O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição genotípica e mutações no genoma do vírus da hepatite B (VHB) em um grupo de pacientes co-infectados pelo VHB e vírus da imunodeficiência humana (HIV). Foram incluídos pacientes AgHBs +/HIV+ , atendidos em um ambulatório de referência para pacientes infectados pelo HIV, na cidade de São Paulo. Para a detecção dos marcadores sorológicos para infecção pelo VHB utilizou-se técnica de ELISA através de kits comerciais. A detecção do DNA-VHB foi realizada através de nested-PCR e sua quantificação foi realizada por COBAS AMPLICOR. De acordo com a literatura, a infecção pelo VHB no Brasil varia de 0,4 a 8,5%. Os genótipos de VHB, as mutações na região do core, BCP, pré-core e na região da polimerase foram determinados por seqüenciamento. Cinqüenta e nove pacientes foram incluídos neste estudo e cinqüenta e seis pacientes relatavam uso prévio de lamivudina ou tenofovir. A presença do DNA-VHB foi detectada em 22 pacientes AgHBs positivos. A identificação dos genótipos foi realizada em 16 pacientes e a distribuição dos genótipos do VHB foi: A (12-75%); G (2-13%), D (1-6%) e F (1-6%). Em 10 dos pacientes com viremia presente para DNA-VHB, foram observadas mutações na região da polimerase (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) e no gene do envelope (sI195M, sW196L, sI195M/sE164D). Mutações na região do BCP (A1762T, G1764A) e do pré-core (G1896A) foram identificados em quatro pacientes. Em conclusão, entre os pacientes analisados observou-se uma alta prevalência de mutações associadas a resistência à lamivudina e associadas a resistência a anti-HBs. O genótipo G, raramente descrito em nosso meio, foi também observado nesse grupo de pacientes. / The objective of this study was to evaluate the genotype distribution and genomic mutations of hepatitis B virus (HBV) among a group of HIVHBV co-infected patients from an AIDS outpatient clinic in São Paulo. HBV serological markers were detected by commercially available enzyme immunoassay kits. HBV DNA was detected by using an in-house nested PCR and quantified by COBAS AMPLICOR. HBV genotypes, basal core promoter (BCP) / pre-core / core region and surface / polymerase genes mutations were determined by sequencing. Among the 59 patients included in this study, 56 reported previous use of lamivudine or tenofovir. According to the literature HBV infection in Brazil varies from 0,4 to 8,5%. HBV DNA was detected in 16/22 patients and the genotypes distribution was A (n=12, 75%); G (n=2, 13%); D (n=1, 6%), and F (n=1, 6%). In 10 patients with viremia, lamivudine-resistance mutations in the polymerase gene (rtL180M + rtM204V, rtV173L + rtL180M + rtM204V) were found, accompanied by changes in the envelope gene (sI195M, sW196L, and sI195M/sE164D). Mutations in the BCP and pre-core regions were identified in 4 patients. In conclusion, genotype G, rarely seen in Brazil, was observed in this group of patients. A high prevalence of mutations associated with lamivudine-resistance accompanied by mutations associated with anti-HBs resistance was also found among these patients.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-06-10T13:09:02Z No. of bitstreams: 1 Dissertação-João Paulo Diniz Pimentel.pdf: 2169155 bytes, checksum: 2ab3c00108fbcfa45f9be1e5968d2403 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-11T19:42:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-João Paulo Diniz Pimentel.pdf: 2169155 bytes, checksum: 2ab3c00108fbcfa45f9be1e5968d2403 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-06-11T19:43:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-João Paulo Diniz Pimentel.pdf: 2169155 bytes, checksum: 2ab3c00108fbcfa45f9be1e5968d2403 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-11T19:43:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação-João Paulo Diniz Pimentel.pdf: 2169155 bytes, checksum: 2ab3c00108fbcfa45f9be1e5968d2403 (MD5) Previous issue date: 2009-07-14 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The hemophiliac patients were already victims of infections transmitted by the blood, mainly through sanguine transfusions. The hepatitis C is one of the infections that the hemophiliacs are subject, especially those that received combined of coagulation factors before the nineties (period in which this virus still had not been identified). The HCV is responsible for increase of the mortality and the cases of hepatocellular carcinoma. The objective of this study was to esteem the seroprevalence of HCV, to associate the immune response and to relationship between the genotype and viral load in the hemophiliac patients assisted in the Fundação de Hematologia e Hemoterapia do Amazonas - HEMOAM. Seventy eight hemophiliac patients were assisted at Fundação HEMOAM in the period of January to December of 2008. All the participants are male and they presented age between 2 and 52 years. None of the studied patients presented reactivity in the serologic exams for HIV, HTLV, Chaga’s disease or Syphilis. However, 30,8% presented reactivity for antibodies anti-HCV and 19,2% for anti-HBC. The concentrations of the transaminases (AST and ALT) of the patients anti-HCV reagents were larger compared with those which presented the anti-HCV -. ALT still showed significant correlation with the viral load of HCV in those patients. In the evaluation of the cellular immunological response, we can verify an increase of the lymphocytes TCD8+ in the hemophiliac’s anti-HCV +. However, the activated leukocytes CD69+ didn't present significant differences among the groups. The analysis of the seric cytokines shows an increase of IL-4 and IFN -γ in the hemophiliac’s anti-HCV+ . However, when we compared these cytokines with the viral load of HCV in those patients, only the IL-4 it presented correlation. The IL-10 concentrations presented correlation with the viral load of HCV, indicating that this increase is related with the viral proliferation of HCV in those patients, in spite of they have not presented difference among the studied groups. We can end of this study saying that the hemophiliacs chances contract infections transmitted by the blood decreased after 1990. The hemophiliacs infected by HCV present a clinical picture of chronic hepatitis C and the increase of the transaminases related with the viral load of HCV. In those patients indicate the need to submit these patient ones to a treatment. The highest concentrations of IFN-γ in the hemophiliacs with anti-HCV+ were not shown efficient in the resolution of the infection. / Os pacientes hemofílicos já foram vítimas de inúmeras infecções veiculadas pelo sangue por meio de transfusões sanguíneas e a hepatite C é uma das infecções a que os hemofílicos estão sujeitos, principalmente aqueles que receberam combinados de fatores de coagulação antes dos anos 90, período no qual este vírus ainda não tinha sido identificado. O HCV pode causar complicações a estes pacientes, como o aumento da mortalidade e o aumento de casos de carcinoma hepatocelular. O objetivo deste estudo foi estimar a soroprevalência do HCV, associar a resposta imune e relacionar ao genótipo e carga viral nos pacientes hemofílicos atendidos na Fundação de Hematologia e Hemoterapia do Amazonas – HEMOAM. Participaram do estudo 78 pacientes hemofílicos, que procuraram a Fundação HEMOAM no período de janeiro a dezembro de 2008. Todos os participantes são do sexo masculino e apresentaram idade entre 2 e 52 anos. Nenhum dos pacientes estudados apresentou reatividade nos exames sorológicos para HIV, HTLV, doença de Chagas ou Sífilis. No entanto, 30,8% apresentaram reatividade para anticorpos anti-HCV e 19,2% para anti-HBc. As concentrações das transaminases (AST e ALT) dos pacientes anti-HCV reativos foram maiores dos que os anti-HCV não reativos. A ALT mostrou ainda correlação significativa com a carga viral do HCV nesses pacientes. Na avaliação da resposta imunológica celular, podemos verificar um aumento dos linfócitos TCD8+ nos hemofílicos anti-HCV reativos, no entanto, os leucócitos ativados CD69+ não apresentaram diferenças significativas entre os grupos. A análise das citocinas séricas mostrou um aumento de IL-4 nos hemofílicos anti-HCV reativos e de IFN-γ sendo que quando comparamos estas citocinas com a carga viral do HCV nesses pacientes, somente a IL-4 apresentou correlação. As concentrações IL-10 apesar de não terem apresentado diferença entre os grupos estudados, elas apresentaram correlação com a carga viral do HCV indicando que este aumento está relacionado com a proliferação viral do HCV nesses pacientes. Podemos concluir deste estudo, que as chances dos hemofílicos contraírem infecções veiculadas pelo sangue diminuíram, principalmente após 1990. Os hemofílicos infectados pelo HCV apresentam um quadro de hepatite C crônica e o aumento das transaminases relacionada com a carga viral do HCV nesses pacientes indicam a necessidade de submeter estes pacientes a um tratamento. As concentrações mais elevadas de IFN-γ nos hemofílicos com anti-HCV reativos não se mostraram eficientes na resolução da infecção.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T08:15:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 286371.pdf: 1947104 bytes, checksum: 68df212a986afad58f62e633e601bcc8 (MD5) / Patógenos virais humanos têm sido associados a muitos episódios de gastrenterites, bem como a doenças relacionadas ao consumo de moluscos contaminados. O risco pode ser reduzido por um tratamento destes moluscos visando sua auto-limpeza previamente a sua comercialização. A depuração de moluscos reduz os níveis de microrganismos presentes na carne, diminuindo a chance de uma potencial infecção associada ao seu consumo in natura. Em um sistema de depuração, a água do mar pode ser recirculada pelo menos por 24 horas e, durante este ciclo, a água é tratada química ou fisicamente para eliminar a contaminação por microrganismos. Neste trabalho, um sistema fechado de depuração de moluscos foi testado para eliminar os patógenos virais em ostras. Além disso, a capacidade do cloro livre em inativar esses vírus, bem como a estabilidade viral em água do mar, com e sem radiação U.V. foram investigadas. Para os ensaios de depuração, ostras (Crassostrea gigas) foram artificialmente contaminadas em aquários, contendo água do mar semeada com Vírus da Hepatite A (HAV) e Adenovírus Humano (HAdV5). Em seguida, as ostras foram colocadas no tanque de depuração, e foram analisadas após 48h, 72h e 96h. Em cada amostragem, o trato gastrointestinal das ostras foi homogeneizado e processado visando a eluição das partículas virais. Para os estudos de desinfecção pelo uso do cloro, água do mar natural e artificial foram semeadas com Norovírus Murino 1 (MNV-1), HAdV2 e Poliomavírus JC (JCPyV) e tratadas com uma concentração inicial de cloro livre de 2,5 mg/l, por 60min. Para os ensaios de estabilidade viral em água do mar e desinfecção viral por luz U.V., 300L de água do mar foram semeadas com o HAV, MNV-1 e HAdV2 e tratados com U.V. (36W), em um mini-tanque de depuração, com recirculação por 120h. Um litro de água do mar foi coletado a cada 24h em até 120h e as amostras de água foram tratadas pelo método de floculação com leite acidificado para adsorção e concentração das partículas virais. O monitoramento viral nos tecidos das ostras e água do mar foi avaliado por métodos moleculares (PCR e q(RT)-PCR), e por métodos de cultura celular associados a métodos moleculares ou imunológicos (ICC-PCR, RT-PCR ICC, IFA, Citometria de Fluxo e Ensaio de Placas de Lise). A detecção por PCR, em amostras de ostras, mostrou que o genoma de HAdV5 foi detectado em todos os períodos de amostragem, e o genoma do HAV foi detectado até 72 h. Os testes envolvendo viabilidade viral por ICC-PCR, demonstraram uma inativação viral progressiva, nas ostras, ao longo das 96h de recirculação de água do mar tratada com luz U.V. Nos ensaios de desinfecção por cloro, após 30 minutos de tratamento de água do mar, foi observada uma redução de ~2log10 e ~3log10 para MNV-1 e HAdV2, respectivamente, com base nos resultados q(RT) PCR. Quando a infecciosidade viral foi analisada, uma redução de mais de 4log10 foi observada para MNV-1, enquanto HAdV2 apresentou uma redução de ~ 2.3log10, mantendo-se infeccioso após 60 minutos. JCPyV apresentou em média uma redução de 1,6 log10, quando avaliado por qPCR. Não houve diferenças na cinética de desinfecção viral observadas em água do mar natural e artificial. Para os ensaios de estabilidade viral em água do mar tratada ou não com luz U.V., com base nos resultados q(RT)-PCR, foram observadas cinéticas diferentes para cada vírus em 120 horas de contato. Reduções de ~ 5log10 e 3log10, em 120h, para HAdV2 e HAV, respectivamente; para MNV-1, foi observada uma redução de ~4,5 log10 em 72h sob tratamento com luz U.V. Apesar da detecção do genoma, HAdV2 foi capaz de permanecer infeccioso até 72h, de acordo com resultados de ICC-RT-PCR. Ensaios envolvendo estabilidade viral sem radiação U.V. demonstraram uma redução progressiva da carga viral ao longo das 120h de recirculação de água do mar para os três vírus (~ 2log10 para HAdV2; ~ 2,5 log10 para HAV e ~ 3log10 para MNV-1). Esta cinética diferente provavelmente está associada às espécies de cloro presentes, ao tempo de contato com a radiação U.V. e a características estruturais peculiares de cada um dos vírus. A diminuição natural da carga viral pode ser devido à existência de fatores ambientais, tais como força iônica e compostos encontrados naturalmente na água do mar. Este trabalho confirmou que HAdV é um patógeno viral particularmente resistente e exige mais tempo para inativação. Estes dados serão úteis para a otimização de desinfecção da água nos tanques de depuração de moluscos. / Viruses have been linked to nearly all episodes of gastroenteritis as well as outbreaks of illnesses related to consumption of contaminated shellfish. The risk may be reduced by appropriate treatment following harvesting as well as by depuration, which is a method that reduces the levels of microorganisms present in mollusk meat, decreasing the potential for infections associated with mollusk consumption in natura. In a depuration system, seawater may be recirculated for at least 24h, and during this cycle, the water must be chemically or physically treated to eliminate microbial contamination. In this work, a shellfish depuration closed system was tested to eliminate viral pathogens from oysters. Moreover, the chlorine capability to inactivate these viruses, as well as the viral stability and disinfection in seawater with and without U.V. irradiation were investigated. For depuration assays, oysters (Crassostrea gigas) were first artificially contaminated in aquariums containing seawater seeded with Hepatitis A virus (HAV) and Human Adenovirus (HAdV5). Then, the oysters were placed into the depuration tank, and were harvested after 48h, 72h and 96h. After each sampling, the gastrointestinal tracts were homogenized and the viral particles were eluted. To chorine disinfection assays, natural and artificial seawater were seeded with selected viruses (Murine Norovirus 1, MNV-1; HAdV2; JC Polyomavirus, JCPyV) and treated by adding initial free chlorine concentration of 2.5mg/l for up to 60min. For the stability assays, 300L of natural seawater were seeded with HAV, MNV-1 and HAdV2, and treated by 36W U.V. lamp, into the mini depuration tank, with recirculation, for up to 120h. One liter of viral seeded seawater was harvested every 24h and viral particles were concentrated by flocculation method using skimmed milk. The kinetics of viral decay in oysters and seawater was evaluated by molecular techniques (PCR and q(RT)-PCR), and by cell culture associated with molecular and immunological methods to access the viral infectivity (ICC-PCR, ICC RT-PCR, IFA, Flow Cytometry and Plaque Assay). The molecular detection by PCR for both viruses showed that the presence of HAdV5 genome was positive in all of the sampling periods, and the HAV genome was detected until 72 h. The tests involving viral viability by ICC-PCR, demonstrated a progressive viral inactivation along the 96h of seawater recirculation under U.V. light irradiation. After 30 minutes of treatment of natural seawater a ~2log10 and ~3log10 reduction where observed for MNV-1 and HAdV2, respectively, based on q(RT)PCR results. When viral infectivity was analyzed, a reduction of more than 4log10 was observed for infectious MNV-1, while HAdV2 presented ~2.3log10 reduction, remaining infective viruses present after 60 minutes. JCPyV presented a average reduction of 1,6 log10, analysed by qPCR. No differences in the disinfection kinetics have been observed between natural and artificial seawater. Based on qPCR results, the kinetics observed were different for each virus, reaching, at 120h of contact time, ~5log10 and ~3log10 reduction for HAdV2 and HAV, respectively; for MNV-1, was observed a ~4,5log10 reduction at 72h under U.V. treatment. Despite the genome detection, HAdV2 was able to remain infectious only up to 72h, according ICC-RT-PCR results. Assays involving viral stability without U.V. irradiation, demonstrated a progressive reduction of viral load along the 120h of seawater recirculation for three viruses (~2log10 for HAdV2; ~2,5log10 for HAV and ~3log10 for MNV). This different kinetics is probably associated to the chlorine species present, the contact time with the U.V. radiation and structural characteristic of each virus. The natural decreasing of viral load can be due to the existence of environmental factors, such as ionic strength and compounds naturally found in seawater. This work confirmed that HAdV is a particularly a resistant viral pathogen and requires longer periods for inactivation. These data will be subsequently useful to plan water disinfection in shellfish depuration tanks.

Submitted by Ana Paula Macedo (ensino@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-03T12:31:31Z No. of bitstreams: 1 FRANCISCO CAMPELLO DO AMARAL MELLO.pdf: 4429617 bytes, checksum: 52094842a3a3338e4a177971547f3a05 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-03T12:31:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FRANCISCO CAMPELLO DO AMARAL MELLO.pdf: 4429617 bytes, checksum: 52094842a3a3338e4a177971547f3a05 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Nos últimos anos, dois assuntos relacionados a infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) vêm sendo foco de muitos debates e estudos por pesquisadores ao redor do mundo: o tratamento antiviral contra a hepatite B crônica e a infecção oculta pelo HBV. O estudo da ocorrência de mutações de resistência aos medicamentos antivirais mais potentes, os análogos de núcleos(t)ídeos (NAs), que representa o maior entrave para o sucesso do tratamento, passou a ter fundamental importância para o entendimento da dinâmica da terapia a longo prazo e para soluções para contornar este problema. A hepatite B oculta é um tema que preocupa pesquisadores do mundo inteiro pelo fato de algumas questões pertinentes ainda não tenham sido esclarecidas, como o impacto clínico da infecção oculta e seu papel na transmissão do vírus. A presente tese teve como objetivo realizar a caracterização molecular de isolados do HBV em diversas populações de indivíduos com hepatite B: pacientes com infecção crônica submetidos a diferentes tratamentos antivirais (avaliando os tipos de tratamento antiviral atualmente utilizados no Brasil, a eficiência global de cada tratamento em reduzir os níveis de DNA do HBV e a freqüência de isolados com mutação de resistência aos medicamentos), pacientes com infecção aguda (observando a distribuição de genótipos e analisando a presença de subpopulações virais através do pirosequenciamento), e pacientes com infecção oculta pelo HBV (comparando a prevalência da infecção oculta pelo HBV em pacientes anti-HCV positivo e anti-HCV-negativo submetidos à hemodiálise). Como principais resultados obtidos nos quatro manuscritos produzidos, tivemos (i) a LAM como a terapia antiviral mais comum em uso no Brasil, com mais de 80% dos pacientes analisados estando em tratamento com esta droga seja em monoterapia ou em terapia combinada com outra droga; (ii) o tratamento com IFN-α como o menos eficiente em reduzir o DNA do HBV e, em relação aos NAs, não foi encontrada uma diferença significativa entre a terapia com LAM e a terapia com os demais agentes orais em relação à eficiência em reduzir o DNA do HBV no soro dos pacientes, no entanto, as cargas virais nos pacientes tratados com LAM foram muito mais altas do que nos pacientes tratados com as drogas mais recentes; (iii) uma alta freqüência de isolados com mutações de resistência à LAM em pacientes submetidos à monoterapia (quase 50%) ou à terapia combinada (78%); (iv) uma alta incidência de isolados com a tripla mutação de resistência à LAM (6/27; 22,2%) e uma diferença no perfil dos variantes YMDD entre os principais genótipos do HBV circulando no Brasil; (v) a análise por pirosequeciamento de subpopulações de vírus resistentes em indivíduos com hepatite B aguda mostrou que 45% deles apresentaram subpopulações minoritárias de isolados resistentes à LAM que alcançaram até quase 20% da população total, informação útil caso estes indivíduos venham a necessitar de tratamento; (vi) uma prevalência de 15% de infecção oculta pelo HBV em pacientes em programa regular de hemodiálise, não havendo diferença significativa entre os anti-HCV-negativo e anti-HCV-positivo; (vii) uma alta incidência (4/6; 66,7%) de isolados com mutações de resistência à LAM dentre os pacientes com hepatite oculta apesar de nenhum dos pacientes estudados terem sido previamente tratados para a infecção crônica pelo HBV; (viii) a demonstração que a presença exclusiva da substituição sY100C, potencialmente capaz de alterar a conformação do HBsAg, não diminuiu nem a produção nem a secreção desta proteína em comparação com o HBsAg produzido por vírus selvagens. Em conclusão, a alta freqüência de isolados com mutações de resistência à LAM pode limitar o uso de drogas como o ETV e a LdT para terapia de resgate em função da ocorrência de resistência cruzada entre essas drogas. As alterações de aminoácidos no HBsAg (sE164D+sI195M) causadas pela tripla mutação de resistência à LAM, conhecidas por reduzir a afinidade de ligação deste antígeno com o anti-HBs, pode representar um sério problema epidemiológico caso esses isolados passem a circular no ambiente disseminados pela população em geral. Tais substituições podem ter contribuído para o caráter oculto da infecção por diminuírem a detecção do HBsAg por testes sorológicos, sugerindo ser esta a causa mais provável da ocorrência de infecção oculta nos pacientes em hemodiálise. / In recent years, two issues related to hepatitis B virus (HBV) infection have been the focus of many discussions and studies by researchers around the world: antiviral therapy against chronic hepatitis B and occult HBV infection. Studies of the occurrence of resistance mutations to the nucleos(t)ide analogue (NAs) drugs, which represents the main hindrance to successful treatment, have been of fundamental importance for understanding the dynamics of long-term therapy and to propose solutions to overcome this problem. The second issue concerns the occult HBV infection. Occult hepatitis B is a subject that worries researchers worldwide. This concern is based on some relevant issues that remain unclear, as the clinical impact of occult infection and its role in transmitting the virus. This thesis aimed to perform the molecular characterization of HBV isolates in patients undergoing antiviral treatments (assessing the types of antiviral treatment currently used in Brazil, the overall efficiency of each treatment in reducing the levels of HBV DNA and the frequency of isolates with drug resistance mutations), to analyze patients with acute infection (determining HBV genotype distribution and the presence of viral subpopulations by pyrosequencing, and in patients with occult HBV infection (comparing the prevalence of occult HBV infection in anti-HCV-positive and anti-HCV-negative patients on hemodialysis). As the main results obtained in the four manuscripts produced, we had (i) LAM as the most common antiviral therapy used in Brazil, with more than 80% of the analyzed patients being treated with this drug either alone or in combination therapy with another drug; (ii) treatment with IFN-α proved to be the least effective in reducing HBV DNA and for the NAs, no significant difference between therapy with LAM and therapy with other oral agents regarding efficiency in reducing HBV DNA in serum of patients was found, however, viral loads in patients treated with LAM were much higher than in patients treated with newer drugs; (iii) a high frequency of isolates with LAM resistance mutations in patients on monotherapy (almost 50%) or combined therapy (78%); (iv) a high incidence of isolates with the triple resistance mutation to LAM (6/27; 22.2%) and a difference in the profile of YMDD variants among the major HBV genotypes circulating in Brazil; (v) pyrosequencing analysis of subpopulations of drugresistant viruses in patients with acute HBV infection showed that 45% of the individuals had minor subpopulations of LAM-resistant, isolates varying from 4 to 17%. The screening of the subpopulations provides a useful information to avoid the occurrence of drug-resistance whether these individuals become chronic carries and need to start an antiviral treatment; (vi) a prevalence of occult HBV infection of 15% in patients on regular hemodialysis program, with no significant difference between anti-HCV-negative and anti-HCV-positive patients; (vii) a high incidence (4/6; 66.7%) of isolates with LAM resistance mutations among patients with occult hepatitis although none of them had been treated for chronic HBV infection; (viii) demonstrated that the exclusive presence of the substitution sY100C, potentially able to alter the conformation of HBsAg, did not reduced neither the production nor the secretion of this protein compared to HBsAg produced by wild-type viruses. In conclusion, the high frequency of LAM-resistant isolates may limit the use of drugs such as ETV and LdT for rescue therapy due to the occurrence of cross resistance between these drugs.The amino acid substitutions in HBsAg (sE164D+sI195M) caused by LAM triple mutation, known to reduce the binding affinity of this antigen to anti-HBs, may represent a serious epidemiological problem if these viruses begin to circulate in the environment and to spread in the general population. Such substitutions may have contributed to the occult status of the infection by decreasing the detection of HBsAg by serological tests, suggesting that this is the most likely cause of the occurrence of occult infection in hemodialysis patients.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:45:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Introdução: São Paulo e uma das cidades com maior diversidade populacional do mundo. Por causa disso, ela pode apresentar um perfil molecular do HBV diferente do restante do Brasil. Objetivos: Avaliar os genotipos e possiveis recombinantes; mutacoes relacionadas a resistencia aos antivirais, progressao da doenca hepatica e de escape vacinal em pacientes infectados na cidade de São Paulo. Pacientes e Metodos: Foram selecionadas amostras de plasma de 60 pacientes tratados e nao tratados infectados pelo HBV. Foi realizada a amplificacao e sequenciamento do genoma completo, mapeamento de mutacoes, analises filogeneticas para determinacao dos genotipos e deteccao de recombinantes. Resultados: Foram analisados 28 genomas completos e tambem 11 genomas parciais (HBsAg e o dominio de RT). A distribuicao de genotipos foi: A (51,3%), D (25,6%), F (15,4%) e C (7,7%). Mutacoes de resistencia primaria nao foram encontradas, no entanto, mutacoes compensatorias foram encontradas em 43% dos pacientes tratados e 12,5% nos pacientes nao tratados. Foram encontradas mutacoes relacionadas ao escape vacinal e alteracoes na antigenicidade do HBsAg (82%); mutacoes no gene C relacionadas com a progressao da doenca hepatica (85,7%) e delecoes na regiao Pre-S (14%). Conclusoes: A distribuicao de genotipos reflete o contexto historico e social da populacao da cidade de São Paulo, que e composta por imigrantes da Africa, Europa e Asia, e da migracao brasileira, em sua maioria procedente da Regiao Nordeste e Norte do Brasil. A maioria das mutacoes no gene S, que levam a alteracoes da antigenicidade do HBsAg, sao caracteristicas que distinguem os diferentes genotipos, o que poderia explicar a diferencia de antigenicidade entre eles. As Mutacoes A1762T/G1764A e G1896A em pacientes HBeAg positivos e delecoes nos codons de iniciacao na regiao Pre-S podem estar relacionados com populacoes virais nao majoritarias e necessita de mais estudos com as novas tecnologias de sequenciamento / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 925.pdf: 4327495 bytes, checksum: 2ac1e3c8c4ff6b52a165f9a04e3937d8 (MD5) Previous issue date: 2007 / O presente trabalho abrange a discussão sobre as características microbiológicas de esgotos hospitalares, bem como os impactos do lançamento destes efluentes sem um prétratamento adequado em corpos receptores, cujos riscos associados incluem a disseminação de microrganismos patogênicos no ambiente. Desta forma, estudou-se a eficiência de um sistema de tratamento de esgoto hospitalar localizado na cidade do Rio de Janeiro, para verificar se o mesmo era capaz de eliminar coliformes totais e fecais, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae resistentes a antibióticos e vírus da hepatite A. O sistema experimental se constitui de uma unidade de reator UASB seguido de pós-tratamento por três filtros anaeróbios dispostos em série, conferindo-lhe uma característica particular. Também teve como meta a verificação da adequação de uma técnica para detectar vírus da hepatite A em amostras de esgoto e lodo de esgoto. Concluiu-se que o sistema de tratamento estudado não foi capaz de eliminar os coliformes totais e fecais, Pseudomonas aeruginosa e bactérias resistentes do efluente tratado. Entretanto, nenhum vírus da hepatite A foi detectado no efluente final tratado, indicando que este sistema pode ser eficiente na remoção de vírus patogênicos. (...) Estes resultados confirmam a emergência do problema da alta prevalência de bactérias resistentes a antibióticos nos hospitais, bem como em amostras ambientais.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:14:38Z : No. of bitstreams: 1 jardim_acg_me_sjrp.pdf: 3983929 bytes, checksum: 587fc4359397e3ed6de6922651160d80 (MD5) / O HCV é uma das maiores causas de doença do fígado, sendo estimado que mais de 2% da população mundial está infectada. Este vírus possui um genoma de RNA (+) fita simples, que devido à falta de atividade corretiva da polimerase viral apresenta variabilidade genética em vários níveis: genótipos, subtipos e quasispecies. O genótipo 1 é o mais prevalente no Brasil e no mundo, sendo preditivo de uma baixa resposta à terapia antiviral, que atualmente é baseada na administração de PEG-IFN e ribavirina. A variabilidade genética da região viral NS5A tem sido relacionada à sensibilidade ou resistência ao IFN. Este estudo teve como objetivo investigar se a possível relação entre a composição de quasispecies da NS5A e a resposta ao tratamento. Foram selecionados 12 pacientes, sendo 4 respondedores (R), 4 não respondedores (NR) e 4 respondedores ao final do tratamento (RFT). As amostras pré-tratamento destes pacientes foram amplificadas, clonadas e seqüenciadas, resultando em 165 seqüências da NS5A completa. Estas seqüências foram alinhadas, editadas e a construção da topologia da árvore filogenética foi realizada. A NS5A e suas regiões específicas CRS, PKR-binding, ISDR, NLS e V3 foram analisadas quanto às substituições e o grau de variabilidade genético. O grupo de pacientes RFT apresentou uma maior taxa de substituições sinônimas em relação aos demais grupos. Uma maior quantidade de mutações foi observada na região downstream à ISDR, principalmente na região V3. Nenhum sítio específico de mutação foi relacionado a um tipo particular de resposta, e não houve agrupamento filogenético das quasispecies de acordo com o tipo de resposta. Estes resultados sugerem que o número de mutações não é suficiente para predizer a sensibilidade ou resistência à terapia baseada em IFN, sendo necessário avaliar se estas mutações conservaram ou não as propriedades químicas dos aminoácidos. / Hepatitis C virus (HCV) is major causes of liver desease and about 2% of world s population are infected. This virus is a single strain RNA genome of approximately 9.6 kb. Genetics variability of HCV exists at several different levels: genotypes, subtypes and quasispecies. The high mutation rates are related to the low fidelity of viral RNA polymerase. Genotype 1 HCV is the most prevalent in Brazil, as well as worldwide. Genotypes 1a and 1b are predictive of lower sustained virological response in peginterferon (PEG-IFN) plus ribavirin combination therapy. Genetic variability of viral NS5A has been related to IFN sensibility or resistance. To evaluate whether HCV NS5A quasispecies composition are related to responsiveness to combined PEG-IFN and ribavirin therapy, this study analyzed before treatment sample of 12 treated patients (4 sustained responders - SR, 4 non responders - NR and 4 end of treatment responder - ETR). Samples were amplified, cloned and sequenced, resulting in 165 sequences of complete NS5A. Sequences were aligned, edited and phylogenetical tree was constructed. Mutations and mean of genetic distance were analyzed to NS5A and specific regions CRS, PKR-binding, ISDR, NLS and V3. The number of synonymous substitutions per synonymous sites was higher in ETR patients than in other patient groups. Mutations were more common downstream ISDR, mainly concentrated in V3 domain. No single amino acid position or motif was associated with different responses to therapy in any NS5A regions analyzed and phylogenetic analysis did not show clustering of nucleotide sequences of viral isolates from SR, NR or ETR. These results suggest that number of mutations is not sufficient to predict sensibility or resistance to IFN based therapy. Other studies are necessary to evaluate whether chemical characteristics of amino acids were altered for the mutations.

Resumo: A Hepatite C é uma das principais causas de doença crônica hepática. A combinação entre o interferon peguilado e a ribavirina tem sido considerado o padrão-ouro de tratamento para Hepatite C. A resposta ao tratamento vem sendo associada a fatores ambientais, do vírus e também do paciente, tais como polimorfismos genéticos dos antígenos leucocitários humanos (HLA), da interleucina-10 e do fator de necrose tumoral-a. Plaquetas possuem em suas membranas glicoproteínas que expressam segmentos protéicos polimórficos, os quais são chamados de antígenos plaquetários humanos (HPA). Os sistemas HPA-1, -3, -4 e -5 residem em integrinas, proteínas que possuem interações com interferon. O objetivo desse estudo foi avaliar a associação entre freqüência dos HPA-1, -3, -4 e -5 e a resposta ao tratamento, em 138 pacientes tratados para Hepatite C. A genotipagem dos HPA-1, -3 e -4 foi realizada pela técnica de PCR-SSP e do HPA-5 pela PCR-RFLP. A genotipagem do HCV foi realizada através do Kit comercial INNO-LiPA® v.1.0 (Innogenetics, Ghent, Belgium), segundo as instruções do fabricante. Os pacientes foram divididos em grupos e subgrupos de acordo com o esquema terapêutico, a resposta ao tratamento e o genótipo do HCV. Os pacientes que possuíam o genótipo do HCV não-1 e que foram tratados com IFN-a+RBV, com falha terapêutica, apresentaram uma diferença estatística significante (p<0.05) nas freqüências alélicas e genotípicas do sistema HPA-3, com aumento do alelo 3b. O sistema HPA-3 está localizado em uma integrina que se liga a fibronectina, um receptor de interferon. Nesse contexto, a alteração conformacional glicoprotéica decorrente da presença do alelo HPA-3b, poderia estar associada à falha ao tratamento com IFN-a+RBV em pacientes portadores de genótipo viral não-1. / Abstract: Hepatic fibrosis leading cirrhosis in 20 to 30% of patients with chronic hepatitis C virus (HCV) infection. Rapid progression to fibrosis has been related to environmental, viral and host factors. However, genetic polymorphisms have recently been associated with this progression, including the expression of integrins. Platelet membrane glycoproteins express several polymorphic antigenic determinants on their surface, which are called human platelet antigens (HPA). HPA-1, -3, -4 and -5 reside in integrins. The association between HPA antigens and stage of fibrosis can determine if HPA is related to progression of fibrosis. Thus, the goal of this study was to determine the association between the HPA-1, -3, -4 and -5 and the liver fibrosis stage in 175 HCV-infected patients. HPA-1, -3 and -4 genotyping was performed by PCR-SSP and, HPA-5 by PCR-RFLP. Fibrosis progression was evaluated using the METAVIR scoring system. There were no significant differences (p>0.05) in allelic and genotypic frequency distribution of HPA-1, -3 and -5, residing in integrins. / Orientador: Maria Inês de Moura Campos Pardini / Coorientador: Giovanni Faria Silva / Banca: Rejane M. T. Grotto / Banca: Paula Rahal / Banca: Ricardo Alberto Moliterno / Banca: Fernando Lopes Gonçalves Junior / Doutor

Introduction: The infection by the virus HCV has been one of the main causes of hepatic diseases in the world, besides the difficult and late diagnosis. In this sense, it is important to estimate the impact generated by the hepatitis C regarding the premature mortality as well as the generated disability, the is that “Burden of Disease”. Objective: Estimating the burden of disease due to hepatitis C in the state of Santa Catarina in the year 2009. Methods: An epidemiologic study of ecologic design was carried out. The population analyzed was composed by estimated data of prevalence and mortality by HCV of resident citizens in the state of Santa Catarina in the year 2009. The burden of disease by HCV was estimated through the indicators YLD, YLL, and DALY and their respective rates by gender, age brackets and health region. Results: The burden of disease was estimated in 65,832 DALYs, being the component YLD responsible for 96% of this data. Males demonstrated a higher YLL, whilst the distributions of YLD and DALY were similar by gender. The age brackets of 45 to 59 years showed higher number of DALYs. The age brackets of 45-59 and 30-44 showed higher quantity of YLD, and of 60-69 showed a higher quantity of YLL. The region of the Extremo Oeste was responsible by the highest quantity of DALYs among all the regions. Conclusion: The burden of disease in Santa Catarina was estimated in 65,832 DALYs, and the age brackets of 30-44 and 45-59 the highest values. The Extremo Oeste region showed the highest value. The male gender and the age 30-44 and 45-59 years-old also showed the highest DALY rates. / Submitted by Rogele Pinheiro (rogele.pinheiro@unisul.br) on 2017-10-23T17:18:29Z No. of bitstreams: 1 109325_Katia.pdf: 625028 bytes, checksum: 83189c27cd1a491f5b66dd1851f705ff (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Correa da Cruz (caroline.cruz@unisul.br) on 2017-10-23T20:16:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 109325_Katia.pdf: 625028 bytes, checksum: 83189c27cd1a491f5b66dd1851f705ff (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-23T20:16:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 109325_Katia.pdf: 625028 bytes, checksum: 83189c27cd1a491f5b66dd1851f705ff (MD5) Previous issue date: 2013-08-30 / Introdução: A infecção pelo vírus da Hepatite C(HCV) tornou-se uma das principais causas de doença hepática no mundo, com diagnóstico difícil e tardio. Nesse contexto, é importante estimar o impacto gerado pela hepatite C no que diz respeito tanto à mortalidade precoce quanto à incapacidade gerada, o que constitui a Carga de Doença. Objetivo: Estimar a Carga de Doença por hepatite C no estado de Santa Catarina no ano de 2009. Métodos: Estudo epidemiológico de delineamento ecológico, composto por dados estimados de prevalência e mortalidade por HCVde indivíduos residentes no Estado de Santa Catarina no ano de 2009. Foi estimada a Carga de Doença por HCV através dos indicadores YLD, YLL e DALY e suas respectivas taxas, por sexo, faixa etária e macrorregião de saúde de Santa Catarina. Resultados: A Carga de Doença foi estimada em 65.832 DALYs, sendo o compontente YLD responsável por 96% do indicador. O sexo masculino apresentou maior YLL, enquanto as distribuições do YLD e DALY foram semelhantes por sexo. As maiores taxas do Dalys estão nas faixas etárias de 45-59 anos, as maiores taxas de YLD também na faixa de 45-59 e 30-44 anos , a maior quantidade de YLD foi na faixa de 60-69 anos de YLL. A macrorregião do Extremo Oeste foi responsável pela maior quantidade de DALYs entre as macrorregiões. Conclusão: A Carga de Doença em Santa Catarina foi estimada em 65.832 DALYs, e as faixas etárias 30-44 e 45-59 anos apresentaram as maiores taxas. A macrorregião do Extremo Oeste apresentou a maior carga. O sexo masculino e as faixas etárias 30-44 anos e 45-59 anos apresentaram as maiores taxas de DALY.

Orientador: Paulo Eduardo de Abreu Machado / Resumo: A hepatite C acomete cerca de 130-150 milhões de pessoas em todo o mundo, sendo que grande parcela dos portadores do vírus da hepatite C (VHC) permanecem assintomáticos por longos períodos. O diagnóstico da doença acontece muitas vezes devido a sintomas extra-hepáticos como fadiga crônica, alterações endócrinas, dermatológicas e hematológicas, porém, a patogênese das manifestações extra-hepática é pouco conhecida. Assim, modelos que reproduzam a infecção in vitro pelo VHC se tornam necessários para que se possa compreender e esclarecer a relação entre estas desordens e o VHC. O VHC é um Hepacivírus da família Flaviviridae, sua entrada em células suscetíveis, como os hepatócitos, pode ocorrer por infecção direta, mediada principalmente pelos receptores CD81 e Claudina-1 (CLDN1), desencadeando uma série de processo para internalização e replicação viral, ou por infecção por contato célula-a-célula, mediada por CLDN1 e Ocludina (OCLN), não sendo necessário, por esta via, CD81. Estudos evidenciam a interação entre plaquetas e VHC, no entanto, não demonstram claramente se estas células somente aderem às partículas virais ou se são infectadas pelo vírus. Assim, estudos que contribuam à elucidação deste processo são salutares. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a infecção de megacariócitos e plaquetas pelo VHC e verificar a influência na fisiopatologia da hepatite C. Amostras de megacariócitos, provenientes de doadores de medula óssea, e amostras de plaquetas perif... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hepatitis C affects about 130-150 million people worldwide. It´s caused by Hepacivirus and the diagnosis are by extrahepatic symptoms such as chronic fatigue, endocrine, dermatologic and hematologic changes. However, the pathogenesis of extrahepatic manifestations is little known and requires further studies on the relationship of these disorders and the hepatitis C vírus (HCV), therefore infection in vitro model can improve this kind of knowledge. HCV is a family of Flaviviridae, its entry into susceptible cells, such as hepatocytes, can occur by direct infection mediated primarily by CD81 receptors and Claudin-1 (CLDN1), triggering a process serie for internalization and viral replication ocurr. Other road is by cell-to-cell mediated CLDN1 and occludin (OCLN), not being necessary the presence of CD81. Studies describe the interaction between platelets and HCV, however, does not clearly denotes how this process happens, due to this, studies can contribute to the elucidation of this process relevance. The aim of this study is the evaluation of the infection of megakaryocytes and platelets HCV and the influence in pathophysiology of hepatitis C. Megakaryocytes samples, from bone marrow donors, and samples of peripheral platelets, both obtained from healthy donos are infected in vitro with HCV positive plasma. Infected samples were evaluated by flow cytometry and confocal microscopy. The parameters analyzed were the presence or absence of viral and expression of CLDN1 and CD81... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre