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Étude de la performance d'un test d'association génétique pour des données familiales de survie en présence d'un biais de sélectionTessier, Maxime 23 March 2024 (has links)
Dans Leclerc et al. (2015, Genetic Epidemiology, 39 (6), 406-414), un test d’association entre un ensemble de variants génétiques et des phénotypes censurées en présence de dépendance familiale est proposé. Ce test a été implémenté dans une librairie R nommée gyriq. Dans ce mémoire de maîtrise, nous évaluons par simulations la performance de ce test en présence d’un biais de sélection dû au protocole de collecte de données. En effet, dans plusieurs situations, les données médicales d’une famille sont considérées si et seulement si un membre particulier de cette famille, appelé proband, est diagnostiqué de l’évènement d’intérêt au moment de son examen médical. Nous développons plusieurs stratégies pour générer des données biaisées selon ce protocole. Nous examinons l’erreur de type 1 et la puissance du test d’association avec de telles données, en présence d’un ou plusieurs proband et lorsque les proportions d’échantillonnage conservent seulement les familles dont les probands ont développé l’évènement d’intérêt ou lorsqu’on conserve une proportion de cas où les probands n’ont pas eu l’évènement d’intérêt. Nous concluons que le test demeure valide en présence d’un biais de sélection mais que la puissance est réduite dans cette situation. De plus, le test n’est pas valide lorsque l’on inclut des familles où les probands n’ont pas développé l’évènement d’intérêt. / In Leclerc et al. (2015, Genetic Epidemiology, 39 (6), 406-414), an association test between a group of genetic variants and censored phenotypes in presence of intrafamilial correlation is proposed. This test was implemented in a R package named gyriq. In this master’s thesis,we evaluate, with simulations, the performance of this test in presence of a sampling bias which stems from the data collection protocol. Indeed, in many situations, medical data from a family are considered if and only if a particular member of this family, called proband, is diagnosed with the event of interest during his medical exam. We develop multiple strategies to generate biased data according to such data collection protocol. We examine type 1 error and power of the association test in presence of such data, in the cases where there are 1 or more probands and when we sample only families where the probands have the event of interest or when we also sample a small proportion of families where the event has not occured for the probands. We conclude that the association test remains valid in presence of a selection bias but that the test power is diminished. Furthermore, the test is not valid when we include families where the event of interest has not occured for the probands.
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Élaboration d'une méthode d'extraction de plans par croissance de régions dans un nuage de points bathymétriques servant à alimenter des estimateurs d'erreur hydrographiqueDupont, Vincent 23 March 2024 (has links)
En hydrographie, la bathymétrie est une technique de mesure permettant de visualiser le relief du fond de l’eau en créant un nuage de points 3D où chacun des points de sonde est géoréférencé dans un référentiel global tridimensionnel. Pour ce faire, une vedette hydrographique est équipée d’un SONAR, d’une centrale inertielle et d’un GNSS. Cependant, plusieurs sources d’incertitudes viennent altérer la qualité des points de sonde mesurés. C’est pourquoi, plusieurs efforts de recherche actuels visent l’élaboration d’estimateurs d’erreur permettant de détecter et de quantifier certaines erreurs systématiques en bathymétrie. Dans le contexte des ASV (Autonomous Surface Vehicles) ou véhicules autonomes de surface, ces estimateurs d’erreur ont pour but de rendre plus robustes les levés réalisés par ce type de véhicule, car les données acquises peuvent être validées en temps quasi-réel avant que le véhicule retourne à terre. Ceci permet d’assurer que les données respectent les spécifications demandées du levé hydrographique. Traditionnellement, de tels estimateurs d’erreur doivent être appliqués dans la zone de recouvrement d’au moins deux lignes de levé et représentant une région plane (i.e. un fond plat ou en pente). Ceci permet de vérifier la présence et la grandeur du biais de positionnement sur cette surface. Par ailleurs, de telles surfaces planes sont aussi d’intérêt pour la calibration automatique des systèmes d’acquisition bathymétrique. En effet, des plans sont nécessaires pour calculer les angles de visée entre la centrale inertielle et le sonar multifaisceaux. L’objectif de ce projet de maîtrise est d’élaborer une méthode robuste et fiable d’extraction de plans par croissance de régions dans un nuage de points bathymétriques. La solution élaborée permet d’obtenir la position et les paramètres des régions planes ainsi que leur qualité. Elle a été testée et validée avec différents jeux de données présentant une variété de morphologie du fond marin. / In hydrography, bathymetry is a measurement technique used to visualize the relief of the seabed by creating a 3D point cloud where each of the sounding points is georeferenced in a global three-dimensional reference frame. To do so, a hydrographic vessel is equipped with a SONAR, an inertial measurement unit (IMU) and a GNSS. However, several sources of uncertainty affect the quality of the measured sounding points. Therefore, current research efforts aim to develop error estimators to detect and quantify environmental and systematic bathymetric errors. In the context of Autonomous Surface Vehicles (ASVs), these error estimators aim to make the surveys more robust, since the data acquired can be validated in near real-time before the vehicle returns to the harbour. This ensures that the data meets the requested hydrographic survey specifications. Traditionally, such error estimators must be applied in the overlapping area of at least two survey lines and representing a flat region (i.e. a flat or slope bottom). On this surface, it is possible to check the presence and the magnitude of the positioning bias. Moreover, such flat surfaces are also of interest for automatic calibration of the bathymetric acquisition systems. Indeed, plans are needed to calculate the boresight angles between the inertial measurement unit and the multibeam sonar. The objective of this master’s project is to develop a robust and reliable method for extracting plans using region growing in a bathymetric point cloud. The developped solution provides the position and the parameters of the flat regions as well as their quality. It has been tested and validated with different datasets showing a variety of seabed morphology.
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Mise en place d'un polarimètre de Mueller achromatique dans le domaine du visible en régime laser impulsionnelBoulbry, Bruno 16 December 2002 (has links) (PDF)
La polarimétrie consiste à étudier les transformations de polarisation d'une onde électromagnétique engendrées par un système physique. La réponse optique de ce système étant très sensible à l'état de polarisation de la lumière incidente ainsi qu'à sa longueur d'onde, une classe évoluée de polarimètres capables de mesurer la réponse polarimétrique d'un échantillon sur une large bande spectrale a vu le jour permettant ainsi d'accroître de façon conséquente le nombre d'informations le concernant. Nous avons mis au point un tel polarimètre capable de fonctionner avec une source impulsionnelle. Un grand soin a été porté à la réduction des erreurs systématiques grâce à l'utilisation d'un modèle original pour décrire les lames de phase utilisées. Cet étalonnage a débouché sur la réalisation d'un banc de caractérisation de lames de phase compensées. Une étude statistique nous a ensuite permis de minimiser et quantifier le résiduel d'erreurs inhérentes à une mesure. Mots clés : Polarisation, Polarimètre large bande, Formalisme de Stokes Mueller, Étalonnage, Erreurs systématiques et statistiques.
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Stabilité long terme d'un gravimètre atomique et limites de la technique de rejet des effets systématiques / Long-term stability of an atom gravimeter and limits of the rejection technic of the systematic effectsGillot, Pierre 04 November 2016 (has links)
Cette thèse porte sur l'amélioration des performances du CAG, le gravimètre atomique développé au SYRTE. Cet instrument exploite des techniques d'interférométrie atomique pour mesurer l'accélération locale de la pesanteur g subit par un nuage d'atomes froids de 87Rb en chute libre. Les perfectionnements comme l'asservissement des puissances des faisceaux Raman et l'optimisation des paramètres tels que ceux pilotant la détection sont présentés dans ce manuscrit. La position initiale du nuage, sa vitesse moyenne, son expansion balistique dans les faisceaux Raman ainsi que leur évolution, sont autant de paramètres altérant les performances du CAG. Les inhomogénéités de couplage qui en résultent, modifient la symétrie de la fonction de sensibilité de l'interféromètre et le rendent sensible aux désaccords Raman constants. De plus, les désaccords Raman de type Doppler ne peuvent voir leur effet annulé par la technique de mesure mise en place pour rejeter les effets systématiques. L'asymétrie de l'interféromètre a été mesurée et une méthode pour la compenser est proposée. Enfin, plusieurs comparaisons avec différents gravimètres sont présentées. La comparaison internationale CCM.G-K2 a permis de confirmer l'exactitude du CAG, révélant notamment un écart type d'Allan de 5,7 10-9/Hz1/2. Finalement, une session de mesure d'un mois en vue commune avec un gravimètre supraconducteur iGrav est étudiée. Elle a permis la détermination du facteur d'échelle de l'iGrav à 0,1% dès un jour de mesure et 0,02% en moins d'un mois. L'écart type d'Allan sur le résidu du signal entre les gravimètres atteint alors 6 10-11g après 12h de mesure. / This thesis aims at pushing the performances of the atom gravimeter CAG developed at SYRTE. This instrument uses atom interferometry to measure the local gravity acceleration of a free falling 87Rb cold atomic cloud. The improvements of the Raman power control and parameters such as those driving the detection are presented in this thesis. The initial position of the cloud, its mean velocity, its ballistic expansion into the Raman beams and thus their evolution, are important parameters which affect the performances of the CAG. The resulting coupling inhomogeneities modify the symmetry of the sensitivity function of the interferometer and make it sensitive to constant Raman detuning. Moreover, the Raman detuning in a Doppler way cannot be canceled by our rejection technic of systematic effects. The asymmetry of the sensitivity function has been measured and a method is demonstrated to cancel it. Several comparisons between the CAG and different gravimeter types have been performed and their results are developed. The international comparison of absolute gravimeters CCM.G-K2 confirms the CAG accuracy budget. It reveals an Allan standard deviation of 5.710-9g/Hz1/2. In the end, a one month common view measurement with a superconducting gravimeter iGrav is studied. The determination of the iGrav scale factor at the level of 0.1% in a single day and 0.02% in less than a month is obtained with this long measurement. The Allan standard deviation of the gravity residual signal is 610-11g in 12h measurement time.
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Caractérisation des effets systématiques de l'instrument Planck/HFI, propagation et impact sur les données scientifiques / Characterization of the systematic effects on the Planck/HFI instrument, propagation and impact on science dataSauvé, Alexandre 05 December 2016 (has links)
Planck est un satellite de l'ESA lancé en 2009, qui avais pour mission de faire une carte de très grande précision du rayonnement fossile de l'Univers, afin de mieux comprendre comment il s'est formé. Cet objectif ambitieux nécessite un niveau de maîtrise extrême des effets instrumentaux. Cependant en cours de mission il s'est avéré que le composant responsable de la numérisation des données scientifiques introduisait un bisais important qui compromettait l'exploitation scientifique des données de l'instrument Planck/HFI. Ce travail décris comment ce biais a été compris et corrigé avec succès. Une analyse très poussée a été conduite sur les détecteurs du satellite, la chaine cryogénique embarquée et le composant de numérisation lui même. Ce qui a nécessité une méthodologie spécifique afin de télécharger les données nécessaire depuis le satellite avant sa fin de mission et son décommissionnement. / Planck is an ESA spacecraft launched in 2009, its mission goal was to map with an exquisite precision the first light of Universe, to help understanding how it has formed. This ambitious objective requires a very high level of control on the instrumental effects. During the mission, it has been found that the component responsible of the digitization of scientific data introduced an unexpectedly high bias effect, preventing full exploitation of data from the Planck/HFI instrument. The present work relates how this bias effect was understood and successfully corrected for. A very deep analysis of the spacecraft detectors, the cryogenic chain, and the digitization component has been performed, which required a specific methodology to gather data from the spacecraft before the end of the mission and its decommissioning.
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Interim trading bias in mutual fund performance evaluationGhali, Ali 17 November 2023 (has links)
Titre de l'écran-titre (visionné le 26 juin 2023) / Des recherches récentes sur les fonds communs de placement et les fonds spéculatifs montrent qu'il est important de tenir compte des transactions intérimaires, parce que les gestionnaires effectuent souvent des transactions au cours du mois en fonction de signaux d'information ou pour des raisons de liquidité. Cette thèse examine les effets du biais de transactions intérimaires sur la performance d'un large échantillon de fonds mutuels d'actions américaines gérés activement. Elle développe de nouvelles mesures ajustées pour le biais pour répondre à une série de questions dans le contexte de la performance des fonds communs de placement et du biais de transactions intérimaires. D'abord, en utilisant l'approche par facteur d'escompte stochastique (SDF), nous développons deux nouvelles mesures ajustées pour le biais de transactions intérimaires. Lorsque les rendements quotidiens des fonds sont disponibles, nous proposons une mesure basée sur la capitalisation d'alphas sous-périodiques quotidiens. Lorsque les rendements quotidiens des fonds ne sont pas disponibles, nous capturons les opportunités d'investissement intérimaires grâce aux données quotidiennes sur les facteurs de risque. Nous développons la mesure SDF capitalisée dans le temps, qui est une mesure alternative à l'approche basée sur l'agrégation des facteurs dans le temps, telle que proposée par la littérature. Nous démontrons la pertinence théorique et l'équivalence de la mesure basée sur la capitalisation temporelle des alphas et celle basée sur la capitalisation temporelle des SDFs dans la saisie des opportunités d'investissement intérimaires. Empiriquement, nous documentons l'importance du biais de transactions intérimaires en comparant les alphas estimés avec la mesure mensuelle non ajustée avec ceux estimés avec les mesures ajustées pour le biais. Nous montrons que le biais moyen à travers les fonds n'est pas différent de zéro. Cependant, plus de 25% des fonds observent des changements statistiquement significatifs de leur performance traditionnelle lorsque le biais est pris en compte. En comparaison, les deux mesures existantes détectent peu de biais significatifs. Deuxièmement, nous étudions la persistance du biais de transactions intérimaires dans la performance des fonds ainsi que sa relation avec divers attributs de fonds, styles d'investissement et indicateurs de marché. Nous examinons ces aspects non seulement pour le biais de transactions intérimaires, mais aussi pour la performance ajustée pour le biais. Nous constatons que le biais de transactions intérimaires est persistant à long terme uniquement pour les fonds ayant un biais positif. Lorsque nous examinons la persistance de l'alpha ajusté pour le biais, nous montrons que les fonds dont la performance passée est négative continuent à fournir un alpha négatif. Le résultat est inversé pour les fonds ayant des performances passées positives. Dans l'analyse des déterminants, nous utilisons à la fois une approche par portefeuille et une approche par régression. Dans l'ensemble, les résultats montrent que les petits fonds, les fonds jeunes et les fonds dont les gestionnaires ont peu d'expérience ont un biais de transactions intérimaires plus important. La rotation impliquée par les flux de liquidité et les avoirs liquides ont des relations positives, statistiquement et économiquement significatives, avec le biais de transactions intérimaires. Enfin, les fonds les plus actifs présentent un biais positif élevé. Lorsque nous étudions les déterminants de l'alpha ajusté du biais, nous obtenons des résultats qui sont généralement cohérents avec la littérature antérieure. Plus précisément, nous constatons que les fonds dont la volatilité, la sélectivité, le taux de rotation, le taux de rotation lié aux flux, les liquidités et les dépenses sont les plus élevés affichent une performance ajustée inférieure. La performance est légèrement améliorée pour les fonds qui sont matures, de grande taille et dont les gestionnaires sont expérimentés. Troisièmement, nous examinons la robustesse de nos conclusions sur le biais de transactions intérimaires. Nous nous concentrons principalement sur le pourcentage important de fonds dont la performance est significativement modifiée par les nouvelles mesures SDF capitalisées dans le temps, ainsi que sur la capacité supérieure des mesures capitalisée par rapport aux mesures agrégées à atténuer le problème du biais de transactions intérimaires. Nos tests confirment que ces résultats sont robustes aux spécifications alternatives, aux différents choix méthodologiques et aux problèmes d'échantillons finis. / Recent research on mutual funds and hedge funds documents the importance of accounting for interim trading, as managers often trade within each month based on information signals or for liquidity reasons. This thesis examines the effects of the interim trading bias on the performance of a large cross section of actively managed open-ended U.S. equity mutual funds. It develops new interim-trading-bias-adjusted measures to address a range of questions in the context of mutual fund performance and the interim trading bias. First, using the stochastic discount factor (SDF) approach, we develop two new interim-trading-bias-adjusted measures. When daily fund returns are available, we propose a measure based on the time-compounding of daily alphas. When daily fund returns are not available, we can instead capture the interim investment opportunities with daily factor data. We develop the time-compounded SDF measure, which is an alternative measure to the time-averaged factor approach proposed by the literature. We show the theoretical relevance and equivalence of our time-compounded alpha and time-compounded SDF measures in capturing interim investment opportunities. Empirically, we document the importance of the interim trading bias by comparing alphas estimated with an unadjusted monthly measure with those estimated with bias-adjusted measures. We show that the mean bias across funds is not different from zero. However, more that 25% of the funds have statistically significant changes in performance when controlling for the bias. By comparison, two existing measures detect few significant biases. Second, we study the persistence of the interim trading bias in fund performance and its relation with various fund attributes, investment styles and market indicators. We examine these aspects not only for the interim trading bias, but also for the performance adjusted for interim trading. We find that the interim trading bias is persistent in the long run only for funds with positive bias. When we look at the persistence of the bias-adjusted alpha, we show that funds with negative past performance continue to deliver negative alpha. The pattern is reversed for funds with positive past performance. In the determinant analysis, we use both a portfolio approach and a regression approach. Overall, the results show that small funds, young funds and funds with low manager tenure have larger interim trading bias. Flow-driven turnover and cash holdings have statistically and economically significant positive relations with the interim trading bias. Finally, funds that are the most active exhibit a high positive bias. When we investigate the determinants of the interim-trading-bias-adjusted alpha, we obtain results that are generally consistent with the prior literature. Specifically, we find that funds with the highest volatility, selectivity, turnover, flow-driven turnover, cash holdings and expenses exhibit lower adjusted performance. Performance is somewhat improved for funds that are mature, large and with experienced managers. Third, we examine the robustness of our findings on the interim trading bias. The main focuses are on the important percentage of funds that have their performance significantly changed by the new time-compounded SDF measures and on the superior ability of time-compounded measures over time-averaged measures in alleviating the problem of interim trading bias. Our checks confirm that these findings are robust to alternative specifications, various methodological choices and finite sample issues.
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L'impact des interventions cognitives sur les symptômes cognitifs dans la maladie de Parkinson idiopathique : recension systématique des écritsCouture, Marianne 18 April 2019 (has links)
La maladie de Parkinson (MP) est un trouble progressif qui atteint principalement le fonctionnement moteur, mais est également associé à un ensemble de symptômes non-moteurs notamment les symptômes psychologiques et comportementaux, ainsi que le trouble cognitif léger (TCL) et la démence. Les altérations cognitives ont d’ailleurs un impact majeur sur le fonctionnement et la qualité de vie du patient et de son aidant. Depuis les dernières années, plusieurs chercheurs s’intéressent au TCL dans la MP (MPTCL) puisqu’il est associé à un risque accru de développer une démence avec la progression de la pathologie. À travers le monde, il n’existe aucun traitement pharmacologique permettant de guérir la maladie et de rétablir la cognition dans le MPTCL. Il apparaît donc important d’explorer d’autres avenues thérapeutiques telles que les méthodes d’interventions cognitives qui pourraient engendrer des effets positifs sur le fonctionnement cognitif dans le TCL. L’effet des interventions cognitives sur les symptômes cognitifs de la MP est cependant encore peu connu. Ce mémoire doctoral consiste à effectuer une recension critique et systématique des écrits scientifiques pour évaluer les effets de la stimulation cognitive, de l’entraînement cognitif et de la réadaptation cognitive sur le fonctionnement cognitif chez des patients atteints de la MP cognitivement intacts ou présentant un MP-TCL. Les résultats ont montré un certain bénéfice significatif des interventions cognitives dans plusieurs domaines cognitifs ainsi que sur le plan psychologique, comportemental et fonctionnel bien que plusieurs limites dans les études ne permettent pas de tirer des conclusions robustes. Le Chapitre 1 détaille l’état actuel des connaissances et situe la problématique dans son contexte scientifique. Le Chapitre 2 présente les résultats de la recension systématique quantitative. Enfin, le Chapitre 3 propose des pistes de réflexions en lien avec les résultats obtenus, de même qu’une critique de l’état de la littérature actuelle portant sur le sujet de recherche. Des recommandations pour orienter les recherches futures sont également abordées.
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Développement d'algorithmes de Plasmode longitudinaux pour l'évaluation d'approches d'ajustement pour la confusion et illustration pour l'étude de l'effet d'une exposition cumulée aux stresseurs psychosociaux au travailSouli, Youssra 23 March 2024 (has links)
Le biais de confusion peut affecter tous les types d’études d’observation. Il apparaît lorsque la caractéristique étudiée est associée à un facteur de perturbation complémentaire et que ce dernier fait croire à l’existence d’une relation de cause à effet entre la caractéristique étudiée et l’issue. Des méthodes d’ajustement pour le biais de confusion, notamment les modèles structurels marginaux, peuvent être utilisées pour corriger ce type de biais. Ces modèles n’ont toutefois été utilisés qu’une seule fois pour l'étude de l’effet d’une exposition cumulative aux stresseurs psychosociaux au travail sur la pression artérielle. L’objectif principal de ce mémoire était de comparer différents estimateurs des paramètres d’un modèle structurel marginal à des approches classiques. Nous avons considéré les estimateurs par pondération inverse de la probabilité de traitement, le calcul-g, le maximum de vraisemblance ciblé avec et sans SuperLearner. Ces estimateurs ont d’abord été utilisés pour estimer l’effet d’une exposition cumulée aux stresseurs psychosociaux au travail sur la pression artérielle systolique dans le cadre d’une étude de cohorte prospective de 5 ans. Cette analyse a révélé des différences significatives entre les estimateurs. Puisqu’il s’agit de données réelles, il est toutefois impossible de déterminer quelle méthode produit les résultats les plus valides. Pour répondre à cette question, nous avons développé deux algorithmes de simulation de données longitudinales de type Plasmode, l’un utilisant des modèles paramétriques et l’autre utilisant des approches non paramétriques. Les simulations Plasmode combinent des données réelles et des données synthétiques pour étudier les propriétés dans un contexte connu, mais similaire au contexte réel. Au vue des résultats, nous avons conclu que les modèles structurels marginaux représentent des approches pertinentes pour estimer l’effet des stresseurs psychosociaux au travail. Nous recommandons particulièrement d’utiliser la méthode de maximum de vraisemblance ciblé avec et sans SuperLearner. Cependant, cela nécessite un effort supplémentaire en termes d’implantation de code et de temps d’exécution.
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Contribution à l'étude des effets systématiques pour le traitement des données de l'instrument Planck-HFILeroy, Christophe 10 May 2007 (has links) (PDF)
Ces quarante dernières années, l'observation du Fond Cosmique Micro-Onde a été l'un des champs d'étude les plus prolifiques de l'astrophysique. Couronnée par deux prix Nobel, cette découverte majeure a permis de confirmer de façon spectaculaire la théorie du Big-Bang. L'étude détaillée de ce fond micro-onde a également permis de mieux contraindre les différents modèles d'Univers issus de la cosmologie. Avec l'expérience Planck de l'ESA qui va succéder en 2008 à COBE et WMAP, la cosmologie entre dans une nouvelle ère, celle de la ``cosmologie observationnelle de précision''. Jamais une expérience spatiale aussi sensible n'aura effectué un relevé complet du ciel micro-onde avec une aussi grande résolution. La grande sensibilité de Planck implique la nécessité d'un contrôle accru des effets systématiques d'origine instrumentale. Cette thèse s'inscrit dans le cadre du contrôle de ces effets systématiques pour Planck, en particulier pour son instrument hautes fréquences: HFI (High Frequency Instrument). Contrôler les effets systématiques implique trois types d'activités: l'Identification, la Quantification et la Correction de ces effets. Cette thèse présente essentiellement les résultats obtenus sur les travaux d'identification et de quantification des effets systématiques d'origine thermique dans Planck-HFI. La quantification de la diaphonie électronique ainsi que la correction des effets thermiques y sont également abordés.
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Systematics and floral evolution of the Dialiinae (Caesalpinioideae), a diverse lineage of tropical legumesZimmerman, Erin 01 1900 (has links)
Le clade Dialiinae représente l’une des premières lignées de la sous-famille Caesalpinioideae des Leguminosae. Il se compose de 17 genres (environ 90 espèces), avec des taxons qui sont répandus dans toutes les régions tropicales du monde. Morphologiquement, le groupe comprend un assemblage divers de taxons qui peut représenter une «phase expérimentale» dans l’évolution florale des légumineuses. Différents représentants du clade présentent de la poly-, mono-, et asymétrie, et semblent avoir subi un haut degré de perte d’organe, produisant, dans certains cas, des fleurs extrêmement réduites qui sont à peine reconnaissables comme appartenant à la famille des légumineuses.
Afin d’obtenir une image plus claire de l’évolution florale du clade Dialiinae, une phylogénie bien résolue et bien soutenue est nécessaire. Dans le but de créer une telle phylogénie, un total de 37 échantillons d’ADN des Dialiinae a été séquencé pour deux régions chloroplastiques, soit rps16 et trnL. De plus, une étude morphologique complète a été réalisée. Un total de 135 caractères végétatifs et reproductifs a été évalué pour 79 espèces de Dialiinae et pour quatre groupes externes. Les analyses phylogénétiques ont d’abord été effectuées sur un groupe restreint de taxons pour lesquels les trois types de données étaient disponibles. Les nœuds fortement soutenus de cette phylogénie ont ensuite été utilisés comme contrainte pour une seconde analyse de parcimonie avec les données morphologiques d’un ensemble plus important de taxons. Les caractères morphologiques ont été optimisés sur l’un des arbres les plus parcimonieux de cette seconde analyse. Un certain nombre de nouvelles relations au niveau de l’espèce ont été résolues, créant une image plus claire quant à l’évolution de la forme florale dans le temps, particulièrement pour les genres Labichea et Dialium.
En plus de leur morphologie florale mature diverse, les Dialiinae sont également très variables dans leur ontogénèse florale, affichant à la fois la perte et la suppression des organes, et présentant une variété de modes d’initiation d’organes. Afin de construire une image plus complète du développement floral et de l’évolution dans ce clade, l’ontogénèse florale de plusieurs espèces non documentées à ce jour a été étudiée. La série complète du développement a été compilée pour six espèces de Dialiinae; quatre de Dialium, ainsi que Poeppigia procera et Mendoravia dumaziana. Le mode et le moment de l’initiation des organes étaient pour la plupart uniforme pour toutes les espèces de Dialium étudiés. Tant pour ce qui est des gains ou des pertes d’organes chez Dialium, une tendance est apparente – l’absence d’organe abaxial. Que ce soit pour les sépales ou les étamines, les gains se produisent toujours en position médiane adaxiale, tandis que les étamines et les pétales perdus sont toujours les organes les plus ventraux. Les taxons étudiés ici illustrent le manque apparent de canalisation du développement observé chez les Caesalpinioideae. Cette plasticité ontogénétique est le reflet de la diversité morphologique au niveau des fleurs tel qu’observée dans l’ensemble de la sous-famille.
Une des espèces de Dialiinae, Apuleia leiocarpa, produit une inflorescence andromonoïque, une caractéristique qui est unique en son clade et rare dans les légumineuses dans son ensemble. La microscopie optique et électronique ont été utilisées pour entreprendre une étude détaillée de la morphologie florale de ce taxon. On a constaté que tandis que les fleurs hermaphrodites produisent un seul carpelle et deux étamines, les fleurs staminées produisent trois étamines sans toutefois montrer signe de développement du carpelle. Les inflorescences semblent produire près de quatre fois plus de fleurs staminées que de fleurs hermaphrodites, lesquelles occupent toujours la position centrale de l’inflorescence cymeuse. Ce ratio élevé mâle/bisexuel et la détermination précoce du sexe chez Apuleia sont rares chez les Caesalpinioideae, ce qui suggère que l’andromonoecie se développe dans ce genre comme un moyen d’accroître la dispersion du pollen plutôt qu’en réponse à des limitations de ressources. / The Dialiinae clade represents one of the early-diverging lineages of the legume subfamily Caesalpinioideae; it consists of 17 genera (circa 90 species), and is pantropically distributed. Morphologically, the group comprises a diverse assemblage of taxa that may represent a so-called “experimental phase” in legume floral evolution. Different members of the clade exhibit poly-, mono-, and asymmetry, as well as having undergone a high degree of organ loss, producing, in some cases, extremely reduced flowers which are barely recognisable as belonging to the legume family.
In order to obtain a clearer picture of floral evolution in the Dialiinae, a well resolved and well supported phylogeny is needed onto which morphological characters may be optimised. With the goal of creating such a phylogeny, a total of 37 Dialiinae DNA samples were sequenced for two plastid genes, rpS16 and trnL. Additionally, a comprehensive morphological study was carried out. A total of 135 vegetative and reproductive characters were scored for 79 ingroup and four outgroup taxa. Phylogenetic analyses were carried out first on a restricted group of taxa for which all three data sets were available. The highly supported nodes of this phylogeny were then used as a constraint for a second parsimony analysis of morphological data from a much larger taxon set. Morphological characters were then mapped onto one of 20,000 most parsimonious trees from this second analysis. A number of novel species-level relationships were resolved, creating a clearer picture of changes in floral form over time, particularly in the genera Labichea and Dialium.
In addition to their diverse mature floral morphology, the Dialiinae are also widely variable in their floral ontogeny, displaying both organ loss and suppression, and exhibiting a wide variety of organ initiation modes. In order to build a more complete picture of floral development and evolution in this clade, the floral ontogeny of several previously undocumented species was investigated. Complete developmental series were compiled for six species of the Dialiinae; four from Dialium, as well as Poeppigia procera and Mendoravia dumaziana. Mode and timing of organ initiation were mostly consistent across the Dialium species studied. In the instances of both gains and losses of floral organs in Dialium, one trend is apparent — an absence of abaxial organs. Gains in both sepals and stamens occur in the adaxial median position, while stamens and petals that are lost are always the ventral-most organs. The taxa examined here exemplify the apparent lack of developmental canalisation seen in caesalpinioid legumes. This ontogenetic evolvability is reflective of the morphological diversity shown by flowers across the subfamily.
One of the species of the Dialiinae, Apuleia leiocarpa, produces an andromonoecious inflorescence, a feature that is unique in its clade and rare in the Leguminosae as a whole. Light and electron microscopy were used to undertake a detailed study of the floral morphology of this taxon. It was found that while hermaphrodite flowers produced a single carpel and two stamens, staminate flowers developed three stamens but showed no sign of carpel development. Inflorescences also appear to produce approximately four times as many staminate as hermaphrodite flowers, with hermaphroditic flowers consistently occupying the central position in cymose inflorescences. Both this high male-to-bisexual ratio and the early determination of gender seen in Apuleia are rare in the Caesalpinioideae and suggest that andromonoecy developed in this genus as a means to increase pollen dispersal rather than in response to resource limitations.
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