Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:56Z : No. of bitstreams: 1 000845457.pdf: 1353047 bytes, checksum: bff57f8bb2b3a3f1680da63052a535e7 (MD5) / O processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade o para o uso biotecnológico. A Fundação Parque Zoológico de São Paulo possui uma estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e de resíduos sólidos que gera para produzir composto orgânico utilizado em sua Fazenda para a produção de alimento para os animais. Foram obtidos amostras de DNA metagenômico de uma área de horta e de produção de capim-forrageiro, submetidas ao uso de composto orgânico, e uma terceira área de mata nativa. Além disso obteve-se 42 isolados a partir das mesmas áreas. Foi analisado a capacidade de produção de enzimas, solubilização de fosfato e produção de hormônio de crescimento vegetal. Observou-se, após sequenciamento do gene 16s rRNA, tanto dos isolados quando do DNA metagenômico (realizado em Illumina Miseq), que esses microrganismos compreendem uma população de diversos gêneros e espécies bacterianas. Os isolados apresentaram características bioquímicas de grande auxílio para uso agroindustrial, considerando que foram observadas capacidades diversas da produção de enzimas como amilases, celulases e proteases, além de a maioria ser capaz de solubilizar fosfato. Ao analisar o DNA total das 3 áreas verificou-se uma maior diversidade microbiana na área de mata nativa, enquanto nas áreas submetidas ao uso de composto orgânico e ao cultivo exaustivo houve uma menor diversidade e inclusive o desaparecimento de espécies destas áreas, quando comparadas a mata nativa. Porém ao avaliar as capacidades das bactérias em participar de ciclos biogeoquímicos úteis agronomicamente, as áreas submetidas ao composto orgânico apresentaram maior capacidade principalmente em solubilizar fosfato, o que não ocorreu na área de solo nativo / The composting process is performed by different microbiological populations and is a rich system for the analysis of diversity for the biotechnological use. The Park Foundation Sao Paulo Zoo has a structure for recycling and use of water and solid waste generated to produce organic compound used in your farm for the production of food for animals. Metagenomic DNA samples were extracted of a garden area, a grass forage production, both subject to the use of organic compound, and a third area of native forest. Furthermore there was obtained 42 microbian isolates from the same areas. The ability to produce enzymes, phosphate solubilization and production of plant growth hormone was analyzed. There was, after sequencing of the gene 16s rRNA, both isolated when the metagenomic DNA (held in Illumina Miseq), that these microorganisms comprise a population of several genera and species of bacteria. The isolates showed biochemical characteristics of great assistance to agro-industrial use, considering they were subject to several production capabilities of enzymes such as amylase, cellulase and protease, and most are able to solubilize phosphate. When analyzing the total DNA of the 3 areas there was a higher microbial diversity in native forest, while in areas subjected to the use of organic compost and cultivation, there was less diversity and species including the disappearance of these areas when compared to native forest. But when assessing the capacity of bacteria to participate in biogeochemical cycles and agronomically useful activities, the areas subjected to organic compound showed higher capacity mainly in phosphate solubilizing, which did not occur in native soil area

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:53Z : No. of bitstreams: 1 000846322_20151201.pdf: 248574 bytes, checksum: 6755b57b4d6797c9a4f5d72763bc6e05 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:34Z: 000846322_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:26Z : No. of bitstreams: 1 000846322.pdf: 1137761 bytes, checksum: bbe9bfb094663aef56d7a432ede431ba (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Estamos vivendo uma época onde os avanços das áreas ligadas a biologia são rotineiros, nos levando cada vez mais a nos habituar a experimentos com um grande número de variáveis. A tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e parte deste quadro e as abordagens computacionais aplicadas neste âmbito não estão totalmente estabelecidas e necessitam de análises mais detalhadas. A partir da tabela de contagens, que sumariza cada biblioteca em uma condição experimental, propõe-se a utilização de um método variacional chamado de Suvrel, baseado na minimização de uma função custo que penaliza grandes distâncias entre elementos de mesma classe e favorece pequenas distâncias entre elementos de classes diferentes, para inferência de expressão diferencial. A aplicação do método foi realizada em uma tabela de contagens produzida após o sequenciamento, alinhamento e sumarização de 5 replicatas técnicas de RNA de referência humano juntamente com a mistura ERCC 1 e 5 replicatas técnicas de RNA de referência do cérebro humano juntamente com a mistura ERCC 2. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do projeto do MAQC-II, de nindo os transcritos analisados pelo projeto com log2 do fold-change maior que um limiar que varia de 0,5 a 2,0 como os verdadeiros positivos e os restantes como verdadeiros negativos, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem maiores valores abaixo das curvas ROC na maior parte dos limiares. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do ERCC, geradas utilizando o logs das mudan cas das propor c~oes prede nidas das misturas ERCC 1 e 2 de 92 oligonucleot dios, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem a maior area abaixo da curva ROC. Embora as a reas abaixo das curvas ROC sejam compar aveis as de outros pacotes (como por exemplo o edgeR), e importante ressaltar que elas foram produzidas usando um m etodo que não faz nenhum tipo de suposição quanto a distribuição associada aos reads... / We are living in a time where advances in areas related to biology are routine, taking us to accustom to experiments with large number of variables. The RNA sequencing technology (RNA-Seq) is part of this framework and computational approaches applied in this context are not fully established and require more detailed analysis. Generally, in a experiment of analysis of di erential expression, total RNA samples or messengers (mRNA) is extracted, puri ed, fragmented, sequenced, mapped, and nally counted, generating an count table that relates how many reads was aligned to a given gene in a experimental condition. From this stage, it is proposed to use a variational method, called Suvrel (Supervised Variational Relevance), based on the minimization of a cost function that penalizes large distances between the same class of elements and favors small distances between di erent classes of elements to make the inference of relevance of each gene. The application of the method was performed on count table produced after of sequencing, alignment and summarization of 5 technical replicates containing Strategene Universal Human Reference RNA (UHRR) (part of Sequencing Quality Control Consortium, SEQC) together with ERCC 1 mix, and 5 technical replicates containing Ambion's Human Brain Reference RNA (HBRR) (part of SEQC also) together with the ERCC 2 mix. Using the ROC (Receiver Operating characteristic) curves generating from data of MAC-II project, setting the transcripts with log of fold-change greater than a cuto (from 0.5 to 2.0) as true positive and the others as true negative, the curves 6.2 and 6.4 were generated. From these graphs it is possible to conclude that the Suvrel method has higher AUCs in most of cuto s. It is appropriate to note that conclusions were obtained using a method that does not make any assumption about the distribution associated with the reads, using a simple normalization (divide the counts of a gene by its standard ...

Orientador: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Rodrigo Matheus Pereira / Banca: Celso Antônio Jardim / Resumo: O processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade o para o uso biotecnológico. A Fundação Parque Zoológico de São Paulo possui uma estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e de resíduos sólidos que gera para produzir composto orgânico utilizado em sua Fazenda para a produção de alimento para os animais. Foram obtidos amostras de DNA metagenômico de uma área de horta e de produção de capim-forrageiro, submetidas ao uso de composto orgânico, e uma terceira área de mata nativa. Além disso obteve-se 42 isolados a partir das mesmas áreas. Foi analisado a capacidade de produção de enzimas, solubilização de fosfato e produção de hormônio de crescimento vegetal. Observou-se, após sequenciamento do gene 16s rRNA, tanto dos isolados quando do DNA metagenômico (realizado em Illumina Miseq), que esses microrganismos compreendem uma população de diversos gêneros e espécies bacterianas. Os isolados apresentaram características bioquímicas de grande auxílio para uso agroindustrial, considerando que foram observadas capacidades diversas da produção de enzimas como amilases, celulases e proteases, além de a maioria ser capaz de solubilizar fosfato. Ao analisar o DNA total das 3 áreas verificou-se uma maior diversidade microbiana na área de mata nativa, enquanto nas áreas submetidas ao uso de composto orgânico e ao cultivo exaustivo houve uma menor diversidade e inclusive o desaparecimento de espécies destas áreas, quando comparadas a mata nativa. Porém ao avaliar as capacidades das bactérias em participar de ciclos biogeoquímicos úteis agronomicamente, as áreas submetidas ao composto orgânico apresentaram maior capacidade principalmente em solubilizar fosfato, o que não ocorreu na área de solo nativo / Abstract: The composting process is performed by different microbiological populations and is a rich system for the analysis of diversity for the biotechnological use. The Park Foundation Sao Paulo Zoo has a structure for recycling and use of water and solid waste generated to produce organic compound used in your farm for the production of food for animals. Metagenomic DNA samples were extracted of a garden area, a grass forage production, both subject to the use of organic compound, and a third area of native forest. Furthermore there was obtained 42 microbian isolates from the same areas. The ability to produce enzymes, phosphate solubilization and production of plant growth hormone was analyzed. There was, after sequencing of the gene 16s rRNA, both isolated when the metagenomic DNA (held in Illumina Miseq), that these microorganisms comprise a population of several genera and species of bacteria. The isolates showed biochemical characteristics of great assistance to agro-industrial use, considering they were subject to several production capabilities of enzymes such as amylase, cellulase and protease, and most are able to solubilize phosphate. When analyzing the total DNA of the 3 areas there was a higher microbial diversity in native forest, while in areas subjected to the use of organic compost and cultivation, there was less diversity and species including the disappearance of these areas when compared to native forest. But when assessing the capacity of bacteria to participate in biogeochemical cycles and agronomically useful activities, the areas subjected to organic compound showed higher capacity mainly in phosphate solubilizing, which did not occur in native soil area / Mestre

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-09. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:58Z : No. of bitstreams: 1 000867456.pdf: 597008 bytes, checksum: 606bb70eef526e50825cab583a7274ce (MD5) / Os genes MC4R, FABP3, DGAT1 e LEPR são de grande importância no estudo das características reprodutivas de suínos, uma vez que, estão relacionados com ingestão alimentar, taxa de crescimento, redução da gordura subcutânea e lactação. Neste sentido, objetivou-se identificar geneticamente polimorfismos do tipo SNP nos genes MC4R (SNPg.1578C>T), FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) e LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) em suínos da raça Piau e em duas linhagens maternas comerciais industriais de suínos europeus e chineses. Para isso, foi extraído DNA a partir de sangue periférico de um grupo de 304 suínos. Mediante ARMS-PCR Multiplex, foram amplificados fragmentos específicos que, posteriormente, foram genotipados em sequenciador automático para a realização da eletroforese com corantes fluorescentes. Foram encontrados SNP no gene MC4R (SNPg.1578C>T) e FABP3 (SNPg.-240T>C) para os três grupos genéticos analisados com as três variações genotípicas (CC, TT, CT e TT, TC, CC, respectivamente). O SNP (SNPg.9422C>T) do gene DGAT1 apresentou as três variações genotípicas no grupo genético de suínos europeus (CC, CT e TT). Entretanto, para os grupos genéticos Piau e europeus com raças chinesas apresentaram apenas as duas variações genotípicas de homozigotos (CC e TT). Para o gene LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) os grupos genéticos europeus com raças chinesas e Piau apresentaram os genótipos GG, AA e o grupo genético com raças europeias apresentou as duas variações genotípicas de homozigoto (GG e AA) e apenas um animal apresentou o genótipo heterozigoto (AG e TA). Os polimorfismos dos genes FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) apresentaram frequências genotípicas altas para os alelos C em relação aos alelos T e no gene MC4R (SNPg.1578C>T) apresentou menor frequência. Para os polimorfismos do gene LEPR (SNPg.5396A>G e SNPg.5395T>A) apresentou-se fixado nas populações estudadas... / The MC4R, FABP3, DGAT1 and LEPR genes are great importance in the study of traits of swine breeding, since they are related to feed intake, growth rate, reduction of subcutaneous fat and lactation. The aim of this study was to identify SNP in MC4R(SNPg.1578C> T), FABP3 (SNPg.-240T> C), DGAT1 (SNPg.9422C> T) and LEPR (SNPg.5396A> G; SNPg.5395T> A) genes in pigs of Piau breed and two commercial industrial maternal lineages of European and Chinese pigs. For this, DNA was extracted from peripheral blood of 304 pigs. By ARMS-PCR Multiplex, specific fragments were amplified and genotyped in automated sequencer to perform electrophoresis marked with fluorescent dyes. SNP were identified in the MC4R (SNPg.1578C>T) and FABP3 (SNPg.-240T> C) genes the three genotypic variations (CC, TT, CT and TT, TC, CC, respectively) were identified in all genetic groups analyzed. The SNP (SNPg.9422C> T) of DGAT1 gene presented the three genotypic variations (CC, CT and TT) in the European genetic group. However, for the Piau and Europeans with Chinese genetic groups showed only the two homozygous genotypic variations (CC and TT). For LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A), the European genetic group with Chinese and Piau breeds showed the GG, AA genotypes and the European breeds genetic group showed two genotyps, homozygous variations (GG, AA) and only one heterozygous animal (AG, TA). Polymorphisms of FABP3 (SNPg.-240T>C) and DGAT1 (SNPg.9422C>T) genes showed high genotypic frequency for the C allele when compared to T allele and the MC4R gene (SNPg.1578C>T) showed less frequently. For polymorphisms in the LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) had set up in the populations studied, showing low variability within the population. All polymorphisms evaluated by analysis of variance were associated (P <0.05) with the reproductive traits and only the DGAT1 gene was associated (P <0.05) with the production for average weight at weaning and the total litter ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-04. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:09Z : No. of bitstreams: 1 000870647.pdf: 1368263 bytes, checksum: dbbed6b733deb8dc0c8f5c1073fd25c8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Taenia saginata representa uma ameaça à segurança alimentar e à saúde pública devido à infecção pela ingestão de carne mal cozida e contaminada. Esta zoonose está amplamente distribuída, afetando humanos, os hospedeiros definitivos, e bovinos, hospedeiros intermediários. Além disto, a cisticercose bovina é responsável por perdas econômicas significativas devido à condenação de carcaças infectadas. A estratégia fundamental para o controle do complexo teníase-cisticercose consiste em interromper o ciclo evolutivo do parasita, evitando assim a infecção nos animais e no homem. Assim, a principal medida praticada no Brasil tem sido a inspeção de carcaças durante o abate, a qual é também a forma mais comum de diagnóstico. A insuficiente informação molecular de T. saginata tem dificultado o avanço das pesquisas para o aprimoramento de testes diagnósticos, o desenvolvimento de vacinas e a identificação de novas drogas para tratamento. Com o intuito de adquirir informação sobre o estágio de desenvolvimento metacestóide do parasita, foi utilizada a tecnologia de RNAseq para a montagem do transcriptoma de metacestóide de T. saginata. Estes dados serão úteis para estudos futuros envolvendo triagem para diagnóstico e marcadores imunoprofiláticos para a cisticercose bovina / Taenia saginata represents a threat to food security and public health in consequence of human infection by ingestion of contaminated undercooked meat. This zoonosis is worldwide distributed, affecting human, definitive host, and bovine, intermediate host. Besides, bovine cysticercosis is responsible for significant economic losses due to the condemnation of infected carcasses. The main strategy to control taeniasis-cysticercosis complex consists of interrupting the parasite's biological cycle, thus preventing human and animal infection. Therefore, in Brasil the main control measure has been the carcass inspection during the slaughter, which is also the most common diagnostic practice. Insufficient T. saginata molecular information makes difficult consistent advances to the improvement of diagnostic tests, vaccine development and the identification of new drugs for treatment. In order to gain insights about the parasite's metacestode developmental stage, RNAseq technology was used to assemble the whole transcriptome of a T. saginata metacestode. These data will also be useful for the next generation screening studies of diagnostic and immunoprophylatic markers for bovine cysticercosis

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:10Z : No. of bitstreams: 1 000868807_20170803.pdf: 1048307 bytes, checksum: 0dffab6c7285f2f758c8340bfb3f7e3b (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-07T14:09:10Z: 000868807_20170803.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-07T14:10:14Z : No. of bitstreams: 1 000868807.pdf: 3365386 bytes, checksum: ea272827c7ffe9fa7ea3385d0c22cf85 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) /Cas (CRISPR associated proteins) de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / FAPESP: 2011/11761-7

Orientador: João Aristeu da Rosa / Coorientador: Reinaldo Alves de Brito / Banca: Daniel Alfredo Frías Lasserre / Banca: Maria Tercília Vilela de Azeredo Oliveira / Banca: Cleber Galvão / Banca: Mara Cristina Pinto / Resumo: A doença de Chagas é uma das principais parasitoses que ocorrem na América Latina, cujo agente etiológico é o protozoário Trypanosoma cruzi, que é veiculado por triatomíneos. Estima-se que entre oito milhões de pessoas estejam infectadas. Rhodnius é um dos gêneros que pode veicular T. cruzi e inclui espécies estreitamente relacionadas com baixos níveis de diferenciação morfológica. Atualmente, existem 19 espécies conhecidas, entre elas, Rhodnius montenegrensis que é considerada a fim de Rhodnius robustus. Para investigar as diferenças genéticas interespecíficas dessas duas espécies utilizou-se a metodologia de larga escala RNA-seq. Por essa técnica foram geradas quatro bibliotecas de RNA total de cabeças e glândulas salivares de machos de R. montenegrensis e R. robustus. Após filtrar pela qualidade, foram realizadas montagens de novo de cada uma das espécies. Esse processo resultou em 64952 contigs para R. montenegrensis e 70894 para R. robustus com N50 de 2100 para as duas espécies aproximadamente. Com base na montagem de R. robustus, foi feita uma procura por SNPs e foram encontrados 3055 polimorfismos interespecíficos fixados. Foram selecionados 216 transcritos com alta divergência contendo apenas polimorfismos fixados entre as duas espécies. O teste de enriquecimento nesses transcritos revelou uma sobrerepresentação de oito termos relacionados ao complexo da proteína clatrina. Os resultados obtidos mostram que R. montenegrensis e R. robustus apresentam uma quantidade substancial de polimorfismos interespecíficos fixados o que sugere um alto grau de divergência genética entre as duas espécies. / Abstract: Chagas disease is one of the main parasitic diseases found in Latin America infecting an estimated eight million people worldwide. The protozoan Trypanosoma cruzi, its etiological agent, uses triatomines as a disease vector, among them the genus Rhodnius. This genus includes species that have been difficult to differentiate because they show low amounts of morphological differentiation. Despite that, there are currently 19 known species described, one of them Rhodnius montenegrensis, which has been confounded with Rhodnius robustus. Here we generated Large-scale RNA-sequencing data from heads and salivary glands to investigate genetic differences between these two species. We produced a total of four RNAseq libraries from heads and salivary glands of males of R. montenegrensis and R. robustus. de novo transcriptome assemblies produced for each species resulted in 64,952 contigs for R. montenegrensis and 70,894 contigs for R. robustus, with N50 of approximately 2100 for both species. We performed a search for SNPs based on the more complete R. robustus assembly and found 3,055 fixed interspecific differences. We identified two hundred and sixteen transcripts with high levels of divergence which contained fixed polymorphisms found between the two species. A Gene Ontology enrichment analysis revealed that these highly differentiated transcripts were enriched for the following terms: clathrin coat of endocytic vesicle, AP-2 adaptor complex, clathrin-coated endocytic vesicle, clathrincoated endocytic vesicle membrane, clathrin coat of coated pit, endocytic vesicle membrane, clathrin vesicle coat, and coated pit. The results reveal that  R. montenegrensis and R. robustus show a substantial quantity of fixed interspecific polymorphisms, a finding which suggests a high degree of genetic divergence between the two species, which likely corroborates their species status. / Doutor

Resumo: Taenia saginata representa uma ameaça à segurança alimentar e à saúde pública devido à infecção pela ingestão de carne mal cozida e contaminada. Esta zoonose está amplamente distribuída, afetando humanos, os hospedeiros definitivos, e bovinos, hospedeiros intermediários. Além disto, a cisticercose bovina é responsável por perdas econômicas significativas devido à condenação de carcaças infectadas. A estratégia fundamental para o controle do complexo teníase-cisticercose consiste em interromper o ciclo evolutivo do parasita, evitando assim a infecção nos animais e no homem. Assim, a principal medida praticada no Brasil tem sido a inspeção de carcaças durante o abate, a qual é também a forma mais comum de diagnóstico. A insuficiente informação molecular de T. saginata tem dificultado o avanço das pesquisas para o aprimoramento de testes diagnósticos, o desenvolvimento de vacinas e a identificação de novas drogas para tratamento. Com o intuito de adquirir informação sobre o estágio de desenvolvimento metacestóide do parasita, foi utilizada a tecnologia de RNAseq para a montagem do transcriptoma de metacestóide de T. saginata. Estes dados serão úteis para estudos futuros envolvendo triagem para diagnóstico e marcadores imunoprofiláticos para a cisticercose bovina / Abstract:Taenia saginata represents a threat to food security and public health in consequence of human infection by ingestion of contaminated undercooked meat. This zoonosis is worldwide distributed, affecting human, definitive host, and bovine, intermediate host. Besides, bovine cysticercosis is responsible for significant economic losses due to the condemnation of infected carcasses. The main strategy to control taeniasis-cysticercosis complex consists of interrupting the parasite's biological cycle, thus preventing human and animal infection. Therefore, in Brasil the main control measure has been the carcass inspection during the slaughter, which is also the most common diagnostic practice. Insufficient T. saginata molecular information makes difficult consistent advances to the improvement of diagnostic tests, vaccine development and the identification of new drugs for treatment. In order to gain insights about the parasite's metacestode developmental stage, RNAseq technology was used to assemble the whole transcriptome of a T. saginata metacestode. These data will also be useful for the next generation screening studies of diagnostic and immunoprophylatic markers for bovine cysticercosis / Orientador:Cáris Maroni Nunes / Banca:Adam Taiti Harth Utsunomiya / Banca:Flávia Lombardi Lopes / Banca:Guilherme de Paula Nogueira / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Banca:Marcelo Vasconcelos Meireles / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Adriana Santana do Carmo / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Resumo: A implementação de dados de sequenciamento de nova geração - "next-generation sequence" (NGS) em programas de melhoramento genético animal representa a mais recente ferramenta na utilização de dados genotípicos nos modelos de associação genômica, tendo em vista que todo polimorfismo é considerado nas associações entre registros fenotípicos e dados de sequenciamento. Como em toda nova tecnologia, a prospecção das variantes ainda representa um desafio no sentido computacional e de viabilidade dos custos para sua implementação em larga escala. Diante desses desafios, neste trabalho buscou-se meios de explorar os benefícios na utilização da NGS nas predições genômicas e superar as limitações inerentes a esse processo. Registros fenotípicos e genotípicos (Illumina Bovine HD BeadChip) de 2.279 animais da raça Gir (Bos taurus indicus) foram disponibilizados pela Embrapa Gado de Leite (MG) e utilizados para as análises de associação genômica. Além disso, dados de sequenciamento de 53 animais do 1000 "Bulls Project" deram origem à população de referência de imputação. Visando verificar a eficiência de imputação, foram testados diferentes cenários quanto a sua acurácia de imputação por meio da análise "leave-one-out", utilizando apenas os dados de sequenciamento, que apresentaram eficiências de até 84%, no cenário com todos os 51 animais disponíveis após o controle de qualidade. Também foram verificadas as influências das variantes em baixa frequência na acurácia de imputação em difere... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: - Implementing "next-generation sequence" (NGS) data in animal breeding programs represents the latest tool in the use of genotypic data in genomic association models, since all polymorphisms are considered in the associations between phenotypic records and sequencing data. As with any new technology, variant prospecting still represents a computational and cost-effective challenge for large-scale implementation. Front to these challenges, this work sought ways to explore the benefits of using NGS in genomic predictions and overcome the inherent limitations of this process. Phenotypic and genotypic (Illumina Bovine HD BeadChip) records of 2,279 Gir animals (Bos taurus indicus) were made available by Embrapa Gado de Leite (MG) and used for genomic association analysis. In addition, sequence data of 53 animals from the 1000 Bulls Project gave rise to the imputation reference population. In order to verify the imputation efficiency, different scenarios were tested for their imputation accuracy through the leave-one-out analysis, using only the sequencing data, which presented efficiencies of up to 84%, in the scenario with all the 51 animals available after quality control. Influences from the low-frequency variants on the accuracy of imputation in different regions of the genome were also verified. After identifying the best reference population structure of imputation and applying the quality controls in the NGS and genomic data, it was possible to impute the 2 237 genotyped a... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: André Luiz Julien Ferraz / Banca: Luciana de Almeida Regitano / Banca: Luis Artur Loyola Chardulo / Banca: Rogério Abdallah Curi / Resumo: O transcriptoma é o conjunto e a quantidade de transcritos de uma célula em um estágio de desenvolvimento específico ou condição fisiológica. Estudar o transcriptoma é essencial para interpretar os elementos funcionais do genoma e revelar os constituintes moleculares de células e tecidos. Levando em consideração a grande importância do mercado da carne de bovinos e a necessidade e dificuldade de melhoria da qualidade da carne, o presente projeto objetivou traçar um panorama completo do transcriptoma do músculo longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore, bem como identificar genes com diferentes perfis de expressão associados ao crescimento muscular por meio da técnica de RNA-seq. Foram utilizadas amostras de 10 animais da raça Nelore com dois diferentes perfis de crescimento muscular provenientes de um rebanho participante do programa de melhoramento genético. Amostras de mRNA do músculo LD foram coletadas para extração, processamento do RNA, sequenciamento e posterior análise do transcriptoma. No total, foram sequenciados aproximadamente 453 milhões de fragmentos e identificados 14.876 genes conhecidos, 45.938 potenciais novos genes e 10.960 potenciais novas isoformas de transcritos. Foi calculado o nível de expressão de 12.082 genes e 110 tiveram valor de expressão diferencial signicativo entre os grupos (p ≤ 0,01). Por meio da análise de relevância de termos ontológicos foram identificados 52 termos relevantes entre os genes diferentemente expressos, dos quais 12 estavam associados ao desenvolvimento muscular. Neste estudo, foi caracterizado o transcriptoma do músculo longissimus dorsi de bovinos da raça Nelore por meio de sequenciamento de nova geração, fornecendo assim, uma valiosa fonte de entendimento do genoma do boi / Abstract: The transcriptome is the set and the amount of transcripts in a cell at a specific developmental stage or physiological condition. Understanding the transcriptome is essential for interpreting the functional elements of the genome and to reveal molecular constituents of cells and tissues. Considering the great importance of the beef market, the need and difficulty of improving meat quality, this research aimed to provide an overview of the complete longissimus dorsi (LD) transcriptome of Nellore cattle and to identify genes with differential expression profiles associated with muscle growth using RNA-seq. Ten mRNA samples of Nellore breed steers with two different muscle growth profiles from a herd participating of a breeding program were used. LD muscle samples were collected for RNA extraction and processing, sequencing and subsequent transcriptome analysis. In total, approximately 453 million fragments were sequenced and 14,876 known genes, 45,938 potential new genes and 10,960 potential new transcripts isoforms were identified. The expression levels of 12,082 genes were calculated and 110 have signicant differential expression values between the groups (p ≤ 0.01). The ontology terms relevance analysis identified 52 relevant terms among the differentially expressed genes, which 12 were associated with muscle development. In this study, we obtained the transcriptome of Nellore cattle longissimus dorsi muscle through next-generation sequencing, providing a valuable source of information about the bovine genome / Doutor