Augochlorini (Halictinae) e um elemento comum na região Neotropical, e a historia natural das suas espécies e marcada pela plasticidade quando comparada a outras abelhas. A tribo e grupo-irmão de Halictini, e seus fosseis datam pelos menos do âmbar Dominicano (cerca de 20 milhões de anos). As relações entre os gêneros de Augochlorini foram reconstruídas de maneira insatisfatoria, sendo as hipóteses existentes em parte incongruentes, pouco robustas e baseadas apenas em dados morfológicos. Neste sentido, o presente estudo apresenta uma abordagem filogenética empregando dados moleculares. Para 76 terminais, foram obtidas sequências de DNA de quatro genes, 28S, Fator de Alongamento 1-alfa, Rodopsina Verde e wingless, somando 3043 pares de bases alinhadas. Análises de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana foram conduzidas para os dados moleculares em conjunto, incluindo ou não regiões de alinhamento ambíguo (alças e íntrons). Os resultados, em consenso, apontam para a parafilia das duas subtribos de Augochlorini sensu Engel, com três grupos de gêneros, gr. Corynura, gr. Rhinocorynura e gr. Chlerogella formando uma politomia na base. Os demais gêneros formam um agrupamento que e dividido em três grandes clados, cujas relações não foram bem resolvidas. O primeiro e composto pelo grupo Megaloptidia e os gêneros Augochloropsis, Augochlorodes e Pseudaugochlora, o segundo pelo grupo Neocorynura mais Chlerogas, Paroxystoglossa e Temnosoma, e o terceiro pelo grupo Augochlora e Caenaugochlora, Megalopta e Thectochlora. As primeiras linhagens de Augochlorini se diversificaram entre 7060 milhões de anos atrás, sendo que desde 50 milhões de anos vem ocorrendo uma gradativa diversificação do grupo. A re-análise da morfologia externa do grupo não foi útil para entender melhor a evolução do grupo que em trabalhos anteriores, inclusive diminuindo o poder explicativo da hipótese gerada pela evidencia total. As hipóteses moleculares apresentaram novas evidencias que guiam futuros estudos para o grupo, para que se possa entender a evolução dentro de cada um dos seus clados. / Augochlorini (Halictinae) is a common element in the Neotropical region, and his natural history is known by their relatively plasticity when compared to other bees. Augochlorini is sister-group of Halictini, and its oldest fossils date from the Dominican amber (about 20 million years before present). The phylogenetic relationships among their genera were only superficially reconstructed, the competing hypothesis are not entirely congruent nor robust and were based only on morphological data. With this background, this study aims to present a molecular phylogeny to Augochlorini. It was obtained, for 76 terminals, DNA sequences of four genes, 28S, Elongation Factor 1-alpha, Green Rodopsin and Wingless, giving a 3043 base pair alignment. Maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference analyses were carried out for the molecular data, including or excluding regions of ambiguous alignment (loops and introns). The results, based on consensus trees, suggest the paraphyly of both Augochlorini subtribes (sensu Engel), with three groups of genera, gr. Corynura, gr. Rhinocorynura e gr. Chlerogella forming a basal polytomy with a clade containing the remaining genera. This clade has three subgroups, whose phylogenetic relationships were not well stabilized. The first group consists of gr. Megaloptidia and Augochloropsis, Augochlorodes, and Pseudaugochlora, the second group of gr. Neocorynura plus Chlerogas, Paroxystoglossa, and Temnosoma, and the third group consists of gr. Augochlora and Caenaugochlora, Megalopta, and Thectochlora. The first Augochlorini lineages diversified by 70 to 60 million years ago, and since 50 mya there has been a gradual diversification of the group. The reanalysis of augochlorines external morphology was not helpful for understanding the evolution of the group, and also reduced the explanatory power of the total evidence hypothesis. The molecular hypothesis brought new evidences to guide future studies for the group, and positively favored the conception about the evolution of Augochlorini main clades.

Bunodosoma é um gênero cosmopolita de anêmonas que apresentam pólipos grandes e conspícuos, sendo comuns em ambientes costeiros. Atualmente compreende 14 espécies válidas e, apesar de estas serem utilizadas em estudos filogenéticos dentro da ordem Actiniaria, não existem abordagens visando resolver os problemas intragenéricos, e o conhecimento da diversidade do gênero é limitado por problemas taxonômicos e de identificação. Dessa forma, é necessário que se estabeleçam os limites entre a variação inter e intraespecífica dos pólipos, e para isso devem-se integrar informações morfológicas e moleculares. As espécies B. cangicum, B. caissarum e B. zamponii, endêmicas do Atlântico Sul e com diversos registros ao longo da costa, são um interessante modelo para o estudo destas variações. Portanto, os objetivos desse projeto são: 1) realizar a revisão sistemática e propor uma hipótese filogenética para o gênero Bunodosoma com base em evidências moleculares; 2) explorar a viabilidade da utilização do marcador molecular ITS nos estudos de populações de anêmonas e testar outros marcadores nucleares que possam representar as diferenças genéticas inter e intraespecíficas; e 3) verificar a variabilidade morfológica (utilizando dados de tamanhos de cnidocistos) e molecular intraespecífica das espécies B. caissarum e B. cangicum. A revisão sistemática, apresentada no Capítulo 1, evidenciou que 14 espécies podem ser reconhecidas, apesar de o status taxonômico de três delas permanecer aberto a testes. A análise filogenética com os dados moleculares disponíveis não fornece evidência para o monofiletismo de Bunodosoma, que foi recuperado parafilético em relação a outras espécies da família Actiniidae. No Capítulo 2, as análises filogenéticas e filogeográficas com o marcador ITS forneceram suporte para o reconhecimento de dois clados: o primeiro composto por indivíduos de B. caissarum e o segundo por indivíduos de B. cangicum e B. zamponii. Apesar de se mostrar útil na delimitação de grandes grupos, o ITS é um marcador eficiente na delimitação de populações. Em relação à variação morfométrica dos cnidocistos, os resultados apresentados no Capítulo 3 demonstram que, caso bem empregados e analisados, alguns tipos de nematocistos podem ter valor taxonômico na delimitação de populações de anêmonas. O conjunto dos resultados do presente estudo contribuem para um melhor conhecimento da sistemática e biologia desses organismos, além de gerar subsídios para a compreensão de aspectos evolutivos da ordem Actiniaria / Bunodosoma is a cosmopolite genus of sea anemones of large and conspicuous polyps, common in costal environments. It currently comprises 14 species and, despite being employed in phylogenetic studies within the order Actiniaria, no study so far has tried to solve intrageneric problems in Bunodosoma, so the knowledge about the genus\' diversity is limited by problems of taxonomy and identification. Thus, it is necessary to establish the limits of inter and intraspecific variation of the polyps. To accomplish that, integrative studies using morphological and molecular data must be carried out. The species B. cangicum, B. caissarum, and B. zamponii are endemic of the South Atlantic Ocean. They represent an interesting model to study the aforementioned variation. Therefore, the goals of this study are: 1) to review the systematics and to propose a phylogenetic hypothesis for the genus Bunodosoma based on molecular evidence; 2) to explore the usage of the molecular marker ITS in population studies of sea anemones, as well as to test other nuclear regions that may show inter and intraspecific variation; and 3) to access the phenotypic (based on cnidocyst size variation) and molecular intraspecific variability of B. caissarum and B. cangicum. The systematic review, presented in Chapter 1, showed that there are 14 recognized species; three of them need further analyses. The molecular phylogenetic analysis did not provide evidences for the monophyly of Bunodosoma, which was recovered paraphyletic regarding other species of the family Actiniidae. In Chapter 2, the phylogenetic and phylogeographic analysis of ITS provided support to recognize two major clades: one composed by B. caissarum individuals and the other by individuals of B. cangicum plus B. zamponii. Despite been useful to delimit major groups, the ITS marker is not efficient to delimit populations. Regarding the morphometric variation of the cnidocysts, the results presented in Chapter 3 demonstrated that, when employed with caution, some types may present taxonomic value in population delimitation. The results of the present study contribute to a better understanding of the systematics and the biology of Bunodosoma, and provide support to the comprehension of evolutionary aspects of the order Actiniaria

Os gêneros Nycticalanthus (monotípico) e Spiranthera (quatro espécies), pertencentes à família Rutaceae, tribo Galipeeae, são semelhantes morfologicamente e possuem distribuição restrita à América do Sul. São predominantemente arvoretas ciófilas de florestas úmidas, exceto Spiranthera odoratissima, que possui hábito arbustivo savânico e é a espécie de distribuição mais ampla, com a maior variabilidade morfológica. Este estudo teve como objetivo investigar as relações de parentesco entre Nycticalanthus e Spiranthera e suas espécies, utilizando dados moleculares (região ETS do DNA nuclear e espaçador trnL-F do DNA plastidial), visando entender os processos subjacentes à sua diversificação e biogeografia, além de realizar uma revisão taxonômica do grupo. Baseado na filogenia obtida e nas características morfológicas compartilhadas entre as espécies de ambos os gêneros, muitas delas sinapomórficas, é proposta a sinonimização do gênero monotípico Nycticalanthus sob Spiranthera. A revisão taxonômica apresentada baseia-se em uma extensa análise morfológica do grupo, incluindo expedições a campo e estudo de espécimes de herbários, elaboração de chave de identificação, descrição e ilustrações das seis espécies reconhecidas, incluindo uma espécie nova de Iquitos, Peru, além de dados de distribuição geográfica, habitats e variabilidade morfológica de cada táxon / The genera Nycticalanthus Ducke (monotypic) and Spiranthera A.St.-Hil. (four species), belonging to Rutaceae, tribe Galipeeae, are morphologically similar and restricted to South America. They are mostly sciophyllous treelets from rainforests, except for Spiranthera odoratissima, the most widespread species, which is a shrub inhabiting savannic formations and showing the highest morphological variation. This study investigated the phylogenetic relationships between the two genera, and among their species as well, using molecular data (ETS from the nuclear DNA, and trnL-F spacer from the plastidial DNA), aiming at understanding the processes involved in their diversification and biogeographic history. I also studied the taxonomic circunscription of both genera (all species included) carrying out a taxonomic revision of them. Based on the phylogeny and morphological characteristics shared by the species of both genera (most of them synapomorphies), I have proposed the synonymization of the monotypic genus Nycticalanthus under Spiranthera. The taxonomic revision is based on extensive morphological analysis of the group, including collecting and observation during field trips, and study of herbarium specimens. I also present identification keys, descriptions and illustrations for all the six species, including a new one from Iquitos, Peru, as well as updated geographic distribution range, habitats, and discussion about the morphological variation of each taxon

Submitted by Luciana Sebin (lusebin@ufscar.br) on 2016-09-14T11:59:08Z No. of bitstreams: 1 TeseTGS.pdf: 4054095 bytes, checksum: 668909b72eaa8dc7778f8563ccee2286 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-15T13:57:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseTGS.pdf: 4054095 bytes, checksum: 668909b72eaa8dc7778f8563ccee2286 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-15T13:57:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseTGS.pdf: 4054095 bytes, checksum: 668909b72eaa8dc7778f8563ccee2286 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T13:57:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseTGS.pdf: 4054095 bytes, checksum: 668909b72eaa8dc7778f8563ccee2286 (MD5) Previous issue date: 2016-02-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The phylogeny of the family Selenastraceae was investigated by light microscopy, molecular analysis of 18S rDNA, rbcL, ITS1-5.8S-ITS2 and ITS-2 markers. Several morphological features traditionally used for identification of genera and species were investigated. All Selenastraceae strains studied presented naked pyrenoids within the chloroplast, except for Chlorolobion, which presented starched pyrenoid. Molecular analysis showed that no isolated morphological criteria considered so far is significant for the systematic of Selenastraceae, but a set of characteristics may be appropriate to identify species of genera Ankistrodesmus, Chlorolobion, Kirchneriella, Raphidocelis and Tetranephris. Phylogenetic analyses showed that genera Monoraphidium, Kirchneriella and Selenastrum are polyphyletic and not distinguishable as separate genera. The Selenastrum morphotype revealed three different molecular lineages, leading to the description of two new genera, Curvastrum gen. nov and Messastrum gen. nov. In addition, molecular phylogenetic analysis revealed four lineages assigned to Kirchneriella orphotype, leading to the description of five new species: Genus 1 sp. nov. 1, Genus 2 sp. nov. 1, Genus 2 sp. nov. 2, Raphidocelis sp. nov. and Tetranephris sp. nov. / A filogenia da família Selenastraceae foi investigada por microscopia ótica, análises moleculares dos marcadores 18S rDNA, rbcL, ITS1-5,8S-ITS2 e ITS-2. Várias características morfológicas tradicionalmente utilizadas para identificação de gêneros e espécies foram investigadas. Todas as cepas de Selenastraceae estudadas têm pirenóides nus dentro do cloroplasto, exceto o gênero Chlorolobion, que apresentou pirenóide amilóide. As análises moleculares mostraram que nenhum critério morfológico isolado considerado até agora é significativo para a sistemática do Selenastraceae, mas o uso de um conjunto de características morfológicas pode ser adequado para identificar espécies dos gêneros Ankistrodesmus, Chlorolobion, Kirchneriella, Raphidocelis e Tetranephris. As análises filogenéticas moleculares mostraram que os gêneros Monoraphidium, Kirchneriella e Selenastrum são polifiléticos e não distinguíveis como gêneros. O morfotipo de Selenastrum revelou três linhagens moleculares diferentes, levando à descrição de dois novos gêneros, Curvastrum gen. nov. e Messastrum gen. nov. Além disso, as análises filogenéticas revelaram quatro linhagens moleculares atribuídas ao morfotipo de Kirchneriella, levando à descrição de cinco espécies novas: Gênero 1 sp. nov. 1, Gênero 2 sp. nov. 1, Gênero 2 sp. nov. 2, Raphidocelis sp. nov. e Tetranephris sp. nov. / FAPESP: 2012/19520-1

Augochlorini (Halictinae) e um elemento comum na região Neotropical, e a historia natural das suas espécies e marcada pela plasticidade quando comparada a outras abelhas. A tribo e grupo-irmão de Halictini, e seus fosseis datam pelos menos do âmbar Dominicano (cerca de 20 milhões de anos). As relações entre os gêneros de Augochlorini foram reconstruídas de maneira insatisfatoria, sendo as hipóteses existentes em parte incongruentes, pouco robustas e baseadas apenas em dados morfológicos. Neste sentido, o presente estudo apresenta uma abordagem filogenética empregando dados moleculares. Para 76 terminais, foram obtidas sequências de DNA de quatro genes, 28S, Fator de Alongamento 1-alfa, Rodopsina Verde e wingless, somando 3043 pares de bases alinhadas. Análises de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana foram conduzidas para os dados moleculares em conjunto, incluindo ou não regiões de alinhamento ambíguo (alças e íntrons). Os resultados, em consenso, apontam para a parafilia das duas subtribos de Augochlorini sensu Engel, com três grupos de gêneros, gr. Corynura, gr. Rhinocorynura e gr. Chlerogella formando uma politomia na base. Os demais gêneros formam um agrupamento que e dividido em três grandes clados, cujas relações não foram bem resolvidas. O primeiro e composto pelo grupo Megaloptidia e os gêneros Augochloropsis, Augochlorodes e Pseudaugochlora, o segundo pelo grupo Neocorynura mais Chlerogas, Paroxystoglossa e Temnosoma, e o terceiro pelo grupo Augochlora e Caenaugochlora, Megalopta e Thectochlora. As primeiras linhagens de Augochlorini se diversificaram entre 7060 milhões de anos atrás, sendo que desde 50 milhões de anos vem ocorrendo uma gradativa diversificação do grupo. A re-análise da morfologia externa do grupo não foi útil para entender melhor a evolução do grupo que em trabalhos anteriores, inclusive diminuindo o poder explicativo da hipótese gerada pela evidencia total. As hipóteses moleculares apresentaram novas evidencias que guiam futuros estudos para o grupo, para que se possa entender a evolução dentro de cada um dos seus clados. / Augochlorini (Halictinae) is a common element in the Neotropical region, and his natural history is known by their relatively plasticity when compared to other bees. Augochlorini is sister-group of Halictini, and its oldest fossils date from the Dominican amber (about 20 million years before present). The phylogenetic relationships among their genera were only superficially reconstructed, the competing hypothesis are not entirely congruent nor robust and were based only on morphological data. With this background, this study aims to present a molecular phylogeny to Augochlorini. It was obtained, for 76 terminals, DNA sequences of four genes, 28S, Elongation Factor 1-alpha, Green Rodopsin and Wingless, giving a 3043 base pair alignment. Maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference analyses were carried out for the molecular data, including or excluding regions of ambiguous alignment (loops and introns). The results, based on consensus trees, suggest the paraphyly of both Augochlorini subtribes (sensu Engel), with three groups of genera, gr. Corynura, gr. Rhinocorynura e gr. Chlerogella forming a basal polytomy with a clade containing the remaining genera. This clade has three subgroups, whose phylogenetic relationships were not well stabilized. The first group consists of gr. Megaloptidia and Augochloropsis, Augochlorodes, and Pseudaugochlora, the second group of gr. Neocorynura plus Chlerogas, Paroxystoglossa, and Temnosoma, and the third group consists of gr. Augochlora and Caenaugochlora, Megalopta, and Thectochlora. The first Augochlorini lineages diversified by 70 to 60 million years ago, and since 50 mya there has been a gradual diversification of the group. The reanalysis of augochlorines external morphology was not helpful for understanding the evolution of the group, and also reduced the explanatory power of the total evidence hypothesis. The molecular hypothesis brought new evidences to guide future studies for the group, and positively favored the conception about the evolution of Augochlorini main clades.

Orientador: Luciana Bolsoni Lourenço / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T00:43:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Seger_KarinRegina_M.pdf: 1961069 bytes, checksum: ac950c9cf223e51f3374d9378d583572 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O gênero Dendropsophus apresenta uma grande diversidade de espécies, compreendendo atualmente mais de 90 espécies de anuros hilídeos, e se caracteriza por apresentar como principal sinapomorfia o número cromossômico 2n=30. Muitas problemáticas taxonômicas ainda cercam esse grupo, como a referente a Dendropsophus nanus e Dendropsophus walfordi. Tais espécies já foram consideradas sinônimas com base em dados morfológicos, proposta que foi refutada após análise de canto. Recentes inferências filogenéticas têm apontado o possível parafiletismo dessas duas espécies de anuros, mas nenhuma delas teve a amostragem devidamente desenhada para avaliar cuidadosamente a questão taxonômica decorrente dessa observação. Mesmo o estudo filogenético que incluiu o maior número de representantes dessas espécies contou com apenas cerca de 700 pb de um único marcador genético (gene ribossomal mitocondrial 12S). Além disso, não incluiu nenhum exemplar da localidade-tipo de ambas as espécies e, embora a amostra dessa espécie tenha sido a maior utilizada até o momento em análises filogenéticas, ainda não foi suficiente para cobrir toda a grande área de ocorrência desses anuros. Com o intuito de solucionar tais problemas e contribuir para a análise da delimitação dessas espécies, foi investigado o possível parafiletismo entre as espécies D. nanus e D. walfordi, por meio da comparação de sequências dos genes mitocondriais 12S, 16S e CO1, e com a amostragem de indivíduos de 24 localidades abrangendo a maior parte da distribuição incluindo as localidades-tipo de cada uma das duas espécies. Foi observada alta estruturação genética do grupo de interesse pela análise de variância molecular (AMOVA) e cinco principais clados (A-E) foram identificados em todos os cladogramas inferidos. O parafiletismo de D. nanus com relação a D. walfordi foi observado em todas as análises filogenéticas. As distâncias genéticas entre os clados A-E foram altas e permitem sugerir que o grupo em questão represente na realidade um complexo com mais de duas espécies diferentes / Abstract: The Dendropsophus genus presents a great diversity of species, currently including more than 90 species of hylid frogs, and its main synapomorphy is the chromosome number 2n = 30. Many taxonomic problems still surround this group, as those referred to Dendropsophus nanus and Dendropsophus walfordi. Such species have been considered synonymous based on morphological data, but that proposal was rejected after call analysis. Recent phylogenetic inferences have pointed out the possible paraphyly of these species of frogs, but they were not designed to carefully evaluate the taxonomic question arising from this observation. Even the phylogenetic study that included a large number of representatives of these species did not sampled their type locality and was based on only ~ 700 bp of a single genetic marker (mitochondrial 12S ribosomal gene). In order to solve these problems and contribute to the analysis of these species delimitation, we investigated the possible paraphyly between D. nanus and D. walfordi by comparing the sequences of the mitochondrial genes 12S, 16S and CO1, and sampling specimens from 24 localities, including the type-locality of each of these species. High genetic structuration was observed inside this group by the analysis of molecular variance (AMOVA) and five major clades (A-E) were recognized in all inferred cladograms. The paraphyly of D. nanus with respect to D. walfordi was observed in all phylogenetic analyses. The genetic distances among the Clades A-E were high and allowed to suggest that in fact a complex with more than two different species exist in the analyzed group / Mestrado / Biodiversidade Animal / Mestra em Biologia Animal

Os gêneros Nycticalanthus (monotípico) e Spiranthera (quatro espécies), pertencentes à família Rutaceae, tribo Galipeeae, são semelhantes morfologicamente e possuem distribuição restrita à América do Sul. São predominantemente arvoretas ciófilas de florestas úmidas, exceto Spiranthera odoratissima, que possui hábito arbustivo savânico e é a espécie de distribuição mais ampla, com a maior variabilidade morfológica. Este estudo teve como objetivo investigar as relações de parentesco entre Nycticalanthus e Spiranthera e suas espécies, utilizando dados moleculares (região ETS do DNA nuclear e espaçador trnL-F do DNA plastidial), visando entender os processos subjacentes à sua diversificação e biogeografia, além de realizar uma revisão taxonômica do grupo. Baseado na filogenia obtida e nas características morfológicas compartilhadas entre as espécies de ambos os gêneros, muitas delas sinapomórficas, é proposta a sinonimização do gênero monotípico Nycticalanthus sob Spiranthera. A revisão taxonômica apresentada baseia-se em uma extensa análise morfológica do grupo, incluindo expedições a campo e estudo de espécimes de herbários, elaboração de chave de identificação, descrição e ilustrações das seis espécies reconhecidas, incluindo uma espécie nova de Iquitos, Peru, além de dados de distribuição geográfica, habitats e variabilidade morfológica de cada táxon / The genera Nycticalanthus Ducke (monotypic) and Spiranthera A.St.-Hil. (four species), belonging to Rutaceae, tribe Galipeeae, are morphologically similar and restricted to South America. They are mostly sciophyllous treelets from rainforests, except for Spiranthera odoratissima, the most widespread species, which is a shrub inhabiting savannic formations and showing the highest morphological variation. This study investigated the phylogenetic relationships between the two genera, and among their species as well, using molecular data (ETS from the nuclear DNA, and trnL-F spacer from the plastidial DNA), aiming at understanding the processes involved in their diversification and biogeographic history. I also studied the taxonomic circunscription of both genera (all species included) carrying out a taxonomic revision of them. Based on the phylogeny and morphological characteristics shared by the species of both genera (most of them synapomorphies), I have proposed the synonymization of the monotypic genus Nycticalanthus under Spiranthera. The taxonomic revision is based on extensive morphological analysis of the group, including collecting and observation during field trips, and study of herbarium specimens. I also present identification keys, descriptions and illustrations for all the six species, including a new one from Iquitos, Peru, as well as updated geographic distribution range, habitats, and discussion about the morphological variation of each taxon

A família Psittacidae possui 332 espécies de papagaios, periquitos e afins, e os táxons Neotropicais formam um grupo monofilético (tribo Arini), dentro desta tribo está o gênero Aratinga. A sistemática deste gênero é mal resolvida, com poucos estudos morfológicos e algumas filogenias moleculares que apontam que não seja monofilético. Porém, é preciso destacar que esses estudos não amostraram uma quantidade representativa de espécies do gênero, o que deixa essas relações incertas. Para melhor compreender a história evolutiva do gênero Aratinga, realizamos uma análise filogenética com 21 das 22 espécies do gênero, o táxon monotípico Nandayus nenday que é proximamente relacionado a algumas espécies de Aratinga e representantes de outros gêneros da tribo Arini. Foram sequenciados cinco genes mitocondriais (12S, 16S, citocromo b, NADH2, COIII) e um nuclear (RAG-1). As filogenias obtidas por máxima verossimilhança e análise Bayesiana foram congruentes e indicam a ausência de monofilia do gênero Aratinga. A maioria das espécies do gênero foi posicionada em três clados com alto suporte, mas que não se apresentam agrupados em um clado monofilético. Estes três clados são congruentes com grupos previamente propostos com base em caracteres morfológicos. Nandayus nenday está dentro de um destes clados, que é grupo irmão de um clado que contém outros quatro gêneros da tribo Arini. A única espécie que não foi incluída em nenhum destes clados é Aratinga acuticaudata, que aparentemente é mais proximamente relacionada aos gêneros Diopsittaca e Guarouba. A maioria dos eventos de divergência das espécies do gênero Aratinga nesses diferentes clados parece ter ocorrido nos últimos 5 milhões de anos (Ma.). Enquanto as estimativas de datas de divergências entre os principais clados sugerem que elas ocorreram durante o Mioceno inicial. O padrão biogeográfico da diversificação dos clados de Aratinga foi complexo, possivelmente relacionado com o soerguimento dos Andes, com múltiplas colonizações da América Central antes e depois do fechamento do Istmo do Panamá e com ciclos glaciais do Pleistoceno. Esses resultados refutam a monofilia do gênero e uma revisão taxonômica do táxon parece ser necessária. / Family Psittacidae includes 332 species of parrots and all Neotropical taxa form a monophyletic group (tribe Arini), among those, is the parakeet genus Aratinga. This genus has an unresolved systematics, with few morphological studies and some molecular phylogenies suggest that it is not monophyletic. However, these phylogenies did not include a representative sample of species of the genus. To better understand the evolutionary history of genus Aratinga, we conducted a phylogenetic analysis that included 21 of 22 species of the genus, the monospecific taxon Nadayus nenday that is closely related to some Aratinga species, plus various taxa from tribe Arini. We sequenced five mitochondrial (12S, 16S, cytochrome b, NADH2, COIII) and one nuclear (RAG-1) genes. The phylogenies were reconstructed based on maximum likelihood analysis and Bayesian inference. Relaxed molecular clock estimates were conducted under a Bayesian analysis for inferring the divergence times of the phylogeny and to study the biogeographic history of these species. The phylogenies recovered by both methods were highly congruent and support the absence of monophyly for genus Aratinga. The majority of the species from the genus Aratinga was placed in three highly supported clades that did not group in a monophyletic clade. These three clades match previously suggested groups based on morphological characters. Nandayus nenday was included in one of these clades, that is closely related to a clade that contains four other Arini genera. The only species that was not included in any of these clades was Aratinga acuticaudata, that seems to be more closely related to the genera Diopsittaca and Guarouba with high support values. Most of the speciation within the Aratinga clades may have occurred during the last 5 Mya., but the divergence times between these clades seems to have occurred during the early Miocene. The biogeograhic pattern of the diversification of the Aratinga clades was complex, possibly related to the history of the Andes, multiple colonization of Central America before and after the closure of the Panama Isthmus and also Pleistocene glacial cycles. These results further refute the monophyly of genus Aratinga and a taxonomical revision may be necessary for the taxon.

Membros do gênero Rhinebothroides são parasitas exclusivos de potamotrigonídeos, elasmobrânquios de água doce endêmicos da região Neotropical. Atualmente, seis espécies são reconhecidas para este gênero dentre as oito espécies nominais disponíveis. A taxonomia de Rhinebothroides é convoluta, pois a maioria de suas espécies são diagnosticadas por caracteres morfométricos e merísticos definidos por estudos que desconsideram a variabilidade intraespecífica destas linhagens. A ampla distribuição de algumas espécies, bem como seus padrões generalistas de especificidade padrão este discrepante em relação à tetrafilídeos marinhos sugere a existência de complexos de espécies que requerem melhor refinamento taxonômico. Este estudo visa refinar a taxonomia de um destes complexos Rhinebothroides freitasi, no qual estão inseridas outras 3 especies nominais (R. campbelli, R. circularisi, R. venezuelensis) cujas circunscrições são ambíguas. Neste estudo, partiuse da premissa de que a conjunção de dados moleculares e morfológicos pode elucidar a taxonomia deste complexo. Com este objetivo, dados moleculares para os genes 28S, ITS1 e COI foram compilados para 57 haplótipos de Rhinebothroides representando todas as espécies válidas para o gênero e a ampla distribuição biogeográfica no gênero nas bacias hidrográficas brasileiras. A otimização direta das sequências nucleotídicas destes haplótipos concatenadas com outros 26 terminais que incluem linhagens de tetrafilídeos marinhos e de água doce, resultou em cinco clados de Rhinebothroides que possuem morfologia congruente com a série tipo de cinco espécies nominais. Desta forma, este estudo reconhece cinco espécies de Rhinebothroides como válidas: R. glandularis, R. freitasi, R. moralarai, R. scorzai e R. venezuelensis. Dentre as espécies do complexo R. freitasi, os dados morfológicos compilados para ~ 400 indivíduos permitiu delimitar os níveis de variabilidade morfológica de R. freitasi e R. venezuelensis. A representatividade biogeográfica e de hospedeiros contemplada neste estudo revela que, ao contrário das linhagens de tetrafilídeos marinhos, membros de Rhinebothroides possuem baixa especificidade aos seus hospedeiros. / Members of Rhinebothroides are parasites of the Neotropical freshwater stingrays of the family Potamotrygonidae. To date, six species are recognized for the genus within which there are eight nominal species available. The taxonomy of Rhinebothroides is confusing, since most of its species are currently diagnosed by morphometric and meristic characters that have been defined by studies that disregarded the intraspecific variability of its lineages. The widespread distribution of some species, as well as their relaxed host specificity pattern which differs from what has been documented for marine tetraphyllideans suggests the existence of species complexes that require taxonomic refinement. This study aims at refining the taxonomy of one of these complexes Rhinebothroides freitasi, in which are included other three nominal species (R. campbelli, R. circularisi, R. venezuelensis) circumscribed ambiguously. In this study, it has been assumed that the combination of molecular and morphological data can shed some light on the taxonomic status of this complex. Within this framework, molecular data were compiled for 28S, ITS1, and COI for 57 haplotypes of Rhinebothroides representing all currently valid species within the genus and their biogeographical distribution along the major Brazilian river basins. The direct optimization of nucleotide sequences from these haplotypes, simultaneously analised with 26 terminals which included marine and freshwater lineages of tetraphyllideans, generated a phylogenetic hypothesis that recognized five major clades within Rhinebothroides. Each of these clades are morphologically congruent with the type series of five nominal species. Therefore, this study recognizes five valid species within Rhinebothroides: R. glandularis, R. freitasi, R. moralarai, R. scorzai, and R. venezuelensis. Within the R. freitasi complex, the compiled morphological data for ~ 400 specimens provided a robust assessment of intraspecific variability for R. freitasi and R. venezuelensis. The biogeographic and host extensive sampling available for this study reveals that members of Rhinebothroides show low host specificity, as opposed to the marine tetraphyllidean lineages.

A delimitação de espécies é essencial para a caracterização e conservação da biodiversidade. No entanto, representa um desafio para grupos onde há pouca variação em morfologia, como no caso dos lagartos Iphisini. São conhecidas oito espécies pertencentes a seis gêneros na tribo, com base em análises moleculares e de anatomia hemipeniana foram detectadas quatro espécies candidatas para Iphisa. A tribo filogeneticamente aparentada Gymnophthalmini apresenta maior riqueza de espécies e diversidade morfológica, principalmente em espécies com adaptações para a vida fossorial. No entanto, ainda se conhece pouco sobre os mecanismos históricos e ecológicos que causam distintos padrões de especiação, apesar de historicamente o papel de isolamento geográfico ter sido enfatizado para a biota Neotropical. Em tempos recentes, foram desenvolvidos métodos quantitativos para abordar questões evolutivas como probabilidades de especiação, variações em taxas de diversificação e reconstrução de demografia histórica de populações e migração. Implementei neste estudo uma combinação de métodos quantitativos com uso de dados moleculares, morfológicos e ambientais para testar as hipóteses que: há diversidade não reconhecida em Iphisini; as diferenças em riqueza e disparidade morfológica entre Iphisini e outras tribos de Gymnophthalminae se deve a diferenças em tempo e modo de diversificação, e que a diversificação em Acratosaura ocorreu por isolamento geográfico causado por flutuações paleoclimáticas. Com base em análises moleculares, foram delimitadas quatro espécies candidatas para Iphisini, aumentando em 33% a diversidade conhecida para a tribo. Não houve variação entre as espécies candidatas de Acratosaura em morfometria. A filogenia estimada para Gymnophthalminae apresentou alto suporte para a relação entre Iphisini e Heterodactylini, e demonstra um tempo de diversificação e riqueza neste clado similar a Gymnophthalmini. As tribos apresentaram padrões de diversificação semelhantes, mas taxas distintas. Os padrões de evolução morfológica foram congruentes com a diversificação em Gymnophthalmini, porém distintas em Heterodactylini sensu lato, indicando que disparidade independe de diversificação. As análises filogeográficas indicam que as populações de Acratosaura apresentaram estabilidade demográfica e espacial ao longo do tempo, com evidências de fluxo gênico entre linhagens diferenciadas. Desta forma, os resultados sugerem que Acratosaura diversificou sem influência de variações históricas no clima, e provavelmente sem isolamento reprodutivo completo / Species delimitation is essential for characterization and conservation of biodiversity. Nevertheless, it represents a challenge for groups in which morphological variation is subtle, such as the microteiid lizards of the tribe Iphisini. Eight species from six genera are currently recognized in the tribe but recently, based on molecular analysis and hemipenial anatomy, four candidate species were inferred for Iphisa. The phylogenetically related tribe Gymnophthalmini presents higher species richness and morphological diversity, specially in forms with adaptations to fossoriality. Nevertheless, the historical and ecological mechanisms involved in the distinct speciation patterns are poorly known, although geographical isolation have been historically emphasized for neotropical biota. In recent times, quantitative methods were developed to address evolutionary questions such as speciation probabilities, variation in diversification rates and reconstruction of historical demography of populations and migration. In this study I used a combination of quantitative methods based on molecular, morphological and environmental data for testing the hypothesis that: there is unrecognized diversity within Iphisini; differences in species richness and disparity among Iphisini and related tribes are congruent with differences in time and mode of diversification; and that diversification in Acratosaura occurred with geographical isolation caused by paleoclimatic fluctuations. Based on the results of molecular analyses, four candidate species were delimited for Iphisini, rising in 33% the tribe diversity. There was no significant variation in morphometry between candidate species of Acratosaura. The phylogeny of Gymnophthalminae presented high support for the relationship between Iphisini and Heterodactylini, and showed diversification timming and species richness comparable between this clade and Gymnophthalmini. The tribes presented similar diversification patterns but distinct rates. The patterns of morphological evolution were congruent with diversification patterns in Gymnophthalmini but distinct in Heterodactylini sensu lato, indicating that disparity is independent from diversification in the group. The phylogeographic analyses indicate that populations of Acratosaura presented demographic and spatial stability through time, with evidences of gene flow among lineages after differentiation. Thus, the results suggest that diversification of Acratosaura was not influenced by variations in historical climate, and probably occurred without complete reproductive isolation