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51	Apple scab (Venturia inaequalis) and pests in organic orchards / Sandskär, Boel, January 2003 (has links) (PDF) Diss. (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniv., 2003. / Härtill 5 uppsatser.
52	A computational framework for transcriptome assembly and annotation in non-model organisms: the case of venturia inaequalis Kimbung, Stanley Mbandi January 2014 (has links) Philosophiae Doctor - PhD / In this dissertation three computational approaches are presented that enable optimization of reference-free transcriptome reconstruction. The first addresses the selection of bona fide reconstructed transcribed fragments (transfrags) from de novo transcriptome assemblies and annotation with a multiple domain co-occurrence framework. We showed that selected transfrags are functionally relevant and represented over 94% of the information derived from annotation by transference. The second approach relates to quality score based RNA-seq sub-sampling and the description of a novel sequence similarity-derived metric for quality assessment of de novo transcriptome assemblies. A detail systematic analysis of the side effects induced by quality score based trimming and or filtering on artefact removal and transcriptome quality is describe. Aggressive trimming produced incomplete reconstructed and missing transfrags. This approach was applied in generating an optimal transcriptome assembly for a South African isolate of V. inaequalis. The third approach deals with the computational partitioning of transfrags assembled from RNA-Seq of mixed host and pathogen reads. We used this strategy to correct a publicly available transcriptome assembly for V. inaequalis (Indian isolate). We binned 50% of the latter to Apple transfrags and identified putative immunity transcript models. Comparative transcriptomic analysis between fungi transfrags from the Indian and South African isolates reveal effectors or transcripts that may be expressed in planta upon morphogenic differentiation. These studies have successfully identified V. inaequalis specific transfrags that can facilitate gene discovery. The unique access to an in-house draft genome assembly allowed us to provide preliminary description of genes that are implicated in pathogenesis. Gene prediction with bona fide transfrags produced 11,692 protein-coding genes. We identified two hydrophobin-like genes and six accessory genes of the melanin biosynthetic pathway that are implicated in the invasive action of the appressorium. The cazyome reveals an impressive repertoire of carbohydrate degrading enzymes and carbohydrate-binding modules amongst which are six polysaccharide lyases, and the largest number of carbohydrate esterases (twenty-eight) known in any fungus sequenced to date RNA-Seq Quality filtering Transcriptome reconstruction Transfrags Coding potential Comparative transcriptomics Open reading frame Host-pathogen interaction Venturia inaequalis Ortholog
53	Spatial distribution and dose-disease relationship of airborne ascospores of Venturia inaequalis on apple Charest, Jollin. January 2000 (has links) No description available. Apple scab -- Québec (Province).
54	Résistance du pommier à la tavelure (Venturia inaequalis) : Recherche de nouveaux loci et construction de génotypes "prototypes" en vue d'une gestion durable de la résistance Soufflet-Freslon, Vanessa 20 November 2008 (has links) (PDF) A l'échelle mondiale, la majorité des variétés de pommier cultivées (Malus x domestica) sont sensibles à la tavelure (champignon Venturia inaequalis). La lutte génétique est une des voies privilégiées pour réduire drastiquement le nombre d'applications fongicides en verger commercial. Les stratégies actuelles de lutte génétique reposent principalement sur l'utilisation de quelques gènes majeurs. Le contournement du gène majeur Vf, introgressé de l'espèce sauvage M. floribunda, montre clairement les limites de telles stratégies de sélection. Dans un tel contexte, ce projet de thèse visait à étudier les facteurs de résistance du pommier à la tavelure dans l'optique d'une gestion durable de la résistance face aux capacités d'adaptation de l'agent pathogène. Deux axes ont été abordés : (i) recherche de nouveaux loci de résistance chez la variété résistante ‘Dülmener Rosenapfel' et dans un ensemble de descendances du programme d'amélioration INRA connectées par leur pedigree ; (ii) combinaison de différents facteurs de résistance (majeure et partielle) dans un plan de croisement demi-diallèle, et comparaison de l'efficacité relative de ces constructions génétiques vis-à-vis de la variabilité de l'agent pathogène. Un nouveau gène majeur, Rvi14, a été caractérisé chez la variété ‘Dülmener Rosenapfel', ainsi que deux QTL : le premier co-localise avec Rvi14, et le second avec un QTL à large spectre d'action déjà identifié dans d'autres fonds génétiques. L'étude de la population en pedigree a confirmé l'occurrence fréquente d'un polymorphisme à ce second QTL et a mis en évidence différents allèles à un troisième QTL co-localisant avec le gène Vf. L'analyse des différentes combinaisons génétiques a permis d'initier la modélisation du niveau de résistance des génotypes de pommier en fonction des loci de résistance portés et face aux souches/races du champignon auxquelles ils sont confrontés. Les résultats obtenus au cours de ce travail sont le support d'une réflexion sur l'efficacité des méthodes de détection de loci de résistance et sur l'utilisation de ces loci en vue d'une gestion durable de la résistance. [SDV:BV] Life Sciences/Vegetal Biology Malus x domestica Venturia inaequalis résistance génétique cartographie génétique gènes majeurs QTL modèle génétique construction de génotypes
55	Potentiel évolutif du pouvoir pathogène de Venturia inaequalis en lien avec la domestication du pommier et l'utilisation de résistances quantitatives en amélioration variétale Lê Van, Amandine 25 March 2011 (has links) (PDF) Maîtriser l'impact des modifications liées à l'activité humaine sur les populations de pathogènes des cultures est un des grands enjeux actuels pour la mise en place d'une agriculture durable. L'objectif de cette thèse était d'évaluer l'impact de la domestication du pommier et de l'utilisation de résistances quantitatives dans les variétés en cours de sélection, sur le pouvoir pathogène du champignon Venturia inaequalis, responsable de la tavelure. Par des inoculations croisées sur pommiers sauvages et domestiques, nous avons comparé le pouvoir pathogène de souches isolées de milieux naturels et cultivés. Puis nous avons comparé le pouvoir pathogène de ces souches sur des génotypes de pommier domestique cumulant plusieurs facteurs de résistances quantitatives (QTL) afin d'évaluer si les pommiers sauvages pouvaient héberger des souches plus agressives que les pommiers domestiques. Enfin, nous avons évalué les pressions de sélection exercées par ces QTL de résistance sur un mélange de souches par pyroséquençage quantitatif. Nos résultats montrent que la domestication du pommier se serait accompagnée d'une modification importante du pouvoir pathogène de V. inaequalis. Les souches issues de pommiers sauvages sont capables d'infecter des génotypes cumulant un grand nombre de facteurs de résistance mais elles ne sont pas plus agressives que les souches issues de pommiers domestiques ; elles ne représenteraient donc pas une menace supplémentaire pour les vergers. Enfin nous différencions nettement l'impact de QTL à spectre d'action étroit et large ; ces derniers, n'exerçant pas de pression de sélection différentielle entre souches co-inoculées, seraient plus durables. tavelure Venturia inaequalis Malus x domestica M. sieversii M. sylvestris adaptation agressivité pression de sélection différentielle domestication QTL résistance quantitative pyroséquençage co-évolution
56	Acquisition et utilisation d'informations passées : des mécanismes de mémorisation aux conséquences adaptatives du comportement Froissart, Lucie 30 November 2012 (has links) (PDF) Dans un monde changeant et incertain, pouvoir moduler sa réponse phénotypique selon les conditions locales représente un avantage adaptatif majeur. Cette aptitude passe par la récolte d'informations, et plus précisément, dans le cadre de la plasticité du comportement, par la combinaison d'informations passées et présentes. Ceci est rendu possible par l'apprentissage et la mémoire, qui permettent aux animaux de stocker l'information en vue d'une utilisation ultérieure. Cette thèse a pour vocation de renforcer les liens entre écologie comportementale et cognition. Tout d'abord, nous nous sommes penchés sur deux questions propres à l'utilisation d'information passée. (i) Quelle importance est accordée aux informations anciennes face aux récentes ? (ii) En cas de redondance, toutes les informations récoltées sont-elles conservées ? Nous avons montré que (i) l'hyménoptère parasitoïde Venturia canescens accorde un poids égal à l'information issue de l'exploitation de parcelles successives d'hôtes. (ii) Parmi trois sources possibles d'information passée, une seule est utilisée. Dans un second temps, nous avons testé l'hypothèse selon laquelle apprentissage et mémoire ont évolué en réponse au milieu de vie. Nous avons mené une étude comparative sur des V. canescens arrhénotoques et thélytoques vivant dans des habitats contrastés. Les résultats obtenus lors d'un conditionnement olfactif concordent en partie avec nos prédictions, renforçant l'idée d'un lien entre distribution de la ressource et apprentissage. Du point de vue théorique, la question de la valeur adaptative de la durée des différentes phases de mémoire n'a jusqu'ici pas été traitée. Un modèle de simulation est proposé pour commencer à combler cette lacune Information Apprentissage Dynamique de la mémoire Approvisionnement optimal Conditionnement olfactif Hyménoptères Parasitoïdes Venturia canescens
57	Rôle des compromis évolutifs dans la spécialisation et la coexistence d'espèces compétitrices. Développements théoriques et expérimentaux chez les insectes parasitoïdes. Pelosse, Perrine 11 December 2008 (has links) (PDF) Les compromis évolutifs ou trade-offs occupent une place centrale dans l'évolution des traits d'histoire de vie car ils contraignent l'univers des possibles. Les trade-offs dans l'allocation d'énergie vers la reproduction et la maintenance sont essentiellement liés, chez les insectes parasitoïdes, à la disponibilité en hôtes et en nourriture de l'environnement et au nombre d'œufs dont disposent les femelles. Nos expériences relevant de l'écologie comportementale et de l'éco-physiologie démontrent, chez le parasitoïde Venturia canescens, (i) que les caractéristiques de l'environnement sélectionnent une allocation différentielle des ressources vers la fabrication des œufs et la mise en place des réserves énergétiques pendant la phase larvaire ; et (ii) qu'un ajustement des stratégies d'allocation d'énergie en réponse à la disponibilité en hôtes existe pendant la phase adulte. Nos travaux théoriques révèlent le rôle central de la qualité de la nourriture dans l'évolution du trade-off entre recherche d'hôtes et de nourriture, et suggère son importance dans la structuration des communautés de parasitoïdes. Trade-off compromis évolutif allocation d'énergie écologie comportementale éco-physiologie trait d'histoire de vie parasitoïde Venturia canescens dynamique adaptative approvisionnement optimal spécialisation à l'habitat mode de reproduction
58	Démonstration fonctionnelle de la nature virale des particules sans ADN de la guêpe parasitoïde venturia canescens / Study of the domestication of a viral genome in the parasitoid wasp Venturia canescens Leobold, Matthieu 20 September 2018 (has links) Chez la guêpe parasitoïde Venturia canescens, des particules virales dépourvues d'ADN appelées VLP (pour "Virus-like Particules") sont produites spécifiquement dans les ovaires et tapissent le chorion des oeufs qui sont injectés dans la chenille hôte. Les VLP ont une fonction immunosuppressive pour l'hôte parasité et permettent ainsi la survie des oeufs du parasitoïde. Ces VLP résultent de l’intégration d’un nudivirus dans le génome de l’ancêtre de la guêpe, nudivirus qui a été ensuite domestiqué pour former des liposomes viraux capables de véhiculer dans l’hôte des protéines de virulence d'origine cellulaire. L’étude réalisée au cours de cette thèse a eu pour objet, d’une part, d'étudier les mécanismes de domestication virale qui ont conduit au virus symbiotique endogène actuel nommé VcENV (pour V. canescens endogenous nudivirus) et d’autre part, d'apporter des éléments de réponse sur le processus de morphogénèse et le mode d'action parasitaire des VLP. / Viral particles devoid of DNA called VLPs (for Virus-Like Particles) are specifically produced in the ovaries of the parasitoid wasp Venturia canescens and line the chorion of the wasp’s eggs injected into the host caterpillar. VLPs are immunosuppressive and allow parasitoid eggs survival. These VLPs result from the integration of a nudivirus into the wasp ancestor genome, nudivirus which was then domesticated to form viral liposomes capable of carrying, into the host, virulence proteins of cellular origin. The aim of the study carried out during this thesis was, first, to analyze the viral domestication mechanisms that led to the current endogenous symbiotic virus called VcENV (for V. canescens endogenous nudivirus) and secondly to provide some answers on VLPs morphogenesis process and parasitic mode of action. Polydnavirus Nudivirus Particules pseudo-virales (VLP) Endosymbiose Guêpe parasitoïde Venturia canescens Éléments viraux endogènes (EVE) Pseudogènes Domestication virale Interférence ARN PCR semi-quantitative PCR quantitative Approches fonctionnelles Relation hôte-parasite Facteurs de virulence Liposomes viraux Polydnavirus Nudivirus Virus-like particles (VLPs) Endosymbiosis Parasitoid wasp Venturia canescens Endogenous viral elements (EVE) Pseudogenes Viral domestication RNA interference Semi-quantitative PCR Quantitative PCR Functional approaches Host-parasite relationship Virulence factors Viral liposomes

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