Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2016-09-14T18:11:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - TESE.pdf: 3121320 bytes, checksum: 5a704b24078eca8a2b35513ec2a606f6 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2016-09-15T19:42:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - TESE.pdf: 3121320 bytes, checksum: 5a704b24078eca8a2b35513ec2a606f6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T19:42:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS - TESE.pdf: 3121320 bytes, checksum: 5a704b24078eca8a2b35513ec2a606f6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2012-09-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Estresses ambientais representam grandes ameaças à agricultura e, por consequência, à segurança alimentar, uma vez que limitam a produtividade da maioria das plantas cultivadas. Buscando identificar as respostas das plantas frente a estresses abióticos e suas relações com a tolerância sob diferentes condições ambientais, conceitos e técnicas de biologia molecular, biologia celular e genética vêm sendo continuamente utilizadas. A identificação de genes responsivos a estresses pode ser utilizada na obtenção de plantas tolerantes a condições ambientais adversas através de manipulação genética ou cruzamentos direcionados entre diferentes genótipos. Desta forma, este estudo teve como objetivo estabelecer o perfil de expressão de genes pertencentes às famílias ERF, HSP, HSF, TIM/TOM e TIC/TOC, em arroz e tomate sob condições de estresse por deficiência de O2. Além disso, buscou-se estabelecer o perfil transcricional de pêssegos sob condição de estresse por frio. Os resultados obtidos demonstram que em arroz, alguns membros da família ERF apresentam expressão específica de acordo com o agente estressor, enquanto que outros apresentam sobreposição de expressão entre os estresses, além disso, dentro da família ERF alguns genes apresentam regulação complexa e outros regulação simples. Em arroz, alguns genes codificadores de proteínas pertencentes aos complexos TIM/TOM e TIC/TOC apresentaram altos níveis de expressão 24 horas após estresse por anoxia. Entretanto, após 72 horas sob condições de anoxia, ocorreu a inibição da expressão da maioria dos genes pertencentes a estes complexos, sugerindo que possa haver uma interrupção no transporte de proteínas para a mitocôndria e cloroplasto durante este período de estresse. Ao comparar cultivares de arroz tolerante e sensível ao alagamento, verificou-se que houve um acúmulo de transcritos dos genes codificadores de HSPs em ambas as cultivares. Entretanto, a maioria dos genes avaliados foi mais responsiva ao estresse por anoxia na cultivar sensível, do que na cultivar tolerante, sugerindo que genes HSPs têm relação importante na resposta ao estresse por anoxia, mas não estão diretamente envolvidos na tolerância. Em frutos de tomate armazenados sob hipoxia dois genes codificadores de sHSPs foram altamente induzidos por baixos níveis de oxigênio, indicando uma ação primária destes genes na manutenção da homeostase celular após este estresse. Em pêssegos, a aplicação de ácido giberélico atua na prevenção de danos ocasionados pelo frio através da indução de genes associados ao metabolismo de lipídios, à degradação da parede celular e à síntese de trealose. / Abiotic stresses represent large threats to agriculture and food security, since they limit the productivity of the majority of cultivated plants. In order to identify the responses of plants to abiotic stresses and their associations with tolerance under different environmental conditions, concepts and techniques in molecular biology, cell biology and genetics have been used. The identification of genes responsive to stresses can be used to obtain plants tolerant to adverse environmental conditions by genetic transformation or directed crosses. Thus, this study had the objective the establishing of expression profiles of gene belonging to the ERF, HSP, HSF, TIM/TOM and TIC/TOC families in rice and tomato under low O2 stress. Also, the transcriptional profile of peaches under cold stress as obtained. The results indicate that in rice, some members of the ERF family present specific expression according to the stressing agent, while others have overlapping expression among different stresses. Besides, within the ERF family, some genes do present a complex regulation and others a simple regulation. In rice, some genes encode proteins belonging to the TIM/TOM and TIC/TOC complexes present high expression levels 24 hours after anoxia stress. However, after 72 hours under anoxia, the majority of genes were inhibited, suggesting an interruption on the transport of proteins to the mitochondria and chloroplast during the stress period. When the HSP expression profiles of flooding tolerant and sensitive rice cultivars were compared, transcript accumulation occurred for both cultivar types. However, the majority of genes evaluated were more responsive in the sensitive cultivar than in the tolerant, indicating that HSPs have an important association in the response to anoxia stress but are not directly involved in the tolerance. In tomato fruits stored under hypoxia, two sHSPs genes were highly induced by low oxygen levels, indicating a primary action of these genes on keeping cell homeostasis after the stress. In peaches, the application of gibberellic acid acts on preventing the damaged caused by cold by the induction of genes associated to lipid metabolism, cell wall degradation and trehalose synthesis.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:44:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_mateus_olivo.pdf: 1542852 bytes, checksum: eef3fce232cc6f42fdeb4c704bc87040 (MD5) Previous issue date: 2013-07-24 / Wheat (Triticum aestivum L.) is the third most produced worldwide cereal. In Brazil more than half of the consumed wheat is imported. The species has hexaploid genome, which gives good adaptation to different environmental conditions and tolerance to abiotic stresses. Among the main factors that cause stress can be highlighted the problem of drought and soil salinity. Water deficit is the low availability of water to plants, affecting their growth and development caused death when drastic. The salinity is the high salt concentrations in the soil. Therefore, the objective of this study was to evaluate the performance of 14 wheat genotypes when subjected to salt stress and water deficit during the germination phase. To simulate the salt stress were used three solutions with different NaCl concentrations (44.83, 89.66 and 134.49mM NaCl) and a control treatment, pure water. To water deficit were used three solutions with different concentrations of polyethylene glycol 6000 plus pure water control treatment, providing four different osmotic potentials (0.0, -0.2, -0.4 and -0.6MPa). Germination, first count of germination, speed of germination index, shoot dry matter, root dry matter, shoot length and root length were reduced due to the increase of NaCl concentration and osmotic potential more negative. The Marfim genotype was shown to be more tolerant to salt stress and also the stress by water deficit. The CSR test is a potential indicator for identification of genotypes tolerant to salt stress and water deficit. The test GERM is a potential indicator to identify genotypes tolerant to water stress. / O trigo (Triticum aestivum L.) é o terceiro cereal mais produzido no mundo. No Brasil mais da metade do trigo consumido é importado. A espécie possui genoma hexaplóide, que lhe confere boa adaptação a diferentes condições edafoclimáticas e tolerância a estresses abióticos. Dentre os principais fatores que ocasionam estresse pode ser destacado o problema de déficit hídrico e salinidade do solo. O déficit hídrico consiste na baixa disponibilidade de água para as plantas, prejudicando seu crescimento e desenvolvimento, ocasionado à morte quando drástico. A salinidade consiste na alta concentração de sais presentes no solo. Com isso o objetivo deste trabalho foi avaliar o comportamento de 14 genótipos de trigo quando submetidos a estresse salino e déficit hídrico durante a fase de germinação. Para simular o estresse salino foram utilizadas três soluções com diferentes concentrações de NaCl (44,83; 89,66 e 134,49mM de NaCl) e o tratamento controle, água pura. Para o déficit hídrico foram utilizadas três soluções com diferentes concentrações de polietileno glicol 6000 mais o tratamento controle água pura, propiciando quatro diferentes potenciais osmóticos (0,0; -0,2; -0,4 e -0,6MPa). Germinação, primeira contagem da germinação, índice de velocidade de germinação, matéria seca da parte aérea, matéria seca do sistema radicular, comprimento da parte aérea e comprimento do sistema radicular sofreram reduções em função do aumento da concentração de NaCl e potenciais osmóticos mais negativos. O genótipo Marfim foi a que se mostrou mais tolerante ao estresse salino e também ao estresse por déficit hídrico. O teste de CSR é um potencial indicador para identificação de genótipos tolerantes a estresse salino e tolerantes ao déficit hídrico. O teste de GERM é um potencial indicador para identificação de genótipos tolerantes a estresse hídrico.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:44:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_eduardo_venske.pdf: 748978 bytes, checksum: 5e942b59b27d2343cc783ccbc291386d (MD5) Previous issue date: 2013-11-01 / Temperature and light have a complex interaction of plants, and may affect cold tolerance and herbicide selectivity. Two studies were conducted during the 2012 / 2013. In Article I the aim was to evaluate the relationship between temperature and light quantity and quality on the early development of rice cultivars and red rice biotypes. Two experiments were conducted, in the laboratory and in the greenhouse, during the months of July to November, 2012. The factors studied in experiment I were: temperature (25ºC and 18/13ºC); cultivar / biotype (IRGA 424 and PUITA INTA-CL / AV 6716 and AV 6722) and light (white, blue, green, yellow and red, shaders to 86 and 93% and dark). In the second experiment factors were season (August and November); cultivar / biotype (IRGA 424 and PUITA INTA-CL / AV 6716 and AV 6722) and light (white with coating, white, blue, green, yellow and red, shaders to 86 and 93%). The experimental design was in bands for temperature / time of sowing and light, and randomized to cultivar / biotype, with four replications. We evaluated normal seedlings, length of shoot and root, dry weight of shoots and roots and leaf area. Cultivars and biotypes studied have similar behavior against the light and temperature during early development. The light, especially red wave length, has increased tolerance to cold rice. In Article II the objective was to evaluate the effect of sowing date and artificially reducing the luminosity at different stages of plant development on the herbicide selectivity and yield components of rice. The field experiment was carried out in 2012/2013 harvest, and cultivar IRGA 424 was utilized. The factors studied were: sowing season (October 18 and November 09), herbicide (control - hand weeded, bispyribac sodium and penoxsulam) and stage of development of culture with luminosity reduced by 70% [control, seedling (S0-V4), vegetative, reproductive, and the entire cycle]. The experimental design was in bands for sowing date and reduced brightness, and randomized to herbicides, with four replications. Evaluated: plants, stems and panicles per area, herbicide injury, spikelets, filled and empty spikelets per panicle, spikelet sterility, thousand seed weight and yield. The sowing season influences the selectivity bispyribac sodium, and when held near the beginning of the period recommended reduces the productivity of farming. The artificial reduction of light in different phases of the cycle does not affect the selectivity of herbicides bispyribac sodium and penoxsulam on rice. / Temperatura e luz tem um complexo efeito sobre as plantas, podendo afetar a tolerância ao frio e a seletividade de herbicidas. Foram realizados dois estudos, durante os anos de 2012 e 2013. No artigo I o objetivo foi avaliar a relação entre temperatura e quantidade e qualidade de luz sobre o desenvolvimento inicial de cultivares de arroz irrigado e biótipos de arroz vermelho. Foram realizados dois experimentos, em laboratório e em casa de vegetação, durante os meses de Julho a Novembro de 2012. Os fatores estudados no experimento I foram: temperatura (25ºC e 18/13ºC); cultivar/biótipo (IRGA 424 e PUITÁ INTA-CL / AV 6716 e AV 6722) e luz (branca, azul, verde, amarela e vermelha, sombreamentos de 86 e 93% e escuro). No experimento II os fatores foram: época de semeadura (Agosto e Novembro); cultivar/biótipo (IRGA 424 e PUITÁ INTA-CL / AV 6716 e AV 6722); e luz (branca com recobrimento, branca, azul, verde, amarela e vermelha, sombreamentos de 86 e 93%). O delineamento experimental foi em faixas para temperatura / época de semeadura e luz, e inteiramente casualizado para cultivar / biótipo, com quatro repetições. Avaliou-se plântulas normais, comprimento de parte aérea e raiz, massa da matéria seca da parte aérea e de raízes e área foliar. As cultivares de arroz irrigado e biótipos de arroz vermelho estudados têm comportamento semelhante frente à temperatura e luz durante o desenvolvimento inicial. A luz, especialmente no comprimento de onda do vermelho, proporciona aumento na tolerância do arroz ao frio. No artigo II o objetivo do trabalho foi avaliar o efeito da época de semeadura e da redução artificial da luminosidade em diferentes fases do desenvolvimento das plantas, sobre a seletividade de herbicidas e componentes de produtividade do arroz irrigado. O experimento foi conduzido à campo, na safra 2012/2013, e a cultivar utilizada foi IRGA 424. Os fatores estudados foram: época de semeadura (18/outubro e 09/novembro); herbicida (testemunha capinada, bispiribaque sódico e penoxsulam) e fases do desenvolvimento da cultura com luminosidade reduzida de 70% [testemunha, plântula (S0-V4), vegetativo, reprodutivo e todo o ciclo]. O delineamento experimental foi em faixas para época de semeadura e redução de luminosidade, e inteiramente casualizado para herbicidas, com quatro repetições. Avaliou-se: plantas, colmos e panículas por área, fitotoxicidade, espiguetas, espiguetas cheias e vazias por panícula, esterilidade de espiguetas, peso de mil sementes e produtividade. A época de semeadura influencia na seletividade de bispiribaque sódico, sendo que quando realizada próximo ao início do período recomendado reduz a produtividade da cultivar. A redução artificial de luz em diferentes fases do ciclo não afeta a seletividade dos herbicidas bispiribaque sódico e penoxsulam sobre o arroz irrigado.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:59:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_gabriela_peres_moraes.pdf: 2721394 bytes, checksum: 37931b48d7259651d911f5ce19c45303 (MD5) Previous issue date: 2013-08-16 / On the production of rice, the salinization of the soil and the water of irrigation, during the establishment phases its closely related to the variation in the levels of production. Among the main damages caused by saline stress at cellular level, are the disturbances in the plasmatic membrane, being its effects manifested by alterations on the permeability, lipid composition, electrical potential and activity of proteins linked to it. The proteins LTPs ("Lipid Transfer Proteins") are related to the transfer and connection of fatty acids and phospholipids between membranes, in addition to being involved in the modification of the lipid composition and their biogenesis. On this note, the objective of this work was to analyze the expression of ten candidate genes to normalizing for studies of genetic expression and verify the differential expression of eleven genes LTPs in rice seedlings. The genotypes BRS Bojuru (tolerant) and BRS Ligeirinho (sensitive) were exposed to 150mM of NaCl in times 0, 24, 48, 72 and 96 hours. The normalizing gene UBQ10 was the most stable for these experimental conditions tested, while the least stable were IF-4a, Tip41-Like and Cyclophilin, being, therefore not in, the least indicated. Among the analyzed LTPs genes, LTP10 presented a high expression value (70 times more) in the 96 hour of stress, when compared to the control in sensitive genotype. For the BRS Bojuru this same gene kept the expression standards while exposed in different times to the stress. The gene LTP14 showed similar patterns of expression between the genotypes studied. In the beginning of the stress, the level of expression practically unaltered, followed by increase and successive decrease after 72 hrs of salt exposure. After the correlation analysis, it was observed that LTP7 and 14 showed a positive correlation, while LTPs 10,26 and 23 showed negative correlation among genotypes. The phylogenetic tree showed a grouping tendency similar to the nucleotides and amino acids sequences analyzed. Based on the results of this study, it was concluded that the gene UBQ10 is the best normalizing for the experimental conditions tested and the genes LTP10, 23 and 26 can be used as a marker for the assisted selection of rice plants for the saline stress for showing contrasting response of expression between genotypes. / Na orizicultura, a salinização do solo e da água de irrigação, durante as fases de estabelecimento e reprodutiva está intimamente relacionada com a variação nos níveis de produção. Dentre os principais danos causados pelo estresse salino em nível celular, estão os distúrbios na membrana plasmática, sendo seus efeitos manifestados por alterações na permeabilidade, na composição lipídica, potencial elétrico e atividade de enzimas e proteínas ligadas a ela. As proteínas LTPs ( Lipid Transfer Proteins ) estão relacionadas com a transferência e ligação de ácidos graxos e fosfolipídios entre as membranas, além de estarem envolvidas na modificação da composição lipídica e biogênese destas. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a expressão de dez genes candidatos a normalizadores para estudos de expressão gênica e verificar a expressão diferencial de 11 genes LTPs em plântulas de arroz. Os genótipos BRS Bojuru (tolerante) e BRS Ligeirinho (sensível) foram expostos a 150 mM de NaCl nos tempos 0, 24, 48, 72 e 96 horas. O gene normalizador UBQ10 foi o mais estável para estas condições experimentais testadas, enquanto que os menos estáveis foram IF-4α, TIP41-LIKE e Cyclophilin, sendo, portanto, os menos indicados. Dentre os genes LTPs avaliados, LTP10 apresentou alto valor de expressão (70 vezes mais) nas 96 horas de estresse, quando comparado ao controle no genótipo sensível. Para BRS Bojuru esse mesmo gene manteve o padrão de expressão durante os tempos de exposição ao estresse. O gene LTP14 apresentou padrão de expressão semelhante entre os genótipos estudados. No início do estresse, o nível de expressão manteve-se praticamente inalterado, seguido de aumento e sucessiva diminuição a partir das 72 h de exposição ao sal. A partir da análise de correlação observou-se que LTP7 e 14 apresentaram correlação positiva, enquanto que LTPs 10, 26 e 23 apresentaram correlação negativa entre os genótipos. As árvores filogenéticas mostraram uma tendência de agrupamento semelhante entre as sequências de nucleotídeos e aminoácidos analisadas. Com base nos resultados obtidos, conclui-se que o gene UBQ10 é o melhor normalizador para as condições experimentais testadas e os genes LTP10, 23 e 26 poderão ser utilizados como possíveis marcadores para a seleção assistida de plantas de arroz para o estresse salino por apresentarem resposta de expressão contrastante entre os genótipos.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_naciele_marini.pdf: 2585701 bytes, checksum: 33b5a6dcb2a064ddfbf3b977f715ecff (MD5) Previous issue date: 2013-12-07 / There is a constant need for studies aiming to increase yield and quality traits in rice, which have to consider abiotic stress tolerance and genetic variability. This work had as objective to characterize rice mutant families regarding rice iron stress tolerance and validate a technique based on retrotransposons with the goal of detecting genetic variability in rice. Also, to analyse gene expression of genes involved in starch synthesis in the rice grain. Therefore, nine mutant families were characterized for phenotypic traits and iron content in hydroponic conditions. Twenty genotypes were molecularly characterized with the REMAP technique and three cultivars were analysed the profiled for starch biosynthesis related gene expression by qRT-PCR. The results obtained demonstrate that the genotypes BR-IRGA 409 and BRS7-Taim characterized as sensitive presented a higher accumulation of Fe2+ in the shoots. The mutant families CGF-Z-M9-444CD, CGF-Z-M9-328 and CGF-Z-M9-243, were ranked in this study as tolerant. The genotype CGF-Z-M9-444CD was one of the mutants that accumulated less iron in the tissues under stress conditions, being also characterized as resistant in the phenotypic analysis. The variables root length, number of roots, iron, zinc and manganese, were altered in response to hydroponic culture growth with excess iron. In the gene expression study, it was possible to detect contrasting genotypes regarding amylose content presented differential expression for some of the analysed genes. Some of these genes have their expression levels altered at the beginning of starch biosynthesis, suggesting a higher contribution at the beginning of grain filling and other genes at the end of grain maturation. There is a tendency, mainly, for the cultivar BRS Firmeza, to increase the activity of studied genes 20 days after flowering with a decrease at 25 days after flowering and a new increase at 30 days after flowering, indicating an association between the activity of these genes and the stay-green character and the late starch accumulation in this genotype. Also, according with the studies performed, it was possible to measure the genetic variability in the rice germplasm used using the REMAP with a combination of low cost and simple protocols. Therefore, it is possible to discriminate genotypes at DNA level with the goal of predicting genetic distance and directed crosses between elite genotypes, thus exploiting population variability and transgressive segregants within breeding programs / Existe a constante necessidade de estudos visando o aumento da produtividade e da qualidade de grãos de arroz, auxiliados por avaliações de tolerância a estresses abióticos e, detecção da variabilidade genética. Portanto, este trabalho teve por objetivo caracterizar famílias mutantes de arroz quanto à tolerância ao estresse por toxidez de ferro, validar uma técnica de marcadores moleculares baseados em retrotransposons, com o intuito de detectar variabilidade genética em genótipos de arroz e analisar a expressão dos genes envolvidos na síntese do amido no endosperma de grãos de arroz. Sendo assim, nove famílias mutantes foram caracterizadas para caracteres fenotípicos e conteúdo de ferro em condições de hidroponia. 20 genótipos foram caracterizados com a técnica de REMAP e três cultivares de arroz tiveram a sua expressão gênica caracterizada por qRT-PCR. Os resultados obtidos demonstram que os genótipos BR-IRGA 409 e BRS 7 Taim, apresentam maior acúmulo de Fe2+ na parte aérea. As famílias de mutantes CGF-Z-M9-444CD, CGF-Z-M9-328 e CGF-Z-M9-243 foram classificadas neste estudo como tolerantes. O genótipo CGF-Z-M9-444CD foi um dos mutantes que menos acumulou ferro nos tecidos sob condição de estresse, sendo também caracterizado como tolerantes na analise visual. As variáveis comprimento de raiz, número de raiz, ferro, zinco e manganês, sofreram alterações em resposta ao estresse por ferro em condições hidropônicas. No estudo de expressão gênica para qualidade de grão foi possível constatar que constituições genéticas contrastantes quanto ao teor de amilose apresentam expressão diferencial para alguns genes analisados. Alguns destes genes tem seus níveis de expressão alterados no início do desenvolvimento do endosperma, indicando uma maior contribuição no inicio do enchimento dos grãos e que outros genes tem maior atividade no final do ciclo de desenvolvimento. Existe uma tendência, principalmente, para a cultivar BRS Firmeza de aumento na atividade dos genes estudados aos 20 dias após o florescimento com um declínio aos 25 dias após o florescimento e um aumento novamente aos 30 dias após o florescimento, evidenciando a relação existente entre a atividade destes genes com o caráter stay-green e a acumulação tardia de amido no endosperma deste genótipo. Também de acordo com os estudos realizados foi possível mensurar a variabilidade genética no germoplasma de arroz utilizando a técnica REMAP com baixo custo de execução e sem a demanda de equipamentos caros. Assim, é possível identificar indivíduos mais diferentes a nível de DNA, com o objetivo de utilizar essa informação para a realização de cruzamentos entre genitores distantes geneticamente, explorando assim a variabilidade em populações de segregantes transgressivos dentro de programas de melhoramento.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese _Mauricio_ Marini_ Kopp.pdf: 840580 bytes, checksum: aa13499ffc402e82213fc46d39ba5dd0 (MD5) Previous issue date: 2008-04-07 / Hydromorphic soils present as main feature a reduced natural drainage ability, being mostly used for growing irrigated rice. Thus, the occurrence of anaerobic conditions associated to the presence of organic matter enables the development of anaerobic microorganisms which, while decomposing the organic matter, generate phytotoxic substances represented mainly by short chain aliphatic organic acids. The selection of promising genotypes adapted for use in these situations requires complicated field evaluations, which can be simulated under hydroponic culture. The research was composed of four articles that had as major goals to establish an adequate methodology for growing rice under organic acid rich hydroponic culture. The first work aimed at determining the range of concentrations and response variables most indicated for evaluating rice genotypes under hydroponics. The effects of six different concentrations for the three major acids formed in the soil: acetic (0; 4; 8; 12; 16 and 20 mM), propionic (0; 3; 6; 9; 12 and 15 mM) and butyric (0; 2; 4; 6; 8 and 10 mM) acids in two genotypes of high divergence (BRS 7-TAIM and SAIBAN). The results indicated that the most adequate concentration range for organic acid studies in rice are between 15.8 and 8.4; 9.1 and 4.2 and 7.7 and 3.7 mM for acetic, propionic and butyric acids, respectively. Also, the most responsive variable was root length. The second experiment had as goal to determine, under hydroponics, the influence of the pH level used in the hydroponic solution on the phytotoxicity caused by acetic, propionic and butyric acids in rice, as well as the performance of some variables currently used in studies of abiotic stress tolerance in hydroponic systems. For this experiment, three acids (acetic, propionic and butyric) and four pH (4.0; 5.0; 6.0 and 7.0) levels were evaluated. The results allow one to conclude that reduced pH levels increase the phytotoxicity of all acids. The root and shoot lengths have independent behavior from the acid used, as opposite to root number and root and shoot dry matter. Root length was the variable most affected by the treatments. The third article had as objective to evaluate the response of 25 rice genotypes to the phytotoxic effect of acetic, propionic and butyric acids, individually. In this work, 4 treatments were used for each acid: 0 (control); 4; 8 and 12 mM for acetic; 0; 3; 6 and 9 mM for propionic and 0; 2; 4 and 6 mM for butyric acid, respectively. The variables measured were root (CR) and shoot (CPA) length, root number (NR) and root (MSR) and shoot (MSPA) dry matter. The relative performance of the variable CR was the most affected by the acids and the regressions established for this variable revealed ix ix tolerant and sensitive genotypes to organic acids, with 6; 6 and 9 tolerant genotypes for acetic, propionic and butyric acids, respectively. It was observed a higher number of tolerant genotypes on the japonica than on the indica group. The fourth experiment had as objective to evaluate the response of 20 rice cultivars to the interactive phytotoxic effect of acetic, propionic and butyric acids. In these work, four treatments, 0 (control); 3; 6 and 9 mM were used, consisting of the mixture of three acids (acetic, propionic and butyric) at a 6:3:1 ratio. The variables measured were root (CR) and shoot (CPA) length, root number (NR) and root (MSR) and shoot (MSPA) dry matter, phosphorus (P) and potassium (K) content. The results indicated significant differences between the genotypes evaluated for the characters CR, CPA, P and K. Four genotypes were ranked as tolerants. The variable CR associated to CPA, P and K are indicated for the selection of tolerant genotypes. The results obtained allowed one to establish an adequate methodology for the selection of rice genotypes under hydroponic systems combined with organic acid stress (acetic, propionic and butyric) as well as to select promising genotypes regarding their response to this stress. / Os solos do tipo hidromórfico apresentam como característica principal uma reduzida capacidade de drenagem natural, sendo utilizados principalmente para cultivo de arroz irrigado. Assim, a ocorrência de condições anaeróbias associada com a presença de matéria orgânica favorece o desenvolvimento de microrganismos anaeróbios que causam a fermentação desta matéria orgânica produzindo substâncias fitotóxicas representadas principalmente pelos ácidos orgânicos alifáticos de cadeia curta. A seleção de constituições genéticas de arroz promissoras e adaptadas para utilização nestas situações requer avaliações de difícil execução a campo, sendo simplificada com a utilização de sistemas hidropônicos. A pesquisa foi composta de quatro trabalhos que tiveram como objetivo principal estabelecer uma metodologia adequada para estudos com ácidos orgânicos em arroz mediante cultivo hidropônico. O primeiro trabalho determinou a faixa de concentrações e variáveis resposta mais indicadas para avaliações de genótipos de arroz em hidroponia. Foram estudados os efeitos de seis concentrações dos três principais ácidos formados no solo: ácido acético (0; 4; 8; 12; 16 e 20 mM), ácido propiônico (0; 3; 6; 9; 12; e 15 mM) e ácido butírico (0; 2; 4; 6; 8 e 10 mM) em dois genótipos de elevada divergência (BRS 7-TAIM e SAIBAN). Os resultados indicam que as faixas de concentração mais adequadas para estudos de tolerância de arroz a ácidos orgânicos estão entre 15,8 e 8,4; 9,1 e 4,2 e 7,7 e 3,7 mM para os ácidos acético, propiônico e butírico respectivamente, e a variável mais responsiva foi comprimento de raízes. O segundo experimento teve como objetivo determinar, em hidroponia, a influência do nível de pH utilizado na solução hidropônica na fitotoxidade causada pelos ácidos acético, propiônico e butírico em arroz, bem como o desempenho de algumas variáveis atualmente utilizadas em estudos de tolerância a estresses abióticos em sistemas hidropônicos. Neste experimento, foram avaliados três ácidos (acético, propiônico e butírico) e quatro níveis de pH (4,0; 5,0; 6,0 e 7,0). Os resultados permitem concluir que níveis reduzidos de pH aumentam a fitotoxidez de todos os ácidos. Os comprimentos de raízes e parte aérea têm comportamento independente do ácido utilizado, ao contrário do número de raízes e matérias secas de raízes e parte aérea. O comprimento de raízes foi a variável mais afetada pelo efeito das doses. O terceiro trabalho teve como objetivo avaliar a resposta de 25 genótipos de arroz à ação fitotóxica dos ácidos acético, propiônico e butírico individualmente. Neste trabalho foram utilizadas quatro doses para cada ácido: 0 vii vii (testemunha); 4; 8 e 12 mM para ácido acético; 0; 3; 6 e 9 mM para ácido propiônico e 0; 2; 4 e 6 mM para ácido butírico As variáveis mensuradas foram comprimento de raízes (CR) e parte aérea (CPA), número de raízes (NR) e matéria seca de raízes (MSR) e parte aérea (MSPA). O desempenho relativo da variável CR foi o mais afetado pelos ácidos e as regressões estabelecidas para essa variável revelaram genótipos tolerantes e sensíveis aos ácidos orgânicos, com seis; seis e nove genótipos tolerântes para os ácidos acético, propiônico e butírico, respectivamente. Foi constatado ainda maior número de tolerantes no grupo japonica do que no indica. O quarto experimento teve como objetivo avaliar a resposta de 20 genótipos de arroz a ação fitotóxica interativa dos ácidos acético, propiônico e butírico. Neste trabalho foram utilizados quatro doses, 0 (testemunha); 3; 6 e 9 mM, que foram constituídos da mistura dos três ácidos (acético, propiônico e butírico) na relação 6:3:1. As variáveis mensuradas foram comprimento de raízes (CR) e parte aérea (CPA), número de raízes (NR) e matéria seca de raízes (MSR) e parte aérea (MSPA), teor de fósforo (P) e de potássio (K). Os resultados demonstraram diferenças significativas entre os genótipos avaliados nos caracteres CR, CPA, P e K. Quatro genótipos foram classificados como tolerantes. A variável CR associada a CPA, P e K são indicadas para seleção de genótipos tolerantes. Os resultados obtidos pelos trabalhos permitiram estabelecer uma metodologia adequada para utilização em seleção de genótipos de arroz mediante sistemas de hidroponia sob estresse por ácidos orgânicos (acético, propiônico e butírico) bem como selecionar genótipos promissores quanto a resposta à este estresse.

Les poissons téléostéens accumulent les métaux au travers de différentes voies et il est actuellement bien établi que la nourriture joue un rôle majeur sur cette accumulation. Néanmoins de nombreuses lacunes persistent sur la variabilité du transfert trophique des métaux chez les poissons en fonction de leur contexte de vie. La présente recherche doctorale vise à caractériser l’influence de facteurs biologiques et environnementaux sur l’efficacité d’assimilation (AE) de métaux essentiels et non-essentiels chez les poissons. La détermination des AEs lors d’une série d’expériences en milieu contrôlé révèle que les facteurs biologiques, et notamment le type de nourriture ingéré, jouent un rôle prépondérant sur l’AE des métaux chez les poissons alors que les facteurs environnementaux (pH, température, salinité…) semblent n’avoir qu’une influence plus limitée. L’ensemble des travaux réalisés lors de cette thèse permet une meilleure compréhension du transfert trophique des métaux chez les poissons, et apporte ainsi de nouvelles connaissances dans les domaines de la nutrition et de l’écotoxicologie. / Teleost fish accumulate metals through different pathways and It is now well established that food plays a major role in this accumulation. Nevertheless, there is still lack of knowledge on the variability of metal trophic transfer in fish in connection with their life context. The present doctoral research aims at characterizing the influence of biological and environmental factors on the assimilation efficiency (AE) of essential and non-essential metals in fish. AE determination during a series of experiment under controlled condition reveals that biological factors, in particular the type of food ingested, play a predominant role in metal AE in fish while environmental factors (pH, temperature, salinity ...) seem to have a limited influence. All the work carried out during this thesis allows a better understanding of the trophic transfer of metals in fish and, thus bring new knowledge in the field of fish nutrition and ecotoxicology.

L'Eucalyptus, feuillu le plus planté dans le monde, est fortement exposé au froid en raison de l'absence de dormance. Les gènes DREB sont connus comme étant les principaux régulateurs de la réponse aux stress abiotiques. Un nombre élevé de gènes DREB1/CBF (C-Repeat Factor) a été identifié chez Eucalyptus grandis. Le but de l'étude est de mieux comprendre le rôle de la voie DREB chez Eucalyptus pour le contrôle de la tolérance au stress, du développement et de la formation du bois. La présente étude a permis une annotation des gènes CBF et DREB2 dans le cadre d'un projet de sequençage partiel du génome d'E. gunnii. Une analyse complète de l'expression des genes par qRT-PCR a été réalisée sur les différents organes des deux espèces d'Eucalyptus après les traitements au stress. L'existence d'une copie de CBF supplémentaire dans le génome E. gunnii par rapport à E. grandis suggère que ce groupe est encore en évolution contrairement au groupe DREB2. Un nombre élevé de transcrits CBF chez E. gunnii, tolérant au froid, et forte une vitesse d'induction ce ces facteurs chez E. grandis, à croissance rapide, suggère que les facteurs CBF sont impliqués à la fois dans la protection au stress et la limitation de croissance. Des facteurs de transcription des familles MYB, NAC, KNOX et AP2/ERF impliqués dans le contrôle de la croissance et de la formation de la paroi cellulaire ont été identifiés comme étant des gènes putatifs cibles de CBF. Ces résultats sont en accord avec le phénotype modifié de surexpresseurs CBF. Les deux approches suggèrent un rôle central de la voie de DREB dans le compromis entre la croissance et la résistance au stress chez cette espèce ligneuse. / Eucalyptus, the most widely planted hardwood in the world, is highly exposed to the cold due to the lack of dormancy. DREB (Drought Responsive Element Binding) genes are known as master regulators of abiotic stress response. A high number of the DREB1/CBF (C-Repeat Factor) genes has been annotated in Eucalyptus grandis. The aim of the study was to better understand the role of DREB pathway in Eucalyptus for the control of stress tolerance, development and wood formation. The present study provides an annotation of the CBF and DREB2 genes from a partial draft of the E. gunnii genome sequence. A comprehensive transcriptional analysis through high-throughput qRT-PCR was carried out on different organs from the two Eucalyptus species after stress treatments. An additional CBF copy in the E. gunnii genome compared to E. grandis suggests that this group is still evolving unlike the DREB2 group. The higher CBF transcript amounts in the cold tolerant E. gunnii together with higher induction rates in the fast growing E. grandis suggest that CBF factors promote both stress protection and growth limitation. In addition, transcription factors from MYB, NAC, KNOX and AP2/ERF families involved in the control of growth and cell wall formation have been identified as putative CBF target genes. These results are in agreement with the modified phenotype of CBF overexpressors. Both approaches suggest a central role of DREB pathway in the trade-off between growth and stress resistance in this woody species.

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:56:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Deigilam Cestari Esteves.pdf: 2776358 bytes, checksum: 7e1a46b5b264cbf8e0c0d96e68b501e2 (MD5) Previous issue date: 2014-12-18 / The environmental and hospital infections, caused by bacteria which are resistant to a wide variety of antibiotics, have shown increasing records in the last years, manifesting themselves in high mortality and lethality. Recent researches report that the bacteria presents a survival profile on dry surfaces in order to maintain their virulence when exposed to biological fluids such as urine, saliva and blood. The objective of this study was to document - through laboratorial analysis the survival capacity of the main bacteria of medical interest on abiotic surfaces. The adopted procedures were completely conducted in the microbiology laboratory at Unoeste, in Presidente Prudente SP. Standard ATCC strains of Staphylococcus aureus (ATCC25923), Enterococcus faecalis (ATCC29212), Escherichia coli (ATCC35218), Klebsiella pneumoniae (ATCC700603) and Pseudomonas aeruginosa (ATCC27583) were used, to which biological fluids and water were added. The surfaces were tile, synthetic fabric, mattress and cotton fabric. The surfaces were contaminated with suspension composed by the ATCC strains, biological fluids and water in addition to the control containing only the ATCC strains, which were stored in petri dishes, kept in room temperature. Every seven days the surfaces were dipped in trypticase soy broth and kept in the oven for 24h at 37ºC. They were spread from the contaminated brothin Mueller Hinton agar and kept for 24h in the oven at 37ºC. The viability analysis was done through the colony-forming unity (CFU) counting. For the statistical analysis, the Software R was used, through the Friedman and Kruskal Wallis tests for multiple comparisons, analyzing within each factor (solution or surface) which differ between one another (Friedman s test) and also which treatments interactions are different (Kruskal-Wallis). Through this analysis it was possible to observe that in the current work that Staphylococcus aureus kept its viability for a longer period than other microorganisms under all the tested conditions, presenting significant differences between the fluids and surfaces, with a particular colony growth in blood and cotton. The Klebsiella pneumoniae showed differences between fluids, with saliva containing the highest colony number. With regards to the other tested bacteria, there was no isolated significance. For the multiple comparisons analysis, only the Pseudomonas aeruginosa presented no significant difference between any pair of treatments, whereas the other bacteria presented significant differences between the correlations. The need to analyze the environmental impact of these microorganisms persistence in environments, which are vulnerable to human beings, guides the creation of measures in order to control the spread of pathogenic microorganisms. / As infecções ambientais e hospitalares causadas por bactérias resistentes a um amplo espectro de antibióticos têm índices crescentes nos últimos anos, manifestando-se com alta morbidade e letalidade. Pesquisas recentes evidenciam que as bactérias demonstram um perfil de sobrevivência, em superfícies secas de modo a manter sua virulência quando expostas a fluidos biológicos como urina, saliva e sangue. O objetivo desse estudo foi documentar através de análises laboratoriais a capacidade de sobrevivência das principais bactérias de interesse médico em superfícies abióticas. Os procedimentos foram totalmente realizados no laboratório de microbiologia da Unoeste em Presidente Prudente - SP., utilizando cepas padrão ATCC de Staphylococcus aureus(ATCC25923), Enterococcus faecalis (ATCC29212), Escherichia coli(ATCC35218), Klebsiella pneumoniae(ATCC700603) e Pseudomonas aeruginosa(ATCC27583), ao qual foram adicionados fluídos biológicos e água. As superfícies utilizadas foram piso, tecido sintético, colchão e tecido algodão. As superfícies foram contaminadas com suspensão composta pelas cepas ATCC, fluídos biológicos e água, além do controle contendo somente as cepas ATCC, armazenadas em placas de petri e mantidas em temperatura ambiente. A cada sete dias as superfíciesarmazenadas foram mergulhadas em caldo Tripscaseína de Soja (TSB), colocadas na estufa por 24h a 37ºC. Foram semeados do caldo contaminado em ágar Mueller Hinton e mantidos por 24h em aquecimento a 37º em Estufa.A análise da viabilidadefoi realizada através da contagem de unidade formadora de colônias (U.F.C.). Para a análise estatística utilizou o software R, realizando os testes de Friedman e de Kruskal Wallis para comparações multiplas, analisando dentro de cada fator (solução ou superfície) quais diferem entre si (Teste de Friedman) e, também, quais interações de tratamentos são diferentes (Kruskal-Wallis). Através dessas análises foi possível observar no presente trabalho que Staphylococcus aureus manteve a viabilidade por tempo maior que os outros microrganismos em todas as condições testadas, apresentando diferença significativa entre os fluídos e as superfícies, tendo sangue e tecido algodão crescimento de maior número de colônias. A Klebsiella pneumoniae apresentou diferença entre os fluídos, sendo asaliva com maior número de colônias. Para as outras bactérias testadas não houve significância isoladamente. Para as análises de comparações múltiplas somente para a Pseudomonas aeruginosanão houve diferença significativa entre algum par de tratamentos, as outras bactérias apresentaram diferenças significativas entre as correlações. A necessidade de analisar o impacto ambiental da persistência desses microrganismos em ambientes vulneráveis ao ser humano, norteia o delineamento de medidas para o controle na disseminação de microrganismos patogênicos.

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:56:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Valter Martins Pessoa1.pdf: 332252 bytes, checksum: e515e140e326c1eaa4e85ca58a99dc4a (MD5) Previous issue date: 2012-11-27 / The Anticarsia gemmatalis nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) is important in controlling the caterpillar, Anticarsia gemmatalis. However, environmental factors such as rainfall after application may reduce its efficiency. This study evaluated the impact of rainfall, with different intensities 0, 10, 20, and 30 mm, respectively, using a time of 20 minutes for precipitation of 10 mm, 40 minutes for precipitation of 20 mm and 60 minutes when precipitation was 30 mm. The precipitations were carried out with the aid of micro-sprinklers in a green house on the efficiency AgMNPV produced in lyophilized form and macerated in control of A. gemmatalis. Bioassays for efficiency of virus were conducted under laboratory conditions (70 ± 10%, 25 ± 20C) in a completely randomized in a factorial 4 (rainfall intensities) x 2 (virus formulations, lyophilized and macerated) with 4 repetitions. The experimental unit consisted of a bowl of soybean plants. The results show that rainfall up to 30 mm did not reduce the mortality of larvae caused by AgMNPV in both forms of production, macerated and lyophilized. The difference was reported as the shape of production of baculovirus, and the mash product caused higher mortality of larvae from the third day after the application, with a mortality rate above 90% by the sixth day of application of the virus. Since the baculovirus in lyophilized form, after the third day of the application of the virus, there was a marked reduction in mortality of larvae reaching 40% on the sixth day. / O nucleopoliedrovirus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV) é importante no controle da lagarta-da-soja, Anticarsia gemmatalis. Entretanto, fatores ambientais, como as precipitações após as aplicações, podem reduzir sua eficiência. Este trabalho avaliou o impacto de precipitações pluviométricas, com diferentes intensidades 0; 10; 20; 30 mm, respectivamente, utilizando um tempo de 20 minutos para a precipitação de 10 mm, 40 minutos para a precipitação de 20 mm e 60 minutos quando a precipitação foi de 30 mm. As precipitações foram realizadas com o auxílio de micro-aspersores, em casa-de-vegetação, sobre a eficiência de AgMNPV produzidos de forma macerada e liofilizada no controle de A. gemmatalis. Os bioensaios para eficiência do vírus foram conduzidos em condições de laboratório (UR 70 ± 10%, 25 ± 20C) em delineamento inteiramente casualizado, em esquema fatorial 4 (intensidades de precipitações pluviométricas) x 2 (formulações de vírus, macerada e liofilizada) com 4 repetições. A unidade experimental foi constituída por um vaso com plantas de soja. Os resultados obtidos comprovam que precipitações pluviométricas até 30 mm não reduziram a mortalidade das lagartas causada por AgMNPV em ambas as formas de produção, macerada e liofilizada. A diferença foi constatada quanto a forma de produção do baculovírus, sendo que o produto macerado provocou maior mortalidade das lagartas, a partir do terceiro dia após a aplicação, com mortalidade acima de 90%, até o sexto dia da aplicação do vírus. Já o baculovírus na forma liofilizada, após o terceiro dia da aplicação do vírus, houve uma redução acentuada na mortalidade das lagartas chegando a 40% no sexto dia.