Le droit de la propriété intellectuelle présente, depuis quelques années, un intérêt particulier à l'évolution de la recherche sur les plantes. Ceci s'est traduit, au plan international, par l'adoption de plusieurs instruments visant à assurer une meilleure protection des investissements consentis dans ce domaine. Il s'agit notamment de la Convention de l'UPOV, qui s'inscrit dans une logique de protection par la voie sui generis avec la possibilité de délivrance de certificat d'obtention végétale aux sélectionneurs; de l'Accord ADPIC, qui, en plus de recommander un système sui generis efficace, ouvre l'option de protection par brevet ou en définitive par le cumul des deux systèmes; de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB) et du Traité de la FAO portant sur les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture, qui, favorables aux deux précédentes formes de protection, demandent que soient prises en compte des considérations relatives aux droits souverains des pays sur leurs ressources végétales, au partage des bénéfices, etc. Au plan régional, on distingue, entre autres, l'initiative de l'Afrique, visant à assurer la protection des plantes suivant une logique partagée entre l'alignement sur les normes internationales existantes (Accord de Bangui) ou l'institution d'une autre législation originale qui reflète les réalités et préoccupations du continent (Loi modèle). Il apparaît donc qu'il existe plusieurs instruments pour cerner la même réalité. Ceci est forcément la source de quelques difficultés qui sont d'ordre conceptuel, socioéconomique, environnemental et juridique. Pour les pallier, il est important que certaines conditions soient satisfaites afin d'harmoniser les points de vue entre les différents acteurs concernés par la question et d'assurer une appropriation conséquente des instruments adoptés. / The intellectual property rights have showed increasing attention to the evolution of plant research in recent years. This has been reflected, at the international level through the adoption of several measures to ensure a fairly comprehensive protection of rights arising. These measures include the Convention of the Union for the protection of Plant breeder' Rights, which is part of a logic of protection through sui generis with the possibility of issue plant breeders' rights to breeders; the Agreement on Intellectual Property Rights Related to Trade, which, in addition to recommending an effective sui generis system gives the option of protection by patent or by the combination of the two systems of law to protect plant varieties; the Convention on Biological Diversity (CBD) and the Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture, which supported both previous forms of protection, ask to be taken into account considerations on sovereign rights of nations over their plant resources, benefit sharing, and so on. At the regional level, there are the initiative of the Africa which aimed to ensure the protection of plants following a certain vision shared between alignment on existing international standards or the institution of another original legislation which reflects the realities and concerns of the continent. It then appears that there are several tools to handle the same reality, which can be a source of difficulty. These are difficulties are conceptual, socio-economic, environmental and legal. T0 overcome these difficulties, it is important that certain conditions are met to harmonise points of view between different actors involved in the issue and ensure a consistent ownership of the instruments adopted.

L'utilisation de variétés présentant des résistances quantitatives polygéniques est une pratique respectueuse de l'environnement et potentiellement durable pour lutter contre les bioagresseurs. Les résistances quantitatives sont cependant mal connues et encore peu exploitées. Via l'étude de l'interaction Capsicum spp. / Phytophthora capsici, les objectifs sont de (i) caractériser la diversité naturelle de l'hôte pour le phénotype quantitatif de résistance, (ii) décrire la diversité au QTL Pc5.1, déterminant majeur de la résistance, conservé chez les géniteurs et efficace à large spectre, et (iii) déterminer le profil d'évolution moléculaire aux gènes candidats de Pc5.1. L'évaluation du niveau de résistance de ressources génétiques de Capsicum spp. et du spectre de résistance d'un panel d'accessions a permis d'identifier de nouveaux géniteurs de forte résistance au spectre large et a fourni un set d'isolats différenciant les accessions selon leur spectre. Le polymorphisme à Pc5.1 a été révélé par séquençage haut débit. Globalement, Pc5.1 présente un polymorphisme nucléotidique plus élevé que le reste du génome. Les accessions résistantes sont très peu divergentes au QTL, signe d'une forte conservation intra- et inter-génique, alors que les accessions sensibles sont plus polymorphes. Aux gènes candidats, deux haplotypes majeurs ont été identifiés, l'un présent quasi exclusivement chez des accessions résistantes et l'autre chez des accessions sensibles, ce qui confirme la forte conservation du locus et la divergence entre résistants et sensibles. Le déséquilibre de liaison mesuré aux gènes candidats étant fort, surtout chez les C. annuum, 65% des polymorphismes sont significativement associés à la résistance. Cette étude a mis en évidence le caractère contraint de l'allèle de résistance à Pc5.1 et interroge sur l'origine et l'histoire évolutive du QTL, en relation avec sonefficacité à large spectre. Il semble qu'une localisation proche du centromère limite les recombinaisons au locus et que la divergence entre les sensibles et les résistants soit un événement ancien. La détermination de la nature moléculaire et de l'histoire évolutive de Pc5.1 sera poursuivie en approfondissant les analyses de divergence des séquences et en se focalisant sur la validation fonctionnelle des gènes candidats déjà en cours. / An environmentally friendly and potentially durable strategy to control diseases is the breeding for varieties displaying quantitative polygenic resistances. However a few is known about quantitative resistances, which are thus underexploited. Through the investigation of the Capsicum spp. / Phytophthora capsici interaction, this study aimed to (i) phenotype natural host diversity for the quantitative resistance, (ii) describe the nucleotide diversity at the QTL Pc5.1, a major determinant of resistance that is retrieved among genitors and is broad-spectrum, and (iii) explore the pattern of molecular evolution at Pc5.1 candidate genes. Through the phenotyping for level of resistance in Capsicum spp. genetic resources and spectrum of resistance in a sample of accessions, novel genitors displaying strong and broadspectrum resistance have been identified, and a set of isolates that differentiate accessions according to their resistance spectrum has been established. High-throughput sequencing has been exploited to identify polymorphisms at Pc5.1. Nucleotide diversity at Pc5.1 is higher than over the genome. Resistant accessions displayed low divergence thatindicates high intra- and inter-genic conservation, while susceptible accessions are more polymorphic than resistant ones. At the candidate genes, two major haplotypes have been identified, one being almost exclusively exhibited by resistant accessions and the other by susceptible ones, which reinforces the assessments that the QTL is highly conserved and that resistant and susceptible accessions are divergent. Linkage disequilibrium at candidate genes being high, particularly for C. annuum, 65% of polymorphisms are in significant association with resistance. By highlightingthe constraint pattern of selection at Pc5.1, this study wonders about the origin and the evolution history of the QTL, in relation to its broad-spectrum efficiency. A close proximity with the centromere region seems to restrict recombinations at the QTL, and divergence between resistant and susceptible may be an ancient event. The investigation of the molecular function and the pattern of evolution of Pc5.1 will be continued through in depth study of the acquired sequences and functional validation of candidate genes already ongoing.

Le problème de l’accès aux ressources génétiques des plantes pour la sélection variétale est au cœur de la Révolution Verte. A partir des années 1960, les sélectionneurs font de la disparition des variétés locales sous l’effet de la diffusion de nouvelles variétés génétiquement homogènes un problème public à l’échelle mondiale. Dans une perspective qui croise la recherche d’archives et l’enquête de terrain, cette thèse revient sur la formation de ce problème, sur sa trajectoire historique et ses enjeux actuels. Il s’agit d’analyser l’hétérogénéité des savoirs scientifiques et des approches qui sont développés sur le thème de la conservation des ressources génétiques dans les arènes internationales. L’étude des débats et des initiatives menés dans le cadre de la FAO permet de comprendre quels sont les savoirs légitimés, lesquels sont marginalisés et comment la nature et les contours du problème ont été négociés. La place que les ressources génétiques occupent au cours d’épisodes clés de la Révolution Verte est également au cœur de ce travail. Cette thèse analyse spécifiquement l’importance accordée aux variétés locales de maïs dans le programme agricole que la Fondation Rockefeller met en place au Mexique à partir de 1943. Alors que le maïs hybride est généralement présenté comme un vecteur de la modernisation agricole, cette thèse montre que les experts sont confrontés à l’échec du paradigme d’amélioration variétale qu’ils étaient censés exporter. Face à une innovation uniquement applicable à une échelle très limitée, les semences paysannes du maïs restent l’option variétale la plus utilisée au Mexique. Ce travail montre que ce sont bien les choix pragmatiques des agriculteurs qui constituent le fondement de la conservation, de facto, des ressources génétiques du maïs dans ce pays. / The issue of access to plant genetic resources for plant breeding is at the heart of the Green Revolution. Beginning in the 1960s, the disappearance of local varieties with the spread of new genetically homogeneous varieties evolved into a public problem on a global scale. Combining archival research and field investigations, this thesis explores the emergence of this problem, its historical trajectory, and its current forms. I analyze the heterogeneity of scientific knowledge and approaches to the conservation of genetic resources developed in international arenas. An exploration of debates and initiatives within the framework of the FAO sheds light on the issues of which knowledges are legitimated and which marginalized, and on how the nature and outlines of the problem have been negotiated. An examination of the role of genetic resources in key episodes in the Green Revolution is also central to the study. The thesis specifically analyzes the importance attributed to local maize varieties in the agricultural program that the Rockefeller Foundation implemented in Mexico beginning in 1943. While hybrid maize is generally presented as a vector of agricultural modernization, this thesis shows how experts were faced with the failure of the varietal improvement paradigm that they were supposed to export. As hybrid maize is an innovation that is only applicable on a very limited scale, farmers’ maize seeds still are the most widely used varietal option in Mexico. The study shows that it is indeed the pragmatic choices of farmers that form the basis for the de facto conservation of the country’s maize genetic resources.

Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet CRB-Anim (Centre de Ressources Biologiques d’Animaux Domestiques) dont le but est de constituer une cryobanque nationale et d’améliorer les techniques de cryoconservation. Aujourd’hui, les ressources biologiques de type reproductif (embryons, sperme, ovocytes) et de type somatique (fibroblastes et cellules souches pluripotentes) sont conservées dans des milieux contenant des produits d’origine animale (POA). L’utilisation actuelle des POA (sérums, lait, jaune d’œuf) pose des problématiques sanitaires (risque de contamination) et scientifiques (manque de reproductibilité liée à la variabilité de composition des POA). Cette étude a pour objectif d’évaluer l’effet d’un milieu de préservation synthétique, chimiquement défini, breveté pour la congélation de cellules de sang de cordon (STEMALPHA.CRYO3) sur la cryoconservation de sperme ovin et bovin, et de cellules souches pluripotentes de lapin. Pour cela, une approche biologique (étude in vitro et in vivo sur le terrain), alliée à une approche physique (étude des cinétiques de refroidissement et caractérisation des propriétés thermodynamiques des milieux de congélation) ont été mis en place.Nos résultats montrent l’intérêt de l’utilisation du STEMALPHA.CRYO3, en tant que substituant aux sérums, dans les solutions de cryoconservation des cellules souches pluripotentes. Néanmoins, notre étude indique que ce produit n’est pas efficace pour protéger le sperme lors de la congélation. Cette thèse confirme l’intérêt de standardiser les procédures de cryoconservation afin d’assurer la qualité des ressources biologiques pour les cryobanques et les échanges internationaux / Nowadays, reproductive (embryos, sperm, oocytes) and somatic (fibroblasts and pluripotent stem cells) resources are cryopreserved in media containing animal-derived products (serum, egg yolk, milk). Using these products raises sanitary (risk of contamination) as well as scientific concerns (reproducibility limits due to the variability of their composition). This study aims to replace animal derived-product in assessing the effect of a synthetic and chemically defined medium, STEMALPHA.CRY03® (Stem Alpha, France), on the cryopreservation of ovine and bovine sperm, and on rabbit pluripotent stem cells. First, a physical approach permitted to study the cooling rates and the characterization of thermodynamic properties of the freezing media. The differential scanning calorimetry allowed us to define their phase transition temperatures (crystallization temperature, melting temperature and enthalpy variation of crystallization, proportional to the amount of crystallized ice). Second, a biological approach was used for the cryopreservation of bovine and ovine sperm, as well as rabbit pluripotent stem cells. Flow cytometry and computer- assisted sperm analyses showed that STEMALPHA.CRY03® impaired bovine sperm, compared to a medium containing animal derived-product. These last results were confirmed in ovine species. Nevertheless, artificial insemination by laparoscopy (n = 270 ewes) counteracts this impairment and allowed an average pregnancy rate of 70 %. Moreover, without any additive in the freezing medium, a similar pregnancy rate was obtained. The study of pluripotent gene expression profile, and analyses of viability and growth rates for the cryopreservation of rabbit pluripotent stem cells confirmed that synthetic media, STEMALPHA.CRY03® (with 4, 5 or 10 % of cryoprotectant) and CryoStor® CS10 (containing 10 % of cryoprotectant) were more efficient than serum-based media. We demonstrate that it is possible to cryopreserve sperm cells and pluripotent stem cells in synthetic and chemically defined media. 0ur results confirmed the interest of a standardized approach for cryopreservation procedures of genetic resources in mammals. This work meets the needs of cryobanking activities (quality policy) and of the regulation development within the framework of international trade

Les milieux de cryopréservation d'embryons contiennent généralement des produits d'origine animale, qui présentent des inconvénients majeurs : une composition variable et insuffisamment définie, et un risque de transmission d'agents pathogènes. La substitution de ces produits par des composés synthétiques chimiquement définis pourrait contribuer à l’amélioration des procédures de cryopréservation d’embryons, en réduisant la variabilité de composition des milieux, et le risque de contamination des ressources conservées.L’objectif de ce travail était d’évaluer l’effet du remplacement de l’albumine sérique bovine utilisée dans les milieux de congélation lente ou de vitrification d’embryons cunicoles et ovins par un milieu synthétique formulé à base d’acide hyaluronique (STEM ALPHA.Cryo3 – « CRYO3 »). Dans un premier temps, les propriétés thermodynamiques des substituts potentiels ont été évaluées à l’aide de la calorimétrie différentielle à balayage. Parallèlement, nous avons optimisé les différents outils expérimentaux dont nous avions besoin pour cette étude. Nous avons adapté un protocole d’évaluation de l'activité mitochondriale (JC-1) pour complémenter l'évaluation morphologique in vitro des embryons de lapin, et nous avons évalué l’efficacité de différents protocoles de superovulation sur la production d’embryons chez la brebis. Dans un second temps, nous avons procédé à la substitution de l’albumine sérique bovine (BSA) utilisée dans des milieux de congélation lente et de vitrification d’embryons cunicoles et ovins par du CRYO3. Une approche in vitro a été utilisée pour les protocoles de congélation et de vitrification, puis complétée par une approche in vivo pour les protocoles de vitrification.Nos résultats confirment que la BSA peut être efficacement remplacée par le CRYO3 dans des protocoles de cryoconservation d‘embryons de lapin et d’embryons ovins, qu’il s’agisse de congélation lente ou de vitrification / Embryo cryopreservation media usually contain animal-derived products, such as bovine serum albumin (BSA). These products present two major disadvantages: an undefined variable composition and a risk of pathogen transmission. The substitution of animal products of embryo cryopreservation media by synthetical products may improve procedure standardization (by avoiding variability in media composition) and avoid sanitary concerns inherent to animal-derived products.We aimed to evaluate the effect of replacing BSA in rabbit and ovine embryo slow freezing and vitrification media with a synthetic animal products free medium composed of synthetic hyaluronic acid: STEM ALPHA.Cryo3 (« CRYO3 »).During the first part, we evaluated the substitution candidates through a thermodynamic approach, using differential scanning calorimetry. In paralel, we adapted a mitochondrial activity evaluation protocol (JC-1) to rabbit embryo, which allowed us to complement morphological in vitro evaluation, and evaluated ewe superovulation protocols.During the second part, we used a biological approach to evaluate the replacement of BSA with synthetical products (containing CRYO3) in rabbit and ovine embryo slow freezing and vitrification media, using in vitro (slow freezing and vitrification) and in vivo (vitrification) evaluation methods.Our results seem to demonstrate that the chemically defined substitute CRYO3 can successfully replace BSA during rabbit embryo and ovine embryo cryopreservation (slow-freezing and vitrification)

Le droit de la propriété intellectuelle présente, depuis quelques années, un intérêt particulier à l'évolution de la recherche sur les plantes. Ceci s'est traduit, au plan international, par l'adoption de plusieurs instruments visant à assurer une meilleure protection des investissements consentis dans ce domaine. Il s'agit notamment de la Convention de l'UPOV, qui s'inscrit dans une logique de protection par la voie sui generis avec la possibilité de délivrance de certificat d'obtention végétale aux sélectionneurs; de l'Accord ADPIC, qui, en plus de recommander un système sui generis efficace, ouvre l'option de protection par brevet ou en définitive par le cumul des deux systèmes; de la Convention sur la Diversité Biologique (CDB) et du Traité de la FAO portant sur les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture, qui, favorables aux deux précédentes formes de protection, demandent que soient prises en compte des considérations relatives aux droits souverains des pays sur leurs ressources végétales, au partage des bénéfices, etc. Au plan régional, on distingue, entre autres, l'initiative de l'Afrique, visant à assurer la protection des plantes suivant une logique partagée entre l'alignement sur les normes internationales existantes (Accord de Bangui) ou l'institution d'une autre législation originale qui reflète les réalités et préoccupations du continent (Loi modèle). Il apparaît donc qu'il existe plusieurs instruments pour cerner la même réalité. Ceci est forcément la source de quelques difficultés qui sont d'ordre conceptuel, socioéconomique, environnemental et juridique. Pour les pallier, il est important que certaines conditions soient satisfaites afin d'harmoniser les points de vue entre les différents acteurs concernés par la question et d'assurer une appropriation conséquente des instruments adoptés. / The intellectual property rights have showed increasing attention to the evolution of plant research in recent years. This has been reflected, at the international level through the adoption of several measures to ensure a fairly comprehensive protection of rights arising. These measures include the Convention of the Union for the protection of Plant breeder' Rights, which is part of a logic of protection through sui generis with the possibility of issue plant breeders' rights to breeders; the Agreement on Intellectual Property Rights Related to Trade, which, in addition to recommending an effective sui generis system gives the option of protection by patent or by the combination of the two systems of law to protect plant varieties; the Convention on Biological Diversity (CBD) and the Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture, which supported both previous forms of protection, ask to be taken into account considerations on sovereign rights of nations over their plant resources, benefit sharing, and so on. At the regional level, there are the initiative of the Africa which aimed to ensure the protection of plants following a certain vision shared between alignment on existing international standards or the institution of another original legislation which reflects the realities and concerns of the continent. It then appears that there are several tools to handle the same reality, which can be a source of difficulty. These are difficulties are conceptual, socio-economic, environmental and legal. T0 overcome these difficulties, it is important that certain conditions are met to harmonise points of view between different actors involved in the issue and ensure a consistent ownership of the instruments adopted.

L'objectif global était d'évaluer la diversité génétique d'une collection de variétés de pommes de terre indigènes originaires de l'île de Chiloé, pour caractériser la résistance de ces variétés au mildiou (Phytophthora infestans) et pour en savoir davantage sur l'état de conservation in-situ. Les sujets suivants a été élaboré: a) la conservation in situ de Solanum indigènes à l'île la grande de Chiloé et son impact sur la diversité, b) l'évaluation de la diversité morphologique des pommes de terre indigènes que nous avons recueillis c) l'évaluation de la diversité génétique par marqueurs microsatellites et AFLP, d) la caractérisation du terrain et des résistances in-vitro au mildiou. Sur la base des résultats des enquêtes, nous pouvons conclure que le maintien in situ de la diversité de pommes de terre indigènes n' est pas bien conservé, en raison des forts changes sociaux et économiques sur l'île de Chiloé. Il y a un processus clair de remplacer les variétés indigènes pour les cultivars commerciaux en réponse aux conditions du marché. Les variétés natives sont présents dans 80,5% des fermes de Chiloé, mais la diversité a été considérablement réduite. Les résultats de la diversité morphologique ont montré la formation de groupes sous le nom populaire et des attributs locaux affectés par les agriculteurs eux-mêmes. L'évaluation moléculaire de la collection (SSRs et AFLP) révèle un haut degré de diversité génétique. Les deux marqueurs ont été uniformes dans la classification Solanum fernandezianum comme le génotype plus éloigné. La SSR a permis l'estimation de la teneur des informations polymorphes pour sept loci dont les valeurs se situaient entre 0,63 à 0,89. Les deux types de marqueurs, n'a pas fourni les mêmes groupes parmi les accessions. L'étude SSR basé a montré une faible différenciation entre les pommes de terre indigènes et l'amélioration des variétés cultivées. L'analyse de la diversité sur la base des AFLP n'était pas incompatible avec ce résultat parce que, malgré contenant un seul cultivar (Désirée), le cultivar a été regroupée avec les variétés indigènes. En ce qui concerne la résistance au mildiou, la plupart des accessions sont dans les rangs modérément résistante à modérément sensible.

La résilience des agricultures subsahariennes face aux perturbations environnementales et socio-économiques repose en partie sur le maintien des diversités spécifique, variétale et génétique présentes au sein des agrosystèmes, mais aussi sur la préservation du droit pour les cultivateurs de reproduire et d'échanger librement les semences et les savoirs relatifs aux variétés. Pourtant, peu de données sont réellement disponibles sur la circulation effective des semences et les mécanismes modulant les flux de gènes et les introgressions génétiques entre variétés cultivées dans les agrosystèmes sahéliens. Chez le mil en particulier, il n’existe que des données très parcellaires sur les relations entre la diversité de la plante d’une part et la diversité socio-culturelle des agriculteurs d'autre part. Dans la première partie je me suis intéressé aux interactions entre l’organisation en groupes socio-culturels des agriculteurs et la structure génétique des populations de mil dans le bassin du lac Tchad. Les analyses de la diversité génétique suggèrent l’existence d’une barrière sociale à la diffusion des gènes sur l’ensemble de cette région. Néanmoins ces barrières ne sont pas suffisantes pour empêcher les introgressions génétiques entre populations cultivées par des agriculteurs appartenant à des groupes ethnolinguistiques différents. Dans le deuxième chapitre, je me suis intéressé au rôle des processus d’adaptation locale sur la circulation des gènes. Les résultats m’ont conduit à proposer l’hypothèse selon laquelle les flux de gènes entre types nommés précoces et tardifs sont plus importants dans les régions du nord où la pluviométrie est faible. Enfin dans le troisième chapitre j’ai quantifié la diversité biochimique des grains de mil de plusieurs variétés de mil, dont les usages culinaires varient selon les groupes ethnolinguistiques ou dont les qualités gustatives sont appréciées différemment. J’ai utilisé pour cela une approche combinée de protéomique et de métabolique. Parmi les 1072 spots protéiques quantifiés seulement 7 permettent de distinguer les types nommés photopériodiques des types nommés non ou peu photopériodiques. Les données de métabolomique suggèrent la présence de champignons, qui pourraient être des endophytes, dans certains des échantillons analysés. / The resilience of sub-Saharan farming systems to environmental and socioeconomic disturbances is partly based on the maintenance of agro-biodiversity, but also on preserving the right for farmers to reproduce and freely exchange seeds and related knowledge. However, few data are actually available on effective seed flow and on mechanisms modulating gene flow and genetic introgression between landraces grown in Sahelian farming systems. For pearl millet especially, there are only very few data on the relationship between diversity of this crop on the one hand and the socio-cultural diversity of farmers on the other hand. In the first part of my thesis, I was interested in assessing a potential relationship between ethnolinguistic diversity and population genetic structure of pearl millet in the Lake Chad Basin. Analysis of molecular polymorphisms suggests the existence of social barrier to seed flow among ethnolinguistic groups. However, these barriers are not sufficient to prevent genetic introgression between pearl millet populations cultivated by farmers belonging to different ethno-linguistic groups. In the second chapter, I focused on the role of local adaptation on gene flow. The results led me to propose the hypothesis that gene flow between early and late landraces are higher in the northern regions where rainfall is weak. Finally in the third part, I have quantified the biochemical compound of pearl millet seeds belonging to different varieties that show different uses or culinary preferences among farmers belonging to different ethnolingiuistic groups. I used a combined approach of proteomics and metabolics. Among the 1072 protein spots quantified only 7 distinguish the very photoperiodic non photoperiodic landrace. Metabolomics data suggest the presence of fungi, possibly endophytes, in some of the samples analyzed.

Titre de l'écran-titre (visionné le 14 août 2023) / La maladie d'Alzheimer (MA) est la cause la plus commune de démence chez les personnes de 65 ans et plus. Qu'est-ce qui déclenche réellement cette maladie ? La réponse est probablement une interaction dynamique de diverses voies, y compris l'amyloïde-bêta, les protéines tau hyperphosphorylées et les cytokines inflammatoires, modulées par des facteurs de risque tels que la génétique et le sexe. Cependant, tester une telle hypothèse multifactorielle chez l'humain est logistiquement presque impossible. Les modèles mathématiques pourraient résoudre ce problème en offrant un moyen de démêler les relations causales. Dans le cadre de ce mémoire, nous avons construit un modèle mathématique décrivant l'évolution d'un cerveau normal vers un état pathologique. Il est composé de dix-neuf équations différentielles ordinaires utilisant des paramètres issus de la littérature. Nos variables incluent l'amyloïde-bêta, les protéines tau, les neurones, les astrocytes activés, les microglies et macrophages, et certaines cytokines. Nous obtenons des résultats pour ces variables pour le vieillissement entre 30 et 80 ans d'âge. En raison de son importance dans la MA, nous avons séparé l'accumulation d'amyloïde-bêta en plusieurs composantes, soit les monomères intracellulaires et extracellulaires, les oligomères et les plaques. L'effet du sexe et la présence de l'allèle APOE4 ont été pris en compte via des paramètres sélectionnés. Le modèle est également sensible à l'insuline, étant donné que le diabète est un facteur de risque bien connu de la MA. Notre modèle relie avec succès la plupart des variables par rapport à l'âge. Nous présentons aussi deux variations du modèle, soit sans la variation de la concentration d'insuline, ou avec une diminution du taux d'activation des microglies. Les résultats obtenus sont cohérents avec les observations expérimentales. Malgré cela, notre modèle est encore sujet à plusieurs améliorations et une validation avec des données expérimentales est à faire. / Alzheimer's disease (AD) is the most common cause of dementia in people aged 65 and over. What actually triggers this disease? The solution is likely a dynamic interplay of various pathways, including amyloid-beta, hyperphosphorylated tau proteins, and inflammatory cytokines, modulated by risk factors such as genetics and gender. However, testing such a multifactorial hypothesis is logistically almost impossible to achieve in humans in practice. Mathematical models could solve this problem by offering a way to untangle causal relationships. As part of this thesis, we have built a mathematical model presenting the evolution of a normal brain towards a pathological state. It is composed of nineteen ordinary differential equations using parameters taken from the literature. Our variables include amyloid-beta, tau proteins, neurons, activated astrocytes, microglia and macrophages, and some cytokines. We obtain results for these variables for aging between 30 and 80 years of age. Because of its importance in AD, we have separated amyloid-beta accumulation into several components, namely intracellular and extracellular monomers, oligomers and plaques. The effect of sex and the presence of the APOE4 allele were taken into account via selected parameters. The model is also insulin sensitive, as diabetes is a well-known risk factor for AD. Our model successfully links most of the variables with age. We also present two variations of the model, either without the variation in insulin concentration, or with a decrease in the rate of activation of microglia. The results obtained are consistent with the experimental observations. Despite this, our model is still subject to several improvements and a validation with experimental data is to be done.

Thèse en cotutelle : Université Laval, Québec, Canada et Université Aix Marseille / La sécurité semencière est définie par l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (2016) comme « la situation dans laquelle les hommes et les femmes, au sein d'un ménage, ont, à tout moment, aussi bien en cas de bonne que de mauvaise saison, un accès suffisant à des quantités appropriées de semences et des matériels de plantation de qualité des cultures de variétés préférées ». La présente thèse se fonde sur cette définition pour proposer une présentation des normes juridiques qui affectent la sécurité semencière des agriculteur·rice·s du Sahel. Elle s'appuie sur des études de cas conduites en territoire gourounsi et en territoire sérère, respectivement au Burkina Faso et au Sénégal. L'organisation institutionnelle, les coutumes, règles et décisions qui régulent la sécurité semencière de ces villages sont étudiées, puis mises en perspective avec les lois, règlements, décrets d'application et autres normes qui régulent le secteur semencier à l'échelle des pays, par l'homologation, la certification, le contrôle phytosanitaire et les itinéraires techniques de production de semences. La lecture se poursuit de l'échelle locale à l'échelle internationale pour souligner la valeur de deux outils juridiques qui permettent ou permettront demain de faciliter la coexistence des systèmes de gestion de la diversité cultivée et une sécurité semencière mondiale durable fondée sur la collaboration de l'ensemble des parties prenantes et la co-construction des normes juridiques : les protocoles communautaires et l'évaluation des projets de recherche agricole par des comités d'éthique. Le terme "semence" est employé dans la thèse pour inclure à la fois les semences et les autres matériels de plantation végétale, il exclut les organismes génétiquement modifiés. / The United Nations Food and Agriculture Organization (FAO) defines seed security as a situation in which farmers have sufficient access to good quality seeds and planting materials of preferred crop varieties at all times in both good and bad cropping seasons. This thesis focuses on this definition to present a description of the legal norms that affect seed security in the Sahel. It is based on case studies conducted in Gourounsi territory and Serer territory, respectively in Burkina Faso and Senegal. The institutional organization, customs, rules and decisions that regulate the seed security of these villages are studied, then put into perspective with the laws, regulations, implementing decrees and other standards that regulate the seed sector at the country level, through approval, certification, phytosanitary control and technical seed production itineraries. The study continues from the local to the international scale to highlight the value of two legal tools that allow or will in future allow the coexistence of management systems of cultivated diversity and a sustainable global seed security based on the collaboration of all stakeholders and the coconstruction of legal norms: community protocols and the evaluation of agricultural research projects by ethics committees. The term "seed" is used in the thesis to include both seeds and other planting materials, it excludes genetically modified organisms.