Dans cette thèse, nous nous intéressons à la restauration d'image tridimensionnelle de microscopie de fluorescence. Deux difficultés majeures dans ce système d'imagerie sont traitées. La première est le flou variable en profondeur qui est dû aux aberrations induites par la variation des indices de réfraction dans le système optique et le spécimen imagé. La deuxième est le bruit qui est principalement dû au processus de comptage de photons. L'objectif de cette thèse est de réduire ces distorsions afin de fournir aux biologistes une image de meilleure qualité possible. Dans la première partie de cette thèse, nous étudions les modèles d'approximation du flou variable en profondeur et nous choisissons un modèle adéquat au problème d'inversion. Dans ce modèle, la réponse impulsionnelle (RI) variable en profondeur est approchée par une combinaison convexe d'un ensemble de RIs invariables spatialement. Nous développons pour ce modèle deux méthodes rapides de restauration non-aveugle par minimisation d'un critère régularisé, chacune d'elles est adaptée au type de bruit présent dans les images de microscopie confocale ou à champ large. Dans la deuxième partie, nous abordons le problème de restauration aveugle et proposons deux méthodes dans lesquelles le flou variable en profondeur et l'image sont conjointement estimés. Dans la première méthode, la RI est estimée en chaque voxel du volume considéré afin de laisser une grande liberté sur la forme de la RI, tandis que dans la deuxième méthode, la forme de la RI est contrainte par une fonction gaussienne afin de réduire le nombre de variables inconnues et l'espace des solutions possibles. Dans ces deux méthodes d'estimation aveugle, l'effet des aberrations optiques n'est pas efficacement estimé en raison du manque d'information. Nous améliorons ces méthodes d'estimation en alternant des contraintes dans les domaines fréquentiel et spatial. Des résultats sont montrés en simulation et sur des données réelles.

La déformation de la partie fragile de la croûte se manifeste dans de nombreux cas par l'apparition de cassures ou failles à grande échelle associées en réseaux (plusieurs familles de failles de directions différentes). Ces derniers individualisent un certain nombre de blocs que l'on peut considérer comme autant d'éléments rigides. Pour un réseau de failles quelconque donné, si la géométrie des éléments supposés rigides mais aussi leurs déplacements le long des failles (sens et rejets) sont connus, il existe une solution géométrique unique au problème de restauration c'est-àdire la recherche des positions des blocs les uns par rapport aux autres avant la déformation. Les études cartographiques et de terrain permettent certes d'obtenir une géométrie des réseaux de failles et le jeu de ces dernières, mais très rarement de connaitre l'ensemble des rejets. Cependant, dans un certain nombre de contextes tectoniques les glissements le long des failles s'accompagnent de rotations des blocs autour d'axes: verticaux pour une déformation dans le plan horizontal, ou horizontaux dans le cas de blocs basculés. Dans ce cas, angles de rotation et rejets sont liés géométriquement et les angles peuvent être connus grâce au paléomagnétisme. Le propos de ce mémoire est le développement d'une méthodologie de restauration d'un ensemble de blocs, à partir des données structurales et paléomagnétiques. Cette méthodologie a permis la mise au point, sur micro-ordinateur, d'un programme automatique, incrémentai et itératif, de calculs des positions relatives des blocs. Ce programme comprend deux principes de calcul (rotation et translation), qui sont appliqués à chaque incrément, les blocs étant considérés rigides. A la fin d'un incrément, quand la stabilité du réseau est atteinte, un principe de calcul de déformation périphérique permet d'accomoder les incompatibilités géométriques locales (vides et recouvrements) persistantes . Pour tester la validité et les limites de la méthode, nous l'avons appliquée à un modèle analogique en sable déformé par cisaillement simple, dont on connaissait les stades anté et finidéformation. Nous avons entrepris ensuite une étude paléomagnétique, dans la Province de Tibériade, afin de voir sur le terrain s'il existait un gradient de rotation entre le centre d'un domaine et sa bordure, comme il est observé dans les modèles analogiques. Enfin une application de la méthode de restauration à l'ensemble de la fracturation du Nord d'Israêl et du Sud Liban, a été effectuée

Reproduction de : Thèse de doctorat : Biologie des populations et Ecologie : Toulouse, INPT : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 168 réf.

Nous présentons une nouvelle méthode pour la restauration d'images sismiques. Quand on l'observe, une image sismique est le résultat d'un système de dépôt initial qui a été transformé par un ensemble de déformations géologiques successives (flexions, glissement de la faille, etc) qui se sont produites sur une grande période de temps. L'objectif de la restauration sismique consiste à inverser les déformations pour fournir une image résultante qui représente le système de dépôt géologique tel qu'il était dans un état antérieur. Classiquement, ce procédé permet de tester la cohérence des hypothèses d'interprétations formulées par les géophysiciens sur les images initiales. Dans notre contribution, nous fournissons un outil qui permet de générer rapidement des images restaurées et qui aide donc les géophysiciens à reconnaître et identifier les caractéristiques géologiques qui peuvent être très fortement modifiées et donc difficilement identifiables dans l'image observée d'origine. Cette application permet alors d'assister ces géophysiciens pour la formulation d'hypothèses d'interprétation des images sismiques. L'approche que nous introduisons est basée sur un processus de minimisation qui exprime les déformations géologiques en termes de contraintes géométriques. Nous utilisons une approche itérative de Gauss-Newton qui converge rapidement pour résoudre le système. Dans une deuxième partie de notre travail nous montrons différents résultats obtenus dans des cas concrets afin d'illustrer le processus de restauration d'image sismique sur des données réelles et de montrer comment la version restaurée peut être utilisée dans un cadre d'interprétation géologique.

Dès leur découverte au XVIIe siècle, les peintures antiques ont suscité la fabrication de faux. Les premières publications sur les peintures antiques se firent simultanément à la diffusion des copies en couleur et l'ouvrage de G. P. Bellori et de P. S. Bartoli sur les peintures du tombeau des Nasonii connut un grand succès dans toute l'Europe. Au XVIIIe siècle, les fouilles entreprises par le roi de Naples à Herculanum mirent au jour un grand nombre de peintures et suscitèrent la curiosité des voyageurs européens. Or, l'accès au site était limité et la diffusion des découvertes interdite. Cependant des fragments provenant de ce site étaient en vente clandestinement à Rome. Il apparut rapidement qu'il s'agissait de contrefaçons, réalisées par Giuseppe Guerra, l'artiste qui prétendait les restaurer. Après la découverte de la supercherie, l'affaire fut relatée par Caylus, Winckelmann et le père Piaggio. Les théoriciens qui s'intéressaient à la peinture antique tentèrent de retrouver la technique de l'encaustique, oubliée des artistes modernes. Ces recherches eurent pour conséquence l'emploi de la cire dans les matériaux utilisés pour la restauration des peintures antiques. L'étude de la technologie des faux permet de comprendre le contexte dans lequel évoluait le faussaire : en effet, celui-ci adapte son discours et sa technique au goût de ses contemporains, le but étant de rendre son oeuvre attrayante et ... authentique. La connaissance des truchements du faussaire, ainsi que des analyses scientifiques permettent de détecter plus sûrement les faux.

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Den biologiska mångfalden har det senaste seklet utarmats i Sverige. Det beror till stor del på moderniseringen av jord- och skogsbruk som medfört drastiska habitatminskningar. En av de artrikaste biotoperna är den traditionellt hävdade slåtterängen. Projektet Livslinjen har initierats för att återskapa en sammanhängande slåtteräng genom en hel kommun. Den ska vara cykelbar med pedagogiska inslag för allmänheten och samtidigt fungera som en spridningskorridor för flora och fauna. Denna studie har inventerat örtskikt och övergripande struktur längs med tänkta sträcka. Utifrån de olika områdenas förutsättningar har åtgärder för restaurering och nyetablering föreslagits för att återskapa slåtterängslika miljöer samt generellt verka för en ökad biodiversitet. Merparten av det drygt 10 km långa stråket är präglad av kvävetillförsel och igenväxning. Några områden innehåller arter som indikerar slåtterängslika förhållanden. Äldre grova träd, sandiga marker, stenmurar och andra småbiotoper har noterats. Lämpliga skötselregimer måste implementeras på de flesta områdena. Ett estetiskt förhållningssätt bör finnas med i restaureringsprocessen speciellt i de urbana områdena. De ytor som huserar populationer av ängsvegetation måste fortsätta skötas med traditionella metoder för att kunna bevaras. Att starta med informationsförmedling till allmänheten i början av projektet är viktigt för att skapa förståelse. Uppföljning och nya inventeringar för att utvärdera effekterna av åtgärder tillråds. / Over the past century biodiversity has declined in Sweden as in all other western countries. Mainly due to modernization of agriculture and forestry which has resulted in drastic habitat losses for many species when rural areas have become less diverse and more fragmented. One of the most species-rich habitat is the traditional hay meadow. The Project Livslinjen (the “Lifeline”) has been initiated to re-create a coherent meadow trough a municipality. The public should be able to bike along it the whole way and it should also feature educational elements. At the same time, it should work as a wildlife corridor. In this study an inventory of forbes and the overall structure of the area is performed. This to identify potential actions to re-create meadow-like vegetation and generally increase biodiversity along the route. The study has found that the 10 km long route passes varied grounds with a city center in the middle. Most areas are influenced by nitrogen surplus and overgrowth. Though some areas hosts species that indicates meadow like conditions. Old large trees, sandy slopes, stonewalls and other microhabitats are noted as well. The initial stage of the restoration will focus on depleting nitrogen surpluses in the ground and selectively clear trees and shrubs. Appropriate management regimes must be implemented in most areas. An esthetics eye should be involved in the restoration process since it is recommended that biodiversity should not look untidy. Landscape variation should be a keyword in the process. Gradually, different parts of the route can start to be managed with traditional methods. Then active re-establishment of desirable species can commence. The areas which still house preserved meadow vegetation must continue to be managed accordingly. It is advised to commence with information to the public already at the start of the project to create understanding for what they see. Follow-ups and new inventories to evaluate the effects of measures is advised.

Les mares forestières temporaires sont de petites zones humides d’eau douce, sujettes à de fortes dégradations. Le fonctionnement des mares naturelles et restaurées a été étudié en se basant sur les taux de décomposition de la matière organique (MO) et sur l’effet de facilitation d’une plante vasculaire (Molinia caerulea, molinie) sur la croissance des sphaignes (Sphagnum palustre). Les taux de décomposition de la MO dans l’eau ne différaient pas entre les mares naturelles et restaurées mais ils étaient influencés par la teneur en carbone organique du sol, l’ouverture de la canopée forestière et le couvert en sphaignes. Dans le sol de la zone de transition mare-forêt, ces taux étaient réduits par la saturation en eau et par un couvert molinie-sphaignes. La présence de la molinie diminuait la croissance des sphaignes, suggérant une compétition. Les résultats de cette étude contribuent à l’écologie de la restauration de ces mares et questionnent leur devenir dans un contexte de changement climatique. / Vernal pools are small freshwater wetlands, subject to strong degradations. The functioning of natural and restored vernal pools was studied, based on organic matter (OM) decomposition rates and the facilitation effect of a vascular plant (Molinia caerulea, purple-moor grass) on Sphagnum growth (Sphagnum palustre). The rates of OM decomposition in water were not different between natural and restored pools, but they were influenced by soil organic carbon content, tree canopy openness and Sphagnum cover. In the soil of the pool-forest transition zone, these rates were reduced by water logging and by a Molinia-Sphagnum cover. The presence of Molinia decreased Sphagnum growth, suggesting a competition relationship. The results of this study contribute to the restoration ecology of vernal pools and raise the question of their fate in the climate change context.

La thèse s'inscrit dans le cadre du projet européen VENUS. Dans ce contexte, la photogrammétrie est utilisée pour produire des relevés 3D sur les objets. La connaissance sur ces objets provient à la fois de l'archéologie sous-marine et de la photogrammétrie. Les informations étant structurées, hiérarchisées et parfois incomparables, nous nous sommes intéressés aux bases de croyance partiellement préordonnées. Par ailleurs, l'acquisition des données peut conduire à l'apparition d'incohérence. Nous avons étendu l'approche des R-ensembles à la restauration de la cohérence. Nous avons également proposé un cadre de travail pour la révision de bases de croyance partiellement préordonnées et deux relations d'inférence lexicograhique. nous avons fourni pour ces approches une mise en oeuvre en utilisant la programmation logique avec ASP. Finalement, nous avons implanté notre méthode de restauration de la cohérence dans le contexte de VENUS et nous l'avons testé sur les relevés issus du projet. / This PHD has been performed within the European VENUS project. In this context, photogrammetry is used to produced 3D survey on objects and the knowledge on studied artefacts comes from both underwater archaeology and photogrammetry. This information being structured, hierachized and sometimes incomparable, we focused on partially preordered belief bases. Data acquisition possibly leads to inconsistency. We extended the Removed Set approach to inconsistency handling. To compare subsets of formulae to remove in order to restore consistency, we introduced the lexicographic comparator. Moreover, we proposed a new framework for the revision of partially preordered belief bases and two lexicographic inference relations. We proposed an implementation stemming from ASP. Finally, we implemented our inconsistency handling method in the VENUS context and we provided an experimental study on 3D surveys of the project.

L’objet de ce travail est l’établissement de l’édition critique du manuscrit des Nouvelles ecclésiastiques pour le XIXe siècle resté inédit, rédigé par l’ancien oratorien Jean-Louis Rondeau, prêtre assermenté, secrétaire de l’abbé Grégoire et membre du clergé de Saint-Séverin de 1801 jusqu’à son décès en 1832. Ce texte se veut la continuation des Nouvelles Ecclésiastiques du XVIIIe siècle, feuille périodique du mouvement janséniste d’une infinie richesse. Mais plus qu’un journal, c’est un témoignage qui prend la forme d’une chronique partisane sur les affaires ecclésiastiques du temps, un gigantesque kaléidoscope reflétant les intérêts et les convictions de celui qui, patiemment, du Mexique à Constantinople, de Naples à Londres, de Saint-Pétersbourg à Madrid, de Paris à Rome, a pendant des années scruté un monde en mutation. Durant deux décennies, l’auteur a méticuleusement passé au « crible janséniste » les événements et les écrits de son temps, a rassemblé informations et notes de lecture, articles de presse et on-dit, avec l’ambition de suivre l’histoire européenne, et même mondiale, sous l’angle rarement étudié d’une histoire religieuse globale. Il nous livre ainsi une passionnante évocation de ce premier XIXe siècle à travers une lecture janséniste et nettement libérale des polémiques religieuses de son temps. / The matter of this work is the manuscript scholarly edition of the Nouvelles écclésiastiques pour le XIXe siècle, that still remains unpublished. It was written by the former oratorian Jean-Louis Rondeau: a juror priest, the abbé Grégoire secretary and member of the Saint-Séverin parish from 1801 till his death in 1832. This text is willing to be the continuation of the Nouvelles Ecclésiastiques from the XVIII century, an immeasurably rich periodical paper published by the jansenist movement. More than a diary, this is an account that takes the form of a partisan chronicle about the ecclesiastical affairs, a huge kaleidoscope reflecting interests and convictions from the one who patiently, from Mexico to Constantinople, Naples to London, Saint-Petersburg to Madrid, Paris to Rome, has scrutinised during years a world in mutation. During two decades, the author, with a jansenist look, has sifted out the events and writings of his time. He has assembled information, reading notes, press articles and hearsays with the ambition of following the European and Worldwide history under the rarely studied outlook of the global religious history. Thus he delivers a passionate evocation on the early XIX century through a jansenist and a clearly liberal reading of the religious polemics of his time.