Submitted by Filipe dos Santos (fsantos@pucsp.br) on 2016-10-18T17:06:10Z No. of bitstreams: 1 Marta Aparecida Paulo Ferreira.pdf: 43856266 bytes, checksum: f1ca5767c08d94191c9464c609fd2543 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-18T17:06:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marta Aparecida Paulo Ferreira.pdf: 43856266 bytes, checksum: f1ca5767c08d94191c9464c609fd2543 (MD5) Previous issue date: 2016-08-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This work, which is included in the search line Text and speech in oral and written modalities, has as its theme the text plans and textual narrative, and descriptive sequences in João Antonio’s short stories published in Reality magazine between 1967 and 1968. Since text plans and the narrative and descriptive sequences have an important role in textual organization, we established as a general objective to verify the organization of text plans and the role of narrative and descriptive sequences in João Antônio’s tales and specific objectives to identify, describe, analyze and discuss the text plans and textual sequences narrative and descriptive. In order to develop this study, we sought theoretical foundations offered by Language Textual, more specifically the Textual Analysis of the Discourses (ADAM, 2011; Marcuschi, 2005; 2008 2013; KOCH, 2011; 2013; 2014; Marquesi, 2004). To treat type and gender, we leaned on the theoretical basis of Travaglia (2004; 2007a; 2007b; 2009; 2014), Bakhtin (2011[1979]) and Marcuschi (2005); to conceptualize text plan and textual sequence we fundamented ourselves in Adam (2011) and Cabral (2013); as the textual narrative sequence, we seek Adam's studies (2011 ) and to conceptualize the descriptive and descriptive textual sequences, we make use of the research developed by Marquesi (2004; 2012;) and Adam (2011). The corpus of this study consists of seven short stories of João Antônio published in Reality magazine between 1967 and 1968. Among these tales we had chosen to present the analysis of two, by way of example. The results show that both the descriptive sequences and the narrative sequences, besides competing for a plan establishment, contribute themselves to give the fictional universe described by João Antônio a peculiar sense of reality, which marks the confluence between literature and journalism featuring the texts of the author published in the above mentioned magazine / Esta dissertação, que se insere na linha de pesquisa Texto e discurso nas modalidades oral e escrita, tem como tema os planos de texto e as sequências textuais narrativas e descritivas em contos de João Antônio publicados na revista Realidade entre 1967 e 1968. Uma vez que os planos de texto e as sequências narrativas e descritivas têm um importante papel na organização textual, estabelecemos como objetivo geral verificar a organização dos planos de texto e a função das sequências narrativas e descritivas nos contos de João Antônio e como objetivos específicos identificar, descrever, analisar e discutir os planos de texto e as sequências textuais narrativas e descritivas. De modo a desenvolvermos este estudo, buscamos os fundamentos teóricos oferecidos pela Linguística Textual, mais especificamente pela Análise Textual dos Discursos (ADAM, 2011; MARCUSCHI, 2005; 2008; 2013 KOCH, 2011; 2013; 2014; MARQUESI, 2004). Para tratarmos de tipo e gênero, respaldamo-nos no aporte teórico de Travaglia (2004; 2007; 2009; 2014), Bakhtin (2011[1979]) e Marcuschi (2005); de modo a conceituarmos plano de texto e sequência textual, fundamentamo-nos em Adam (2011) e em Cabral (2013); quanto à sequência textual narrativa, buscamos os estudos de Adam (2011) e para conceituarmos tipo descritivo e sequências textuais descritivas, valemo-nos das pesquisas desenvolvidas por Marquesi (2004; 2012) e Adam (2011). De início, analisamos sete contos de João Antônio publicados na revista Realidade entre 1967 e 1968. Posteriormente, para compor o corpus desta pesquisa, optamos por apresentar a análise de dois contos, a título de exemplificação. Os resultados obtidos evidenciam que tanto as sequências descritivas quanto as sequências narrativas, além de concorrerem para o estabelecimento do plano de texto, contribuem para conferir ao universo ficcional descrito por João Antônio um peculiar senso de realidade, o que marca a confluência entre literatura e jornalismo que caracteriza os textos do autor publicados na citada revista

Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-05-02T19:03:09Z No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 737510 bytes, checksum: a205d9714f9ec661929aea54c8a55145 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-02T19:03:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 737510 bytes, checksum: a205d9714f9ec661929aea54c8a55145 (MD5) Previous issue date: 2017-08-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The main goal of this work is to study a new sequence space introduced in 2014 by Karn and Sinha, namely the space of mid p-summable sequences. More speci cally, we will study a recent work by G. Botelho and J.R. Campos, which deepens the seminal study of this space and presents new classes of operators involving the new space and the classical sequence spaces of absolutely and weakly p-summable sequences, called absolutely mid p-summing and weakly mid p-summing operators. From this, we study a new factorization theorem, involving these new classes of operators, for the absolutely p-summing operators. / O principal objetivo desta dissertação é estudar um novo espaço de sequências introduzido por Karn e Sinha em 2014, a saber, o espaçoo das sequências mid p-somáveis. Mais especi camente, estudaremos um recente trabalho de G. Botelho e J. R. Campos que aprofunda o estudo seminal do espa co e apresenta novas classes de operadores envolvendo este novo espa co e os espa cos cl assicos de sequ^encias absolutamente e fracamente p-somáveis, denominados operadores absolutamente mid p-somantes e operadores fracamente mid p-somantes. A partir disto, estudamos um novo teorema de fatoração, envolvendo estas novas classes de operadores, para os operadores absolutamente p-somantes. mid p-somáveis; Operadores absolutamente e fracamente mid p-somantes.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This research was intended to investigate possible approaches between the goals defended by the Science-Technology-Society approach in the Brazilian context and Taxonomy of critical thinking. The approaches were taken as an assumption, since the two theoretical perspectives expose students to formative element should be a critical view in the face of everyday issues. As part of this initial investigation, was built an instrument with the intent to establish a body of approaches among the objectives in two theoretical fields. In addition, this research aimed to investigate what capabilities can be manifested in individuals in educational situations based on a CTS of Brazilian Reference Approach. To this end, the data were collected through audiovisual instruments and records written during teaching Learning sequence applications (SEA) who treated chemistry concepts, namely: Thermochemistry and electrochemistry. The material collected has suffered the kind of Content analysis based in Bardin. Treating the early stage of the research and the approaches of the two theoretical fields, the results showed that these theories approach significantly in their goals, within a minimum margin of 87% among some in the theoretical field capabilities, such as: analyze arguments, or even decide on an action. With regard to the results of the application of SEA in the classroom, students indicated evidence of critical thinking skills, such as: analyze arguments and interact with others, implying that the material Science-Technology-Society has the potential to appeal to thecapabilities, confirming the theoretical implications. / Esta pesquisa teve como finalidade investigar possíveis aproximações entre os objetivos defendidos pela abordagem Ciência-Tecnologia-Sociedade no contexto brasileiro e Taxonomia do Pensamento Crítico. As aproximações foram assumidas como pressuposto, uma vez que as duas perspectivas teóricas expõem que os estudantes devem ter como elemento formativo uma visão crítica frente a questões do cotidiano. Como parte inicial desta investigação, foi construído um instrumento com o intuito de estabelecer um corpo de aproximações entre os objetivos presentes nos dois campos teóricos. Em complemento, esta pesquisa objetivou investigar quais capacidades podem ser mobilizadas nos indivíduos em situações didáticas embasadas numa Abordagem CTS de referenciais brasileiros. Para tanto, a coleta de dados foi realizada através de instrumentos audiovisuais e registros escritos durante aplicações de Sequências de Ensino Aprendizagem (SEA) que trataram de conceitos da química, a saber: termoquímica e eletroquímica. O material coletado sofreu a análise do tipo de Conteúdo embasada em Bardin. Tratando da etapa inicial da pesquisa e das aproximações dos dois campos teóricos, os resultados mostraram que essas teorias se aproximam significativamente em seus objetivos, dentro de uma margem mínima de 87% entre algumas capacidades no campo teórico, como: analisar argumentos, ou até mesmo decidir sobre uma ação. No que se refere aos resultados da aplicação das SEA em sala de aula, destaca-se que os alunos indicaram indícios de capacidades do Pensamento Crítico, tais como: analisar argumentos e interagir com os outros, implicando, assim, que o material Ciência-Tecnologia-Sociedade tem potencial para com a apelar as capacidades, confirmando as implicações teóricas. / São Cristóvão, SE

Esta dissertação versa sobre o ensino de Sequências e Séries na educação básica. A questão é entender em que medida o uso da Teoria dos Registros de Representação Semiótica se mostra favorável à criação de atividades que sejam propícias à aprendizagem dos alunos. Foram elaboradas dez atividades sobre Sequências e Séries e foi feita uma aplicação de quatro destas atividades com alunos de 1a série do ensino médio. Com esta aplicação, procurou-se buscar evidências de que o uso de diversos registros de representação semiótica favorecem a aprendizagem dos alunos em Matemática. Como escopo secundário, buscamos também investigar a concepção de infinito que os alunos manifestaram durante a aplicação das atividades. Antes, porém, buscamos na história da Matemática diferentes maneiras de como filósofos e matemáticos concebiam e utilizavam o infinito. Visto que Sequências e Séries também são assunto tratados no ensino superior, foram abordadas algumas dificuldades de transição ensino básico/ensino superior tendo em vista diferenças culturais entre os dois níveis de ensino. Concluímos que o uso de materiais concretos para representação de objetos matemáticos se mostrou favorável à compreensão dos alunos e a concepção de infinito dos alunos está predominantemente ligada a ideia de infinito potencial. / The subject of this research is about teaching and learning sequences and series in primary education. The research question is to understand how favorable is the use of the theory of semiotic representation registers to create activities that help students to learn. Were created ten activities about sequences and series and four of these were chosen to be used in a classroom with 1st year students of a secondary school. By observing these activities being used in classroom, evidences were searched to evaluate if including different semiotic representation registers facilitates student\'s learning on mathematics. As a secondary aim, the student\'s infinity conception is investigated in the classroom. We also researched mathematics\' history to find different conceptions adopted by philosophers and mathematicians on infinity. As sequences and series are also studied in college, some transition difficulties (from High School to College) were discussed considering cultural differences between the two educational levels. It was concluded that concrete teaching materials to the students\' comprehension and the students\' concept of infinity is mainly linked to potential infinity.

A enorme quantidade de dados que vem sendo gerada por tecnologias modernas de biologia representam um grande desafio para áreas como a bioinformática. Há uma série de programas disponíveis para a análise destes dados, mas que nem sempre são compreendidos o suficiente para serem corretamente aplicados, ou ainda, há problemas que requerem o desenvolvimento de novas soluções. Neste trabalho, nós apresentamos a análise de dados de duas das principais fontes de dados em larga escala: microarrays e sequenciamento. Na primeira, avaliamos se a estatística do método Rank Products (RP) é adequada para a identificação de genes diferencialmente expressos em estudos de doenças complexas, cujo uma das características é a heterogeneidade genética entre indivíduos com o mesmo fenótipo. Na segunda, desenvolvemos uma ferramenta chamada hunT para buscar por genes alvos do fator de transcrição T - um importante marcador de mesoderma com papel chave no desenvolvimento de vertebrados -, através da identificação de sítios de ligação para o T em suas sequências reguladoras. O desempenho do RP foi testado usando dados simulados e dados reais de um estudo de fissura lábio-palatina não-sindrômica, de autismo e também de um estudo que avalia o efeito da privação do sono em humanos. Nossos resultados mostraram que o RP é uma solução eficiente para detectar genes consistentemente desregulados em somente um subgrupo de pacientes, que esta habilidade é mantida com poucas amostras, mas que o seu desempenho é prejudicado quando são analisados poucos genes. Obtivemos fortes evidências biológicas da eficiência do método nos estudos com dados reais através da identificação de genes e vias previamente associados às doenças e da validação de novos genes candidatos através da técnica de PCR quantitativo em tempo real. Já o programa hunT identificou 4.602 genes de camundongo com o sítio de ligação para o domínio do T, sendo alguns deles já demonstrados experimentalmente. Identificamos 32 destes genes com expressão alterada em um estudo onde avaliamos o transcriptoma da diferenciação in vitro de células tronco embrionárias de camundongo para mesoderma, sugerindo a participação destes genes neste processo sendo regulados pelo T / The large amount of data generated by modern technologies of biology provides a big challenge for areas such as bioinformatics. In order to analyze these data there are several computer programs available; however these are not always well understood enough to be correctly applied. Moreover, there are problems that require the development of new solutions. In this work, we present the data analysis of two main high-throughput data sources: microarrays and sequencing. Firstly, we evaluated whether the statistic of Rank Products method (RP) is suitable for the identification of differentially expressed genes in studies of complex diseases, which are characterized by the vast genetic heterogeneity among the individuals affected. Secondly, we developed a tool named hunT to search for target genes of T transcription factor - an important mesodermal marker that plays a key role in the vertebrate development -, by identifying binding sites for T in their regulatory sequences. The RP performance was tested using both simulated and real data from three different studies: non-syndromic cleft lip and palate, autism and sleep deprivation effect in Humans. Our results have shown that RP is an effective solution for the identification of consistently deregulated genes in a subgroup of patients, this ability is maintained even with few samples, however its performance is impaired when only few genes are analyzed. We have obtained strong biological of effectiveness of the method in the studies with real data by not only identifying genes and pathways previously associated with diseases but also corroborating the behavior of novel candidate genes with the real-time PCR technique. The hunT program has identified 4,602 mouse genes containing the binding site for the T domain, some of which have already been demonstrated experimentally. We identified 32 of these genes with altered expression in a study which evaluated the transcriptome of in vitro differentiation of mouse embryonic stem cells to mesoderm, suggesting the involvement of these genes in this process regulated by T

A Bioinformática tem se desenvolvido de forma intensa nos últimos anos. A necessidade de se processar os grandes conjuntos de sequências, sejam de nucleotídeos ou de aminoácidos, tem estimulado o desenvolvimento de diversas técnicas algorítmicas, de modo a tratar este problema de maneira factível. Os algoritmos de alinhamento de alinhamento múltiplo de sequências assumiram um papel primordial, tornando a execução de alinhamentos de conjuntos com mais de duas sequencias uma tarefa viável computacionalmente. No entanto, com o aumento vertiginoso tanto da quantidade de sequencias em um determinado conjunto, quanto do comprimento dessas sequencias, a utilização desses algoritmos de alinhamento múltiplo, sem o acoplamento de novas estratégias, tornou-se algo impraticável. Consequentemente, a computação de alto desempenho despontou como um dos recursos a serem utilizados, através da paralelização de diversas estratégias para sua execução em grandes sistemas computacionais. Além disso, com a contínua expansão dos conjuntos de sequências, outras estratégias de otimização passaram a ser agregadas aos algoritmos de alinhamento múltiplo paralelos. Com isso, o desenvolvimento de ferramentas para alinhamento múltiplo de sequencias baseadas em abordagens híbridas destaca-se, atualmente, como a solução com melhor aceitação. Assim, no presente trabalho, pode-se verificar o desenvolvimento de uma estratégia híbrida para os algoritmos de alinhamento múltiplo progressivos, cuja utilização e amplamente difundida, em Bioinformática. Nesta abordagem, conjugou-se a paralelização e o particionamento dos conjuntos de sequências, na fase de construção da matriz de pontuação, e a otimização das fases de construção da árvore filogenética e de alinhamento múltiplo, através dos algoritmos de colônia de formigas e simulated annealling paralelo, respectivamente. / Bioinformatics has been developed in a fast way in the last years. The need for processing large sequences sets, either nucleotides or aminoacids, has stimulated the development of many algorithmic techniques, to solve this problem in a feasible way. Multiple sequence alignment algorithms have played an important role, because with the reduced computational complexity provided by them, it is possible to perform alignments with more than two sequences. However, with the fast growing of the amount and length of sequences in a set, the use of multiple alignment algorithms without new optimization strategies became almost impossible. Therefore, high performance computing has emerged as one of the features being used, through the parallelization of many strategies for execution in large computational systems. Moreover, with the continued expansion of sequences sets, other optimization strategies have been coupled with parallel multiple sequence alignments. Thus, the development of multiple sequences alignment tools based on hybrid strategies has been considered the solution with the best results. In this work, we present the development of a hybrid strategy to progressive multiple sequence alignment, where its using is widespread in Bioinformatics. In this approach, we have aggregated the parallelization and the partitioning of sequences sets in the score matrix calculation stage, and the optimization of the stages of the phylogenetic tree reconstruction and multiple alignment through ant colony and parallel simulated annealing algorithms, respectively.

Dois problemas de planejamento de trajetórias são tratados nesta dissertação, sendo um discreto e outro contínuo. O problema discreto consiste em estabelecer todos os estados intermediários de uma trajetória para levar um conjunto de quatro blocos de uma posição inicial à uma posição meta. O problema contínuo consiste em planejar e controlar a trajetória do braço mecânico PUMA 560. A classe de modelos que se utilizou nesta dissertação foram os modelos parcialmente recorrentes. O problema discreto foi utilizado com a finalidade de comparar os seis modelos propostos, buscando obter um modelo com bom desempenho para resolução de problemas de produção de seqüências temporais. Para o problema contínuo aplicou-se apenas o modelo que apresentou melhor desempenho na resolução do problema discreto. Em ambos os casos são apresentados como entrada para a rede, o ponto inicial e o ponto meta. Dois tipos de testes foram aplicados as arquiteturas: teste de produção e de generalização de seqüências temporais. Para cada problema foram criados quatro tipos distintos de trajetórias, com graus de complexidades diferentes. Para o problema discreto, em média, a arquitetura com realimentação da camada de saída para a camada de entrada e da camada de entrada para ela mesma, todos-para-todos, foi a que apresentou menor número de épocas e também os menores valores de erro durante o treinamento. Foi o único que conseguiu recuperar todos os padrões treinados e de forma geral apresentou melhor capacidade de generalização. Por isto, este modelo foi escolhido para ser aplicado na resolução do problema contínuo, tendo bom desempenho, conseguindo reproduzir as trajetórias treinadas com grande precisão. Para o problema discreto todos os modelos apresentaram baixa capacidade de generalização. Para o problema contínuo o modelo abordado apresentou-se de forma satisfatória mediante o acréscimo de ruído. / Two trajectory planning problems are discussed in this work, one of them being discrete and the other continuous. The discrete problem consists in establishing all the intermediate states o f a trajectory to move a set of four blocks from a initial to a goal position. The continuous problem consists in planning and controlling the trajectory of the PUMA 560 mechanical arm. The class of models utilized in this work were the partially recurrent models. The discrete problem was used in order to compare the six proposed models, aiming at the acquisition of a model with a good performance for the resolution of production of temporal sequence problems. For the continuous problem, only the model that presented better performance in solving the discrete problem was applied. The initial and goal point are presented as input for the network in both problems. Two types of tests were applied to the architectures: production and generalization of temporal sequence tests. Four distinct types of trajectories with different complexity levels were created for each problem. In average, for the discrete problem, the architecture with feedback from the output to the input layer and from input layer to itself all-to-all presented the lowest epoch number in addition to the lowest error values during the training. This was the only model that managed to recover all the patterns trained and in general presented better generalization capacity. For this reason, this model was chosen to be applied in the resolution of the continuous problem. It presented a good performance to the production of mechanical arm trajectories, managing to reproduce the trained trajectories with great accuracy. For the discrete problem, all the models presented low generalization capacity. For the continuous problem, the approached model presented itself in a satisfactmy manner by means of noise addition.

No cenário mundial, o Brasil ocupa a terceira posição de maior produtor de frutas no mundo. E para a economia nacional, a importância desse setor de frutas fica evidenciada, pois o mercado de frutas corresponde a aproximadamente 10% do PIB agropecuário, sendo que as frutas frescas movimentaram mais de 270 milhões de dólares em 2009 e o mercado de sucos e néctares mais de 1,8 bilhão de dólares. No entanto, as empresas compradoras de frutas estão sofrendo pelo efeito da flutuação da demanda na produção, ineficiência coletiva, falta de compreensão da dinâmica do processo de fornecimento e redução na rentabilidade de todos os membros da cadeia de frutas. O gerenciamento de suprimentos tem sido apontado como uma das formas de diminuir esta instabilidade e melhorar os resultados de todos os envolvidos na entrega do produto. No entanto, as evidências empíricas não estão relacionadas ao setor de frutas. Na tentativa de contribuir com a solução deste problema, o presente estudo tem o objetivo de caracterizar a cadeia de suprimentos de frutas, analisar o planejamento e gestão da cadeia de suprimento de uma empresa compradora de fruta e identificar contribuições e melhorias as teorias, métodos e modelos relacionados ao gerenciamento da cadeia de suprimentos para propor um método para o planejamento e gestão da cadeia de suprimentos de empresas compradoras de frutas. Foram utilizadas entrevistas em profundidade para caracterização da cadeia de manga e o estudo de caso único de uma empresa compradora de manga com especialistas do setor para avaliar a aplicabilidade, funcionalidade e utilidade do ponto de vista gerencial do método proposto. A análise dos dados se deu por meio da triangulação do referencial teórico com os métodos e modelos de gerenciamento da cadeia de suprimentos e com a descrição do caso. Os resultados do estudo indicaram que a cadeia de suprimentos de frutas pode ser caracterizada como receptiva à melhorias de planejamento e gestão da cadeia de suprimentos; que a análise do planejamento e gestão da cadeia de suprimentos de frutas no Brasil se mostrou eficiente para avaliar os seus fornecedores em quatro regiões produtoras distintas; que existe congruência e sinergias entre a teoria, métodos e modelos do gerenciamento da cadeia de suprimentos; e permitiram a elaboração de um método de planejamento e gestão da cadeia de suprimentos de empresas compradoras de frutas. Com a proposição desse método, espera-se contribuir com uma sequência de passos que auxilie nas atividades de planejamento e gestão da cadeia de suprimentos por gestores e especialistas de uma empresa compradora de fruta. / On the world stage, Brazil is the third largest world fruit producer. As for the Brazilian economy, the importance of the fruit sector is evidenced because the fruit market accounts for approximately 10% of agricultural GDP, while fresh fruits accounted for more than 270 million dollars in 2009 and the market for juices and nectars for more than 1.8 billion dollars. However, purchasing fruit companies are suffering from the effects of fluctuations in production and demand, collective inefficiency, lack of understanding of the dynamics of supply and reduction in profitability for all members of the fruit production chain. The supply chain management has been touted as one of the ways to reduce this volatility and improve outcomes for all involved with the fruit supply. However, empirical evidence does not relate to the fruit industry. To solve this problem, the present research aimed to characterize the supply chain of fruits, to analyze the planning and management of the supply chain of a company buying fruit and identify contributions and improvements to the theories, methods and models related to supply chain management supply to propose a method for planning and managing the supply chain of buying fruit companies. It was conducted a case study from a single purchasing fruit company and in-depth interviews with industry experts to assess the applicability, functionality and usefulness from the managerial point of view of the proposed method. In-depth interviews were used to characterize the chain sleeve and a single case study of a purchasing company sleeve with industry experts to evaluate the applicability, functionality and usefulness of the managerial point of view of the proposed method. Data analysis was done through the triangulation of the theoretical with the methods and models of supply chain management and the description of the case. The results of the study indicated that the supply chain of fruits can be characterized as receptive to improvements in planning and managing the supply chain, the analysis of the planning and management of the supply chain of fruit in Brazil is efficient to evaluate their suppliers into four distinct regions, that there is consistency and synergy between theory, models and methods of supply chain management, and allowed the elaboration of a method for planning and managing the supply chain of companies purchasing fruit. With the proposition of this method is expected to contribute with a sequence of steps to assist in planning and management of supply chain managers and specialists from a buyer fruit company.

O problema de segmentação de sequências tem o objetivo de particionar uma sequência ou um conjunto delas em um número finito de segmentos distintos tão homogêneos quanto possível. Neste trabalho consideramos o problema de segmentação de um conjunto de sequências aleatórias, com valores em um alfabeto $\\mathcal$ finito, em um número finito de blocos independentes. Supomos ainda que temos $m$ sequências independentes de tamanho $n$, construídas pela concatenação de $s$ segmentos de comprimento $l^{*}_j$, sendo que cada bloco é obtido a partir da distribuição $\\p _j$ em $\\mathcal^{l^{*}_j}, \\; j=1,\\cdots, s$. Além disso denotamos os verdadeiros pontos de corte pelo vetor ${{\\bf k}}^{*}=(k^{*}_1,\\cdots,k^{*}_)$, com $k^{*}_i=\\sum _{j=1}^l^{*}_j$, $i=1,\\cdots, s-1$, esses pontos representam a mudança de segmento. Propomos usar o critério da máxima verossimilhança penalizada para inferir simultaneamente o número de pontos de corte e a posição de cada um desses pontos. Também apresentamos um algoritmo para segmentação de sequências e realizamos algumas simulações para mostrar seu funcionamento e sua velocidade de convergência. Nosso principal resultado é a demonstração da consistência forte do estimador dos pontos de corte quando o $m$ tende ao infinito. / The sequence segmentation problem aims to partition a sequence or a set of sequences into a finite number of segments as homogeneous as possible. In this work we consider the problem of segmenting a set of random sequences with values in a finite alphabet $\\mathcal$ into a finite number of independent blocks. We suppose also that we have $m$ independent sequences of length $n$, constructed by the concatenation of $s$ segments of length $l^{*}_j$ and each block is obtained from the distribution $\\p _j$ over $\\mathcal^{l^{*}_j}, \\; j=1,\\cdots, s$. Besides we denote the real cut points by the vector ${{\\bf k}}^{*}=(k^{*}_1,\\cdots,k^{*}_)$, with $k^{*}_i=\\sum _{j=1}^l^{*}_j$, $i=1,\\cdots, s-1$, these points represent the change of segment. We propose to use a penalized maximum likelihood criterion to infer simultaneously the number of cut points and the position of each one those points. We also present a algorithm to sequence segmentation and we present some simulations to show how it works and its convergence speed. Our principal result is the proof of strong consistency of this estimators when $m$ grows to infinity.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Guadalupe.pdf: 2696610 bytes, checksum: c3a517f1d7dc8a87a7bf76c7a5e845aa (MD5) Previous issue date: 2010-08-23 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / The advent of new sequencing technologies and the development of computational tools that facilitate the analysis of genomes, generated the exponential growth of genome databases. New approaches in-silico of the comparative genomics use such data in its comparisons. Nevertheless, recent work on the genome of Escherichia coli indicate that the current state of coding sequences (Coding Sequences - CDS) from annotated genomes contain several errors, which need to be verified (Ochman e Davalos 2006). Therefore the correct description of a CDS is important to allow future genomic comparisons. Currently, there is an innovated proposal of the scientific community of biological databases to establish standards for the submission of the draft genome sequences in the new era of sequencing. Within this context, it is highlighted the identification and/or correction of frameshifts during the assembly of genomic sequences. The goal of this work was developing a tool with two comparative methods to identify CDSs with conflicting attributes. It uses the description of conflict to describe attributes such as frameshifts, large insertions or deletions, truncations, etc.. that are detected from a CDS or several CDSs used as references, depending on model. Also, the proposed tool allows to user to view of the results graphically and provide access to other tools, providing support for future friendly and faster genomic analysis. As a model of study, it was used the analysis of CDSs with conflicting attributes of the genome of E. coli strain CFT073 (NCBI) version AE014075.1, (last update date: April 20 of 2006), with this purpose was used as a reference genome of E.coli strain O157: H7 EDL933 version AE005174.2 (last update date: 6 June of 2008). Through this analysis were identified and stored 1865 CDSs (Included possible paralogs) because they present only alignments with coverage exceeding 30% of the CSD of reference. In a more detailed analysis of these results, 144 CDSs startle in the target genome by probably present frameshifts, of which 21 occur in intergenic regions. The tool developed in this work, also was applied to the case study of a genomic region of the bacterium Klebsiella pneumoniae strain KP13. The genome of this bacterium was sequenced in Computational Genomics Unit (UGC) Darcy Fontoura de Almeida LNCC (unpublished data). From the analysis of these genomes, one can conclude the importance of using the tool in the stages of identification, verification and correction of errors in annotation,and thus the need for its inclusion in the sequencing projects that want to reach high standards in the submission of genomic data. / O advento de novas tecnologias de sequenciamento e o desenvolvimento de ferramentas computacionais que facilitam a análise dos genomas gerou o aumento exponencial dos bancos de dados genômicos. As abordagens in-silico da genômica comparativa usam esse tipo de dados nas suas comparações. Trabalhos recentes desenvolvidos sobre o genoma de Escherichia coli indicam que o estado atual das sequências codificantes (CoDing Sequences CDS) de genomas anotados nos bancos de dados contêm erros nas sequências que precisam ser verificados (Ochman e Davalos 2006). Portanto a correta descrição de uma CDS é importante para permitir futuras comparações genômicas. Atualmente existe uma nova proposta da comunidade científica de bancos de dados biológicos para estabelecer padrões para a submissão de sequências dos projetos de genoma na nova era de sequenciamento. Dentro desse contexto, destaca-se a identificação e/ou correção de frameshifts durante o processo de montagem de sequências genômicas. A finalidade deste trabalho foi desenvolver uma ferramenta com dois métodos comparativos para identificar CDSs com atributos conflitantes. Usa-se a descrição de conflito para descrever atributos como frameshifts , grandes inserções ou deleções, truncamentos, que são detectados a partir de uma CDS ou várias CDSs usadas como referência, dependendo do modelo. Finalmente, a ferramenta proposta permite visualizar os resultados graficamente e fornecer acesso a outras ferramentas, dando suporte para futuras análises genômicas de maneira amigável e rápida. Foi realizada a busca de CDSs com atributos conflitantes no genoma de E. coli estirpe CFT073 (NCBI) versão AE014075.1, (última data de atualização: 20 de abril do 2006), como referência foi usado o genoma da E.coli estirpe O157:H7 EDL933 versão AE005174.2 ( última data de atualização : 6 de junho do 2008). Através dessa análise foram identificadas e armazenadas 1.865 CDSs (incluem-se possíveis parálogos), por apresentarem alinhamentos únicos com cobertura superior a 30% da CDS de referência. Em uma análise mais fina destes resultados, sobressaltam 144 CDSs no genoma alvo que provavelmente apresentam frameshifts , dos quais 21 acontecem em regiões intergênicas. A ferramenta desenvolvida neste trabalho foi também aplicada para o caso de estudo de uma região genômica da bactéria Klebsiella pneumoniae estirpe KP13. O genoma dessa bactéria foi sequenciado na Unidade Genômica Computacional (UGC) Darcy Fontoura de Almeida do LNCC (dados ainda não publicados). A partir das análises destes genomas, pode se concluir a importância do uso da ferramenta nas fases de identificação, verificação e correção de erros de anotação e, portanto a necessidade da sua inclusão em projetos de sequenciamento que desejam atingir altos padrões na submissão de dados genômicos.