INTRODUÇÃO: Embora todos os indivíduos com anemia falciforme (AF) apresentem o mesmo defeito molecular nos genes da beta-globina, existe uma considerável variabilidade fenotípica entre eles. A síntese continuada da hemoglobina fetal (HbF) é o mais potente modificador da morbimortalidade da AF. A HbF diminui a polimerização da desoxi-HbS, reduzindo a intensidade da anemia hemolítica crônica e dos fenômenos vaso-oclusivos, consequentemente, as complicações sistêmicas da AF. Há uma grande variação na taxa de síntese de HbF (1% a 30%) em indivíduos com AF. Vários estudos demonstraram que o tratamento com hidroxiureia (HU) diminui a morbimortalidade desta hemoglobinopatia, principalmente, por estimular a síntese de HbF. Na dose máxima tolerada (DMT), a HU geralmente aumenta os níveis de HbF entre 10% e 40%. Contudo, há uma grande variabilidade de resposta, a DMT é muito variável, cerca de 25% dos portadores de AF não respondem e não há preditores de resposta definidos à HU. Estudos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) demonstraram a influência de modificadores epigenéticos na regulação da expressão da HbF. Estes elementos são, principalmente, o oncogene BCL11A, a região intergênica HMIP e o polimorfismo Xmn1-HBG2. Estes 3 quantitative trait loci (QTLs) detêm 20% a 50% do controle da expressão dos genes HBG (genes envolvidos na síntese da HbF). OBJETIVOS: Avaliar o comportamento epidemiológico e a associação dos SNPs Xmn1- HBG2; BCL11A rs7482144, rs4671393 e rs11886868; HMIP-2 rs9399137 e rs9402686 com a expressão da HbF e com o comportamento dos parâmetros hematimétricos em portadores de AF tratados com HU. PACIENTES E MÉTODOS: Neste estudo pioneiro de coorte prospectivo foram incluídos sequencialmente indivíduos com AF, em uso regular de HU por pelo menos 6 meses, que não receberam transfusão sanguínea 3 meses antes de ingressar no estudo e que não faziam uso de drogas que estimulassem a síntese de HbF. Foram coletados 4 ml de sangue venoso periférico para extração do DNA genômico. A genotipagem dos polimorfismos foi realizada por meio da reação da cadeia de polimerase em tempo real. RESULTADOS: Foram avaliados 121 pacientes, entre 1 ano e 9 meses-54 anos (19 ± 14) anos idade, que estavam recebendo doses regulares de HU entre 8,6-42,8 (23 ± 7,6) mg/kg/dia, durante 6- 254 (102± 67) meses. Não encontramos correlação entre a contagem de leucócitos, de neutrófilos e de reticulócitos; hemoglobina total; volume corpuscular médio e a concentração de hemoglobina corpuscular média, com os valores basais da HbF. A HbF basal (r=0,40; P < 0,001), a hemoglobina total basal (r=0,26; P = 0,005) e o tempo de exposição (r = -0,30; P = 0,001) foram associadas significativamente com maiores taxas de HbF ao final do estudo. Não houve correlação dos polimorfismos com os parâmetros hematimétricos, com o tempo de exposição e com a DMT de HU. Os SNPs HMIP-2 rs9399137 e rs9402686 foram responsáveis por 5,7% e 8,4% do total de variação da HbF basal (P= 0,01 e P=0,002). Não houve correlação, porém, entre os demais polimorfismos com a variação dos níveis basais de HbF. Os SNPs BCL11A rs1427407, rs4671393 e rs11886868 foram responsáveis, respectivamente, por uma variação de 7,6%, 4,5% e 4,3% nos níveis de HbF final (P=0,017; P=0,025 e P=0,029). Ainda, houve uma associação do rs1427407 (B = 0,29; P = 0,035) e do rs4671393 (B = 0,28; P = 0,036) em relação aos valores do delta HbF (variação da HbF final menos a HbF inicial). CONCLUSÃO: Estes dados sugerem que os indivíduos com AF com SNP BCL11A rs1427407 respondem mais favoravelmente ao tratamento com HU, no incremento dos níveis de HbF. São necessários estudos com populações maiores para validarmos estes achados. / INTRODUCTION: Although all individuals with sickle cell anemia (SCA) have the same molecular defect in the beta-globin genes, considerable phenotypic variability exists between them. Continued synthesis of fetal hemoglobin (HbF) is the most powerful SCA morbimortality modifier. HbF decreases the polymerization of deoxy-Hb, reducing the intensity of chronic hemolytic anemia and vaso-occlusive phenomena, and consequently systemic complications of SCA. There is a large variation in the HbF synthesis rate (1 to 30%) in patients with SCA. Several studies show that treatment with hydroxyurea (HU) decreases the morbimortality of this hemoglobinopathy, mainly by stimulating HbF synthesis. At the maximum tolerated dose (MTD), HU generally increases HbF levels from 10 to 40%. However, there is great variability in response as the MTD is highly variable, about 25% of SCA patients do not respond and there are no response predictors set for HU. Single nucleotide polymorphism studies (SNPs) demonstrate the influence of epigenetic modifiers in the regulation of HbF expression. These elements are, mainly, the BCL11A oncogene, the HMIP intergenic region and the Xmn1-HBG2 polymorphism. These 3 quantitative trait loci (QTLs) hold 20 to 50% of HBG gene expression control (genes involved in HbF synthesis). OBJECTIVE: To study the epidemiological behaviors and the association of SNPs Xmn1- HBG2; BCL11A rs7482144, rs4671393 and rs11886868; HMIP-2 rs9399137 and rs9402686 with HbF expression and with the behavior of hematimetric parameters in SCA patients treated with HU. PATIENTS AND METHODS: In this pioneering prospective cohort study, we included SCA patients, in regular treatment with HU at least for 6 months, who had not received blood transfusions in the 3 months prior to entering in the study and who didn‘t use drugs that stimulate HbF synthesis. We collected 4 ml of venous blood to proceed with the genomic DNA extraction. The polymorphism genotyping was done by real-time polymerase chain reaction. RESULTS: We evaluated 121 individuals with SCA aged between 1 year 9 months and 54 years (19 ± 14) who were receiving HU doses between 8.6 and 42.8 (23 ± 7.6) mg/kg/day for 6 to 254 (102 ± 67) months. No correlation was found between total leukocyte, neutrophils and reticulocytes counts; total hemoglobin; mean corpuscular volume and the concentration of mean corpuscular hemoglobin with baseline values of HbF. Basal HbF (r = 0.40; P <0.001), total baseline hemoglobin (r = 0.26; P = 0.005) and exposure time to HU (r = -0.30; P = 0.001) were significantly associated with higher HbF rates at the end of the study. There was no correlation of polymorphisms with the hematological parameters, exposure time and the MTD of HU. The SNPs HMIP-2, rs9399137 and rs9402686 accounted for 5.7% and 8.4% of the total variation of baseline HbF (P = 0.01 and P = 0.002). There was no correlation, however, between the other polymorphisms and variation in baseline HbF levels. The SNPs BCL11, rs1427407, rs4671393 and rs11886868 were responsible, respectively, for a variation of 7.6%, 4.5% and 4.3% in the final HbF levels (P = 0.017, P = 0.025 and P = 0.029). Still, there was an association of rs1427407 (B = 0.29; P = 0.035) and rs4671393 (B = 0.28; P = 0.036) in relation to delta HbF values (final minus initial HbF variation). CONCLUSIONS: These data suggest that individuals with SCA who have SNP rs1427407 BCL11A respond more favorably to HU treatment, with increased HbF levels. Studies with larger populations are necessary to validate these findings.

Submitted by Mariângela Bueno Cordeiro Maldonado null (maribuenocordeiro@hotmail.com) on 2017-09-01T02:02:20Z No. of bitstreams: 1 TESE DE DOUTORADO 2017 - Mariangela Maldonado .pdf: 1446039 bytes, checksum: 2e08a41374d1ed14783e9142f58bdec8 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-09-01T13:59:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 maldonado_mbc_dr_araca.pdf: 1446039 bytes, checksum: 2e08a41374d1ed14783e9142f58bdec8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T13:59:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 maldonado_mbc_dr_araca.pdf: 1446039 bytes, checksum: 2e08a41374d1ed14783e9142f58bdec8 (MD5) Previous issue date: 2017-08-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) potencialmente sujeitos a controle epigenético exercido por metilação do DNA via seus envolvimentos na criação, remoção ou deslocamento de sítios CpG (meSNPs) e a partir de tal identificação criar um banco de dados para meSNPs, bem como determinar a possível associação desses marcadores com ilhas CpG (CGIs) e com o perfil metilacional de tecidos submetidos ao ensaio de recuperação de ilhas CpG metiladas combinado com plataformas de sequenciamento de nova geração (MIRA-seq) em bovinos. Usando as variantes anotadas para os SNPs identificados no Run5 do projeto 1000 Bull Genomes e a sequência genômica bovina de referência UMD3.1.1, identificamos e anotamos 12.836.763 meSNPs de acordo com o padrão de variação criado por cada SNP em um sítio CpG. Também analisamos a distribuição genômica desses meSNPs, sendo a maioria deles localizados em regiões intergênicas (68,00%) e intrônicas (26,32%). Globalmente, os meSNPs representam 22,53% dos 56.969.697 SNPs descritos na base de dados e 12,35% deles estão localizados em CGIs. Comparando o número observado com o número esperado de meSNPs nas CGIs e nos tecidos submetidos ao MIRA-seq, verificamos um enriquecimento médio (P<0,01) para meSNPs de 2,47 vezes em CGIs relaxadas e 1,90 vezes em CGIs rigorosas. Nos tecidos, o enriquecimento foi de 1,52 vezes em longissimus dorsi e 2,09 vezes em intestino delgado. Dez meSNPs com metilação diferencial, sendo 1 em longissimus dorsi e 9 em intestino delgado, causaram uma alteração na sequência genômica, a qual está associada ao fenótipo de eficiência alimentar em bovinos. / The aim of this study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) potentially subject to epigenetic control exerted by DNA methylation via their involvement in creating, removing or displacement CpG sites (meSNPs) and from this identification create a database for meSNPs, as well as to determine its possible association with CpG islands (CGIs) and the methylation profile of tissues submitted to the methylated-CpG island recovery assay combined with next generation sequencing platforms (MIRA-seq) in cattle. Using the variant annotations for SNPs identified in Run5 of the 1000 bull genomes project and the UMD3.1.1 bovine reference genome sequence assembly, we identified and classified 12,836,763 meSNPs according to the pattern of variation caused at the CpG site. We have also analyzed the genomic distribution of the meSNPs, with the majority being located in intergenic regions (68.00%) and then in introns (26.32%) and the remainder distributed among proximal promoters (3.93%), coding regions (1.27%), untranslated regions (UTRs) (0.29%), non-coding RNAs (0.11%) and splice regions (0.08%). Overall, meSNPs represent 22.53% of 56,969,697 SNPs described in the database of which 12.35% are located in CGIs. Comparing the observed number with the expected number of meSNPs in the CGIs and tissues submitted to the MIRAseq we found a mean enrichment (P<0.01) for meSNPs of 2.47 times in the relaxed CGIs and 1.90 times in the strict CGIs. In the tissues the enrichment was of 1.52 times in ribeye and 2.09 times in small intestine. Ten meSNPs, differing in methylation status, 1 in ribeye and 9 in small intestine, caused an alteration in the genomic sequence which is associated with a feed efficiency phenotype in cattle. / FAPESP: 2015/20557-5 / FAPESP: 2016/07584-6

INTRODUÇÃO: Embora todos os indivíduos com anemia falciforme (AF) apresentem o mesmo defeito molecular nos genes da beta-globina, existe uma considerável variabilidade fenotípica entre eles. A síntese continuada da hemoglobina fetal (HbF) é o mais potente modificador da morbimortalidade da AF. A HbF diminui a polimerização da desoxi-HbS, reduzindo a intensidade da anemia hemolítica crônica e dos fenômenos vaso-oclusivos, consequentemente, as complicações sistêmicas da AF. Há uma grande variação na taxa de síntese de HbF (1% a 30%) em indivíduos com AF. Vários estudos demonstraram que o tratamento com hidroxiureia (HU) diminui a morbimortalidade desta hemoglobinopatia, principalmente, por estimular a síntese de HbF. Na dose máxima tolerada (DMT), a HU geralmente aumenta os níveis de HbF entre 10% e 40%. Contudo, há uma grande variabilidade de resposta, a DMT é muito variável, cerca de 25% dos portadores de AF não respondem e não há preditores de resposta definidos à HU. Estudos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) demonstraram a influência de modificadores epigenéticos na regulação da expressão da HbF. Estes elementos são, principalmente, o oncogene BCL11A, a região intergênica HMIP e o polimorfismo Xmn1-HBG2. Estes 3 quantitative trait loci (QTLs) detêm 20% a 50% do controle da expressão dos genes HBG (genes envolvidos na síntese da HbF). OBJETIVOS: Avaliar o comportamento epidemiológico e a associação dos SNPs Xmn1- HBG2; BCL11A rs7482144, rs4671393 e rs11886868; HMIP-2 rs9399137 e rs9402686 com a expressão da HbF e com o comportamento dos parâmetros hematimétricos em portadores de AF tratados com HU. PACIENTES E MÉTODOS: Neste estudo pioneiro de coorte prospectivo foram incluídos sequencialmente indivíduos com AF, em uso regular de HU por pelo menos 6 meses, que não receberam transfusão sanguínea 3 meses antes de ingressar no estudo e que não faziam uso de drogas que estimulassem a síntese de HbF. Foram coletados 4 ml de sangue venoso periférico para extração do DNA genômico. A genotipagem dos polimorfismos foi realizada por meio da reação da cadeia de polimerase em tempo real. RESULTADOS: Foram avaliados 121 pacientes, entre 1 ano e 9 meses-54 anos (19 ± 14) anos idade, que estavam recebendo doses regulares de HU entre 8,6-42,8 (23 ± 7,6) mg/kg/dia, durante 6- 254 (102± 67) meses. Não encontramos correlação entre a contagem de leucócitos, de neutrófilos e de reticulócitos; hemoglobina total; volume corpuscular médio e a concentração de hemoglobina corpuscular média, com os valores basais da HbF. A HbF basal (r=0,40; P < 0,001), a hemoglobina total basal (r=0,26; P = 0,005) e o tempo de exposição (r = -0,30; P = 0,001) foram associadas significativamente com maiores taxas de HbF ao final do estudo. Não houve correlação dos polimorfismos com os parâmetros hematimétricos, com o tempo de exposição e com a DMT de HU. Os SNPs HMIP-2 rs9399137 e rs9402686 foram responsáveis por 5,7% e 8,4% do total de variação da HbF basal (P= 0,01 e P=0,002). Não houve correlação, porém, entre os demais polimorfismos com a variação dos níveis basais de HbF. Os SNPs BCL11A rs1427407, rs4671393 e rs11886868 foram responsáveis, respectivamente, por uma variação de 7,6%, 4,5% e 4,3% nos níveis de HbF final (P=0,017; P=0,025 e P=0,029). Ainda, houve uma associação do rs1427407 (B = 0,29; P = 0,035) e do rs4671393 (B = 0,28; P = 0,036) em relação aos valores do delta HbF (variação da HbF final menos a HbF inicial). CONCLUSÃO: Estes dados sugerem que os indivíduos com AF com SNP BCL11A rs1427407 respondem mais favoravelmente ao tratamento com HU, no incremento dos níveis de HbF. São necessários estudos com populações maiores para validarmos estes achados. / INTRODUCTION: Although all individuals with sickle cell anemia (SCA) have the same molecular defect in the beta-globin genes, considerable phenotypic variability exists between them. Continued synthesis of fetal hemoglobin (HbF) is the most powerful SCA morbimortality modifier. HbF decreases the polymerization of deoxy-Hb, reducing the intensity of chronic hemolytic anemia and vaso-occlusive phenomena, and consequently systemic complications of SCA. There is a large variation in the HbF synthesis rate (1 to 30%) in patients with SCA. Several studies show that treatment with hydroxyurea (HU) decreases the morbimortality of this hemoglobinopathy, mainly by stimulating HbF synthesis. At the maximum tolerated dose (MTD), HU generally increases HbF levels from 10 to 40%. However, there is great variability in response as the MTD is highly variable, about 25% of SCA patients do not respond and there are no response predictors set for HU. Single nucleotide polymorphism studies (SNPs) demonstrate the influence of epigenetic modifiers in the regulation of HbF expression. These elements are, mainly, the BCL11A oncogene, the HMIP intergenic region and the Xmn1-HBG2 polymorphism. These 3 quantitative trait loci (QTLs) hold 20 to 50% of HBG gene expression control (genes involved in HbF synthesis). OBJECTIVE: To study the epidemiological behaviors and the association of SNPs Xmn1- HBG2; BCL11A rs7482144, rs4671393 and rs11886868; HMIP-2 rs9399137 and rs9402686 with HbF expression and with the behavior of hematimetric parameters in SCA patients treated with HU. PATIENTS AND METHODS: In this pioneering prospective cohort study, we included SCA patients, in regular treatment with HU at least for 6 months, who had not received blood transfusions in the 3 months prior to entering in the study and who didn‘t use drugs that stimulate HbF synthesis. We collected 4 ml of venous blood to proceed with the genomic DNA extraction. The polymorphism genotyping was done by real-time polymerase chain reaction. RESULTS: We evaluated 121 individuals with SCA aged between 1 year 9 months and 54 years (19 ± 14) who were receiving HU doses between 8.6 and 42.8 (23 ± 7.6) mg/kg/day for 6 to 254 (102 ± 67) months. No correlation was found between total leukocyte, neutrophils and reticulocytes counts; total hemoglobin; mean corpuscular volume and the concentration of mean corpuscular hemoglobin with baseline values of HbF. Basal HbF (r = 0.40; P <0.001), total baseline hemoglobin (r = 0.26; P = 0.005) and exposure time to HU (r = -0.30; P = 0.001) were significantly associated with higher HbF rates at the end of the study. There was no correlation of polymorphisms with the hematological parameters, exposure time and the MTD of HU. The SNPs HMIP-2, rs9399137 and rs9402686 accounted for 5.7% and 8.4% of the total variation of baseline HbF (P = 0.01 and P = 0.002). There was no correlation, however, between the other polymorphisms and variation in baseline HbF levels. The SNPs BCL11, rs1427407, rs4671393 and rs11886868 were responsible, respectively, for a variation of 7.6%, 4.5% and 4.3% in the final HbF levels (P = 0.017, P = 0.025 and P = 0.029). Still, there was an association of rs1427407 (B = 0.29; P = 0.035) and rs4671393 (B = 0.28; P = 0.036) in relation to delta HbF values (final minus initial HbF variation). CONCLUSIONS: These data suggest that individuals with SCA who have SNP rs1427407 BCL11A respond more favorably to HU treatment, with increased HbF levels. Studies with larger populations are necessary to validate these findings.

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-06-28T18:09:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) dissertação Kamila_04.02.16 versao final completa.pdf: 2092777 bytes, checksum: 9e9782d9821d10b1a59b8f2a1a1ca8f7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T18:09:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) dissertação Kamila_04.02.16 versao final completa.pdf: 2092777 bytes, checksum: 9e9782d9821d10b1a59b8f2a1a1ca8f7 (MD5) Previous issue date: 2015-10-10 / CAPES / O processo inflamatório associado à liberação de citocinas está diretamente envolvido na patogênese da artrite reumatóide (AR). Um estudo anterior do nosso grupo relatou que pacientes com AR apresentaram níveis elevados da citocina IL-22 em relação aos controles e este aumento foi associado a um pior quadro clinico. Polimorfismos em interleucinas ou nos receptores específicos podem modificá-los funcionalmente, e assim, contribuir para o desenvolvimento da AR. O objetivo deste estudo foi identificar polimorfismos no receptor da citocina IL-22 que possam estar associados ao risco de desenvolver AR. Cento e trinta e oito portadores de AR foram recrutados pelo Serviço de Reumatologia do HC - UFPE, cumprindo os critérios do Colégio Americano de Reumatologia foram genotipados para os polimorfismos no IL22RA1 (rs4292900 e rs10794665) através da metodologia TaqMan®; o grupo controle foi formado por cento e vinte e oito indivíduos sadios. Os SNPs foram identificados por meio de consulta ao site HapMap, com uma frequência do alelo menor (MAF) de pelo menos 0,1% em caucasianos. Todas as frequências genéticas foram verificadas quanto ao equilíbrio de Hardy-Weinberg e a comparação das proporções foi realizada através do qui-quadrado (X²) ou teste exato de Fisher. Resultados: O genótipo TT (rs4292900) foi significativamente associado a AR quando comparados aos controles (37.79% e 21.36%, respectivamente, p=0,0054, odds ratio=2.23). Os pacientes heterozigotos CT e homozigotos TT para o polimorfismo rs4292900 apresentaram níveis significativamente elevados da citocina IL-22 comparados ao homozigoto CC (p=0.0018 e p=0.0324, respectivamente). Quanto aos parâmetros clínicos o genótipo CT (rs4292900) apresentou valores maiores do índice de atividade da doença (CDAI) comparado aos homozigotos; o mesmo ocorreu com o rs1079466. Observamos que os indivíduos TT para o rs 4292900 apresentaram maiores valores do hemossedimentação (VSH) comparados aos heterozigotos (p=0.016). Conclusão: Nossos resultados sugerem uma associação entre o rs4292900 e uma maior susceptibilidade a artrite reumatóide. Os dois SNPs não foram associados a pior quadro clínico da doença, no entanto o genótipo TT do rs4292900 foi associado com o altos níveis do VSH. / The inflammatory process associated with the release of cytokines is directly involved in the pathogenesis of rheumatoid arthritis (RA). A previous study from our group reported that RA patients had higher levels of IL-22 cytokine compared to controls and this increase was associated worse clinical condition. Interleukins or polymorphisms in the specific receptors can modify them functionally, therefore contributing to the development of the RA. The objective of this study was to identify polymorphisms in the IL-22 cytokine receptor that may be associated with risk of developing RA. One hundred and thirty-eight patients with RA were recruited at the Rheumatology Service HC - UFPE, meeting the American College of Rheumatology criteria they were genotyped for polymorphisms in IL22RA1 (rs4292900 and rs10794665) through the TaqMan method; the control group consisted of one hundred twenty-eight healthy individuals. SNPs were identified by query of the HapMap site with a minor allele frequency (MAF) of at least 0.1% in Caucasians. All genetic frequencies were checked for Hardy-Weinberg and the comparison of proportions was performed using the chi-square (X²) or Fisher's exact test. Results: The TT genotype (rs4292900) was significantly associated with RA compared to controls (37.79% and 21:36% respectively, p = 0.0054, odds ratio = 2.23). Patients heterozygous CT, and homozygous TT for the polymorphism rs4292900 had significantly elevated levels of the cytokine IL-22 compared to the homozygous CC (p = 0.0018 and p = 0.0324, respectively). As for the clinical parameters the CT genotype (rs4292900) showed higher values of disease activity index (CDAI) compared to homozygous; so has the rs1079466. We observe that the TT individuals for rs4292900 showed higher erythrocyte sedimentation rate (ESR) values compared to heterozygotes (p = 0.016). Conclusion: Our results suggest an association between rs4292900 and increased susceptibility to rheumatoid arthritis. The two SNPs were not associated worse clinical disease, however the rs4292900 TT genotype was associated with high levels of ESR.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the ZnT8 gene in pancreatic β-cells can affect zinc homeostasis, increasing the risk of developing type 2 diabetes mellitus (T2DM). Combined with zinc, the minerals calcium, potassium and magnesium play an important role in insulin metabolism and glycemic control. The objective of this study was to evaluate the relationship of SNP rs11558471 (A/G) in the ZnT8 gene in the nutritional status of zinc and glycemic control, as well as to associate the concomitant mineral intake with glycemic markers in individuals with T2DM. For this, 110 adult subjects with T2DM were evaluated for the presence of the studied SNP, food intake and zinc status, glycemic and lipid markers. The ANOVA or Kruskal-Wallis tests were applied to evaluate the variables according to the genotype (AA, AG and GG). The usual intake was estimated by the Multiple Source Method and adjusted by the residual method. The individuals were grouped into two groups (clusters) based on the similarities of zinc, potassium, calcium and magnesium intake by the hierarchical grouping analysis, the difference being evaluated by Student's t-test for independent samples or Mann-Whitney. The Pearson correlation test was applied and multiple linear regression and logistic regression models were constructed. P-values <0.05 and between 0.05 and 0.10 were considered significant and marginally significant, respectively. Individuals with AA genotype had better pancreatic β-cell function when compared to those with G allele, and this difference was marginally significant. No differences were observed among the genotypes and the other variables. HOMA2-%B was associated with variations of SNP rs11558471 in the ZnT8 gene (β = -0.185, p = 0.048) and C-peptide (β = 0.243, p = 0.012), being sex dependent. The risk of altering %HbA1c (> 7%) was associated with the presence of the AA risk genotype (OR = 3.263, 95% CI = 1.154, 9.229, p = 0.026), depending on the diagnosis time. Regarding zinc nutritional status, it was observed that 68.3% and 72.4% of the individuals evaluated showed deficiency of zinc in plasma and erythrocytes, respectively, in addition to a high prevalence of zinc intake. The intake of the other minerals also showed a high probability of inadequacy. The group with the lowest concomitant intake of the four minerals (cluster 1) had higher %HbA1c (p = 0.006) and serum triglyceride concentration (p = 0.010). In addition, the risk of altering %HbA1c was associated with lower intake of these minerals (Cluster 1) (OR = 3.041, 95% CI = 1.131, 8.175, p = 0.028). Potassium (β = -0.001, p = 0.017) and magnesium intake (β = -0.007, p = 0.015) were inversely associated with %HbA1c, being sex and diagnostic time dependent. Thus, the SNP rs11558471 was not related to the nutritional status relative to zinc and to the glycemic control variables in subjects with T2DM. However, variations in the genotype of this SNP were associated with reduced pancreatic β-cell function, and the AA genotype was a predictor of changes in %HbA1c. In addition, the reduced concomitant intake of zinc, potassium, calcium and magnesium was associated with the risk of glycemic control deficient, with the magnesium and potassium minerals predicting the increase in %HbA1c. / A presença de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) no gene do ZnT8 nas células β pancreáticas pode afetar a homeostase de zinco, aumentando o risco de desenvolvimento de diabetes mellitus tipo 2 (DM2). Em conjunto com o zinco, os minerais cálcio, potássio e magnésio possuem papel importante no metabolismo da insulina e no controle glicêmico. Diante disso, o estudo teve como objetivo avaliar a relação do SNP rs11558471 (A/G) no gene do ZnT8 no estado nutricional relativo ao zinco e no controle glicêmico, bem como associar a ingestão concomitante de minerais com os marcadores glicêmicos em indivíduos com DM2. Para isso, 110 indivíduos adultos com DM2 foram avaliados quanto à presença do SNP estudado, ingestão alimentar e marcadores do status de zinco, glicêmicos e lipídicos. Aplicaram-se os testes de ANOVA ou de Kruskal-Wallis para avaliar as variáveis de acordo com o genótipo (AA, AG e GG). A ingestão habitual foi estimada pelo Multiple Source Method e ajustada pelo método dos resíduos. Os indivíduos foram agrupados em dois grupos (clusters) com base nas semelhanças da ingestão alimentar de zinco, potássio, cálcio e magnésio pela análise hierárquica de agrupamento, sendo a diferença avaliada pelo teste t de Student para amostras independentes ou Mann-Whitney. O teste de correlação de Pearson foi aplicado e modelos de regressão linear múltipla e regressão logística binária foram construídos. P-valores < 0,05 e entre 0,05 e 0,10 foram considerados significativos e marginalmente significativos, respectivamente. Os indivíduos com genótipo AA apresentaram melhor função das células β pancreáticas quando comparados àqueles com alelo G, sendo essa diferença marginalmente significativa. Não foram observadas diferenças entre os genótipos quanto as demais variáveis. O HOMA2-%B foi associado às variações do SNP rs11558471 no gene do ZnT8 (β = -0,185, p = 0,048) e ao peptídeo C (β = 0,243, p = 0,012), sendo dependente do sexo. O risco de alterar o %HbA1c (>7%) foi associado à presença do genótipo de risco AA (OR = 3,263; IC 95% = 1,154; 9,229; p = 0,026), dependente do tempo de diagnóstico. Quanto ao estado nutricional relativo ao zinco, observou-se que 68,3% e 72,4% dos indivíduos avaliados apresentaram deficiência desse mineral no plasma e eritrócitos, respectivamente, além de elevada prevalência de inadequação na ingestão de zinco. A ingestão dos demais minerais também se mostrou com elevada probabilidade de inadequação. O grupo com menor ingestão concomitante dos quatro minerais (cluster 1) apresentou maiores %HbA1c (p = 0,006) e concentração sérica de triglicerídeos (p = 0,010). Além disso, o risco de alterar o %HbA1c foi associado a menor ingestão desses minerais (Cluster 1) (OR = 3,041, IC 95% = 1,131;8,175, p = 0,028). A ingestão de potássio (β = -0,001, p = 0,017) e magnésio (β = -0,007, p = 0,015) foi inversamente associada ao %HbA1c, sendo dependente do sexo e tempo de diagnóstico. Assim, o SNP rs11558471 não se relacionou com o estado nutricional relativo ao zinco e com as variáveis de controle glicêmico em indivíduos com DM2. No entanto, as variações no genótipo desse SNP foram associadas à redução da função das células β pancreáticas, e o genótipo AA mostrou-se preditor de alterações no %HbA1c. Além disso, a reduzida ingestão concomitante de zinco, potássio, cálcio e magnésio foi associada ao risco de controle glicêmico deficiente, sendo os minerais magnésio e potássio preditores do aumento no %HbA1c. / Aracaju

No Brasil, a perspectiva de aumento do volume de exportações e a exigência dos diferentes mercados faz com que a adaptação da cadeia produtiva da carne seja necessária, assim como a mudança de conceitos e critérios de seleção dos animais, de forma a melhorar as características consideradas pelo consumidor como de primeira importância: aparência e a palatabilidade. Porém existem diversos fatores que podem influenciar na qualidade da carne: sexo, raça (genética), idade, nutrição e estresse durante a vida do animal. Esses fatores influenciam diretamente no produto final, pois têm relação com as mudanças que ocorrem durante o post mortem. Desta forma, este trabalho teve como objetivo geral avaliar a influencia do pH, da condição sexual e de polimorfismos genéticos em genes relacionados à qualidade da carne e a resposta ao estresse sobre a variação das características da carne em rebanho bovino comercial Simental Sul Africano x Nelore. Para isso o trabalho foi dividido em duas partes: (a) avaliar os parâmetros de qualidade da carne em dois diferentes tempos de maturação (48 horas e 15 dias), sendo estudadas as variações entre os sexos (fêmeas e machos castrados), e nos diferentes valores de pH (classe 1=pH &le; 5,79 e classe 2=pH &ge; 5,8). (b) Associar SNPs de diferentes genes ou marcadores (CAPN, UOGCAST, NR3C1_1, NR3C2_1, TG5) ligados a características de qualidade da carne, visando compreender melhor os efeitos genéticos desses marcadores sobre as características da carne. Para esta pesquisa foram avaliados 485 bovinos (182 fêmeas e 303 machos) recriados e terminados em confinamento. Os resultados mostraram haver relação do sexo como parâmetros de cor e maciez. As classes de pH mostraram relação significativa com a cor da carne. Verificou-se incidência de carnes DFD (pH&ge;5,8) da ordem de 5,3%. Dos polimorfismos estudados foram encontradas associações significativas apenas para CAPN, NR3C1_1 e TG. O CAPN relacionado à cor e, NR3C1_1 e TG com as perdas de água por cocção (PAC). Portanto, é possível inferir que tanto o sexo quanto as classes de pH tem influencia direta com os parâmetros de qualidade da carne. Os polimorfismos dos genes CAPN, NR3C1_1 e TG propiciaram mudanças nas características físico-químicas da carne. / In Brazil, the prospect of increased exports and the requirement of different markets makes necessary adaptation of the meat production chain, as the change of concepts and criteria in animal selection to improve the characteristics that the consumer consider as most important: appearance and palatability. However, there are some factors that could influence meat quality: sex, breed (genetics), age, nutrition and stress during the life of the animal. These factors directly influence the final product, since they are related to changes that occur during post mortem period. The aim was to evaluate the pH influence, sexual condition and genetic polymorphisms on genes related to meat quality and stress response on meat quality variation of South African Simmental x Nellore beef cattle. Therefore, this research were divided into two parts: (a) to evaluate the meat quality characteristics in two different aging times (2 and 15 days), being studied variations within the sexual condition (females and castrated males), as well as within the pH range (pH &le; 5.79 Class 1 and Class 2 &ge; pH 5.8). (b) Associate SNPs of different genes (CAPN, UOGCAST, NR3C1_1, NR3C2_1, TG5) with meat quality characteristics. For this research were evaluated 485 animals (182 heifers and 303 steers) recreated and finished in feedlot. The results shows relation of sex with color and tenderness and, from pH range with color. There was an incidence of DFD meat (pH&ge;5,8) of 5,3%. The CAPN polymorphism was associated with color meat and NR3C1_1 and TG with cooking loss. Therefore, it is possible to infer that both sex and pH value influence in the meat quality. The polymorphisms CAPN, NR3C1_1 and TG led to changes in the physicochemical characteristics of the meat.

INTRODUÇÃO: O Câncer de Próstata (CaP) é a sexta neoplasia mais comum no mundo correspondendo a aproximadamente 10% do total de cânceres. No Brasil, o CaP é a neoplasia maligna não cutânea mais comum entre os homens. A hereditariedade é um dos principais fatores de risco do CaP, que se caracteriza pela herança de mutações em genes de susceptibilidade de alta penetrância que quando transmitidos aos descendentes aumentam o risco de desenvolvimento de tumores. Os andrógenos e estrógenos influenciam o desenvolvimento, maturação e manutenção da próstata, afetando a proliferação e a diferenciação. Isso tem despertado grande interesse no papel desses hormônios esteroides no desenvolvimento e manutenção tanto da próstata normal quanto maligna. Os Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) são variantes de risco genéticos associados com uma série de doenças, incluindo o câncer. Considerando que a história familiar e que os componentes hormonais constituem fatores de risco para o desenvolvimento do CaP, acredita-se que a identificação de polimorfismos envolvidos nesses processos possa ter um papel relevante para auxiliar no desenvolvimento de ferramentas alternativas para a detecção precoce e para a definição do prognóstico desta neoplasia. OBJETIVOS: Analisar polimorfismos (SNPs) relacionados com histórico familiar e com fatores hormonais em amostras de sangue de pacientes com CaP e em homens saudáveis. Além disso, correlacionar os resultados da genotipagem com parâmetros clínico-patológicos. MÉTODOS: O estudo foi composto por 185 pacientes diagnosticados com CaP, sendo 97 casos esporádicos e 72 com histórico familiar (dois parentes de primeiro grau). O grupo controle foi composto por 70 amostras de sangue de indivíduos saudáveis, que comprovadamente não possuíam CaP e fazem acompanhamento com intuito preventivo. Foram selecionados 13 polimorfismos para análise: rs10486567, rs10993994, rs9364554, rs5945572, rs2735839, rs4430796, rs7501939, rs138213197, rs1271572, rs2987983, rs8072254, rs4919743 e rs3808330. A genotipagem foi realizada através da técnica de PCR em tempo real (qPCR) e correlacionada com o histórico familiar de CaP, PSA pré-operatório, graduação histológica de Gleason e estadiamento patológico. RESULTADOS: Analisamos a frequência dos polimorfismos selecionados e encontramos as seguintes correlações em nossos casos: os SNPs rs10486567 e rs9364554 aumentam a chance de desenvolvimento do CaP enquanto que o SNP rs8072254 diminui o risco. Com relação à hereditariedade, o SNP rs1271571 apresentou associação com o CaP esporádico. Na comparação com os fatores prognósticos encontramos que o SNP rs3808330 foi mais frequente em indivíduos que possuíam PSA < 10; o SNP rs7501939 foi mais frequente em indivíduos com menor escore de Gleason e ausência de recidiva e o SNP rs5945572 foi mais frequente em indivíduos com menor escore de Gleason na peça. CONCLUSÕES: De uma forma geral encontramos polimorfismos que parecem ter um papel relevante no desenvolvimento do CaP, na transmissão familiar e a fatores prognósticos. Estes importantes polimorfismos, ainda não haviam sido estudados na população brasileira e nosso trabalho identificou correlações ainda não demonstradas na literatura / BACKGROUND: Prostate Cancer (PCa) is the sixth most common cancer worldwide accounting for around 10% of all cancers. In Brazil, the PCa is the most common non-skin malignancy among men. Heredity is one of the main risk factors for PCa, which is characterized by mutations of heritage in highpenetrance susceptibility genes that when transmitted to offspring increase the risk of tumor development. Androgens and estrogens influence the development, maturation and maintenance of the prostate, affect proliferation and differentiation. This has aroused great interest in the role of these steroid hormones in the development and maintenance of both normal and malignant prostate. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) are variants of genetic risk associated with a number of diseases including cancer. Considering that the family history and hormonal components are risk factors for the development of PCa, we believe that the identification of polymorphisms involved in these processes may have an important role to assist in the development of alternative tools for early detection and to define the prognosis of this cancer. OBJECTIVES: To analyze polymorphisms (SNPs) associated with family history and hormonal factors in patient blood samples with PCa and in healthy men. In addition, to correlate the results of genotyping with clinical-pathological parameters. METHODS: The study consisted of 185 patients diagnosed with PCa, divided into 97 sporadic cases and 72 with a family history. The control group consisted of 70 blood samples from healthy individuals who had no proven PCa and do it for preventive purposes. We selected 13 polymorphisms for analysis: rs10486567, rs10993994, rs9364554, rs5945572, rs2735839, rs4430796, rs7501939, rs138213197, rs1271572, rs2987983, rs8072254, rs4919743 and rs3808330. Genotyping was performed by PCR in real time (qRT -PCR) and correlated with family history of PCa, preoperative PSA, Gleason histologic grading and pathological staging. RESULTS: We analyzed the frequency of the selected polymorphisms and found the following correlations in our cases: SNPs rs10486567 and rs9364554 increase the chance of developing PCa while the SNP rs8072254 decreases the risk. Regarding heredity, the SNP rs1271571 presented association with sporadic PCa. In comparison with the prognostic factors we found that the SNP rs3808330 was more frequent in patients who had PSA < 10; SNP rs7501939 was more frequent in patients with lower Gleason score and no recurrence and the SNP rs5945572 was more frequent in subjects with lower Gleason score on the surgical specimen. CONCLUSIONS: In general we found that polymorphisms that appear to have a relevant role in the development of PCa in family transmission and in prognostic factors. These important polymorphisms had not yet been studied in the Brazilian population and our work has identified correlations yet not demonstrated in the literature

A fissura labiopalatina é a anomalia craniofacial mais comum nos seres humanos e em relação à cavidade bucal a agenesia dentária se apresenta mais prevalente em indivíduos com fissuras labiopalatinas do que na população em geral. Esses fenótipos têm sido considerados decorrentes de alterações do desenvolvimento embrionário e ocorrem como resultado da interação de fatores genéticos e ambientais, caracterizando uma etiologia multifatorial. Tem sido apontado que a função anormal de alguns genes que possuem papel na formação craniofacial e dentária poderia estar relacionada à etiologia desses fenótipos. Dentre os genes candidatos para esses fenótipos têm se destacado o MSX1 entre outros. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi avaliar a associação entre o polimorfismo no gene MSX1 (rs12532) com os fenótipos fissura labiopalatina e agenesia dentária não sindrômicos isolados ou em associação. A amostra foi composta por 222 indivíduos divididos em 4 grupos: grupo 1, indivíduos com fissura e agenesia dentária; grupo 2, indivíduos com fissura sem agenesia dentária; grupo 3, indivíduos com agenesia dentária sem fissura e grupo 4, controle (sem agenesia e sem fissura). Foi realizada a extração do DNA genômico a partir da saliva coletada dos indivíduos. O polimorfismo no gene MSX1 (rs12532) foi estudado por meio de Reação em cadeia da Polimerase em tempo real (PCR Real Time) utilizando o ensaio Taqman (Applied Biosystems). O teste do qui-quadrado (p<0,05) e o cálculo da razão de chances (IC=95%) foram utilizados na análise estatística. O polimorfismo no gene MSX1 esteve associado aos indivíduos dos grupos com agenesia associada à fissura e agenesias isoladas, porém não houve associação para os indivíduos do grupo com fissuras isoladas. Os resultados sugerem que o polimorfismo no gene MSX1 (rs12532) exerce um papel na suscetibilidade das agenesias dentárias na população brasileira em indivíduos com e sem fissura. / Cleft lip and palate is the most common craniofacial anomaly in humans and, in relation to oral cavity, tooth agenesis is significantly more prevalent in individuals with cleft lip and palate than in the general population. Cleft lip and palate and tooth agenesis phenotypes are considered changes in embryonic development and occur as a result of interaction between environmental and genetic factors, featuring a multifactorial etiology. It has been suggested that abnormal function of some genes that have role in craniofacial and tooth formation, could be related in the etiology of these phenotypes. Among the candidate genes for these phenotypes, MSX1 has been highlighted. The aim of this study was to investigate the association between the MSX1 gene polymorphism (rs12532) with nonsyndromic cleft lip and palate and tooth agenesis phenotypes isolated or in association. The sample was comprised of 222 individuals divided into 4 groups: group 1, cleft lip and palate with tooth agenesis; group 2, cleft lip and palate without tooth agenesis; group 3, tooth agenesis without cleft and group 4, a control group without tooth agenesis or cleft. Genomic DNA extraction was performed from the saliva collected from the individuals. The MSX1 gene polymorphism (rs 12532) was studied using real time PCR, Taqman method. The chi-square (p< 0.05) and odds ratio tests (CI= 95%) were performed for statistical analyses. The MSX1 polymorphism was associated with cleft lip and palate with tooth agenesis and isolated tooth agenesis groups, but no association was found between the polymorphism and isolated cleft lip and palate group. This suggests that MSX1 gene polymorphism (rs12532) plays a role in the susceptibility for tooth agenesis in the Brazilian population with and without cleft lip and palate.

Orientadores: Stanley Robson de Medeiros Oliveira, Samuel Rezende Paiva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agrícola / Made available in DSpace on 2018-08-26T01:06:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vieira_FabioDanilo_M.pdf: 3608471 bytes, checksum: 4705c25d2fbd6794b8aa85559e3620a0 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: As raças de ovinos localmente adaptadas descendem de animais trazidos durante o período colonial, e durante anos foram submetidas a cruzamentos indiscriminados com raças exóticas. Estas raças de ovinos são consideradas importantes por possuírem características adaptativas às diversas condições ambientais brasileiras. Para evitar a perda deste importante material genético, a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) decidiu incluí-las no seu Programa de Pesquisa em Recursos Genéticos, armazenando-as em seus bancos de germoplasma, sendo que as que possuem maior destaque nacional são as raças Crioula, Morada Nova e Santa Inês. A seleção dos ovinos para compor estes bancos é realizada por meio da avaliação de características morfológicas e produtivas. Entretanto, essa avaliação está sujeita a falhas, pois alguns animais cruzados mantêm características semelhantes àquelas dos animais locais. Desta forma, identificar se os animais depositados nos bancos são ou não pertencentes a uma raça é uma tarefa que exige muita cautela. Em busca de soluções, nos últimos anos houve um aumento significativo no uso de tecnologias que utilizam marcadores moleculares SNP (do inglês Single Nucleotide Polimorphism). No entanto, o grande número de marcadores gerados, que pode chegar a centenas de milhares por animal, torna-se um problema crucial. Para abordar esse problema, o objetivo deste trabalho é desenvolver modelos baseados em técnicas de mineração de dados para selecionar os principais marcadores SNP para as raças Crioula, Morada Nova e Santa Inês. Os dados utilizados neste estudo foram obtidos do Consórcio Internacional de Ovinos e são compostos por 72 animais destas três raças e 49.034 marcadores SNP para cada ovino. O resultado obtido com a conclusão deste trabalho foi um conjunto de modelos preditivos baseados em técnicas de mineração de dados que selecionaram os principais marcadores SNP para identificação das raças estudadas. A partir da intersecção desses modelos identificou-se um subconjunto de 15 marcadores com maior potencial de identificação das raças. Os modelos poderão ser utilizados para certificação das raças de ovinos já depositados nos bancos de germoplasma e de novos animais a serem inclusos, além de subsidiar associações de criadores interessadas em certificar seus animais, bem como o MAPA (Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento) no controle de animais registrados. Os modelos gerados poderão ser estendidos para outras espécies animais de produção / Abstract: The locally adapted breeds of sheep are descended from animals brought in during the colonial period, and for years were subjected to indiscriminate crossbreeding with exotic breeds. These breeds of sheep are considered important by having adaptive characteristics to several Brazilian environmental conditions. To avoid the loss of this important genetic material, the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) decided to include them in its Programme of Research in Genetic Resources, storing them in their genebanks, while those with greater national prominence are Creole breeds, Morada Nova and Santa Ines. The selection of sheep to compose these banks is performed through the evaluation of morphological and productive characteristics. However, this assessment is subject to failures, because some crossbred maintains similar characteristics to those of the local animals. Thus, identifying if the animals deposited in banks belong or not to a breed is a challenging task. In search for solutions in recent years there has been a significant increase in the use of technologies that use molecular markers SNP (Single Nucleotide Polimorphism). However, the large number of markers generated, which can reach hundreds of thousands per animal, becomes a crucial issue. To address this problem, the aim of this study is to develop models based on data mining techniques to select the main SNP markers for Creole, Morada Nova and Santa Ines breeds. The data used in this study were obtained from the International Consortium of Sheep and consist of 72 animals e of these three breeds and 49,034 SNP markers for each sheep. The result obtained with this study was a set of predictive models based on data mining techniques to selected major SNP markers to identify the breeds studied. The intersection of the generated models identified a subset of 15 markers, with greater potential for identification of sheep breeds. The models may be used for certification of sheep breeds already deposited in genebanks and new animals to be included, apart from subsidizing breeders associations interested in certifying their animals, as well as MAPA (Ministry of Agriculture, Livestock and Food Supply) in control registered animals. The proposed models can be extended to other species of production animals / Mestrado / Planejamento e Desenvolvimento Rural Sustentável / Mestre em Engenharia Agrícola

Magister Scientiae - MSc / Many Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) found in coding or regulatory regions within the human genome lead to phenotypic differences that make prediction of physical appearance, based on genetic analysis, potentially useful in forensic investigations. Complex traits such as pigmentation can be predicted from the genome sequence, provided that genes with strong effects on the trait exist and are known. Phenotypic traits may also be associated with variations in gene expression due to the presence of SNPs in promoter regions. In this project, the identification of genes associated with these physical traits of potential forensic relevance have been collated from the literature using a text mining platform and hand curation. The SNPs associated with these genes have been acquired from public SNP repositories such as the International HapMap project, dbSNP and Ensembl. Characterization of different population groups based on the SNPs has been performed and the results and data stored in a MySQL database. This database contains SNP genotyping data with respect to physical phenotypic differences of forensic interest. The potential forensicrelevance of the SNP information contained in this database has been verified through in silico SNP analysis aimed at establishing possible relationships between SNP occurrence and phenotype. The software used for this analysis is MATCH™. Data management and access has been enhanced by the use of a functional web-based front-end which enables the users to extract and display SNP information without running complex Structured Query Language (SQL) statements from the command line. This Forensic SNP Phenotype resource can be accessed at http://forensic.sanbi.ac.za/alecia_forensics/Index.html / South Africa