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L’épidémiologie moléculaire des virus VIH-1 en France est caractérisée par une augmentation constante de la diversité virologique et de la fréquence des virus de sous-types non-B chez les patients en primo-infection. Entre 1997 et 2007, 28.4% des 591 patients suivis étaient infectés par des virus de sous-types non-B. De plus, 49 patients (8.3%) étaient infectés par des souches de sous-types différents sur les gènes pol et env, témoignant d’évènements de recombinaisons entre ces gènes. Ces virus recombinants étaient isolés à la fois chez des patients originaires d’Afrique sub-saharienne (28.3%) et des sujets caucasiens (6.3%). Ces résultats témoignent des échanges de souches virales entre les populations d'origine africaine et caucasienne, contribuant encore à augmenter la diversité virologique dans ces deux populations. Parmi 131 virus de sous-types non-B, 12.2% étaient classés comme ayant un tropisme CXCR4 par méthode génotypique, mais seulement 0.8% par méthode phénotypique, indiquant d’une part la faible proportion de virus non-B de tropisme CXCR4 en primo-infection en France, et d’autre part le manque de spécificité des méthodes génotypiques de détermination du tropisme pour ces sous-types, rendant nécessaire la mise au point d’autres algorithmes spécifiques pour ces virus.L’analyse de 987 virus isolés dans la cohorte entre 1999 et 2010 a mis en évidence que 12.7% d’entre eux étaient regroupés en "clusters" de transmission. Les patients en primo-infection contribuent donc de façon significative à la propagation de l’épidémie de VIH en France, particulièrement les hommes homo/bi-sexuels, avec une fréquence augmentant au cours de la période récente (2006-2010).La comparaison des quasi-espèces virales circulant concomitamment chez 8 patients en primo-infection (« receveurs ») et leurs 8 partenaires sexuels respectifs (« donneurs ») a révélé dans tous les cas la transmission d’un virus unique, présent de façon minoritaire parmi les sous-populations virales du donneur. La transmission virale muqueuse implique donc une sélection génétique drastique. / High genetic diversity is a major characteristics of HIV-1. In France, although subtype B strains are still predominant, the proportion of non-B viruses isolated in patients at the time of primary HIV-1 (PHI) infection increases over time. Between 1997 and 2007, 28.4% of patients were infected with non-B subtypes strains. Forty-nine viruses showed different phylogenies between the pol and env genes, indicating that recombinations have occurred in 8.3% of cases. These recombinants were isolated both in patients from Sub-Saharan Africa (28.3%) and in white subjects (6.3%).The phenotypic analysis of viral tropism of 131 non-B strains showed a very low (0.8%) proportion of CXCR4-tropic strains (X4 strains) at the time of PHI. Compared to phenotypic tests, genotypic predictions can overestimate (12.2% versus 0.8%) the proportion of X4 strains in non-B subtypes.The phylogenetic analysis of 987 strains isolated in 1999-2010 showed that 12.7% of PHI cosegregated into 56 transmission chains. PHIs are a significant source of onward transmission, especially in men having sex with men, with increasing frequency during the recent years (10.2% in 1999-2006 versus 15.2% in 2006-2010, p=0.02).The comparison of the viral quasispecies isolated in plasma and PBMC samples from 8 patients at the time of PHI ("recipients") and their transmitting partners ("donors") suggested that a severe genetic bottleneck occurrs during HIV-1 heterosexual and homosexual transmission. Indeed, we observed in all cases the transmission of a single variant, which was derived from an infrequent variant population within the blood of the donor. The proportion of X4 quasispecies in donors were higher in case of X4 versus CCR5-tropic viral transmission, suggesting that X4 transmission may be associated with a threshold of X4 circulating quasispecies in donors.

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Le virus de l’hépatite C (HCV) est un problème majeur de santé publique. Le développement de nouveaux traitements pour lutter contre le HCV a été ralenti par l’absence de modèles d’études in vitro et in vivo convenables. Le but de mon travail de thèse a été, dans un premier temps, de caractériser les facteurs déterminant le tropisme hépatique du HCV. En exprimant des facteurs clés dans une lignée cellulaire humaine non-hépatocytaire, nous avons reconstitué in fine l’ensemble du cycle viral dans ces cellules. L’entrée du virus dans la cellule hôte fait intervenir différents récepteurs d’entrée dont CD81, occludin (OCLN), claudin-1 (CLDN1) et scavenger receptor class B type I (SR-BI). L’expression de ces quatre récepteurs sur cette lignée la rend hautement permissive à l’entrée du virus, mais ne permet pas de rétablir la réplication du virus. L’expression du micro-ARN 122, un micro-RNA important pour l’infection du HCV, dans les cellules exprimant les quatre récepteurs, restaure une forte réplication de l’ARN viral mais ne permet pas de détecter une production de particules infectieuses. L’expression de l’apolipoprotein E (apoE), jouant un rôle primordial dans l’assemblage et la sécrétion, rétablis cette dernière étape du cycle viral du HCV dans la lignée cellulaire humaine non-hépatocytaire. Dans un second temps, j’ai utilisé la stratégie, précédemment établie, pour étudier la spécificité d’espèce de l’infection du HCV dans plusieurs lignées hépatocytaires murines. Nous avons pu rendre ces cellules permissives à l’entrée du HCV et pu détecter une très faible réplication. L’ensemble de mes travaux apportent de nouvelles informations sur la compréhension des facteurs clés nécessaire au cycle viral du HCV dans des cellules murines et humaines. / Hepatitis C virus (HCV) is a global health burden. The development of new therapeutics to treat HCV infection has been hampered by the lack of convenient in vitro and in vivo model systems. The goal of my PhD work was, in a first time, to characterize the factors determining the hepatotropism of HCV. By expressing key factors within a non-hepatic cell line, we reconstituted in fine the full HCV life cycle in those cells. Virus entry into the host cell requires different entry factors which are CD81, occludin (OCLN), claudin-1 (CLDN1) and the scavenger receptor class B type I (SR-BI). The expression of these four factors in this cell line renders it highly permissive to viral entry, but does not allow restoring replication of the virus. The expression of miR-122, a micro-RNA important for HCV infection, into the cell lines expressing the four HCV entry factors restore a strong replication of the HCV RNA but does not allow detecting infectious viral particle production. Further expression of the apolipoprotein E (apoE), which plays a critical role in the assembly and release process, restore the last step of the HCV life cycle in a non-hepatic cell line. In a second part of my PhD, I have used the previously developed strategy to study the species specificity of HCV infection using different mouse hepatoma cell lines. We have been able to render these cell lines permissive to HCV entry and have been able to detect a slight replication. Altogether, my results bring new information on the understanding of key factors important for HCV life cycle in mouse and human cells.