Existem evidências de que o gene HLA-B, cujo produto tem como função a apresentação de peptídeos a linfócitos CD8+ e ligação a receptores KIR, esteja sob a ação da seleção natural. As populações nativas da América do Sul possuem uma grande quantidade de alelos de HLA-B exclusivos (endêmicos) em freqüências elevadas, enquanto que as populações nativas norte-americanas compartilham seus alelos com a Ásia. A hipótese elaborada para explicar a diferença de perfil alélico entre as populações norte e sul-americanas é conhecida como turnover de alelos. Segundo essa hipótese, os alelos exclusivos de ameríndios teriam aumentado de freqüência e substituído os ancestrais por apresentarem com eficiência os antígenos dos patógenos sul-americanos e/ou devido ao efeito de deriva genética, que provavelmente foi importante como conseqüência dos pequenos tamanhos efetivos populacionais. Esse processo teria ocorrido várias vezes, explicando as diferenças nos perfis alélicos entre as populações sul-americanas, cada uma das quais com um determinado conjunto de alelos endêmicos. Para verificar se as populações que possuem maiores freqüências de alelos endêmicos apresentam sinais da atuação da seleção natural, nós analisamos o polimorfismo do gene HLA-B em 474 amostras oriundas de 26 populações nativo-americanas e uma siberiana, quantificamos a freqüência de alelos endêmicos por população e região, e aplicamos os testes de neutralidade Ewens-Watterson e D de Tajima. Nós encontramos uma correlação positiva entre aumento da distância do Estreito de Bering e maior freqüência de alelos endêmicos (r2 = 0,351, p<0,01). Entretanto, essa correlação desapareceu quando excluímos as populações norte-americanas (r2 = 0,109, p>0,10), mostrando que a correlação é uma conseqüência das diferenças entre as populações localizadas na região neártica, que praticamente não possuem alelos endêmicos, e as populações neotropicais, que apresentam uma maior freqüência de alelos endêmicos. Esse resultado está de acordo com a hipótese de que há uma correlação entre o ambiente tropical e alterações do perfil alélico das populações ameríndias. O teste de D de Tajima mostrou desvios significativos de neutralidade, na direção de seleção balanceadora, ao longo de todo o continente (p<0,05), não havendo diferenças entre as populações com maiores ou menores freqüências de alelos endêmicos. Esse resultado é, provavelmente, conseqüência da captação de um sinal seletivo anterior à entrada no continente americano. Nossos resultados mostram que a composição de alelos endêmicos difere entre os grupos populações, e não entre as populações individuais. Portanto, é plausível que a seleção natural tenha promovido a substituição dos alelos asiáticos antes do estabelecimento das populações ameríndias individuais que conhecemos hoje. Essa hipótese está de acordo com a quase total ausência de populações desviando significativamente do esperado segundo o modelo neutro, quando aplicamos o teste de Ewens-Watterson, que ao contrário do D de Tajima, é menos afetado por eventos seletivos antigos. / The protein encoded by the HLA-B gene presentes antigenic peptides for immune recognition by T cells and interacts with killer cell immunoglobulin-like receptors. There is strong evidence that HLA-B is evolving under natural selection. South American Amerindians Populations have a great number of exclusive (endemic) HLA-B alleles in high frequency. These are alleles found in this geographic region, and nowhere else in the world. Differently, Native North American Populations have the same alleles as those found in Asians. The allelic turnover hypothesis was proposed to explain these findings. According to this model, the endemic South American alleles reached high frequencies and replaced the old ones under pathogen driving selection and/or strong genetic drift. It is likely that the allelic turnover occurs several times in the history of South Americans Populations, explaining the differences in endemic alleles present in each populations. It is plausible that Native Americans Populations with evidence of allelic turnover were under a strong selective pressure. To test this hypothesis we analyzed the HLA-B gene in 474 individuals from 26 Native American and one Siberian Populations. We described the endemic alleles frequencies for each population and applied the Ewens-Watterson and Tajimas D tests of neutrality. We found a positive correlation between distances from the Behring Strait and on increase in the frequency of the endemic alleles (r2 = 0.351, p<0.01). However, significance was lost when the North Americans Populations werw removed (r2 = 0.109, p>0.10), showing that the correlation was driven by differences between the Neartic Populations (low frequency of endemic alleles) and Neotropical Populations (high frequency of endemic alleles). This observation is in agreement with the hypothesis of correlation between the tropical environment and the shift in the allelic composition observed in Native Latin American Populations. Our results of Tajimas D showed deviations compatible with the action of balancing selection in populations in all the Americas. It is likely that this signal was generated before the colonization of the continent, probably with no correlation with the increase of the endemic alleles frequencies. We observed similarities in the endemic allelic composition of populations located at specific regions (eg, Amazonia or South Mexico) which is likely an effect of their common ancestry Only two populations deviated significantly from neutrality when we applied the Ewens-Watterson test (a less powerful test for ancient selective or demographic effects than Tajimas D). These results are compatible with selection favoring the endemic alleles in the past, before the establishment of the individual populations, whose demographic histories resulted in patterns of variation compatible with neutrality.

A seleção de grupo foi proposta inicialmente em um contexto ecológico como uma força seletiva agindo sobre o grupo da mesma forma que a seleção individual atua sobre os indivíduos que compõem a população. Apesar da oposição inicial dos biólogos evolucionários tradicionais, nas últimas décadas estes conceitos têm se revelado bastante úteis no estudo de problemas pouco relacionados a sua motivação original. Na primeira parte desta tese, investigamos um modelo de seleção de grupo que usa a extinção diferenciada como força seletiva atuando sobre os grupos. Neste modelo a população é composta de grupos que no jargão de seleção de grupo são denominados demes. As demes por sua vez são habitadas por indivíduos de dois tipos (altruístas não-altruístas) que podem reproduzir-se, sofrer mutação e migrar de uma deme a outra. A dinâmica da população é implementada lançando-se mão de matrizes de transição associadas a cada um destes eventos, levando a um conjunto de equações de recorrência aclopadas cuja iteração dá o estado estacionário da freqüência dos diferentes tipos de demes na população. Examinado inicialmente no regime determinístico, no qual o número de demes é infinito mas o número de indivíduos em cada demes é finito, este modelo revelou o papel desestabilizador das mutações sobre as demes totalmente altruístas. Seguido ao regime determinístico, fizemos um estudo do modelo ainda com extinção diferenciada, considerando o número de demes finito, com vistas a investigar os efeitos provocados pela finitude da população no estado estacionário da freqüência de demes na população. Observamos um aumento ainda maior da instabilidade do estado altruísta provocado pela mutação em face da diminuição da quantidade de demes presentes na população. Finalmente, investigamos um modelo para a evolução da produção de enzimas que usa a seleção de grupo característico em sua concepção. Esta modalidade de seleção de grupo baseia-se no conceito de freqüência média subjetiva, uma freqüência estimada com base na estrutura da população que neste caso também é composta por grupos. Apresentamos uma nova formulação matemática para o mesmo problema com a qual abordamos outro modelo recentemente proposto na literatura que trata da evolução de características altruístas. / Group selection was proposed initially within an ecological context as an evolutionary selective force acting on a group in the same way as the individual selection does on the individuals composing the population. Despite the initial resistance of the conservative evolutionary biologists concerning the ideas of group selection, in the last decades those concepts have been very useful in the investigation of other problems not very correlated to its original motivation. In the first part of this thesis, we investigate a group selection model based on differential extinction as a selective force. In this model, the population is divided into groups, which in the context of group selection are termed demes. The demes are inhabited by two different types of individuals, namely, altruists and non-altruists, which are capable of reproducing themselves, mutating to the other type, or migrating to another deme. The population dynamics is formulated resorting to the transition matrices associated to those events, resulting in a set of coupled recursion equations describing the time evolution of the frequencies of the different types of demes in the population. Considering first the deterministic regime, which corresponds to the limit of infinite demes, each deme containing only a finite number of individuals, this model reveals the destabilizing role of the mutation mechanism on the altruistic demes. Following that analysis, we investigate a stochastic version of the above model, in which the number of demes is finite. The focus was on the effects of the finiteness of the population in the stationary frequencies of the demes. We verified that the instability of the altruistic state due to mutations becomes even more pronounced when the number of demes is reduced. Finally, we investigate a model for the evolution of enzymes production using the concepts of trait-group selection. This kind of group selection is based on the definition of the average subjective frequency, which is estimated by considering the structure of the population. We propose a new mathematical formulation to this problem, which we then use to study a recently proposed model to describe the evolution of altruistic features.

No presente trabalho caracterizou-se o padrão de utilização de conchas pelo ermitão Paguristes tortugae, habitante do infralitoral da Ilha Anchieta (Ubatuba), analisando-se comparativamente o padrão de seleção e de ocupação de conchas no ambiente natural e em laboratório. Para o estudo de ocupação de conchas no ambiente, os indivíduos foram coletados mensalmente (janeiro a dezembro/1998) na região infralitorânea de quatro áreas da Ilha, por mergulho autônomo. Os ermitões foram medidos quanto ao comprimento e largura do escudo cefalotorácico, altura e comprimento do própodo quelar, contados, determinado seu sexo e pesados. Para os experimentos de seleção de conchas, os animais foram mantidos vivos em aquário de vidro. Nestes experimentos laboratoriais, os animais foram retirados de suas conchas e colocados com um número suficiente de conchas com tamanhos apropriados. Após 72h os animais e as conchas escolhidas foram analisados quanto ao peso dos ermitões e das conchas e as respectivas medidas. A escolha quanto ao tipo de concha foi analisada de acordo com a porcentagem de ocupação de uma espécie em relação à outra. Para a escolha quanto ao tamanho da concha, avaliou-se as análises de regressão entre as dimensões dos ermitões e das conchas. Um total de 2429 exemplares de P. tortugae foram analisados (1092 machos, 495 fêmeas não-ovígeras e 842 fêmeas ovígeras), ocupando 21 espécies de conchas de gastrópodos. Este perfil, indicativo de ampla diversidade no padrão de ocupação, apresentou Pisania auritula (35.49%), Cerithium atratum (27.83%) e Morula nodulosa (12.70%) como as mais ocupadas. Os machos (38.46%) e as fêmeas ovígeras (38.00%) ocuparam, em maior porcentagem, as conchas de P. auritula, enquanto que as fêmeas não-ovígeras (39.40%) ocuparam C. atratum. Houve dimorfismo sexual quanto ao tamanho em favor dos machos e, a razão sexual foi de 1:1.2, em favor das fêmeas. Verificou-se que as conchas mais ocupadas foram as menos adequadas. Leucozonia nassa foi a mais adequada tanto no ambiente quanto no laboratório, corroborando a hipótese de que a ocupação das conchas está associada ao ambiente em que vivem e à sua disponibilidade. A maior correlação ocorreu entre as dimensões dos ermitões e o peso da concha, sendo esta a relação que melhor caracterizou a escolha e a ocupação das conchas por P. tortugae. Quanto ao sexo, as fêmeas ovígeras apresentaram as melhores correlações, estando melhor adequadas ao peso e ao volume interno da concha, favorecendo a fecundidade e o processo reprodutivo anual. Tal condição foi corroborada com os experimentos de laboratório, onde constatou-se que as fêmeas ovígeras apresentaram preferência por conchas com maior volume interno (L. nassa e C. atratum). Em laboratório, dentre as seis espécies de conchas com maior ocorrência de ocupação no ambiente, o padrão de preferência foi L. nassa > P. auritula > S. haemastoma > T. viridula para os indivíduos maiores e C. atratum > M. nodulosa para os indivíduos menores. Estes resultados, comparados aos da natureza, demonstraram que P. tortugae apresentou um padrão de preferência pelas conchas mais disponíveis na natureza, mesmo não sendo as mais adequadas quanto às dimensões. Neste sentido podemos inferir que o padrão de utilização de conchas de P. tortugae pode estar fortemente associado à disponibilidade de conchas, ao tamanho e à condição reprodutiva dos indivíduos. / This study characterized the pattern of shell utilization by the hermit crab Paguristes tortugae, inhabiting infralittoral areas of Anchieta Island (Ubatuba), analyzing comparatively the pattern of the shell occupation in the field and in the laboratory. For the shell occupation study in the field, the individuals were collected monthly (January to December/1998), by scuba methods in four infralittoral areas of the Island. The hermit crabs were measured on the basis of shield width and length, propodus height and length, sexed and weighed. In the shells selection experiments, the animals were maintained alive in the laboratory. All experiments were conducted in a glass aquarium where the hermit crabs were placed naked with a large number of shells of appropriate sizes. After 72h the hermit crabs and chosen shells were analyzed by preference and measured. The shell type preference was estimated by the percentage of occupation of the chosen species. The preferred shell type and size were determined by regression analysis. A total of 2429 individuals of P. tortugae were analyzed (1092 males, 495 non-ovigerous females and 842 ovigerous females), occupying 21 species of gastropod shells characterizing a considerable diversity in the shell occupation pattern. The most occupied shells were Pisania auritula (35.49%), Cerithium atratum (27.83%) and Morula nodulosa (12.70%). The males (38.46%) and the ovigerous females (38.00%) occupied in higher percentage P. auritula shells, while the non-ovigerous females (39.40%) occupied C. atratum. It was verified sexual size dimorphism, being the males larger than females. The sex ratio was 1:1.2 in favor of females. It was verified that the most occupied shells least adequate and that L. nassa was the most adequate in the field and in the laboratory, corroborating the hypothesis that the shell utilization is associated to the habitat and to the availability in the field. The highest correlation coefficients were obtained for the relations between the crab dimensions and shell dry weight. In relation to sex, the ovigerous females showed the best correlation coefficients being more adequate to the shell weight and internal volume, that may favor the fecundity and the annual reproductive process. This condition was corroborated by the laboratory experiments when the ovigerous females preferred shells with higher internal volume (L. nassa e C. atratum). In laboratory, among the six most occupied shell species in the field, the preference pattern was L. nassa > P. auritula > S. haemastoma > T. viridula to larger individuals and C. atratum > M. nodulosa to the small ones. These results, compared to the field study, showed that P. tortugae exhibited a pattern of preference for the most available shells in the field, even if they’re not the most adequate to the crab dimensions. In this sense we may infer that the shell utilization pattern of P. tortugae may be associated to the shell availability and to the size and reproductive conditions of the individuals.

Em bioensaios de laboratório foram estudados isolados de Beauveria bassiana (25), Metarhizium anisopliae (7), Paecilomyces spp. (11) e Verticillium lecanii (1) visando ao controle microbiano de Bemisia tabaci biótipo B. A pesquisa foi realizada sob condições controladas (25 &#177; 0,5°C, 80 &#177; 5% UR e 12 horas de fotofase). Foram utilizadas folhas de soja infestadas com ninfas de 3º ínstar, inoculadas com 2 mL (0,2 &#181;l/cm2,) de suspensões contendo 107 conídios/mL aplicadas usando-se uma Torre de Potter (15 libras/pol2). Todos os isolados foram patogênicos para as ninfas, sendo que a maioria causou entre 10 a 40 % de mortalidade. Os isolados mais patogênicos foram B. bassiana (447) e (969), M. anisopliae (1037), (816), (E9) e Paecilomyces spp. (CB144) com 57, 59, 61, 68, 89 e 48% de mortalidade, respectivamente. Foi possível concluir que os isolados E9, 1037 e 816 de M. anisopliae e os isolados 447 e 969 de B. bassiana são promissores para o desenvolvimento de bioinseticidas para o controle de B. tabaci biótipo B / not available

Orientador: Francisco Maugeri Filho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-10T15:34:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Motta_FelipeBastos_M.pdf: 972824 bytes, checksum: a462e688ab46d2def7974c05146d274b (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A endo-1,4-ß-xilanase (E.C. 3.2.1.8), comumente chamada de xilanase, possui grande aplicação em diferentes tipos de indústrias tais como a de ração animal, alimentos, têxteis, de papel, de produção de etanol a partir de biomassa, entre outras. Isso se deve ao fato de que esta enzima atua na hidrólise da xilana, o segundo mais abundante polissacarídeo encontrado na natureza, que está presente ligado a hemicelulose da parece celular de plantas. O objetivo deste trabalho foi selecionar, através do método de screening em placas de Petri, e avaliar a atividade enzimática de leveduras silvestres isoladas de diversas regiões do Brasil (Mata Atlântica, Floresta Amazônica, Cerrado e Pantanal) quanto à produção de xilanase. Para o screening em placas, utilizou-se um meio de cultura no qual a única fonte de carbono era a xilana para induzir a produção da enzima. De um total de 349 microrganismos analisados, foram obtidas 84 cepas produtoras, porém somente 37 possuíam um índice de relação enzimática (diâmetro do halo descolorido / diâmetro da colônia) maior que 2,5. Em função deste resultado prosseguiu-se com a seleção dos melhores microrganismos para a produção da enzima em meio líquido. Após observações preliminares apenas 9 cepas obtiveram um crescimento satisfatório em meio líquido a 30ºC e 150 rpm. Estes foram avaliados em dois meios de culturas diferentes em relação à atividade enzimática do caldo enzimático à 50ºC por 5 min em shaker. Dentre estes, os microrganismos AAD5 e AY10 se destacaram por apresentarem a atividade enzimática em torno de 2 µmol/mL.min . Posteriormente, foi realizada a caracterização das enzimas produzidas, sendo que a proveniente do microrganismo AAD5 possui condições ótimas na faixa de 57,5 ¿ 67,5 ºC e pH entre 4,7 ¿ 5,5, além de meia vida de 21,33 horas a 52ºC e pH 5,3, com vmax de 1,77 µmol/mL.min e Km de 0,44 g/L. Já a enzima produzida pela cepa AY10 possui condições ótimas na faixa de pH entre 4,8 ¿ 4,1 à temperatura de 80°C, além de meia vida de 11,21 horas a 72ºC e pH 5,3, com vmax de 5,47 µmol/mL.min e Km de 1,37 g/L. Estes resultados demonstram o potencial de aplicação de leveduras na produção de xilanase, porém, para as cepas estudadas, há a necessidade de purificação das enzimas produzidas para que estas sejam aplicadas industrialmente / Abstract: Endo-1,4-ß-xylanase (E.C. 3.2.1.8), commonly called xylanase, has great application in different types of industries such as feed, food, textiles, paper, ethanol from biomass, among others. These enzymes act in hydrolysis of the xylan, one of the most abundant polysaccharides found in the nature, present in cell plants linked to the hemicelullose. The main goal of this work was to select, through a screening method using Petri dishes, and to evaluate the enzymatic activity of isolated wild yeasts from several brazilian regions (Atlantic Forest, Amazonian Forest, Cerrado and Pantanal) about the production of xylanase. For the screening in Petri dishes, the culture medium used has xylan as the only carbon source to induce the production of the enzyme. From 349 evaluated microorganisms, 84 could produce xylanase, although only 37 showed an enzymatic ration (diameter of the undye halo/diameter of the colony) higher than 2.5. And, after initial assays in submerged method, 9 strains showed a satisfactory growth at 30ºC and 150 rpm. Among them, the microorganisms AAD5 and AY10 presented a higher potential, with the enzymatic activity above 2 µmol/mL.min. The characterization of the produced enzymes was carried out and the one produced by the strain AAD5 has, as optimal conditions, temperature between 57.5 ¿ 67.5 ºC and pH 4.7 ¿ 5.5. Also, it was shown 21.33 hours of half-life at 52ºC and pH 5.3, with vmax of 1.77 µmol/mL.min and Km of 0.44 g/L. The enzyme produced by the strain AY10 has, as optimal conditions, pH between 4.8 ¿ 4.1 and temperature around 80ºC. The half-life of the enzyme was 11.21 hours at 72ºC and pH 5.3, with vmax of 5.47 µmol/mL.min and Km of 1.37 g/L. These results demonstrate the potential application of the yeasts for xylanase production, although, for those enzymes, further works are necessary to establish the actual industrial and technical potentialities / Mestrado / Mestre em Engenharia de Alimentos

Um dos maiores desafios em estudos de genética de populações é a diferenciação entre os sinais de diversidade genética resultantes de efeitos estocásticos dos sinais de seleção natural. Neste trabalho, o objetivo central foi inferir a história evolutiva, em termos de demografia e seleção natural, do MHC e alguns de seus genes HLA de classe II (HLA-DRB1, -DQB1 e -DPB1). A primeira estratégia usada foi sequenciar os referidos genes em 14 populações ameríndias e, em conjunto com dados já publicados em outras populações ameríndias e não ameríndias, contrastou-se sua distribuição de alelos, diversidade genética intra e interpopulacional e testes de neutralidade com as mesmas estatísticas obtidas a partir de 54 STR genômicos genotipados para estas mesmas populações. Em nossos resultados verificamos: a) a maior variabilidade dos genes HLA em relação aos STR, b) a menor variabilidade de ameríndios se comparados com não ameríndios e c) correlação das estimativas de FST obtidas de STR com as obtidas dos genes HLA. Esses resultados indicam a ação da demografia como principal responsável pelos padrões encontrados. No entanto, outras evidências sugerem um padrão de diversidade genética que não pode ser explicado por mera ação do acaso, como por exemplo: a) o grande número e dispersão geográfica de alelos privados e/ou mais prevalentes em ameríndios (vinte vezes mais frequentes) para HLA-DRB1, b) a não correlação das estimativas de diversidade genética intrapopulacional obtidas de genes HLA com as obtidas de STR, c) os maiores valores de FST para genes HLA em comparação com o FST de STR e a d) ausência de correlação dos valores de D de Tajima (para HLA) com a estimativa &beta; (para STR). Assim, apesar da grande influência de fatores estocásticos, os sinais de seleção natural são perceptíveis. A segunda abordagem investigou sinais de seleção recente na região do MHC na população miscigenada de Belém do Pará (n=202), utilizando como ferramenta a comparação entre os componentes de ancestralidade estimados para a região do MHC (com sete STR) com os observados no restante do genoma (54 STR) para detecção de desvios na ancestralidade das populações parentais. As proporções de ancestralidade média para os STR em Belém (africana= 0,19, europeia= 0,51 e ameríndia=0,30), foram diferentes das estimadas para os marcadores do MHC (africana= 0,23, europeia= 0,67 e ameríndia=0,11), sendo as diferenças entre as estimativas ameríndia e europeia significativa (Wilcoxon; p<0,0001). Além disso, os valores de FST observados eram maiores entre Belém e Ameríndios, considerando-se os STR do MHC. É possível concluir, portanto, que foi observada uma perda de componente genético ameríndio na região do MHC durante o processo de miscigenação, quando contrastarmos com as estimativas genômicas, sugerindo ação de seleção natural recente. Em conjunto, nossos resultados mostram que tanto a seleção natural como a demografia moldaram a variação genética em genes HLA, e que usando métodos apropriados, incluindo o mapeamento por miscigenação, eventos de seleção natural que ocorreram em escalas de tempo recentes podem ser detectados / One of the greatest challenges on the Genetics Populations Studies is the differentiation among the resulting genetic signs of diversity from the stochastic signs of natural selection. On the present study, the main objective was inferring the evolutive history, in terms of demography and natural selection, from the MHC and some of its HLA class II genes (HLA-DRB1, -DQB1 e -DPB1). The first strategy used was sequentiating the referred genes in 14 Amerindian populations and, in conjunction with data already published in other Amerindian and non-Amerindian populations, we have contrasted its distribution in alleles, intra and inter-populational genetic diversity and neutrality tests with the same statistics obtained from 54 STR genomics genotyped for these same populations. In our results we have verified: a) greater variability of the HLA genes in relation to the STR, b) greater variability of Amerindians, if compared to non-Amerindians and c) correlation of the estimates of FST obtained from STR with the ones obtained from the HLA genes. These results indicate the demography action as the main responsible for the found patterns. However, other evidences suggest a pattern of genetic diversity that can\'t be explained only by chance, as for example: a) the great number and geographic dispersion of the private alleles and/or more prevalent in the Amerindians (twenty times more frequent) for HLA-DRB1, b) a non-correlation of the estimates on interpopulational genetic diversity obtained from HLA genes with the ones obtained from STR, c) greater values of FST for the HLA genes, in comparison with the FST of STR and d) absence of correlation on the D values of Tajima (for HLA) with &beta; estimates (for STR). So, despite the great influence of stochastic factors, the signs of natural selection are perceptible. The second approach investigated signs of recent selection in the MHC region of the admixture population of Belém do Pará (n=202), using as tool the comparison between the ancestrality components estimated for the MHC region (with seven STR) with the ones observed on the remaining genome (54 STR) for the detection of deviations on the ancestrality of the parental populations. The medium ancestrality proportions for the STR in Belém (African=0,19, European=0,51 and Amerindian=0,30), was different from the estimates for the MHC markers (African=0,23, European=0,67 and Amerindian=0,11), being significative the differences between Amerindian and European estimates (Wilcoxon; p<0,0001). Furthermore, the FST values observed were greater between Belém and the Amerindians, considering the STR from the MHC. It\'s then possible to get to the conclusion that a loss in Amerindian genetic component was observed in the MHC region during the miscegenation process, when contrasted with the genomic estimates, suggesting recent action of natural selection. In whole, our data show that even natural selection as demography have molded the genetic variation in the HLA genes, and by using the appropriated methods, including the miscegenation mapping, natural selection events occurred in recent time scales can be detected

A fragmentação e a redução do habitat são as principais causas do declínio populacional e de biodiversidade no mundo, seguidas pela sobrecaça. Essas perturbações levaram a família Cracidae ao posto de família de aves mais ameaçada das Américas. Diversos programas de reintrodução já foram conduzidos com cracídeos no Brasil, a começar pela reintrodução do mutum-do-sudeste (Crax blumenbachii Spix, 1825) na Fazenda Macedônia (FM) em Ipaba, MG. O objetivo deste trabalho foi estimar o tamanho e a densidade populacional e a razão sexual dos mutuns existentes na FM e analisar o uso da paisagem pela espécie. Os dados foram coletados ao longo de 6 meses por transecção linear (esforço amostral: 280 km) e analisados segundo protocolos de amostragem por distância linear e ocupação. O tamanho populacional foi estimado em 34 (10 111) indivíduos e a densidade em 2,36 (1,58 7,79) indivíduos/km². Entretanto, a proporção de área utilizada foi estimada em 21%, indicando que a densidade para as áreas realmente ocupadas pode ser mais alta. A intensidade de uso da área parece estar correlacionada principalmente à densidade do sub-bosque e à oferta de suplementação alimentar. A taxa de crescimento populacional foi estimada em -0,047 (-0,137 0,018), o que indica um declínio. É possível que este declínio esteja ligado ao tamanho reduzido da população, que a torna mais susceptível à estocasticidade demográfica, ambiental e genética e ao efeito Allee. Os mesmos fatores também podem estar provocando um desvio na razão sexual, estimada em 0,35 (0,20 0,47). / Fragmentation and habitat loss are the two main causes of population and biodiversity decline, followed by overhunting. Such impacts made the Cracidae family the most endangered bird family in American continents. In Brazil, many reintroduction programs focused on cracids. The first one reintroduced the Red-billed Curassow (Crax blumenbachii Spix, 1825) in Ipaba, MG, Brazil. This work aimed to estimate the population size and density, the sex ratio and the landscape use of the Red-billed Curassow population reintroduced in Ipaba. We collected the data along 6 months through line-transects, totalizing 280 km of effort. The analysis followed distance sampling and occupancy protocols. We estimated the population size in 34 (10 111) birds and the density was 2.36 (1.58 7.79) birds/ha. However, we estimated the proportion of area effective used in 21%, what means that the density for such area might be higher. Apparently, the intensity of habitat use is mostly correlated to the understory density and to food supplementation. We estimated the population growth rate in -0.047 (-0.137 0.018), what indicates a decrease. Its possible that the population is declining due to its size, once small populations are more likely to suffer because of demographic, environmental and genetic stochasticity and Allee effect. The same factors might explain the skewed sex ratio, estimated in 0.35 (0.20 0.47).

A sumarização automática multidocumento consiste em produzir um sumário ou resumo (como mais comumente é conhecido) a partir de um grupo de textos que versam sobre um mesmo assunto, contendo as informações mais relevantes de acordo com o interesse do usuário. No cenário atual, com a quantidade imensa de informação em constante crescimento e atualização, e o tempo cada vez mais reduzido disponível para apreender o conteúdo de interesse, sumários multidocumento têm se tornado um recurso importante. Nesta dissertação, foram explorados métodos de seleção de conteúdo para sumarização multidocumento com base no modelo de relacionamento multidocumento CST (Cross-document Structure Theory), proposto recentemente e já difundido na área de Processamento de Línguas Naturais. Em particular, neste trabalho, foram definidos e formalizados operadores de seleção de conteúdo para sumarização multidocumento com base no modelo CST. Estes operadores representam possíveis preferências de sumarização e focam-se no tratamento dos principais desafios presentes no processamento de múltiplos documentos: redundância, complementaridade e informações contraditórias. Estes operadores são especificados em templates contendo regras e funções que relacionam essas preferências às relações CST. Especificamente, foram definidos operadores para extrair a informação principal, apresentar informação de contexto, identificar autoria, tratar redundâncias e identificar informação contraditória. Também foi avaliado o impacto do uso do modelo CST em métodos de sumarização superficiais. Experimentos foram realizados com textos jornalísticos escritos em português brasileiro. Os resultados das avaliações mostram que o uso da teoria CST melhora a informatividade e a qualidade dos sumários gerados / Multidocument summarization consists in producing a summary from a group of texts on a same topic, containing the most relevant information according to the users interest. Recently, with the huge amount of growing information over the internet and the short time available to learn and process the information of interest, automatic summaries have become a very important resource. In this work, we explored content selection methods for multidocument summarization based on CST (Cross-document Structure Theory) a recently proposed model and already investigated in the Computational Linguistics area. Particularly, in this work we defined and formalized content selection operators based on CST model. These operators represent possible summarization preferences and they focus on the treatment of the main challenges of multidocument summarization: redundancy, complementarity and contradiction among information. These operators are specified in templates containing rules and functions that relate the preferences to CST relations. Specifically, we define operators for extracting main information, context information, identifying authorship, treating redundancy and showing contradicted information. We also explored the impact of CST model over superficial summarization methods. Experiments were done using journalistic texts written in Brazilian Portuguese. Results show that the use of CST model helps to improve informativeness and quality in automatic summaries

Os novos agentes alquilantes Zalypsis e o Tryptamicidin são moléculas estruturalmente relacionadas à trabectedina e possuem a habilidade de ligarem-se à volta menor do DNA. Por apresentarem potente atividade antitumoral em modelos in vitro e in vivo, estes agentes estão atualmente sendo avaliados em ensaios clínicos I e II para o tratamento de diferentes tipos de tumores sólidos e hematológicos. Por outro lado, o 3’3-ditrifluometildifenil disseneleto (DFDD) é um composto orgânico de selênio que demonstra interessantes atividades antioxidantes em modelos biológicos in vitro e in vivo e está em fase inicial de desenvolvimento. No presente trabalho, buscou-se avaliar os mecanismos de ação dos três novos agentes principalmente em relação à maquinaria macromolecular. Dentre os principais resultados encontrados, destaca-se a potente atividade citotóxica do Zalypsis e Tryptamicidin em diferentes linhagens tumorais e a capacidade de indução de quebras duplas no DNA (DSB) de maneira dependente de replicação por esses agentes. Além disso, a utilização de linhagens celulares deficientes em genes que codificam proteínas envolvidas nos sistemas de reparação por recombinação homóloga (HRR) e não-homóloga (NHEJ), permitiu a identificação do sistema HRR como a principal via implicada na reparação das lesões induzidas pelo Zalypsis e Tryptamicidin. Por outro lado, embora o NER não seja capaz de reparar as lesões induzidas pelo Tryptamicidin, este agente mostrou interferir na maquinaria do NER, impedindo a reparação de lesões induzidas pelo UV, como verificado pelo teste UDS. Considerando que linhagens tumorais resistentes a agentes platinados possuem uma alta atividade das enzimas do NER, buscou-se investigar a ação do Tryptamicidin nestas células. Como esperado, o Tryptamicidin, assim como a trabectedina, demonstrou potente atividade citotóxica nestas linhagens e ainda mostrou efeito sinérgico quando associado à cisplatina em linhagens resistentes a este agente platinado. Adicionalmente, usando linhagens celulares tumorais e extratos de ovos de Xenopus laevis, foi verificado que o Zalypsis, mesmo em baixas concentrações e curtos períodos de tratamento, também é capaz de bloquear a replicação sem causar, no entanto, parada no ciclo celular e ativação das vias clássicas de sinalização de danos no DNA (DNA damage response). Adicionalmente, foi observado pela primeira vez que o DFDD foi capaz de proteger o DNA contra os efeitos genotóxicos e mutagênicos do peróxido de hidrogênio (H2O2) em diferentes modelos biológicos. Estes resultados reforçam as atividades antioxidantes deste composto de selênio que parecem estar relacionadas à ação direta do DFDD na molécula do H2O2. Os dados apresentados nesta tese elucidaram aspectos importantes dos mecanismos de ação dos novos agentes Zalypsis, Tryptamicidin e DFDD, ressaltando a importância dessas moléculas que, como agentes únicos ou em associação, poderão contribuir para a melhoria da terapia antitumoral. / Zalypsis and Tryptamicidin are new covalent minor groove binders structurally related to trabectedin. Both compounds have shown potent antitumoral activities in vitro and in vivo tumor models and are currently under clinical phase I and II in patients with different haematological and solid tumors. 3’3- ditrifluoromethyldyphenil diselenide (DFDD) is an organic selenium compound that demonstrated interesting antioxidant activities both in vitro and in vivo and is under early phase of development. The aim of this work was evaluate the mechanism of action of these new products focusing on the macromolecular machinery. Interestingly, Zalypsis and Tryptamicidin display strong cytotoxic activities in different tumor cell lines and these drugs are able to induce replication-dependent double strand breaks (DSB). Using homologous recombination repair (HRR) and nonhomologous end-joining repair (NHEJ) deficient and proficient cell lines, it was found that the HRR is the principal pathway implicated in the repair of the DNA lesions induced by Zalypsis and Tryptamicidin. Our results also demonstrate that although Tryptamicidin is not repaired by NER, this compound is able to interfere with the NER machinery thereby attenuating the repair of specific NER substrates, as verified by UDS test. Importantly, Tryptamicidin and trabectedin show unchanged or even enhanced activity towards all four cisplatin- and oxaliplatin-resistant cell lines and combinations of these drugs and cisplatin were mostly synergistic toward both parental and cisplatin-resistant ovarian carcinoma cells. We also demonstrate for the first time that Zalypsis, even in low doses and short treatment periods, was able to block the replication in tumor cell lines and Xenopus laevis egg extracts. Interestingly, this blockage did not trigger cell cycle arrest or DNA damage response and, as a result, leads to early cell death. On the other hand, DFDD is able to protect the DNA against the genotoxicity and mutagenicity induced by hydrogen peroxide in bacteria, yeast and cultured mammalian cells. Using in vitro tests, we also illustrated that DFDD directly acts on H2O2 molecule mimicking catalase-like activity. Indeed, these results reinforce the antioxidant property of DFDD that probably play a fundamental role in the DNA protection showed by this selenium compound. Taken together, our findings elucidate important aspects of the mechanism of action of the new agents Zalypsis, Tryptamicidin and DFDD, highlighting the promising activities of these drugs which, employed as single or in association, might contribute for the antitumoral therapy.

Os gliomas são os tumores primários mais comuns no sistema nervoso central. Apesar dos progressos recentes no tratamento do glioblastoma, a sobrevida média dos pacientes ainda permanece em 15 meses. A cinesina KSP tem sido relatada como um alvo interessante para terapia do câncer. Seguidos pelo primeiro inibidor específico da KSP, monastrol, vários outros análogos estruturais também têm sido estudados. Aqui nós descrevemos o efeito do LaSOM 65, um composto derivado do monastrol, em gliomas. LaSOM 65 foi capaz de diminuir o crescimento celular e a viabilidade das células gliomas, mas, em contraste com monastrol, a molécula não causou bloqueio no ciclo celular em G2/M. Análises por citometria de fluxo mostraram que o LaSOM 65 leva as células à necrose e "apoptose tardia", após 24h e 48h de tratamento. Nós também investigamos o efeito do LaSOM 65 sobre a atividade da ecto-5'NT, uma enzima cuja expressão está associada com nível de invasão neovascularização e metástase dos tumores. O tratamento não alterou a atividade da enzima em comparação com as células controle. Experimentos in vivo mostraram que LaSOM 65 não foi capaz de diminuir o tamanho do tumor em modelo de gliomas de rato. Mais estudos são necessários para compreender os mecanismos pelos quais LaSOM 65 exerce seus efeitos citotóxicos. / Gliomas are the most common primary cancer in the central nervous system. Despite recent progress in the treatment of glioblastoma, the median survival of the patients still remains at 15 months. Kinesin Spindle Protein (KSP) has been reported as an interesting target for cancer therapy. Followed by the first specific KSP inhibitor, Monastrol, several other structural analogues have also been studied. Here we describe the effect of LaSOM 65, a monastrol derivated compound, against glioma. LaSOM 65 was able to decrease cell growth and cell viability of gliomas cells, but, in contrast with monastrol, the molecule did not cause blockage in the cell cycle on G2/M phase. Analysis by flow cytometry showed that LaSOM 65 leads cells to necrosis and “late apoptosis” after 24h and 48h of treatment. We also investigate the effect of LaSOM 65 on ecto-5'NT activity, an enzyme whose expression level is associated with neovascularization, invasiveness and metastasis of tumors. The treatment did not alter the enzyme activity compared to control cells. Experiments in vivo shown that LaSOM 65 was not able to decrease the tumor size in rat gliomas model. More studies are necessary to understand the mechanisms by which LaSOM 65 is exerting its cytotoxic effects.