La domestication du mil (Pennisetum glaucum), dans le Sahel, a engendré une large gamme de variétés, très diversifiées pour de nombreuses caractéristiques agronomiques. En particulier, la diversité de la durée du cycle des variétés locales de mil est une composante essentielle des stratégies mises en œuvre par les agriculteurs pour faire face aux fluctuations des précipitations et assurer une certaine stabilité de la production. Au cours des dernières décennies, des évolutions dans les pratiques agricoles ont été observées, en réponse à des changements écologiques et sociaux. Une des conséquences de ces évolutions pourrait être l’existence de flux de gènes entre variétés à cycle court et variétés à cycle long du fait de l’émergence de situations de parapatrie entre ces deux types de variétés, naguère isolées. Par ailleurs, l’existence de recouvrement des périodes des floraisons de ces deux types variétaux a déjà été préalablement observée. Une telle situation amène donc à s’interroger sur la dynamique évolutive passée et actuelle de la diversité de la longueur du cycle du mil dans le Sahel. Dans la première partie de ma thèse, j’ai évalué les possibilités d’occurrence de flux de gènes entre variétés précoces et tardives de mil dans le Sud-ouest du Niger, en utilisant une approche comparative entre situations contrastées pour la distribution spatiale de ces deux types de variétés. J’ai réalisé : 1) une étude des périodes de floraison de deux variétés de mil (précoce (Haïni Kiré) : 75 à 95 jours entre le semis et la maturité et tardive (Somno) : 105 à 125 jours de durée de cycle) dans plusieurs champs paysans, et dans deux villages. 2) une analyse moléculaire à l’aide de 15 marqueurs microsatellites qui a permis l’estimation des niveaux de différenciation génétique entre populations de mils précoces et tardifs échantillonnés dans 4 villages (incluant les deux villages déjà cités) de la même région.Les résultats ont montré la possibilité effective de flux de pollen et l’existence d’introgressions génétiques entre variétés précoces et tardives. Les mécanismes qui pourraient permettre un maintien sur le long terme d’une différenciation phénologique entre les deux types variétaux malgré l’existence de ces flux de gènes, sont discutés.Dans la deuxième partie, j’ai utilisé une approche « gène candidat » combinée à une démarche de génétique des populations, pour tenter d’identifier des gènes qui auraient pu contribuer à la diversité de la durée de cycle chez le mil. Je me suis focalisé sur trois gènes du contrôle de la transition florale PgHd3a, PgDwarf8 et PgPHYC. Leur implication dans la diversité de la durée de cycle chez plusieurs espèces a déjà été montrée. J’ai estimé les niveaux de différenciation génétique entre les mils domestiques et sauvages, précoces et tardifs pour ces trois gènes J'ai aussi cherché à mettre en évidence, au sein de ces gènes, les empreintes éventuelles d’évènements sélectifs passés. Afin de prendre en compte l’histoire démographique des mils dans les tests de neutralité sélective, j’ai utilisé les données de polymorphisme nucléotidiques de 8 séquences témoins dans le cadre d’une approche Bayésienne.Les résultats obtenus suggèrent fortement que PgHd3a et PgDwarf8 ont été ciblés par la sélection durant la domestication. Cependant, les données ne soutiennent pas l’hypothèse d’un rôle potentiel des trois gènes candidats dans la différenciation de la durée de cycle entre les variétés locales précoces et tardives. L’approc / Domestication of pearl millet (Pennisetum glaucum) in the Sahel of Africa has produced a wide range of diversity in cycle duration of landraces. This diversity allows Sahelian farmers to outface the precipitation fluctuation and to ensure regularity in grain production. Due to ecological and social recent changes, modifications of farmer’s practices could be a factor promoting gene flow between the early and late flowering varieties by increasing the opportunity of neighboring and flowering overlap between them. Such a situation raises questions about the past and current evolutionary dynamics of phenological diversity in this crop.In the first part of my thesis I tried to evaluate the possibility of gene flow between pearl millet varieties in South-West Niger, through a comparative approach among contrasting situations pertaining to the spatial distribution of early and late landraces. Therefore I conducted: 1) a field study where we observed flowering periods, for two types of varieties (early type (Haïni Kiré): 75 to 95 days and late type (Somno): 105 to 125 days of cycle length) in several pearl millet fields, and in two villages 2) a molecular study that allows the assessment of the level of genetic differentiation between late and early flowering populations sampled from four villages (including the two where the field study was conducted) of the same region (Dallol Bosso), using microsatellite markers. I was able to demonstrate the occurrence of pollen flow between the two types of landraces and I also showed evidence of genetic introgression between early and semi-late landraces. Potential mechanisms that would allow for the maintenance of the phenological differentiation between these two varieties and despite the gene flow are discussed.In the second part of this work I used a candidate gene and a population genetics approach, to try to identify genes that may have contributed to the cycle length diversity in pearl millet. I focused on three flowering candidate genes, PgHd3a, PgDwarf8 and PgPHYC which have been shown to be involved in the cycle length genetic diversity in several species, in order to estimate the differentiation between wild and domestic pearl millets and between early and late landraces, on the basis of theses candidate genes. I also tried to track for the fingerprint of eventual past selective events within these candidate genes. To be able to distinguish the effects of selection from the effect of demographic events that occurred during the domestication process, I used 8 neutral STS loci and an Approximate Bayesian Computation approach.My results strongly suggest that PgHd3a and PgDwarf8 were likely targeted by selection during domestication. However, a potential role of any of the three candidate genes in the phenological differentiation between early and late landraces was not supported by our data. The Bayesian approach confirmed the idea, suggested by many authors, that the gene flow from the wild to the domestic genetic pool has contributed significantly to the genetic diversity of the domestic pearl millet.

Les savoirs traditionnels médicinaux c’est-à-dire l’aspect de la médecine traditionnelle portant sur des connaissances relatives au médicament traditionnel à base de plantes, qui part de la collecte des végétaux jusqu’au produit final, constituent un élément important dans la réalisation de la couverture des besoins de santé publique. En Afrique, les savoirs traditionnels médicinaux contribuent selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS) à hauteur de 80% des besoins de santé des populations. Les savoirs traditionnels médicinaux représentent une source d’informations notamment dans la perspective d’une éradication des maladies endémiques du continent africain. L’OMS, et l’Union africaine (UA) voient dans les savoirs traditionnels médicinaux une piste de recherche en vue du développement de nouveaux médicaments à des prix abordables. Leur importance est aussi constatée au niveau de l’industrie du médicament où ils représentent 30% de la recherche dans l’industrie pharmaceutique et l’essentiel des informations dans le secteur des phytomédicaments. Cette appétence pour les savoirs traditionnels médicinaux ainsi que la médiatisation des actes de biopiraterie, ont contribué à renforcer leur valeur (sur les plans scientifique, économique, social et politique) et à justifier la nécessité de les protéger. Cependant, contrairement à la tendance actuelle des pays africains, l’Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI), à travers son Accord de Bangui révisé, ne dispose pas de mécanismes de propriété intellectuelle permettant une protection satisfaisante des droits des détenteurs de savoirs traditionnels médicinaux (tradipraticiens, familles, communautés autochtones et locales). Face à ce qui s’apparente à un vide juridique, il convient de s’interroger sur le régime juridique à mettre en place. Autrement dit, quel système sui generis de protection des savoirs traditionnels médicinaux faut-il envisager pour les pays membres de l’OAPI? C’est à cette interrogation que la présente étude se propose d’apporter des éléments de réponses. L’objectif visé sera de démontrer, dans le cadre d’une démarche prospective prenant appui notamment sur les droits de l’homme, le droit international de la propriété intellectuelle, le droit civil, le droit de la biodiversité, et les lois nationales, en particulier, celles de la République du Congo (Brazzaville), qu’il est possible d’établir au sein de l’OAPI un régime juridique cohérent et adapté à même de répondre aux besoins et attentes des différents acteurs intervenant dans l’exploitation de ces créations intellectuelles. / Traditional medical knowledge, which is the aspect of traditional medicine relating to the knowledge of plant-based therapy and which goes from collecting plants to issuing a finished product, is a key component for providing health care coverage for all. According to the World Health Organization (WHO), traditional medical knowledge contributes about 80% of primary health care in Africa. Traditional medical knowledge is perceived as a valuable source of information useful to eradicate African endemic diseases. The WHO and the African Union (AU) consider that traditional medical knowledge is a serious way for researchers to develop new and affordable drugs. Traditional medicinal knowledge is also important for the drug industry where it represents 30% of the researches made in the pharmaceutical sector and constitutes the main source of information in the herbal medicine sector. The drug industry’s increasing interest for traditional medical and the huge media coverage for biopiracy cases strengthened the (scientific, economic, social and politic) value of traditional medicinal knowledge and contribute to justify their protection. However contrary to the current trend in many African countries, it appears that the African Intellectual Property Organization (OAPI) and the Bangui Agreement, does not provide any suitable legal protective mechanism for the intellectual property rights of the holders of traditional medical knowledge (traditional healers, families, indigenous and local communities).In view of the limits and weaknesses of the intellectual property mechanisms to provide an effective protection to traditional medicinal knowledge’s holders, it is quite legitimate to question the legal mechanism or system to implement. In other words, what type of sui generis protection OAPI members can enact to protect traditional medicinal knowledge? This is the question that the present study intends to answer. The aim is to demonstrate from a prospective approach with regards to human rights, international intellectual property law, civil law, biodiversity law, and national laws, in particular the ones of the Republic of Congo (Brazzaville), that it is possible to build a coherent and adapted legal regime.