Viruses, and particularly bacteriophages, are key players in many microbial ecosystems and can profoundly influence the human microbiome and its impact on human health. While the bacterial and archaeal fraction of the human microbiome can now be profiled at an unprecedented resolution via cultivation-free metagenomics, viral metagenomics is still extremely challenging. The lack of universal viral genetic markers limits the de-novo discovery of viral entities, and the low number of available viral reference genomes from cultivation studies does not cover well the phage diversity in human microbiome samples. Viral-like particle (VLP) purification has been proposed as a set of experimental tools to concentrate viruses in samples prior to sequencing, but it remains unclear how efficient and reproducible such tools are in practice. In this thesis we aim to address some of these challenges and better exploit the potential of viral metagenomics in the context of the human microbiome. First, we performed and studied the performance of VLP procedures on freshwater and sediment samples. We found that bacteria can still be abundant at the end of the filtration process, thus lowering the efficiency of the enrichment. Analyzing samples with a low enrichment may lead to inconsistent conclusions, as the residual bacterial contamination might misdirect the computational analysis. To better quantify the extent of non-viral contamination in VLP sequencing, we designed ViromeQC, a novel open-source tool able to assess and rank viromes by their viral purity directly from the raw reads. In ViromeQC, rRNA genes and bacterial single-copy proteins are used as a proxy to estimate non-viral contamination. With the ViromeQC, we conducted the largest meta-analysis on the degree of enrichment of thousands of viral metagenomes, and concluded that the vast majority of them are three-fold less enriched than a standard metagenome. ViromeQC was then used to select the human gut viromes that had the highest enrichment as a starting point for a novel reference-free pipeline for the discovery of previously uncharacterized viral entities. The approach included metagenomic assembly of the enriched viromes as well as extensive mining of many thousands of assembled metagenomes, and led to a catalog of 162,876 sequences of highly-trusted viral origin. Most of these predicted viral sequences had no match against any known virus in RefSeq even though some of them showed a prevalence in gut metagenomes of up to 70%. Our analyses and publicly available tools and resources are helping to uncover the still hidden virome diversity and improve the support for current and future investigations of the human virome.

L’étiologie des bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins est multifactorielle, mettant en cause des agents infectieux comme des bactéries, virus ou parasites, et également des facteurs de risques liés à la conduite d’élevage et à l’environnement. Dans cette thèse nous nous sommes intéressés aux virus respiratoires bovins. Nous avons étudié le virome de l’appareil respiratoire superficiel et profond des jeunes veaux atteints de BPI par des approches de séquençage à haut débit pour mieux caractériser les co-infections virales et identifier de nouveaux virus. Par ailleurs nous nous sommes intéressés au contexte dans lequel les virus opèrent en analysant la structure, la diversité, et le dynamisme du bactériote respiratoire chez des veaux sains et atteints de BPI. Les résultats suggèrent que de nombreux virus agissent en interactions et montrent une prédominance du coronavirus bovin (BCoV) dans les cavités nasopharyngées et également dans les poumons des veaux atteints de BPI. L’étude phylogénétique des BCoV isolés indique une ségrégation entre souches européennes d’une part et américaines et asiatiques d’autre part qui semble résulter d’un phénomène de recombinaison dans les années 1960-70. Par ailleurs un astrovirus bovin a été clairement détecté pour la première fois principalement dans les poumons de veaux atteints de BPI. L’analyse du microbiote indique, elle, une disparité écologique entre cavités superficielles et profondes et des interactions possibles entre agents pathogènes connus et différentes communautés bactériennes de la flore résidente. Enfin une partie des travaux a concerné le virus influenza D (IDV), un nouveau virus respiratoire bovin émergent récemment identifié en France. Lors d’une infection expérimentale chez des veaux nous avons démontré que IDV possède un pouvoir pathogène respiratoire modéré et qu’il module la réponse immunitaire innée du veau. Nous avons aussi confirmé le caractère ubiquiste d’IDV en démontrant sa circulation sur le continent africain. En conclusion, grâce à des méthodes de séquençages à haut débit ce travail a permis une meilleure description et caractérisation des virus respiratoires bovins et de leur environnement immédiat. Il ouvre des perspectives pour mieux comprendre le rôle des interactions virales dans la genèse des signes cliniques respiratoires. / Bovine infectious bronchopneumonia (BIP) is a complex syndrome that affects young bovines, with a multifactorial etiology often involving one or several viruses and bacteria favored by altered host immunity and disturbed environmental factors. First, using viral metagenomics sequencing tools, we explored the upper (URT) and lower (LRT) respiratory tract viromes of calves with BPI and identified unexpected viruses. In addition, in the same calves, we characterized the structure, diversities and dynamism of the bacterial communities. Results showed different patterns of interactions between the different components of the microbiomes. Among the many detected viruses, the bovine coronavirus (BCoV), showed the highest prevalence in both nasal and pulmonary cavities. Evolutionary and phylogenic analysis of the isolated BCoV strains indicated a clear segregation between European and American/Asian strains, which seems to have resulted from a recombination event during the 1960-70’s. Furthermore, a bovine astrovirus was detected for the first time in the lungs of BIP affected calves. A disparity was noticed in the bacterial community structures between the upper and lower respiratory cavities. Also, there were associations between the presences of certain bacterial taxa and known respiratory pathogens. Finally, a part of the work focused on the emerging influenza D virus (IDV) recently identified in France. Carrying an experimental infection, we showed that IDV has a moderate respiratory pathogenicity and can modulate the innate immune response of the calf. We also showed that IDV circulates in Africa thus confirming its global distribution. In conclusion, thanks to high throughput sequencing methods, this piece of work allowed for a detailed characterization of the bovine respiratory virome and its interacting environment, and further opened new perspectives for a better understanding of viral interactions in bovine BIP.

Les chauves-souris (Chiroptera) sont reconnues comme réservoirs naturels de nombreux microorganismes, dont certains pathogènes, responsables de maladies sévères chez l’homme. À ce jour, plus de 1 300 espèces de chauves-souris, aux habitats et comportements sociaux multiples, ont été décrites. Cette grande diversité d’espèces reflète l’importante diversité des caractéristiques biologiques, de l’histoire évolutive et de la capacité d’adaptation de cet ordre. Les études immunobiologiques laissent à penser que ces animaux présentent des stratégies antimicrobiennes plus efficientes que les autres mammifères, influencées par leurs caractéristiques spécifiques et par les contraintes pathogéniques associées aux environnements. L’objectif de cette thèse était de mieux comprendre, en utilisant la diversité virale et la circulation du virus rabique comme proxy, comment les contraintes bioécologiques, liées à la phylogénie de l’hôte et à son environnement, pouvaient impacter la diversité virale des chauves-souris, et subséquemment, induire une adaptation locale des gènes de l’immunité. L’ensemble des résultats obtenus montre que les composantes environnementales sont des facteurs clés des diversités virales et immunitaires. Associées aux caractéristiques spécifiques, elles jouent un rôle dans le maintien de ces diversités et déterminent les capacités d'adaptation des chauves-souris. Les processus démographiques semblent également contribuer au maintien des virus dans un environnement donné. Ce travail apporte des éléments de compréhension des mécanismes de maintien et de mise en place des diversités virales et immunitaires qui influencent l'adaptation locale des chauves-souris. / Bats belong to the order Chiroptera and are the only mammals capable of true flight. They are recognized as excellent biodiversity indicators. Furthermore, these animals have been described as natural reservoirs and source of infection for several microorganisms, including pathogens responsible for severe human diseases. Currently, more than 1,300 different bat species are described with different habitats and sociality, reflecting a high diversity of bioecological features, life histories and adaptation capacity. Immunobiological studies suggest that bats present more effective anti-microbial strategies highly influenced by their biological traits as well as by the environmental-associated pathogen pressures. The aim of this thesis was to better understand, using viral diversity and circulation of the rabies virus as a proxy, how bioecological constraints related to the phylogeny and the environment where they evolve, could impact the diversity of hosted viral communities and subsequently induce a local adaptation of immune genes. Altogether, the results obtained during this thesis showed that environmental components were key factors of both viral and immune diversities. Associated with species characteristics, environment plays a key role in shaping both diversities and determines the adaptation ability of bats. Nevertheless, demographic processes should not be overshadowed as they seem to contribute to the maintenance of viruses in a given environment. This work sheds light on the mechanisms maintaining and shaping both viral and immune diversities and subsequently influencing the local adaptation of bats

L’étiologie des bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins est multifactorielle, mettant en cause des agents infectieux comme des bactéries, virus ou parasites, et également des facteurs de risques liés à la conduite d’élevage et à l’environnement. Dans cette thèse nous nous sommes intéressés aux virus respiratoires bovins. Nous avons étudié le virome de l’appareil respiratoire superficiel et profond des jeunes veaux atteints de BPI par des approches de séquençage à haut débit pour mieux caractériser les co-infections virales et identifier de nouveaux virus. Par ailleurs nous nous sommes intéressés au contexte dans lequel les virus opèrent en analysant la structure, la diversité, et le dynamisme du bactériote respiratoire chez des veaux sains et atteints de BPI. Les résultats suggèrent que de nombreux virus agissent en interactions et montrent une prédominance du coronavirus bovin (BCoV) dans les cavités nasopharyngées et également dans les poumons des veaux atteints de BPI. L’étude phylogénétique des BCoV isolés indique une ségrégation entre souches européennes d’une part et américaines et asiatiques d’autre part qui semble résulter d’un phénomène de recombinaison dans les années 1960-70. Par ailleurs un astrovirus bovin a été clairement détecté pour la première fois principalement dans les poumons de veaux atteints de BPI. L’analyse du microbiote indique, elle, une disparité écologique entre cavités superficielles et profondes et des interactions possibles entre agents pathogènes connus et différentes communautés bactériennes de la flore résidente. Enfin une partie des travaux a concerné le virus influenza D (IDV), un nouveau virus respiratoire bovin émergent récemment identifié en France. Lors d’une infection expérimentale chez des veaux nous avons démontré que IDV possède un pouvoir pathogène respiratoire modéré et qu’il module la réponse immunitaire innée du veau. Nous avons aussi confirmé le caractère ubiquiste d’IDV en démontrant sa circulation sur le continent africain. En conclusion, grâce à des méthodes de séquençages à haut débit ce travail a permis une meilleure description et caractérisation des virus respiratoires bovins et de leur environnement immédiat. Il ouvre des perspectives pour mieux comprendre le rôle des interactions virales dans la genèse des signes cliniques respiratoires.

The gut microbiome is a complex ecosystem of bacteria, viruses, and fungi that strongly influences animal health. The bacterial component, for example, contributes orders of magnitude more gene products to host physiology than the host genome; thus, changes to the composition of these bacterial communities can have profound influences on the health of the animal. By infecting and lysing their hosts, viruses (particularly viruses infecting bacteria or phages) can affect critical functions in these environments, yet the consequences of these infections remain to be fully described. Most studies investigating gut viromes to date have focused on double-stranded DNA (dsDNA) phages and, consequently, little is known about the smaller single-stranded DNA (ssDNA) phages, which also inhabit gut environments. In this study, we investigated ssDNA phages of the Microviridae family within the gut of an invertebrate organism, Ciona robusta, used as a model system to better understand gut microbial interactions. As a filter feeder, Ciona concentrates dissolved organics and microbes as part of its diet, yet maintains a microbiome distinct from the surrounding water column. We identified 258 unique ssDNA phage genomes representing a diversity of Microviridae subgroups including novel members of the established Gokushovirinae subfamily and several proposed phylogenetic groups (Alpavirinae, Aravirinae, Group D, Parabacteroides prophages, and Pequeñovirus). Over 70% of the genomes belonged to the Gokushovirinae; however, 155 of these genomes did not group with previously described sequences. Our results highlight an unprecedented diversity of ssDNA phages from an animal gut. Furthermore, comparative analysis between samples collected from Ciona specimens with full and cleared guts as well as the surrounding water indicated that Ciona retains a unique and highly diverse community of ssDNA phages. The present study significantly expands the known diversity within the Microviridae family and suggests that Ciona is a promising system for studying the role of ssDNA phages within animal guts.

Thesis (MSc (Genetics))--University of Stellenbosch, 2010. / Includes bibliography. / Title page: Dept. of Genetics, Faculty of Science / ENGLISH ABSTRACT: Next-generation sequencing technologies are increasingly used in metagenomic studies, largely due to the high sequence data throughput capacity and unbiased approach in determining the genetic composition of an unknown environmental sample. This study investigated the applicability of the Illumina next-generation sequencing platform for metagenomic sequencing of grapevine viruses to provide the first complete viral profile, or virome, of a diseased vineyard. Leaf material was harvested from 44 randomly selected vines in a leafroll-diseased vineyard in South Africa. Sample material was pooled and double-stranded RNA extracted. The dsRNA was sequenced as a paired-end sequencing run using the Illumina sequencing-by-synthesis technique, and more than 19 million sequence reads, equivalent to approximately 837 megabases of metagenomic sequence data, were obtained. Of these data, approximately 400 megabases could be assembled into 449 scaffolds, using the de novo assembler Velvet. These scaffolds were subjected to BLAST searches against the NCBI databases and top hit scores were used for virus identification. Based on the BLAST results, suitable sequences were selected from the NCBI database and used as reference sequence in MAQ mapping assemblies. The bioinformatic analyses allowed for the determination of the virus species present, the most prominent variants, and the relative abundance of each. Four known grapevine viral pathogens were identified. Grapevine leafroll-associated virus 3, representing 59% of the analyzed short read sequence data, was identified as the most prominent virus species. Three variants of this virus were detected: GP18 was the most abundant, followed by a minor Cl766/NY1 variant and a potential novel grapevine leafroll-associated ampelovirus. A single Grapevine rupestris stem pitting ]associated virus variant, similar to SG1, and a Grapevine virus A variant, a member of molecular group III, were identified. This study is also the first to report the presence of Grapevine virus E (GVE) in South African vineyards. Grapevine virus E was further genetically characterized and the genome sequence of GVE isolate SA94 determined. The GVE SA94 genome sequence, 7568 nucleotides in length, is the first complete genome sequence for the virus species. The genome organization of GVE SA94 is typical of vitiviruses, but in contrast to other RNA viruses, the AlkB domain is located within the helicase domain in open reading frame 1 (ORF 1). Grapevine virus E SA94 shares nearly 100% nucleotide identity with the Japanese TvP15 isolate and GVE 3404, a de novo scaffold generated from the metagenomic sequence data. Bioinformatic analysis of metagenomic sequence data further revealed the presence of three fungus-infecting viral families, Chrysoviridae, Totiviridae and the unclassified dsRNA virus, Fusarium graminearum dsRNA mycovirus 4. A virus from the family Chrysoviridae, similar to Penicillium chrysogenum virus, was the second most abundant virus detected. We demonstrated the successful application of a short read sequencing technology, such as the Illumina platform, for viral profiling of an infected vineyard. To our knowledge this is the first application of the Illumina technology for this purpose. / AFRIKAANSE OPSOMMING: Volgende-generasie tegnologie om basis volgordes van nukleiensure te bepaal, word al meer gebruik in metagenomiese studies. Dit is veral weens die hoe data-omset kapasiteit en onbevooroordeelde aanslag in die bepaling van die genetiese samestelling van onbekende omgewingsmonsters. Hierdie studie het die aanwending van die Illumina volgende-generasie volgorde-bepalingsplatform in 'n metagenomiese studie van wingerdvirusse, ondersoek. Dit het ten doel gehad om die eerste volledige virus profiel, of viroom, van 'n geinfekteerde wingerd saam te stel. Blaarmateriaal is verkry vanaf 44 lukraak-gekose wingerdstokke in 'n rolblad-geinfekteerde wingerd in Suid-Afrika. Monster materiaal is saamgevoeg en dubbelstring-RNS geekstraheer. Die dubbelstring-RNS is onderwerp aan gepaarde-ent volgorde-bepaling deur gebruik te maak van die Illumina volgorde-bepaling-deur-sintese tegniek. Meer as 19 miljoen volgorde reekse, ekwivalent aan ongeveer 837 megabasisse volgorde data, is verkry. Van hierdie data kon ongeveer 400 megabasisse saamgevoeg word in 449 konstrukte ("scaffolds"), deur gebruik te maak van die de novo samesteller Velvet. Hierdie konstrukte is onderwerp aan BLAST soektogte teen die NCBI databasisse en die hoogste trefslag-telling is gebruik vir virus identifikasie. Op grond van die "BLAST" resultate is geskikte volgordes geselekteer vanaf die NCBI databasis en gebruik as verwysingvolgordes in MAQ kartering-analises. Met die bioinfomatika analises kon die virus spesies teenwoordig, asook die mees prominente variante en relatiewe voorkoms van elk, bepaal word. Vier bekende virus wingerdpatogene is geidentifiseer. Grapevine leafroll-associated virus 3, verteenwoordig deur 59% van die geanaliseerde kort-reeks volgorde data, is identifiseer as die mees prominente virus spesie. Drie variante van die virus is in die wingerdmonster opgespoor: GP18 kom die mees algemeen voor, gevolg deur 'n CL-766/NY1 variant en 'n potensiele nuwe wingerd rolblad-geassosieerde ampelovirus. 'n Enkele Grapevine rupestris stem pitting-associated virus variant, soortgelyk aan SG1, en 'n Grapevine virus A variant, 'n lid van molekulere groep III, is geidentifiseer. Hierdie studie is ook die eerste om die teenwoordigheid van Grapevine virus E (GVE) in Suid-Afrikaanse wingerde te rapporteer. Grapevine virus E is verder geneties gekarakteriseer en die genoomvolgorde van GVE isolaat SA94 is bepaal. Die GVE SA94 genoomvolgorde, 7568 nukleotiede lank, is die eerste volledige genoomvolgorde vir hierdie virus spesie. Die genoomorganisasie is tipies van vitivirusse, maar in kontras met ander RNA virusse is die AlkB domein binne-in die helikase domein van oopleesraam 1 (ORF 1) geleë. Grapevine virus E SA94 deel byna 100% nukleotied identiteit met die Japannese TvP15 isolaat en GVE 3404, 'n de novo konstruk gegenereer vanaf die metagenomiese volgorde data. Bioinformatika analises van die metagenomiese volgorde data het verder die teenwoordigheid van drie swam-infekterende virus families, die Chrysoviridae, Totiviridae en ongeklassifiseerde dubbelstring-RNS virus, Fusarium graminearum dsRNA mycovirus 4, aangetoon. 'n Virus van die Chrysoviridae familie, soortgelyk aan Penicillium chrysogenum virus, het die tweede meeste voorgekom in die wingerd monster. Hierdie studie demonstreer die suksesvolle toepassing van 'n kort reeks volgorde-bepalingstegnologie soos die Illumina platform, vir die opstel van 'n virusprofiel van 'n geinfekteerde wingerd. Sover ons kennis strek is hierdie die eerste aanwending van die Illumina tegnologie vir hierdie doel.

European honey bee (Apis mellifera) is major pollinator for agriculture and vital for food production. Large number of viruses infecting A. mellifera have been discovered over the years, but it isn't yet known if they are pathogenic for their host. However, presence of non-viral pathogens like Varroa destructor can greatly increase their virulence and have fatal consequences for the colony. The aim of this study was to test and verify robustness of the method for virome detection on healthy honey bees from the Czech Republic. Last but not least we aimed to detect non-viral parasites and correlate their presence with detected viruses. We have successfully identified large number of viral sequences from different viral families. Viral composition was found to be influenced mainly by colony from where the honey bees were collected. That was mainly given by a large amount of bacteriophages in the samples. However, analysis of individual viruses, known to infect honey bee, indicated that viral prevalence and viral loads of specific viruses is quite different among individual honey bees from the same colony. Interestingly we were able to find highly diverse Lake Sinai viruses. We were able to observe correlations either between individual viruses or viral other non-viral pathogens. Further analysis is...

Le Canada est l’un des plus grands pays exportateurs de porc du monde et le Québec à lui seul compte pour 6% de ce commerce mondial. Pour conserver sa compétitivité et l’excellence de ses produits, une connaissance approfondie des agents infectieux circulant au sein des troupeaux est primordiale. Plusieurs pathogènes sont peu étudiés et pourtant retrouvés chez les porcs à travers la planète. Cette étude avait pour but l’évaluation de la prévalence des astrovirus porcins, calicivirus, kobuvirus porcin, rotavirus, torque teno sus virus ainsi que le virus de l’hépatite E lors du suivi de porcelets dans un réseau de production porcine, de la maternité jusqu’en fin d’engraissement. Nous voulions brosser un portrait de l’excrétion de ces virus à travers les différentes étapes de production des animaux. L’échantillonnage de porcelets sains et en diarrhée en pré-sevrage a permis de déterminer lesquelles de ces infections virales constituaient des facteurs de risque pour la diarrhée à ce stade de production. Le virome intestinal, la partie virale du microbiome, a également été caractérisé permettant de connaître la diversité des virus entériques porcins aux différentes étapes de production, ainsi qu’entre les porcelets sains et en diarrhée. De plus, la dissémination du virus de l’hépatite E dans l’environnement ainsi que les sources probables de contamination ont été décrites à l’aide d’échantillons provenant des environnements intérieurs et extérieurs de fermes d’engraissement, de la cour d’un abattoir et de transporteurs d’animaux. Les résultats obtenus ont permis de décrire les dynamiques temporelles d’excrétion de ces virus entériques porcins en fonction des stades de production des porcs, démontrant une différence dans l’excrétion de ces virus en fonction de l’âge. Les calicivirus, ainsi que les astrovirus porcins groupes 3 et 5 étaient des facteurs de risque de diarrhée en maternité. Pour la première fois au Canada, la détection et la caractérisation des souches du kobuvirus porcin ont été réalisées, permettant de mieux comprendre leur diversité et leur persistance à travers les stades de production. La diversité du virome entérique porcin a été analysée avec la plateforme de séquençage MiSeq et cette diversité était différente entre les porcelets sains et en diarrhée, ainsi qu’entre les stades de production. Cependant, les traitements enzymatiques utilisés pour le prétraitement des échantillons fécaux ne permettaient pas le séquençage de certains virus à ARN simple-brin. Des souches similaires du virus de l’hépatite E étaient présentes dans l’environnement des fermes, ainsi qu’aux endroits communs à forte circulation des intervenants du réseau. Les activités dans la cour de l’abattoir pourraient donc être impliquées dans la dissémination de ce virus. Cette étude a permis de mieux connaitre la prévalence et la distribution des virus entériques infectant les porcs. De plus, certains des virus entériques étudiés ont été reconnus comme facteurs de risque de la diarrhée en co-infections et devront être étudiés en détail pour comprendre leurs mécanismes en relation avec la diarrhée néonatale. Des interventions plus spécifiques lors d’éclosion de diarrhées porcines, dont l’étiologie est inconnue, pourront donc être réalisées, ainsi que l’élaboration de mesures de biosécurité plus adaptées en fonction du stade de production des porcs. / Canada is a major pork exporter around the world and the province of Quebec alone accounts for 6% of this trade. To maintain the province’s competitiveness and the excellence of its products, a comprehensive understanding of the infectious agents circulating in herds is essential. Several pathogens have been intensively studied, while others have yet to be investigated even though they have been reported in pigs all around the world. This study evaluated the prevalence of porcine astroviruses, calicivirus, porcine kobuvirus, rotavirus, torque teno sus virus and hepatitis E virus, monitored in a pig production network, from the nursing farms to the end of the fattening farms to portray the excretion patterns of these viruses through the different life stages of pigs. The sampling of healthy piglets alongside piglets with diarrhea in the nursing farms allowed to determine which viruses, or co-infections of viruses were factors of diarrhea at this life stage. The intestinal virome, the viral part of the microbiome, was characterized and viral diversity of porcine enteric viruses at different life stages, as well as between healthy and diarrheic piglets were evaluated. Moreover, the dissemination of the hepatitis E virus in the farm environment, as well as the possible sources of contamination were described, from the indoor and outdoor environment of fattening farms, the slaughterhouse yard and animal transporters. The results obtained in this study described the temporal excretion dynamics of these porcine enteric viruses according to the life stages of the pigs, demonstrating the difference in the excretion of the studied viruses according to the life stage. The calicivirus, as well as the porcine astrovirus groups 3 and 5 were found to be risk factors for diarrhea in the nursing farms. For the first time in Canada, the detection and characterization of porcine kobuvirus strains were evaluated and provided a better understanding of their diversity and the persistence of these strains in the network. The porcine enteric virome diversity was analyzed on a MiSeq sequencing platform and this diversity was different between healthy and diarrheic piglets, as well as between the different life stages. However, the different enzymatic treatments used as pretreatments for fecal samples altered the ability to detect certain single-stranded RNA viruses. Similar strains of the hepatitis E virus were present in the indoor and outdoor environment of the fattening farms, as well as in common places of high circulation from the various stakeholders in the pig production network. The activities in the slaughterhouse yard could therefore be involved in the spread of this virus. This study shed light on enteric viruses infecting pigs. In addition, some of the infections from enteric viruses studied were risk factors for diarrhea in co-infections and will need to be studied in more details to understand their mechanisms, in relation to neonatal diarrhea. More specific interventions during outbreaks of porcine diarrhea of unknown etiology could be carried out, as well as the development of more adapted biosecurity measures according to the life stage of the pigs.