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Structural and functional studies of pentameric ligand-gated ion channels from bacteria / Etudes structurales et fonctionnelles de canaux ioniques pentamériques liés à des ligands provenant de bactéries

Hu, Haidai 15 December 2017 (has links)
Les canaux ioniques pentamériques activables par un ligand (pLGIC) sont l'une des principales familles de canaux transmembranaires. Ils permettent la transduction rapide du signal dans le système nerveux central et périphérique via la liaison de neurotransmetteurs. Les pLGIC sont également présents chez les archées et les bactéries. Seuls deux pLGIC bactériens ont été caractérisés biochimiquement et structurellement jusqu'à présent (GLIC et ELIC). Ils servent de modèle d’étude à de nombreux scientifiques et ont été largement étudiés aussi bien au niveau fonctionnel que structural. Dans la première partie de mon travail de thèse, j'ai purifié, cristallisé et résolu la structure cristalline d'un nouveau pLGIC originaire d'un symbiote de gamma-protéobactérie de Tevnia jerichonana (sTeLIC). Des expériences fonctionnelles montrent que sTeLIC est activé par un pH alcalin, est sélectif pour les ions cationiques monovalents et inhibé par les cations divalents. La structure cristalline résolue à pH 8,0 présente un pore largement ouvert qui est le premier de ce type à être caractérisé dans cette famille pLGIC. De plus, nous avons identifié un modulateur fortement positif qui se lie au "site vestibulaire" dans le domaine extracellulaire, et nous avons résolu la structure cristalline de ce complexe. Des expériences fonctionnelles montrent également que sTeLIC partage de nombreuses fonctionnalités avec ELIC. ELIC et sTeLIC constitutent les archétypes d’une nouvelle classe de pLGICs, dont la forme active se caractérise par un pore largement plus ouvert que les autres pLGICs.Dans la deuxième partie de mon travail de thèse, les résidus senseurs de protons dans GLIC ont été cartographiés, afin de déterminer comment la liaison du proton stabilise l'état ouvert de GLIC. Tous les résidus titrables de GLIC ont été cartographiés par mutagenèse dirigée afin de découvrir des capteurs de protons impliqués dans le processus de déclenchement. Nous avons ainsi démontré que la résidu E35 est un résidu clé, dont la forme chargée stabilise l’état de repos, et la forme protonée l'état actif. Nous avons également démontré que la réponse au proton dépend de deux réseaux distincts à l'interface ECD-TMD qui stabilisent l'état ouvert de GLIC. Dans la troisième partie, j'ai cloné, purifié, cristallisé et déterminé les structures cristallines des formes ouvertes et fermées de DeCLIC, un pLGIC de la protéobactérie Desulfofustis. Chaque sous-unité contient un grand domaine additionnel N-terminal constitué de deux sous-domaines (NTD1 et NTD2). Il s’agit de la première structure d’un pLGIC qui contient un domaine supplémentaire extracellulaire non-canonique. / Ligand-gated pentameric ion channels (pLGIC) are one of the major families of transmembrane receptors. They allow rapid signal transduction in the central and peripheral nervous systems via neurotransmitters binding. PLGICs are also present in archaea and bacteria. Only two bacterial pLGICs have been biochemically and structurally characterized so far (GLIC and ELIC). They serve as working models for many scientists and have been extensively studied both at the functional and structural levels. In the first part of my thesis, I purified, crystallized and solved the crystal structure of a new pLGIC from gamma-proteobacterial symbionts of Tevnia jerichonana (sTeLIC). Functional experiments show that sTeLIC is activated by alkaline pH, and is selective for monovalent cationic ions and inhibited by divalent cations. The crystal structure solved at pH 8.0 displays a widely open pore that is the first of this kind to be characterized in the pLGIC family. In addition, we identified a strongly positive modulator that binds to the "vestibule site" in the extracellular domain, and we solved the crystal structure of this complex. Functional experiments show that sTeLIC shares many features with ELIC. ELIC and sTeLIC are the archetypes of a new class of pLGICs, whose active form is characterized by a much more open pore than other pLGICs. In the second part of my thesis, the proton sensor residues in GLIC have been mapped. All titratable GLIC residues were tested by site-directed mutagenesis to discover proton sensors involved in the triggering process. We have demonstrated that the residue E35 is a key residue, whose charged form stabilizes the resting state, and the protonated form the active state. We have also demonstrated that the proton response is dependent on two distinct networks at the ECD-TMD interface, which stabilize the open state of GLIC.In the third part of my thesis, I cloned, purified, crystallized and determined the crystal structures of the open and closed forms of DeCLIC, a pLGIC of Desulfofustis proteobacterium. Each subunit contains a large N-terminal additional domain consisting of two subdomains (NTD1 and NTD2). This is the first structure of a pLGIC which contains a non-canonical additional extracellular domain.
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Emploi et préférences de fécondité en zones urbaines en Afrique subsaharienne

Zinvi, Degnon Dossou Firmin 12 1900 (has links)
La transition de la fécondité en Afrique subsaharienne a débuté tardivement et ses caractéristiques diffèrent des autres régions du monde à l’instar de l’Asie et de l’Amérique Latine, d’où le qualificatif de « African exceptionalism » qui a été avancé par Caldwell et collègues et bien d’autres auteurs. Selon les estimations des Nations Unies, l’indice synthétique de fécondité en Afrique subsaharienne est passé de 6,3 en 1990 à 4,6 enfants par femme en 2021. Sa population est estimée à 1,15 milliard en 2022, passera à 2,09 milliards en 2050 puis à 3,44 milliards en 2100. L’Afrique subsaharienne serait considérée comme la locomotive de la croissance démographique mondiale selon les projections de population des Nations Unies. Beaucoup d’études s’accordent à dire que cette forte fécondité est motivée en grande partie par une forte préférence pour les familles nombreuses. Comprendre les facteurs qui influencent les préférences de fécondité est d’une importance capitale pour anticiper la demande potentielle en matière de planification familiale, évaluer les disparités de fécondité entre les pays et les régions, et anticiper les tendances futures en matière de fécondité. Dans le même temps, une large proportion de femmes en Afrique subsaharienne participe activement au marché du travail, soit 62,2 % contre 47,4 % au niveau mondial et variant de 18,2 % au Djibouti à 83,7 % à Madagascar en 2022. L’emploi est au cœur des politiques de développement et est considéré comme un catalyseur des changements de comportements en matière de reproduction. Cette thèse examine la nature des liens entre l’emploi et la fécondité, spécifiquement le désir d’enfant additionnel, afin de mieux comprendre la dynamique de la transition de la fécondité en milieu urbain. Trois articles sont élaborés en vue d’apporter des éclaircissements sur des aspects moins étudiés de cette thématique en Afrique subsaharienne. Le premier article examine comment la relation entre l'emploi des femmes et leur désir de fécondité évolue dans le temps. L’article utilise 30 enquêtes démographiques et de santé issues du milieu urbain de 15 pays qui ont au moins deux enquêtes dont la première se situe autour de l’année 1990 et la seconde après 2010. Les résultats descriptifs suggèrent qu’une baisse du désir d’enfant additionnel est observée dans neuf pays sur 15 parmi les femmes en union allant de 0,05 % au Ghana à 0,53 % en Zambie en moyenne annuelle alors que sur la même période, le taux d’emploi des femmes a augmenté dans 12 pays sur 15, variant de 0,8 % en Tanzanie à 9,8 % au Malawi. Globalement, cette étude ne trouve pas de preuve convaincante de l’effet de l’emploi des femmes sur le désir d’enfant additionnel d’enfants en milieu urbain africain, avec peu de résultats significatifs, malgré des raisons assez fortes de s'attendre à des relations claires. Le deuxième article évalue dans quelle mesure l’effet de l’emploi de la femme sur le désir d’enfant additionnel varie selon le type d’emploi du conjoint. Le type d’emploi du conjoint, souvent non pris en compte dans les études, est susceptible de modifier la relation entre l’emploi de la femme et son désir de fécondité. Pour ce faire, nous mobilisons les récentes données des enquêtes démographiques et de santé du milieu urbain de 33 pays d’Afrique subsaharienne. Les résultats des analyses multivariées de cette étude soulignent qu’il n’existe pas un effet clair et généralisé de l’emploi des femmes sur le désir d’enfant additionnel. Cependant, certaines particularités se dégagent. Dans un premier temps, l’emploi rémunéré de la femme en dehors de l’agriculture est, d’une part, négativement associé au désir d’enfant additionnel au Burundi, en Tanzanie, au Zimbabwe, et au Tchad, et d’autre part, positivement associé au désir d’enfant additionnel en Côte d’Ivoire, au Nigéria et en Sierra Léone. Dans un second temps, un effet systématique de l’emploi salarié des femmes sur le désir additionnel d’enfant n’émerge pas pour chaque type d’emploi du partenaire. Cela suppose qu’il n’existerait pas d’effet d’interaction entre l’emploi de la femme et l’emploi de l’homme. Par ailleurs, l’effet de l’emploi de la femme sur le désir d’enfant additionnel serait plus élevé que celui de l’emploi de l’homme. Le troisième article examine quant à lui le lien entre la perception des mauvaises conditions économiques dans le contexte de résidence et le désir d’enfant additionnel dans le contexte urbain du Bénin. Nous testons l’hypothèse qu’une perception négative va avoir un effet négatif sur le désir d’enfant additionnel. Pour ce faire, nous combinons, à partir des informations géospatiales détaillées des ménages (coordonnées géographiques), les données de l’enquête démographique et de santé 2017-18 du Bénin et les données Afrobaromètre de 2016 sur les enquêtes d’opinion. Les données de l’Afrobaromètre permettent de mesurer la perception des conditions économiques. Nous limitons une fois encore les analyses au milieu urbain du Bénin. Les résultats des analyses suggèrent que les femmes qui résident dans des contextes dans lesquels les perceptions des conditions économiques sont fortement négatives sont plus susceptibles de désirer un enfant additionnel. Par contre, cette association est modérée par le niveau d’éducation des femmes. Les femmes qui ont un niveau d’éducation secondaire et plus sont susceptibles de moins désirer une prochaine naissance que leurs homologues qui n'ont pas atteint le niveau d’éducation secondaire lorsqu’elles résident dans des contextes dans lesquels l’incertitude économique est élevée. La tendance s’inverse lorsque l’incertitude économique est basse. Cette thèse s’intéresse à la dichotomie entre l’emploi des femmes et leur désir d’enfant additionnel en milieu urbain africain. Elle suscite deux questionnements que nous n’avons pas pu totalement discerner et qui pourront faire l’objet de futurs travaux. En premier lieu, la faible relation ou l’inexistence de relation entre l’emploi des femmes et le désir d’enfant additionnel exprime une réalité sociologique et économique. D’un côté, l’emploi dans ces milieux n’est pas transformateur de genre pour permettre aux femmes de décider librement, de l’autre, l’emploi demeure dans le secteur informel qui permet de le concilier plus facilement avec la fécondité. En second lieu, il se peut que les données EDS ne permettent pas de mieux cerner les nuances dans la mesure de l’emploi des femmes et des hommes. Il y manque par exemple, le nombre d’heures travaillé pour mesurer l’intensité du travail, la formalisation (contrat de travail, registre comptable, bulletin de paie) pour identifier efficacement les emplois formels et informels, le revenu de l’emploi, le lieu de travail, le travail domestique et de soins ou la pluriactivité. Nous espérons néanmoins que les résultats de cette thèse vont servir à susciter le débat sur l’emploi des femmes en Afrique. / The fertility transition in sub-Saharan Africa began later and has different characteristics compared to countries in other regions, such as Asia and Latin America. This has led to the term 'African exceptionalism' as proposed by Caldwell and colleagues and other authors. According to United Nations estimates, the total fertility rate in sub-Saharan Africa decreased from 6.3 in 1990 to 4.6 children per woman in 2021. The population of the region is projected to reach 1.15 billion in 2022, 2.09 billion in 2050, and 3.44 billion in 2100. Sub-Saharan Africa is the driving force of global population growth. Many studies agree that this high fertility rate is primarily motivated by a strong preference for large families. Understanding the factors influencing fertility preferences is important for anticipating potential demand for family planning, understanding fertility gaps between countries and regions, and anticipating future fertility trends. At the same time, a large proportion of women in sub-Saharan Africa actively participate in the labor market, with 62.2% compared to the global average of 47.4%, ranging from 18.2% in Djibouti to 83.7% in Madagascar in 2022. Employment is central to development policies and a catalyst for changes in reproductive behavior. This thesis examines the nature of the links between employment and fertility, specifically the desire for additional children, to better understand the dynamics of the fertility transition in urban areas. Three articles are developed to shed light on less studied aspects of this topic in sub-Saharan Africa. The first article examines how the relationship between women's employment and their fertility desire changes over time. It uses 30 demographic and health surveys from urban areas in 15 countries, with the first survey around 1990 and the second after 2010. Descriptive results suggest a decline in the desire for additional children among married women in nine out of 15 countries, ranging from 0.05% per year in Ghana to 0.53% in Zambia. In comparison, the employment rate for women increased in 12 out of 15 countries, varying from 0.8% in Tanzania to 9.8% in Malawi. Overall, the study finds no convincing evidence of a changing effect of women's employment on the desire for additional children in urban Africa, with few significant results despite solid reasons to expect clear relationships. The second article assesses how the effect of women's employment on the desire for additional children varies depending on the husband's type of employment. The type of employment of the husband, often overlooked in studies, can influence the relationship between women's employment and their fertility desire. For this purpose, we use recent data from demographic and health surveys from urban areas in 33 sub-Saharan African countries. The results of the multivariate analyses in this study emphasize that there is no apparent and generalized effect of women's employment on the desire for additional children. However, some specific patterns emerge. Firstly, women's paid employment outside of agriculture is negatively associated with the desire for additional children in Burundi, Tanzania, Zimbabwe, and Chad but positively associated in Côte d'Ivoire, Nigeria, and Sierra Leone. Secondly, there is no systematic effect of women's salaried employment on the desire for additional children for each type of partner's employment. This result suggests that there is no interaction effect between women's and men's employment. Moreover, the impact of women's employment on the desire for additional children is higher than that of men's employment. The third article explores the relationship between perceived poor economic conditions and the desire for more children in urban Benin in western sub-Saharan Africa. We test the hypothesis that a negative perception will negatively affect the desire for additional children. To do this, we combine detailed household geospatial information (geographic coordinates) from the 2016 Afrobarometer opinion survey data with the 2017-18 Benin Demographic and Health Survey data. The results suggest that women who live in contexts where perceptions of economic conditions are strongly negative are likely to desire a child. This association is, moreover, moderated by women's level of education. Women with secondary education or higher are less likely to desire their next pregnancy compared to those who have not completed secondary education when residing in contexts with high economic uncertainty. However, this tendency is reversed when economic uncertainty is low. This thesis highlights the dichotomy between women's employment and their desire for additional children in African urban settings. It raises two questions that we have not fully answered and which may be the subject of future research. Firstly, the weak or non-existent relationship between women's employment and the desire for additional children reflects a sociological and economic reality. On the one hand, employment in these settings is not gender-transformative enough to allow women to make decisions freely; on the other hand, employment remains mainly in the informal sector, which makes it easier to reconcile with fertility. Secondly, it is possible that DHS data do not allow for a better understanding of nuances in measuring women's and men's employment. For example, it lacks the hours worked to measure work intensity and formalization (employment contract, accounting records, payslip) to effectively identify formal and informal jobs, employment income, work location, domestic and care work, or multiple job holding. Nevertheless, we hope this thesis's results will contribute to stimulating debate on women's employment in Africa.
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Le droit à l'instruction dans la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'Homme / The right for the instruction in the jurisprudence of the European Court of Human Rights

Le Rouzic, Louis-Marie 01 December 2014 (has links)
La protection du droit à l’instruction a fait l’objet de longues discussions lors des travaux préparatoiresà la Convention européenne des droits de l’Homme. Si l’idée d’un droit à l’instruction pour tous s’esttrès vite imposée dans l’esprit de ses rédacteurs, le respect des convictions religieuses etphilosophiques des parents, qui assurent en priorité l’éducation et l’enseignement de leurs enfants, afait l’objet de davantage de controverses. Ces hésitations expliquent la présence de ce droit à l’article 2du premier protocole additionnel à la Convention du 20 mars 1952. Son importance n’est cependantpas à négliger. Qualifié de droit matriciel, le droit à l’instruction participe à la garantie concrète eteffective des autres droits et libertés de la pensée protégés par le corpus européen. Il assure en celal’épanouissement de la personne et lui garantit le droit de se déterminer librement. Il peut donc êtrerevendiqué par tous, élève ou étudiant, et peu importe la structure fréquentée (établissement public,privé, scolaire ou supérieur). Consciente de cet enjeu décisif pour la sauvegarde d’une sociétédémocratique, la Cour européenne des droits de l’Homme a su interpréter l’article 2 du Protocoleadditionnel de manière à assurer un juste équilibre entre la marge nationale d’appréciation et lapromotion du droit à l’instruction. Pour cela, elle a mis à la charge des Etats des obligations positivesafin d’assurer à chacun la possibilité, notamment, de se servir des moyens d’instruction existants. Engarantissant ainsi l’égal accès de tous aux structures existantes, la Cour européenne des droits del’Homme a également incité les autorités étatiques à respecter les particularités de chacun. A cette fin,une obligation de neutralité leur est imposée aussi bien dans les établissements d’enseignement quedans les programmes dispensés. Aucun élève ni étudiant ne doit se sentir exclu ou stigmatisé en raisonde ses convictions propres. La garantie d’un droit universel à l’instruction implique alors la garantied’un droit à une instruction pluraliste. / The Protection of the right to education has been the subject of endness debates troughout thepreparatory work on the European Convention of Human Rights. While the idea of a right to educationfor all was quite evident in the mind of the drafters of the European Convention of Human Rights, therespect for religious and philosophical convictions of parents, who come first in the education of theirchildren, has been more controversial. Theses doubts explain the inscription of this right in Article 2 ofthe Protocol to the Convention on 20 March 1952. Its importance mustn’t be overlooked. Described asa « matrix right », the right to education contributes to a concrete and effective guarantee of the rightsand freedoms protected by the European Convention of Human Rights. It ensures personal blossomingand the right to make up their own minds. Therefore, everybody can claim this right, whether it be apupil or a student, regardless of the institution (public or private school, primary school or furthereducation). Aware of this key issue to protect a democratic society, the European Court of HumanRights has interpreted article 2 of the Protocol in order to reach a fair balance between the nationalmargin of appreciation and the protection of the right to education. That’s the reason why the Courtrequires States to achieve some positive obligations especially to enable everyone to use existingeducation means. Through the guarantee to an equal access of everyone to education institutions, theEuropean Court of Human Rights also encourages national authorities to observe the distinctivefeatures of each individual. In order to do so, the authorities must remain neutral both in educationalinstitutions and their curriculum. No pupil or student must feel excluded or chastised because of hispersonal convictions. Then, securing the universal right to education implies securing the right to apluralistic education.
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Intrahousehold Allocation of Time and Consumption during Hard Times / Allocation Intrafamiliale des Ressources en Situation de Crise

Martinoty, Laurine 08 October 2015 (has links)
Les conséquences des chocs économiques négatifs sur les ménages ont été documentés extensivement, mais on en sait beaucoup moins sur la manière dont ces chocs sont transmis aux individus à travers la médiation du ménage. Le ménage contribue-il à modérer l'effet des chocs négatifs ? Dans quelle mesure le choc économique pèse-t-il dans la négociation familiale ? À partir de données sur la crise économique argentine de 2001, je montre d'abord que les femmes en couple ont une plus grande probabilité de devenir actives si leur mari a fait l'expérience d'un choc de revenu. Ensuite, je montre que le cycle économique importe dans les décisions d'investissement en capital humain. Sur le long terme, les profils de salaire et d'employabilité des hommes argentins sont affectés de manière persistante par les conditions économiques initiales au moment de l'obtention du diplôme. Enfin, je considère la dimension “man-cession” de la crise économique de 2009 en Espagne et montre que la part des ressources du ménage reçues par les femmes pour leur consommation privée augmente avec la diminution de l'écart des taux de chômage hommes-femmes, confortant l'hypothèse que les chocs négatifs modifient le pouvoir de négociation des individus au sein du ménage. / The consequences of adverse aggregate shocks on households have been repeatedly documented, but far less has been said on the way they are passed over to individuals through the mediation of the household. Does the household contribute in mitigating the effects? Or does the economic shock rather invite itself at the family negociating table? Using the Argentine 2001 economic crisis as a natural experiment, I first show that married women are more likely to enter the labor market if their husband experienced a loss in income, giving credit to the insurance mechanism. Then, I show that the business cycle matters for investments in education, and that long run labor outcomes of Argentine men are persistently affected by the initial conditions upon graduation. Finally, I consider the “Mancession” dimension of the Great Recession in Spain and demonstrate that the resource share accruing to wives for own consumption increases together with the decreasing unemployment gap, which comes in support to the bargaining hypothesis.
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La contractualisation de compagnies militaires privées dans la guerre : retour à l'utilisation des mercenaires ou nouvelle configuration de l'exercice de la violence légitime?

Druetz, Thomas 17 April 2018 (has links)
La privatisation des fonctions étatiques s'est étendue, depuis une quinzaine d'années, à un domaine que Weber jugeait intrinsèque à l'État moderne : l'exercice de la violence légitime. En effet, des gouvernements délèguent désormais à des firmes privées l'accomplissement de missions qui relevaient traditionnellement du secteur militaire. Ce retour du privé dans les conflits incite inévitablement au rapprochement entre la privatisation militaire et le mercenariat. Nous nous proposons d'examiner dans ce mémoire la pertinence d'un tel rapprochement sous les angles juridique et sociopolitique. L'analyse qualitative réalisée suggère que la contractual isation de firmes privées dans les conflits interétatiques constitue davantage une configuration nouvelle et inachevée de l'exercice de la violence légitime qu'un regain du mercenariat.

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