Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2014-01-29T20:28:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_UsoModeloRegressao.pdf: 570492 bytes, checksum: 6f008f169319432ea5ac9a416ccde8c9 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-01-31T12:59:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_UsoModeloRegressao.pdf: 570492 bytes, checksum: 6f008f169319432ea5ac9a416ccde8c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-31T12:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_UsoModeloRegressao.pdf: 570492 bytes, checksum: 6f008f169319432ea5ac9a416ccde8c9 (MD5) Previous issue date: 2006 / Dados referentes a 1.719 controles de produção de leite de 357 fêmeas predominantemente da raça Murrah, filhas de 110 reprodutores, com partos distribuídos entre os anos de 1974 e 2004, obtidos do Programa de Melhoramento Genético de Bubalinos (PROMEBUL) com adição de registros do rebanho pertencente à EMBRAPA Amazônia Oriental - EAO, localizada em Belém, Pará. Os registros foram usados para comparar modelos de regressão aleatória na estimação de componentes de variância e predição de valores genéticos dos reprodutores utilizando a. função polinomial de Legendre, variando de segunda à quarta ordem. O modelo de regressão aleatória incluiu os efeitos de rebanho-ano, mês de parto, coeficientes de regressão para idade da fêmea (para descrever a parte fixa da curva de lactação) e coeficientes de regressão relacionados ao efeito genético direto e de ambiente permanente. A comparação entre modelos foram realizadas por meio do Critério de Informação de Akaike. O modelo de regressão aleatória que utilizou a terceira ordem de polinômio de Legendre, com quatro classes de resíduo para o ambiente temporário, foi o que melhor descreveu a variação genética aditiva da produção de leite. A herdabilidade estimada variou entre 0,08 a 0,40. A correlação genética entre produções mais próximas foram próximas da unidade, mas em idades mais distantes a correlação foi baixa. A correlação de Spearman e de Pearson entre os valores genéticos preditos em todas as situações foram próximas da unidade. / Data comprising 1,719 milk yield controls of 357 females predominantly Murrah breed, daughters of 110 sires, whose birth had occurred between the years of 1974 and 2004, obtained from the Programa de Melhoramento Genético de Bubalinos (PROMEBUL) with the addition of records proceeding from the herd of the EMBRAPA Amazônia Oriental - EAO, located in Belém, Pará, State, were used to compare random regression models, for estimating variance components and predicting breeding values of the sires... The data of milk yield were analyzed by different random regression models using the Legendre’s orthogonal polynomials functions of second, third and fourth order . The random regression models included the effects herd-year, month of parity date of the control, regression coefficients for age of females (in order to describe the fixed part of the lactation curve) and random regression coefficients related to the direct genetic effects and the permanent environment. The comparisons among the models were based in the Akaike Criteria Infromation. The random regression model which used the third order Legendre’s polynomials and four class of the environmental effect was the model which better described the additive genetic variation of the milk yield The heritability estimates obtained varied from 0.08 to 0.40.. The genetic correlations between milk yield in ages more near, were close to unit, but in ages less close, the correlations were low. The Pearson and Spearman’s correlations between the predicted breeding values of sires in all situations were close to the unit.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study was carried out to estimate genetic parameters for scrotal circumference (SC) and weights (W) taken at different ages in Nelore male participants of a breeding program sponsored by National Association of Breeders and Researchers. In the first paper there were estimated genetic parameters for the characteristics of the SC and W at 210, 280, 365, and 450 days of age (SC210, SC280, SC365, SC450, W210, W280, W365 and W450 respectively). The components of (co)variances were estimated by Restricted Maximum Likelihood method under an animal model in multi-trait analysis. The heritability estimates for direct effect were: 0,45±0,05 (SC210); 0,34±0,02 (SC280), 0,35±0,02 (SC365); 0,45±0,02 (SC450); 0,39±0,05 (W210); 0,31±0,03 (W280); 0,23±0,02 (W365), and 0,20±0,02 (W450), while estimates of heritability for the maternal effect for the weights were 0,08±0,02; 0,05±0,01; 0,05±0,01, and 0,03±0,01, respectively, for W210, W280, W365, and W450. These results suggest that the use of the measure of the SC as a selection criterion may contribute to reproductive genetic gain. The genetic correlations between SC were positive and medium to high magnitude, as between the SC and W were positive and showed a smaller magnitude compared to the estimated between measures of SC at differents ages. These genetic correlations indicate that only one measurement of SC can be effective for selection, and older age for this evaluation is recommended at 450 days of age. In the second article, it was analyzed 29,691 SC measures taken between 134 and 495 days of age, by random regression models under uni-trait analysis. To model the mean population curve, was used a third order fixed regression on Legendre polynomials. There were considered three random effects and differents orders of polynomial fit. Residual variances were considered homogeneous or heterogeneous. The model chosen was the one with homogeneous residual variance (M45_1). The heritability estimates obtained from the 360 days were greater than 0.42, indicating that the selection in this period should provide better response. High and positive genetic correlations were estimated between measures of SC, being higher for the measurements at closer ages. Because of the genetic correlation estimates between the SC measured at different ages were positive and with high magnitudes, the selection can be done in only one age. The best age for the measurement of SC indicated by the less parameterized model is after 360 days, and the closer to 495 days, the higher estimates. In the third article the data were analyzed using a random regression model in bi-traits analysis to estimate genetic parameters for SC and W. The mean population curve was modeled using third order fixed regression using Legendre polynomials. The analysis model considered the residual effect as constant throughout the period of age evaluated. The highest estimate of SC heritability was found close to 495 days of age (0.52), while the maximum value for W (0.35) was observed at 290 and 495 days of age. These values suggest that selection for both traits should promote genetic gain. The values of genetic correlations between SC and W ranged from -0.22 to 0.59 over the period studied. These values suggest a correlated response of different magnitudes, depending on the selected characteristic and also the age at which the selection was performed. The measurement of scrotal circumference at 450 days can be used as selection criteria in the studied population. / O presente estudo foi desenvolvido com o objetivo de estimar parâmetros genéticos para perímetro escrotal (PE) e pesos (P) tomados em diferentes idades em bovinos machos da raça Nelore participantes do programa de melhoramento genético da Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores. No primeiro artigo foram estimados parâmetros genéticos para as características de PE e P medidos aos 210, 280, 365 e 450 dias de idade (PE210, PE280, PE365, PE450, P210, P280, P365 e P450, respectivamente). Os componentes de (co)variâncias foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal, em análises multi-características. As estimativas de herdabilidade para o efeito direto foram: 0,45±0,05 (PE210); 0,34±0,02 (PE280), 0,35±0,02 (PE365); 0,45±0,02 (PE450); 0,39±0,05 (P210); 0,31±0,03 (P280); 0,23±0,02 (P365) e 0,20±0,02 (P450), enquanto que as estimativas de herdabilidade para o efeito materno para os pesos foram 0,08±0,02; 0,05±0,01; 0,05±0,01 e 0,03±0,01, respectivamente, para P210, P280, P365 e P450. Esses resultados sugerem que a utilização da medida do PE como critério de seleção pode contribuir para o ganho genético reprodutivo dos animais. As correlações genéticas estimadas entre os PE foram todas positivas e de médias a altas magnitudes, já entre PE e P se apresentaram positivas e de menor magnitude em relação às estimadas entre as medidas de PE em diferentes idades. Essas correlações genéticas indicam que apenas uma mensuração de PE pode ser eficiente para seleção e a idade mais recomendada para essa avaliação é aos 450 dias de idade. No segundo artigo, foram analisadas 29.691 medidas de PE tomadas entre os 134 e os 495 dias de idade, através de modelos de regressão aleatória (RA) sob análise uni-característica. Para modelar a curva média populacional, foi utilizada uma regressão fixa de terceira ordem sob polinômios de Legendre. Foram considerados três efeitos aleatórios e diferentes ordens de ajuste de polinômios. As variâncias residuais foram consideradas homogêneas ou heterogêneas. O modelo escolhido foi o que apresentou variância residual homogênea (M45_1). As estimativas de herdabilidade obtidas a partir dos 360 dias foram maiores que 0,42, indicando que a seleção dos animais nesse período deverá fornecer melhor resposta a seleção. Valores altos e positivos de correlações genéticas foram estimados entre as diferentes medidas de PE, sendo maiores para as medidas em idades mais próximas. Devido as correlações genéticas estimadas entre os PEs medidos nas diferentes idades serem positivas e de altas magnitudes, pode se utilizar a medida tomada em apenas uma idade para a seleção. A melhor idade para a mensuração do PE indicada pelo modelo menos parametrizado é após os 360 dias, sendo que quanto mais próximo aos 495 dias, maiores são as estimativas. No terceiro artigo os dados foram analisados através de um modelo de RA sob análise bi-característica para estimar os parâmetros genéticos para PE e P. A curva média populacional, foi modelada utilizando regressão fixa de terceira ordem com o uso de polinômios de Legendre. O modelo de análise considerou o efeito residual como constante durante todo período de idade avaliado. A maior estimativa de herdabilidade para PE ocorreu próximo aos 495 dias de idade (0,52), enquanto que para P o valor máximo (0,35) foi observado aos 290 e aos 495 dias de idade. Estes valores sugerem que a seleção para ambas as características deve promover ganho genético. As correlações genéticas entre PE e P apresentaram valores variando de -0,22 a 0,59 ao longo do período avaliado. Estes valores sugerem resposta correlacionada de diferentes magnitudes, dependendo da característica selecionada e, também, da idade em que a seleção foi procedida. A medida do perímetro escrotal aos 450 dias pode ser utilizada como critério de seleção na população estudada.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-20Bitstream added on 2014-06-13T18:29:29Z : No. of bitstreams: 1 venturini_gc_me_jabo.pdf: 314438 bytes, checksum: 32a3f00b923881d721cf605c82c08d7c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Objetivou-se estimar parâmetros genéticos e fenotípicos da produção de ovos total e parcial em aves de postura por meio de modelos de dimensão finita e infinita, visando à seleção das aves para a característica produção de ovos. Utilizou-se dados de fêmeas, nascidas a partir de três incubações, provenientes de uma geração de uma linhagem de poedeiras, desenvolvida pela EMBRAPA Suínos e Aves em Concórdia, SC. A produção de ovos foi avaliada individualmente por meio do número de ovos, a partir de 20 até 70 semanas de idade. As produções foram divididas em períodos, sendo que cada período consistiu em três semanas de produção. As características estudadas foram os registros parciais nos períodos e o registro total da produção de ovos (PTOTAL). Para análise em modelo animal uni e bicaracterística, utilizou-se o programa computacional MTDFREML. Maior herdabilidade foi estimada para o período de 20 a 22 semanas de idade (P1) e PTOTAL (0,33 ± 0,07 e 0,23 ± 0,06). Correlações genéticas entre os períodos parciais e PTOTAL variaram de 0,42 ± 0,15 (PTOTAL com P2, de 20 a 22 semanas de idade) até 1,00 (PTOTAL com P9 e P11, de 44 a 46 e 50 a 52 semanas de idade, respectivamente). A correlação de Spearman entre as ordens dos 43 galos quanto aos valores genéticos para produção de P9, P10 (de 47 a 49 semanas de idade) e de P11 com PTOTAL foi significativa (p<0,001) para P9 e P11, igual a 1,00 e para P10 (p<0,0028), igual a 0,99. Concluiu-se que o registro parcial de ovos para os períodos P9, P10 e P11 poderiam ser considerados no processo de seleção visando à produção total de ovos. Porém, devido os mesmos apresentarem baixas estimativas de herdabilidade (0,06; 0,12 e 0,10, respectivamente para P9, P10 e P11) a seleção seria mais eficiente considerando o PTOTAL. Portanto, seria recomendada a seleção baseada na produção total de ovos, pois a mesma... / The aim was to estimate genetic and phenotypic parameters for total and partial records of egg production of laying hens using finite and infinite-dimension models, with a view to selecting birds for egg production. Data on females born from three incubations, from a generation of an egg-laying strain developed by EMBRAPA Suínos e Aves, Concórdia, SC, were used. Egg production was evaluated individually as the number of eggs produced between the ages of 20 and 70 weeks. The production was divided into three-week periods. The traits studied were the partial records for each period (P1 to P17) and the total recorded egg production (PTOTAL). For analysis in one and two-trait animal models, the MTDFREML software was used. Higher heritabilities were estimated for the periods of 20 to 22 weeks of age (P1) (0.33 ± 0.07) and PTOTAL (0.23 ± 0.06). The genetic correlations between the partial periods and PTOTAL ranged from 0.42 ± 0.15 (P1) to 1.00 (for P9 and P11, representing 44-46 and 50-52 weeks of age, respectively). Spearman’s correlation between the ranks of the 43 sires, regarding the genetic values for production in P9, P10 (47-49 weeks of age) and P11 in relation to PTOTAL, was significant and equal to 1.00 (P<0.001) for P9 and P11 and equal to 0.99 (P<0.0028) for P10. Although highly correlated with PTOTAL, these periods had low heritability estimates in two-trait analysis (0.06, 0.12 and 0.10, respectively for P9, P10 and P11). Thus, selection based on these partial periods would be inefficient and basing it on total egg production would be recommended, since this presented higher heritability estimates. To estimate the covariance functions using random regression models, the DXMRR option in the DFREML statistical software was used. The most appropriate model regarding goodness-of-fit of the egg production data in these laying hens was the one composed of third-order... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:54:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 884532 bytes, checksum: 039c5605e340fbcbeb537d2740cb30f3 (MD5) Previous issue date: 2009-02-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Data comprising 27,000 test-day milk yield (TDMY) records of 3,362 first lactations of Gyr cows calving between 1990 and 2007 were used to compare random regression models for biweekly TDMY and to evaluate persistency of lactation milk yield (PS) measures. Records were analyzed by random regression models (RRM). Random trajectories were fitted by Wilmink s (W) or Ali & Schaeffer s (AS) parametric functions. The models included the fixed effects of contemporary group (herd-year-month of test), age of cow at calving as covariate (linear and quadratic effects) and the average trend of population. Residual variances (RV) were fitted by 1, 4, 6, or 10 classes. Models were compared by Akaike s (AIC) and Schwarz s Bayesian (BIC) information criteria. The AS function used for modeling the additive genetic and permanent environmental effects with heterogeneous RV adjusted with four classes was the best fitted model. RV estimates for W were higher than RV estimates for AS. TDMY heritability estimates ranged from 0.12 to 0.32 for AS function and from 0.09 to 0.33 for W function and were larger in the first half of the lactation period. Genetic correlations decreased from near unity between adjacent TDMY to negative values between early and late lactation. The AS function used for modeling the additive genetic and permanent environmental effects with heterogeneous RV adjusted four classes (AS4) would be parsimonious to fit TDMY of Gyr cows in Brazil. The AS4 model was used to evaluate nine PS measures. Heritability estimates for persistency measures ranged from 0.09 to 0.40. Genetic correlations between persistency and 297-day milk yield (Y297) ranged from - 0.59 to -0.11. At high PS and Y297 selection intensities there were a few animals in common. A larger percentage of animals in common was selected, as the selection intensity for both traits decreased. The average predicted breeding values for Y297 by the year of birth of cows showed substantial annual increase in the Y297, supporting the effectiveness of Gyr cattle national breeding program. However, no improvement in the genetic average of persistence of lactation yield was observed. The results allow to conclude that the selection for total milk yield does not provide sires and cows that are genetically superior for persistency of lactation yield. / Com o objetivo de avaliar modelos de regressão aleatória para a produção de leite no dia do controle (PLDC) e comparar medidas de persistência da produção de leite (PS), foram utilizados 27.000 registros de PLDC de 3.362 primeiras lactações de vacas Gir Leiteiro paridas entre 1990 e 2007. As PLDC foram agrupadas em vinte classes quinzenais e analisadas por modelos de regressão aleatória (MRA), cujos efeitos aleatórios, genético-aditivo e de ambiente permanente, foram modelados utilizando-se as funções de Wilmink (W) ou Ali & Schaeffer (AS). O modelo incluiu os efeitos fixos de grupo contemporâneo (rebanho-ano-mês de controle), idade da vaca ao parto como covariável (efeitos linear e quadrático) e a curva média de lactação da população. A modelagem da variância residual (VR) foi feita por meio de 1, 4, 6 ou 10 classes. As VR estimadas para o MRA utilizando a função W foram superiores àquelas estimadas pelo MRA empregando a função AS. Os modelos foram comparados pelos critérios de informação de Akaike (AIC) e Bayesiano de Schwarz (BIC). O teste BIC indicou o modelo com quatro classes de VR utilizando a função AS como o de melhor ajuste aos dados. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,12 a 0,32 para a função AS e de 0,09 a 0,33 para a função W, sendo maiores ao início da lactação. As correlações entre as PLDC decresceram de valores próximos à unidade entre controles adjacentes para valores negativos entre as PLDC da primeira e duas últimas quinzenas da lactação. O MRA empregando a função AS com quatro classes de VR (AS4), dentre os modelos estudados, é uma opção parcimoniosa para o ajuste das PLDC de vacas Gir Leiteiro no Brasil. Utilizando o modelo AS4, nove medidas de PS foram avaliadas. As correlações genéticas entre as medidas de PS e a produção de leite até 297 dias (P297) variaram entre -0,59 e -0,11. Sob altas intensidades de seleção para PS e P297, poucos animais em comum foram selecionados. À medida que a intensidade de seleção para ambas as características diminuiu, uma maior percentagem de animais em comum foi selecionada. As médias dos valores genéticos preditos para P297, de acordo com o ano de nascimento das vacas, demonstraram substancial incremento genético anual na P297, confirmando a efetividade do programa de melhoramento genético nacional da raça. Em contrapartida, não se observou melhoria na média genética da persistência da produção de leite. Os resultados permitem concluir que a seleção para produção de leite total na lactação não identifica touros e vacas geneticamente superiores para persistência da produção de leite.

O presente estudo teve por objetivo estudar os efeitos da interação genótipo x ambiente sobre as características peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso da desmama ao sobreano em bovinos da raça Nelore. Foram analisados 58.032 registros de peso à desmama ajustados para 205 dias (PD), 46.032 registros de peso ao sobreano ajustados para 550 dias (PS) e 45.844 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano ajustados para 345 dias (GP), originários de três rebanhos distintos. Os dados foram submetidos a dois métodos de análises: no primeiro, processaram-se análises unicaracterísticas para os rebanhos individuais e para o conjunto formado pelos três rebanhos, e análises tri-características para os dados de cada rebanho, em que as mesmas características foram consideradas como variáveis distintas. Foi utilizado o programa GIBBS2F90, sob abordagem bayesiana. As estimativas dadas pelas médias dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,09 a 0,24, 0,24 a 0,44 e 0,09 a 0,31, respectivamente. Nesta mesma ordem, as correlações genéticas das mesmas características nos diferentes ambientes variaram de 0,88 a 0,93, 0,85 a 0,98 e 0,75 a 0,97. As correlações entre as DEPs dos touros nos ambientes variaram de 0,97 a 0,99, 0,69 a 0,95 e 0,77 a 0,98 para PD, PS e GP, respectivamente. No segundo método, utilizou-se um modelo de regressão aleatória para descrever alterações nos valores genéticos dos animais em função do gradiente ambiental, formado pelos grupos contemporâneos. As análises foram feitas pelo programa INTERGEN, também sob enfoque bayesiano. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,06 a 0,44, 0,19 a 0,63 e 0,20 a 0,40, respectivamente. As correlações genéticas entre intercepto e inclinação das normas de reação foram de 0,75, para PD, 0,76 para PS e 0,34 para GP. As correlações entre os valores genéticos dos touros nos ambientes variaram de -0,38 a 0,99, 0,79 a 1,00 e 0,68 a 0,99 para PD, PS e GP, respectivamente. Os resultados de ambos os métodos apontaram efeito da interação genótipo x ambiente sobre as características nos rebanhos incluídos neste estudo, especialmente sobre a classificação dos touros. / The objective of the present study was to evaluate the genotype by environment interaction effect on weaning weight, post-weaning weight and post-weaning weight gain in Nellore cattle. It were analyzed 58,032 records of weaning weight adjusted for 205 days (PD), 46,032 records of post-weaning weight adjusted for 550 days (PS) and 45,844 records of post-weaning weight gain adjusted for 345 days (GP), originated from three distinct herds. Those data were analyzed applying two different methods: in the first proceeding, the data set of the three herds separately and the data set composed by all herds in one was submitted to single-trait analysis, while a three-trait analysis considered the same trait as a distinct variables in different herds. The variance components were estimated by GIBBS2F90, under bayesian inference. The estimates given by the means of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged from 0.09 to 0.24, 0.24 to 0.44 and 0.09 to 0.31, respectively. In the same sequence, the genetic correlation among the same traits in different environments varied from 0.88 to 0.93, 0.85 to 0.98 and 0.75 to 0.97. The correlation between sire\'s EPDs in the environments ranged from 0.97 to 0.99, 0.69 a 0.95 and 0.77 to 0.98 for PD, PS and GP, respectively. In the second method, a random regression model was performed in order to describe changes in breeding values as a function of the gradient environment, arranged by contemporary groups. The analyses were performed by INTERGEN, also under bayesian inference. The estimates of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged 0.06 to 0.44, 0.19 to 0.63 and 0.20 to 0.40, respectively. The genetic correlation between level and slope of reaction norms were 0.75 for PD, 0.76 for PS and 0.34 for GP. The correlation between sire\'s breeding values in the environments ranged from - 0.38 to 0.99, 0.79 to 1.00 and 0.68 to 0.99 for PD, PS and GP, respectively. The results of both methods shown effect of genotype by environment interaction over the traits in herds included in this study, especially over the ranking of sires.

Os objetivos deste trabalho foram estimar as associações genéticas entre características de crescimento e produção de leite, utilizando análises bicaracterísticas, e entre características de crescimento, perímetro escrotal e idade ao primeiro parto utilizando modelos de regressão aleatória, de animais da raça Guzerá. Para as análises bicaracterísticas foram utilizadas 252.257 informações de pesos de machos e fêmeas aos 120 dias (P120), ao desmame (PD), ao ano (P365), ao sobreano (PSOBRE) aos 24 meses de idade (P24) e 6.493 lactações encerradas (P305), pertencentes a 4.723 vacas, e os modelos incluíram como os efeitos aleatórios o genético aditivo direto, de ambiente permanente materno e residual, e como efeitos fixos os grupos de contemporâneos e a idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrático). Para as análises com os modelos de regressão aleatória foram utilizadas 159.366 observações de pesos e 23.780 de perímetro escrotal, realizadas entre 335 e 724 dias de idade dos animais e agrupadas em classes com intervalo de 10 dias, e 63.596 observações de idade ao primeiro parto. Os efeitos aleatórios considerados foram o genético aditivo direto, de ambiente permanente e residual e como efeitos fixos os grupos de contemporâneos, a idade da vaca ao parto (efeito linear e quadrático) e a curva fixa para modelar a tendência média da população (quadrática) sobre as classes de idade. Foram testados quatro possíveis graus de polinômios de Legendre (zero, linear, quadrático e cúbico), sendo o quadrático mais adequado para descrever as variâncias das características analisadas. Para verificar a existência de diferentes padrões de crescimento e agrupar os touros com base nos seus valores genéticos para produção de carne, leite e duplo propósito, foram realizadas análises de componentes principais e de agrupamento. As herdabilidades estimadas foram 0,23; 0,14; 0,16; 0,17; 021 e 0,22 para P305, P120, PD, P365, PSOBRE e P24, respectivamente, sugerindo que para as características de pesos, as herdabilidades aumentam com o aumento da idade dos animais. Mesma tendência foi observada pelas análises de regressão aleatória, cujas herdabilidades variaram de 0,17 a 0,31. As correlações genéticas entre os pesos em diferentes idades e a produção de leite foram positivas e de magnitude moderada a baixa, variando de 0,27 a 0,38 sugerindo que a seleção para peso e P305 possa ser realizada de forma simultânea nos mesmos animais. As análises de componentes principais indicaram a mesma tendência observada pelas correlações genéticas. As análises de agrupamento mostraram que a raça Guzerá possui touros com diferentes perfis genéticos, sendo possível realizar a seleção para corte, leite ou duplo propósito. As correlações genéticas entre os pesos e perímetro escrotal foram positivas e favoráveis, variando de 0,31 a 0,47, indicando que a seleção para aumento do peso poderá resultar em animais com maior perímetro escrotal. As correlações entre peso e idade ao primeiro parto variaram de -0,56 a -0,38 e perímetro escrotal e idade ao primeiro parto variaram de -0,55 a 0,08, sugerindo que a redução da idade ao primeiro parto poderá ocorrer, a longo prazo, quando peso e perímetro escrotal forem objetivos de seleção. A eficiência relativa de seleção indicou maior resposta pela seleção indireta para idade ao primeiro parto, quando realizada a seleção para perímetro escrotal a partir dos 615 dias de idade, quando comparada com o ganho genético direto para idade ao primeiro parto. / The objectives of this study were to estimate the genetic associations between growth and milk production traits in Guzerat cattle using two-trait analysis and between growth traits, scrotal circumference and age at first calving using random regression models. For two-trait analysis, 252,257 weight records of males and females obtained at 120 days of age (W120), weaning (WW), yearling (YW), post-weaning (PWW) and 24 months of age (W24), as well as 6,493 complete lactation records (W305) of 4,723 cows, were used. The models included direct additive genetic, maternal permanent environmental and residual effects as random effects, and the contemporary groups and age of cow at calving (linear and quadratic effect) as fixed effects. For the random regression models, 159,366 observations of weight and 23,780 observations of scrotal circumference, obtained at 335 and 724 days of age of the animals and divided into classes at 10-day intervals, as well as 63,596 observations of age at first calving, were used. Random direct additive genetic, permanent environmental and residual effects and the fixed effects of contemporary group and age of cow at calving (linear and quadratic effect) were considered. A fixed curve was used to model the average trend of the population (quadratic) on the age classes. Four possible degrees of Legendre polynomials (zero, linear, quadratic and cubic) were tested and the quadratic polynomial was the most appropriate to describe the variances in the traits analyzed. Principal component and cluster analyses were performed to determine the existence of different growth patterns and to group bulls based on their breeding values for meat, milk and dual-purpose production. The estimated heritabilities were 0.23, 0.14, 0.16, 0.17, 0.21 and 0.22 for W305, W120, WW, YW, PWW and W24, respectively, suggesting that, for the growth traits, heritabilities increased with increasing age of the animals. The same trend was observed when random regression analysis was performed, with heritabilities ranging from 0.17 to 0.31. The genetic correlations between weights at different ages and milk yield were positive and of moderate to low magnitude, ranging from 0.27 to 0.38. These estimates suggest that selection for weight and W305 can be performed simultaneously in the same animals. Principal component analysis indicated the same trend as observed by the genetic correlations. Cluster analysis showed the presence of bulls with different genetic profiles in the Guzerat breed, thus permitting selection for meat, milk or dual purpose. The genetic correlations between weights and scrotal circumference were positive and favorable (0.31 to 0.47), indicating that selection for increased weight will result in animals with greater scrotal circumference. The correlations between weights and age at first calving ranged from -0.56 to -0.38 and between scrotal circumference and age at first calving from -0.55 to 0.08, suggesting that the use of weight and scrotal circumference as selection objectives will result in the long-term reduction of age at first calving. The relative efficiency of selection indicated a greater response to indirect selection for age at first calving when selecting for scrotal circumference after 615 days of age, compared to the genetic gain obtained by direct selection for age at first calving.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-10-06T12:24:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2332592 bytes, checksum: ea191ac1bd1c0ec54857a55aff6e21f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T12:24:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2332592 bytes, checksum: ea191ac1bd1c0ec54857a55aff6e21f9 (MD5) Previous issue date: 2016-05-23 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Foram utilizados 5.796 registros de perfis parasitológico (ovos por grama de fezes - OPG) e histológico (contagem de eosinófilos sanguíneos – EOSI; e volume globular - VG), para obtenção da resposta à resistência ao parasitismo Haemonchus contortus ao longo do tempo, oriundos de 138 caprinos da raça Crioula com idades variando de 173 a 307 dias, pertencentes a empresa francesa INRA (Institut National de Recherche Agronomique) na Unité de Recherches Zootechniques (URZ) localizada em Guadalupe (Antilhas Francesa), coletados no período de 2009 a 2013. A primeira análise destes dados foi contrastar diferentes modelos estatísticos (repetibilidade - REP; e regressão aleatória - MRA) para uma avaliação genética relacionada à resistência de caprinos Crioulos infectados artificialmente com 10.000 larvas L3 de Haemonchus contortus, em 2 etapas (Desafio 1 - correspondente à imunização do animal ao parasita; e Desafio 2 - correspondente à resposta da imunização adquirida pelo animal após a primeira infecção artificial) e observados durante 56 dias. Para o MRA o ajuste ocorreu por meio de funções polinomiais de Legendre para a curva fixa (kf), efeito genético aditivo (ka) e de ambiente permanente (kp) considerando as ordens dois (função linear) e três (função quadrática) para descrever as estruturas de (co)variâncias em função do tempo. Por meio do software WOMBAT, os modelos (REP e MRA) foram comparados pelos critérios de informação de Akaike (AIC) e Bayesiano de Schwarz (BIC). Estes avaliadores de qualidade destacou no Desafio 1, os seguintes MRA com as ordens: 3,2,3 para OPG; 3,3,2 para EOSI e 2,2,3 para VG como sendo os mais plausíveis para descrever geneticamente a curva de resistência de caprinos Crioulos inoculados com Haemonchus contortus. Já para o Desafio 2, os MRA com as ordens: 3,2,3; 3,2,2 e 3,3, respectivamente para as características OPG, EOSI e VG foram ressaltado para a mesma finalidade. Na segunda análise destes dados para ambos os Desafios (1 e 2) foi realizada a identificação de genes associados aos mecanismos de resistência em caprinos Crioulos ao Haemonchus contortus, por meio um Estudo de Associação Genômica Ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS) para contagem de ovos por grama de fezes (OPG). Todos os animais avaliados neste estudo foram genotipados utilizando o chip Illumina goat SNP50 BeadChip (Illumina Inc. San Diego, CA) contendo 53.347 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism ou polimorfismo de nucleotídeos de base única). E após o controle de qualidade, os genótipos de todos os indivíduos passaram a ter 46.643 SNPs, onde foram incluídos no GWAS. As associações que mostraram significativas foram identificadas através de modelos lineares mistos e ajustados separadamente para cada Desafios (1 e 2) utilizando a função GWAS do pacote rrBLUP do software R. No Desafio 1 foram encontrados sete SNPs (no cromossomo 4, 6, 11 e 17) e no Desafio 2 foram reportados cinco SNPs (nos cromossomos 3, 8, 9 e 24). A anotação dos genes candidatos foi realizada nas posições destes marcadores significativos, onde o principal cromossomo em termos de número de genes anotados foi o seis (Desafio 1) e o oito (Desafio 2) para a característica de interesse OPG. Uma vez que a infecção de Haemonchus contortus provoca danos graves no intestino em animais infectados, resultando num processo de inflamação e também a perda de sangue (ou anemia), o uso destes genes anotados é grande importância, pois os mesmos podem ser analisados sob um ponto de vista para uma resposta imunológica integrada. / A total of 5.796 records of parasitological (fecal eggs count - FEC) and histological (counting blood eosinophils - EOSI, and packed cell volume - PCV) profiles were used to study the genetic resistance to Haemonchus contortus parasitism in Creole goats belonging to French company INRA (Institut National de Recherche Agronomique) in Unité de Recherches Zootechniques (URZ) located in Guadeloupe (French West Indies). The datasets were collected in the period between 2009 to 2013. The first analysis consisted in comparing statistical models (repeatability - REP, and random regression - MRA) for genetic evaluation related to the resistance of Creole goats artificially infected with 10.000 larvae L3 of Haemonchus contortus. The infection occurred in 2 steps (Challenge 1 - corresponding to the immunization of the animal to the parasite; and Challenge 2 - corresponding to the immunization response acquired by the animal after the first artificial infection). The MRA were fitted by Legendre polynomials assumed to the fixed curve (kf), additive genetic effect (ka) and permanent environmental (kp) considering the two orders (linear function) and three (quadratic function) to describe the structures of (co) variance as a function of time. The analyses were performed by using WOMBAT software, being the models compared through Akaike Information (AIC) and Bayesian Schwarz (BIC) Criteria. For Challenge 1, the following MRA with orders: 3,2,3 for FEC; 3,3,2 for EOSI e 2,2,3 for PCV were the most plausible to describe genetic variation in goats in relation to the resistance to Haemonchus contortus. For Challenge 2, the MRA with orders: 3,2,3; 3,2,2 e 3,3, respectively for the characteristics FEC, EOSI e PCV, presented the best fitting. The second analysis was performed to identify genes associated with resistance mechanisms in the Creole goats to Haemonchus contortus through Genome-Wide Association Study (GWAS) for fecal eggs count (FEC). All animals in this study were genotyped using the chip Illumina goat SNP50 BeadChip (Illumina Inc. San Diego, CA) containing 53,347 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism). Significant associations were identified by linear mixed models fitted separately for each Challenges (1 and 2) using the function rrBLUP of R software. At Challenge 1 were found seven significant SNPs (on chromosome 4, 6, 11 and 17); and at Challenge 2 were reported five significant SNPs (on chromosomes 3, 8, 9 and 24). Candidate gene annotation study was performed in the positions of these significant markers. Chromosome 6 was the most relevant in terms of the number of annotated genes, since a total of six (Challenge 1) and eight (2 Challenge) genes were associated to FEC. These genes are related to inflammation process and loss of blood (or anemia), which are symptoms of Haemonchus contortus infection. These identified genes can be submitted to future studies aiming to elucidate the integrated immune response to this parasitism.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-25Bitstream added on 2014-06-13T19:33:22Z : No. of bitstreams: 1 boligon_aa_me_jabo.pdf: 786716 bytes, checksum: 55a12f5a16a7a8f8acd0c213b48d9308 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Foram estimados parâmetros genéticos para pesos do nascimento à idade adulta de animais da raça Nelore por meio de análises uni, bi e multicaracterísticas e modelos de regressão aleatória. Os dados utilizados são de animais nascidos de 1975 e 2002, provenientes de 8 fazendas participantes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN). Os pesos foram obtidos do nascimento aos 8 anos de idade. Nas análises uni, bi e multicaracterísticas foram utilizados pesos em idades padrão como nascimento, desmama, ano, sobreano e aos 2, 3 e 5 anos de idade. Também foram realizadas análises utilizando o peso mais próximo aos 4,5 anos de idade como indicativo de peso adulto, considerando uma única medida a partir de 2, 3 e 4 anos de idade ou como registros repetidos de pesos a partir dessas mesmas idades. Nas análises de regressão aleatória, foram utilizados pesos de fêmeas do nascimento aos 8 anos de idade, considerando como variáveis independentes polinômios de Legendre da idade na data da pesagem. A variância residual foi modelada por meio de classes variando de 1 a 5. Foram utilizados 8 modelos de coeficientes de regressão aleatória para os efeitos direto e materno de animal, e de ambiente permanente de animal e materno. O modelo multicaracterística, incluindo registros de pesos ao desmame e à seleção é o mais indicado para a avaliação genética de pesos pós-desmama. Em avaliações genéticas para a característica de peso adulto, o emprego de modelos de repetibilidade, considerando pesos a partir de 3 anos de idade, seria o mais adequado em relação à utilização de medida única... / Weight records of Nelore cattle from birth to mature age were analyzed using univariate, bivariate, multivariate and random regression models. Records of Nelore cattle born from 1975 to 2002, from 8 herds participating in the Nelore Cattle Breeding Program (NCBP) were used. The weights were obtained from birth to 8 years of age. Weights at birth, weaning, yearling, 18 months and 2, 3 and 5 years of age were analyzed using univariate, bivariate and multivariate models. Also, as indicative of the mature weight, the weight closest to 4.5 years of age, was analyzed considering only one record or repeated records obtained from 2, 3 and 4 years of age. For random regression models age of cow varied from birth to 8 years. Direct and maternal genetic and, animal and maternal permanent environmental variances were modeled by random regression on Legendre polynomials of age at recording, with order of fit from 3 to 6 and a total of 8 models. Residual variances were modeled by a step function with 1 or 5 classes. The multivariate model including weight records at weaning and at selection age is the most indicated for genetic evaluation of pos-weaning weights. For genetic evaluation of mature weight to use repeated records obtained from 3 years of age is better than only one record per animal. The random regression models were able to model changes of variances with age adequately, with parameter estimates similar to those obtained by multivariate analyses. The model with direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects ajusted by quartic, cubic, sixth and cubic polynomials, respectively, and residual variances modeled by 5 classes, was the most adequate to describe the covariance structure of the data...(Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-11-24Bitstream added on 2014-06-13T19:42:44Z : No. of bitstreams: 1 laureano_mmm_dr_jabo.pdf: 1370732 bytes, checksum: 917b233b8c336006b0fff4eae272a7b4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Parâmetros genéticos para o fluxo lácteo medido no dia do controle (FLDC) de primeiras lactações de vacas da raça Holandesa foram estimados utilizando modelos de dimensão finita (TDM) e modelos de regressão aleatória. Para os TDM foram analisadas 10 características por meio de modelos uni e bi e multi-características e de repetibilidade, que continham como aleatórios, o efeito genético aditivo e o efeito residual e, como efeitos fixos, o grupo de contemporâneos e as covariáveis idade da vaca ao parto. A variável número de dias em lactação foi incluída somente no modelo de repetibilidade. Para os MRA, foram considerados os efeitos aleatórios genético aditivo direto, de ambiente permanente e o residual. Foram considerados como efeitos fixos, o grupo de contemporâneos, os efeitos linear e quadrático da covariável idade da vaca ao parto e a curva média de lactação da população, modelada por meio de polinômios ortogonais de Legendre de quarta ordem. Os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por meio de regressão aleatória sobre polinômios ortogonais de Legendre e por meio de funções b-splines. Diferentes estruturas de variâncias residuais foram testadas, por meio de classes contendo 1, 7, 10, 20 e 43 variâncias residuais, para os MRA modelados por meio de polinômios de Legendre. Já, para os MRA modelados por funções b-splines, a estrutura residual foi considerada heterogênea, contendo 7 classes de variâncias. Os MRA foram comparados usando o teste de razão de verossimilhança, o critério de informação de Akaike e o critério de informação de Bayesiano de Schwarz. As estimativas de herdabilidade (h2) para os FLDC variaram de 0,23 a 0,32 nas análises unicaracterísticas, de 0,24 a 0,32 nas bi-características e de 0,28 a 0,37 nas multicaracterísticas. Os valores de h2 estimados variaram no decorrer da... / Flow milk genetic parameters to the first lactation test-day milk yields of Holstein cattle were estimated using Test-day models (TDM) and Random regression models (RRM). Ten TDM differents traits were analyzed using uni, bi and multi-trait and repeatability animal models, that included the additive genetic as random effect and the fixed effects of contemporary group, age of cow (linear and quadratic) as covariables. The days in milk (linear) variable was included only at repeatability model. To RRM were included the additive genetic, permanent environmental and residual as random effects, the fixed effects of contemporary group, age of cow as covariable (linear and quadratic effects) and a 4th-order Legendre orthogonal polynomials of days in milk, to model the mean trend. The additive genetic and permanent environmental effects were fitted by Legendre orthogonal polynomials and b-splines functions. Different structures of residual variances were used, through the variances classes containing 1, 7, 10, 20, and e 43 residual variances, to the models fitted by Legendre orthogonal polynomials. Moreover, for the RRM fitted by b-splines-functions, the residual estructure was considered heterogeneous, having 7 variance classes. The RRM were compared by Likelihood ratio test, Bayesian and Akaike´s information criteria. The heritability estimated ranged from 0.23 to 0.32 by uni-trait analyses, from 0.24 to 0.32 by bi-traits analyses and from 0.28 to 0.37 by multi-trait analyses. The h2 estimates varied during the lactation being the highest estimate at the fourth month. The estimate obtained by the repeatability model was 0.27, and a repeatability estimate of 0.66. For the MRA fitted by Legendre orthogonal polynomials, related to the residual variance, the best model the one that deemed 7 residual classes. For the additive and permanent environmental effects, the having 3th-order... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-09-26Bitstream added on 2014-06-13T20:03:29Z : No. of bitstreams: 1 baldirey_fs_dr_jabo.pdf: 751142 bytes, checksum: 4a3bdaf84424f12abb37e90cff761fdc (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Foram estimados parâmetros genéticos para pesos do nascimento à idade adulta de animais da raça Canchim por meio de análises uni, bi e multicaracterística, e por modelos de regressão aleatória. Os dados analisados são provenientes do rebanho da raça Canchim da Embrapa Pecuária Sudeste, localizada no município de São Carlos, São Paulo. Os pesos foram obtidos do nascimento até os nove anos e meio de idade. Nas análises uni, bi e multicaracterística foram utilizados pesos em ao nascimento, desmama, 12, 18, 24 e 30 meses de idade e, na idade adulta. Na análise unicaracterística foram utilizados quatro modelos, em que, diferentes efeitos aleatórios (efeito genético materno e de ambiente permanente materno) foram adicionados em seqüência. Nas análises de regressão aleatória, foram utilizados pesos de fêmeas do nascimento até os nove anos e meio de idade, considerando como funções base polinômios de Legendre e funções “b-splines”. A variância residual foi modelada utilizando 1, 4, 11 e 19 classes. Foram utilizados 12 modelos de regressão aleatória sobre polinômios de Legendre de segunda à sétima ordem para modelar a trajetória da variância dos efeitos genético aditivo direto e aditivo materno e de ambiente permanente direto e materno. Vinte modelos de regressão aleatória sobre funções “bsplines” foram considerados, empregando polinômios linear, quadrático e cúbico para cada segmento individual. Polinômios do mesmo grau foram considerados no modelo para todos os efeitos aleatórios. Até sete segmentos foram utilizados para os efeitos genético direto e de ambiente permanente do animal. Para os efeitos genético aditivo materno e de ambiente permanente materno foi utilizado um único segmento com dois nós nos extremos da curva Os efeitos maternos influenciam os pesos do nascimento aos dois anos de idade sendo o peso à desmama... / Genetic parameters were estimated for weights taken from birth to mature age in Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) cattle of breed by one, two and multitrait analyses and by random regression models. The data analyzed were from a herd of Canchim beef cattle belonging to Embrapa’s Southeast Cattle Research Center, located in São Carlos county, state of São Paulo. Weights were taken from birth to nine and half years of age. Weights at birth, weaning, 12, 18, 24 and 30 months of age and at mature age were analyzed using one, two and multitrait models. In onetrait analyses, four models were tested, in which different random effects (genetic and environment permanent maternal effects) were added. For random regression models age of cow varied from birth to 3.542 days of age. Legendre polynomials and b-splines functions of age at recording were used as basis functions in random regression models. Residual variances were modeled by a step function with 1, 4, 11 and 19 classes. A total of 12 random regression models using Legendre polynomials as basis functions, from second to seventh order, were used to model direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects. A total of twenty analyses, considering linear, quadratic and cubic b-splines functions and up to nine knots, were carried out. Spline functions of the same order were considered for all random effects. Maternal effects influenced weights from birth until two years of age, being weaning weight the most affected by maternal effects. Direct heritabilities obtained by twotrait and multitrait analyses were higher than estimates obtained from onetrait analyses. In order to estimate genetic parameters for weights after selection it is important to consider weights before selection and the multitrait analyses is the most adequate. The model with direct and maternal genetic effects, animal and maternal... (Complete abstract click electronic access below)