Orientador: João Batista Ernesto de Moraes / Banca: Marilda Lopes Ginez de Lara / Banca: Marisa Bräscher Basilio Medeiros / Banca: José Augusto Chaves Guimarães / Banca: Walter Moreira / Resumo: A organização e representação do conhecimento (ORC) possuem raízes epistemológicas em tempos longínquos. Está entre as preocupações de âmbito humano, desde as antigas civilizações. Seus processos foram tomados como arte, técnica, até transformar-se em disciplina científica. Hoje, encontra-se no cerne da Ciência da Informação (CI) e direciona grande parte de suas pesquisas teóricas e instrumentais. Na CI brasileira é nominada pela expressão Organização e Representação do Conhecimento, tendo em vista que mesmo sendo considerada uma subdisciplina, ela também se constitui como um campo independente de investigação que permeia outras áreas científicas. Como subdisciplina da CI, interessa aqui investigar sua institucionalização científica em âmbito cognitivo e social. Para avaliação da institucionalização de uma área científica, é necessário que se meça: processos desenvolvidos; grau de coerência; clareza do arcabouço teórico e metodológico; estrutura conceitual; organização de ações mediante divulgação de resultados; e a articulação entre seus pesquisadores. Como elucidação para o problema, esta investigação foi norteada pela seguinte questão de pesquisa: A ORC, na Ciência da Informação no Brasil, encontra-se institucionalizada cognitiva e socialmente? Para responder à questão, os seguintes objetivos foram traçados: identificar os níveis de institucionalização social, a partir da avaliação das linhas de pesquisa nos programas de pós-graduação em CI, dos grupos de pesquisa cadastrados no Diretório do CNPq e dos eventos especializados em ORC no Brasil, e mensurar os níveis de institucionalização cognitiva a partir da produção científica especializada e da identidade intelectual dos seus pesquisadores. O universo selecionado para a investigação da institucionalização cognitiva constitui-se dos trabalhos publicados em espaços especializados como os anais do GT2 do... / Abstract: The knowledge organization and representation (KOR) have epistemological roots in ancient times. It is among the concerns of human affairs, from ancient civilizations. Their processes were taken as art, technique to transform itself into a scientific discipline. Today, lies at the core of Information Science (IS) and directs much of its theoretical and instrumental research. In Brazilian IS is nominated by the expression Knowledge Organisation and Representation, considering that even being considered a subdiscipline, it also represents an independent research field that permeates other scientific areas. As a subdiscipline of IS interest here investigate its scientific institutionalization in cognitive and social context. To evaluate the institutionalization of a scientific field, it is necessary to measure: developed processes; degree of coherence; clarity of the theoretical and methodological framework; conceptual framework; actions organization by disseminating results; and the relationship between its researchers. As elucidation to the problem, this research was guided by the following research question: is KOR, in Information Science in Brazil, cognitively and socially institutionalized? To answer this question, the following objectives were set: to identify the levels of social institutionalization, from the evaluation of the research lines in postgraduate programs in IS, the research groups registered in the CNPq Directory and specialized events in KOR in Brazil, and measure the levels of cognitive institutionalization from the specialized scientific literature and intellectual identity of its researchers. The selected universe for the investigation of cognitive institutionalization is formed up of papers published in specialized areas such as the annals of the GT2 from ENANCIB (1994-2013) and the ISKO-Brazil (2011-2013). The clipping focused on the most productive authors possessing publications in 50% or more of the issues of... / Doutor

Orientador: José Augusto Chaves Guimarães / Banca: Antonio Garcia Gutiérrez / Banca: Vera Lucia Doyle Louzada de Mattos Dodebei / Banca: Leilah Santiago Bufrem / Banca: Fábio Assis Pinho / Resumo: Descrever e interpretar parte do permanente processo de institucionalização sociocognitiva do domínio de Organização do Conhecimento (OC) trata-se do objetivo central dessa tese. Para tanto, procedeu-se análise diacrônica da linguagem utilizada, expressa e registrada pela comunidade científica domínio nos congressos da International Society for Knowledge Organization (ISKO), entendendo esta entidade como representativa da área em função do papel de centralidade que adquire. A produção científica dos eventos promovidos pela ISKO foi considerada fonte valiosa para se detectar posturas ideológicas dominantes periodicamente adotadas via análise dos discursos fixados nos documentos. Foram abordadas questões referentes à linguagem, à memória e ao conhecimento, como resultado da interação entre o sujeito e o seu meio. Buscou-se aporte teórico no Círculo de Bakhtin (CB), sobretudo no que se refere ao caráter social e ideológico do signo linguístico e sobre o conceito dialogismo entre os signos, pilar que sustenta a tese bakhtiniana sobre o caráter intersubjetivo da linguagem. Também foram resgatadas as concepções a relação entre a memória individual e a memória coletiva e o dialogismo pode ser tratado como um meio de memória e, logo, um meio de acesso ao conhecimento. Foram selecionados do referencial teórico das áreas de CI e OC os conceitos que tratam das implicações desses processos interativos para atividades de produção, organização e uso da informação e do conhecimento. Quanto ao processo de institucionalização, buscaram-se subsídios principalmente em Whitley (1974) sobre o conceito de institucionalização científica e a relação de reciprocidade entre as instituições sociais e cognitivas. Informações sobre marcos teóricos constituintes do domínio de OC foram trazidas, elaborando-se uma análise diacrônica sobre o processo de teorização do domínio baseado no uso do termo... / Abstract: To describe and interpret part of the ongoing process of sociocognitive institutionalization of domain of Knowledge Organization (KO) is the central aim of this study. For that, we proceeded to diachronic analysis of language used, expressed and registered by scientific community at conferences of the International Society for Knowledge Organization (ISKO), understanding this entity as representative of the domain due to the central role it acquires. The scientific production of sponsored events by ISKO are considered valuable source to detect dominant ideological positions taken periodically via discourse analysis set out in documents. Thus, issues related to language, memory and knowledge as a result of the interaction between the subject and its environment have been addressed. Was sought theoretical support on Bakhtin Circle (CB), especially with regard to social and ideological character of the linguistic sign and the concept dialogism between signs, pillar that supports the author's thesis about the social character of language. Conceptions on the relationship between individual memory and the collective memory and the dialogism treated as a memory medium and thus a means of access of knowledge. Were selected from the theoretical areas of IC and KO concepts that address the implications of these for interactive production, organization and use of information and knowledge processes activities. Regarding the process of institutionalization, subsidies were sought up primarily in the design of Whitley (1974) on the concept of scientific institutionalization and social cognitive character of science and the mutual relationship of both. Information constituents of the domain of theoretical frameworks were brought from KO, elaborating a diachronic analysis of the process of theorizing based on the use of the term "Knowledge Organization", regarding the first theoretical formulations on bibliographic classification discipline. Then, the... / Doutor

O câncer é uma doença originada a partir de mutações no genoma. Um dos principais tipos de mutação são as variações do número de cópias gênicas, que ocorre quando o número de cópias de uma determinada região genômica difere de dois. Esta variação pode alterar a expressão gênica e contribuir para a progressão tumoral. Recentes plataformas experimentais permitem medir o número de cópias gênicas para todo o genoma. Entretanto, aberrações que contém oncogenes e surpessores tumorais normalmente também possuem genes que não estão relacionado com o câncer. O uso combinado de diversos pacientes têm sido uma estratégia utilizada para solucionar este problema, entretanto, esta aboradagem carece de métodos matemáticos adequados. Nesta dissertação, um novo método para identificar regiões aberrantes em um conjunto de experimentos de medição de número de cópias gênicas é apresentado, utilizando a entropia como medida de aberração biológica. Seu desenpenho superou os outros dois métodos disponíveis para o memso tipo de análise. Adicionalmente, foi desenvolvida uma ferramenta gráfica para a visualização e análise dos dados. A nova metodologia foi aplicada a estimativas de número de cópias gênicas de 167 amostras de glioblastoma multiforme geradas pelo projeto The Cancer Genome Atlas, um dos maiores projetos de câncer da atualidade. Ao total, 31 regiões de interesse foram econtradas, sendo que 8 destas regiões são mutações já descritas em GBM, contendo os genes: EGFR , MDM2, MDM4, CDK4, PTEN, PDGFRA, CDKN2A e CHD5. Oncogenes e supressores tumorais que atuam em outros cânceres também foram encontrados nos resultados, assim como alguns genes sem prévia relação com câncer. / Cancer is a disease originated from mutations in the genome. One of the main types of mutations is the copy number variation, which is defined when a certain region of the genome has a copy number different than two. This variation may alter gene expression and modulate tumor progression. Recent experimental platforms allow the measure of copy number in a genomic scale, however, these aberrations encompass oncogenes and tumor suppressor together with genes that are not related to cancer. The use of set of experiments from several patients is normally used as a solution for this problem, however, this approach lacks adequate mathematical methods for indentifying biologically important regions. In this dissertation, a new method for finding aberrant regions in a set of copy number experiments is presented, using the entropy as a measure for biological aberration, and outperforming other methods with similar propose. Moreover, a graphical tool was developed to visualization and analysis of the data. The new methodology was applied in 167 copy number experiments from glioblastoma multiforme samples generated by The Cancer Genome Atlas project, one of the biggest projects on cancer research. As a result, 31 aberrant regions were found, being 8 of these regions previously known in glioblastoma multiforme, carrying the genes: EGFR , MDM2, MDM4, CDK4, PTEN, PDGFRA, CDKN2A and CHD5. Other oncogenes and tumor suppressors that are important in other types of cancer were also found as well as genes without previously described relation with cancer.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2017-09-28T00:09:22Z No. of bitstreams: 1 276760.pdf: 30849472 bytes, checksum: 09cda6aa553cd9c7ba4b670553836a2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-28T00:09:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 276760.pdf: 30849472 bytes, checksum: 09cda6aa553cd9c7ba4b670553836a2f (MD5) Previous issue date: 1992 / CAPES / Indagação de caráter epistemológico a respeito da incorporação do conceito de sistema na Ciência da Informação via a pratica acadêmica e operacional de agentes dos sistema de informação no Brasil. A resposta a indagação se organiza com apoio em saber metodológico e teórico com vistas a construção do objeto através de sua trajetória na Historia das Ciências, estruturando-se em dois níveis de representação: a formal que permite o recorte do objeto com apoio na literatura de abordagem sistêmica clássica e aplicativa; e a informal cujo recorte se fundamenta na fala dos agentes entrevistados. O confronto da representação formal x informal permite a reconstrução do objeto reformatado em um elenco de categorias constitutivas dos elementos retidos na concepção e no conceito de sistema. / Investigation of epistemological nature on the introduction of system concept in Informations Science via academic and operational practices of information system agents in Brazil. The response to the investigation is organized on Knowledge methodologically and threoretically based aiming at the construction of the object through its course in the History of Sciences. It is structured in two levels of representation: the formal one, which gives possibility to border the object via literature dealing with system concept on classical and operational approches; the informal one, which permits to border the object on the speech of the interviewed information system agents. The match of formal x informal representation of the object is now formatted by a roll of categories constituted by elements kept in system conception and concept.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:06:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissTNK.pdf: 1979455 bytes, checksum: c2b13333e32eefd55ec40d2336ebdfac (MD5) Previous issue date: 2004-05-21 / Universidade Federal de Sao Carlos / Context-aware computing investigates applications that adapt their behavior according to information (or context) captured from a physical and/or computational environment such as the location of a user. The monitoring of critical conditions in physical environments is one of the domains that take advantage of the context-aware computing facilities, where context is captured from sensors spread over environments in order to aid the prevention, the combat and the evaluation of emergency situations such as fire, rebellions in penitentiaries, explosions and leaks of toxic substances. Related works report the need for a middleware that provides services, e.g. for context interpretation and location of people and objects, which can be used by a myriad of devices and any kind of applications for monitoring of critical conditions, regardless platform, operating system and/or programming language. This work presents an approach exploiting context-aware computing in the monitoring of critical conditions in physical environments, which includes the specification of a middleware and its following main services: the Context Interpreter Service, the Event Notification Service and the Location Service. The Context Interpreter Service notifies and interprets context gathered from sensors. As those interpretations follow the security policies of each business, an Interface for Configuration and Monitoring was also developed as a means to allow particular criteria of monitoring for a business. The Event Notification Service uses the publish/subscribe paradigm based on topics. The Location Service handles the location of people and objects in physical environments. Middleware components and applications communicate through XML-encoded messages via publish/subscribe mechanism. A case study for that approach uses the Asas de um Sonho aviation museum of the TAM air company as scenario. / A computação ciente de contexto estuda aplicações que adaptam seu comportamento com base em informações (ou contexto) capturadas de um ambiente físico e/ou computacional, como a localização de um usuário. O monitoramento de condições críticas em ambientes físicos é um dos domínios que exploram as facilidades da computação ciente de contexto, no qual os contextos são obtidos via sensores dispersos em ambientes para auxiliar a prevenção, o combate e a pós-avaliação de situações de emergência, como incêndios, rebeliões em prisões, explosões, vazamento de substâncias tóxicas, etc. Para que serviços do tipo interpretação de contexto e localização de pessoas ou objetos possam ser utilizados por uma grande variedade de dispositivos e por qualquer tipo de aplicação da classe de aplicações de monitoramento de condições críticas, verifica-se a necessidade de um middleware que forneça serviços independentes de plataforma, sistema operacional e/ou linguagem de programação. Este trabalho apresenta uma abordagem para a aplicação de computação ciente de contexto no monitoramento de condições críticas em ambientes físicos, através da especificação de um middleware e de três de seus principais serviços, a saber: Serviço de Interpretação de Contextos, Serviço de Notificação de Eventos e Serviço de Localização. O Serviço de Interpretação de Contexto notifica e interpreta os contextos obtidos de sensores. Essas interpretações são baseadas nas políticas de segurança de cada empresa, e para que possa atender de maneira flexível a critérios específicos de monitoramento foi criada uma Interface de Configuração e Monitoramento. O Serviço de Notificação de Eventos utiliza o paradigma da publicação/subscrição baseada em tópicos. A localização de pessoas e/ou objetos é realizada através de um Serviço de Localização. A comunicação entre os serviços do middleware e as aplicações utiliza mensagens XML via mecanismo publish/subscribe. Um estudo de caso para utilização do middleware em questão é mostrado tendo como cenário o Museu de Aviação Asas de um Sonho da Companhia Aérea TAM.

Submitted by Alaor Cervati Neto null (alaor_c_neto@yahoo.com.br) on 2018-02-01T18:40:52Z No. of bitstreams: 1 Dissertação.pdf: 2196475 bytes, checksum: eac241d8769cc274b9f87757c15cb5ef (MD5) / Rejected by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: 01) Primeira e segunda páginas antes da capa estão excedentes; 02) A ficha catalográfica deve ser na sequência da folha de rosto; 03) Na folha de aprovação deve constar a data (dia, mês e ano) da defesa 04) As folhas viii, 4, 42, 60, 66, 72, 74 e 78 estão em branco. Será encaminhado via e-mail o modelo das páginas pré-textuais para que você possa fazer as correções. Agradecemos a compreensão. on 2018-02-02T12:37:02Z (GMT) / Submitted by Alaor Cervati Neto null (alaor_c_neto@yahoo.com.br) on 2018-02-02T15:13:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertação.pdf: 2196475 bytes, checksum: eac241d8769cc274b9f87757c15cb5ef (MD5) Dissertação corrigida.pdf: 2223044 bytes, checksum: 7fd8ad5a2c1a98b7bf95f401b2c2b358 (MD5) / Approved for entry into archive by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br) on 2018-02-02T16:47:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cervatineto_a_me_sjrp.pdf: 2223044 bytes, checksum: 7fd8ad5a2c1a98b7bf95f401b2c2b358 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-02T16:47:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cervatineto_a_me_sjrp.pdf: 2223044 bytes, checksum: 7fd8ad5a2c1a98b7bf95f401b2c2b358 (MD5) Previous issue date: 2018-01-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A teoria de informação e computação quântica é uma área de pesquisa que vem crescendo de maneira acentuada nos últimos anos devido aos inúmeros avanços tecnológicos que a acompanham. Neste mestrado começamos nossos estudos nesta área de pesquisa onde nos introduzimos e aprofundamos em seus aspectos intrigantes e peculiares. Dada nossa formação inicial na área de ciências da computação, inicialmente nos dedicamos a entender os aspectos fundamentais da mecânica quântica, assim como da teoria de informação e computação quântica. Focamos principalmente nos sistemas quânticos abertos, visto que o maior obstáculo a ser superado para o desenvolvimento destes computadores é o efeito deletério do meio ambiente. A princípio, concentramos nossos estudos nos ditos processos não-Markovianos, que apresentam efeitos de memória. Aprendemos sobre as novas medidas de não-Markovianidade, principalmente as medidas baseadas na dinâmica do emaranhamento e na dinâmica da informação mútua. Conseguimos publicar nosso primeiro resultado, onde provamos a inequivalência destas duas medidas de não-Markovianidade. De fato, mostramos que tais medidas, em geral, podem discordar sobre o tipo de processo dissipativo, sendo que uma pode reconhecê-lo como Markoviano enquanto outra pode reconhecê-lo como não-Markoviano. Como mostramos, esta inequivalência está diretamente relacionada com o refluxo de informação do meio ambiente para o sistema, e como mensuramos tal informação nestas duas medidas distintas de não-Markovianidade. Finalmente, na fase final de nossos estudos, tivemos como objetivo encontrar um meio de otimizar o controle das operações lógicas. Especificamente, trabalhamos com um método numérico utilizado em sistemas fechados para otimizar sistemas abertos Markovianos. Observamos que a eficácia deste método depende do tipo e intensidade da interferência do ambiente e das condições iniciais do sistema, obtendo melhores resultados em casos específicos. / Quantum information theory and computation is a field of research that has been growing acutely in the past few years due to the many technological improvements it follows. In this masters’ course, we began our studies in this area of research where we were introduced and immersed in its intriguing and peculiar aspects. Given our initial formation in computer science, we initially dedicated ourselves to understanding the fundamentals of quantum mechanics, as well as of information theory and quantum computation. Our main focus were open quantum systems, since the greatest obstacle to the development of these computers is the harmful effect of the environment. At first, we concentrated our studies in the so called non-Markovian processes, that show memory effects. We learned about the new non-Markovianity measurements, mainly those based on the dynamics of entanglement and mutual information. We managed to publish our first result, where we proved the inequivalence of these two measurements of non-Markovianity. Indeed, we showed that such measurements, in general, can disagree about the dissipative process, so that one can regard it as Markovian and the other as non-Markovian. As we demonstrated, this inequivalence is directly related to the information back-flow from the environment to the system, and how this information is measured by each of the two distinct measurements. Finally, in the last stage of our studies, our goal was to find a way to optimize the control of the logical operations. Specifically, we worked with a numeric method used in closed systems to optimize Markovian open systems. We have observed that the effectiveness of this method depends on the type and intensity of the interference of the environment and of its initial conditions, attaining better results for specific cases.

Neste trabalho, os efeitos das incertezas de estimativa de canal são considerados na otimização da relação sinal-ruído óptica (OSNR) em redes ópticas com multiplexação por divisão de comprimento de onda (WDM). A otimização da OSNR aumenta a vazão da rede e a eficiência energética, permitindo minimizar o número de retransmissões em camadas superiores. Os algorítmos de otimização de OSNR estão relacionados com a estimativa de canal óptico realizada pelas combinações de monitores de desempenho ópticos (OPM), modelos analíticos e simulações numéricas. Além disso, as incertezas de estimativa são introduzidas por vários fatores, como a disponibilidade de informações de monitoramento, defeitos nos monitores, precisão, a imperfeição do modelo da camada física e a dinâmica de alocação de canal. Neste estudo, foi utilizada a otimização da OSNR baseada em técnicas heuríticas por enxame de partículas. Os resultados numéricos demonstraram a relação entre as incertezas na estimativa de erro de canal, média normalizada do erro quadrático (NMSE) e penalidade de potência. A metodologia desenvolvida pode ser utilizada para determinar o nível máximo de incertezas aceitáveis na estimativa de erro de canal de acordo com a penalização de potência permitida na otimização OSNR. / In this work, we investigate the effects of estimation uncertainties in the optimization of the optical signal-to-noise ratio (OSNR) at the wavelength division multiplexing (WDM) optical networks. The OSNR optimization increases the network throughput and energy efficiency and it enables to minimize the number of retransmissions by higher layers. The OSNR optimization algorithms are related to the optical channel estimation performed by the combinations of optical performance monitors (OPM) measurements, analytical models and numerical simulations. Furthermore, the estimation uncertainties are introduced by several factors such as the availability of monitoring information, monitoring accuracy, imperfection of physical layer and dynamic of channel allocation. Our numerical results have demonstrated the relation between the uncertainties in the channel error estimation, normalized mean squared error (NMSE) and power penalty. The developed methodology can be utilized to determinate the level of acceptable uncertainties in the channel error estimation according the power penalty permitted in the OSNR optimization.

Gliomas são os tumores cefálicos mais comuns na vida adulta, geralmente estão associados a um mau prognóstico. A forma mais agressiva, o Glioblastoma Multiforme (GBM) leva metade de seus pacientes a morte em 12 a 14 meses, e os tratamentos pouco ou nada melhoram esta expectativa. O desenvolvimento de terapias é bastante complexo, uma vez que se trata de um tumor com alta diversidade de células, devido a sua instabilidade genômica. Esta instabilidade interfere no equilíbrio “estequiométrico” da transcrição gênica, implicando alterações na proporção entre proteínas atuantes em um mesmo complexo. Analisando proteínas que participam de um mesmo processo sob uma perspectiva de redes (de interação proteica), pode-se analisar a probabilidade de fluxo de informação entre proteínas conectadas, ponderando pela correlação de expressão gênica, assumindo que altos valores de correlação (de expressão – entre duas proteínas) correspondem a uma maior a probabilidade de fluxo de informação entre elas. Utilizando-se de uma medida de entropia chamada entropia local de rede, é possível analisar a organização do fluxo de informação entre uma determinada proteína e as demais com quem esta se relaciona. O aumento nestes valores de entropia é proposto enquanto uma assinatura sistêmica de tumores, tendo sido primeiramente demonstrada em tumores gástricos, de pulmão, bexiga, pâncreas, fígado e do colo uterino. Compreender como a informação flui ao longo de redes de interação proteica em glioblastomas pode trazer novas perspectivas de tratamento deste tumor. Portanto, este trabalho visa avaliar: I se há aumento da entropia local de rede em glioblastomas quando comparados ao tecido sadio; II: quais os genes responderiam pelo maior aumento de entropia e qual o papel biológico destes genes (em que rotas ou processos biológicos estariam atuando), III: se estas rotas ou processos biológicos apresentam alterações de expressão gênica, e IV: se algum dos genes alterados em nível de transcrição possui associação com prognóstico. Foi verificado: I: que Glioblastomas apresentam um aumento significativo da entropia local de rede em comparação a condição fisiológica normal. II: que os genes de maior ganho de entropia atuam em (28) processos biológicos relacionados com a biologia tumoral; III que estes processos biológicos têm alterações transcricionais (quando comparados com a situação fisiológica normal) em alguns de seus genes; IV que dentre todos os genes diferencialmente expressos nos (28) processos biológicos indicados pelos genes de entropia alterada, os genes PAK6 e MYC tiveram correlação com sobrevida em ambas as coortes analisadas. No entanto ao estratificar por idade, verificamos que esta relação se mantinha apenas em pacientes com idade inferior a 50 anos, onde verificou-se que PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 também tinha correlação com sobrevida, enquanto a expressão de duas formas da cinase dependente de cálcio/calmodulina (CAMK2A e CAMK2B) associou-se a um prognóstico ruim. Um estudo ainda mais aprofundado destes genes, bem como de outras enzimas chave nos processos identificados são promissores no sentido do desenvolvimento de estratégias de combate a glioblastomas. / Gliomas are the most common form of brain tumor in adults, being generally associated with dismal prognosis. Glioblastoma Multiform (GBM) is the most aggressive glioma subtype and – despite the recent advances in therapy regimens and patient care – median survival remains between 12 and 14 months after diagnosis, and the treatment is basically palliative. The development of GBM therapy is a difficult task, given that GBM possesses high levels of genomic instability, which consequently promotes the formation of a variety of highly proliferative, invasive and chemoresistant cell phenotypes. Such a genomic instability in tumors potentially impact the “stoichiometric” balance between functionally related proteins, mostly due to changes in transcriptional activity with these entities. Analyzing protein relations under a protein interaction network perspective allow studying the informational flux probability between linked proteins. It means that linked proteins with positive correlation are more prone to information flux than negatively correlated links. The local network entropy is an index which measures the “disorder” of the informational flux between a protein and its neighbors. Increased local network entropy was recently shown as a systemic hallmark of diverse tumors. However, to best of our knowledge, there are no studies investigating the significance of local network entropy changes in brain tumors thus far. We believe that understanding the network informational flux, and the biological processes affect in this context, can bring new insights on the pathobiology and drugable pathways in GBM. In this study, we aimed to investigate; i) whether the local network entropy of GBM differs from normal brain tissues; ii) which genes displayed increases in entropy and what biological pathways or processes they are involved in; iii) if the identified biological processes/pathways carry differentially expressed genes and; iv) whether some of the differentially expressed belonging to highly entropic pathways are correlated with GBM patients survival. In view of such a aims, our results showed that: i) GBMs showed a significant increase in local network entropy values when compared to non-tumor brain tissues; ii) genes with high entropy played a role in 28 biological processes potentially related to GBM physiopathology; iii) Several genes with the identified pathways were found overexpressed or down-regulated in tumor versus normal brain tissues and; iv) amidst them, the expressions of PAK6, PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 predicted better prognosis, while overexpression of two Calcium/Calmodulin Kinase isoforms (CAMK2A e CAMK2B) were correlated to poor prognosis; an effect only observed in patients younger (<50 years-old) at the age of diagnosis. In summary, this study shows that local network entropy in combination with pathway enrichment analysis are a useful strategy to improve our knowledge on the biological alterations as well as genes relevant to prognosis in GBM under a systems biology perspective.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciência da Informação, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Informação, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-02-04T17:08:01Z No. of bitstreams: 1 2014_MarceloStopanovskiRibeiro.pdf: 2929857 bytes, checksum: 4b4dc13e5d51813fff9218004905f23f (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-03-06T10:29:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_MarceloStopanovskiRibeiro.pdf: 2929857 bytes, checksum: 4b4dc13e5d51813fff9218004905f23f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T10:29:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_MarceloStopanovskiRibeiro.pdf: 2929857 bytes, checksum: 4b4dc13e5d51813fff9218004905f23f (MD5) / A tese é estruturada em dois momentos. O primeiro deles representa a construção de base teórica interdisciplinar que produz inter-relações entre as características da informação, na Teoria Quântica, e o fenômeno da informação como objeto da Ciência da Informação. Como resultado dessa inter-relação, é apresentado quadro de referência das características quânticas da informação, utilizado para orientar a interpretação do objeto informacional do trabalho. Tal abordagem inclui, também, a discussão do próprio conceito de informação na Ciência da Informação, a qual se dá à luz de categorias advindas das ciências naturais. No segundo momento, o quadro é aplicado para a interpretação de objeto informacional delimitado: interceptações telefônicas judiciais. O resultado pretendido, enquanto hipótese, é a demonstração de que o entendimento de características quânticas da informação, na perspectiva da Ciência da Informação, contribui para a compreensão da arquitetura da informação que descreve um objeto informacional delimitado. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This thesis is structured in two moments. The first moment represents the construction of a theoretical interdisciplinary basis, aiming at producing inter-relations between the characteristics of the information - as understood in Quantum Theory - and the information phenomenon as Information Science object. The result of this inter-relation is a reference framework on the quantum characteristics of the information, used to guide the interpretation of the informational object. That approach also includes the discussion of the concept of information, in Information Science, considered the categories deriving from the natural sciences. In the second moment, the framework is applied to the interpretation of delimited informational object: judicial telephone interceptions. The result, hypothetically, is the demonstration that the understanding of quantum characteristics of the information, in view of the Information Science, contributes to the understanding of the information architecture that describes a specific informational object.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciência da Informação, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Informação, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-04-23T15:53:14Z No. of bitstreams: 1 2013_HelenaCeliaSouzaSacerdote.pdf: 4277311 bytes, checksum: 810c39a6c4a3929b14c469fe4e0f1c99 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-04-24T12:30:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_HelenaCeliaSouzaSacerdote.pdf: 4277311 bytes, checksum: 810c39a6c4a3929b14c469fe4e0f1c99 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-24T12:30:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_HelenaCeliaSouzaSacerdote.pdf: 4277311 bytes, checksum: 810c39a6c4a3929b14c469fe4e0f1c99 (MD5) / O estudo identifica papéis assumidos por professores e alunos, no processo de mediação, no contexto de um ambiente de educação online. A identificação se dá por intermédio de análise das interações sociais ocorridas em fóruns de discussão ao longo das 18 disciplinas de um curso de pós-graduação lato sensu, o Curso Especialização em Gestão da Segurança da Informação e Comunicações, da Universidade de Brasília, em sua edição 2009/2011. Analisa também a interação dos indivíduos com os objetos de aprendizagem disponibilizados no ambiente. Propõe um modelo de mediação em educação online baseado no mapa do conhecimento da Ciência da Informação, no modelo de suporte concêntrico para educação a distância e no modelo transacional de educação a distância. Com base no modelo proposto, formula uma metodologia para análise do processo de mediação, a qual é baseada na metodologia de Análise de Redes Sociais, com emprego de métricas de coesão (k-núcleos) e centralidade (grau, proximidade e intermediação). As análises demonstram que o papel de principal mediador em educação online no ambiente foi desempenhado pelo professor tutor, embora em alguns momentos alguns alunos tenham apresentado o mesmo papel, em escala menor. Quanto à interação dos indivíduos com os objetos de aprendizagem, constata que a abordagem permite avaliá-los quanto a sua adequação aos objetivos de aprendizagem. Conclui que os seguintes papéis se formam no processo de mediação na educação online: subgrupos colaborativos, professores mediadores e alunos mediadores. Infere que esses papéis poderiam ser identificados e motivados por gestores educacionais, de maneira que potencialize a colaboração entre professores e alunos. Indica refinamentos em Design Instrucional para o planejamento e a implementação de programas educacionais e, a análise contínua das ações do usuário no ambiente, por meio de métodos de análise de redes sociais e de análise dos logs. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This study analyzes the social interactions of professors and students of online courses, and identifies the mediation roles of these actors. The identification of these roles is done through the analysis of the social interactions within discussion forums for 18 disciplines of a graduate course offered by the University of Brasilia, Information and Communications Security Management, for the 2009 / 2011 biennium. It also analyses the interaction of these actors with the learning objects available to them in the learning environment. Finally, it proposes a mediation model for online education, based on the knowledge map of information sciences, on the concentric support model for distance learning, and on the transactional model for distance learning. Based on the model, this research proposes a methodology for analyzing the mediation process based on the methodology known as Social Network Analysis using k-core and centrality and centralization methods (degree, proximity and intermediation). The study shows that the main mediator in an online learning environment was the tutor, although some students assume this role in a smaller scale. In so far as the interaction of the actors and the learning objects, the study shows that the selected approach is suitable to evaluate the individuals and their adaptation to the learning objects. Furthermore, the study shows that the following roles are formed in the online mediation process: collaborative subgroups, professor mediators and student mediators. It can be inferred that these roles could be identified by educational managers, so that the student-teacher interaction may be managed and enhanced. The study suggests certain instructional design refinements for planning and implementing online programs and the continuous analysis of the interactions of users on the learning environment, through social network and log file analysis.