Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2003. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2005. / Härtill 4 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karolinska institutet, 2005. / Härtill 4 uppsatser.

Thesis (M.S.)--University of Alabama at Birmingham, 2006. / Title from first page of PDF file (viewed Feb. 19, 2009). Includes bibliographical references (p. 35-44).

Thesis (M.S.)--University of Missouri-Columbia, 2008. / The entire dissertation/thesis text is included in the research.pdf file; the official abstract appears in the short.pdf file (which also appears in the research.pdf); a non-technical general description, or public abstract, appears in the public.pdf file. "December 2008" Includes bibliographical references.

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Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / A infecção pulmonar de etiologia bacteriana é um dos principais problemas que levam a morbi-mortalidade na fibrose cística (FC). Staphylococcus aureus se destaca como um dos micro-organismos mais frequentes e com um agravante para a terapêutica quando se apresentam resistentes à oxacilina (MRSA). Amostras MRSA podem ser classificadas tanto genotipicamente quanto fenotipicamente em MRSA adquiridas na comunidade (CA-MRSA) ou adquiridas no hospital (HA-MRSA). Fenotipicamente, essa classificação é muito controversa, podendo se basear em critérios epidemiológicos ou ainda pelo perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Por outro lado, a classificação genotípica consiste na determinação dos cassetes cromossômicos (SCCmec), local de inserção do gene mecA (que confere resistência a meticilina). Atualmente são reconhecidos 11 tipos de SCCmec, sendo os de tipo I ao III e VIII relacionados ao genótipo HA-MRSA e IV ao XI ao genótipo CA-MRSA. Classicamente CA-MRSA é capaz de produzir a toxina Panton-Valentine leukocidin (PVL), codificada pelos genes luk-S e luk-F que está associada à pneumonia necrotizante e infecções de tecidos moles em pacientes com FC com quadros de exacerbação pulmonar. No Brasil, raros são os trabalhos envolvendo caracterização de SCCmec em amostras de pacientes com FC. Diante disso, este estudo teve como objetivo principal a caracterização dos tipos de SCCmec e ainda a determinação do perfil de susceptibilidade a antimicrobianos em uma população de MRSA recuperada de pacientes com FC assistidos em dois centros de tratamento no Rio de Janeiro, Hospital Universitário Pedro Ernesto (HUPE) e Instituto Fernandes Figueira (IFF). Foram estudadas 108 amostras de MRSA isoladas do período de 2008 a 2010, sendo 94 oriundas de 28 pacientes adultos atendidos no IFF e 14 de 2 pacientes adultos atendidos no HUPE. Foram encontradas altas taxas de resistência para os antimicrobianos oxacilina, cefoxitina e eritromicina. Todas as amostras foram sensíveis à vancomicina e a linezolida quando determinada as Concentrações Inibitórias Mínimas (CIM). Através da técnica de PCR foi possível a tipificação dos SCCmec em 82,4% das amostras, sendo 64% destas compatíveis ao genótipo CA-MRSA. Não houve diferença estatística nas taxas de susceptibilidade aos antimicrobianos entre as amostras CA-MRSA e HA-MRSA. Foram encontrados os SCCmec dos tipos I, III, IV e V, sendo os tipos I e IV os mais frequentes. O gene que codifica a toxina PVL foi encontrado em 34,2% das amostras e foi observado em amostras CA-MRSA e HA-MRSA. Nosso estudo se destaca por apresentar um alto percentual de amostras CA-MRSA e ainda por ser o primeiro do país a detectar a presença do gene que codifica a toxina PVL em pacientes com FC. Além disso, de forma inédita na literatura, encontramos o gene luk-S, em amostras classificadas como HA-MRSA em pacientes com FC. Os poucos estudos nacionais, bem como as diferenças encontradas entre trabalhos, refletem a necessidade de conhecimento mais aprimorado do MRSA envolvido nas infecções pulmonares dos pacientes com FC. / Bacterial lung infections are the major cause of morbidity and mortality in CF patients. Staphylococcus aureus is one of the most common pathogens isolated from colonization/infection in pediatric patients particulary when it shows methicillin resistance (MRSA), causing problems to a choice of antimicrobial therapy. This samples MRSA are classified either genotypically or phenotypically in CA-MRSA (community acquired MRSA) or HA-MRSA (hospital acquired MRSA). However, this phenotypic classification is controverse and is based on criteria epidemiological features or antimicrobial susceptibility. In the other hand, genotypic classification based on the diversity of the cassette chromosomal, wich harbours gene mecA (responsible for methicillin resistant). Currently, there are 11 SCCmec. types Types I to III and VIII are related with HA-MRSA genotype and types IV to XI with CA-MRSA genotype. Classicaly, CA-MRSA is able to produce the Panton-Valentine Leukocidin toxin that is encoded by genes luk-S and luk-F. This toxin is associated to necrotizant pneumonia and soft tissue infections and in FC patients with pulmonary exacerbation. In Brazil, the are few studies envolving SCCmec characterization. Thus the main purpose of this study was to determine the presence of SCCmec types and the antimicrobial susceptibility profiles of MRSA strains recover from patients with CF attended at Hospital Universitário Pedro Ernesto (HUPE) - UERJ and Instituto Fernandes Figueiras (IFF) FIOCRUZ. One hundred and eight MRSA isolates from FC patients were studied in a period of two years (2008-2010). Ninety and four isolates belongs to pediatric patients treated in IFF and 14 from adults patients from HUPE. We found high rates of resistance to antimicrobials such as oxacillin, cefoxitin and erythromycin. All isolates were susceptible to vancomycin and linezolid by the microdilution testing. 82.4% of the isolates where typed by multiplex PCR and 64 % belonged to CA-MRSA. No statistical difference were detected between samples CA-MRSA and HA-MRSA. The SCCmec types I, IIII, IV and V were detected, and the types I and IV were the most frequent. 34,2% of the isolates harbored the PVL gene. This is the first in Brazil detecting the PVL toxin gene and high rates of CA-MRSA isolates among CF patients. Furthermore, we find luk-S gene HA-MRSA isolates from CF patients. The few national studies, as well as the differences between studies, reflecting the need for more improved knowledge of MRSA involved in lung infections of CF patients.

Orientador: Simone Baldini Lucheis / Banca: Hélio Langoni / Banca: Renata Bonini Pardo / Resumo: O presente estudo teve como objetivo o isolamento de Staphylococcus aureus e estafilococos coagulase negativos (ECN), associados com casos de mastite subclínica, a partir de amostras de leite de 134 vacas, em dez pequenas propriedades leiteiras familiares, da região de Bauru - SP, determinar a susceptibilidade a antimicrobianos e investigar a presença de genes de enterotoxinas e do gene mecA de resistência à oxacilina, dos casos de mastite subclínica, a partir das cepas bacterianas isoladas do leite dos animais, e dos tanques de resfriamento. Isolaram se 105 amostras de Staphylococcus spp, sendo 55 (52,4%) estafilococos coagulase positivos (ECP) e 50 (47,6%) ECN. Entre os ECP, S.aureus foi isolado em 48 (87,3%) dos casos. Das 12 espécies de ECN isoladas, as mais freqüentes foram S. warneri, S. hyicus, e S. xylosus. Os maiores níveis de resistência, foram observados frente ao grupo dos beta-lactâmicos tanto para os ECP - 92,7% para penicilina e 90,9% para ampicilina, como para os ECN - 56% e 52% de resistência, respectivamente. Todas amostras de ECP foram sensíveis a cefalexina, e 96% dos isolados de ECN a enrofloxacina. Em relação a presença de genes codificadores de enterotoxinas, dos casos de mastite subclínica, 17/142 (12%) foi positiva para algum dos genes estudados. O gene sea foi o mais prevalente, sendo detectado em 11 (7,7%). O gene seb em 05 (3,5%) e o sec em 01 (0,7%) das amostras. Todas foram negativas para o gene sed. Dos Staphylococcus spp isolados das mastites subclínicas, houve detecção do gene sec em 8/105 (7,6%), sendo que cinco (4,7%) eram ECP, e três (2,8%) ECN. Das 10 amostras de leite dos tanques, duas (20%) foram positivas para sea e uma (10%) para seb. O gene mecA foi detectado em três cepas de S. aureus, (6,2%). A identificação de genes codificadores de enterotoxinas em casos de mastite subclínica e em tanques comunitários, sinalizam a importância do monitoramento destes agentes visando a... / Abstract: This study aimed at the isolation of Staphylococcus aureus and coagulase-negative staphylococci, from bovine milk samples, associated with cases of subclinical mastitis detected in ten small properties from Bauru - SP. Also, determine the antimicrobial susceptibility of the agents isolated and to investigate the presence of enterotoxin gene and the mecA gene of oxacillin resistance from the bacterial strains, and milk samples from bulk tanks . Of 105 samples obtained, 55 ( 52.4 %) were coagulase positive staphylococcus (CPS) and 50 (47.6%) coagulase negative staphylococcus (CNS). Among the CPS, S. aureus was isolated in most cases, 48 ( 87.3 %). Of the 12 CNS species isolated, the most frequent were S. warneri, S. hyicus, both with 8 (16%) and S. xylosus 7 (14%) . The highest levels of antibiotics resistance were observed for the group of β - lactam antibiotics - penicillin 92.7% and ampicillin 90.9% CPS and ECN - 56 % and 52 % respectively. The greatest sensitivity of the CPS strains was to cephalexin, and for CNS isolates to enrofloxacin. From the cases of subclinical mastitis, genes encoding enterotoxins were found in, 17/142 (12%) . The sea gene was the most prevalent being detected in 11 ( 7.7 %). The seb gene was detected in five (3.5%) samples, and in one sec (0.7%). All were negative for sed gene. When we consider the results directly from cultures of Staphylococcus spp. isolated from subclinical mastitis, there was only the gene sec in 8/105 (7.6%).From these isolates of Staphylococcus spp., positive for sec 05/105 (4.8%) were CPS, (03 S. aureus and 02 S.intermedius) and 03/105 (2.8%) CNS, (01 S. xylosus, 01 S.hyicus and 01 S.lugdunensis). To sea, seb and sed samples were negative. Of the ten samples from the bulk tanks, 02/10 (20%) were positive for sea and 01/10 (10%) to seb. The mecA gene was detected in three strains of S. aureus, representing 6.2% of the total of 48 S. aureus strains isolated. The identification ... / Mestre

Staphylococcus aureus destaca-se como principal micro-organismo associado à mastite bovina contagiosa, sendo que as infecções crônicas podem ser causadas pelo crescimento bacteriano na forma de biofilmes, o que pode estar associado à persistência desta bactéria na glândula mamária e à resistência a diversos antimicrobianos. Estudos epidemiológicos empregando técnicas como a macrorestrição seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE) têm sido realizados, com a finalidade de identificar clones e caracterizar as infecções por S. aureus. Os objetivos deste estudo foram: avaliar a frequência de isolamento de S. aureus em amostras de leite colhidas periodicamente em um grupo de propriedades leiteiras do Vale do Taquari, RS; avaliar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos dos isolados de S. aureus identificados; classificar esses isolados em grupos clonais; avaliar a distribuição e a permanência dos grupos clonais nas propriedades leiteiras ao longo do tempo, além de verificar a presença de genes relacionados à formação de biofilmes (icaA e icaD). Foram colhidas amostras de leite de todas as vacas em lactação de 21 propriedades, amostradas semestralmente durante dois anos, totalizando 1060 amostras. A presença de S. aureus nas amostras foi detectada por isolamento e a identificação foi realizada de acordo com o National Mastitis Council. Isolados confirmados foram testados, pela técnica de disco difusão em ágar, quanto à suscetibilidade frente a treze antimicrobianos. Os isolados também foram submetidos à macrorrestrição do DNA total – PFGE e posteriormente testados pela PCR para detecção dos genes icaA e icaD. Das 1060 amostras avaliadas, 395 não apresentaram crescimento bacteriano. Staphylococcus sp. coagulase negativa foram identificados em 262 amostras, seguido de 136 amostras em que identificou-se S. aureus. A frequência de isolamento de S. aureus variou de 3,45% a 70,59% nas 17 propriedades em que este agente estava presente. No teste de suscetibilidade aos antimicrobianos, a maioria (75,7%) dos 132 isolados testados apresentaram perfil de sensibilidade, sendo a resistência mais frequente à penicilina (18,2%) e ampicilina (14,4%). Em apenas 27,3% dos isolados detectou-se os genes associados à formação de biofilmes pesquisados, sendo o gene icaD o mais prevalente, seguido da presença de ambos os genes. Os 122 isolados clivados pela enzima SmaI e submetidos à PFGE foram classificados em 38 grupos clonais. Observaram-se poucos grupos clonais persistentes, pois somente seis foram descritos consecutivamente em pelo menos duas coletas. O grupo clonal 16 foi o mais prevantente, apresentando isolados em uma mesma propriedade ao longo de dois anos. Conclui-se que Staphylococcus aureus está presente na glândula mamária de bovinos em lactação em pequenas propriedades da região. Esses isolados apresentam baixa frequência de resistência aos antimicrobianos. Há uma grande variabilidade de pulsotipos entre os isolados presentes nessas propriedades, porém poucos grupos clonais persistem nas propriedades amostradas. Não foi possível associar a permanência dos grupos clonais nos rebanhos à presença dos genes icaA e icaD ou ao perfil de resistência a antimicrobianos. / Staphylococcus aureus stands out as the main microorganism associated with bovine contagious mastitis, whereas chronic infections can be caused by bacterial growth in the form of biofilms, which can be associated with the persistence of the bacteria in the mammary gland and resistance to various antibiotics. Epidemiological studies employing techniques such as macrorestriction followed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) have been carried out, aiming to identify clones and characterize S. aureus infections. The objectives of this study were: to assess the frequency of S. aureus isolation in milk samples collected periodically in a group of dairy farms from Taquari Valley, RS; evaluate the profile of antimicrobial susceptibility of S. aureus identified isolates; classify these isolates in clonal groups; assess the distribution and retention of clonal groups in dairy herds over time and to verify the presence of genes related to biofilm formation (icaA and icaD). Milk samples were collected from all lactating cows from 21 properties that were sampled every six months for two years, totaling 1060 samples. The presence of S. aureus in the samples was detected by isolation and the identification was performed according to National Mastitis Council. Confirmed isolates were tested for susceptibility to thirteen antimicrobial by disk diffusion technique in agar. The isolates also underwent macro-restriction of total DNA - PFGE and were subsequently tested by PCR for detection of genes icaA and icaD. Of the 1060 samples tested, 395 showed no bacterial growth. Staphylococcus sp. coagulase-negative samples were identified at 262, followed by 136 samples in which S. aureus was identified. The frequency of isolation of S. aureus ranged from 3.45% to 70.59% in 17 properties wherein this agent was present. In antimicrobial susceptibility testing, the majority (75.7%) of the 132 isolates tested showed sensitivity profile, being most frequent resistance to penicillin (18.2%) and ampicillin (14.4%). In only 27.3% of the isolates were detected genes associated with biofilm formation surveyed and icaD was the most prevalent, followed by the presence of both genes. The 122 isolates cleaved by SmaI and submitted for PFGE were classified into 38 clonal groups. There were few persistent clonal groups, because only six groups were described consecutively in at least two collections. The clonal group 16 was the most prevalent, presenting isolates at the same property over two years. Is conclusive that Staphylococcus aureus is present in the mammary gland of lactating cattle on small farms in the region. These isolates have low frequency of antimicrobial resistance. There is great variability of pulsotypes among isolates in those properties, but few clonal groups persist in the sampled properties. It was not possible to associate the permanence of clonal groups in herds to the presence of icaA and icaD or to the profile of antimicrobial resistance.

Made available in DSpace on 2016-08-15T20:30:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PolyannaDFSFB_DISSERT.pdf: 473477 bytes, checksum: 697c9e37a3a564d799921bed252579ca (MD5) Previous issue date: 2010-08-27 / Eight samples of peccary meat (Tayassu tajacu) and thirteen samples of agouti meat (Dasyprocta agouti) were collected and analysed using physicochemical and microbiological parameter. In the analysis were used 08 peccaries and 13 agoutis, all intensive farming. The meats were tested for moisture, dry matter and minerals; in microbiological analysis searched for the presence of enterobacteria, Staphylococcus and mesophilic bacteria. In the determination of dry matter, the average performance was 26.87 ± 1.1% for agoutis and 29.17 ± 1.54% for peccaries. In the analysis of minerals, we obtained an average of 4.84 ± 0.87 for peccaries and 4.72 ± 0.37 for agoutis. For the determination of moisture, peccary samples showed 70.83% and agouti samples showed 73.13%. In the analysis of enterobacteria, peccary samples had an average of 1.57 log10 UFC/g, and agouti samples had an average of 1.5 log10 UFC/g. In the determination of Staphylococcus, the samples showed an average of 1.57 log10 UFC/g and 1.55 log10 UFC/g for peccaries and agoutis, respectively. For mesophilic bacteria, peccary samples showed an average of 1.72 log10 UFC/g and agouti samples showed an average of 1.77 log10 UFC/g. Therefore, the physicochemical results were satisfactory compared with other animals of the same order. The microbiological results showed low levels of contamination. / Foram coletadas e avaliadas físico-quimica e microbiologicamente oito amostras de carne de catetos (Tayassu tajacu) e treze de cutias (Dasyprocta aguti). Nas análises foram utilizados 08 carcaças de catetos e 13 de cutias todos criados em cativeiro de forma intensiva. As carnes foram testadas quanto à umidade, matéria seca e minerais; nas analises microbiológicas pesquisou-se a presença de enterobactérias, Staphylococcus e bactérias mesófilas. Na determinação de matéria seca a média dos resultados foi de 26,87±1,1% para cutias e 29,17±1,54% para catetos. Na análise de minerais obteve-se uma média de 4,84±0,87 para catetos e 4,72±0,37 para cutias. Para a determinação da umidade as amostras de cateto apresentaram 70,83% e de cutia 73,13%. Na análise de enterobactérias as amostras de cateto apresentaram média de 1,57 log 10 UFC/g e as de cutia 1,5 log10 UFC/g. Na determinação de Staphylococcus coagulase positivos as amostras apresentaram média de 1,57 log10 UFC/g e 1,55 log10 UFC/g para catetos e cutias respectivamente. Para as bactérias mesófilas as amostras de cateto apresentaram média de 1,72 log10 UFC/g, e as de cutia apresentaram uma média de 1,77 log10 UFC/g. Portanto os resultados físicos químicos foram satisfatórios quando comparados com animais da mesma ordem e no microbiológico houve baixa contaminação indicando que o produto apresenta boa qualidade.