The aim of this thesis is to develop a GIS methodology to assess urban vulnerability to earthquake through a spatial analytical procedure in which vulnerability is taught of as a spatial decision problem. The main concepts within the framework is vulnerability assessment. In its typology, the defined technology is highly current, emergent and necessary for the local goverments. Considering the discussions on subsidiarity for local area services such a knowledge is hoped to prove the capacity of local goverments. First earthquake losses were estimated. Earthquake loss estimation activities can be categorized into two series of phases: pre-disaster phase / risk assessment, mitigation management post- disaster phase / emergency and rehabilitation management Two methods were used in estimating the primary damages and losses due to earthquake. In the first method spatial multicriteria analysis was performed to assign a vulnerability value to each building. As a second method SRAS(Seismic Risk Analysis Software) was used. Besides criteria for social risks, criteria for systematic vulnerability, which may influence the emergency response and management activities following the earthquake, were also considered. Criteria standardization, weighting and combining were accomplished by means of multi-criteria evaluation (MCE) methods, the theoretical background being based on the multi-attribute utility theory (MAUT). Expert knowledge based analysis was used and also three different earthquake scenarios about Odunpazari were run on SRAS. After the aggregation of the vulnerability values from building scale to neighbourhood scale, the urban facilities were analysed. Results showed that, 1/3 of the neighborhoods in Odunpazari are vulnerable to any possible earthquake.

El rechazo escolar es el término que alude a la negativa de un estudiante a asistir a la escuela o la dificultad persistente para permanecer en la misma (Kearney, 2016). Este concepto se engloba dentro de los problemas de asistencia escolar siendo este último el constructo empleado en los últimos años para referirse al conjunto de los distintos tipos de ausencias escolares o dificultades para asistir o permanecer en la escuela (Coehlo, 2016). Ejemplos de tales ausencias incluyen retrasos a la hora de acceder a la escuela, faltas esporádicas, continuas o reiteradas a lo largo del curso escolar. Es vital conocer la relación existente entre esta dificultad y las variables que pueden afectar a esta conducta con el objetivo de ofrecer programas de prenvención e intervención para el alumnado que presenta este fenómeno escolar. La importancia de una detección temprana en niños, es prioritaria para prevenir esta conducta durante la etapa de la adolescencia. Por ello, se realizaron cuatro estudios que forman parte de esta tesis doctoral presentada por compendio de publicaciones. En el primer trabajo, se presenta un análisis bibliométrico de la producción científica acerca de los problemas de asistencia a la escuela. Para ello, se realizó un análisis de la literatura científica a partir de 192 estudios publicados durante el período temporal de 2014 a 2019. Estos respondieron a la estrategia de búsqueda de "school refusal" or "truancy" or "school phobia" aplicada en tres bases de datos: Web of Science, Scopus y Eric. La contribución 2 analiza la relación entre el rechazo escolar y las atribuciones académicas en el área de Lengua y Literatura. Para ello, se identificaron perfiles de rechazo escolar en niños (Perfil 1. Bajo rechazo escolar; Perfil 2. Rechazo escolar por reforzamiento positivo; Perfil 3. Rechazo escolar mixto; y Perfil 4. Alto rechazo escolar mixto) y se analizaron las diferencias de estos perfiles según sus puntuaciones en los distintos estilos atribucionales de carácter académico en Lengua y Literatura. En este estudio la muestra estuvo compuesta por 926 estudiantes españoles con edades comprendidas entre los 8 y 11 años. Finalmente, en los trabajos 3 y 4, se estudia la relación existente entre el rechazo escolar y las estrategias de aprendizaje. La muestra estuvo compuesta por 1261 estudiantes con edades entre los 14 y 18 años. Los instrumentos de evaluación administrados fueron la School Refusal Assessment Scale - Revised (SRAS-R) en el caso de los trabajos 2, 3 y 4, con el principal objetivo de evaluar el comportamiento de rechazo escolar; la Sydney Attribution Scale (SAS) en la contribución 2 para así evaluar las atribuciones de éxitos y fracasos en el área de Lengua y Literatura, y el Inventory of Learning and Study Strategies-High School version (LASSI-HS), en los estudios 3 y 4, para analizar las habilidades requeridas para alcanzar el éxito en el ámbito académico. Los hallazgos reportados a partir de esta tesis doctoral mostraron, por un lado, una imagen representativa de las temáticas más desarrolladas en este campo de la educación y dejaron entrever posibles futuras líneas de investigación (contribución 1). En el caso de la contribución 2, aquel alumnado que pertenece a los perfiles de rechazo escolar alto mixto y rechazo escolar mixto, es decir, aquellos que obtuvieron puntuaciones más altas en los tres primeros perfiles de la SRAS-R, presentaron altas puntuaciones en el estilo atribucional académico que asocia sus fracasos a la falta de capacidad y esfuerzo. Por otro lado, existe una correlación negativa entre el rechazo escolar y las diferentes dimensiones de las estrategias de aprendizaje, excepto para la dimensión de Ansiedad en los tres primeros factores, que ha sido una correlación positiva (contribución 3). Por último, se identificaron cuatro perfiles de rechazo escolar en adolescentes (contribución 4): (1) Perfil de rechazo escolar por reforzamiento positivo; (2) Perfil de bajo rechazo escolar (el cual obtuvo las puntaciones más altas en todas las estrategias de aprendizaje excepto en la dimensión de Ansiedad, Procesamiento de la Información y Ayudas al Estudio); (3) Perfil de rechazo escolar por reforzamiento negativo; y 4) Perfil de rechazo escolar mixto (el cual obtuvo las puntuaciones más bajas para la mayoría de dimensiones excepto para la Ansiedad, Uso de Ayudas al Estudio y Estrategias de Autoevaluación) (contribución 4). De estos hallazgos se extraen implicaciones prácticas para la detección y/o prevención del comportamiento de rechazo escolar, así como para intervencir en los diferentes problemas vinculados.

La pandémie de la COVID-19 a été causée par le virus SARS-CoV-2. Il est maintenant compris que ce virus peut être transmis par des aérosols émis par une personne infectée vers une personne saine. En raison de ce type de transmission, les environnements de soins de santé tels que les hôpitaux et les centres de soins de longue durée doivent protéger leurs patients, mais aussi leurs travailleurs. Pour ce faire, les patients sont hébergés dans des chambres à pression négative qui empêchent l'air contaminé de sortir de la pièce sans être filtré. L'objectif de cette étude est d'identifier l'exposition des travailleurs au virus SARS-CoV-2 à l'intérieur et à l'extérieur de la chambre du patient. Le premier objectif de cette étude était de caractériser l'émission virale des patients positifs à la COVID-19. Des échantillons d'air ont été collectés sur une période de 24 heures à l'intérieur des chambres des patients positifs. Les données cliniques des patients échantillonnés ont été recueillies par le personnel de santé pour tenter de prédire les variations des taux d'émission des patients. Le deuxième objectif de l'étude était d'évaluer la contamination de l'air à l'extérieur des chambres des patients. Des surfaces ont été utilisées comme indicateur indirect de la contamination de l'air. Ces surfaces ont été échantillonnées avant et pendant 6 semaines consécutives après le nettoyage pour analyser l'évolution de la contamination virale dans le temps. L'ARN de SARS-CoV-2 était présent dans 63,7 % des échantillons d'air collectés, et le taux moyen d'émission était mesuré à 1,11E+06 génomes/personne/heure. Aucune donnée clinique collectée n'avait de relation significative avec le taux d'émission des patients. L'échantillonnage de surface montre une quantité détectable d'ARN viral sur 4 des 15 surfaces, et aucune contamination jusqu'à 6 semaines après le nettoyage. La détection de l'ARN viral dans l'air des chambres des patients, mais l'absence de facteurs expliquant les variations des taux d'émission observés, confirme la nécessité de comprendre l'émission du virus par les patients pour mieux protéger les travailleurs de la santé. L'échantillonnage de surface effectué à l'extérieur des chambres indique que l'isolement des patients positifs au virus de la COVID-19 dans des chambres à pression négative a empêché l'air contaminé de quitter la pièce, protégeant ainsi les travailleurs à proximité. / The COVID-19 pandemic is a global health crisis caused by the SARS-CoV-2 virus. It is now understood that the virus can be transmitted by aerosols emitted from an infected person to a healthy one. Because of this type of transmission, healthcare environments like hospitals and long-term care centers need to protect their patients but also their workers. To do this, patients are housed in negative pressure rooms that prevent contaminated air from exiting the room without being filtered. The goal of this study was to characterize the SARS-CoV-2 virus exposure to workers inside and outside the patient's room. The first objective of this study was to characterize viral emission from COVID-19 positive patients. Air samples were collected for a period of 24 hours inside positive patient's rooms. Clinical data of patients in the sampled rooms were collected by healthcare staff to try to predict variations in patient's emission rates. The second objective of the study was to evaluate the air contamination in zones outside of patient's rooms. Surfaces were used as an indirect air contamination indicator. These surfaces were swabbed before and for 6 consecutive weeks after cleaning to analyze the evolution of the contamination through time. SARS-CoV-2 RNA was present in 63.7% of the air samples collected and the mean emission rate was measured at 1.11E+06 genomes/person/hour. No collected clinical data collected was associated to patient emission rate. Surface swabbing showed detectable quantity of viral RNA on 4 of the 15 surfaces and no contamination up to 6 weeks after cleaning. The detection of viral RNA in the air of patients' rooms but the lack of factors explaining the variations in emission rates observed confirms the need to better understand virus emission by patients to better protect healthcare workers. Surface sampling outside the rooms indicated that the isolation of patients positive for SARS-CoV-2 in negative pressure rooms prevented contaminated air from leaving the room, thereby protecting healthcare workers.

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La maladie à coronavirus (COVID-19) est une infection virale hautement contagieuse causée par le virus SRAS-CoV-2. La maladie s’est rapidement propagée entrainant une épidémie mondiale, causant la mort des personnes à risque. De nombreuses mesures sanitaires ont été prises durant ces deux dernières années, cependant la maladie n’est pas encore éradiquée. Considérant l’importance du système immunitaire dans le contrôle des maladies infectieuses et dans l’induction d’une mémoire immunitaire de longue durée, le SRAS-CoV-2 pourrait être une cible du système immunitaire, en particulier du système adaptatif représenté par les lymphocytes B et T. La réponse humorale induite chez les personnes convalescentes est largement perçue comme étant efficace pour combattre le virus. Par conséquent, toutes les plateformes de vaccination actuelles se sont basées sur la réponse humorale induite, particulièrement par la protéine SPIKE du virus. Compte tenu de la variabilité des réponses humorales ainsi que leur déclin rapide observé chez certains patients, et l’émergence de variants, il est nécessaire d’inclure d’autres stratégies permettant de renforcer la réponse immunitaire. Nous avons émis l’hypothèse qu’une réponse cellulaire pouvait être induite par les lymphocytes T contre les différentes protéines virales du SRAS-CoV-2. Dans cette étude nous avons détecté la réactivité des lymphocytes T contre les protéines virales (SPIKE, membrane, nucléocapside) par ELISPOT chez les patients convalescents. Nous avons ensuite identifié plus précisément les séquences riches en épitopes au niveau de la protéine membranaire et de la nucléocapside en préparant des délétants successifs (approche « mRNA PCR-based epitope chase technique” ou mPec). La validation de ces séquences a été confirmée par l’utilisation de banques de peptides dans des zones définies, se chevauchant de 12 acides aminés. En vue d’inclure ces régions dans une stratégie vaccinale future, une protéine de fusion MN contenant les séquences riches en épitopes a été créée et la réactivité des lymphocytes T contre la protéine MN a été évaluée de nouveau par ELISPOT. Nos données démontrent une réponse T dirigée principalement contre la nucléocapside et la protéine membranaire. Trois zones immunogènes sont identifiées au niveau de la nucléocapside et une zone au niveau de la membrane. La réactivité observée contre la protéine de fusion MN souligne le potentiel pouvoir immunogène des protéines (membrane et nucléocapside) et l’importance d’inclure ces protéines dans une stratégie vaccinale future afin de solliciter une réponse immunitaire cellulaire protectrice. / Coronavirus disease (COVID-19) is a highly contagious viral infection caused by the SARS-CoV-2 virus. The disease has spread rapidly resulting in a worldwide epidemic, causing death in those at risk. Numerous health measures have been taken over the past two years, but the disease has not yet been eradicated. Considering the importance of the immune system in the control of infectious diseases and in the induction of a long-lasting immune memory, SARS-CoV-2 could be a target of the immune system, in particular of the adaptive system represented by B and T lymphocytes. The humoral response induced in convalescent individuals is widely used as an effective therapy to combat the virus. Therefore, all current vaccination platforms have relied on the humoral response induced particularly by the virus' SPIKE protein. Given the variability of humoral responses and their rapid decline in some patients, and the emergence of variants, it is necessary to include other strategies to enhance the immune response. We hypothesized that a cellular response could be induced by T cells against the different viral proteins of SARS-CoV-2. In this study, we detected the reactivity of T cells against viral proteins (SPIKE, membrane, nucleocapsid) by ELISPOT in convalescent patients. We then identified more precisely the immunogenic sequences at the level of the membrane protein and the nucleocapsid by successive deletants using the mRNA PCR-based epitope chase technique (mPec). The validation of these sequences was confirmed by the use of small peptide libraries (overlapping by 12 amino acids), covering defined sequences rich in epitopes. In order to include these regions in a future vaccine strategy, a MN fusion protein containing the selected sequences was created and T cell reactivity against the MN protein was further confirmed by ELISPOT. Our data show a T-cell response primarily against the nucleocapsid and membrane protein. Three immunogenic zones were identified at the nucleocapsid level and one zone at the membrane level. The reactivity observed against the MN fusion protein cassette rich in epitopes, highlights the potential immunogenicity of the proteins (membrane and nucleocapsid) and the importance of including these proteins in a future vaccine strategy.

L’identification de molécules organiques capables de moduler des interactions protéine-protéine (PPIs) est longtemps restée un domaine peu exploité par la recherche pharmaceutique privée comme académique. Cependant, le développement de méthodologies innovantes pour l’étude des PPIs et la validation récente de ce type d’inhibiteurs dans des essais précliniques, démontrent que les PPIs constituent une nouvelle source de cibles importantes. Les composés capables de moduler ces interactions représentent une nouvelle classe d’outils prometteurs, tant en recherche fondamentale qu’en thérapeutique. Elles peuvent aider à différencier les multiples fonctions portées par une même protéine, à replacer la protéine dans une cascade de réactions, ainsi qu’à disséquer et reconstituer des réseaux de signalisations protéiques. Ces molécules permettront également de faire émerger de nouvelles familles d’agents pharmacologiques actifs dans diverses pathologies.Mon travail de thèse s'est projeté dans l'avenir de la recherche biomédicale, en ciblant les interactions protéine-protéine. J’ai pu durant mon doctorat mettre en œuvre plusieurs méthodologies pour étudier et caractériser des interactions protéiques afin de développer des inhibiteurs de ces interactions. J’ai ainsi pu travailler sur l’optimisation d’un composé inhibiteur de l’interaction de la protéine virale Nef VIH-1 avec les domaines SH3 des Src kinases, le composé DLC27. J’ai également pu mettre en évidence la pertinence biologique de ce composé, qui cible un mode d’interaction unique, ou très rare, au niveau cellulaire en étudiant l’interaction avec les domaines SH3 de deux protéines, ALIX (ALG2-Interacting Protein X) et la sous-unité p85 de la PI3K (phosphatidylinositol 3-kinase).J’ai également pu caractériser la surface et le mode d’interaction de protéines virales impliquées dans le complexe de réplication du virus du SRAS (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère). Cette étude tend à montrer que la protéine virale nsp10 agit comme une plateforme de reconnaissance pour ses partenaires, les protéines virales nsp14 et nsp16. Ces interactions permettent l’activation ou l’augmentation des activités respectives de nsp16 et nsp14 et jouent un rôle au niveau de la réplication virale. Suite à l’identification d’un ‘point chaud’ d’interaction, le résidu Tyr96 à la surface de nsp10, nous avons mis en évidence la première famille de molécules inhibitrices du complexe nsp10-nsp14 en couplant des méthodes informatiques (in silico) à des criblages expérimentaux. Ces molécules pourraient être utilisées comme antiviraux ou servir d’outils pour la recherche, en permettant par exemple de mieux comprendre et d’élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans la réplication du virus du SRAS et des coronavirus en général. / Protein-protein interactions (PPIs) participate in and regulate almost all essential cellular functions. As a consequence, they are frequently involved in various pathologies (going from cancer development to viral replication and host cell infection) but their study remains a challenge.Thus understanding those interactions as well as finding small drug candidates able to modulate them, a field of research not currently fully developed, appear as the future of the healthcare industry.In this context, I chose to learn different techniques to study PPIs that are usually employed in academic (IMR laboratory, CNRS, France) or corporate environments (Genentech, USA). Moreover, I also worked on the development of small organic inhibitors of PPIs coupling in silico methodologies (chemo-informatics, Drug Design) to biological and structural validations.During my PhD, I could manage and work on different projects involving the study of PPIs involved in cancer signaling pathways as well as the development of potent antiviral drugs targeting the HIV and SARS viruses.My organizational, personal and scientific skills as well as the practical experience I developed on various techniques (from cell biology to biophysics, structural biochemistry and Drug Design), make me feel confident on the management of PPIs drug discovery projects.I am thus able to efficiently work on, and manage, the study of protein-protein interactions in various pathologies as well as the development of potent PPIs inhibitors, that will be a major breakthrough for Biotech/Pharma companies in the coming years.

L'objectif de ce travail était de développer de nouvelles voies d'obtention de produits acides potentiellement ligand du zinc dans le cadre d'un projet plus vaste mené au laboratoire sur deux cibles biologiques appartenant à la famille des métalloprotéases à zinc, l'aggrécanase et l'enzyme de conversion de l'angiotensine de type 2.<br />La stratégie chimique utilisée a été la phase solide à l'aide d'une résine chlorure de trityle. La synthèse a été effectuée à partir de dérivés amino-acide protégés par un carbamate de fluorénylméthyle ou d'éthylène-oxy-triméthyle silicium permettant une déprotection en parallèle de la fonction amine une fois la fonction acide fixée à la résine. Nous avons obtenu une chimiothèque de 400 composés. A partir de ces 400 produits un hit a été identifié comme inhibiteur potentiel de l'aggrécanase 2. Des études de relations structures activités d'analogues de ce hit sont actuellement en cours.<br />En parallèle, comme le tétrazole fait partie des fonctions chimiques potentiellement ligand du zinc et est une fonction phare dans le développement d'inhibiteurs du récepteur à l'angiotensine 2 (AT1), nous avons développé une nouvelle technique de greffage de tétrazole sur résine et de synthèse de chimiothèque biphényltétrazole.Ces travaux ont permis la mise au point d'une nouvelle méthode de synthèse de biphényltétrazole en phase homogène au micro-onde et la synthèse innovante de dérivés biphényltétrazole en phase solide exemplifié par la synthèse de l'irbésartan en phase solide.<br />Nous avons ensuite développé des dérivés biphényltétrazole pyrazole. Pour cette famille de molécules, nous avons exploité les études effectuées sur la réaction de Buchwald que nous avons adaptée à nos composés. De plus ces mêmes travaux ont permis la mise au point d'une nouvelle réaction d'obtention de dérivés para-iodophényle pyrazole en une seule étape et qui ouvre une nouvelle voie rétrosynthétique de dérivés phényle pyrazole. Cinq de ces produits ont montré sur activité sur le récepteur AT1.

Problématique : Il existe différents types d’unités de soins intensifs (USI). En fonction des besoins des patients, les USI fournissent des niveaux de soins plus ou moins complexes afin de répondre à des situations de soins spécifiques. Les patients peuvent être amenés à être transférés d'une USI à une autre afin que les soins prodigués soient axés sur les besoins de santé de la clientèle. Dans le contexte de la pandémie causé par le SARS-CoV-2 (COVID-19), des mesures sanitaires ont été mises en place par le gouvernement afin d’en contrôler la transmission. Ces restrictions comprenaient entre autres la limitation des visites en milieu de soins, voire à certains moments, une interdiction absolue. Ces restrictions ont eu un impact direct sur la présence et l'accompagnement des proches en USI. Cette limitation peut notamment avoir une influence sur la manière dont les proches, les professionnels et les gestionnaires des unités de soins intensifs vivent le processus de transfert. Objectif: L’objectif de cette étude est d’évaluer la perception du vécu des familles, des équipes cliniques et des gestionnaires de proximité concernant les transferts inter hospitaliers d’usagers hospitalisés sur une unité de soins intensifs au CHUM. Méthodes : Une étude prospective exploratoire à devis mixte a été réalisée entre juin 2022 et octobre 2022. Huit membres de l'entourage de patients ayant été transférés sur une des deux unités de soins intensifs généraux du CHUM et un responsable clinico-administratif de l'USI générale d’un centre universitaire ont été recrutés et rencontrés lors d'une entrevue semi-dirigée. Dix-sept professionnelles ont répondu à un questionnaire quantitatif. Résultats : Cette étude a croisé la perception du vécu des proches concernant le transfert de patients entre USI dans un centre hospitalier universitaire au Québec dans le contexte de la COVID-19 avec celle des professionnels de soins. Tant les proches que les professionnels ont souligné l’importance de l’accès à l’information sur les circonstances du transfert. De plus, ils soulignent que le proche doit posséder l’information avant que le transfert ne soit réalisé. Les méthodes privilégiées tant par les proches que par les professionnels concernant le transfert d’information sur les circonstances du transfert sont en présentiel (n=14; 93.3%) ainsi que téléphonique (n=7; 46.7%). Conclusion : Les membres de la famille et les professionnels de la santé conviennent que la communication et le transfert d'information sont importants pour que le membre de la famille ait une expérience qui qui génère une perception positive pour le membre de la famille. Aligner et uniformiser le processus de transfert peut être une façon de l'améliorer. La présence d’une personne-ressource au sein de l’équipe de soins pour accueillir, accompagner et guider le membre de la famille après le transfert du patient vers l'établissement d'accueil est une solution proposée par les participants de cette étude. / Problem: There are different types of intensive care units (ICUs). Depending on the needs of patients, ICUs provide complex levels of care in order to respond to specific care situations. Patients may need to be transferred from one ICU to another to ensure adequate care. In the context of the SARS-CoV-2 (COVID-19) pandemic, health measures have been put in place by the government to control transmission. These restrictions include limiting visits to health care settings, and at times even an absolute ban. This ban has had a direct impact on the presence and support of relatives in the ICU. This limitation can have an influence on the way relatives, professionals and managers of intensive care units experience the transfer process. Objective: The objective of this study is to evaluate the perception of the experiences of families, clinical teams and community managers regarding interhospital transfers of hospitalized users to an intensive care unit at the CHUM. Methods: A mixed exploratory prospective study with a mixed design was carried out between June 2022 and October 2022. Eight members of the entourage of patients who had been transferred to one of the two general intensive care units of the CHUM and a clinical-administrative manager of the ICU general of a university center were recruited to meet during a semi-structured interview. Seventeen professionals answered a quantitative questionnaire. Results: This study crossed the perception of the experiences of loved ones, regarding the transfer of patients between ICU in a university hospital in Quebec in the context of COVID-19. Relatives and professionals corroborate in the perception that it is important that the relative has information about the circumstances of the transfer and that the relative must have the information before the transfer is carried out. The methods preferred by both relatives and professionals are face-to-face (n=14; 93.3%) and by as telephone (n=7; 46.7%). Conclusion: Family members and healthcare professionals agree that communication and information transfer are important for the family member to have an experience that generates a positive perception for the family member. Aligning and standardizing the transfer process can be one way to improve it. Or having a referral as part of the care team who can welcome, assist and guide the family member after the patient is transferred to the receiving facility is another solution proposed by the study participants. facility.

Les études de séroprévalence portant sur les infections au SRAS-CoV-2 doivent souvent composer avec des échantillons non-aléatoires et non-représentatifs, limitant ainsi parfois la validité externe de leurs résultats lorsque ceux-ci sont appliqués à la population générale. Dans le cadre de ce mémoire, il s’agit d’investiguer la représentativité d’une cohorte pédiatrique d’une étude longitudinale de séroprévalence (Enfants et COVID-19 : Étude de séroprévalence) et d’évaluer dans quelle mesure ses estimations de séroprévalence peuvent s’appliquer à la population pédiatrique montréalaise en général. 1 632 enfants ont fourni au point de départ un échantillon sanguin afin de déterminer leur séropositivité aux anticorps contre le SRAS-CoV-2. À l’aide d’une modélisation par régression logistique et d’un procédé de « standardisation marginale », une pondération post-stratification calculée à partir des données du recensement canadien de 2016 a été appliquée à la population d’étude. Les variations dans les estimations de séroprévalence ont finalement été évaluées. D’importantes différences dans la distribution de certaines caractéristiques sociodémographiques peuvent être observées lorsqu’on compare la population d’étude et la population générale en se basant sur les données du recensement canadien de 2016. En comparaison des estimations non-pondérées, les estimations de séroprévalence générées à partir du procédé de « standardisation marginale » montrent une variation de plusieurs points de pourcentage, allant de -0,4% à +3,2%. La pondération n’a pas induit de changement dans l’estimation de mesures relatives comme les ratios de séroprévalence. Lorsque la population d’étude est non-représentative de la population-cible, il est nécessaire de pondérer les caractéristiques sociodémographiques associées à l’issue si l’on veut appliquer les résultats plus généralement. / Prevalence studies on SARS-CoV-2 infections have often based on study populations with non-random and non-representative samples, which limits the external validity of their results when applied to the general population. The aim of this thesis was to investigate the representativeness of a pediatric cohort of a longitudinal seroprevalence study (Children and COVID-19: Seroprevalence study) and to assess to what extent its baseline estimates of seroprevalence can be applied to the Montreal pediatric population. There were 1 632 children participants who provided a blood sample at baseline, which was used to determine their seropositivity to SARS-CoV-2 antibodies. Using logistic regression modeling and a "marginal standardization" method, post-stratification weights calculated from 2016 Canadian census data were applied to the study population. Variations in seroprevalence estimates were then assessed. Significant differences in the distribution of certain sociodemographic characteristics were observed when comparing the study population and the target population based on 2016 Canadian census data. Seroprevalence estimates were generated from the “marginal standardization” approach which differed to that of the non-standardized estimates, and the differences ranges from -0,4% to +3,2%. Weighting did not change relative measures estimates, such as seroprevalence ratios. When the study population is not representative of the target population, it is necessary to weight the sociodemographic characteristics associated with the prevalence estimates, if the results will be applied more broadly.

Contexte : Partout dans le monde, la population âgée en hébergement a été la plus lourdement affectée par la pandémie de COVID-19, du point de vue des infections et des décès. Or, ces mêmes personnes ont été exclues d’une grande partie de la littérature scientifique. Ce mémoire décrit l’évolution des éclosions dans 17 CHSLD publics de Montréal, dont certains ont été fortement atteints alors que d’autres ont été épargnés pendant la première vague (23 février au 11 juillet 2020), en cherchant à élucider les facteurs associés à l’incidence et à la létalité de la COVID-19. Méthodes : Des données institutionnelles ont été recueillies sur les 17 CHSLD du CIUSSS Centre-Sud-de-l'Île-de-Montréal et des données individuelles ont été obtenues grâce à une révision des 1197 dossiers de patients atteints de la COVID-19 en première vague. Dans l’analyse ARIMA, des séries chronologiques ont été construites pour les cas incidents bruts chez les résidents en CHSLD et dans la ville de Montréal, afin d’évaluer l’impact de deux interventions, soit le port généralisé du masque de procédure et le dépistage élargi des résidents et des employés. Dans l’analyse des infections par CHSLD, des modèles de régression de type binomial négatif ont été construits pour estimer l’effet des facteurs de risque institutionnels sur l’incidence de la COVID-19 chez les résidents. Dans l’analyse de surmortalité, les excès de décès durant la période de février à juillet ont été évalués avec des tests t et des ratios de taux entre l’année 2020 et la moyenne des quatre années précédentes (2016-2019). Enfin, pour l’analyse de mortalité dans la cohorte rétrospective de résidents atteints de la COVID-19, des modèles de régression logistique à effets mixtes ont été utilisés pour évaluer les facteurs institutionnels et les traitements associés à la mortalité dans les 30 jours suivant un diagnostic de COVID-19, en contrôlant pour les facteurs de risque individuels. Résultats : Dans l’analyse de série chronologique ARIMA, chaque augmentation d’un cas incident quotidien par 100 000 à Montréal était associée avec une augmentation de 0,051 (IC95% 0,044 à 0,058) fois l’incidence quotidienne en CHSLD la semaine suivante, chez les résidents à risque. De plus, en contrôlant pour la transmission communautaire, chaque palier d’intensification du dépistage était associé à une diminution de l’incidence de 11,8 fois (IC95% -15,1 à -8,5) dans les deux semaines suivantes, chez les résidents à risque. Dans le modèle explicatif des infections au niveau des CHSLD, la pénurie sévère d’infirmières auxiliaires (IRR 3,2; IC95% 1,4 à 7,2), la mauvaise performance aux audits ministériels (IRR 3,0; IC95% 1,1 à 7,8) et un score moyen d’autonomie plus faible (IRR 2,1; IC95% 1,4 à 3,1) étaient associés au taux d’incidence par centre. En revanche, la présence de zone chaude dédiée aux patients COVID-19 (IRR; 0,56 IC95% 0,34 à 0,92) était protectrice. Pour l’ensemble des 17 CHSLD avec 2670 lits, l’excès de décès de février à juillet 2020 était de 428 (IC95% 409 à 447). Comparé aux quatre années précédentes, il y a eu plus que le double (IRR 2,3; IC95% 2,1 à 2,5) de décès en 2020 pendant la période de la première vague. Pour 12 CHSLD qui ont vécu des éclosions importantes, les excès de décès en 2020 variaient de 5,2 à 41,9 décès par 100 lits, avec une surmortalité par rapport aux années précédentes allant de 1,9 à 3,8. Selon l’analyse de mortalité dans la cohorte rétrospective, les facteurs individuels associés à la mortalité dans les 30 jours suivant le diagnostic de COVID-19 étaient l’âge (OR 1,58; IC95% 1,35 à 1,85 par tranche additionnelle de 10 ans), le sexe masculin (OR 2,37; IC95% 1,70 à 3,32), la perte d’autonomie (OR 1,12; IC95% 1,05 à 1,20 pour chaque augmentation d’un point à l’Iso-SMAF), le niveau d’intervention médicale C (OR 3,43; IC95% 1,57 à 7,51) et D (OR 3,61; IC95% 1,47 à 8,89) comparé au niveau A, ainsi que les diagnostics de trouble neurocognitif (OR 1,54; IC95% 1,04 à 2,29) et d’insuffisance cardiaque (OR 2,36; IC95% 1,45 à 3,85). Le traitement avec une thromboprophylaxie (OR 0,42; IC95% 0,29 à 0,63) et l’infection tardive après le 20 avril 2020 (OR 0,46; IC95% 0,33 à 0,65) étaient associés à la survie à 30 jours. Pour les facteurs institutionnels, la pénurie sévère de 25% ou plus d’infirmières auxiliaires (OR 1,91; IC95% 1,14 à 3,21 par rapport à une pénurie légère < 15%) et la taille du centre (OR 1,77; IC95% 1,17 à 2,68 pour chaque 100 lits additionnels) étaient associés au décès dans les 30 jours. Conclusion : Ce mémoire a relevé plusieurs facteurs de risque modifiables au niveau institutionnel associés aux infections et aux décès COVID-19, dont le dépistage, l’adhérence aux directives ministérielles de prévention et contrôle des infections, la pénurie d’infirmières auxiliaires et le nombre de lits par centre. Ces enjeux cruciaux devront être au cœur des futures orientations et politiques touchant les centres d’hébergement, pour cette pandémie et au-delà. / Background: In the midst of the COVID-19 pandemic, the population of long-term care residents has been the hardest hit by infections and deaths all around the world. Yet, these same individuals have been excluded from vast segments of the scientific literature. This thesis describes the evolution of outbreaks in 17 public long-term care facilities (“CHSLD”) in Montreal, some of which were severely affected and others were relatively spared during the first wave (February 23 to July 12, 2020), in search of risk factors associated with COVID-19 cases and deaths. Methods: Institutional-level data on the 17 CHSLDs were collected from relevant administrative departments within the establishment (CIUSSS Centre-Sud-de-l'Île-de-Montréal), and individual-level data was obtained from the chart reviews of 1,197 first wave COVID-19 patients. For the ARIMA analysis, time series were built using the crude incidence rates among CHSLD residents and in the city of Montreal, in order to assess the impact of two interventions – introduction of the mask-wearing policy and generalized testing among residents and staff. For the analysis of facility-level infection rates, negative binomial regression models were built to estimate the effects of several institutional risk factors on incident cases. As for the excess mortality analysis, excess death and relative mortality were estimated using one-sample t-tests and rate ratio tests to compare 2020 deaths with average deaths in the previous four years (2016-2019), for the period of February to July. Lastly, for the survival analysis of the retrospective cohort, mixed-effects logistic regression models were used to identify institutional factors and treatments associated with 30-day mortality after a COVID-19 diagnosis, while controlling for individual risk factors. Results: In the ARIMA time series analysis, each additional case per 100,000 per day in Montreal was associated with a 0.051 (95%CI 0.044 to 0.058) increase in CHSLD daily incidence a week later, among at-risk residents. In addition, while controlling for community transmission, increased testing intensity was associated with a 11.8 (95%CI -15.1 to -8.5) decrease in CHSLD daily incidence two weeks later, among at-risk residents. In the negative binomial regression model for facility-level COVID-19 infections, poor performance on ministry audits (IRR 3.0 95%CI 1.1 to 7.8), severe shortage of auxiliary nurses (IRR 3.2 95%CI 1.4 to 7.2) and lower average autonomy scores (IRR 2.1 95%CI 1.4 to 3.1) were associated with incident cases, while the presence of a COVID-19 unit or “red zone” (IRR 0.56 95%CI 0.34 to 0.92) was inversely associated with infections. For the 17 CHSLDs, excess deaths from February to July 2020 was 428 (95%CI 409 to 447). Compared to the same period in the previous four years, 2020 mortality during the first wave was 2.3 (IRR 95%CI 2.1 to 2.5) times higher. For a subset of 12 facilities that experienced substantial outbreaks, excess deaths in 2020 varied from 5.2 to 41.9 deaths per 100 beds, with significant excess mortality between 1.9 and 3.8, relative to previous years. According to the mortality analysis by mixed-effects logistic regression, individual risk factors associated with 30-day mortality after a COVID-19 diagnosis were age (OR 1.58 95%CI 1.35 to 1.85 per additional 10 years), male sex (OR 2.37 95%CI 1.70 to 3.32), loss of autonomy (OR 1.12 95%CI 1.05 to 1.20 per unit increase of Iso-SMAF profile), C-level (OR 3.43 95%CI 1.57 to 7.51) or D-level (OR 3.61 95%CI 1.47 to 8.89) medical intervention compared to A-level, as well as being diagnosed with a neurocognitive disorder (OR 1.54 95%CI 1.04 to 2.29) or congestive heart failure (OR 2.36 95%CI 1.45 to 3.85). Treatment with thromboprophylaxis (OR 0.42 95%CI 0.29 to 0.63) and diagnosis after April 20, 2020 (OR 0.46 95%CI 0.33 to 0.65) were associated with 30-day survival. As for institutional risk factors, severe shortage of auxiliary nurses (OR 1.91 95%CI 1.14 to 3.21) and facility size (OR 1.77 95%CI 1.17 to 2.68 per 100 beds) increased the odds of dying within 30 days. Conclusion: This study identified several modifiable risk factors at the institutional level associated with COVID-19 infections and deaths, including testing strategies, adherence to ministry directives for infection prevention, auxiliary nurse shortages, and number of beds per facility. Future policies and regulations targeting long-term care facilities will need to tackle these critical issues, for this pandemic and beyond.