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ELEMENTOS GENÔMICOS REPETITIVOS NO COMPLEXO Astyanax scabripinnis (TELEOSTEI, CHARACIDAE)Barbosa, Patrícia 08 February 2013 (has links)
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Patricia Barbosa.pdf: 1571215 bytes, checksum: daac7b661ca93cbfd05ca0e7cda85213 (MD5)
Previous issue date: 2013-02-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The most part of the eukaryote genomes is constituted for repetitive DNA or multiple copies DNA, which has already been considered as “junk”, may be associated to the heterochromatin. In this study three Astyanax scabripinnis populations from Pindamonhangaba and Guaratinguetá (SP, Brazil) rivers and stream and one population from Maringá (PR, Brazil) were analyzed about the nucleolar organizing region (NORs), As51 satellite DNA, 18S and 5S rDNA location. Moreover, repetitive sequences were isolated and mapped through Cot-1 technique, which showed homology with UnaL2, a LINE type retrotransposon. The fluorescent in situ hybridization (FISH), with the isolated built retrotransposon probe, evidenced disperse labeled and stronger in centromeric and telomeric chromosomes regions, co-located and interspersed with the 18S DNAr and As51, proven by the fiber-FISH technique. The B chromosome of those populations showed very conspicuous labeled with the LINE probe, also co-located with the As51 sequences. The NORs were actives in a single site of a homologue pair in all three populations, with no evidence that the transposable elements and repetitive DNA have influence in its regulation at the performed analyzes level. / A maior parte do genoma dos eucariotos é constituída por DNA repetitivo ou DNA de múltiplas cópias, o qual já foi considerado “lixo”, podendo estar associado à heterocromatina. Neste estudo foram analisadas três populações de Astyanax scabripinnis provenientes de rios e córregos de Pindamonhangaba e Guaratinguetá (SP, Brasil) e uma população da cidade de Maringá (PR, Brasil) quanto a localização das regiões organizadoras de nucléolo (RONs), DNA satélite As51, DNA ribossomal (DNAr) 18S e DNAr 5S. Ainda, foram isoladas e mapeadas sequências repetitivas por meio da técnica de Cot-1, que mostrou homologia com UnaL2, retrotransposon do tipo LINE. A hibridação in situ fluorescente (FISH), com sonda construída para o retrotransposon isolado, evidenciou marcações dispersas e mais concentradas em regiões centroméricas e teloméricas dos cromossomos, co-localizadas e interespaçadas com DNAr 18S e As51, comprovada pela técnica de fiber-FISH. O cromossomo B das populações mostrou marcações bastante conspícuas com a sonda LINE, também co-localizada com sequências As51. As RONs apresentaram-se ativas em sítios únicos de um par homólogo nas três populações, não havendo indícios de que elementos transponíveis e DNA repetitivo tenham influência na sua regulação ao nível das análises realizadas.
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Análise de células satélite em diferentes modelos murinos para distrofias musculares / Satellite cells analysis in different murine models for muscular dystrophiesRibeiro Júnior, Antonio Fernando 23 March 2018 (has links)
O tecido muscular tem uma alta capacidade de regeneração após lesão, que está diretamente ligada à presença de células satélites (SCs). Essas células são as principais células-tronco do músculo e também têm um papel fundamental no desenvolvimento muscular na embriogênese. Embora quiescente nos músculos adultos normais, as SCs podem ser ativadas por sinais específicos após lesão muscular. Em doenças caracterizadas por processo de degeneração crônica, como distrofias musculares, as SCs são constantemente ativadas, e esta condição pode levar à depleção do pool de SCs e consequente falha no processo regenerativo. Nós estudamos as SCs musculares nas linhagens distróficas murinas DMDmdx, Largemyd, DMDmdx/Largemyd, em comparação a camundongos normais, com o principal objetivo de avaliar o comportamento das SCs em músculos distróficos com diferentes graus de degeneração histopatológica. A expressão de genes e proteínas de fatores de transcrição relacionados a SCs foram estudadas no músculo, e os resultados foram comparados com as características histopatológicas de regeneração e degeneração e estado de proliferação de células musculares. Nossos resultados mostraram que o músculo distrófico mantém seu pool de células satélites, expressando PAX7, um importante fator muscular para autorrenovação do pool de SCs, em níveis semelhantes em todas as linhagens distróficas e controle normal. As células isoladas de músculo distrófico apresentaram uma maior proporção de células em proliferação, como observado pela análise dos marcadores de ciclo celular no músculo gastrocnêmio dissociado, com maior número de células na fase G2/M. A cascata de genes de regeneração é ativada no músculo distrófico, com altos níveis de expressão de fatores de regeneração muscular, como MYOD e Myogenin. O músculo distrófico mantém a capacidade de formar novas fibras, observada por um número significativo de fibras recém formadas, que expressam dMHC, em todas as linhagens analisadas. No entanto, essas novas fibras mostram características de maturação incompleta, como tamanho pequeno e pouca variação em seu calibre, que pode ser determinante para sua disfunção. A degeneração muscular é intensa apesar da regeneração, com infiltração significativa de tecido conjuntivo em camundongos distróficos. Em conclusão, nossos achados sugerem que os músculos distróficos, independentemente do grau de degeneração, mantêm o pool de células satélites com capacidade proliferativa e estão prontos para responder aos estímulos regenerativos. Por outro lado, a maturação dessas novas fibras é incompleta e não previne a degeneração do músculo / Muscle tissue has a high regeneration capacity after injury, which is directly linked to satellite cells (SCs). These cells are the main stem cells of the muscle and also have a key role in muscle development in embryogenesis. Although quiescent in normal adult muscles, SCs can be activated by specific signals upon muscle injury. In diseases characterized by chronic degeneration process, such as muscular dystrophies, the SCs are constantly activated, leading to depletion of the SC pool and consequent failure of the regenerative process. We studied muscle SCs in the mouse dystrophic strains DMDmdx, Largemyd, DMDmdx/Largemyd, comparing to wild-type mice, with the main objective to evaluate SCs behavior in dystrophic muscles with different degrees of histopathological degeneration. Gene and protein expression of transcription factors related to SCs were studied in the muscle, and the results were compared to regenerating and degenerating histopathologic pattern and proliferative state of muscle cells. Our results showed that the dystrophic muscle retains its satellite cells pool, expressing PAX7, an important muscle factor for self-renewal of the SCs pool, at similar levels in all dystrophic strains and wild-type. Dystrophic muscle single cells presented a higher proportion of proliferating cells, as observed by the analysis of cell cycle markers in dissociated gastrocnemius muscle, with a greater number of cells in the G2/M phase. The cascade of regeneration genes is activated in the dystrophic muscle, with high levels of expression of muscle regenerating factors, such as MYOD and Myogenin. Dystrophic muscle retains the ability to form new fibers, as observed by a significant number of new fibers expressing dMHC in all dystrophic strains. However, these new fibers show incomplete maturation characteristics, such as small size and no variation in fiber caliber, which could be determinant for its dysfunction. Muscle degeneration is intense in spite of regeneration, with significant more connective tissue infiltration in dystrophic mice than wild-typemice. In conclusion, our findings suggest that dystrophic muscles, independently of the degree of degeneration, retain the pool of satellite cells with proliferating capacity and ready to respond to regenerating stimuli. On the other hand, the maturation of these new fibers is incomplete and do not prevent the degeneration of the muscle
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Solução das ambiguidades de linhas de bases médias e longas: aplicação no posicionamento baseado em redesSilva, Crislaine Menezes da [UNESP] 01 October 2015 (has links) (PDF)
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000874637.pdf: 3049251 bytes, checksum: 612105d6db96ee6a9d1d53c4cf9e159e (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Essencial para o desempenho de posicionamento baseado em redes é que um usuá- rio receba e aplique as informações de correção geradas a partir de uma rede. Essas correções são necessárias para o usuário levar em conta os atrasos atmosféricos (ionosfera e troposfera) entre a sua localização aproximada e as estações da rede. A m de proporcionar correções mais precisas para os usuários, o processamento da rede deve ser baseada na solução das ambiguidades inteiras da fase da portadora entre as estações da rede. Denomina-se ambiguidade o número de ciclos inteiros entre as antenas do satélite e do receptor na primeira época de coleta de dados. As ambiguidades são introduzidas como parâmetros a serem estimados nas equações de observação. processo de solução das ambiguidades pode ser dividido em duas etapas: estimação e de validação. A estimativa está preocupada com o cálculo dos valores das ambiguidades. o etapa de validação é utilizada para inferir se o valor estimado pode ser aceito ou não. Um método muito utilizado pela comunidade cientí ca internacional para a estimação das ambiguidades inteiras é o método LAMBDA. Já para a validação os testes Ratio e FF-RT podem ser utilizados. O objetivo desta dissertação é investigar a solução das ambiguidades no contexto do posicionamento baseado em redes e sua implementação no software FCT_RTK_Net que foi desenvolvido em ambiente acadêmico. Nesta dissertação alguns experimentos sobre a solução das ambiguidades são apresentados, cujos resultados mostraram que o teste de validação FF-RT produz melhores percentuais de xação das ambiguidades. Os resultados também mostraram que o ADOP é um bom preditor da taxa de sucesso das ambiguidades e que a detecção e correção de perdas de ciclos são essenciais para a obtenção da solução das ambiguidades / Essencial to the performance of Network RTK positioning is that a user receives and applies correction information from a network. These corrections are necessary for the user to account for the atmospheric (ionospheric and tropospheric) delays between his approximate location and the locations of the network's stations. In order to provide the most precise corrections to users, the network processing should be based on integer resolution of the carrier phase ambiguities between the network's stations. Ambiguity is called the number of complete cycles between the satellite antenna and receiver in his rst season of data collection. The ambiguities are introduced as parameters to be estimated in the observation equations. Ambiguity resolution can be divided in two steps: estimation and validation. The estimate is concerned with the calculation of the ambiguities values. O validation stage is used to infer whether the estimated value can be accepted or not. A method widely used by the international scienti c community for the estimation of integer ambiguities is the LAMBDA method. For the validation the ratio test and FF-RT may be used. The aim of this work is to investigate the resolution of ambiguities in the context of Network RTK and its implementation in FCT_RTK_Net software that was developed in an academic environment. In this thesis some experiments on resolving the ambiguities are presented, the results showed that the FF-RT validation test produces better percentage xing the ambiguities. The results also showed that ADOP is a good predictor of the success rate of ambiguities and that the detection and correction cycles slips are essential for obtaining the resolution of ambiguities / FAPESP: 2013/06325-9
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Sensoriamento remoto e geoprocessamento na caracterização e avaliação pontual e espacial de solos e seus atributos / Remote sensing and geoprocessing on punctual and spatial characterization and evaluation of soils and their attributesAline Marques Genú 29 August 2006 (has links)
A necessidade de novas técnicas para a obtenção de informações sobre os solos e seus atributos, de forma mais rápida e menos onerosa, tornaram o sensoriamento remoto e o geoprocessamento uma importante opção. Estas técnicas permitem analisar uma grande quantidade de dados ao mesmo tempo e associar as informações espectrais com outras variáveis ambientais como geologia e relevo. Neste sentido, este trabalho teve por objetivos (i) caracterizar o comportamento espectral de solos pelos sensores orbitais ASTER e TM e o sensor terrestre IRIS; (ii) avaliar o potencial em estimar teores de atributos do solo por meio de dados espectrais orbitais ASTER em conjunto com os topográficos (avaliação pontual); (iii) determinar a distribuição espacial de atributos do solo pela imagem ASTER (avaliação espacial). Para isso, foram utilizadas informações georeferenciadas de 184 pontos de amostragem de solo da região de Rafard, SP. Também foram utilizadas as análises químicas e físicas das amostras, bem como as informações espectrais orbitais e em laboratório. Na sequência, curvas espectrais médias de solo e de atributos foram geradas para sua caracterização. Modelos estatísticos associando dados de reflectância e topográficos foram gerados para quantificar atributos do solo. Com isso realizou-se o mapeamento dos atributos do solo na imagem de satélite ASTER. Verificou-se que (i) é possível discriminar atributos do solo através de sensores orbitais, sendo que as bandas da faixa do infravermelho se mostraram mais eficazes; o ferro total e matéria orgânica foram os atributos melhor discriminados pelos sensores orbitais ASTER e TM, (ii) é possível quantificar os atributos argila, ferro, silício e titânio utilizando dados espectrais conjuntamente com topográficos, (iii) a quantificação de atributos foi melhor estimada com as variáveis espectrais e topográficas conjuntamente no modelo de regressão quando comparada ao modelo espectral individualmente, (iv) é possível mapear os atributos textura, matéria orgânica, ferro total e capacidade de troca catiônica com índices de até 75 % de similaridade. / The necessity of new techniques to obtain information about soil and its attributes, in a faster and cheaper form, turns remote sensing and geoprocessing into important options. These techniques allow the analysis of a great amount of data at the same time and associate spectral information with other environmental variables such as geology and relief. The objective of this work was (i) to characterize the spectral behavior of soils by orbital (ASTER and TM) and terrestrial (IRIS) sensors; (ii) to evaluate the potencial to estimate soil attributes content through ASTER orbital spectral data combined with topography (punctual evaluation); (iii) to determine the spatial distribution of soil attributes on ASTER image (spatial evaluation). Information was collected from 184 georeferenced soil samples from Rafard, SP. It was also used chemical and physical analyses of the samples as well as laboratory and orbital spectral data. Then, mean spectral curves of soils and attributes were generated for their characterization, statistical models associating reflectance and topography data were created to quantify soil attributes, and attributes maps were done at ASTER image. Results showed that (i) it is possible to discriminate soil attributes through orbital sensors, and the infrared bands were the best ones for this; total iron and organic matter were the best attributes discriminated by ASTER and TM sensors, (ii) it is possible to quantify clay, total iron, silicon and titanium using spectral and topographic data, (iii) the quantification of attributes was better estimated with spectral and topographic data in the models when compared to the models with spectral data only, (iv) it is possible to create maps of grain size distribution, organic matter, total iron and cation exchange capacity with indexes of 75% of similarity.
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Estimativas de biomassa, do índice de área foliar e aplicação do sensoriamento remoto no monitoramento no estudo da cobertura vegetal em áreas de florestas ombrófila aberta e densa na AmazôniaBatista França Carreire, Mabiane 01 November 2009 (has links) (PDF)
A Amazônia abriga 33% das florestas tropicais do mundo, é a maior e mais diversa floresta tropical do planeta. No entanto, o cenário do desmatamento e da degradação da floresta Amazônica tem sido alvo de interesse mundial, principalmente, devido a contribuição do desmatamento no aumento do aquecimento global. Este estudo foi conduzido na Fazenda Caiabi localizada no município de Alta Floresta (norte do Mato Grosso) e na Estação Experimental de Silvicultura Tropical (EEST/INPA) em Manaus (Amazônia Central). Nesta pesquisa, objetivou-se analisar a estrutura da vegetação, o estoque de biomassa seca, o índice de área foliar (IAF) e o comportamento espectral das florestas ombrófilas aberta e densa. O levantamento de campo foi realizado em três parcelas de floresta primária, nove parcelas de floresta manejada sob diferentes intensidades de corte e sete parcelas de floresta secundária (5, 8, 11, 23 e 30 anos) onde sofreram corte raso seguido de queima e abandonadas sem uso do solo subseqüente. Dentro de cada parcela de 1 ha, dividida em 9 subparcelas de 20x20m, foram mesurados e identificados todos os indivíduos com DAP ≥ 5 cm (floresta secundária) e DAP ≥ 10 cm (florestas primária e manejada). Nas subparcelas foram tiradas fotografias hemisféricas a cada 10 m para estimar o IAF. A análise florística mostrou que a vegetação de Alta Floresta tem menor diversidade florística em relação a vegetação de Manaus. O estoque de biomassa e carbono aumenta a medida que o estádio sucessionl avança. Em floresta manejada os valores de biomassa foram próximos dos valores da floresta primária, demonstrando que estas áreas recuperaram o estoque original de biomassa, 19 anos após a exploração seletiva. A análise de variância do IAF entre os sítios de Alta Floresta e Manaus demonstraram que há diferenças significativas (p < 0,01) entre os estádios sucessionais. No caso da floresta manejada, a análise estatística para o IAF não evidenciou diferenças significativas entre os tratamentos 19 anos após exploração. No processamento das imagens verificou-se que os valores do índice SAVI permitiram observar variações entre os estádios sucessionais. As capoeiras dominadas pelo gênero Cecropia apresentaram maiores frações de vegetação. As análises estatísticas para a série temporal das áreas manejadas indicam que o NDVI, SAVI e imagens-fração vegetação e sombra mudam significativamente com o passar do tempo. Porém, as interações entre tratamento*NDVI, tratamento*SAVI, tratamento*fração vegetação e tratamento*fração sombra não variaram significativamente com o passar do tempo.
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Análise multiescala de séries temporais do efeito da cintilação ionosférica nos sinais de satélite GPS a partir de wavelets não decimadasBrassarote, Gabriela de Oliveira Nascimento [UNESP] 27 August 2014 (has links) (PDF)
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000807064.pdf: 1315518 bytes, checksum: a9d0bfb3006b4cedb3d545508e96efc4 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O estudo da cintilação ionosférica, causada por flutuações na amplitude e na fase de um sinal eletromagnético quando este passa por irregularidades na densidade de elétrons da ionosfera, tem assumido um papel muito importante na pesquisa ionosférica e também no posicionamento por satélite. Isso se deve à crescente influência do GNSS na navegação e no sensoriamento remoto e também pelo fato da cintilação degradar severamente o desempenho desses sistemas. Ainda existem muitas lacunas a serem preenchidas para que possa ser proposto algum método efetivo para correção dos efeitos causados nos sinais GNSS ou mesmo previsão da cintilação, principalmente para a região equatorial, em que está situado o Brasil. Portanto, nessa dissertação objetiva-se investigar a cintilação sob uma perspectiva multiescala, abordando para tanto, a análise multirresolução a partir de wavelets não decimadas. Como consequência, os resultados desta investigação das séries temporais obtidas dos índices S4 de cintilação mostram a presença de um padrão que se repete na série em dias consecutivos em que há presença de dados. Tal comportamento periódico, que apresenta formato de U mostra estar relacionado com o efeito do multicaminho e pode influenciar na análise do índice S4 de cintilação ionosférica, fazendo-se necessário eliminá-lo. Através da decomposição em multiescala do período com baixos índices de cintilação é possível estimar o efeito do multicaminho, cuja repetibilidade é evidenciada nas escalas mais suaves. Uma vez estimado, esse efeito pode ser removido da série dos índices S4 no período de forte cintilação... / The study of the ionospheric scintillation, which is caused by fluctuations in the amplitude and phase of an electromagnetic signal when it passes through irregularities in the density of electrons in the ionosphere, has become very important in ionospheric research and also in satellite positioning. This is due to the increasing influence of GNSS navigation and remote sensing, and also because the scintillation severely degrade the performance of these systems. There are still many gaps to be fulfilled before the propositon of some effective method for correcting of the effects of the scintillation on GNSS signals or even its prediction, especially for equatorial region, which includes Brazil. This dissertation aims to investigate the ionospheric scintillation under a multiscale aspects using a multiresolution analysis from non-decimated wavelets. The investigation of the time series obtained of the S4 scintillation index showed the presence of a pattern that is repeated in the series on consecutive days in which there are data. This periodic behavior, which has U format and can be related to the effect of the multipath, influences the analysis of S4 ionospheric scintillation index, and should be eliminated. Through multiscale decomposition of the period with low scintillation index it is possible to estimate the multipath effect, which is evident in the smoother scales. Once identified and estimated, this effect can be removed from the S4 index series in the strong scintillation period...
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Alguns aspectos dinâmicos e termodinâmicos de um vórtice ciclônico de altos níveis (VCAN) sobre sua região de atuação. / Some aspects dynamics and thermodynamics of a ciclonic vortex in higle levels (CVHL) over your region of exportise.Santos, Alexandre Silva dos 26 May 2005 (has links)
The objective of this work is to analyze from the of Dynamics and
thermodynamics viewpoint one of the various Cyclonic Vortex of Upper Air (CVUA)
that were observed over the Northeast Brazil (NEB) and Amazonia during January,
2002. NCEP´s reanalyzes data (u and v wind components, geopotential height, specific
humidity, omega motion and temperature) plus satellite data were used to infer some
characteristic properties of the CVUA. All the fields refer to 00, 06, 12 and 18 UTC and
cover the 12 standard isobaric levels (1000, 925, 850, 700, 600, 500, 400, 300, 250, 200,
150 e 100hPa), together with their daily averages. Satellite imagery in the visible as
well as infrared and water vapor channels were used to validate the results of the
analyzes; in particular TRMM satellite that furnished the precipitation data along the
edge of the CVUA. The analyses of the upper air streamlines fields show that the
genesis of CVUA was due to the presence of an InterHemispheric Bifurcation over the
western coast of Africa (AIB) and a pair of anticyclones, namely the Bolivian High
(BH) and the Angolan High. During its life cycle, the studied CVUA show a quite
remarkable behavior with a varying translation speed and its persistent zonal trajectory
probably because the existing vortical systems in its neighborhood. The technique of
using relatively unemployed variables such as the thermodynamic functions q dot ,
apparent heating and moisture sources ( q1 and q2) were very useful tools as well as the
vertical sections of the secondary circulation that showed a clear link between upper and
lower level systems, mainly regarding the convective activity in the peripheral of the
CVUA. As part of the results, it is mentioned the potentiality of the used tools to infer
the depth, width and intensity of this large scale vertical system, the processes of energy
conversion implied in the secondary circulation and its associated precipitation pattern. / Este trabalho tem como objetivo analisar no ponto de vista dinâmico e termodinâmico,
um dos vários Vórtices Ciclônicos de Altos Níveis (VCAN) que foram observados
sobre o Nordeste Brasileiro do Brasil (NEB), durante o mês de janeiro, 2002. Dados de
reanálises do NCEP (Componentes u e v do vento, Altura Geopotencial, Umidade
Especifica, Omega (velocidade vertical) e Temperatura) mais dados de satélites usados
para inferir algumas propriedades características do VCAN. Todos os campos foram
obtidos nos horários de 00, 06, 12 e 18 UTC (Z) dividido em 12 níveis padrão isobárico
da atmosfera (1000, 925, 850, 700, 600, 500, 400, 300, 250, 200, 150 e 100hPa),
juntamente com suas médias diárias. Imagens de Satélite no canal infravermelho e
vapor d água foram usados para validar os resultados das análises; em particular o
satélite TRMM que forneceu dados da precipitação estimada ao longo da borda do
VCAN. As análises do campo das linhas de correntes de ar superior mostraram que a
gênesis do VCAN ocorreu pelo fato da presença de uma Bifurcação Interhemisférica,
escoamento sobre a costa oeste da África (BIAF), e a presença do par de anticiclones,
conhecido como Alta da Bolívia (AB) e a Alta de Angola (AAN). Durante sua vida, o
VCAN estudado mostrou uma variação na sua velocidade e trajetória zonal persistente,
provavelmente, por causa dos sistemas vorticais presentes em sua vizinhança. A técnica
de usar variáveis relativamente empregadas na termodinâmica, tais como a função q
ponto, as fontes aparentes de calor e umidade (q1 e q2), foram ferramentas úteis, bem
como as seções verticais e a circulação secundária que mostrou uma ligação entre os
sistemas de altos e baixos níveis, principalmente a respeito das atividades convectivas
na periferia do VCAN. Como conclusão, a trajetória do VCAN foi determinada pelo
posicionamento de outros sistemas vorticais nas suas adjacências. As ferramentas
dinâmicas e termodinâmicas determinaram à identificação, profundidade e largura do
VCAN. Importante também foi a circulação secundária em conjunto com omega para
determinação da conversão de energia cinética e potencial. E por fim, concluí-se que o
VCAN foi do tipo raso, ou seja, sem muita precipitação significante na sua periferia.
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Avaliação não supervisionada do processo de segmentação de imagens utilizadas em geociências / Unsupervised evaluation of segmentation process of images used in geoscience.Ana Maria Brandão Mileze 28 September 2010 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com a necessidade de extrair as informações contidas nas imagens de satélite de forma rápida, eficiente e econômica, são utilizadas cada vez mais as técnicas computacionais de processamento de imagens como a de segmentação automática. Segmentar uma imagem consiste em dividí-la em regiões através de um critério de similaridade, onde os pixels que estão contidos nestas possuem características semelhantes, como por exemplo, nível de cinza, textura, ou seja, a que melhor represente os objetos presentes na imagem. Existem vários exemplos de algoritmos segmentadores, como o de crescimento de regiões onde os pixels crescem e são aglutinados formando regiões. Para determinar quais os melhores parâmetros utilizados nestes algoritmos segmentadores é necessário que se avalie os resultados a partir dos métodos mais utilizados, que são os supervisionados onde há necessidade de uma imagem de referência, considerada ideal fazendo com que se tenha um conhecimento a priori da região de estudo. Os não supervisionados, onde não há a necessidade de uma imagem de referência, fazendo com que o usuário economize tempo. Devido à dificuldade de se obter avaliadores para diferentes tipos de imagem, é proposta a metodologia que permite avaliar imagens que possuam áreas com vegetação, onde serão formadas grandes regiões (Crianass) e o que avaliará as imagens com áreas urbanas onde será necessário mais detalhamento (Cranassir). / With the need of extracting the information contained in satellite images in a quick, efficent and economic way computational image process tecniques are being used more frequently, such as the automatic segmentation. Segmenting an image consists on dividing it in regions acording to a similarity standard, where the pixels which are contained there have the same characteristic, for example, level of gray, texture, that is, the one that best represents the objects on the image. There are lots of examples of segmentary algorithm like the development of areas where the pixels 'grow" and are agglutinated forming regions. To determine which are the best parameters utilized in these segmentary algorithms it is necessary to evaluate the results from the methods used more often, they are the supervized where there is a need of a reference image, considered ideal, giving us a priori knowledge of the regions in study. The unsupervised, where there is not the need of a reference image, make the user save time. Due to the difficulty of obtaining evaluators, for different kinds of images, is proposed the methodology that allows to evaluate images that have vegetation areas, where it will be formed large regions (Crianass), and the one that will evaluate the images with urban areas, where it will be needed more detailing (Cranassir).
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Isolamento de sequências repetitivas do genoma de espécies do gênero Ancistrus (Siluriformes: Loricariidae) / Isolation of repetitive sequences of the genome of species of the genus Ancistrus (Siluriformes: Loricariidae)Silva, Keteryne Rodrigues da [UNESP] 09 March 2016 (has links)
Submitted by KETERYNE RODRIGUES DA SILVA null (kethy-rs@hotmail.com) on 2016-04-18T13:44:34Z
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Dissertação PRONTA pdf.pdf: 2073917 bytes, checksum: a152ff76ebcbbec56c3a78a1d420c107 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-04-18T19:53:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2016-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O DNA pode estar organizado no genoma em sequências de cópias únicas e em sequências que se repetem várias vezes, denominadas sequências repetitivas. Estas sequências são constituídas basicamente por repetições em tandem (satélites, minissatélites e microssatélites) ou dispersas (transposons ou retrotransposons), e parecem estar envolvidas em diversos eventos celulares importantes, como por exemplo nos processos de replicação do DNA, de recombinação, de expressão gênica e de evolução dos cromossomos, auxiliando na manutenção e propagação do material genético celular. Em nível cromossômico parecem ser responsáveis por proporções significativas das variações cariotípicas observadas em diversos grupos. O gênero Ancistrus (Siluriformes, Loricariidae) apresenta atualmente 68 espécies nominais, e uma enorme quantidade de espécies ainda não identificadas. Alguns trabalhos vêm utilizando sequências repetitivas também em análises citogenéticas e moleculares para identificação de cromossomos homólogos e marcadores cariotípicos interessantes que podem auxiliar os trabalhos de identificação de espécies. Apesar de serem amplamente estudadas em diversos organismos, há ainda muito a ser entendido sobre essas sequências e sua organização no genoma. Este trabalho teve como objetivo isolar sequências repetitivas no genoma de espécies de Ancistrus, afim de encontrar possíveis marcadores para o gênero, que pudessem contribuir para o entendimento da taxonomia deste grupo, bem como auxiliar no entendimento do processo de evolução dos cromossomos sexuais dessas espécies. Dentre as sequências isoladas está um transposon da família TC1/mariner que se mostrou presente em todos os cromossomos das espécies analisadas e dois DNAs satélites que se apresentam acumulados em regiões centroméricas de alguns cromossomos. Sendo assim, este estudo resultou em dados que poderão contribuir com o entendimento da evolução cariotípica do gênero Ancistrus bem como fornecer mais informações sobre características e evolução dos cromossomos sexuais em peixes. / DNA may be organized in the genome as single copy sequences and as sequences that are repeated several times, called repetitive sequences. These sequences are basically constituted by tandem repeats (satellites, minisatellites and microsatellites) or scattered (transposons and retrotransposons), and seem to be involved in important cellular events such as, DNA replication process, recombination, gene expression and chromosome evolution, assisting in maintenance and spread the genetic material of cells. At chromosome level, seems to be significant proportions of karyotypic variations observed in several groups. The genus Ancistrus (Siluriformes, Loricariidae) has, actually, 68 nominal species and several species not identified yet. Repetitive sequences have been used in molecular cytogenetic analysis for identification of homologous chromosomes and interesting karyotypic markers that can assist in species identification works. Despite being widely studied in several organisms, there is still much to be understood about these sequences and their organization in the genome. This study aimed to isolate repetitive sequences in the genome of Ancistrusspecies in order to find possible markers for the genus, which could contribute to the understanding of the taxonomy of this group and to the understanding of the process of evolution of sex chromosomes of these species. Among the isolated sequences, there is a family of TC1/mariner transposon that showed to be present in all the chromosomes of the analyzed species, and two satellites DNAs that have accumulated in centromeric regions. Thus, this study resulted in data that could be contribute to understanding the karyotype evolution of Ancistrus genus as well as providing more information on the characteristics and evolution of sex chromosomes in fish.
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Determinação da biomassa vegetal e parâmetros ambientais associados na chapada do Araripe por imagem de satélite.SILVA, João Alvino Sampaio da 17 July 2018 (has links)
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Previous issue date: 2013-10-31 / O objetivo deste trabalho foi determinar e avaliar o comportamento anual do acúmulo de biomassa vegetal na Chapada do Araripe, a partir de dados do satélite Landsat 5-TM, com a combinação dos algoritmos SEBAL e CASA. Para a realização deste estudo foram obtidas 6 imagens, na órbita 217/ponto 65, nas datas de 30/07/2006, 18/08/2007, 21/09/2008, 24/09/2009, 13/10/2010, 29/08/2011 a que correspondem aos DJ de 211, 230, 264, 267, 286, 241, respectivamente. Avaliando a biomassa vegetal acumulada (Bio_Acum), obteve-se valores médios para a área de estudo iguais a 453,07 kg m-2, 486,50 kg m-2, 457,23 kg m-2, 571,82 kg m-2, 178,16 kg m-2 e 279,09 kg m-2, respectivamente para as referidas datas. Os elevados valores para a Bio_Acum na Chapada do Araripe, se deve ao fato de que a área com cobertura de árvores é responsável por aproximadamente 70% da biomassa estimada, onde o índice de vegetação por diferença normalizada (NDVI) é superior a 0,65. / The objective of this study was to determine and evaluate the annual performance of the accumulation of plant biomass in the Araripe, data from Landsat-5 TM, with the combination of algorithms SEBAL and CASA. For this study 6 images were obtained, in orbit 217/65 point, on the dates of 30/07/2006, 18/08/2007, 21/09/2008, 24/09/2009, 13/10/2010, 29/08/2011 corresponding to the DJ 211, 230, 264, 267, 286, 241, respectively. Evaluating plant biomass accumulated (Bio_Acum) gave average values for the area equal to 453.07 kg m-2 486.50 kg m-2 study, 457.23 kg m-2 571.82 kg m-2, 178.16 kg m-2 and 279.09 kg m-2, respectively, for these dates. The high values for the Bio_Acum Araripe, is due to the fact that the coverage area of trees is responsible for approximately 70% of the estimated biomass, where the vegetation index (NDVI) is greater than 0.65.
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