Orientadores: Shirlei Maria Recco Pimentel, Luciana Bolsoni Lourenço / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T06:02:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vittorazzi_StenioEder_D.pdf: 3469046 bytes, checksum: 548f412477dbed97bd45f19e26cea793 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Os genomas dos eucariotos são ricos em sequências repetitivas, as quais compreendem sequências dispersas e em tandem. Entre as sequências em tandem, incluem-se os DNA satélites, os DNA ribossomais e cópias parálogas. Os DNA satélites são os principais constituintes da heterocromatina constitutiva e os genes ribossomais transcrevem os RNAr para compor os ribossomos, que dividem-se em duas famílias, DNAr 45S e 5S. Em um mesmo organismo, diferentes tipos de DNAr 5S já foram reconhecidos, mostrando a existência de uma diversidade quanto a esse tipo de sequência. No anuro Physalaemus cuvieri, uma forma de DNA satélite denominada PcP190 foi caracterizada e teve sua origem atribuída a uma derivação do DNAr 5S em uma espécie ancestral. Em diferentes populações de P. cuvieri estudadas previamente com as ferramentas da citogenética convencional, uma acentuada variação interpopulacional nos cromossomos portadores da NOR pôde ser observada, e nas demais espécies do grupo de P. cuvieri, peculiaridades interespecíficas foram evidenciadas, porém, os cariótipos entre essas espécies são muito semelhantes. O objetivo nessa tese foi ampliar o estudo citogenético de espécies do grupo de P. cuvieri que possuíam carência na descrição cromossômica, como P. kroyeri e P. cicada. Objetivou-se também analisar o DNA satélite PcP190 em nível cromossômico e molecular, assim como estudar a organização molecular e a diversidade de sequências do DNAr 5S no genoma das espécies de Physalaemus e espécies de gêneros relacionados. Com os resultados da pesquisa, três capítulos são apresentados, sendo eles: (i) "Long-time evolution and highly dynamic satellite DNA in leptodactylid and hylodid frogs", o qual mostra que o DNA satélite PcP190 é amplamente conservado e pode ser reconhecido em representantes de duas famílias de anuros, Leptodactylidae e Hylodidae; além disso, mostra também que essas sequências são altamente dinâmicas nos cromossomos das espécies do grupo de P. cuvieri. (ii) "Diversidade do DNAr 5S em Leiuperinae (Anura)", os resultados mostram que no genoma desses anuros existe uma diversidade dessa classe de família multigênica maior do que proposto até então, e que essas sequências do DNAr 5S permanecem conservadas desde a divergência evolutiva entre os Actinopterigio e Sarcopterigio. (iii) "Cariótipo e mapeamento de DNA repetitivo em Physalaemus kroyeri e P. cicada (Anura Leptodactylidae)", onde é apresentado que a banda 5p de P. kroyeri tem se mostrado um bom marcador cromossômico para as espécies do grupo de P. cuvieri, o que indica se tratar de uma sinapomorfia cromossômica. Contrariamente, a ausência dessa banda 5p em P. cicada não fornece evidência para a inclusão de P. cicada no grupo de P. cuvieri ou em qualquer outro grupo de espécies / Abstract: The genomes of eukaryotic organisms are rich in repetitive DNA sequences, which can be dispersed or arrayed in tandem. The tandem repeat sequences include the satellite DNA, the ribosomal DNA, and paralogous copies. Satellite DNA is the main component of constitutive heterochromatin, while the ribosomal genes encode the rRNAs that make up the ribosomes; they are divided into two families, the 45S and 5S rRNA. Different types of 5S rDNA have been identified in a single organism, proving that there is diversity in this type of DNA sequence. In the anuran Physalaemus cuvieri, a satellite DNA family called PcP190 has been identified, which is thought to have derived from the 5S rDNA of an ancestor species. In different populations of P. cuvieri that were previously studied with conventional cytogenetic tools, an accentuated interpopulational variation among chromosomes harboring the NOR was observed, while in other species of the P. cuvieri group, interspecific traits were found. However, the karyotypes in these species are very similar. The aim of this thesis was to expand the cytogenetic studies on P. cuvieri species that needed further chromosomal description, such as P. kroyeri and P. cicada. Another objective was to analyze the PcP190 satellite DNA at the chromosomal and molecular level, as well as to study the molecular organization and the diversity of 5S rDNA sequences in the genomes of the Physalaemus species and other species of related genera. We present three chapters as a result of this research: (i) "Long-time evolution and highly dynamic satellite DNA in frogs," which demonstrates that the PcP190 satellite DNA is widely conserved and was recognized in representatives of two anurans families, Leptodactylidae and Hylodidae. Moreover, it also demonstrates that these sequences are highly dynamic within the chromosomes of the P. cuvieri species group. (ii) "5S rDNA in Leiuperinae (Anura): new insights on its evolution." The results show that in the genomes of these anurans there is wider diversity among this multigenic family than previously assumed and that these 5S rDNA sequences have remained conserved since the evolutionary divergence of Actinopterygii and Sarcopterygii. (iii) "Karyotype and repetitive DNA mapping of the Physalaemus kroyeri and P. cicada (Anura Leptodactylidae)," which demonstrates that the 5p chromosomal band of P. kroyeri is a good chromosomal marker for species from the P. cuvieri group, indicating that it is a chromosomal synapomorphy. Conversely, the absence of this 5p band in P. cicada does not provide evidence for the inclusion of this species in the P. cuvieri group or any other species group / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2503_1.pdf: 7928874 bytes, checksum: 7990aa6025df605e717878cc4fbc0368 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A Bacia de Pernambuco é uma bacia de margem passiva, cuja origem está relacionada à abertura do Atlântico Sul, sendo considerada um dos últimos elos de ligação entre os continentes da América do Sul e África. Na porção offshore da Bacia, foram recuperados os valores de anomalia arlivre e topografia/batimetria por altimetria de satélite, com objetivo de se averiguar a qualidade dos mesmos. Os dados onshore foram provenientes do levantamento gravimétrico executado pela CPRM na região compreendida entre o Recife e a Praia do Cupe. Na porção mais ao sul da área, uma campanha Geofísica foi realizada entre a praia do Cupe e Sirinhaém, pelos pesquisadores do Laboratório de Geofísica Aplicada UFPE, sendo integrados os dados gravimétricos resultantes desse trabalho em um único banco de dados. Os dados onshore e offshore obtidos permitiram a construção do mapa de anomalia Bouguer da área, e o processamento do sinal gravímetro permitiu separar as anomalias de maiores e menores comprimentos de onda. Modelagem 2D e 3D da área, permitiu se conhecer a geometria e a profundidade dos grábens de Piedade e Cupe, 4600 e 4000 metros, respectivamente. Com a integração dos dados de altimetria por satélite foi possível verificar a continuação dos grábens de Piedade e Cupe e o Alto representado pelo Granito do Cabo, para o mar, além da identificação do Alto do Maracatu em offshore. De uma forma geral, os dados de satélite, aqui trabalhados, resultaram em dados satisfatórios para o desenvolvimento desta pesquisa, contudo, quando se buscou uma análise de maior detalhe, foi observada certa deficiência dos dados em questão, que pode ser visualizado na baixa resolução do mapa de anomalia residual, comprometendo a localização e a interpretação das anomalias mais rasas

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:00:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo424_1.pdf: 2462108 bytes, checksum: 8ae6ff77b9fee5d08001426c2415b241 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo geral do presente trabalho consistiu em agregar informações ao conhecimento sobre o tubarão galha-branca oceânico (Carcharhinus longimanus), principalmente no que se refere à sua distribuição, abundância relativa e preferências de habitat no Atlântico oeste tropical. Apesar de ser uma espécie muito capturada na pesca oceânica de atuns, informações sobre estes aspectos da biologia da espécie são escassas e até mesmo ausentes na literatura. No primeiro artigo, foram analisados dados de captura e esforço de 14.560 lançamentos de espinhel pelágico realizados por embarcações arrendadas da frota atuneira brasileira, nos anos de 2004 a 2009. A CPUE, expressa pelo número de tubarões capturados a cada mil anzóis, exibiu uma tendência de aumento gradual ao longo dos anos, variando de 0,04 em 2004 para 0,14 em 2007. Em 2008, entretanto, a CPUE sofreu um aumento considerável, chegando a 0,45 e em seguida caindo para 0,10 em 2009. A distribuição espacial da CPUE por ano e por trimestre mostrou que a área delimitada por 10°S e 20°S de latitude e por 030°W e 040°W de longitude concentrou os maiores valores. Embora o comprimento total tenha variado entre 50 e 320 cm, quase 80% dos indivíduos capturados eram menores que 180 cm, tamanho de primeira maturação publicado na literatura. A distribuição espacial dos comprimentos mostrou uma concentração de indivíduos maiores entre 020°W e 030°W e entre 05°S e 20°S. Outra área de concentração de indivíduos maiores parece estar presente ao norte de 5°N, entre estas mesmas longitudes. No segundo artigo, foram analisados dados referentes ao deslocamento horizontal e vertical, com ênfase nas preferências de temperaturas e profundidades de dois tubarões galha-branca marcados com marcas do tipo pop-up satellite archival tag . As marcações ocorreram no final de janeiro e início de fevereiro de 2010, sendo o primeiro galha-branca marcado uma fêmea de 135 cm de comprimento total e o segundo um macho de 152 cm. Os resultados mostraram que ambos os tubarões apresentaram uma nítida preferência pelas águas quentes e superficiais da camada de mistura, permanecendo pelo menos 95% do tempo em águas com temperaturas acima de 26,0°C e 86% nos primeiros 50 m. Não foram registrados mergulhos profundos, com a profundidade máxima de 128 m e a temperatura mínima foi 15,6°C. Apesar da distribuição vertical restrita, os dados indicaram que os dois tubarões realizaram migrações circadianas na coluna d água, estando mais próximos da superfície durante o dia. Os locais de marcação e desprendimento das marcas não foram distantes um do outro, com a máxima distância percorrida sendo de 1.884 milhas náuticas. O deslocamento diário variou de 12,86 a 20,94 milhas náuticas e a velocidade média de natação ( SE) variou de 0,41  0,16 a 1,00  0,09 nós. Os movimentos verticais indicam migração no sentido leste-oeste

Orientador: Shirlei Maria Recco Pimentel / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:02:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_MariaMadalena_M.pdf: 15685623 bytes, checksum: a3cc5c24e8796d48cea2c0c1a4e9d253 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Os anuros dos gêneros Osteocephalus e Trachycephalus pertencem à subfamília Hylinae e os estudos revelam variações morfológicas para os espécimes desses gêneros, sugerindo a existência de espécies não descritas no grupo e dificultando sua taxonomia. Embora existam vários estudos envolvendo a família Hylidae, análises citogenéticas que envolvam os gêneros Osteocephalus e Trachycephalus são escassas. No presente trabalho foram analisados 43 espécimes das espécies Osteocephalus taurinus, Osteocephalus cf. taurinus, Osteocephalus sp. (aff. taurinus), O. oophagus, Osteocephalus sp., T. typhonius e Trachycephalus sp., de diversas localidades do Brasil. Os cariótipos foram analisados por coloração com Giemsa, bandamendo C, impregnação por prata, DAPI e FISH com sondas de DNA satélite (PcP190), telomérica e de DNAr 28S. Todos os exemplares apresentaram 2n=24 cromossomos caracterizados como metacêntricos, submetacêntricos e subtelocêntricos. A região organizadora do nucléolo (NOR) foi localizada próxima ao centrômero no braço curto do par 10 em todos os Osteocephalus, exceto em Osteocephalus sp. que se encontra no braço longo do par 7, coincidentes com as constrições secundárias. Nos quatro espécimes fêmeas da população de O. cf. taurinus coletados em Laranjal do Jari/AP, foi observado um heteromorfismo na localização da NOR , no qual pode ter ocorrido uma inversão paracêntrica. Em Trachycephalus sp. e T. typhonius, a NOR foi detectada no telômero do braço longo do par 10. A distribuição de blocos heterocromáticos detectados por bandamento C variou entre as populações de Osteocephalus taurinus, contudo, foi observado uma banda constante nos pares 4, 10 e 12, e, adicionalmente, uma banda foi visualizada no braço curto do par 2 nas populações de Ferreira Gomes e Laranjal do Jari /AP. Na população de O. oophagus, o bandamento C foi semelhante a O. taurinus, O. cf. taurinus e O. sp. (aff. taurinus), entretanto uma banda adicional foi visualizada no braço curto do par 7. Em Osteocephalus sp. as bandas C foram detectadas nos pares 7, 8 e 12. Os experimentos de FISH com sonda do DNA satélite PcP190 mostraram sinal de hibridação na região terminal do par 12 de O. taurinus e O. oophagus, sinal mais fraco na região intersticial do braço longo do par 9 em O. oophagus e nas populações de Porto Velho/RO e de Pontes e Lacerda/MT de O. taurinus e na região terminal do braço curto do par 2 em Osteocephalus sp.. Em Trachycephalus sp. foi detectado sinal de hibridação na região pericentromérica do par 2 e em T. typhonius nenhum sinal foi visualizado. Os marcadores utilizados não diferenciaram os cariótipos de O. taurinus e O. oophagus, pois apresentaram cariótipos conservados, mas permitiram diferenciar Osteocephalus sp. das demais espécies analisadas, sugerindo que essa espécie deva ser caracterizada taxonomicamente. Nossos dados revelaram que a sonda de DNA satélite PcP190 pode ser um bom marcador para diferenciação cromossômica das espécies dos gêneros Osteocephalus e Trachycephalus / Abstract: The frogs of the genera Osteocephalus and Trachycephalus belong to the subfamily Hylinae present considerable morphological variation that suggests the existence of a number of as yet undescribed species, hampering taxonomic analyses. While a number of studies have focused on the Hylidae family, few cytogenetic data are available on Osteocephalus or Trachycephalus. In the present study, 43 specimens were examined, representing the species Osteocephalus taurinus, Osteocephalus cf. taurinus, Osteocephalus sp. (aff. taurinus), O. oophagus, Osteocephalus sp., T. typhonius, and Trachycephalus sp., from a variety of Brazilian localities. The karyotypes were analyzed using Giemsa staining, C banding, silver impregnation, and DAPI. Fluorescent in situ hybridization (FISH) was conducted using satellite DNA (PcP190) probes, and telomeric and DNAr 28S sequences. All the specimens presented 2n = 24 chromosomes, including metacentric, submetacentric, and subtelocentric types. The Nucleolus Organizing Region (NOR) was located near the centromere of the short arm in pair 10 in all Osteocephalus specimens, except those of Osteocephalus sp., in which the NOR was found on the long arm of pair 7, coinciding with the secondary constrictions. The location of the NOR in the four female O. cf. taurinus specimens from Laranjal do Jari, in the Brazilian state of Amapá, was heteromorphic, indicating the possible occurrence of a paracentric inversion. In Trachycephalus sp. and T. typhonius, NOR was detected in the telomere of the long arm of pair 10. The distribution of the blocks of heterochromatin detected by C banding varied among the different Osteocephalus taurinus populations, although bands were invariably found in pairs 4,10, and 12, with an additional band being observed in pair 2 in the populations from Ferreira Gomes and Laranjal do Jari, both in Amapá. In the O. oophagus population, the C banding was similar to that found in O. taurinus, O. cf. taurinus, and O. sp. (aff. taurinus), although an additional band was observed in pair 7. In Osteocephalus sp., C bands were detected in pairs 7, 8, and 12. The FISH experiments using the PcP190 satellite DNA probe identified a hybridization signal in the terminal region of pair 12 in O. taurinus and O. oophagus, a weaker signal in the interstitial region of the long arm of pair 9 in O. oophagus and in the O. taurinus populations from Porto Velho (Rondônia) and Pontes and Lacerda, in Mato Grosso, and in the terminal region of the short arm of pair 2 in Osteocephalus sp. A hybridization signal was detected in the pericentromeric region of pair 2 in Trachycephalus sp., while in T. typhonius, no signal was found. The markers used in the present study did not differentiate O. taurinus from O. oophagus, which have conserved karyotypes, but did distinguish Osteocephalus sp. from all the other species, indicating that it is a new taxon, which requires formal identification. Overall, the results supported the use of the PcP190 satellite DNA probe as a marker for the differentiation of the chromosomes of the species of the genera Osteocephalus and Trachycephalus / Mestrado / Biologia Celular / Mestra em Biologia Celular e Estrutural

O Sistema ALIS (Atmospheric Limb Imaging System), do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE) em São José dos Campos, a bordo do satélite EQUARS (Equatorial Atmosphere Research Satellite), tem como objetivo observar três fenômenos ópticos da atmosfera na direção horizontal (Limb) do satélite em órbita: a aeroluminescência, os relâmpagos e os sprites. Os sprites são fenômenos luminosos verticais que ocorrem na mesosfera e ionosfera inferior de coloração vermelho-alaranjada e o seu estudo é de grande importância devido à influência que exerce sobre o clima terrestre, juntamente com demais fenômenos. O objetivo deste projeto é a criação de um software capaz de identificar relâmpagos e sprites capturados por meio de um CCD e, através desta identificação, decidir quais imagens devem ser guardadas para posterior envio e quais devem ser descartadas. Estudos preliminares demonstram que por meio de técnicas de segmentação de imagem utilizando-se contorno ativo (que poderiam ser empregados em uma posterior análise de formas) e compactação por meio de wavelets é possível reconhecer, localizar e guardar aqueles fenômenos que forem de interesse. / THe Atmospheric Limb Imaging System (ALIS), from Brazilian National Institute for Space Research (INPE), embedded in the Equatorial Atmosphere Research Satellite (EQUARS) aims at searching for three optical phenomena along the Earth’s Limb: airglow, lightning and sprites. Sprites are vertical luminous phenomena that occur in the mesosphere and inferior ionosphere of red-orange coloration. The gathering of knowledge on sprites is of great importance do to their influence over the terrestrial climate, together with the other phenomena. The objective of this project is to create a software tool capable of identifying lightnings and sprites captured by a CCD camera. From this identification the tool can decide which images should be kept for subsequent upload and which should be discarded. Preliminary studies have demonstrated that through image segmentation techniques with active contour (that could be employed in a subsequent shape analysis process) and wavelet-based compression methods it is possible to recognize, locate and preserv those phenomena of interest.

A espécie Bos indicus, particularmente a raça Nelore, é grande maioria no rebanho bovino da região acima do trópico no Brasil. Embora a habilidade desses animais em resistir às doenças parasitárias, condições climáticas e pastagens de baixa qualidade enalteçam a utilização em larga escala desta raça, estes animais não são considerados bons conversores de alimento e, conseqüentemente, precoces em comparação aos seus homólogos Bos taurus. Durante a formação das raças zebuínas brasileiras, houve uma participação das linhas maternas de Bos taurus, que pode ser demonstrada pela contribuição majoritária do genoma mitocondrial desta subespécie. Embora em escala muito menor, estima-se que exista também uma participação destas linhas maternas no genoma nuclear. O objetivo deste trabalho foi iniciar os estudos para estimar esta participação. Para os estudos foram utilizados 104 animais da raça Nelore e 8 animais de diferentes raças européias. Cinco regiões do DNA que produzem fragmentos microssatélites taurus/indicus específicos (HEL1, HEL9, ETH225, ILSTS005 e INRA063) foram amplificadas com a utilização de primers marcados com sondas fluorescentes. Os fragmentos foram submetidos à eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante 6% e visualizados após excitação com laser. No total foram encontrados 23 alelos para os microssatélites analisados o que representa uma média de 4,6±1,82 alelos por locus. Amplificou-se também uma região do DNA satélite 1711b que posteriormente foi digerida com a enzima de restrição Msp I. Verificou-se a existência de três possíveis genótipos entre os animais Nelore mtDNA Bos taurus e mtDNA Bos indicus. Os animais europeus analisados apresentaram sempre o mesmo padrão de restrição. A comparação dos componentes de variância do tamanho dos alelos intra e inter população usando os fragmentos microssatélites permitem a separação dos animais Bos taurus dos animais Nelore, mas não dos Nelore de origem materna distinta. No entanto, a freqüência de alelos indicus específicos nos microssatélites e de padrões de digestão do DNA satélite também indicus específicos sugerem uma participação da ordem de aproximadamente 6% do genoma taurus na população de gado Nelore. / Bos indicus specie, especially Nellore breed is responsible for the majority of Brazilian tropical herd. These animals are notably capable to endure parasite infection as well as hot weather and low quality feed. In one hand this qualities suggest the large scale application of this breed, but in other hand this same breed is well characterized as bad food converter and consequently far from having good precocity status compared with its Bos taurus homologues. It has been reported a matrilineal European participation in Zebu cattle since its introduction in American lands. This hybridization is confirmed by the majority contribution of Bos taurus mtDNA in these animals. Although in a much lower frequency, we hypothesize a Bos taurus cow participation in nuclei genome. The main aim of this work was to give the firsts steps towards the estimation of this participation. A total of 104 Nellore and 8 animals of different European breeds were used for DNA analysis. Five microsatellites fragments (HEL1, HEL9, ETH225, ILSTS005 e INRA063) were amplified applying primers with fluorescent dye. Amplified fragments were used in 6% polyacrilamide electrophoresis and visualized after laser excitation. Overall 23 alleles were detected averaging 4.6±1,82/locus. Variance components of microsatellites allele size comparisons allowed the formation of two clusters separating both subspecies. No significant variation was observed between Nellore with different maternal origins. A satellite 1711b DNA was also amplified and digested with the restriction enzyme Msp I. Three possible genotypes were identified in Nellore animals harboring B. taurus and B. indicus mtDNA. European originated animals always showed the same restriction pattern. Finally B. indicus specific microsatellite allele and satellite 1711b digestion patterns frequency allowed the estimation of 6% of B. taurus contribution in purebred Nellore. These results are discussed in terms of application in cattle genetic improvement.

Nos bancos de dados de T. cruzi há cerca de 3.750 ESTs de amastigotas e tripomastigotas, seqüenciadas a partir das extremidades 5\' ou 3\' de clones de cDNA. A metodologia ORESTES (Open Reading Frame Expressed Sequence Tags) possibilita obter seqüências transcritas parciais derivadas majoritariamente da porção central dos mRNAs, favorecendo a descoberta de novos genes. Neste trabalho, caracterizamos ORESTES de formas infectantes amastigotas e tripomastigotas da cepa humana VL10 (ATVL). A metodologia foi padronizada com formas epimastigotas da cepa CL Brener (ECL), monitorando-se nas preparações de mRNA a contaminação por DNA e a integridade dos transcritos. Populações de cDNA foram obtidas utilizando-se diferentes iniciadores aleatórios. O mesmo iniciador foi empregado nas etapas de RT e PCR, realizada em condições de baixa estringência. Obtivemos 776 e 1522 ORESTES de ECL e ATVL, respectivamente. Após análise com o programa PHRED, aceitaram-se 745 ORESTES de ECL e 1476 de ATVL. As ORESTES apresentaram um tamanho médio de 680 pb e um conteúdo de G+C de 53%. O agrupamento com CAP3 gerou 463 agrupamentos de ECL (360 singletons e 103 contigs) e 454 de ATVL (337 singletons e 117 contigs). A anotação foi feita utilizando-se o programa BLAST contra o banco nr do NCBI. Na biblioteca de ATVL observamos um número elevado de seqüências de RNA ribossômico (27%), amplificadas preferencialmente por dois iniciadores. Para ECL, a contaminação por rRNA foi de 3,6%. Para cerca de 50% das ORESTES de ATVL (n= 729) foi encontrada similaridade em bancos de dados de proteínas. Destas, 316 apresentaram similaridade com proteínas putativas conhecidas e 413 foram anotadas como proteínas hipotéticas e hipotéticas conservadas. Para 87 ORESTES de ATVL (5,9%) não foi observada nenhuma similaridade. 628 ORESTES de ECL (84%) apresentaram similaridade com proteínas depositadas em bancos públicos, ao passo que nenhuma similaridade foi encontrada para 18 cDNAs (2,4%). Ensaios de Southern blot confirmaram a presença de 4 ORESTES no match analisadas nos genomas das duas cepas. Não puderam ser atribuídas a processos biológicos conhecidos 39% e 68% das seqüências dos contigs de ECL e ATVL, respectivamente. Nos processos de Proteólise e Peptidólise, estão incluídas 11% das ORESTES de ECL e 0,3% das ORESTES de ATVL. Outras diferenças funcionais putativas foram observadas. A abundância diferencial dos transcritos de algumas ORESTES foi analisada por northern blot nos estágios evolutivos das cepas. Southern blot do contig ATVL95 originou um padrão de hibridização com múltiplas bandas, característico de seqüências repetitivas. Este contig corresponde ao transcrito do DNA satélite de 195 pb (195 SAT), uma seqüência repetitiva que perfaz cerca de 10% do genoma de T. cruzi e cuja transcrição é controversa na literatura. A transcrição do 195 SAT foi comprovada por experimentos de + northern blot e por RT-PCR. Transcritos de 195 SAT foram detectados nas frações de RNA de poliA+ e poliA-. Esses transcritos não conteriam a seqüência SL, presente nos mRNAs de tripanossomatídios. e poliA Utilizando oligonucleotídios complementares às duas fitas de 195 SAT concluímos que ambas são transcritas. Embora esteja claro que 195 SAT é transcrito, sua função biológica permanece desconhecida. / In T. cruzi databases, aproximately 3.750 ESTs of amastigotes and trypomastigotes, sequenced from the 3´ or 5´ ends cDNA clones can be found in T. cruzi databases. The ORESTES (Open Reading Frame Expressed Sequence Tags) methodology generates partial transcribed sequences derived mainly from the central portions of mRNAs, favoring the discovery of new genes. In this work, we have characterized ORESTES sequences from the infective amastigote and trypomastigote forms of the human strain VL10 (ATVL). The methodology was standardized with epimastigotes of the CL Brener strain (ECL), monitoring in the mRNA population DNA contamination and the integrity of the transcripts. cDNA populations were obtained using different arbitrarily selected, nondegenerate primers. The same primer was used in the RT and PCR steps, performed under low-stringency conditions. We obtained 776 and 1522 ORESTES of ECL and ATVL, respectively. After analysis with PHRED program, 745 ORESTES of ECL and 1476 of ATVL were accepted for further characterization. ORESTES showed a medium size of 680 bp and a G+C content of 53%. Clustering with CAP3 generated 463 unique sequences of ECL (360 singletons and 103 contigs) and 454 of ATVL (337 singletons and 117 contigs). The annotation was made with BLAST program against the NCBI nr database. In the ATVL library we observed an elevated number of ribosomal RNA sequences (27%), amplified mainly by two primers. In the ECL library, rRNA contamination was about 3.6%. Approximately 50% of the ATVL sequences (n= 729) were found in protein databases. From these, 316 showed similarity with putative known proteins and 413 were annotated as hypothetical proteins and hypothetical conserved proteins. No hit was observed for 87 ORESTES of ATVL (5.9%). 628 ORESTES of ECL (84%) showed similarity with proteins in public databases, while for 18 cDNAs (2.4%) no similarity was found. Southern blot assays confirmed the presence of four no match analyzed ORESTES in the genomes of the two strains. No known biological process could be assigned to 39% and 68% of the sequences of ECL and ATVL contigs, respectively. In Proteolysis and Peptidolysis processes 11% and 0.3% of ECL and ATVL ORESTES were allocated, respectively. Additional putative functional differences were observed. The differential abundance of transcripts of some ORESTES was analyzed by northern blot assays in the developmental stages of the strains. Southern blot of the contig ATVL95 originated a hybridization pattern with multiple bands, characteristic of repetitive sequences. This contig corresponds to the transcript of the 195 bp satellite DNA (195 SAT), a repetitive sequence that accounts for 10% of the T. cruzi genome and whose transcription is controversial in the literature. The transcription of the 195 SAT was evidenced by northern blot and RT-PCR experiments. Transcripts of 195 SAT were detected in polyA+ and poly- RNA fractions. These transcripts apparently do not contain the SL sequence, present in trypanosomatid mRNAs. By using oligonucleotides complementary to the two strands of 195 SAT, we concluded that both strands are transcribed. Although it is clear that 195 SAT is transcribed, its biological function remains unknown.

Esta tesis trata de la aplicación en agricultura de los datos polarimétricos obtenidos mediante satélites de observación de la Tierra eqipados con radar de apertura sintética. Los principales objetivos de la tesis se centran en dos productos finales: la clasificación de tipo de cultivo y la estimación de la altura de los cultivos. Para ello se hace uso de técnicas de descomposición polarimétrica basadas en modelos con datos SAR polarimétricos multi-temporales, medidos con RADARSAT-2 en banda C. Las contribuciones de esta tesis se resumen a continuación: 1. Se ha investigado por primera vez la aplicación de la descomposición de Neumann a la clasificación de cultivos. En este estudio se propone un método de clasificación supervisado basado en la descomposición de Neumann y el clasificador de bosque aleatorios (denominado "ND-RF") para la clasificación de cultivos. Las relaciones entre los tres parámetros de la descomposición de Neumann y los tres parámetros de la descomposición de Cloude-Pottier se han validado en esta aplicación empleando datos reales. Se ha hecho un amplio estudio sobre la importancia de los diversos parámetros en la clasificación de cultivos y se han comparado de forma completa las dos descomposiciones. 2. Se ha presentado una demostración y validación exhaustivas sobre la estimación de la altura del cultivo de maíz mediante observables polarimétricos con métodos de regresión de aprendizaje automático. En este estudio se explota un gran conjunto de datos formado por imágenes multi-temporales de banda C y mediciones in situ casi síncronas de la altura de los cultivos a lo largo de tres años en dos zonas de Canadá. Se utilizaron dos métodos típicos de regresión de aprendizaje automático: RFR y SVR. Se ha investigado la importancia de las características de entrada y el rendimiento después de filtrar la selección de observables. / Work supported by the Spanish Ministry of Science and Innovation, Research State Agency (AEI) and European Regional Development Funds under project TEC2017-85244-C2-1-P.

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Dado que en el Perú hay pueblos que aún no cuentan con señal televisiva de carácter nacional y debido a las dificultades que radican en el difícil acceso hacia estos poblados ya sea por su geografía o debido al variante clima, se requiere el estudio y documentación del desarrollo de un sistema para transmitir señales de televisión que permita cubrir estas necesidades a un bajo costo y sobrellevando las dificultades presentes en esta parte del territorio nacional. El objetivo es diseñar un sistema para la recepción de señales televisivas para zonas rurales a través de un sistema TVRO. Para dar solución a este problema se analizaron métodos como el IPTV, los sistemas satelitales y de señales por línea de vista, siendo el medio satelital el más adecuado para el estudio de un medio eficaz para llevar señales de televisión a zonas rurales de Cajamarca. Se considera la recepción inicial del canal del estado (TV Perú) a través del satélite Intelsat 14 45ºW por medio de un sistema TVRO determinando los componentes adecuados para la banda C, luego esta señal será transformada a la banda III de VHF (canal 7 analógico) para poder ser transmitido en baja potencia a todo el pueblo. El presente documento se encuentra estructurado en cuatro capítulos de la siguiente manera: el capítulo 1 presenta la importancia de los sistemas de información por televisión y la problemática nacional actual; el capítulo 2 muestra las tecnologías actualmente usadas y sus características; el capítulo 3 constituye la metodología a aplicar para el estudio de la recepción de televisión y el capítulo 4 comprende la propuesta de modelo del sistema de comunicación. En consecuencia, la recepción y posterior retransmisión de señales televisivas de carácter nacional disminuirán la brecha social y tecnológica que sufren ciertas zonas rurales, permitirá el aumento de conocimientos acerca de los mercados donde podrán comerciar y permitirá conocer nuevas técnicas para el desarrollo de sus labores económicas.