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Análise do comportamento informacional de pós-graduandos surdos: subsídios teórico-práticos para a organização e representação do conhecimento

Coneglian, André Luís Onório [UNESP] 27 February 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-27Bitstream added on 2014-06-13T19:34:30Z : No. of bitstreams: 1 coneglian_alo_me_mar.pdf: 1100257 bytes, checksum: 20501804c415521f31ebc799c7cce3f9 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A produção do conhecimento realizada por docentes e discentes pesquisadores no âmbito da pós-graduação necessariamente se configura em comportamentos informacionais. Os estudos de usuários baseados na abordagem de análise de domínio demonstram ser relevantes na medida em que possibilitam a investigação das necessidades informacionais de diferentes comunidades usuárias de informação. Assim, buscou-se caracterizar e analisar o comportamento informacional de pós-graduandos surdos sinalizadores, ou seja aqueles que utilizam a Língua Brasileira de Sinais, matriculados nos programas de pós-graduação em Educação e Lingüística, da Universidade Federal de Santa Catarina. O objetivo é identificar subsídios teóricos e práticos para a organização e representação do conhecimento, pautadas na dimensão ética de garantia cultural para surdos usuários da língua de sinais. O paradigma da inclusão e os princípios da acessibilidade também ofereceram fundamentos para a pesquisa, os quais ratificam a importância do respeito às necessidades especiais. A metodologia pautou-se na revisão bibliográfica, na aplicação de questionário, entrevista e observação, estas por meio do grupo focal. Os resultados demonstram a necessidade da Organização da Informação considerar a produção do conhecimento também realizada em língua de sinais, registradas em diferentes suportes. O tratamento informacional adequado poderá potencializar a recuperação e difusão de informações para surdos e ouvintes, pesquisadores e profissionais da educação de surdos, lingüística e áreas afins. / Production of knowledge achieved by faculty and student researchers in the graduate context is necessarily shaped in information behavior. Users studies based on the domain analysis approach demonstrate to be relevant in so far as they enable the investigation of the information needs of different user communities. Thus, the study sought to characterize and analyze the information behavior of signing deaf graduate students (those that use Brazilian Sign Language), enrolled in Education and Linguistic graduate programs of the Federal University of Santa Catarina. The objective is to identify to the theoretical and practical subsidies for the organization and representation of knowledge, regulated in the ethical dimension of cultural warrant for the deaf patron that use sign language. The paradigm of the inclusion and the principles of accessibility also offered important bases for the study, which ratify the necessity of respect to special needs. The methodology based in bibliographical revision, application of questionnaire, interview and observation, both used focal group. The results demonstrate the need of the Information Organization to consider the production of knowledge also achieved in sign language registered in different supports. The appropriate informational treatment will be able to enhance the retrieval and diffusion of information for deaf and hearing people, researchers and professionals of deaf education, linguistics and similar areas. Keywords: Information Organization, Brazilian Sign Language, Deaf People, Information Behavior.
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Estados parcialmente emaranhados em comunicação quântica

Gomes, Raphael Fortes Infante 16 March 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:16:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4363.pdf: 3900088 bytes, checksum: fd6c9860d749b37b41d8610825d05459 (MD5) Previous issue date: 2012-03-16 / Financiadora de Estudos e Projetos / In this master s thesis we approach the entanglement between quantum states as a resource to be used in the transmission of quantum information, particularly in quantum teleportation. Our focus was directed toward the study of partially entangled quantum states, that is, states in which the entanglement degree is below the maximum value allowed by quantum mechanics, since they are more likely to be found in actual devices than maximally entangled states. We review the properties and concepts that characterize vectors and operators from the viewpoint of linear algebra to formally present the postulates of quantum mechanics. We introduced the notion of qubits and showed how these can be applied to computing tasks via quantum logic gates.We explained in details the main quantum teleportation protocols that originated the methods used in this work, highlighting the advantages and disadvantages of each one. We presented protocols with new arrangements and introduced techniques that have improved some of the known methods, providing for those alternatives relating to construction and architecture in the arrangement of the channels. We proved that the probability associated with a multiple teleportation of a single qubit through channels in series tends to the maximum limit for a special case. We showed that imperfect states can be corrected and that it is possible to transmit a single qubit or a pair of qubits using GHZ states and modification of Bell basis states. We discussed the relationship between the final success probability value and the bases and channels degree of entanglement for each method. We concluded the thesis with a general analysis of all protocols, highlighting the most efficient ones with arguments that include theoretical and practical viewpoints. / Nesta dissertação abordamos o emaranhamento entre estados quânticos como um recurso a ser utilizado na transmissão de informação quântica, em especial no teletransporte quântico. Nosso foco foi direcionado para o estudo de estados quânticos parcialmente emaranhados, isto é, estados nos quais o teor de emaranhamento está aquém do máximo valor permitido pela mecânica quântica, visto que são mais prováveis de serem encontrados em dispositivos reais do que seriam estados maximamente emaranhados. Revisamos as propriedades e conceitos que caracterizam vetores e operadores sob a ótica da álgebra linear para em seguida apresentarmos formalmente os postulados da mecânica quântica. Introduzimos a noção de qubits e mostramos como estes podem ser aplicados em tarefas computacionais através de portas lógicas quânticas. Explicamos com detalhes os principais protocolos de teleporte quântico que originaram os métodos utilizados neste trabalho, destacando as vantagens e desvantagens de cada um. Apresentamos protocolos com arranjos inéditos e introduzimos técnicas que aperfeiçoaram alguns dos métodos de teleporte conhecidos, fornecendo alternativas para estes em relação à construção e arquitetura na disposição dos canais. Provamos que a probabilidade associada ao teleporte múltiplo de um qubit através de canais em série tende ao limite máximo para um caso especial. Mostramos que estados imperfeitos podem ser corrigidos e que é possível transmitir um qubit isolado ou um par de qubits empregando estados GHZ e modificações de estados da base de Bell. Discutimos a relação entre o valor da probabilidade de sucesso final e o grau de emaranhamento das bases e dos canais para cada método. Encerramos a dissertação com uma análise geral sobre todos os protocolos, destacando os mais eficientes com argumentos que englobam pontos de vista tanto teórico como prático.
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O campo da Ciência da Informação: contribuições, desafios e perspectivas da mineração de dados para o conhecimento pós-moderno

Nhacuongue, Januário Albino [UNESP] 17 April 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-08-20T17:10:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:25:51Z : No. of bitstreams: 1 000841931.pdf: 2010730 bytes, checksum: 6af21dccdeef4d224619d3ce72b144a3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O trabalho faz uma abordagem sobre a gênese do campo da Ciência da Informação (CI) e analisa as principais contribuições e desafios impostos pela tecnologia, no que tange à representação e recuperação da informação. O objeto da pesquisa é a Ciência da Informação e o contexto, por um lado, resulta da revolução das ciências, na dicotomia entre a busca pela essência e o foco nos problemas humanos, em concomitância com a relação entre a ciência e a tecnologia. Por outro, do aumento dos recursos informacionais digitais e da complexidade, tanto dos ambientes de produção, comunicação e uso da informação, como dos modelos de representação. Para tal, usou o método qualitativo de caráter descritivo, cujos procedimentos técnicos foram centrados na pesquisa bibliográfica e documental de materiais relativos às variáveis. A partir do delineamento sobre a origem e desdobramentos da CI enleados à tecnologia e do respectivo objeto (informação), identificou como problema da pesquisa, a intangibilidade de algumas informações da Web Social, no ponto de vista do acesso. Assim, a pesquisa partiu da seguinte pergunta de partida: é possível utilizar-se da Mineração de Dados (MD) como uma forma de garantir a recuperação da informação intangível na Web Social? Por conseguinte, a pesquisa identificou como objetivo geral: propor a mineração de dados como solução para a recuperação da informação intangível em ambientes da Web Social. Assim, o trabalho chegou às seguintes conclusões: com base na noção de campo proposta por Pierre Bordieu, a CI é um campo científico e a sua gênese está aliada aos problemas informacionais humanos e à tecnologia. A maioria das suas abordagens é anterior à explosão informacional no período Pós-Guerra e foram incorporadas a partir de relações interdisciplinares, principalmente, com a Biblioteconomia, Arquivologia, Documentação, Museologia e Ciência da... / The work is a discussion of the genesis of the field of Information Science (IS) and analyzes the main contributions and challenges posed by technology, regarding the information representation and retrieval. The object of research is the Information Science and the context on the one hand, results of the revolution of the sciences, in the dichotomy between the search for the essence and the focus on human problems, in tandem with the relationship between science and technology. On the other, the increase in digital information resources and the complexity of both production environments, communication and use of information, such as the representation models. To do this, it used the qualitative method of descriptive character, whose technical procedures were focused on bibliographical and documentary research materials related to variables. From the design of the origin and developments of IS ensnared technology and its object (information), identified as the research problem, the intangibility of some information from the Social Web, the point of view of access. Thus, the research came from the following starting question: is it possible to use the Data Mining (DM) as a way to ensure the retrieval of intangible information in the Social Web? Therefore, the survey identified the general objective: propose the data mining as a solution for the retrieval of intangible information in the Social Web environments. Thus, the work reached the following conclusions: based on the notion of field proposed by Pierre Bourdieu, Information Science is a scientific field and its genesis is allied to human problems and informational technology. Most of their approaches is prior to the informational explosion in the postwar period and were incorporated from interdisciplinary relations, especially with the Library, Archival, Documentation, Museology and Computer Science. However, as the institutionalization as a scientific field, IS consolidated in the...
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Uma nova metodologia para o cálculo da informação acessível / A new approach to calculate the accessible information

Michael Ferreira de Souza 00 December 2007 (has links)
O uso de sistemas quâticos como parte de sistemas de comunicação tem sido fonte de interessantes problemas muitos ainda sem solução. No presente trabalho, apresentamos os conceitos básicos em teoria da informação e mecânica quântica necessários ao entendimento do problema do cálculo da informação acessível, cuja solução maximiza a informação mútua de Shannon para um canal definido por um ensemble de estados quâticos dados a priori. Propomos o uso do método de otimização global Branch and Bound aliado à aritmética intervalar para a estimação de limites mais precisos que os teóricos disponíveis para a informação acessível. Experimentos numéricos e resultados relacionados são apresentados. / The use of quantum systems as part of the communication systems has been source of interesting problems many without solution. In the present work, we show the basic concepts of information theory and quantum mechanics necessary to understand the accessible information problem, whose solution maximizes the Shannon mutual information for a channel defined by an ensemble of quantum states given a priori. In order to estimate more precise bounds for accessible information, we propose the use of Branch and Bound method with interval arithmetic. Numerical experiments and related results are exhibited.
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Do absoluto em Spinoza : fundamentos para a ação individual

Fachinelli, Lucas Sartor 29 June 2017 (has links)
Esta dissertação tem como objetivo encontrar a relação entre a unidade de Deus conceituado por Spinoza e a pluralidade de possibilidades de ação humana. Para chegar a tal ponto, é analisado o problema denominado por alguns comentadores como a passagem dos modos e atributos infinitos (de Deus) para os modos finitos. Este ponto se dá por não existir uma clareza nas partes finais da primeira sessão da Ética de Spinoza, deixando em aberto diversas interpretações possíveis. De posse desta análise são apresentados os conceitos chaves para o trabalho que foi realizado, entre eles a teoria da informação e análises matemáticas sobre o infinito, culminando na apresentação do conceito de entropia, que consiste na energia da possibilidade. O trabalho demonstra, com uma abordagem na teoria da ação, como é possível a partir de um Deus, através da lei da entropia, existir um mundo de infinitos modos (coisas) finitos. Conclui-se por fim, que da mesma forma da existência finita dos modos, as ações humanas estão em um reino do possível, não sendo totalmente determinadas, mas todas com causas possíveis e previsíveis, seja em Deus, seja nos afetos humanos. / Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2017-09-28T16:28:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lucas Sartor Fachinelli.pdf: 1381392 bytes, checksum: c640bdc0dc057d85806f3b8ceea96be1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-28T16:28:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lucas Sartor Fachinelli.pdf: 1381392 bytes, checksum: c640bdc0dc057d85806f3b8ceea96be1 (MD5) Previous issue date: 2017-09-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq. / This dissertation aims to find the relationship between the unity of God as conceived by Spinoza and the plurality of possibilities of human action. To reach this point, the problem called by a few commentators as the passage from infinite modes and atributes (of God) to finite modes is analyzed. This is because there is no clarity in the final parts of the first session of the Ethics, leaving several possible interpretations. The second part presents the key concepts for the work that has been done, among them information theory and mathematical analyzes on infinity, culminating in the presentation of the concept of entropy, which consists of the energy of possibility. The essay demonstrates, with an approach on action theory, how it is possible from one God, through the law of entropy, to exist a world of infinite finite modes (things). In conclusion, in the same way as the existence of finite modes, human actions are in a realm of the possible, not being totally determined, but all with possible and foreseeable causes, whether from God or from the human's affections.
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Os meios de comunicação em situações de guerra dos Estados Unidos da América : um estudo teórico-histórico-mediático

Paulino, Rafael Rodrigues 08 1900 (has links)
Dissertação (mestrado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Comunicação, Programa de pós-graduação em Comunicação, 2009. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-08T22:08:47Z No. of bitstreams: 1 2009_RafaelRodriguesPaulino.pdf: 503282 bytes, checksum: 411626bc3733b6cb26f728bf15dab039 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-05-08T22:12:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_RafaelRodriguesPaulino.pdf: 503282 bytes, checksum: 411626bc3733b6cb26f728bf15dab039 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-05-08T22:12:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_RafaelRodriguesPaulino.pdf: 503282 bytes, checksum: 411626bc3733b6cb26f728bf15dab039 (MD5) / O advento dos meios técnicos de comunicação na era industrial deu nova dimensão à vida em sociedade, e também a um estado muito particular dessa convivência: a guerra. A história dos Estados Unidos da América nos oferece elementos privilegiados para entendermos tanto os meios de comunicação como a guerra, e demonstra questionamentos bastante relevantes na interação desses dois elementos. A finalidade do trabalho é o de identificar as principais peculiaridades teóricas no estudo da comunicação de guerra e articular os conceitos extraídos da literatura teórica do saber comunicacional com um panorama histórico daquele país, com maior atenção às relações entre os meios de comunicação e o governo em situações de conflito. O estudo dessa interação nos permitiu revalidar as teorias do paradigma hipodérmico, levando em conta seus desdobramentos, evoluções e exceções ao longo do tempo. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The advent of the technical means of communication in the industrial age has given a new dimension to life in society as a whole and to a very particular state of it: war. The history of the United States of America offers a number of features and elements concerning both means of communication and war, and offers very relevant questions on the interactions of these two elements. The aim of this dissertation is to identify the main theoretical peculiarities in the study of war communications and articulate the concepts extracted from the theoretical literature in the field of communications with a historical panorama of the United States, highlighting the relations between the media and government in a conflict situation. The study of this interaction has allowed us to revalidate the theories of the hypodermic paradigm, taking into account their main evolutions and exceptions through time.
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A study of social and economic evolution of human societies using methods of Statistical Mechanics and Information Theory / Estudo da evolução social e econômica de sociedades humanas através de métodos de Mecânica Estatística e Teoria de Informação

Bruno Del Papa 09 June 2014 (has links)
This dissertation explores some applications of statistical mechanics and information theory tools to topics of interest in anthropology, social sciences, and economics. We intended to develop mathematical and computational models with empirical and theoretical bases aiming to identify important features of two problems: the transitions between egalitarian and hierarchical societies and the emergence of money in human societies. Anthropological data suggest the existence of a correlation between the relative neocortex size and the average size of primates\' groups, most of which are hierarchical. Recent theories also suggest that social and evolutionary pressures are responsible for modications in the cognitive capacity of the individuals, what might have made possible the emergence of different types of social organization. Based on those observations, we studied a mathematical model that incorporates the hypothesis of cognitive costs, attributed for each cognitive social representation, to explain the variety of social structures in which humans may organize themselves. A Monte Carlo dynamics allows for the plotting of a phase diagram containing hierarchical, egalitarian, and intermediary regions. There are roughly three parameters responsible for that behavior: the cognitive capacity, the number of agents in the society, and the social and environmental pressure. The model also introduces a modication in the dynamics to account for a parameter representing the information exchange rate, which induces the correlations amongst the cognitive representations. Those correlations ultimately lead to the phase transition to a hierarchical society. Our results qualitatively agree with anthropological data if the variables are interpreted as their social equivalents. The other model developed during this work tries to give insights into the problem of emergence of a unique medium of exchange, also called money. Predominant economical theories, describe the emergence of money as the result of barter economies evolution. However, criticism recently shed light on the lack of historical and anthropological evidence to corroborate the barter hypothesis, thus bringing out doubts about the mechanisms leading to money emergence and questions regarding the inuence of the social configuration. Recent studies also suggest that money may be perceived by individuals as a perceptual drug and new money theories have been developed aiming to explain the monetization of societies. By developing a computational model based on the previous dynamics for hierarchy emergence, we sought to simulate those phenomena using cognitive representations of economic networks containing information about the exchangeability of any two commodities. Similar mathematical frameworks have been used before, but no discussion about the effects of the social network configuration was presented. The model developed in this dissertation is capable of employing the concept of cognitive representations and of assigning them costs as part of the dynamics. The new dynamics is capable of analyzing how the information exchange depends on the social structure. Our results show that centralized networks, such as star or scale-free structures, yield a higher probability of money emergence. The two models suggest, when observe together, that phase transitions in social organization might be essential factors for the money emergency phenomena, and thus cannot be ignored in future social and economical modeling. / Nesta dissertação, utilizamos ferramentas de mecânica estatística e de teoria de informação para aplicações em tópicos significativos ás areas de antropologia, ciências sociais e economia. Buscamos desenvolver modelos matemáticos e computacionais com bases empíricas e teóricas para identificar pontos importantes nas questões referentes à transição entre sociedades igualitárias e hierárquicas e à emergência de dinheiro em sociedades humanas. Dados antropológicos sugerem que há correlação entre o tamanho relativo do neocórtex e o tamanho médio de grupos de primatas, predominantemente hierárquicos, enquanto teorias recentes sugerem que pressões sociais e evolutivas alteraram a capacidade cognitiva dos indivíduos, possibilitando sua organização social em outras configurações. Com base nestas observações, desenvolvemos um modelo matemático capaz de incorporar hipóteses de custos cognitivos de representações sociais para explicar a variação de estruturas sociais encontradas em sociedades humanas. Uma dinâmica de Monte Carlo permite a construção de um diagrama de fase, no qual é possivel identificar regiões hierárquicas, igualitárias e intermediárias. Os parâmetros responsáveis pelas transições são a capacidade cognitiva, o número de agentes na sociedade e a pressão social e ecológica. O modelo também permitiu uma modificação da dinâmica, de modo a incluir um parâmetro representando a taxa de troca de informação entre os agentes, o que possibilita a introdução de correlações entre as representações cognitivas, sugerindo assim o aparecimento de assimetrias sociais, que, por fim, resultam em hierarquia. Os resultados obtidos concordam qualitativamente com dados antropológicos, quando as variáveis são interpretadas de acordo com seus equivalentes sociais. O outro modelo desenvolvido neste trabalho diz respeito ao aparecimento de uma mercadoria única de troca, ou dinheiro. Teorias econômicas predominantes descrevem o aparecimento do dinheiro como resultado de uma evolução de economias de escambo (barter). Críticas, entretanto, alertam para a falta de evidências históricas e antropológicas que corroborem esta hipótese, gerando dúvidas sobre os mecanismos que levaram ao advento do dinheiro e a influência da configuração social neste processo. Estudos recentes sugerem que o dinheiro pode se comportar como uma droga perceptual, o que tem levado a novas teorias que objetivam explicar a monetarização de sociedades. Através de um modelo computacional baseado na dinâmica anterior de emergência de hierarquia, buscamos simular este fenômeno através de representações cognitivas de redes econômicas, que representam o reconhecimento ou não da possibilidade de troca entre duas commodities. Formalismos semelhantes já foram utilizados anteriormente, porém sem discutir a influência da configuração social nos resultados. O modelo desenvolvido nesta dissertação foi capaz de empregar o conceito de representações cognitivas e novamente atribuir custos a elas. A nova dinâmica resultante é capaz de analisar como a troca de informações depende da configuração social dos agentes. Os resultados mostram que redes hierárquicas, como estrela e redes livres de escala, induzem uma maior probabilidade de emergência de dinheiro dos que as demais. Os dois modelos sugerem, quando considerados em conjunto, que transições de fase na organização social são importantes para o estudo de emergência de dinheiro, e portanto não podem ser ignoradas em futuras modelagens sociais e econômicas.
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Geometria diferencial e teoria da informação aplicada a análise de ensembles conformacionais de proteínas / Differential geometry and information theory application to protein conformational analyses

Antonio Marinho da Silva Neto 19 December 2017 (has links)
Um dos maiores desafios atuais na biologia estrutural é como lidar com flexibilidade de proteínas. Além do desafio experimental, uma limitação teórica é a falta de uma linguagem matemática conveniente para representação do espaço conformacional de proteínas. As representações mais populares apresentam diversas limitações, que se refletem nas dificuldades associadas à análise de ensembles conformacionais. Nesse contexto, a aplicação de geometria diferencial (GD) e teoria da informação (TI) foi pouco explorada. Neste trabalho investigamos o uso de descritores de GD e TI como uma representação matemática do espaço conformacional de proteínas aplicada à análise de ensembles conformacionais. O cálculo dos descritores de GD consiste em representar o backbone de proteínas como curvas espaciais e caracterizá-las utilizando os seus valores de curvatura, κ, e torção, τ . Baseado nesses valores, definimos medidas de flexibilidade, de distância entre conformações e aplicamos uma estratégia de clustering para identificação de estados conformacionais. Para permitir a aplicação de TI, desenvolvemos um sistema de codificação desses descritores para expressar cada conformação por uma sequência de símbolos finitos. A partir dessas sequências, definimos uma medida da informação associada a um resíduo, Rres, e a uma conformação, Rconf. Para investigar sua eficácia, aplicamos os métodos propostos aos ensembles conformacionais de três sistemas testes: 1) Ubiquitina, 2) E1-DBD do HPV18 e 3) as etapas de formação do complexo c-Myb-KIX. A análise da representação por geometria diferencial se mostrou igualmente eficaz ou superior aos métodos comumente utilizados em todos os sistemas analisados. O método é especialmente útil para monitoramento de estabilidade de hélices e para análise de proteínas e regiões muito flexíveis, pois evita a necessidade de sobreposição estrutural. Os valores de Rconf se apresentaram úteis para análise de processos de enovelamento e resíduos próximos a regiões funcionais tendem a apresentar maiores valores Rres. No entanto, o papel desses resíduos é incerto e mais estudos são necessários para determinar se há e qual é seu real significado. Apesar disso, as medidas de informação se mostraram úteis para comparação de estados conformacionais e permitem levantar hipóteses testáveis em laboratório. Por fim, a representação por GD é computacionalmente conveniente, intuitiva, evita todas as limitações dos métodos popularmente utilizados e se mostrou eficaz para análise de ensembles conformacionais. / One of the major challenges of modern structural biology is how to deal with protein flexibility. Besides the experimental difficulties, a relatively overlooked theoretical challenge is the lack of a proper mathematical language to represent proteín conformational space. The most popular representations have severe limitations, which reflects on the difficulties associated with conformational ensemble analyses. However, differential geometry (GD) and information theory (TI) can help to overcome such difficulties and were not well explored in this context. Here we investigate the usage of DG and TI as a mathematical representation of protein conformational space applied to the analyses of conformational ensembles. The DG descriptors calculation consists of representing protein backbone as a spatial curve and describes it by its curvature, κ, and torsion, τ . Based on those values, the distance between conformation and flexibility measurements were defined and a clustering algorithm was applied to identify conformational states. For the application of TI, a coding system for DG descriptors was developed to express each conformation as a sequence of finite symbols. Based on those sequences, information measurements associated to a residue, Rres, and to a conformation, Rconf , were defined. To investigate its efficacy, the proposed method was applied to conformation ensembles of three test systems: 1) Ubiquitin, 2) E1-DBD of HPV18 and 3) the steps of c-Myb-KIX binding. The DG analyses show equally good or superior performance when compared with popular methods on all tested system. In addition, the methods are especially useful to monitoring helix stability and analyses of very flexible proteins (or regions), since avoids the necessity of superposing structures. The values of Rconf are useful to compare different steps of a folding process and residues near regions involved in binding events tend to present higher values of Rres. However, those residues importance is uncertain and further studies are necessary to determinate if and how those can contribute to protein function. Nevertheless, the information measurements were informative on the comparison of compare conformational states and allow to formulate a testable hypothesis. On the other hand, the GD representation is computationally convenient, intuitive and avoid most of the limitations of the popular method applied to conformational ensemble analyses.
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Quantum non-Markovianity induced by classical stochastic noise / Não-Markovianidade quântica induzida por ruído estocástico clássico

José Inácio da Costa Filho 26 July 2017 (has links)
One of the main goals of the theory of open quantum systems is to devise methods which help preserve the quantum properties of a system interacting with its environment. One possible pathway to achieve this goal is to use non-Markovian reservoirs, characterized by information backflows and revivals of certain quantum properties. These reservoirs usually require advanced engineering techniques, which may turn their implementation impractical. In this dissertation we propose an alternative technique: the injection of a classical colored noise, which induces the desired quantum non-Markovianity. In order to do that, we investigate the dynamics of a quantum system interacting with its surrounding environment and under the injection of a classical stochastic colored noise. A time-local master equation for the system is derived by using the stochastic wave function formalism and functional calculus. Afterwards, the non-Markovianity of the evolution is detected by using the Andersson, Cresser, Hall and Li measure, which is based on the decay rates of the master equation in canonical Lindblad-like form. Finally, we evaluate the measure for three different colored noises and study the interplay between environment and noise pump necessary to induce quantum non-Markovianity, as well as the energy balance of the system. / Um dos objetivos principais da teoria de sistemas quânticos abertos é desenvolver métodos que ajudem a preservar as propriedades quânticas de um sistema interagindo com o ambiente. Um possível caminho para alcançar essa meta é usar reservatórios não-Markovianos, caracterizados por refluxos de informação e renascimento de certas propriedades quânticas. Esses reservatóris geralmente requerem o uso de técnicas avançadas de engenharia, o que pode tornar sua implementação impraticável. Nessa dissertação nós propomos uma técnica alternativa: a injeção de um ruído colorido clássico, o qual induz a desejada não-Markovianidade quântica. De modo a fazer isso, nós investigamos a dinâmica de um sistema quântico interagindo com o ambiente e sob a injeção de um ruído colorido clássico estocástico. Uma equação mestra local no tempo é derivada usando-se do formalismo da função de onda estocástica e de técnicas de cálculo funcional. Após isso, a não-Markovianidade da evolução é detectada através da medida de Andersson, Cresser, Hall e Li, a qual é baseada nos coeficientes da equação mestra na forma de Lindblad-like canônica. Finalmente, nós calculamos a medida para três diferentes ruídos coloridos e estudamos a relação entre o ambiente e o bombeio estocástico necessária para induzir não-Markovianidade quântica, assim como o balanço de energia do sistema.
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Direito autoral, acesso aberto e a universidade pública brasileira / Authorship rights, Open Access and Brazil\'s public universities

Carlos Henrique Jacob 01 October 2014 (has links)
O século 20 pode ser identificado como a época em que o modelo de relações sociais e uma série de convenções políticas e comportamentais, públicas e privadas, estabelecidas a partir de meados do século 17, começam a ruir. Com novas maneiras de publicização e novos comportamentos sociais, compreendendo desde iniciativas como o Acesso Aberto, formas colaborativas de produção, questionamento do papel do autor na produção da obra, passando pela pirataria, a influência da legislação de direito autoral sobre a publicização da produção intelectual das universidades públicas tem na contemporaneidade grande importância, ainda por tratar-se de um fenômeno em andamento. Tendo em vista a relevância da produção intelectual universitária e seu papel social, este trabalho se propõe a verificar, com uma remissão histórica, a influência e as limitações impostas pela atual legislação de direito autoral brasileira em sua divulgação e publicização, através de interpretação da legislação e da verificação do papel de sujeitos como autores/pesquisadores/docentes, alunos e consumidores da indústria cultural. Conclui-se que a legislação de direito autoral ora em vigor no Brasil afeta de maneira deletéria a divulgação e reutilização da produção intelectual das universidades bem como seu acesso pela da sociedade, por caracterizar como necessária a autorização por parte de todos os autores de determinada obra quando se deseja reutilizá-la para quaisquer finalidades, inclusive educacionais. A adesão institucional ao Acesso Aberto, assim como o incentivo da utilização de licenças de uso (em que os autores autorizam previamente a utilização da obra sob determinadas circunstâncias e condições), podem vir a mitigar esses problemas. Outrossim, o avanço da utilização de tecnologias tem favorecido comportamentos relacionados à produção colaborativa e facilitado a remixagem, reutilização e distribuição de produção intelectual, à margem da legislação. O Acesso Aberto, ao promover a liberação à sociedade da produção intelectual das universidades públicas, pode também ser considerado um instrumento para a legitimação do caráter público e gratuito do ensino superior ao tornar tal produção um bem social. / The 20th century can be identified as the time when a series of political and behavioral conventions, established from the 17th century, begin to crumble. The relevance of Copyright Law related to public universities\' intellectual output of cannot be denied in face of new methods of publicizing, new social behavior patterns, questioning of the author\'s role, media piracy and initiatives such as Open Access and collaborative ways of working. Having in mind the social relevance of public universities\' intellectual output, this work intends to verify, after a historical remission, the influences and limitations imposed by current Brazilian authorship law on its publicization, considering the role of authors, researchers, students and cultural industry customers. This work concludes that the current legislation in Brazil has a deleterious effect on publicizing and reuse of public universities\' intellectual output once it demands, for the use, reuse and remix of any work, express authorization from everyone involved in the authorship of said work. Institutional upholding to Open Access, promoting the use of copyright licenses (in which authors previously authorize the use of his intellectual output under determined conditions and circumstances), can help mitigate this problem. Moreover, the use of technologies has favored collaborative production, remixing, reuse and sharing of works, despite the restrictiveness of legislation. The Open Access initiative can be considered an instrument for legitimizing the public and tuition free character of many of Brazil\'s universities, by turning their output into a social good.

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