectivamente, revelando a origem humana de contaminação dos ecossistemas estudados Adenovírus suíno (PAdV) e poliomavírus bovino (BPyV) foram observados em baixos percentuais, 0,7 e 1,8 %, respectivamente. Rotavírus grupo A (RVA) e norovírus genogrupo II (NoV GII) foram detectados em 23,9 % e 7,4 % das amostras, respectivamente. O NoV GII foi detectado apenas na estação seca enquanto o RVA foi prevalente na cheia, quando suas concentrações apresentaram um aumento significativo. As concentrações dos vírus humanos variaram de 102 a 106 cópias de genoma (CG)/L, sendo observadas maiores contaminações de HAdV e JCPyV nos igarapés e no período de cheia, enquanto as concentrações dos vírus de origem animal variaram de 101 a 102 CG/L. Correlações de 0,274 a 0,762 foram observadas entre HAdV, JCPyV, E. coli e enterococos e apontaram a utilização de HAdV como possível marcador viral de contaminação fecal humana. Pelos resultados obtidos, realizou-se um estudo de avaliação de risco de infecções por RVA, onde estimou-se probabilidades médias de infecção variando de 0,3954 a 0,868 pela exposição por atividades recreacionais ou contato mão-boca com os ambientes aquáticos de Manaus Durante a cheia histórica do Rio Negro, demonstrou-se uma correlação entre o nível de água do rio e o número de casos de gastroenterite, assim como um aumento na concentração de RVA, NoV e HAdV. A investigação de astrovírus e vírus emergentes, como NoV GIV, sapovírus, bocavírus, aichivírus e klassevírus, foi realizada nestas amostras, porém não foram detectados. Globalmente, este estudo representa um grande avanço nos estudos de virologia ambiental no Brasil, sendo pioneiro nas análises de MST e risco virológico, que demonstraram a precariedade de saneamento básico na cidade de Manaus e os riscos de infecção viral associados a esta condição / The dissemination of enteric viruses in aquatic environments is directly related to the discharge of raw sewage and consequently associated with waterborne diseases. Currently, viruses have been suggested as host-specific markers for Microbial Source Tracking (MST) in these environments, and can be used in monitoring and management strategies of watersheds. In this context, this study aimed to assess human and animal sources of contamination by viral markers and the concentrations of the main gastroenteric viruses in the Negro River catchment, Manaus, Amazonas (AM), in order to estimate the risk of infection associated with the use of these waters by the locals. For this purpose, a concentration procedure by organic flocculation and quantitative assays (qPCR) for viruses detection were evaluated. Later, a quarterly monitoring (2011-2012) along the Negro River and the igarapés of the city was carried out, when 272 surface water samples were collected, as well as an additional sampling during the extreme flood of this river (June 2012). Physico-chemical and bacteriological (E. coli and enterococci) parameters were also measured, being investigated the correlation between viruses and bacteria. Human adenovirus (HAdV) and JC polyomavirus (JCPyV) were used as viral markers of human contamination, being detected in 91.9 % and 69.5 % of the samples, respectively, showing the contamination of human origin in the study ecosystems. Porcine adenovirus (PAdV) and bovine polyomavirus (BPyV) were detected in low percentages, 0.7 and 1.8 %, respectively. Group A rotavirus (RVA) and genogroup II norovirus (NoV GII) were detected in 23.9% and 7.4% of the samples, respectively. NoV GII was detected only in the dry season whereas RVA was prevalent in the flood season, when its concentration showed a significant increase. Concentrations of human viruses ranged from 102 to 106 genome copies (GC)/L, being higher contaminations with HAdV and JCPyV observed in the igarapés and during the flood season, whereas concentrations of animal viruses ranged from 101 to 102 GC/L. Correlations between HAdV, JCPyV, E. coli and enterococci ranged from 0.274 to 0.762 and suggested the use of HAdV as a possible viral marker of human fecal contamination. Based on the obtained results, a risk assessment study of RVA infection due to recreational and hand-to-mouth contacts with these contaminated waters was carried out and the estimated mean probabilities of infection ranged from 0.3954 to 0.868. During the extreme flood of the Negro River, a correlation between the river level and number of gastroenteritis cases was demonstrated, as well as an increase in the concentration of RVA, NoV and HAdV. Astrovirus and emerging viruses such as NoV GIV, sapovirus, bocavirus, aichivirus, and klassevirus were also investigated in these samples, but were not detected. The overall results of this thesis represent major advances in environmental virology in Brazil, since it is pioneer in both MST and virological risk assessment studies, which demonstrated the precariousness of basic sanitation in the city of Manaus and risks associated with this condition / 2017-07-26

Made available in DSpace on 2016-05-19T13:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 fernanda_oliveira_ipec_dout_2011.pdf: 3783514 bytes, checksum: 22fcadff51352547d6bc3ff6d3c09f88 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O presente estudo teve como principal objetivo avaliar a diversidade genética de Leishmania (Viannia) braziliensis nos níveis inter e intrapacientes, diretamente em lesões cutâneas e mucosas de indivíduos com leishmanioses mucocutânea (LMC), disseminada (LD) e mucosa (LM), incluindo indivíduos coinfectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). Um total de 61 amostras procedentes de 38 pacientes foi analisado pelas técnicas da reação em cadeia da polimerase (PCR), da reação em cadeia da polimerase com primer único em condições de baixa estringência (LSSP-PCR) e da análise fenética, tendo como alvo molecular a região variável do minicírculo do DNA do cinetoplasto (kDNA). Neste estudo, predominaram indivíduos do sexo masculino e com acometimento mucoso nasal. A presença de DNA do parasita foi evidenciada pela banda diagnóstica de 750 pb, em todas as amostras analisadas, possibilitando o diagnóstico específico. Na investigação do perfil genotípico de subpopulações de L. (V.) braziliensis, através da LSSP-PCR, foi revelado o polimorfismo genético intrafragmento traduzido como uma assinatura do kDNA do parasito para cada amostra. Assinaturas de kDNAs similares em amostras de paciente coletadas ao mesmo tempo (mucosa oral e nasal), e a divergência nos perfis genéticos em amostras coletadas em tempos diferentes na mesma localização (mucosa nasal) sugerem a clonalidade do inóculo inicial, como consequência da estrutura populacional clonal de Leishmania No estudo da variabilidade genética de L. (V.) braziliensis nos níveis inter e intrapacientes foram evidenciadas similaridades genotípicas entre as amostras de lesões cutânea e mucosa intrapacientes. As análises fenética e estatística possibilitaram afirmar que a diversidade genética no nível intrapacientes é menor do que a observada entre os pacientes. Nenhuma associação pode ser observada entre os perfis genéticos de L. (V.) braziliensis e as formas clínicas da doença (LM, LMC, LD), e nem em relação à localização da lesão cutânea ou mucosa (nasal ou oral). O polimorfismo genético de L. (V.) braziliensis também foi evidenciado nos pacientes coinfectados pelo HIV, cuja análise fenética reuniu os perfis genéticos em dois grupos distintos, os quais discriminaram entre as amostras obtidas de pacientes com coinfecção Leishmania/ HIV daquelas obtidas de pacientes não coinfectados. A discriminação de perfis genéticos diferenciados de L. (V.) braziliensis em pacientes coinfectados pelo HIV sugere que a imunossupressão tem impacto na estrutura populacional do parasita. Os nossos resultados corroboram a complexidade genética existente nos parasitos do gênero Leishmania, reforçando a diversidade na dinâmica populacional e na plasticidade genética de L. (V.) braziliensis / Oliveira, F S. C linic al and molecular study in mucocutaneous leishmaniasis : Diagno ses and s creening of subpopulation of Leishmania (Viannia) braziliensis in the inter and intrapatient levels . Rio de Janeiro, 2011 . 10 1 f. Thesis [ PhD in Clinic research in Infectious Diseases ] – Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. ABSTRACT The present study has as its main objective to evaluate the genetic diversity of L eishmania (V iannia ) braziliensis in the inter and intrapatient levels, directly from cutaneous and mucosal lesions of individuals with mucocutaneous (MCL), disseminated (DL) and mucosal (ML) leishmaniasis, including individuals with the human immunodeficiency virus (HIV) infection . A total of 61 samples recovered from 38 patients was analyzed by the techniques of pol y merase chain reaction (PCR), low - s tringency single - specific - primer PCR (LSSP - PCR) and phenetic analysis, directed to the variable region of the kinetoplast DNA ( kDNA ) minicirc les. In this study, male individuals with nasal mucosa involvement predominated . The presence of the parasite’s DNA was revealed by the diagn osis band of 750 bp, in all analyzed samples, making the specific diagnosis possible. In the investigation of the genotypic profile of the subpopulations of L. (V.) braziliensis , through LSSP - PCR, it was revealed the intrafragment genetic polymorphism tran slated as a kDNA signature for each sample. Similar kDNAs signatures in patient’s samples collected simult aneously (oral and nasal mucosa ), and the divergence in the genetic profiles in samples collected at different times on the same location (nasal mucos a ) suggest the clonality of the initial inoculu m , as a consequence of the clonal population structure of Leishmania. In the study of the genetic variability of L. (V.) braziliensis in the int er and intr a patient levels, genotypic similarities were observed among the cutaneous and mucos al lesions intrapatients. The statistic and phenetic analyzes made it possible to assure that the genetic diversity in the intrapatient level is lower than the observed among the patients. No association could be observed betw een the genetic profiles of L. (V.) braziliensis and the clinical forms of the disease (ML, MCL, DL) and neither in relation to the location of the cutaneous or mucosal lesion (nasal or oral). The genetic polymorphism of L. (V.) braziliensis was also detec ted in the HIV - infected patients . The phenetic analysis has grouped the genetic profiles into two different clusters, which discriminated between samples from patients with Leishmania / HIV co - infections from that of non - HIV - i nfected patients. The discrimin ation of L. (V.) braziliensis divergent genetic profiles in patients co - infected with HIV suggests that the immunosupression has some impact on the parasite’s populat ional structure. Our result s corroborate the genetic complexity in parasites of the genus Leishmania reinforcing the diversity in the populacional dynamics and genetic plasticity of L. (V.) braziliensis .

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-29T11:22:10Z No. of bitstreams: 1 Robortella_Diagnóstico molecular de infecção maláricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-29T11:22:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Robortella_Diagnóstico molecular de infecção maláricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T11:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Robortella_Diagnóstico molecular de infecção maláricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-22T13:24:59Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Robortella_Diagnostico molecular de infeccao malaricas_2016.pdf.txt: 147676 bytes, checksum: e74efc2c2c5793a2927f4ba6c4952b6f (MD5) Robortella_Diagnostico molecular de infeccao malaricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Nos últimos anos, a incidência de malária no Brasil vem reduzido significativamente, particularmente, em virtude das medidas de controle. Neste novo cenário, faz-se necessário identificar e tratar a malária submicroscópica, uma vez que estes indivíduos constituem fonte de infecção para o mosquito vetor. Neste contexto, nosso grupo de pesquisa vem aprimorando o diagnóstico molecular de malária e, recentemente, padronizou uma reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR), altamente sensível, para a detecção de alvos não ribossomais (Pvr47 e Pfr364) dos plasmódios. Baseado nestes achados, o objetivo do presente trabalho foi investigar a malária subpatente em tribos indígenas de povos Ianomâmis, onde as baixas parasitemias parecem ser frequentes. A população de estudo foi constituída de indivíduos pertencentes a cinco aldeias ianomâmis do Polo Base Marari, estado do Amazonas. O estudo envolveu dois cortes transversais, sendo realizados nos meses de setembro (primeiro corte transversal) e novembro (segundo corte trans versal) de 2014. Foram incluídos no estudo um total de 914 indígenas, com cerca de 1590 amostras de sangue coletadas em papel de filtro. Para o diagnóstico molecular de malária, quatro diferentes protocolos de PCR foram utilizados, sendo três baseados em alvos ribossomais (18S rRNA) e um em alvos não ribossomais (Pvr47/Pfr364) dos plasmódios. Os resultados aqui obtidos permitiram demonstrar que os alvos Pvr47/Pfr364 foram os mais sensíveis para o diagnóstico de malária submicroscópica, embora não se mostraram adequados para o diagnóstico de espécie. Dentre os protocolos baseados no gene 18S rRNA aqui utilizados (Nested-PCR, RT-Mangold e RT-Rougemont), a Nested-PCR (método molecular de referência) se mostrou mais apropriada para o diagnóstico específico das infecções maláricas submicroscópicas. Em conjunto, este estudo de infecção malárica em populações ianomâmis permitiu demonstrar que: (i) enquanto 0,9% das amostras foram positivas pela microscopia ótica (MO), diagnóstico de rotina, os protocolos moleculares identificaram 7,8% de postividade; (ii) P. vivax foi a espécie predominante, seguido do P. malariae e P. falciparum em proporções similares; (iii) a positividade por malária diminuiu com a idade (crianças>adolescentes>adultos) e foi influenciada pelas variações sazonais (setembro>novembro); (iv) a prevalência de malária variou significativamente nas diferentes aldeias, sugerindo que a doença não está homogeneamente distribuída na área de estudo. Espera-se que os resultados aqui obtidos possam contribuir para o direcionamento e monitoração de medidas de controle em reservas indígenas, bem como estimar a real incidência de malária nas áreas sob vigilância epidemiológica. / In the last few years, considerable success in reducing malaria incidence has been achieved in Brazil mainly as result of global efforts to control disease. In this new scenario, the need to detect and treat submicoscopic infections is becoming increasing important, as these individuals can be a source of infection for mosquito vectors. Aiming to improve molecular diagnosis of malaria, our research group has standardized a real-time PCR protocol (RT-PCR), highly sensible, for the detention of non-ribossomal plasmodium targets. Based on these findings, the goal of the present work was to investigate subpatent malaria infection in ianomâmis indigenous tribes, where low levels of parasitaemia seems to be common. The study population involved five Ianomâmis communities from the indigenous district of “Polo Base Marari”, Amazon state. Two cross-sectional studies were carried-out by the research team, in september (first survey) and november (second survey) of 2014. A total of 914 indigenous were involved in the study, and 1590 blood samples were collected in filter paper. For molecular diagnosis of malaria, four different PCR protocols were tested, three based on ribossomal (18S rRNA) target and one non-ribosomal (Pvr47/Pfr364). The result s obtained demonstrated that Pvr47/Pfr364 was the most sensitive protocol, however, these targets did not differentiate Plasmodium species. Among the protocols based on the 18S rRNA gene (Nested-PCR, RT-Mangold and RT-Rougemont), the Nested-PCR (reference molecular method) was more suitable for the specific diagnosis of submicroscopic infection. Taken together, this study of malaria infection in Yanomani population showed that: (i) while 0.9% of positivity was detected by the optical microscopy (MO), the conventional routine diagnosis, molecular diagnosis was able to detect 7,8%; (ii) P. vivax was the most prevalent specie in the area, followed by P. malariae and P. falciparum in similar proportions; (iii) malaria positivity decreased with age (children>teenagers>adults) and fluctuates according to seasonal variations (september>november); (iv) malaria prevalence varied accor ding to the Yanomani tribe, which suggest that malaria is not homogeneous transmitted in the study area. The results presented here may account for strategic plans to control malaria in indigenous populations, and to estimate the real malaria incidence in areas under epidemiological vigilance.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-24T18:25:15Z No. of bitstreams: 1 D_Mestrado_Robortella_Diagnóstico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-24T18:25:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 D_Mestrado_Robortella_Diagnóstico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-24T18:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 D_Mestrado_Robortella_Diagnóstico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-22T13:25:02Z (GMT). No. of bitstreams: 3 D_Mestrado_Robortella_Diagnostico_CPqRR-2016.pdf.txt: 147676 bytes, checksum: e74efc2c2c5793a2927f4ba6c4952b6f (MD5) D_Mestrado_Robortella_Diagnostico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Nos últimos anos, a incidência de malária no Brasil vem reduzido significativamente, particularmente, em virtude das medidas de controle. Neste novo cenário, faz-se necessário identificar e tratar a malária submicroscópica, uma vez que estes indivíduos constituem fonte de infecção para o mosquito vetor. Neste contexto, nosso grupo de pesquisa vem aprimorando o diagnóstico molecular de malária e, recentemente, padronizou uma reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR), altamente sensível, para a detecção de alvos não ribossomais (Pvr47 e Pfr364) dos plasmódios. Baseado nestes achados, o objetivo do presente trabalho foi investigar a malária subpatente em tribos indígenas de povos Ianomâmis, onde as baixas parasitemias parecem ser frequentes. A população de estudo foi constituída de indivíduos pertencentes a cinco aldeias ianomâmis do Polo Base Marari, estado do Amazonas. O estudo envolveu dois cortes transversais, sendo realizados nos meses de setembro (primeiro corte transversal) e novembro (segundo corte transversal) de 2014. Foram incluídos no estudo um total de 914 indígenas, com cerca de 1590 amostras de sangue coletadas em papel de filtro. Para o diagnóstico molecular de malária, quatro diferentes protocolos de PCR foram utilizados, sendo três baseados em alvos ribossomais (18S rRNA) e um em alvos não ribossomais (Pvr47/Pfr364) dos plasmódios. Os resultados aqui obtidos permitiram demonstrar que os alvos Pvr47/Pfr364 foram os mais sensíveis para o diagnóstico de malária submicroscópica, embora não se mostraram adequados para o diagnóstico de espécie. Dentre os protocolos baseados no gene 18S rRNA aqui utilizados (Nested-PCR, RT-Mangold e RT-Rougemont), a Nested-PCR (método molecular de referência) se mostrou mais apropriada para o diagnóstico específico das infecções maláricas submicroscópicas. Em conjunto, este estudo de infecção malárica em populações ianomâmis permitiu demonstrar que: (i) enquanto 0,9% das amostras foram positivas pela microscopia ótica (MO), diagnóstico de rotina, os protocolos moleculares identificaram 7,8% de postividade; (ii) P. vivax foi a espécie predominante, seguido do P. malariae e P. falciparum em proporções similares; (iii) a positividade por malária diminuiu com a idade (crianças>adolescentes>adultos) e foi influenciada pelas variações sazonais (setembro>novembro); (iv) a prevalência de malária variou significativamente nas diferentes aldeias, sugerindo que a doença não está homogeneamente distribuída na área de estudo. Espera-se que os resultados aqui obtidos possam contribuir para o direcionamento e monitoração de medidas de controle em reservas indígenas, bem como estimar a real incidência de malária nas áreas sob vigilância epidemiológica. / In the last few years, considerable success in reducing malaria incidence has been achieved in Brazil mainly as result of global efforts to control disease. In this new scenario, the need to detect and treat submicoscopic infections is becoming increasing important, as these individuals can be a source of infection for mosquito vectors. Aiming to improve molecular diagnosis of malaria, our research group has standardized a real-time PCR protocol (RTPCR), highly sensible, for the detention of non-ribossomal plasmodium targets. Based on these findings, the goal of the present work was to investigate subpatent malaria infection in ianomâmis indigenous tribes, where low levels of parasitaemia seems to be common. The study population involved five Ianomâmis communities from the indigenous district of “Polo Base Marari”, Amazon state. Two cross-sectional studies were carried-out by the research team, in september (first survey) and november (second survey) of 2014. A total of 914 indigenous were involved in the study, and 1590 blood samples were collected in filter paper. For molecular diagnosis of malaria, four different PCR protocols were tested, three based on ribossomal (18S rRNA) target and one non-ribosomal (Pvr47/Pfr364). The results obtained demonstrated that Pvr47/Pfr364 was the most sensitive protocol, however, these targets did not differentiate Plasmodium species. Among the protocols based on the 18S rRNA gene (Nested-PCR, RT-Mangold and RT-Rougemont), the Nested-PCR (reference molecular method) was more suitable for the specific diagnosis of submicroscopic infection. Taken together, this study of malaria infection in Yanomani population showed that: (i) while 0.9% of positivity was detected by the optical microscopy (MO), the conventional routine diagnosis, molecular diagnosis was able to detect 7,8%; (ii) P. vivax was the most prevalent specie in the area, followed by P. malariae and P. falciparum in similar proportions; (iii) malaria positivity decreased with age children>teenagers>adults) and fluctuates according to seasonal variations (september>november); (iv) malaria prevalence varied according to the Yanomani tribe, which suggest that malaria is not homogeneous transmitted in the study area. The results presented here may account for strategic plans to control malaria in indigenous populations, and to estimate the real malaria incidence in areas under epidemiological vigilance.

OCADAQUE, Crister José. Aspectos clínicos e epidemiológicos de pneumonias infantis associadas aos quatro tipos de vírus para influenza em Fortaleza-CE. 2016. 103 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T11:26:05Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) Previous issue date: 2016 / Pneumonia are public health problems worldwide, especially in children younger than five years old. Human parainfluenza virus (HPIV-1, 2 and 3) are common agents of pneumonia, little was know about the involvement of HPIV-4 due to difficulties of isolation in cell culture, the absence of antigens specific for this virus in panels routine detection of respiratory viruses, and are associated only with cases of mild respiratory infections. The aim of this study is to describe the clinical and epidemiological profile of pneumonia caused by four types of HPIV in the study population, from January 2013 to December 2014. To this end, nasopharyngeal aspirates of 542 children under five treated at Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), who were diagnosed with pneumonia, were subjected to RT-PCR for the detection of HPIV-1, 2, 3 and 4. These samples had been previously analyzed by indirect immunofluorescence for respiratory syncytial virus (RSV), influenza (A and B), adenovirus, and HPIV (1, 2 and 3). The HPIV were detected in 165 cases, followed by RSV (136), adenovirus (34) and influenza (30). Clinical and epidemiological characteristics of pneumonia by HPIV were analyzed in 104 samples with isolated infection with one of four types of HPIV. The HPIV most frequently detected, in descending order, were the HPIV-3 types (64.42%), HPIV-4 (19.23%), HPIV-1 (14.42%) and HPIV-2 (1.92 %). The HPIV-4 was the most associated with co-infection. The HPIV-4 was the only HPIV whose circulation was associated with the rainy season of two years of study (p <0.0001). The HPIV-3 and HPIV-1 had a circulation peak associated with the dry season. The HPIV are frequent agents of pneumonia in children younger than five years in the city of Fortaleza. / As pneumonias são problemas de saúde publica mundial, especialmente em crianças menores que cinco anos de idade. Os vírus parainfluenza (VPI-1, 2 e 3) são agentes frequentes de pneumonia, pouco se conhecendo sobre a participação do VPI-4 devido a dificuldades do seu isolamento em cultura de células, a ausência de antígenos específicos para este vírus nos painéis de rotina de detecção dos vírus respiratórios, além de serem relacionados apenas a casos de infecções respiratórias leves. O objetivo do presente estudo é descrever o perfil epidemiológico e clínico das pneumonias causadas pelos quatro tipos de VPI na população de estudo, no período de janeiro de 2013 a dezembro de 2014. Para tanto, aspirados nasofaríngeos de 542 crianças de até cinco anos atendidas no Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), que receberam o diagnóstico de pneumonia, foram submetidos à RT-PCR para a detecção dos VPI-1, 2 e 3 e 4. Estas amostras tinham sido analisadas anteriormente por imunofluorescência indireta para vírus sincicial respiratório (VSR), influenza (A e B), adenovírus e VPI (1, 2 e 3). Os VPI foram detectados em 165 casos, seguido de VSR (136), adenovírus (34) e influenza (30). As características clínicas e epidemiológicas de pneumonias pelos VPI foram analisadas em 104 amostras que apresentaram infecção isolada por um dos quatro tipos de VPI. Os VPI mais frequentemente detectados, em ordem decrescente, foram os tipos VPI-3 (64,42%), VPI-4 (19,23%), VPI-1(14,42%) e VPI-2 (1,92%). O VPI-4 foi o mais associado a co-infecções. O VPI-4 foi o único VPI cuja circulação esteve associada à estação chuvosa dos dois anos de estudo (p<0,0001). O VPI-3 e o VPI-1 apresentaram pico de circulação associado à estação seca. Os VPI são agentes frequentes de pneumonias em crianças menores que cinco anos na cidade de Fortaleza.