Cette thèse porte sur l'exploitation d'une population nomade afin de colporter des informations dites 'atomiques' de rencontres entre entités fixes ou mobiles pour des applications diverses basées sur la localisation et la traçabilité. Répondre à ces besoins en milieux confinés s'avère un défi, que ce soit dans un contexte industriel, médical ou social. Parmi les solutions existantes, le système GPS (Global Positioning System) offre des résultats encourageants lorsqu'il s'agit de connaître une position en extérieur. Cette solution n'est plus utilisable en intérieur tel que dans une mine par exemple, en raison des caractéristiques du signal fortement perturbées dans ce type de milieu. Le fil directeur de ce travail consiste à proposer un modèle utilisant la technologie des réseaux de capteurs sans fil afin de modéliser et de trouver des solutions à des problématiques allant de la localisation en milieux confinés au suivi et à la reconstitution de trajectoires d'entités mobiles. Les solutions proposées dans cette thématique doivent être tolérantes aux délais. Après avoir présenté les constituants de notre modèle générique de colportage, une instanciation de ce modèle a permis de nous pencher sur un cas de localisation et de traçabilité dans un espace confiné. Les résultats de simulation et d'expérimentation ont montré l'impact de notre mécanisme de colportage sur la qualité de l'information recensée concernant les déplacements et les rencontres des entités mobiles. Outre la proposition d'un modèle générique, la contribution de cette thèse comporte des mécanismes de colportage (et de filtrage) de l'information par des entités mobiles contraintes en taille mémoire.

De nouveaux modèles logistiques, tels que l’Internet Physique, proposent une rupture dans le mode acheminement de marchandises au sein de réseaux de plus en plus interconnectés. Cette interconnexion requiert l’usage de systèmes d’informations innovants relevant de l’Internet des Objets, pour tracer et router ces marchandises en boucle ouverte. Cette double redéfinition des flux informationnels et physiques est à même d’impacter les métiers logistiques et leurs business models. Au cours d’une recherche sous contrat CIFRE pour le compte d’un consortium, nous étudions cette question en trois temps : Par une expérimentation de technologies de track et trace standardisées au sein d’un service de gestion de supports logistiques réutilisables, Par l’identification des nouvelles logiques de valeur induites, Par l’observation de l’impact de ces nouvelles offres technologies/business sur les services logistiques en place. Nos résultats valident l’intérêt de ces systèmes d’informations pour tracer les conteneurs au sein de l’Internet Physique. Une gamme de nouvelles tactiques induites par ces nouveaux modèles informationnels et physiques est proposée. Cependant, les business models au sein de ce réseau logistique ne sont pas, à ce stade d’expérimentation, impactes par les nouvelles logiques du numérique. / New logistics model, such as the Physical Internet, offer a breakthrough in the way goods are routed inside networks that are more and more inter-connected. This inter-connection requires innovative, Internet-of-Things-like, information systems for tracking and routing those goods within open loops. This double redefinition of physical and digital flows is bound to impact logistics service providers professions and their business models. Through an action-research on be-half of an industrial consortium, we study this question in three steps : by experimenting track and trace standardized technologies used to manage returnable transport items, by identifying new value logics induced by these new technological means, and finally observing how these new technologies and businesses impact the logistics services in place. Our results validate the benefit of these new information systems to trace logistical units within the Physical Internet. A range of new business tactics induced by those new digital and physical models is proposed. However, to the extent of our research, the logistic’s network business models are not yet impacted by these new digital logics.

En raison du vieillissement de la population, la maladie d’Alzheimer (MA) est devenue un problème majeur en santé public. Le dosage des biomarqueurs présents dans le liquide céphalorachidien (Ab 1-42, tau et hepcidine) étant de bons indicateurs précoces de l’apparition et de l’évolution de la MA, il paraît essentiel de disposer de mesures fiables. Etablir la traçabilité métrologique des résultats aux unités du système international par le biais de méthodes de référence primaires ou de matériaux de référence certifiés d’ordre supérieur est un moyen privilégié pour évaluer et améliorer la fiabilité et la comparabilité des résultats dans le temps et entre les laboratoires. Des méthodes de dosages par LC-MS/MS pour ces trois biomarqueurs ont été développées et validées. Pour le dosage de l’hepcidine, la pureté de l’étalon peptidique a fait l’objet d’une caractérisation approfondie par spectrométrie de masse haute résolution qui permettra de standardiser les dosages de routine à l’échelle internationale.Mots clés : Peptides b amyloïdes, Protéine tau, Hepcidine, Biomarqueurs, Protéomique Clinique, Traçabilité métrologique, Spectrométrie de masse / Due to the aging of population, Alzheimer’s disease (AD), is becoming a major public health concern. Measurement of biomarkers (Amyloid Beta, tau and hepcidin) in cerebrospinal fluid being early diagnostic indicators of AD, reliable measurements are needed to detect and quantify them accurately. Establishing metrological traceability of results to the International System of Units through primary reference methods or higher-order certified reference materials is a privileged mean to assess and improve results accuracy and comparability across laboratories. Assays for these three biomarkers were set up and validated by LC-MS/MS. The hepcidin standard was further characterized by high resolution mass spectrometry, paving the road toward standardization at the international scale of results.Key words : b amyloids peptides, Tau protein, Hepcidin, Biomarkers, Clinical proteomic, Metrological traceability, Mass spectrometry

L’ étude de la littérature montre que la sensibilité au contexte est devenue un élément primordial pourla mise en place des services adaptatifs dans les applications interactives pervasives. Le contexten’est plus un modéle préétabli et prédéfini au moment de la conception des systèmes des applicationsinteractives mais plutôt une description dynamique des situations courantes qui peuvent êtredécouvertes dans les données de contexte et qui peuvent changer dynamiquement en fonction deschangements des exigences et des préférences des utilisateurs. Les applications pervasives doiventpouvoir s’exécuter dans différents contextes d’utilisation selon l’environnement de l’utilisateur, sonprofil, le terminal qu’il utilise, sa localisation, . . . Afin de répondre aux différentes exigences d’adaptationaux changements dynamiques des situations contextuelles, nous proposons des m´ecanismespermettant de fournir la trac¸abilitéde contexte sous la forme de Cartes de Visite COntextuelles(CVCO). Ces mécanismes s’appuient sur la technique de Mapping OWL afin de donner des modèlesontologiques de trac¸abilité de contexte. Les différentes ontologies créées pendant ce travail sontintégrées au sein de l’architecture de notre nouvelle plateforme d’adaptation de contexte COALA(COntext Adaptation Platform), afin de permettre l’adaptation automatique des services offerts parles application interactives pervasives. Ces travaux ont été r éalis ´es et appliqu éés dans le cadre d’unethèse en co-tutelle entre la Tunisie et France. / The study of the literature proves that context-awareness has become a key element for the implementationof adaptive services in pervasive interactive applications. In fact, the present work focuseson the context of modeling issues for the adaptation of services provided by the invective pervasiveapplications to the sensitivity of context situations. The context is no longer a pre-established and predefinedtemplate when designing interactive applications systems but rather a dynamic description ofthe common situations that can be discovered in the context data and can dynamically be changedwhen changing user’s requirements and preferences. The systems of pervasive applications must beavailable in different contexts of use according to the user’s environment, the terminal being used, location. . .. The major challenge of these systems accordingly relates to the adaptation of the servicesoffered by interactive applications to the user context. In Order to respond to different requirementsof dynamic adaptation to changes in contextual situations, following the changes in usage patternsas well as the dynamics of the pervasive environment and the heterogeneity of context data sources,we propose mechanisms used to provide the traceability of the context as Virtual contextual Cards(VCOC). These works were carried out and applied as part a PhD under joint supervision betweenTunisia and France.

Les infections nosocomiales sont responsables de milliers de décès chaque année. Les soignants, les patients et l'environnement à l'hôpital peuvent être source de contamination. Les objets tels que les téléphones cellulaires, les stéthoscopes, les tensiomètres, les cravates, les blouses et les bagues sont utilisés par les soignants et peuvent être contaminés. Ils deviennent alors des vecteurs potentiels pouvant être responsables d'infections nosocomiales. Les mains des soignants peuvent aussi être un vecteur de la transmission d'agents pathogènes. Respecter l'ensemble des règles d'hygiènes au quotidien est indispensable mais peut être contraignant pour les soignants. Afin d'avoir une mesure plus précise de la désinfection des mains, un outil automatique de mesure appelé MédiHandTrace® (MHT) a été développé, et breveté. Il permet de tracer les soignants grâce à leurs sabots pucés. MHT montre des taux d'observance inférieurs à 50% et aussi que l'hygiène des mains est individuelle. Aussi, Nous avons voulu comprendre le raisonnement des soignants au regard de leurs pratiques d'hygiène. Grâce à la vidéo, nous avons mis en lumière des comportements singuliers. L'amélioration de l'hygiène des mains reste une priorité. En conséquence, nous avons introduit des outils couplés à MHT, envoyé des sms sur les téléphones des soignants donnant leurs performances individuelles. L'hygiène des mains est un geste simple, mais sa réalisation se fait dans des situations de soins souvent complexes. L'adhérence à l'hygiène reste multifactorielle nécessitant l'apport de nouveaux outils d'apprentissage et de communication afin de délivrer des messages simples et efficaces auprès des soignants. / Nosocomial infections are responsible for thousands of deaths each year. Healthcare workers (HCW), patients and the hospital environment can be a source of contamination. Fomites such as cell phones, stethoscopes, tensiometers, ties, gowns and rings are used by HCW and may be contaminated. They become potential vectors that can be responsible for nosocomial infections. The HCWs hands' can also be a vector for the transmission of pathogens. Respecting all the rules of hand hygiene in everyday life is essential but can be binding for the HCW. In order to have a more accurate measurement of hand disinfection, an automatic measuring tool called MédiHandTrace® (MHT) was developed and patented. It makes it possible to trace the HCWs with tags into their shoe hoofs. MHT shows compliance rates below 50% and also that hand hygiene is individual. Also, we wanted to understand the reasoning of HCW with regard to their hygiene practices. Through the video, we have highlighted some singular behaviors of HCWs. Improving hand hygiene remains a priority. As a result, we introduced tools coupled with MHT, sent sms to the phones of HCWs showing their individual performance. Hand hygiene is a simple gesture, but its realization takes place in often complex care situations. Adherence to hand hygiene remains multifactorial, requiring new learning and communication tools to deliver simple and effective messages to HCWs.

Résume de thèse non disponible / No summary

Le développement de produits complexes demande la maintenance d'un grand nombre de documents interdépendants exprimés dans différents formats. Malheureusement, aujourd'hui, aucun outil et aucune méthodologie ne nous permettent pas de maintenir la cohérence et de propager systématiquement les changements entre ces documents. D'après les observations faites dans l'entreprise STMicroelectronics, lorsqu'un document est modifié, les développeurs doivent propager manuellement la modification à l'ensemble des documents impactés. Pour diverses raisons, ces changements peuvent ne pas être correctement appliqués, voir même ne pas être appliqués du tout. Les documents divergent alors peu à peu, impactant dramatiquement le temps de développement pour réaligner tous les documents. Nous proposons une méthodologie aidant les développeurs à maintenir systématiquement la cohérence entre les documents, basée sur le concept de description d'architecture introduit par l'ISO42010. Premièrement, un modèle est défini pour décrire formellement et complètement des correspondances (liens existants) entre des documents. Ce modèle est défini pour être indépendant des formats de documents, du cycle de développement et des méthodes de travail de l'entreprise. Deuxièmement, ces correspondances sont analysées afin d'aider les développeurs à maintenir la cohérence des documents en les informant lorsqu'un document est modifié. Un prototype mettant en œuvre l’approche proposée a été développé afin d’évaluer la méthodologie. 18 sujets se sont portés volontaires afin d’évaluer l'approche. Ces sujets ont été soumis à deux tests (avec et sans notre méthodologie) impliquant la correction d’incohérences ajoutées dans un ensemble de documents. Ces tests nous ont permis de dégager deux variables : le nombre d’incohérences corrigées et le temps moyen pour corriger les incohérences. Selon notre étude, l’utilisation de notre approche permet de corriger 5,5% d’incohérences en plus en un temps 3,3% plus faible. / The development of highly complex products requires the maintenance of a huge set of inter-dependent documents, in various formats. Unfortunately, no tool or methodology is available today to systematically maintain consistency between all these documents. Therefore, according to observations made in STMicroelectronics, when a document changes, stakeholders must manually propagate the changes to the impacted set of dependent documents. For various reasons, they may not well propagate the change, or even may not propagate it at all. Related documents thereby diverge more and more over time. It dramatically impacts productivity to realign documents and make the very wide-ranging corpus of documents consistent. This paper proposes a methodology to help stakeholders to systematically maintain consistency between documents, based on the Architecture Description concept introduced by ISO42010. First, a model is defined to describe formally and completely correspondences between Architecture Description Elements of documents. This model is designed to be independent of documents formats, selected system development lifecycle and the working methods of the industry. Second, these correspondences are analyzed in case of document modification in order to help stakeholders maintaining global corpus consistency. A prototype has been developed, which implements the proposed approach, to evaluate the methodology. 18 subjects volunteered to evaluate the approach. These subjects made two tests (with and without our methodology) involving the correction of inconsistencies added in a set of documents. These tests allowed us to identify two variables: the number of inconsistencies corrected and the average time to correct the inconsistencies. According to our study, the use of the approach helps to correct 5.5% more inconsistencies in a time 3.3% lower.

Avec la mondialisation et l'industrialisation de l'alimentation, la fraude et les cas de contamination des aliments peuvent avoir un impact international et entraîner des conséquences de grande envergure à la fois sur l'économie et la santé des consommateurs (Cubero-Leon et al., 2014). La fraude et l'authentification sont donc devenues des sujets émergents dans le secteur alimentaire. D'autant que les fraudes sont de plus en plus sophistiquées pour contourner au mieux les contrôles et donc de plus en plus difficiles à détecter par des analyses classiques. Les aliments issus de l'agriculture biologique (AB ou bio) font d'ailleurs partie des aliments qui risquent le plus de faire l'objet de fraude. Mais la traçabilité des aliments est principalement garantie par des moyens administratifs (règlement UE 178/2002). C'est pourquoi il est nécessaire de recourir à des techniques analytiques avancées pour détecter les produits non-conformes et pour garantir la traçabilité et l'authenticité des aliments, notamment ceux issus de l'AB. Notre étude est basée sur l'hypothèse que les traitements, associés à différents types d'agriculture, ont un impact mesurable sur la microflore des aliments. L'objectif principal était de pouvoir utiliser l'environnement microbien des aliments pour les discriminer en fonction de leur mode de production. La PCR-DGGE, un outil moléculaire d'écologie microbienne, pourrait servir à discriminer les modes de production d'aliments par analyse des profils génétiques des ADNr bactériens et fongiques. L'analyse des profils génétiques microbiens de nectarines, pêches, bananes et de pommes a montré qu'il était possible de différencier les fruits en fonction de leur mode de production. La robustesse de notre méthodologie a été démontrée en comparant les résultats obtenus sur deux années de récolte successives. Létude des variation intra-parcellaires ont également permis de démontrer que les fruits bio pouvaient être différenciés des conventionnels indépendamment de leur position dans la parcelle (centre vs bord) ou encore sur l'arbre. Les différences observées au niveau de la structure des communautés microbiennes étaient donc suffisamment importantes pour conclure que les traitements appliqués ont un impact significatif sur ces communautés. De plus, l'identification des espèces microbiennes obtenues après PCR-DGGE et NGS a révélé que certains groupes microbiens (fongiques et bactériens) pourraient être spécifiques aux aliments bio. Cependant, l'effet terroir est un critère important à prendre en compte dans la mise en place d'un outil d'authentification des aliments bio. Une application sur le terrain serait donc difficile à prévoir si elle est parcelle-spécifique. Cette étude s'inscrit à la base de la mise au point d'un outil analytique qui pourrait permettre de répondre aux besoins des professionnels de l'industrie alimentaire en termes d'authenticité et de sûreté alimentaire, en particulier pour aider les organismes certificateurs à contrôler et authentifier les aliments bio. Cette étude a également permis d'enrichir les connaissances actuelles sur l'écosystème microbien des fruits en fonction des pratiques agricoles. / Globalization of trades and industrialization of food have increased the occurrence of food fraud. Cases of food contamination now have a global impact and lead to far-reaching consequences both on the economy and the health of consumers (Cubero-Leon et al., 2014). Thus, fraud and authentication became important topics in the food sector. Especially as food frauds are becoming more sophisticated to bypass controls and are therefore more difficult to detect by classical approaches. Organic foods are part of foods that are the most likely to be subject of fraud. But traceability of foods is mainly performed by administrative means (UE Regulation 178/2002). That is why it is necessary to resort advanced analytical techniques to detect non-compliant products and to ensure traceability and authentication of foods, including those from organic agriculture. Our study is based on the hypothesis that treatments associated to various farming types have a measurable impact on food microflora. That is why, the main objective of this study was to use the microbial environment of foods to discriminate them according to their production mode. PCR-DGGE, a molecular tool of microbial ecology, could be used as to discriminate food production modes using bacterial and fungal rDNA profiles. The analysis of microbial genetic profiles of nectarines, peaches, bananas and apples showed that it was possible to differentiate fruits according to their farming types. It was possible to verify the robustness of our methodology by comparing results obtained on two successive harvest years. We estimated also the intra-plot variations and observed that organic apples could be discriminated from conventional ones independently upon their position in the field (centre or border) or even on the tree. The observed differences in microflora between organic and conventional apples were significant enough to conclude that the applied treatments have a significant impact on this microflore. Furthermore, the analysis of DNA sequences obtained from PCR-DGGE and NGS allowed some microbial groups (fungal and bacterial) to be identified as specific to organic foods. However, the “terroir effect” is an important criterion to take into account for the implementation of an authentication tool for organic products. So, an application in the field would be difficult to predict if it is plot-specific. This study constitutes the basis for the development of an analytical tool that could meet the needs of food industry professionals in terms of authenticity and food safety, especially to assist certifying bodies to control and authenticate organic food products. This study enabled also to enrich the existing knowledge on the microbial ecosystem of fruits from different agricultural practices.

Toute institution concernée par le développement de logiciels, qu’il s’agisse d’un éditeur ou d’un organisme de services, doit faire face au challenge de compétitivité : “ faire de l’économie, un «objet de première classe» en génie logiciel ”. Cet impératif de penser l’économie du logiciel, s’est traduit par l’objectif d’obtenir une meilleure maîtrise sur la productivité du développeur. La Réutilisation Logicielle (Software Reuse) est un moyen privilégié d’augmenter cette productivité, en particulier quand elle est systématisée. Deux types d’activités doivent être considérés pour améliorer la réutilisation logicielle, le développement pour la réutilisation (development for reuse) et le développement par la réutilisation (development by reuse). Plusieurs solutions ont été proposées pour contribuer au développement pour la réutilisation. L’approche lignes de produits se distingue par sa contribution au développement par la réutilisation, à travers l’assistance et l’automatisation de la sélection, la configuration, et la dérivation de nouveaux produits. Néanmoins, malgré que cette approche a positionné la réutilisation comme activité centrale dans son processus de développement, celle-ci reste difficile à réaliser dans beaucoup de situations. Par exemple, en raison de l’absence de spécification ou gestion de la variabilité qui peut se manifester dans chacun des artefacts de toutes les étapes du cycle de développement. Dans ce cadre, la problématique générale de cette thèse CIFRE consiste en l’industrialisation d’une usine logicielle par la systématisation de la réutilisation dans chacune de ses étapes et la maximisation de l’automatisation des transitions entre étapes. Afin de mieux supporter l’agilité des environnements métier, notre premier objectif est la spécification de la variabilité au sein des modèles de processus métier, de sorte que les modèles conçus soient directement utilisables dans les usines logicielles. Notre second objectif consiste à introduire la spécification de la variabilité lors de l'ingénierie des exigences permettant ainsi de systématiser leur réutilisation, et l’établissement des liens de traçabilité avec les modèles de processus métier variables précédents. Ainsi, un modèle d’architecture logicielle (orientée services) peut être généré au sein de l'usine logicielle, comme implémentation des processus métier modélisés précédemment et dans le respect des exigences spécifiées. / Any organization involved in software engineering has to deal with reduction of production time and cost, in order to face the competitiveness challenge. This imperative of thinking the software economy resulted in the goal of getting better control on developer productivity. Software Reuse is a preferred way to increase the productivity, particularly when it is systematized. Two types of activities should be considered to improve software reuse, development for reuse and development by reuse. Several solutions have been proposed to contribute and improve development for reuse. For its part, product line approach is distinguished by its contribution to development by reuse through support and automation of selection, configuration, and derivation of new products. However, although this approach has positioned reuse as a core activity in its engineering process, it remains difficult to realize it in many situations. For example, due to lack of specification or management of variability which may occur in each artifacts from all steps of the engineering process. In this context, the general issue of this thesis consists in industrialization of software product line, by the contribution to systematization of reuse in each steps and automation of transitions between those steps. To better support the business agility, our first goal is the specification of variability within business process models, in order to make them directly usable into software factory. Our second goal is to introduce variability specification into requirements engineering, enabling systematic reuse of requirements models and establishing traceability links with previous models of variable business processes. Thus, an architecture model (service oriented) can be generated in software factory, as implementation of modeled business processes with compliance to specified requirements.

Si les nouvelles technologies en matière de SGBD envisagent le problème de l'évolution du schéma d'une base de données, les systèmes d'information actuels posent des problèmes particulièrement ardus lors des phases d'évolution. Ce travail étudie ces problèmes dans un contexte pratique tel qu'il est vécu actuellement par les développeurs. Il propose une typologie complète des modifications possibles ainsi qu’une analyse du phénomène de l'évolution et de son impact sur les structures de données, les données et les programmes d'application au travers de stratégies typiques. Le document décrit ensuite l'environnement de génie logiciel DB-Main avec lequel a été construit un prototype d'outil d'aide à l'évolution. Cet outil permet notamment de générer automatiquement les programmes de conversion de la base de données à partir de la trace des opérations de modification des schémas conceptuel ou logique de la base de données. Il aide aussi le programmeur à modifier les programmes d'application en conséquence.| If the recent DBMS technologies consider the problem of databases schema evolution, standard Information Systems in use raise hard problems when evolution is concerned. This work studies these problems in the current developer context. It gives a complete typology of modifications and analyses the evolution of systems and its impact on the data structures, data and programs through typical strategies. The document introduces the DB-Main CASE environment, with which an evolution tool prototype has been developed. This tool can automatically generate the conversion programs for the database from the operational trace of the conceptual and logical schema modifications. It can also help the programmer to modify the application programs.