Cette thèse présente la construction de courbes tropicales réelles dans R^3 dont la projectivisation, qui est un entrelacs projectif dans IRP^3, est constituée de 2 composantes, I'une étant isotope à un noeud donné au départ. Dans le cas de certains noeuds toriques, il est possible de modifier cette construction pour que I'entrelacs projectif correspondant ait une seule composante isotope au noeud torique considéré. Pour chacune de ces courbes tropicales réelles, nous faisons appel au théorème récent de G. Mikhalkin, qui affirme l'existence d'une algébrique réelle non singulière dans IRP^3, de même genre et degré que la courbe tropicale réelle considérée, et qui est isotope à l'entrelacs projectif correspondant. / In this thesis, we construct real tropical curves in R^3 whose projectivization - which is a projective link in RP^3 - has 2connected components, one of them being isotopic to a given knot. For some torus knots, it is possible to modify thetropical construction such that the corresponding projective link is a knot (with a single component) isotopic to the giventorus knot. For each of these real tropical curve, we use a recent result of G. Mikhalkin, asserting the existence of a realnon singular algebraic curve in RP^3, of the same genus and degree as the real tropical curve, and isotopic to thecorresponding projective link.

Cette thèse est divisée en deux parties principales. D’abord on étudie des relations entre les théories d’intersection en géométrie tropicale et géométrie algébrique. Puis on étudie la question des possibilités pour la distribution de points d’inflexion réels associés à un système linéaire réel défini sur une courbe algébrique réelle lisse. Dans la première partie, nous présentons des nouveaux résultats reliant les théories d’intersection algébrique et tropicale dans une variété algébrique très affine définie sur un corps non-archimédien particulier (dit corps de Mal’cev-Neumann). Le résultat principale concerne l’intersection d’un cycle algébrique de dimension 1 dans une variété à tropicalisation simple avec un diviseur de Cartier. Dans la deuxième partie, nous obtenons d’abord une caractérisation de la répartition des points d’inflexion réels d’un système linéaire complet de degré d>1 sur une courbe elliptique réelle lisse. Puis nous étudions quelques courbes réelles non-hyperelliptiques canoniques de genre 4 dans l’espace projectif de dimension 3. Nous obtenons une formule qui relie le nombre de points de Weierstrass réels d’une telle courbe avec la caractéristique d’Euler-Poincaré d’un certain espace topologique. Finalement, en utilisant la technique du Patchworking (dû à O. Viro), on construit un exemple de courbe réelle, lisse, non-hyperelliptique de genre 4 ayant 30 points de Weierstrass réels. / This thesis is divided in two main parts. First, we study the relationships between intersection theories in tropical and algebraic geometry. Then, we study the question of the possibilities for the distribution of the real inflection points associated to a real linear system defined on a smooth real algebraic curve. In the first part, we present new results linking algebraic and tropical intersection theories over a very-affine algebraic variety defined over a particular non-Archimedean field (known as Mal’cev-Newmann field). The main result concerns the intersection of a one-dimensional algebraic cycle with a Cartier divisor in a variety with simple tropicalization. In the second part, we obtain first a characterization of the distribution of real inflection points associated to a real complete linear system of degree d>1 defined over a smooth real elliptic curve. Then we study some canonical, non-hyperelliptic real algebraic curves of genus 4 in a 3-dimensional projective space. We obtain a formule that relies the amount of real Weierstrass points of such a curve with the Euler-Poincaré characteristic of certain topological space. Finally, using O. Viro’s Patch-working technique, we construct an example of a smooth, non-hyperelliptic real algebraic curve of genus 4 having 30 real Weierstrass points.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

L'élevage de petits ruminants est majoritairement représenté dans les pays tropicaux et subtropicaux. Le parasitisme par des nématodes gastro-intestinaux (NGI), transmis via le pâturage, est une des principales causes de pertes de production en ovins comme en caprins. Depuis le milieu du XXème siècle, la généralisation de l'emploi des anthelminthiques s'est accompagnée d'une augmentation marquée de la productivité. Cependant, la sélection et la diffusion progressive de souches parasitaires résistant aux anthelminthiques rendent cette méthode de contrôle de moins en moins efficace. Ainsi, une enquête récente en Guadeloupe montre que 100% des populations de NGI sont résistantes aux benzimidazoles et que la majorité l'est à plusieurs familles d'anthelminthiques. Nous développons, à partir des connaissances acquises sur l'épidémiologie des NGI et sur les relations entre hôtes et parasites, des systèmes de contrôle intégré des parasites. Le premier élément en est l'utilisation de méthodes de traitement ciblé, à l'échelle de l'élevage entier. Ainsi, la méthode Famacha nous a permis, en constituant un refuge estimé à 50 à 80% des NGI, de réduire le risque de sélection de NGI résistants sans pénaliser la production. Les autres éléments ont pour objectif de diminuer le niveau global d'infestation du troupeau, en combinant des méthodes visant à renforcer les capacités de défense des animaux (alimentation adaptée, amélioration génétique…) et à diminuer le risque de rencontre hôte – parasite (gestion du pâturage, association d'espèces d'herbivores, utilisation des métabolites secondaires des plantes…). Le choix des différents éléments de contrôle intégré des NGI devra se baser sur leur faisabilité, en termes d'investissements matériels et humains, sur leur compatibilité avec le système d'élevage, et sur leur efficacité. Les développements futurs devront permettre d'évaluer les interactions entre ces éléments afin de pouvoir optimiser les choix des éleveurs / Most of the sheep and goats are reared in tropical and subtropical countries. Gastrointestinal nematode parasites (GIN), which are transmitted through the pastures, are among the main causes of production losses for small ruminant farmers. Since the 1940's the pharmaceutical industry has provided very efficient anthelmintics which allowed easy to run and profitable worm control. Unfortunately the systematic use of anthelmintics has resulted, within few years, in an increasing number of anthelmintic resistant (AR) nematode strains. As example, a survey in Guadeloupe (F. W. I.) revealed that all goat farms have to face at least resistances to benzimidazoles, and most of them must deal with resistances to 2 or 3 drug families. We are building up integrated systems to manage GIN infection, by seeking to slow down the spreading of AR strains of GIN and to reduce anthelmintic dependency. Firstly we propose targeted selective treatment methods (or any method allowing the survival of untreated GIN in refugia) and secondly a panel of methods to reinforce host defences (mainly through nutrition and genetic improvement) and to decrease the probability of host-parasite encounter through grazing man-agement, association of herbivore species with different specific parasites, use of plant secondary metabolites with anthelmintic properties... The choice of methods to be combined must be based on their feasibility in terms of human and material resources, compatibility with the farming system and effi-ciency. Future developments would address the evaluation of interactions between components of GIN integrated systems of management, in order to optimize the farmer choices

Une analyse de la dynamique forestière et de la croissance des arbres d'une forêt sempervirente des Ghâts occidentaux de l'Inde (dispositif d'étude permanent d'Uppangala) est réalisée, à partir des données de suivis annuels de croissance radiale effectués entre 1990 et 2008 sur plus de 3500 arbres, et de mesures dendrométriques complémentaires (hauteur totale et dimensions de couronne) réalisées ponctuellement. Associée à l'analyse des paramètres démographiques (mortalité et recrutement), l'analyse de la croissance, abordée sous différents aspects (ajustement des croissances radiales moyenne et potentielle, analyse de séries longitudinales de croissance radiale, ajustement d'allométries), permet de caractériser les stratégies de croissance des espèces en fonction de la strate occupée par l'arbre adulte (sous-bois, sous-canopée, canopée, strate émergente). Les cinq espèces principales étudiées présentent des différences significatives aussi bien en termes de démographie que de croissance radiale moyenne et potentielle ; d'allocation préférentielle de la biomasse entre les différentes parties de l'arbre ; de « plasticité » morphologique et de rythmes supra-annuels (et saisonniers) de croissance radiale. D'autre part, les analyses mettent en évidence une forte variabilité intra-spécifique de la croissance radiale, de l'allocation préférentielle de la biomasse entre les différentes parties de l'arbre et des rythmes de croissance. Les résultats obtenus ouvrent des perspectives en modélisation de la dynamique des communautés forestières, pour l'exploration par simulations du rôle des stratégies de croissance dans la coexistence des espèces en peuplement forestier hétérogène.

Dans les communautés de forêt tropicale humide, la compétition interspécifique et la limitation du recrutement par la dispersion ont généralement invoquées pour expliquer la coexistence de nombreuses espèces d'arbres. Le rôle de ces mécanismes dans la régénération reste peu connu, bien que leur compréhension soit essentielle pour la gestion des forêts exploitées. Dans ce travail, les conditions du milieu et les relations intraspécifiques ont été prises en compte dans l'analyse des distributions de juvéniles. Quinze espèces non pionnières ont été sélectionnées selon un gradient de tolérance à l'ombre et des modes de dispersion variés. La modélisation statistique de la densité locale a permis de relier le succès d'installation des juvéniles aux conditions du milieu et aux distances aux arbres adultes simultanément. Les prédictions des<br />modèles confirment le gradient de tolérance parmi les espèces étudiées et révèlent des courbes d'installation différentes selon le mode de dispersion.

Un principal résultat de la thèse est une preuve conceptionnelle du fait que le nombre pondéré de courbes tropicales de degré et genre donnés qui passent par le bon nombre de points en position générale dans $\RR^2$ (resp., qui passent par le bon nombre de points en position générale dans $ \RR^r $ et représentent un point fixé dans l'espace de modules de courbes tropicales abstraites de genre g ) ne dépend pas du choix de points. Un autre principal résultat est un nouveau théorème de correspondance entre les cycles tropicaux plans et les courbes algébriques elliptiques planes.

La prévision d'anomalies saisonnières et intrasaisonnières des précipitations est utile dans des domaines tels que l'agriculture et la gestion de l'eau, ainsi que dans la prévention des catastrophes climatiques dans les pays tropicaux. Les anomalies de température de la surface de la mer (Sea Surface Temperature; SST) associées au forçage El Nino/Southern Oscillation (ENSO) constituent une source majeure de prévisibilité dans les tropiques. En effectuant une mise à l'échelle dynamique des prévisions de modèles de circulation générale (MCG), les modèles régionaux du climat (MRC), grâce à leur résolution accrue, pourraient permettre une bonne prévision de ces anomalies saisonnières et intrasaisonnières dans les tropiques. Cette étude constitue une évaluation de l'habilité d'un MRC (le Rossby Center Regional Atmospheric Model version 3; RCA) à effectuer une mise à l'échelle des anomalies de SST et circulation de grande échelle associées au forçage ENSO. RCA est configuré sur un domaine comprenant l'est de l'Océan Pacifique tropical et les tropiques américaines, et il est exécuté pour 27 années différentes pour la période 1979-2005. Le modèle utilise comme conditions aux frontières les SST observées et les réanalyses du European Centre for Medium-Range Weather Forecasts (ECMWF) pour la circulation de grande échelle. Nous étudions la performance de RCA à représenter les patrons régionaux de précipitation dans les tropiques américaines, en se concentrant sur la climatologie et la variabilité saisonnière et intrasaisonnière associée à ENSO. Les statistiques intrasaisonnières à l'étude sont la distribution de l'intensité de précipitation ainsi que les moments de transition entre les saisons sèches et humides. Deux articles acceptés pour publication dans la revue Tellus Series A : Dynamic Meteorology and Oceanography sont présentés ici, le premier se concentrant sur l'échelle saisonnière et le second sur l'échelle intrasaisonnière. Il est démontré que le modèle RCA reproduit la majorité des caractéristiques régionales de la précipitation ainsi que la variabilité de la précipitation associée à ENSO. Cette étude est une évaluation préliminaire pour le modèle RCA, qui devrait être suivie par une analyse plus poussée qui utiliserait des conditions aux frontières provenant d'un MCG. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Modèle Régional du Climat, ENSO, Variabilité interannuelle, Précipitation, Tropiques américaines.

L'Amazonie brésilienne a connu une importante et rapide modification de l'exploitation de sa forêt dans les 40 dernières années. La région du fleuve Tapajós dans l'état du Pará est un front majeur de colonisation et connaît des taux de déboisement de grande ampleur. Les superficies forestières sont réduites, de même que morcelées par la pratique de l'agriculture sur brûlis. La dégradation de l'environnement se traduit par certains problèmes de santé humaine, notamment l'exposition au mercure (Hg) par la consommation abondante de poissons. Les activités anthropiques en bordure du fleuve accentuent l'érosion des sols et libèrent le Hg naturellement présent dans les sols. Du côté aquatique, des concentrations importantes de Hg sont enregistrées dans les poissons et dans les sédiments. Comme la matière organique terrigène (MOT) est un substrat de transport de ce métal, la connaissance des mouvements de MOT peut s'avérer un outil précieux dans la compréhension de la dynamique de ce polluant diffus affectant la santé humaine et celle des écosystèmes. Afin de comprendre le devenir de la MOT depuis le milieu terrestre jusque dans le milieu aquatique et ce en fonction de l'utilisation du territoire, les biomarqueurs de la lignine ont été employés comme traceurs. Une première étape de recherche a été de décrire la MOT en fonction de la composition en phénols de la lignine par l'étude d'échantillons de végétaux dominants et d'échantillons de différents horizons de sol pour chaque utilisation du territoire (forêt, jachère, agriculture pâturage). De nouveaux indicateurs de milieux boisés et déboisés ont pu être définis de même que des indicateurs propres au milieu tropical amazonien. Dans un deuxième temps, les connaissances sur la nature et la quantité de MOT ont été combinées à celles de la MOT du milieu aquatique. Pour ce faire, des échantillons de matière particulaire en suspension et de sédiments récoltés dans trois bassins versants ont été analysés. En combinant les analyses de biomarqueurs avec des systèmes d'information géographique (SIG) pour analyser les caractéristiques des bassins versants et avec la datation des carottes de sédiments, il a été possible de dresser un portrait des transferts de MOT en fonction du temps et en fonction des bassins versants. Principalement, il y a plus d'apports de MOT au système aquatique dans les sédiments récents, peu importe le bassin versant. La nature de cette matière organique correspond à la signature ligneuse des pâturages, démontrant l'influence des milieux déboisés sur le milieu aquatique. La datation des carottes a permis l'association de la vague de déboisement aux changements récents des quantités et qualités de MOT retrouvée dans le milieu aquatique. Au niveau spatial, les travaux identifient des composantes précises de l'occupation du territoire et des caractéristiques des bassins versants associées aux apports de MOT. Cette étude contribue au renouvellement des connaissances fondamentales géochimiques du milieu tropical tout en permettant de mesurer l'impact de l'occupation récente du territoire amazonien sur les cycles de la matière organique. La détérioration subséquente des milieux aquatiques par la présence de Hg, l'eutrophisation et la production possible de gaz à effet de serre dans les plans d'eau pourrait ainsi être mieux encadrée et restreinte par des actions visant à contenir les mouvements de la matière organique dans la région. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Déforestation, MOT, Biomarqueurs de la lignine, 210Pb, Sols, Sédiments.

En milieu tropical, les enjeux environnementaux et socioéconomiques qu'entraînent les aménagements hydroélectriques sont plus importants du fait de la présence d'agglomérations humaines le long des cours d'eau, de la dépendance directe des populations rurales, de l'exploitation des ressources agricoles et forestières riveraines, mais aussi de la présence d'écosystèmes fragiles dans les zones côtières, comme les mangroves. Dans ce contexte, la construction et l'exploitation de nouveaux aménagements hydroélectriques dans un bassin côtier qui abrite déjà un ou plusieurs barrages engendrent des effets complexes et cumulatifs sur l'environnement, ainsi que des enjeux économiques et de gouvernance majeurs, difficiles à prendre en compte à travers les études d'impacts sur l'environnement des projets de barrages isolés. L'objectif de cette étude est, en s'appuyant sur le cas du bassin du Konkouré, en Guinée, de proposer des éléments d'une démarche méthodologique adaptée permettant de passer du processus décisionnel, traditionnellement dominé par des experts (évaluateurs) et l'État (décideur), à une démarche qui favorise l'implication des acteurs concernés et une vision holistique. Le bassin du Konkouré abrite plusieurs sites hydroélectriques aménageables (Garafiri, en exploitation depuis fin 1999, Kaléta, Souapiti et Amaria, à l'étude). L'étude propose la réalisation d'une évaluation environnementale stratégique (ÉES) basée sur une approche d'aide multicritère à la décision (AMCD) qui permet de construire une option consensuelle pour la mise en valeur de ces aménagements. Elle soulève cependant des défis d'ordre méthodologique, dont l'implication de tous les acteurs du bassin, la prise en compte des particularités liées à la vulnérabilité des estuaires à mangroves et la mise en évidence des effets cumulatifs. L'étude établit d'abord des démarches et outils méthodologiques pour l'analyse de la vulnérabilité de l'estuaire et la participation du public à un processus de planification basée sur l'aide multicritère à la décision. Ces éléments permettent d'alimenter par la suite le processus décisionnel relatif au choix du scénario de consensus pour l'exploitation du potentiel hydroélectrique dans son ensemble. Les principales étapes de cette approche sont: la structuration du problème ; l'évaluation des impacts potentiels des différentes options; le rangement des options selon les approches PROMETHÉE et GAÏA, par l'utilisation du logiciel DECISIONLAB (DLAB) et la simulation de négociations pour la construction d'un consensus. Les résultats de l'étude de cas du bassin du Konkouré sont : l'identification de quatorze acteurs, l'élaboration de dix options, la construction des neuf critères avec leurs indicateurs et échelles de mesure, la réalisation d'une base de données dans un SIG, la simulation des inondations potentielles entraînées par les différentes options et le rangement des options selon chaque acteur et tout le groupe. L'analyse de ces résultats permet de tirer des enseignements sur les enjeux majeurs liés à l'exploitation des aménagements hydroélectriques dans les bassins côtiers en milieu tropical, ainsi que de discuter des effets cumulatifs en estuaire. Elle montre aussi la possibilité d'adaptation d'une AMCD participative, par l'intégration de techniques de participation publique déjà connues en Afrique subsaharienne. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : bassin côtier, EES, hydroélectricité, aide multicritère, multi-acteurs, choix d'options, enjeux, critères, indicateurs, SIG, DLAB, impacts induits, déplacement de population, estuaire, mangrove, participation des acteurs.