A acurácia dos diagnósticos de enfermagem é importante para a escolha de intervenções adequadas, mas ainda pouco se conhece sobre os fatores que a influenciam. Objetivos: identificar os fatores preditores da acurácia de diagnósticos de enfermagem; descrever o grau de acurácia dos diagnósticos de enfermagem documentados na prática clínica e testar a concordância intra e entre avaliadores na aplicação da Escala de Acurácia de Diagnósticos de Enfermagem Versão 2. Método: estudo documental realizado num hospital público de ensino da cidade de São Paulo, Brasil. A acurácia dos diagnósticos de enfermagem documentados na admissão de pacientes foi estimada por meio da aplicação da EADE Versão 2, que possui 4 itens para o julgamento da presença, relevância, especificidade e coerência das pistas existentes para o diagnóstico em avaliação. As respostas aos itens são pontuadas e geram um escore final variando de 0 a 13,5 (0 / 1 / 2 / 4,5 / 5,5 / 9 / 10 / 12,5 ou 13,5). A amostra do estudo foi aleatória, composta pelos registros de admissão de 749 pacientes adultos internados na clínica médica ou cirúrgica entre julho de 2005 e junho 2008. Todos os enfermeiros que documentaram as admissões avaliadas forneceram informações de características pessoais e profissionais. Foram computados dados de caracterização dos pacientes que tiveram seus registros analisados. Foram realizados testes de associação entre o grau de acurácia dos diagnósticos e variáveis dos diagnósticos, variáveis dos pacientes e dos registros de admissão e variáveis dos enfermeiros. As variáveis que nos testes de associação com o grau de acurácia obtiveram valores de p 0,20 foram incluídas em modelos de regressão linear múltipla. Uma sub-amostra com 156 admissões foi sorteada para estimar a confiabilidade da escala intra avaliador e entre avaliadores. Resultados: Dos 749 registros de admissão foram avaliados 3.417 diagnósticos documentados por 21 enfermeiros. A maioria dos diagnósticos de enfermagem foi avaliada como altamente acurada (70,4%,) e a média geral da acurácia foi 9,8 (DP =5,6 e variação de 0 a 13,5). As análises de regressão linear múltipla permitiram ajustar três modelos (variáveis dos diagnósticos, variáveis dos pacientes e dos registros de admissão, variáveis dos enfermeiros). O modelo com as variáveis dos diagnósticos mostrou que diagnósticos de baixa frequência (p=0,000), diagnósticos do domínio funcional (p=0,000) e diagnósticos atuais (p=0,000) são preditores de graus mais elevados de acurácia, explicando 28% da variância; o modelo com as variáveis dos pacientes e registros de admissão mostrou que doenças crônicas (p=0,000), internações na clínica médica (p=0,000) e qualidade satisfatória dos registros (p=0,005) são preditores de acurácia mais elevada, com variância explicada de 14%; e o modelo com as variáveis dos enfermeiros mostrou que o relato da presença de conteúdo teórico e prático em diagnóstico de enfermagem na graduação (p = 0,011) foi preditor de graus elevados de acurácia, explicando 26% variância. O valor de Coeficiente de Correlação Intraclasse (ICC) intra avaliadores foi 0,96 e o ICC entre avaliadores foi 0,71 o que confere boa confiabilidade à EADE - Versão 2. Conclusão: O estudo oferece dados empíricos que contribuem para o conhecimento sobre os fatores preditores da acurácia dos diagnósticos de enfermagem. / The accuracy of nursing diagnoses is important in order to select appropriate interventions, however little is known about the factors that influence it. Objectives: To identify the predictors of accuracy of nursing diagnoses; describe the degree of accuracy of nursing diagnoses documented in clinical practice and to test the intra and interrater reliability of the Accuracy Scale for Nursing Diagnosis (NDAS) Version 2. Method: A documental study carried out in a public teaching hospital in São Paulo, Brazil. The accuracy of the nursing diagnoses documented during admission assessment of the patients was estimated by applying the NDAS Version 2, which has four items to judge the presence, relevance, specificity and consistency of the existing cues for a documented diagnosis. The responses to the items were scored and generated a final score ranging from 0 to 13.5 (0/1/2/4.5/5.5/9/10/12.5 or 13.5). The study sample was randomly composed of the admission records of 749 adult patients hospitalized in general medicine or surgical wards between July 2005 and June 2008. Each of the nurses who documented the admissions provided demographic and professional information. Also computed were the data of characteristics of patients who had their records reviewed. Association tests were performed between the degree of accuracy of diagnoses and variables of the diagnoses, variables of the patients and admission records and the variables of the nurses. The variables that obtained p values 0.20 in the association tests with the degree of accuracy were included in multiple regression models. A sub-sample of 156 admission records was randomly selected to estimate inter and intra-raters reliability of the scale. Results: Of the 749 admission records that were evaluated, 3.417 diagnoses were documented by 21 nurses. The majority of the nursing diagnoses were evaluated as highly accurate (70.4%) and average overall accuracy was 9.8 (DP = 5.6) and ranged from 0 to 13.5. Multiple linear regression analysis allows the adjustment of three models (variables of the diagnoses, variables of the patients and admission records and variables of the nurses). The model with variables of the diagnoses showed that diagnoses of low frequency (p = 0.000), diagnoses of the functional domain (p = 0.000) and actual diagnoses (p = 0.000) were predictors of a higher degrees of accuracy, explaining 28% of the variance; the model with variables of patients and admission records showed that chronic diseases (p = 0.000), admissions to the general medical ward (p = 0.000) and a satisfactory quality of the patient records (p=0.005) were predictors of higher accuracy, explaining 14% of the variance; and the model with variables of the nurses showed that reporting presence of theoretical and practical content of nursing diagnosis in the baccalaureate program (p = 0.011) was predictor of higher degrees of accuracy, explaining 26% of the variance. The ICC coefficient of intra and interraters was 0.96 and 0.71 respectfully, therefore demonstrating good reliability of the NDAS Version 2. Conclusion: This study provided empirical data to advance knowledge regarding predictors of the accuracy of nursing diagnoses.

Esta pesquisa aborda a aplicação do posicionamento RTK (Real Time Kinematics) em modo estático e cinemático, visando representar diferentes usos no cotidiano e comprovar a possibilidade de gerar uma solução de posicionamento RTK de baixo custo. Desde empresas de topografia e locação de obras, passando por empresas geradoras de bases cartográficas, até o segmento do transporte público por ônibus, o uso desta tecnologia, por um valor de aproximadamente R$ 3000,00, pode viabilizar novas oportunidades, como o georreferenciamento com maior acurácia tanto de imóveis rurais quanto de monitoramento de frotas de veículos e a atualização de mapas viários. Para isso, foi gerada uma solução de posicionamento RTK com um receptor GPS (Global Positioning System) móvel, um laptop, um celular com chip GSM (Global System for Mobile Communication), conexão 3G ou via wi-fi e o software livre RTKLib para correção e fixação do posicionamento, além de conexão com estações da RBMC-IP (Rede Brasileira de Monitoramento Contínuo). O RTKLib se sincroniza com o receptor GPS u-blox (sinal L1 e constelação GPS), o qual compacta as observações de fase para o envio dos dados. Os resultados demonstraram que, dependendo da solução RTK (fix ou float), o posicionamento atingiu acurácias abaixo de 1 metro e precisão nesta mesma ordem de grandeza para linhas de bases menores que 10 km. Com linhas de base mais longas, o resultado degradou, conforme o esperado. Os testes cinemáticos indicaram acurácia de até 1,5 metro, podendo ser utilizado como produto para estimativas de trajeto. Além dos resultados qualitativos e quantitativos, a principal contribuição desta pesquisa foi o desenvolvimento de uma metodologia específica, na área de soluções de posicionamento RTK, que trouxe, através da utilização de ferramentas estatísticas, ganhos de produtividade significativos em termos de tempo, equipamentos e mão de obra necessária, pois explorou não somente um maior tempo de rastreio nos testes estáticos, mas cobriu também testes cinemáticos. / The present research evaluates the application of Real Time Kinematics (RTK) positioning in static and kinematic mode for different daily activities and verify the potential to generate a RTK positioning solution. The use of this technology with a low cost system may be useful for different segments, since companies engaged with topographic surveys and construction activities, logistic companies and even public transportation, by offering a solution with more accuracy and precision and can also represent a market opportunity for rural properties, fleet monitoring and map databases update. In order to make feasible this purpose, it was generated a RTK positioning solution using a mobile Global Positioning System (GPS) receiver, a notebook, an smartphone equipped with Global System for Mobile Communication (GSM) device and provided with 3G or wifi connection, the software RTKLib to fix and obtained a fixed positioning and the monitoring stations of the Continuous Monitoring Brazilian Network (Rede Brasileira de Monitoramento Contínuo - RBMC-IP). The software is connected with the receiver GPS u-blox (L1 signal and GPS constellation) which is the responsible for adjust the phase information in a format and size suitable to the data exchange. The main advantage of this solution is that only one person is required to collect the field data and the feasibility of RTK/GSM technique usage in steep topography areas, consequently increasing productivity during projects execution. The results indicate that, depending on the kind of RTK positioning solution generated, fix or float, the positioning obtained accuracy rates lower than 1 meter, however with some sensitivity and variability and precision in the same magnitude for baseline lower than 10 kilometres; while the results for long baselines (higher than 100 kilometres) did not present the same accuracy/precision, as expected. Kinematics tests showed good accuracy prescribing estimation path usage. Besides quantitative and qualitative results, the main contribution of this research was the development of a specific methodology in the area of RTK positioning solution, that brought by statistical tools productivity gains in terms of time collection, equipment and manpower required, since exploited not only a longer time in static tests but also covered kinematic tests.

Submitted by Carlos Augusto Rolim da Silva Junior (carlos_jrolim@hotmail.com) on 2015-11-20T13:55:32Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2692675 bytes, checksum: 1cdeb4057db1b7d492f42ba9fba9475a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-20T13:55:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2692675 bytes, checksum: 1cdeb4057db1b7d492f42ba9fba9475a (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Estimators of species richness are alternatives to characterize the local biodiversity, facing the limitations of complete fauna inventories. Due to continuous urbanization and deforestation of the Atlantic Forest, studies on local biodiversity are important as records of fauna and as a way to subsidize conservation measures. It was evaluated the effectiveness of five nonparametric estimators of species richness, from the calculation bias, precision and accuracy of termites of Floresta Nacional da Restinga de Cabedelo (FNRC), and the Área de Preservação Permanente Mata do Buraquinho (APPMB). It was utilized a standardized sampling protocol of termites, which consists of five 5 x 2m plots distributed along six transects of 65 x 2m. Five protocols were applied in FNRC and 12 in APPMB totaling a sampling effort of 5100m² and x 510h per person, and with uniques and duplicates absent in the data. Forty-five termite morphospecies were found, belonging to at least 26 genera and three families, exceeding any records ever published throughout the biome of Atlantic Forest. It was found that the Jackknife1 and Jackknife2 should only be used for databases with a number of uniques over 25% of the richness, and it was observed that the use of the Bootstrap estimates and Chao2 are indicated in the remaining cases, when the number of rare species is lower than this. It is suggested the need of further evaluation of ICE performance before indicating it to studies on the diversity of termites under any conditions. It was sampled around 65-70% of the real richness of the areas with the application of a protocol and there was a robust representation of the taxonomic composition and trophic proportions, stressing the efficiency of this method to determine the termites diversity in two areas of Atlantic Forest investigated. / Estimadores de riqueza de espécies são alternativas na caracterização da biodiversidade local, diante das limitações de inventários faunísticos completos. Devido à contínua destruição e urbanização da Floresta Atlântica, estudos abordando a biodiversidade local são importantes como registros de fauna e como meio para subsidiar medidas conservacionistas. Avaliou-se a eficiência de cinco estimadores não paramétricos de riqueza de espécies, a partir do cálculo do enviesamento (bias), precisão e acurácia, para a taxocenose de térmitas da Floresta Nacional da Restinga de Cabedelo (FNRC) e da Área de Preservação Permanente Mata do Buraquinho (APPMB). Foi utilizado um protocolo de amostragem padronizado de térmitas, o qual consiste em cinco parcelas de 5 x 2m distribuídas ao longo de seis transectos de 65 x 2m. Foram aplicados cinco protocolos na FNRC e 12 na APPMB, totalizando esforço amostral de 5100m² e 510h x pessoa, e com uniques e duplicates ausentes nos dados. Quarenta e cinco morfoespécies de térmitas foram encontradas, pertencentes à pelo menos 26 gêneros e três famílias, ultrapassando todos os registros já publicados ao longo do Domínio da Floresta Atlântica. Foi constatado que o Jackknife1 e Jackknife2 devem ser utilizados para bancos de dados com um número de uniques superior a 25% da riqueza observada e que a utilização das estimativas do Bootstrap e do Chao2 são indicadas para os demais casos, quando o número de espécies raras for inferior a este. Sugere-se a necessidade de mais avaliações do desempenho do ICE antes de indicá-lo para estudos de diversidade de térmitas sob quaisquer condições. Foram amostradas de 65 a 70% da riqueza real das áreas com a aplicação de um protocolo e houve uma fiel reprodução das proporções da composição taxonômica e trófica, demonstrando a eficiência do método para determinar a diversidade de térmitas nas duas áreas de Floresta Atlântica investigadas.

Submitted by Guilherme Batista do Nascimento null (guilhermebn@msn.com) on 2018-03-16T12:24:54Z No. of bitstreams: 1 Tese_Guilherme_Batista_do_Nascimento.pdf: 1770231 bytes, checksum: ad03948ecc7b09b89d46d26b7c9e3bf8 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-16T19:03:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 nascimento_gb_dr_jabo.pdf: 1770231 bytes, checksum: ad03948ecc7b09b89d46d26b7c9e3bf8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-16T19:03:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nascimento_gb_dr_jabo.pdf: 1770231 bytes, checksum: ad03948ecc7b09b89d46d26b7c9e3bf8 (MD5) Previous issue date: 2018-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A implementação de dados de sequenciamento de nova geração - “next-generation sequence” (NGS) em programas de melhoramento genético animal representa a mais recente ferramenta na utilização de dados genotípicos nos modelos de associação genômica, tendo em vista que todo polimorfismo é considerado nas associações entre registros fenotípicos e dados de sequenciamento. Como em toda nova tecnologia, a prospecção das variantes ainda representa um desafio no sentido computacional e de viabilidade dos custos para sua implementação em larga escala. Diante desses desafios, neste trabalho buscou-se meios de explorar os benefícios na utilização da NGS nas predições genômicas e superar as limitações inerentes a esse processo. Registros fenotípicos e genotípicos (Illumina Bovine HD BeadChip) de 2.279 animais da raça Gir (Bos taurus indicus) foram disponibilizados pela Embrapa Gado de Leite (MG) e utilizados para as análises de associação genômica. Além disso, dados de sequenciamento de 53 animais do 1000 “Bulls Project” deram origem à população de referência de imputação. Visando verificar a eficiência de imputação, foram testados diferentes cenários quanto a sua acurácia de imputação por meio da análise “leave-one-out”, utilizando apenas os dados de sequenciamento, que apresentaram eficiências de até 84%, no cenário com todos os 51 animais disponíveis após o controle de qualidade. Também foram verificadas as influências das variantes em baixa frequência na acurácia de imputação em diferentes regiões do genoma. Com a escolha da melhor estrutura da população de referência de imputação e aplicação dos controles de qualidade nos dados de NGS e genômicos, foi possível imputar os 2.237 animais genotipados, que passaram pelo controle de qualidade para dados de sequenciamento e realizar análise de associação genômica para as características produção de leite (PL305), teor de gordura (PG305), proteína (PP305) e sólidos totais (PS305), mensuradas aos 305 dias em animais da raça Gir leiteiro. Para tal, foram utilizados os valores genéticos desregredidos (dEBV) como variável resposta no modelo de regressão múltipla. Regiões de 1Mb que contivessem 100 ou mais variantes com “False Discovery Rate” (FDR) inferior a 0,05, foram consideradas significativas e submetidas a análise de enriquecimento por meio dos termos MeSh (“Medical Subject Headings”). As três regiões significativas (FDR<0,05) para PS305 foram observadas nos cromossomos 11, 12 e 28 e a única região significativa em PG305 foi no cromossomo 6. Tais regiões apresentaram variantes associadas com vias metabólicas da produção de leite, ausentes nos painéis comerciais de genotipagem, podendo representar genes candidatos a seleção. / - Implementing "next-generation sequence" (NGS) data in animal breeding programs represents the latest tool in the use of genotypic data in genomic association models, since all polymorphisms are considered in the associations between phenotypic records and sequencing data. As with any new technology, variant prospecting still represents a computational and cost-effective challenge for large-scale implementation. Front to these challenges, this work sought ways to explore the benefits of using NGS in genomic predictions and overcome the inherent limitations of this process. Phenotypic and genotypic (Illumina Bovine HD BeadChip) records of 2,279 Gir animals (Bos taurus indicus) were made available by Embrapa Gado de Leite (MG) and used for genomic association analysis. In addition, sequence data of 53 animals from the 1000 Bulls Project gave rise to the imputation reference population. In order to verify the imputation efficiency, different scenarios were tested for their imputation accuracy through the leave-one-out analysis, using only the sequencing data, which presented efficiencies of up to 84%, in the scenario with all the 51 animals available after quality control. Influences from the low-frequency variants on the accuracy of imputation in different regions of the genome were also verified. After identifying the best reference population structure of imputation and applying the quality controls in the NGS and genomic data, it was possible to impute the 2 237 genotyped animals that passed in the quality control to sequencing data and perform genomic association analysis for (PL305), fat content (PG305), protein (PP305) and total solids (PS305), measured at 305 days in dairy Gir animals. For this, unregulated genetic values (dEBV) were used as response variable in the multiple regression model. Regions of 1Mb containing 100 or more variants with a False Discovery Rate (FDR) lower than 0.05 were considered statistically significant and submitted to pathways enrichment analysis using the MeSh (Medical Subject Headings) terms. The three significant regions (FDR <0.05) for PS305 were observed on chromosomes 11, 12 and 28 and only one significant region in PG305, was on chromosome 6. These regions presented variants associated with metabolic pathways of milk production, absent in the panels genotyping, and may represent genes that are candidates for selection / convênio Capes/Embrapa (edital 15/2014)

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 836731 bytes, checksum: 1e5b214c3c6014a5c95797b0c455ae73 (MD5) Previous issue date: 2010-02-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / In breeding programs, it is important to use viable alternatives to reduce cost and time spent on population evaluations, combined with adequate statistical methodologies applying the maximum information available. Within this context, this work aimed to: i) study the genetic control of popping capacity and grain yield in popcorn; ii) predict the effects of general combining ability (GCA) and specific combining ability (SCA), applying mixed model analysis; iii) evaluate the performance per se of the lines used in hybrid crosses; and iv) evaluate the efficiency of Best Linear Unbiased-Prediction (BLUP) in predicting the performance of non crossed hybrids in diallelic analysis. Data from experiment evaluations of intra-population diallels of the Beija-Flor and Viçosa popcorn populations were used in the analyses. Eighteen S6 Beija-Flor elite lines were analyzed in ten environments and 29 S6 Viçosa elite lines in eight environments. Combined analyses were carried out, considering all the environments, with the additive model being adopted. The software ASREML was used in all analyses. GCA variability was verified both for grain yield and popping capacity. A significant SCA variability was verified in Beija-Flor for the two variables. In Viçosa, SCA was significant at 8% for grain yield while for popping capacity, the presence of additive effects was practically verified in its expression. Through the incorporation of sibling relationships in diallelic analysis, SCA values of combination of a line with itself (sjj) were predicted, without such cross being carried out. The use of BLUP/REML allowed the prediction of over 43 to 210% hybrid combinations, if compared only to the hybrid observed. Based on hybrid predictions, promising crosses were identified both for grain yield and popping capacity, being observed that the inclusion of a pedigree seems to make the analyses more accurate, as compared to the model not using this information. The performance per se and under S6 family crosses showed moderate correlations (r = 0.53) for popping capacity, showing that families with high popping capacity GCA can be selected, based on their performance per se. Aiming to obtain information on the efficiency in predicting S6 families based on performance per se and on S3 family crosses, a positive correlation (r = 0.76) was found for production between the GCA of top cross hybrids of the S3 families and the S6.family hybrids. When verifying BLUP efficiency in the prediction of non crossed hybrids, moderate to high Pearson and Spearman correlations were found among the predicted and observed values. Prediction of hybrids in the absence of dominance (popping capacity, r = 0.88) was more efficient than in the presence of dominance (grain yield, r = 0.53). The overall results showed that the use of mixed models is an efficient alternative in diallelic analysis, providing good precision in estimating genetic parameters, besides allowing the prediction of non crossed hybrids. / Em programas de melhoramento é importante o uso de alternativas viáveis para redução de custos e tempo nas avaliações de populações, aliadas ao uso de metodologias estatísticas adequadas, que aproveitem ao máximo as informações disponíveis. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivos: i) estudar o controle genético da capacidade de expansão e produção de grãos em milho-pipoca; ii) predizer os efeitos da capacidade geral de combinação (CGC) e da capacidade específica de combinação (CEC) por meio da análise de modelos mistos; iii) avaliar o desempenho per se das linhagens utilizadas nos cruzamentos híbridos; iv) avaliar a eficiência do BLUP na predição do desempenho de híbridos não realizados na análise dialélica. Nas análises, foram utilizados dados de experimentos de avaliação de dialelos intrapopulacionais das populações de milho-pipoca Beija-Flor e Viçosa. Foram analisadas 18 linhagens elites S6 de Beija-Flor, em 10 ambientes, e 29 linhagens elites S6 de Viçosa, em 8 ambientes. Foram realizadas análises conjuntas, considerando todos os ambientes, sendo adotado o modelo aditivo-dominante. Em todas as análises foi utilizado o software ASREML. Foi verificada variabilidade para CGC tanto para produção como para capacidade de expansão. Para CEC houve variabilidade significativa em Beija-Flor para as duas variáveis. Em Viçosa, a CEC foi significativa a 8% para produção de grãos, enquanto para capacidade de expansão foi verificada praticamente a presença de efeitos aditivos na sua expressão. Por meio da incorporação de informações de parentesco na análise dialélica, valores de capacidade específica de combinação de uma linhagem com ela mesma (sjj) foram preditos, sem que este cruzamento tenha sido realizado. Com o uso do BLUP/REML foi possível predizer de 43% a 210% a mais de combinações híbridas, se comparada somente aos híbridos observados. A partir das predições dos híbridos, cruzamentos promissores foram identificados tanto para produção de grãos como para capacidade de expansão, sendo que a inclusão do pedigree parece deixar as análises mais acuradas, em comparação ao modelo sem uso destas informações. O desempenho per se e em cruzamento de famílias S6 evidenciaram correlações moderadas (r=0,53) para capacidade de expansão, mostrando ser possível selecionar famílias com alta CGC em capacidade de expansão a partir do desempenho per se de suas famílias. Visando obter informações sobre a eficiência da predição de famílias S6 a partir do desempenho per se e em cruzamento de famílias S3, foi encontrada correlação positiva (r=0,76) para produção, entre a CGC dos híbridos topcross de famílias S3 e híbridos de famílias S6. Ao verificar a eficiência do BLUP na predição de híbridos não realizados, foram encontradas correlações de Pearson e Spearman de moderada a elevadas, entre os valores preditos e observados. A predição de híbridos não realizados na ausência de dominância (capacidade de expansão, r=0,88) foi mais eficiente, em comparação à presença de dominância (produção de grãos, r=0,53). Os resultados gerais demonstraram que o uso de modelos mistos é uma alternativa eficiente na análise dialélica, proporcionando boa precisão nas estimações dos parâmetros genéticos, além de permitir a previsão de cruzamentos não realizados.

Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-18T17:45:01Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1385325 bytes, checksum: ea9dbc49d8fec3ee26a2a139e1dd0baf (MD5) / Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: Incluir o número do processo de financiamento FAPESP nos agradecimentos da dissertação/tese. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão on 2017-01-23T19:14:45Z (GMT) / Submitted by RAFAEL LARA TONUSSI null (rafaeltonussi@yahoo.com.br) on 2017-01-24T10:46:09Z No. of bitstreams: 1 tese_Rafael_Lara_Tonussi.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-25T16:33:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tonussi_rl_dr_jabo.pdf: 1384474 bytes, checksum: 3424ccffa913eaba43458f131eef937b (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Reprodutores múltiplos (RM) é o sistema de manejo mais comum em produção de bovinos de corte principalmente devido a facilidade e baixo custo de manejo. No entanto, RM não permite a identificação de paternidade, tornando o pedigree incompleto um dos principais obstáculos para avaliações genéticas precisas. Existe um crescente interesse na investigação do uso de dados genômicos em modelos com paternidade incerta, visando aumentar a acurácia e diminuir o viés nas avaliações genéticas. Portanto, o objetivo desse estudo foi investigar a aplicação do BLUP e single step genomic BLUP (ssGBLUP) em diferentes cenários com paternidade incerta utilizando dados simulados e reais em bovinos de corte. Foram simulados genótipos, pedigree e fenótipos para idade ao primeiro parto (IPP) e peso aos 550 dias (P550) utilizando herdabilidades baseadas em dados reais (0,12 para IPP e 0,34 para P550). O genoma foi simulado com um comprimento total de 2.333 cM, com 735.293 marcadores bialélicos e 7.000 QTL distribuídos aleatoriamente ao longo dos 29 cromossomos. Foi assumido que os QTLs explicaram 100% da variância genética. Para QTL, a quantidade de alelos variou aleatoriamente de dois a quatro por loci. Foram estudados cenários com 0%, 25%, 50%, 75% e 100% de RM e foram testados quatro tipos de escalas entre as matrizes G e A22. A acurácia e viés foram calculados para cincos grupos: ALL = todos os animais; BULL = apenas touros; GEN = animais genotipados, FEM = fêmeas e YOUNG = machos jovens. O uso da informação genômica no modelo (ssGBLUP) apresentou acurácia maior (variando de 0,31 a 0,97) do que o BLUP tradicional (variando de 0,05 a 0,97), especialmente no grupo YOUNG. No estudo com dados reais, todos os modelos incluíram grupos de contemporâneos e classe de idade da vaca como efeitos fixos. A acurácia do valor genético (EBV / GEBV) foi calculada em cada cenário para oito grupos de animais: ALL = todos os animais, BULL = apenas touros com dez ou mais progênies; GEN = animais genotipados, GENwithPHEN = animais genotipados com fenótipos, GENwithoutPHEN = animais genotipados sem fenótipos, YOUNG = machos e fêmeas jovens sem fenótipos, YwithoutGEN = animais jovens sem fenótipos e genótipos e YwithGEN = animais jovens sem fenótipos e com genótipos. As acurácias do EBV (método BLUP) variaram de 0,02 a 0,46 para P455 e 0,04 a 0,18 para IPP, enquanto que as acurácias do GEBV (ssGBLUP) variaram de 0,13 a 0,48 para P455 e 0,16 a 0,33 para IPP. Os resultados obtidos com dados simulados e reais mostraram que acurácias do EBV e GEBV diminuíram à medida que as proporções de RM aumentaram. Além disso, o uso da informação genômica na avaliação genética pelo ssGBLUP aumentou a acurácia da avaliação, especialmente para animais com menos informações e para animais jovens. / Multiple service sire (MS) is the most common mating system in extensive beef production systems mainly due the facility and low management cost. However, MS does not allow the paternity identification, which makes the incompleteness of pedigree one of the main obstacles for accurate genetic evaluations. There is a grown interest to investigate the use of genomic data in uncertain paternity models aiming to increase the accuracy and to decrease bias in genetic evaluations. Therefore, the objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) under different scenarios of uncertain paternity, using simulated and real data in beef cattle population. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). The simulated genome had a total length of 2,333 cM, with 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic variance. For QTL, the amount of alleles per loci ranged randomly from two to four. Uncertain paternity scenarios using 0%, 25%, 50%, 75%, and 100% were studied. Four ways of scaling the mean of the genomic matrix (G) to match the mean of the pedigree relationship matrix among genotyped animals (A22) were tested. Accuracy, bias and inflation were investigated for five groups of animals: ALL = all animals; BULL = only bulls; GEN = genotyped animals; FEM = females; YOUNG = young males. The use of genomic information in the model (ssGBLUP) provided more accurated prediction (ranging from 0.31 to 0.97) than traditional BLUP (ranging from 0.05 to 0.97), especially in the YOUNG group. In real data, all models included contemporary groups and age at calving in classes as fixed effects. The accuracy of the estimated breeding value (EBV/GEBV) prediction was calculated in each scenario with eight groups of animals: ALL = all animals in the population, BULL = only bulls with ten or more progenies; GEN = genotyped animals, GENwithPHEN = genotyped animals with phenotypes, GENwithoutPHEN = genotyped animals without phenotypes, YOUNG = male and female young animals without phenotypes, YwithoutGEN = young animals without phenotypes and genotypes, and YwithGEN = young animals without phenotypes and with genotypes. Accuracies of EBV (BLUP method) ranged from 0.02 to 0.46 for W450 and 0.04 to 0.18 for AFC, while the accuracies of GEBV (ssGBLUP) ranged from 0.13 to 0.48 for W450 and 0.16 to 0.33 for AFC. The results obtained in simulated and real data showed that EBV and GEBV accuracy decreased as the proportion of MS increased. Additionally, the use of genomic information in the genetic evaluation by ssGBLUP increases the accuracy of evaluation, especially for animals with few number of information, such as young animals. / FAPESP: 2013/25910-0

A presente pesquisa analisou a acurácia posicional horizontal das bases do Bing Maps, Google Maps e da World Imagery da Esri quando utilizadas como referência espacial on-line em um Sistema de Informação Geográfica no Município de São Paulo (MSP). A metodologia adotada foi a baseada no Decreto Federal no 89.817/84 e na Análise Estatística proposta por Merchant (1982). A análise da acurácia foi desenvolvida a partir das diferenças entre as coordenadas de 240 pontos nas cartas 1:1.000 do Mapa Digital da Cidade de São Paulo (MDC) em relação às coordenadas homólogas nas três bases, considerando separadamente as coordenadas do eixo Norte e Este. A base do Google Maps para o MSP foi dividida em duas (mosaico de ortofotos na área central e mosaico de imagens de satélite nas regiões periféricas), devido à grande diferença de acurácia entre os dois produtos. Para classificar cada base a partir do Decreto 89.817 foi definida a escala na qual somente 10% das discrepâncias tivessem seu valor superior ao PEC, e a escala na qual o Root Mean Square Error (RMSE) da amostra das discrepâncias fosse igual a 60,8% do PEC. A escala final selecionada foi a menor (menos detalhada) entre as definidas em cada um dos processos. A Análise Estatística foi baseada nos testes de tendência e precisão. Como as três bases apresentaram tendência, a escala definida pelo teste de precisão não foi considerada no cômputo final das escalas, devido à dificuldade de se eliminar a tendência nessas bases quando utilizadas no SIG. As escalas finais obtidas, relativas à classe A, foram: Google Maps (imagens de satélite): 1:12.400; Google Maps (ortofotos): 1:3.588; Bing Maps: 1:10.881 e Word Imagery da ESRI: 1:8.420. Concluiu-se que os três produtos com escalas próximas a 1:10.000 apresentam acurácia para serem utilizados como bases em SIGs nos estudos para planejamento urbano e que o Google Maps (ortofotos, com escala próxima a 1:4.000) pode ser igualmente utilizada para planejamento, mas em função de sua acurácia maior, pode servir também para a gestão de serviços urbanos. A principal limitação encontrada para as bases no uso como referência espacial em SIGs foi a inclinação das feições distantes do nadir da imagem ou da ortofoto e o consequente recobrimento de áreas adjacentes a essas feições. Entretanto, essa limitação se mostrou quase desprezível para as escalas definidas para as bases na análise da acurácia. / This research has analyzed the horizontal positional accuracy of basemaps Bing Maps, Google Maps and ESRIs World Imagery when used as an online spatial reference within a Geographic Information System for the municipality of São Paulo. The methodology was based on criteria defined by Brazil Federal Decree 89817/84 and in the analysis proposed by Merchant (1982). The accuracy analysis was developed observing the discrepancies between coordinates of selected 240 points from the 1:1000 digital map of São Paulo compared to corresponding points in the three basemaps, (coordinate directions North and East were considered separately). The Google Maps basemap for the city of São Paulo was divided in two (ortophoto mosaic for the central area and satellite images mosaic in the remainder peripheral areas), due to the considerable differences in their accuracy patterns. In order to classify each basemap as per Federal Decree 89.817, we have defined a scale in which only 10% of discrepancies were above the LMAS90 and the Root Mean Square Error (RMSE) of the discrepancies sample was equal to 60,8% of LMAS90. The final selected scale was the smallest (less detailed) of those obtained in each of the processes. The statistical analysis was based on the test of bias error and by a test of precision. Because the three basemaps have presented biases, the final scales defined by the precision test were not considered in the results, for it is difficult to eliminate biases in these basemaps when used in a GIS. We have obtained the following final scales to class A of the Brazilian Decree: Google Maps (area covered by satellite images): 1:12.400; Google Maps (area covered by ortophotos): 1:3.588; Bing Maps: 1:10.881 and ESRIs Word Imagery: 1:8.420. In conclusion, (a) the three products with scales around a 1:10.000 present accuracy to be used as basemap in GIS for urban planning studies and (b) Google Maps (area covered by ortophotos, scale around 1:4.000) can be equally used for planning studies, as well as urban services manager, due to its greater accuracy. The key limitations for the use of such basemaps as spatial references in GIS was the inclination of features which are distant from the image or ortophoto nadir (off-nadir effects) and the consequent shadowing of adjoining areas. However, this limitation is almost irrelevant to the scales defined for the basemaps in the accuracy analysis.

A partir dos dados coletados pelo Programa de Defesa da Vida dos Lactentes da Secretaria de Higiene e Saúde do Município de Bauru no período de 11 de maio de 1986 a 10 de novembro de 1987, avaliou-se a capacidade de elementos clínicos e sociais, de fácil obtenção no momento do parto, predizer a mortalidade e internação de crianças entre O e 6 meses. O critério diagnóstico com maior sensibilidade para discriminar um grupo de crianças que devem receber uma atenção especial nos períodos de O a 6 dias e de 7 dias a 6 meses foram: - O a 6 dias: peso do recém nascido abaixo de 2500 gr, mãe menor de 18 anos e malformação congênita. - 7 dias a 6 meses: peso ao nascer abaixo de 2750 gr, renda familiar per capita abaixo de 0.75 salário mínimo, e malformação congênita. Outros critérios diagnósticos são apresentados e comparados com estes, entre os quais o do Programa de Defesa da Vida dos Lactentes, calculando-se as respectivas sensibilidades, especificidades e percentual de crianças classificadas como de risco. O mesmo critério diagnóstico proposto para prevenir a mortalidade entre 7 dias e 6 meses foi utilizado para calcular a sensibilidade quando o desfecho e a internação. / According to the data of the \"Infant Life Defense Program\" of the Public Health Office of the \"Municipallity of Bauru during the period of may 11, 1986 to november 10, 1987, we tried to evaluate the capacity of clinical and social characteristics which are obtained at the moment of birth for predicting mortality and hospitalization of children until 6 monthes of life. The diagnostic criterion with more sensitivity to choose a percentage of children to require special care between the first 7 days and betwen 7 days to 6 months of life: - O to 6 days: birth weight less than 2500 g., adolescent pregnancy and congenital malformations. - 7 d. to 6 m.: birth weight less than 2750 g., family revenue less than $27 per capita in a month and congenital malformations. Other diagnostic criteria have been shown and compared by the sensitivity and specificity to the proposals above in which the \"Infant Life Defense Program\" was included. The same diagnostic criteria was used to evaluate the sensitivity for hospitalization.

Submitted by Heitor Rapela Medeiros (heitor.rapela@ufpe.br) on 2015-03-06T12:50:43Z No. of bitstreams: 2 TESE_DE_ISABELLA_COIMBRA_DIGITAL-2.pdf: 3431542 bytes, checksum: 554f82f99da3985176c6e73016cd6cbe (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T12:50:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE_DE_ISABELLA_COIMBRA_DIGITAL-2.pdf: 3431542 bytes, checksum: 554f82f99da3985176c6e73016cd6cbe (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-03-15 / O diagnóstico e tratamento da tuberculose (TB) em pacientes infectados pelo HIV representam um importante desafio para a saúde publica, particularmente nos países em desenvolvimento, sendo a principal causa de morte em indivíduos coinfectados. Esta tese, apresentada no formato de dois artigos, teve como objeto de investigação participantes de uma coorte de indivíduos infectados pelo HIV, em investigação (artigo 2) ou tratamento (artigo 1) para tuberculose em dois serviços de referencia para HIV em Pernambuco. Os objetivos dos estudos foram identificar os fatores associados ao atraso no início do tratamento de tuberculose pulmonar em indivíduos infectados pelo HIV e avaliar a acurácia do sistema de pontos adotado pelo Ministério da Saúde do Brasil para o diagnóstico de tuberculose pulmonar em crianças e adolescente adaptado para adultos com suspeita de tuberculose pulmonar e baciloscopia do escarro negativa, em relação ao padrão-ouro do estudo. Esses estudos foram conduzidos a partir de uma coorte de indivíduos adultos infectados pelo HIV, atendidos em dois serviços de referência para HIV, em Pernambuco, no período de julho de 2007 a dezembro de 2010. O primeiro artigo (fatores associados ao atraso no inicio do tratamento para tuberculose pulmonar, em indivíduos infectados pelo HIV), é um estudo de caso controle aninhado à coorte descrita acima, cuja população de estudo foi composta por 242 pacientes participantes da coorte diagnosticados com tuberculose pulmonar. O período entre o aparecimento da tosse e o inicio do tratamento para tuberculose teve mediana de 41 dias, tendo sido esta última definida como ponto de corte para atraso no início do tratamento. Os fatores associados ao atraso foram: astenia, dor torácica, uso de drogas ilícitas e baciloscopia do escarro negativa. O segundo artigo (avaliação da acurácia de um sistema de pontos para o diagnóstico de tuberculose pulmonar com baciloscopia negativa em indivíduos infectados pelo HIV) é um estudo de validação fase III cuja população de estudo foi constituída de 1.276 indivíduos participantes da coorte e que foram suspeitos de tuberculose pulmonar com baciloscopia negativa pelos critérios do estudo, sendo que 128 foram diagnosticados com a doença pelo padrão-ouro do estudo. As variáveis associadas ao diagnóstico de tuberculose foram: tosse, perda de peso, febre, desnutrição, radiografia do tórax e teste tuberculínico reator. Foram testadas três versões do sistema de pontos. O melhor desempenho diagnóstico ocorreu com uma nova pontuação proposta e com ponto de corte ≥ 40, com sensibilidade = 81,2% (74,5 – 88%), especificidade = 78% (75,6 – 80,4%), RV + 3,7, RV- 0,24, VPP = 29,2% (24,5 – 33,9) e VPN = 97,4% (96,4 – 98,4%). Em relação ao atraso no inicio do tratamento os resultados apontaram para a necessidade de uma maior discussão sobre: (1) o papel da astenia e da dor torácica como fatores que podem estar presentes nos pacientes com tuberculose pulmonar em indivíduos infectados pelo HIV, (2) o papel da baciloscopia negativa na coinfecção TB/HIV, (3) a melhor abordagem a ser usada para os usuários de drogas nesta população. Quanto à validação do sistema de pontos, os resultados evidenciaram que a acurácia do sistema de pontos do Ministério da Saúde utilizado para o diagnóstico de tuberculose em indivíduos infectados pelo HIV com baciloscopia negativa limita o seu uso na prática clínica, porém o sistema de pontos com nova pontuação apresentou, na população estudada, uma acurácia semelhante à de outros instrumentos testados, e uma boa capacidade em discriminar pacientes quem não tem tuberculose pulmonar, sendo necessários novos estudos com a aplicação deste sistema de pontos para validá-lo, avaliando assim a sua utilidade no diagnóstico de tuberculose pulmonar em indivíduos infectados pelo HIV com baciloscopia negativa.

A pecuária de corte brasileira tem sofrido grande pressão devido às questões ambientais, às exigências dos mercados consumidores por carne de qualidade e rígidos padrões sanitários. Esses fatores aumentam a importância da melhoria da eficiência produtiva da pecuária de corte. A proposta do presente trabalho foi avaliar o efeito da inclusão dos valores genéticos moleculares, de um painel de marcadores genéticos comerciais (Perfil IGENITY&reg; Nelore V3) na seleção de animais da raça Nelore. Foram utilizados dados de 9.749 animais da raça Nelore mensurados para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea e espessura de gordura na picanha e 39.687 animais na matriz de parentesco. Dois modelos de análise foram utilizados. O modelo de análise uni-característica em que apenas os parâmetros genéticos do fenótipo foram estimados e o modelo bi-característica em que os valores genéticos moleculares de 3.033 animais foram incluídos como característica correlacionada. A inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo aumentou as acurácias das estimativas dos valores genéticos preditos dos animais genotipados, principalmente dos machos jovens. As analises dos conflitos de seleção demonstraram maiores divergências nos touros e machos jovens que tiveram seus genótipos definidos. A taxa de ganho genético anual com a inclusão dos valores genéticos moleculares no modelo foi aumentada em 2,4% para área de olho de lombo, 0,9% para espessura de gordura subcutânea e 1,9% para espessura de gordura na picanha. Esses resultados demonstram que a utilização dos valores genéticos moleculares , mesmo quando oriundos de painéis de marcadores de DNA de baixa densidade, pode contribuir na seleção de animais superior mérito genético e, além de promover aumento nos ganhos genéticos dos programas de melhoramento genético da raça Nelore. / The Brazilian beef cattle chain is suffering a huge pressure due to environmental issues, the demand of consumer markets for meat quality and strict sanitary standards of the international market. These factors increase the importance of improving productive efficiency of beef cattle. The proposal of this study was to evaluate the effect of inclusion of the molecular breeding values of a commercial panel of genetic markers (Nellore Profile IGENITY&reg; V3) in the genetic selection of Nellore cattle. Data of 9,749 animals measured for ribeye area, fat thickness and rump fat thickness were used in this study, with a relationship matrix compound of 39,687 animals. Two models of analysis were performed. Single trait model was performed only for each observed phenotypes and two-trait model was performed phenotypes and molecular breeding values of 3,033 animals as a correlated trait. The inclusion of molecular information in genetic evaluation provided increases on the accuracies of predicted breeding values of genotyped animals and, mainly, for replacement young bulls. The divergences of selection for 20% best animals classified by 1-trait breeding values and 2-trait breeding values demonstrated highest divergence for sires and replacement young bulls. The genetic change rate on the 2-trait model increased 2,4% for ribeye area, 0,9 for fat thickness and 1,9% for rump fat thickness. These results demonstrated that the inclusion of molecular breeding values, even when estimated from low density genetic markers panels, on animal breeding evaluations can contribute on the selection of best genetic merit animals and increase of genetic change rate on animal breeding programs for Nellore cattle.