Les échanges commerciaux s'intensifient et s'étendent à l'ensemble de la planète. Le consommateur est exigeant et sensible à la qualité et à l'origine des produits alimentaires qu'il achète. Devant la difficulté de mettre en place des systèmes documentaires dans les pays d'Afrique sub-saharienne, des nouvelles stratégies de traçabilité émergent. Parmi les nouveaux moyens de tracer les produits d'origine végétale, l'idée de créer un « code barre biologique » basé sur l'analyse des ADN de microorganismes présents sur les fruits est une piste intéressante. Cette thèse est l'objet d'étude d'un WP dirigé par D. Montet obtenu dans le cadre du projet Inco Innovkar géré par JM Bouvet de l'UR 39. Cette méthode repose sur l'hypothèse que la microflore commensale du fruit de karité est spécifique entre autre d'une zone géographique de production. L'écologie des bactéries, levures et moisissures seront étudiées par le thésard sur le karité et le Physalis, une plante à fruit de la même zone géographique à fort potentiel commercial. L'analyse biochimique des fruits ainsi que l'activité antimicrobienne de certaines molécules sera étudiée (physaline). / Trade intensified and spread to the entire planet. The consumer is demanding and sensitive to the quality and origin of food products they buy. Given the difficulty of setting up documentation systems in countries in sub-Saharan Africa, new strategies are emerging traceability. Among the new means of tracing products of plant origin, the idea of creating a "biological bar code" based on the analysis of DNA of microorganisms on fruit is an interesting idea. This thesis is the subject of a study conducted by D. Montet WP obtained under the Inco project managed by JM Bouvet Innovkar of UR 39. This method assumes that the commensally microflora of the fruit of Shea is among other a specific geographical area of production. The ecology of bacteria, yeasts and molds will be reviewed by the PhD student on Shea butter and Physalis, a plant with fruit of the same geographical area with high commercial potential. Biochemical analysis of fruit and antimic robial activity of certain molecules will be studied (physaline).

Le domaine extrêmement sensible de la production de services aux personnes est fortement dynamisé par de puissantes associations qui administrent des établissements et services professionnels avec une efficacité reconnue. Pour autant, la puissance publique qui finance très largement ces établissements a engagé par la voie réglementaire une dynamique de modernisation organisationnelle qui implique une évolution extrêmement sensible des pratiques, des conceptions, des logiques d’action collective, des métiers et professions, et des formes organisationnelles. Cette évolution, inscrite dans l’ordonnance du 24 avril 1996 pour le secteur sanitaire et la loi du 2 janvier 2002 pour le secteur médico-social, suppose que ce secteur professionnel soit capable d’imaginer des solutions innovantes, notamment pour l’évaluation des processus professionnels et l’amélioration continue de la qualité des services. Dans un contexte de crise générale des modalités de management des ressources, les innovations organisationnelles sont imaginées dans des logiques d’autonomie au travail et de traçabilité. Les problèmes de communication et de recompositions organisationnelles, d’écriture et de langages professionnels, et autres particularités micro-culturelles sont analysées dans le cadre d’une observation-participante afin de comprendre les mutations professionnelles. à l’oeuvre depuis la loi du 2 janvier 2002 et l’ordonnance du 24 avril 1996 / The highly sensitive domain of services delivery to persons is mostly under the command of powerful NGO’s managing institutions and professional services with high efficiency. Meanwhile, the state which is the main financial source of these institutions has initiated through regulations a movement of organizational modernization which leads to extremely controversial changes in interventions, in representations, in strategies of collective actions, among trades and professions as well as in organizational structures. This development, present in the regulation of April 24, 1996, for the health domain, and the law of January 2nd, 2002, for the medico-social domain, implies that the professional domain be able to formulate innovative solutions, especially with regard to the evaluation of professional actions, and to the on-going improvement of the quality of services. In a context of a global crisis concerning the ways of managing resources, organizational innovations are conceived according to an approach centering on work autonomy and follow-up. Problems of communication and organization overhaul, of professional discourses and stylistics, and other mini-cultural issues are analyzed through a method of participant-observation in order to understand professional mutations taking place since the law of January 2nd, 2002, and of the regulation of April 24th, 1996

En médecine, le diagnostic est la démarche par laquelle le médecin, généraliste ou spécialiste vadéterminer l’affection dont souffre le patient, et qui va permettre de proposer un traitement. Il reposesur la recherche des causes (pathologie) et des effets (symptômes) de l’affection. Un diagnosticmédical efficace doit aujourd’hui int égrer des analyses multidisciplinaires tant au niveau des donnéesque des experts: et compte tenu de la r épartition géographique (par exemple de la désertificationm´ edicale), il peut être compliqué de réunir au même endroit les experts.L’ évolution des technologies de communication, en particulier Internet, a ouvert de nouvelles possibilités dans le domaine des applications collaboratives à distance et tout particulièrement celuidu t élé-diagnostic médical : par exemple un panel d’experts distants se réunit virtuellement parl’intermédiaire d’une salle d’examen virtuelle qui favorisera la collaboration afin de coproduire undiagnostic. Mais dans le domaine de la médecine, l’aspect médico-l égal est crucial, et il a freinéledéveloppement de ces pratiques à distances.Dans ce contexte, nous avons développé une plateforme appelée COOVADIS (COllabOrative VAscularDIagnoSis) qui permet la traçabilité dans de telles applications en s’appuyant sur trois ontologiesoriginales (ontologie de la pathologie, ontologie du diagnostic et ontologie de traçabilité). Cette plateformed’aide `a la collaboration entre professionnels de santé à été implémentée en mode SaaS(Software as a Service) sous la forme d’un serveur Web, et validé d’un point de vue théorique et clinique. / In medicine, physicians (general practitioner or specialist) realize a diagnosis to determine patients’disease and propose an adapted treatment. This diagnosis is based on research of causes (pathologies)and effects (symptoms) of affection. Today, to realize an effective medical diagnosis, it isimportant to realize a multidisciplinary analysis at a data level. But it is also important to make worktogether experts from different domains. A problem can happen if these experts do not work in thesame place. Thus, how is it possible to ease the way to collaborate together?With evolutions of communication technologies and more particularly Internet, it is easier to developremote collaborative applications. One of the fields covered by theses applications is telemedicineand telediagnosis. Thus, a remote panel of experts can meet together virtually through a virtual roomto ease diagnosis collaboration and co-production. Despite everything, forensic aspects slowed downdevelopment of remote practices due to privacy and personal information sharing.In this context, we developed a platform called COOVADIS (COllabOrative VAscular DIagnoSis) thatenables traceability in such applications based on three original ontologies (pathologies ontology,diagnosis ontology and traceability ontology). This framework was implemented in SaaS (Softwareas a Service) as a web server, to support the collaborative work between health professionals. It wasalso validated from a theoretical and clinical point of view.

Ces travaux de thèse, menés dans le cadre du projet FUI Traçaverre, visent à optimiser le rappel pour un processus qui n'est pas de type batch avec une traçabilité unitaire des articles produits. L'objectif étant de minimiser le nombre d'articles rappelés tout en s'assurant que tous les articles avec défaut sont rappelés. Pour cela, nous avons proposé un processus de rappel efficient qui intègre, d'une part, les possibilités offertes par la traçabilité unitaire et, d'autre part, utilise une fonction de diagnostic devenue indispensable avant le rappel effectif des produits. Dans le cas des systèmes industriels complexes pour lesquels l'expertise humaine est insuffisante et dont nous n'avons pas de modèle physique, la traçabilité unitaire offre une possibilité pour mieux comprendre et analyser le procédé de fabrication par une reconstitution de la vie du produit à travers les données de traçabilité. Le couplage des données de traçabilité unitaire produit/process représente une source potentielle de connaissance à mettre en oeuvre et à exploiter. Ces travaux de thèse proposent un modèle de données pour le couplage de ces données. Ce modèle de données est basé sur deux standards, l'un dédié à la production et l'autre portant sur la traçabilité. Après l'identification et l'intégration des données nécessaires, nous avons développé une fonction de diagnostic à base de données. La construction de cette fonction diagnostic a été réalisée par apprentissage et comprend l'intégration des connaissances sur le système pour réduire la complexité de l'algorithme d'apprentissage. Dans le processus de rappel proposé, lorsque l'équipement à l'origine du défaut nécessitant le rappel est identifié, l'état de santé de cet équipement au voisinage de l'instant de fabrication du produit contrôlé défectueux est évalué afin d'identifier les autres produits susceptibles de présenter le même défaut. L'approche globale proposée est appliquée à deux études de cas. La première étude a concerné l'industrie verrière. Le second cas d'application a porté sur le process benchmark Tennessee Eastman / This thesis, which is part of the Traçaverre Project, aims to optimize the recall when the production process is not batch type with a unit traceability of produced items. The objective is to minimize the number of recalled items while ensuring that all items with defect are recalled. We propose an efficient recall procedure that incorporates possibilities offered by the unitary traceability and uses a diagnostic function. For complex industrial systems for which human expertise is not sufficient and for which we do not have a physical model, the unitary traceability provides opportunities to better understand and analyse the manufacturing process by a re-enactment of the life of the product through the traceability data. The integration of product and process unitary traceability data represents a potential source of knowledge to be implemented and operate. This thesis propose a data model for the coupling of these data. This data model is based on two standards, one dedicated to the production and the other dealing with the traceability. We developed a diagnostic function based on data after having identified and integrated the necessary data. The construction of this diagnosis function was performed by a learning approach and comprises the integration of knowledge on the system to reduce the complexity of the learning algorithm. In the proposed recall procedure, when the equipment causing the fault is identified, the health status of this equipment in the neighbourhood of the manufacturing time of the defective product is evaluated in order to identify other products likely to present the same defect. The global proposed approach was applied to two case studies. The first study focuses on the glass industry. The second case of application deals with the benchmark Tennessee Eastman process

Le processus de développement logiciel est composé d'un grand nombre d'étapes qui intègrent de plus en plus d'outils. Les chaînes de développement de systèmes critiques (aéronautique, domaine médical) font appel à des outils de génération de code basés sur des modèles. Cette complexification a des conséquences sur la vérification des logiciels critiques. Les contraintes légales imposant qu'ils soient certifiés, la qualification des outils utilisés lors de leur développement est nécessaire. Dans cette thèse, nous nous proposons d'aider le processus de qualification en élaborant des méthodes et outils pour le développement fiable. Pour ce faire, nous présentons une méthode hybride de transformation de modèles par réécriture. Nous nous appuyons sur le langage Tom qui fournit de nouvelles fonctionnalités aux langages généralistes par l'ajout de constructions dédiées. Nous proposons aussi une traçabilité de ces transformations afin de répondre aux exigences de la qualification. La trace générée peut être utilisée a posteriori à des fins de vérification. / Software development process is composed of steps which integrate an increasing number of tools. Development chains for critical systems (avionics, health field) have gradually adopted model-based code generation tools. This increase of complexity has consequences on critical software verification. As legal constraints require to certify them, tools used during the development have to be qualified. In this thesis, we propose to help the qualification process by providing methods and tools for liable development. To do so, we present an hybrid models transformation method based on rewriting. We rely upon Tom language which provides new features to general purposes languages by adding dedicated constructs. We also propose a traceability in order to respect qualification requirements. The generated trace can then be used for verification purpose

Face aux crises sanitaires ayant secoué le secteur agroalimentaire ces dernières années telles que la maladie de la vache folle, les exigences législatives et normatives en matière de sécurité sanitaire des aliments deviennent de plus en plus draconiennes. A titre d'exemple, le règlement CE 178/2002 stipule, notamment, l'obligation que chaque entreprise dispose de moyens lui permettant d'assurer la traçabilité des denrées qu'elle met sur le marché. C'est dans ce contexte que nous avons mené un travail de recherche-action dont l'ambition est de contribuer à asseoir des bases méthodologiques et conceptuelles pour traiter la problématique de la traçabilité des produits alimentaires. Notre approche part d'une analyse fonctionnelle du besoin visant notamment à identifier les bénéficiaires d'un système de traçabilité (noté ST), à caractériser ses fonctions de service et proposer des critères quantifiables permettant d'en apprécier la performance. Après cette phase fonctionnelle, nous enchaînons sur une phase technique consistant à définir et caractériser les fonctions techniques réalisées par le ST dans le but de répondre aux attentes de ses bénéficiaires. Des exemples de solutions et des critères d'appréciation mesurables sont associés à chaque fonction. Ensuite, nous proposons un modèle de données générique décrivant la nature et la structure des informations que le ST doit pouvoir gérer. Sur ces bases, nous avons développé une plate-forme informatique composée d'un ensemble de modules destinés à la restitution des données de traçabilité et au pilotage du ST

Les évolutions rapides des exigences des clients, des technologies, des organisations, des méthodes et des outils de conception demandent aux concepteurs de développer constamment leurs compétences pour maintenir ou accroître les performances des projets de développement de nouveaux produits. Dans ce contexte, les managers et les concepteurs ont besoin d'outils pour les aider à améliorer le pilotage des compétencesmobilisées dans leurs activités. Notre contribution à cette problématique est double : d'une part, une modélisation des situations de travail pour réaliser la traçabilité des activités de conception et d'autre part, une approche floue pour caractériser les compétences. Pour la formalisation du concept de situation, nous avons proposé un cadre conceptuel définissant la situation par un ensemble d'entités qui participent, par des rôles spécifiques, à différentes interactions. Sur la base de ces concepts, nous avons proposé une modélisation UML de la situation pour structurer l'historique des activités de conception. Pour la caractérisation des compétences, nous avons proposé un modèle de la compétence regroupant un ensemble de connaissances techniques et quatre types de capacités estimées par une note relative. Le processus de caractérisation s'effectue sur deux étapes. La première est une qualification des différentes caractéristiques de la situation par des variables linguistiques. La deuxième est réalisée par un système de logique floue qui convertit le résultat de l'étape de "qualification de la situation" en valeur estimée des composants de la compétence associée. Notre première application en milieu industriel ouvre de nouvelles pistes de recherche. Elle nous a permis de confirmer la possibilité d'utiliser ce "principe de solution" pour répondre à d'autres problématiques de pilotage des compétences.

Le travail de la thèse porte sur la problématique de l'évolution des exigences et son analyse d'impact sur la sécurité. Au cours du développement des systèmes, les parties prenantes demandent l'application des évolutions, afin d'améliorer leurs fonctionnalités. L'occurrence d'une évolution affecte plusieurs aspects comme: la sécurité, le coût du développement et les délais. Lorsque le développement concerne un système complexe où le nombre des exigences est de l'ordre de dizaines de milliers, alors les demandes des évolutions rendent l'analyse d'impact du changement de plus en plus difficile. Malheureusement, la problématique de l'évolution des exigences n'est pas encore complètement résolue en milieu industriel. Notre étude est située dans le contexte d'ingénierie système et ingénierie des exigences, en intégrant des modèles formels et outils supports associés pour la vérification des propriétés de sécurité. La méthodologie est basée sur la norme industrielle de l'EIA-632 et sur le format VOLERE d'ingénierie des exigences en intégrant un modèle de traçabilité. De cette démarche ingénierie système, on a développé une méthodologie associée et un système d'information du processus de changement/évolution des exigences. Enfin, ce travail présente la méthodologie de la recherche d'impact lors de la demande de changement, et les outils qui supportent la méthodologie de la recherche d'impact, en se basant sur la méthode formelle (RAISE), qui nous permet d'analyser l'impact de l'évolution sur la sécurité.

La mondialisation des marchés alimentaires ainsi que la facilité avec laquelle les produits sont transportés à travers et entre les pays, a pour impact que les consommateurs sont de plus en plus préoccupés par l'origine des aliments qu'ils consomment. Ainsi, un nombre croissant d'articles scientifiques ont été publiés au cours de cinq dernières années concernant l'utilisation de l'abondance naturellement variable des isotopes comme traceurs pour déterminer la provenance géographique des aliments. Le fromage fait partie des aliments qu'il est possible de retracer grâce à ces méthodes. Le concept de terroir est la combinaison des influences climatiques (isotopes stables), géologique (isotope Sr) et anthropogéniques (producteur de fromage) qui donnent un caractère (goût) particulier à un produit tel que le fromage. L'objectif premier de cette recherche est de vérifier la faisabilité d'une méthode permettant de déterminer la provenance géographique des fromages fins du Québec en utilisant les isotopes stables (H, O, C, N) et le strontium comme indicateur du climat et de provenance géologique afin de renforcer l'utilisation du concept de terroir pour les producteurs locaux. Six fromageries artisanales provenant de différentes régions du Québec ont été échantillonnées pour des fromages de vache et de chèvre. Grâce aux résultats obtenus, nous sommes en mesure de démontrer qu'il est possible de retracer les fromages québécois à l'aide d'isotopes stables et radiogéniques. L'oxygène et l'hydrogène nous permettent de différencier les différents milieux climatiques, mais dû aux variabilités saisonnières, il nous est impossible de distinguer les fromageries sur une plus petite échelle. Par contre, lorsque nous utilisons les compositions isotopiques du strontium combiné avec celles de l'oxygène, nous sommes en mesure de distinguer les fromageries appartenant au même milieu climatique jusqu'à l'échelle locale. D'autre part, le carbone et l'azote nous permettent de différencier si une fromagerie utilise des techniques de fertilisation différentes des autres ou si une fromagerie donne une alimentation particulière à ses animaux. Nous nous sommes finalement servis de ces conclusions afin de faire la distinction entre les fromages commerciaux et internationaux fournissant ainsi aux producteurs locaux du Québec des outils leur permettant de certifier la provenance de leurs fromages et de renforcer l'appellation du terroir québécois. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Fromage, Fromagerie, Isotopes stables, Isotopes radiogéniques, Hydrogène, Oxygène, Carbone, Azote, Strontium, Retraçage géographique, Terroir québécois.

Mes travaux de recherche concernent la méthodologie expérimentale pour la Recherche en Informatique Centrée Humain (RICH). Il s’agit des domaines de la recherche en informatique qui intègrent des utilisateurs pour construire de la connaissance scientifique et des outils supports à cette recherche. A titre d’exemple, nous pouvons citer les domaines concernés comme le domaine des Systèmes d’Information (SI), de l’Ingénierie des Interfaces Homme-Machine (IIHM) ou celui des Environnements Informatiques pour l'Apprentissage Humain (EIAH). Dans ces travaux de recherche se pose le problème du processus de conduite de la recherche et de la traçabilité des résultats et de la qualité des données. L’objectif de cette thèse est de proposer un processus de conduite de la recherche qui accompagne le chercheur tout au long de ce processus en lui fournissant des moyens pour intégrer des méthodes de production des données issues des sciences humaines et sociales et des outils pour garantir la traçabilité de ce processus. Cette méthode offre des outils conceptuels et techniques pour garantir la traçabilité du processus de conduite de la recherche. Elle porte le nom de THEDRE pour « Traceable Human Experiment Design Research ». Ce travail de formalisation d’un processus de conduite de la recherche a été une opportunité pour créer un langage de modélisation des processus de conduite de la recherche. La construction de ce langage et de cette méthode repose sur des expérimentations conduites depuis 2008 dans le domaine de la RICH. / My research focuses on the experimental methodology for research in human centered computer science (RICH). It concerns areas of informatics research that integrate users to build scientific knowledge and supporting tools for this research. As example, we can mention the fields concerned, such as the field of Human Computer Interface (HCI) or the Technology for Enhance Learning (TEL). The objective of this thesis is to propose a method which accompanies researchers in the integration of the methods of data production from the humanities and social sciences. In this research the problem of the traceability of the results and the quality of the data arises. This method provides conceptual and technical tools to ensure the traceability of the research conduct process. It is called THEDRE for "Traceable Human Experiment Design Research". This work of formalizing a process of conducting research has been an opportunity to create a modeling language for conducting research processes. The construction of this language and method relies on experiments carried out since 2008 in the field of RICH.