Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-27T18:20:19Z No. of bitstreams: 1 TATIANA HESSAB DE CASTRO ARANHA.pdf: 1009567 bytes, checksum: fb4a1f6da7bdfaf8b20dee653132ee39 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-27T18:20:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TATIANA HESSAB DE CASTRO ARANHA.pdf: 1009567 bytes, checksum: fb4a1f6da7bdfaf8b20dee653132ee39 (MD5) Previous issue date: 2012-08-20 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Genética Forense é um ramo da Ciência que está se expandindo a cada dia. O aprimoramento das técnicas moleculares vem trazendo uma constante renovação e relevantes discussões para a consolidação dessa área de estudo. Na identificação humana pelo perfil de DNA, além da comparação de perfis genéticos, usam-se métodos estatísticos a fim de estimar a probabilidade de um determinado perfil ser encontrado apenas a partir do doador em comparação ao de outro indivíduo qualquer da população. Essa análise é baseada em frequências obtidas de estudos feitos previamente na população. Para a realização dos casos criminais de identificação genética, o estado do Rio de Janeiro conta com o Instituto de Pesquisa e Perícias em Genética Forense (IPPGF), que é o órgão Pericial da Polícia Civil. Esse órgão recebe amostras de todo o estado, agregando um estoque representativo de amostras da população Rio de Janeiro. Dessa forma, um estudo empregando amostras do IPPGF é de grande importância na solução de casos de identificação genética criminal. Nesse contexto, o presente trabalho tem por finalidade caracterizar a população de Rio de Janeiro através das frequências alélicas de marcadores utilizados na genética forense a partir da análise de amostras de 505 indivíduos não aparentados, que doaram material biológico para confronto genético, no Instituto de Pesquisa e Perícias em Genética Forense, no período de 2008 a 2011. No presente estudo foram empregados 17 marcadores autossômicos do tipo STR 2 (short tandem repeats) e a genotipagem foi baseada nos kits de identificação humana Power Plex® 16 System / Power Plex® 16 HS System, da empresa Promega, e/ou AmpFlSTRIdentifiler™ / AmpFlSTRIdentifiler™ Plus e AmpFℓSTR® MiniFiler™, da empresa Applied Biosystems. Com base na análise dos perfis genéticos, foram calculadas as frequências alélicas dos marcadores genéticos, os parâmetros forenses, o coeficiente de endogamia (FIS), realizado o teste exato do Equilíbrio Hardy-Weinberg. Nos 17 marcadores estudados, foi detectado um total de 215 alelos distintos. O locus D21S11, foi o mais polimórfico (25 alelos), seguido do FGA (22 alelos). O alelo 8 do TPOX apresentou a maior frequência observada. Além disso, esse locus teve o menor Poder de Discriminação (PD = 0,879), Poder de Exclusão (PE = 0,419) e Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC = 0,676) e a maior Probabilidade de Coincidência Aleatória (PM = 0,121). O marcador genético Penta E apresentou o maior Poder de Discriminação (PD = 0,983), Poder de Exclusão (PE = 0,761) e Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC = 0,905) e menor Probabilidade de Coincidência Aleatória (PM = 0,017). Foram realizados ainda análises a fim de estudar a composição étnica da população. A árvore filogenética de Neighbor-Joining, com dados de diferentes regiões brasileiras, possibilitou detectar uma semelhança entre população do Rio de Janeiro e a população do Nordeste. No entanto, não foram observados valores estatisticamente significativos na análise do índice de fixação (FST) par a par entre as populações, indicando ausência de estruturação, importante característica no caso de marcadores genéticos utilizados em testes de identificação humana. O gráfico “Triangle Plot” populacional, gerado no software Structure, sugere que, em média, os indivíduos não apresentam contribuição maior de determinado grupo étnico em comparação com os demais, podendo a população do Rio de Janeiro ser formada por contribuição similar dos grupos étnicos principais. De maneira, geral observamos que os alelos de maior frequência nos diversos genes estudados também se distribuem amplamente nas diversas populações mundiais. / Improvement of molecular techniques has brought a constant renewal and relevant discussion to Forensic Genetics development. In human genetic identification, after comparing genetic profiles, statistical methods are applied to estimate the probability of a given profile be found only from the donor in comparison to another individual of the population. This analysis is based on frequencies obtained from previous studies done in the population. In the state of Rio de Janeiro, the IPPGF (Instituto de Pesquisa e Perícias em Genética Forense) is responsible for performing genetic identification in criminal cases. This Institute receives samples of the whole state, joining a representative stock of Rio de Janeiro samples. In this way, a research using samples of IPPGF is very important to solve criminal case of genetic identification. Therefore, this work aims to develop an allele frequencies database from samples of 505 unrelated individuals who, from 2008 to 2011, donated biological material to IPPGF. For this purpose, we have genotyped 17 autosomal STRs (short tandem repeats) using the human identification kits PowerPlex® 16 System / PowerPlex® 16 HS System (Promega Corporation) and AmpFℓSTR™ Identifiler / AmpFℓSTR™ Identifiler Plus and AmpFℓSTR® MiniFiler™ (Applied Biosystems). Based on the genetic profiles analysis, we have calculated 4 the STR allele frequencies, tested for Hardy-Weinberg equilibrium, inbreeding coefficient (FIS) and forensic parameters. In these 17 genetic markers, we detected a total of 215 distinct alleles. The locus D21S11, was the most polymorphic (25 alleles), followed by FGA (22 alleles). The TPOX allele 8 was the most frequently observed. Furthermore, this locus had the lowest Power of Discrimination (PD = 0.879), Power of Exclusion (PE = 0.419) e Polymorphism Information Content (PIC = 0.676) and the highest Probability of a Random Match (PM = 0.121). The marker Penta E had the highest Power of Discrimination (PD = 0,983), Power of Exclusion (PE = 0.761) and Polymorphism Information Content (PIC = 0.905) and the lowest Probability of a Random Match (PM = 0.017). Further analyzes were performed to study the ethnic composition of the population. The Neighbor-Joining phylogenetic tree (data from different Brazilian regions) showed a similarity between the Rio de Janeiro population and the Northeast Brazilian population. However, none statistical significance was observed in pairwise FST analysis among populations, indicating the absence of structuration, an important trait for of genetic markers used in human identification tests. The "Triangle Plot" graphic, designed by the Structure software, suggests that, on average, individuals have no greater contribution of a particular ethnic group and the Rio de Janeiro population may be formed by the similar contribution of the main ethnic groups. By comparing the allele frequencies obtained, we have detected that the alleles of higher frequency, in the present study, showed in general, wide distribution in various populations.

Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1809210 bytes, checksum: e118d10e8ea156df56a7871608a59d7b (MD5) Previous issue date: 2014-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Human identification is based on analyzing DNA through present throughout the genome molecular markers. These markers are transmitted from parents to offspring by heredity. STR markers are currently the most commonly used genetic markers in Forensic Genetics due to their high polymorphism, high reproducibility, possibility of being amplified by PCR in multiple copies in a single reaction, and minute quantities of DNA (1ng). The DNA test that allows individualization of the people is essential tool to the solution of forensic human identification cases, sex crimes, crime scenes (including or excluding suspects), mass disasters, and its result is presented in statistical calculations that consider allele frequency of markers used. So it is important to know the allele frequencies presented in the regional population so that the results are the most reliable possible. In this study , 15 autossomal markers (loci) STR or microsatellite (CSF1PO, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, FGA, TH01, and VWA TPOX) were studied in 766 unrelated individuals paraibanos, demonstrating a tri population - hybrid formed Africans (25.86 %), Amerindian (6.81 %) and Europeans (67.33 %). The most informative were D21S11 and FGA, and were less informative TPOX, D7S820 and D13S317. The results are important for a database with allele frequencies found in Paraiba population can serve as a useful basis for calculating forensic practice in the State of Paraíba. / A identificação humana está baseada na análise do DNA através de marcadores moleculares presente em todo o genoma. Estes marcadores são transmitidos de pais para filhos por hereditariedade. Atualmente os marcadores STR são os marcadores genéticos mais utilizados em Genética Forense devido ao seu elevado polimorfismo, alta reprodutibilidade, possibilidade de serem amplificados por PCR em inúmeras cópias numa só reação e em mínimas quantidades de DNA (1ng). O exame de DNA que permite a individualização das pessoas é ferramenta indispensável à solução de casos forenses de identificação humana, crimes sexuais, locais de crime (incluindo ou excluindo suspeitos), desastres em massa, e tem seu resultado apresentado em cálculos estatísticos que consideram a frequência alélica dos marcadores usados. Por isso é importante o conhecimento das frequências alélicas apresentadas na população regional de forma que os resultados sejam os mais fidedignos possíveis. Neste trabalho, 15 marcadores autossômicos (loci) STR ou microssatélites (CSF1PO, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, FGA, TH01, TPOX e vWA) foram estudados em 766 indivíduos paraibanos não aparentados, demonstrando uma população tri - hibrida, formada de africanos (25,86%), ameríndios (6,81%) e europeus (67,33%). Os mais informativos foram D21S11 e FGA, e os menos informativos foram TPOX, D7S820 e D13S317. Os resultados são importantes para que um banco de dados com as frequências alélicas encontradas na população paraibana possa servir de base de cálculo útil para prática forense no Estado da Paraíba.

Nowadays intensive research is conducted for application of genetic polymorphisms for degraded samples analysis, identification and kinship determination. Another area of research in forensic genetics is biogeographical and phenotypic traits (eye, hair and skin color) determination. First part of presented work dealt with population study on the Czech popu- lation using Investigator DIPplex (QIAGEN, Germany) marker set containing 30 autosomal insertion-deletion polymorphisms. Power of Discrimination (PD), which is the probability of random selection of two persons with different genotypes, was 99.9999999999% for the whole marker set. This part of study concluded that ana- lyzed marker set is suitable as an additional marker panel for identification and kinship determination in the Czech Republic. Second part of the presented study was devoted to population research of Cen- tral Croatia using Mentype Argus X-8 kit (QIAGEN, Germany) containing 8 short tandem repeat polymorhisms located on X choromosomes (X-STR) divided into 4 linkage groups. PD for the whole kit reached 99.9999% and 99.99999999% for males and females, respectively. This kit could be used in Central Croatian population for kinship analysis and for identification as an additional marker panel. The next part of the presented study was the...

Orientador: Heloisa Amelia de Lima Castro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-07-27T21:01:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_RogerioNogueirade_D.pdf: 3569902 bytes, checksum: 17185a17d4b8451b3874e92c0c333634 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A identificação humana pode ser realizada por meio dos mais variados procedimentos técnicos, principalmente pela análise comparativa dos documentos do prontuário odontológico. Atualmente, as técnicas de biologia molecular têm se apresentado como o recurso comparativo mais eficaz, contudo parcela significativa desses métodos requer, além do estabelecimento prévio de parâmetros de coleta de material biológico, a verificação da freqüência alélica da população na qual será aplicada. Assim, o presente estudo procurou evidenciar a freqüência dos alelos em 3 lócus de STR do cromossomo Y (DYS390, DYS391 e DYS393) numa população de indivíduos brasileiros leucodérmicos. Para tanto, foram padronizados protocolos de coleta e armazenamento de diferentes materiais biológicos, e estabelecidas rotinas de extração e amplificação do DNA. Os resultados apresentaram o lócus DYS390 com freqüência nos alei os 21, 22, 23, 24, 25 e 26, sendo o alelo 24 o que apresentou maior freqüência desse lócus, com 46%; o STR DYS391 com presença nos alelos 8,9, 10, 11 12 e 13, tendo o alelo 11 incidência de 37% desse STR; e o STR DYS393 nos alelos 11, 12, 13 14 e 15, tendo o alelo 13 apresentado freqüência de 45% desse lócus. Esses dados, comparados àqueles de outras populações, demonstraram haver individualidade no perfil alélico da população estudada, comprovando que, mais do que aplicar as metodologias disponíveis, é prudente que se verifiquem os padrões dos alelos na população alvo, pois a utilização de padrões alélicos de populações diversas da nossa pode levar a imprecisões nos diagnósticos de identificação humana / Abstract: Human identification can be accomplished by several technical procedures, especially by the comparative analysis of dental documents. Nowadays, molecular biology introduced more effective resources for the human identification. However, these methods demand the previous definition of parameters to the collection of biological material, and the verification of the allele frequency of the population in which they will be applied. Aiming to subsidize these methods, we observed the frequency of the alleles in three loci of STRs of the Y chromosome (DYS390, DYS391 and DYS393) in a group of Brazilian white subjects. We also standardized protocols for the collection and storage of different biological materiais, besides defining routines for the extraction and amplification of the DNA. Results presented alleles 21, 22, 23, 24, 25 and 26 in the locus DYS390, being the allele 24 the most frequent with 46%. STR DYS391 presented alleles 8, 9, 10, 11 12 and 13, and the allele 11, with 37%, was the most frequent. STR DYS393 presented alleles 11, 12, 1314 and 15, and the allele 13, with 45%, was the mostfrequent. The comparative analysis of these data, with information related to other populations, stresses the singularity of the allele profile of the studied population. Therefore, prior to the introduction of recent methods of molecular biology to the human identification, we should carefully verify allele patterns of the population, because the use of allele standards of other populations could produce imprecision in human identification processes / Doutorado / Doutor em Odontologia Legal e Deontologia

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-23T17:50:16Z No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-30T20:47:54Z (GMT) No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-30T20:47:54Z (GMT). No. of bitstreams: 5 Tese - Thais Cidália Vieira - 2013.pdf: 1996022 bytes, checksum: 437252ae67c575163ee228463ab65230 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 01.pdf: 505776 bytes, checksum: a98ddeb01fb4364e324489157f0257d0 (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 02.pdf: 300553 bytes, checksum: 033e986406f011061388dda4c9c0af3f (MD5) Artigo - Thais Cidália Vieira - 03.pdf: 342266 bytes, checksum: e5f53faff63d586fd7df2a4ef3682d45 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-12-17 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / (Sem resumo em outra língua) / Os marcadores STRs tem sido amplamente utilizados com diferentes propósitos incluindo estudos populacionais e identificação humana. Sendo assim, o presente estudo tem como objetivo determinar as frequências alélilas e outros parâmetros estatísticos de 27 loci STR na população do Estado de Goiás, região central do Brasil, consolidando um banco de dados genético-molecular para aplicações na área forense e em testes de paternidade. Foram incluídos no estudo 1339 indivíduos participantes de investigações de vínculo genético realizadas no Laboratório de Citogenética Humana e Genética Molecular da Secretaria de Estado da Saúde de Goiás (SES-GO) e Laboratório Biocroma, no período de julho de 2010 a janeiro de 2013. A extração e quantificação do DNA foi realizada com conjunto de reagentes comerciais de acordo com as orientações do fabricante. As regiões genômicas foram amplificadas por PCR através do sistema multiplex PowerPlex®BIO 16 (Promega Corporation, EUA) para os loci autossômicos, TPOX, D3S1358, D5S818, FGA, CSF1PO, D7S820, D8S1179, TH01, vWA, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, Penta D e Penta E, e pelo sistema Powerplex®Y (Promega Corporation, EUA), para 12 marcadores STR-Y, sendo dez tetranucleotídeos - DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391,DYS393, DYS437, DYS439 - um trinucleotídeo - DYS392 - e um pentanucleotídeo-DYS438. Os produtos amplificados foram detectados em analisadores genéticos automáticos, MegaBace® 1000 (Amersham Biosciences, UK) e ABI 3500® (Life Technology Applied Biosystems, EUA). Posteriormente, as frequências alélicas, diversidade gênica e haplotípica foram obtidas com o auxílio dos programas Arlequin 3.5 e Genetix 4.05. Os valores encontrados para os parâmetros estatísticos, tais como heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He), demonstraram que os marcadores STRs autossômicos analisados estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg na população estudada, semelhante a outras populações de diferentes regiões do Brasil. O conteúdo de informação polimórfica (PIC), o poder de discriminação (PD) e o poder de exclusão (PE) obtidos para estes loci confirmam que estas regiões são bastante informativas para aplicações em identificação humana. As frequências alélicas e diversidade haplotípica obtidas dos STR-Y revelou 321 haplótipos únicos. O valor do Fst foi de 0,00951 demonstrando nenhuma diferença significativa entre as populações de Goiás e a amostra da população brasileira. Foi possível estimar uma taxa de mutação de 0,35x 10-4 a 0,63x 10-3 sendo a maioria de origem paterna e com ganho ou perda de apenas uma unidade de repetição. A caracterização genética-molecular da população do Estado de Goiás baseada nos marcadores STRs autossômicos e cromossomo Y demonstraram que este loci são altamente polimórficos e informativos, constituindo uma ferramenta útil para aplicações em identificação humana, reconstruções de perfis genéticos, bem como estudos populacionais e evolutivos.

Este trabalho tem como objetivo a determinação da freqüência alélica de 12 microssatélites do cromossomo Y na população de Araraquara e da Grande São Paulo, tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados referentes a estes marcadores devido a sua crescente aplicação em diferentes áreas, entre elas a forense na qual a utilização destes microssatélites torna-se muitas vezes a única ferramenta disponível para resolução de casos. Para isto foram tipados 200 indivíduos, que não apresentavam relação de parentesco, divididos em quatro grupos de acordo com autoclassificação de cor (branco, preto, pardo ou oriental). Foram coletadas destes indivíduos amostras de sangue ou saliva a partir das quais foi feita extração do DNA utilizando diferentes protocolos de acordo com o tipo de amostra, seguida da amplificação dos 12 locos do cromossomo Y através do PowerPlex® Y System (Promega) de acordo com instruções do fabricante. Os produtos da amplificação foram submetidos a eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante a 6%, no seqüenciador ABI377 (Applied Biosystems) para obtenção dos perfis de cada loco. Os quais foram analisados com a utilização do software GeneScan ver. 2.1 (Applied Biosystems). Foi realizado o cálculo das freqüências alélicas e diversidade gênica de cada loco, assim como da diversidade haplotípica e capacidade de discriminação para cada grupo e para a amostra total. A comparação entre os resultados obtidos demonstrou que a variação dentro de cada grupo é maior que a variação entre os grupos. Os resultados obtidos foram enviados ao banco de dados mundial do cromossomo Y (Y-STR Haplotype Reference Database). / The aim of this study is to determine the allelic frequency of 12 microsatellites of the Y chromosome in Grande São Paulo and Araraquara population, in face of the amplification necessity of these markers data due to the increasing application of these markers on different fields, including the forensic on which the use of them is sometimes the only way to solve crime cases. For this purpose it was typed 200 unrelated individuals divided according to self report in four groups based on color skin (white, black, mulatto or yellow). Blood or buccal swab samples were collected and submitted to DNA extraction with different protocols according to the kind of sample. Subsequent amplification of 12 Y-STR was proceeded using the PowerPlex® Y System (Promega) following the manufacture’s protocol. The amplification products were submitted to electrophoresis in 6% polyacrilamid gel on ABI377 sequencer (Applied Biosystems) to obtain the profile of each locus. The results were analyzed with GeneScan ver. 2.1 software (Applied Biosystems). The allelic frequency and gene diversity of each locus as well as the haplotypic diversity and discrimination capacity was calculated for each group and for total sample. The comparison among the results showed that the variation inside the groups is higher than between groups. The haplotypes observed on this sample were sent to Y-STR Haplotype Reference Database.

Archaeological and genetic evidence have long supported the notion that the Indian subcontinent played an important role in the dispersal of modern humans out of Africa. In the present study, two Dravidian populations, namely Lingayat (N=101) and Vokkaliga (N=102) were examined using high-resolution analyses of Y-chromosome single nucleotide polymorphism (Y-SNP) and their associated seventeen short tandem repeat (STR) loci. The results revealed a prevalence of the major indigenous Indian Y-haplogroups (H, L, F* and R2), which collectively accounted for three-fourths of the Lingayat and Vokkaliga paternal gene pool. In addition, the presence of ancient lineages such as F*-M213, H*-M69 and C*-M216 suggested that modern humans reached India very early after their migration out of Africa. Finally, high haplotype diversity values at 17 Y-STR loci for Lingayat (0.9981) and Vokkaliga (0.9901) populations as well as the absence of shared haplotypes between them emphasized the importance of independent databases for forensic casework.

The application of Y-chromosome analysis is expanding in fields such as forensic science and genealogy. By researching the potential polymorphisms this chromosome can present, we can further our ability to assess DNA profiles for these disciplines to avoid erroneous exclusions of paternal linkage, wrongful convictions based on forensic evidence, and other misinformed genetic conclusions. The conservation of Y-haplotypes during transmission occurs due to a relative lack of genetic recombination events in the inheritance of the Y-chromosome [1]. However, random mutation events can occur in a paternal line resulting in haplotype changes. These changes can include allele duplications and deletions that occur at the STR and SNP loci used in forensic DNA analysis. This can become important in cases of sexual assault where male-female mixture samples have low amounts of male DNA such that the male signal is not amplified in currently used STR multiplexes [7]. In this study, we analyzed a father and his eleven sons using two different methodologies for genetic analysis; next generation sequencing and capillary electrophoresis. The samples were obtained from the Coriell Institute for Medical Research located in Hamden, NJ, in the form of frozen DNA extracts isolated from a blood-sourced lymphocyte cell culture [22]. DNA from these samples was tested with the ForenSeqTM DNA Signature Prep Kit [14] (Verogen, San Diego, CA) primer set A and the YFilerTM Plus PCR Amplification Kit [24] (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA). Using these two platforms, three Y-STR loci were identified as discordant between the father and all of his eleven sons. In all three instances, the father possessed the same allele as the sons as well as one additional allele. At two of these loci (DYS449 and DYS635), the additional allele was one repeat (4bp) longer than that of the shared allele. At the other locus (DYS458), the additional allele was three repeats (12bp) longer than that of the shared allele. Following read count and peak height analysis, it was concluded that these double allele loci are not the product of stutter and are potentially the product of a non-inheritable mutation. With the knowledge that the DNA was extracted from a blood lymphocyte cell culture, it is believed that a somatic mutation may be present in the cell line. We are not able to determine whether the mutations exist in the blood of the father (true somatic mutations) or occurred as a result of the cell culture process. Throughout the study, details concerning the position of these loci on the Y-chromosome, the repeat motifs of the alleles, and the potential for duplication and/or stutter as the originating event are discussed in an effort to further understand this phenomenon. Potential locus duplications were compared to those reported on the National Institute of Standards and Technology STRBase [21] list of allele variations and also to information found in literature. The observed DYS635 locus had an allele designation of 21,22 which is reported on STRBase. The DYS449 and DYS458 loci showed potential allele-specific locus duplications that were not found on STRBase. The implications of potentially undocumented non-inheritable allele patterns in the Y-chromosome, such as this, are significant when considering comparisons between DNA obtained from germline cells (sperm) versus a known casework sample which is usually obtained from blood or saliva [7].

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Reprodutibilidade, sensibilidade e controle de qualidade são essenciais em identificação humana pelos ácidos nucléicos exigindo uma referência que seja estável a temperatura ambiente e que monitore todo procedimento de manipulação da amostra. O estudo se propõe a construção de referências alélicas com plasmídeos recombinantes de 13 loci de STRs recomendados pelo CODIS-CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, vWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51 e D21S11. Os ácidos nucléicos foram extraídos de amostras de sangue ou saliva, com caracterização das STRs pela PCR e análise de fragmento. Os fragmentos dos diferentes alelos foram clonados em plasmídeos pGEM-T. Estes clones foram avaliados, utilizando-se dois sistemas comerciais. Obteve-se amplificações dos alelos das STRs D3S1358, TH01, D21S11, D5S818, D13S317 e VWA pelo PowerPlex®16 e D18S51, D21S11, D3S1358, D5S8181, D8S1179, TH01 e TPOX pelo AmpFLSTR®IdentifilerTM. A referência alélica com plasmídeos recombinantes foi construída e devidamente caracterizada demonstrando o seu potencial de aplicação como controle positivo. / Reproducibility, sensibility and quality control are essentials in DNA human identification, requiring a stabile ambient temperature reference that monitors all procedures of samples manipulation. This study propose allelic reference construction, that will be useful as externai positive control for 13 CODIS STRs - CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, vWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, e D21S11. The nucleic acid was extracted from saliva or blood samples and enabling PCR-based typing and fragment analysis. Differents alleles founded were cloned into pGEM-T easy vector plasmids. The clones were analyzed using two commercial systems. The STRs D3S1358, TH01, D21S11, D5S818, D13S317 and VWA were amplified by PowerPlex®16, and D18S51, D21S11, D3S1358, D5S8181, D8S1179, TH01 and TPOX by AmpFLSTR®IdentifilerTM. The allelic reference with recombinants plasmids was constructed and. duly characterized, and the positive control potential application was demonstrated.