MARTINS, Patrícia Helenita Rocha. Avaliação de interação e clivagem de DNA por complexos de rutênio. 2014. 107 f. Dissertação (Mestrado em química)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2014. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-06-03T18:24:51Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_phrmartins.pdf: 3351278 bytes, checksum: 1f2d05db4997c7151c3d158f6ab6eca0 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-07-20T20:45:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_phrmartins.pdf: 3351278 bytes, checksum: 1f2d05db4997c7151c3d158f6ab6eca0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T20:45:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_phrmartins.pdf: 3351278 bytes, checksum: 1f2d05db4997c7151c3d158f6ab6eca0 (MD5) Previous issue date: 2014 / Studies have shown that the ruthenium complexes have less toxicity than the presently used drugs. Then that complexes are being as antitumor agents, some of which can be photoactivated and can be used in photodynamic therapy. Based on these studies we used two ruthenium complexes, cis- [Ru (bpy)2 (SO3) (NO)] (PF6)] (A) and cis- [Ru (bpy)2 (SO3) (H2O)] (B), where its action will be compared due to the difference in the binder, it is known that ruthenium complex nitrosylated are being studied because of the action of the binder NO in biological systems. The experiments employing electrophoresis showed the activity of interaction / cleavage of the complex with ADN, only when irradiated and dependent on the concentration of the complexes. The reactivity tests with hydrogen peroxide have also shown effects of ADN cleavage in the absence and presence of light. The use of radical inhibitors suggested that the mechanism of interaction between A and B complex and the ADN is oxidative, because oxidative species identification. The addition of NaCl to verify the complex interaction mechanism, allowed to state the two complex under study are electrostatic interactions with the ADN. They used two groove binders, which suggests interaction through the major groove of the complex, however it is unclear whether occurring interaction also a minor groove, and the B complex found that the complex shows no selectivity, may bind by two grooves. UV tests show changes in the bands of the complex, which may indicate complex interaction of A and B. The tests exclusion column show the bands indicating interaction between the complex and ADN. The determination Kb 1.31 x 105 M-1 (A) and 3.77 x 104 M-1 (B) showed that the complexes bind to ADN and are within the range found for the complex to exhibit interaction. The viscosimetry experiment indicated the occurrence of electrostatic interaction between the complexes. The AFM test showed that the complexes A and B changed the conformation of ADN, indicating interaction. The EPR technique showed the appearance of free radicals in the presence of the complex and H2O2 even without irradiation. / Estudos mostraram que os complexos de rutênio apresentaram menos toxicidade que os fármacos utilizados atualmente. Com isso esses complexos estão sendo utilizados como agentes antitumorais, sendo que alguns podem ser fotoativados, podendo ser utilizados em terapia fotodinâmica. Baseando-se nesses estudos foram utilizados dois complexos de rutênio, cis-[Ru(bpy)2(SO3)(NO)](PF6)](A) e cis-[Ru(bpy)2(SO3)(H2O)](B), onde será comparada a sua ação devido a diferença do ligante, sabe-se que complexos nitrosilados de rutênio estão sendo alvo de estudos, devido a ação do ligante NO em sistemas biológicos. Os experimentos empregando a técnica de eletroforese mostraram a atividade de interação/clivagem do complexo com o DNA, somente quando irradiado e dependente da concentração dos complexos. Os testes de reatividade com peróxido de hidrogênio, também mostraram efeitos de clivagem de DNA, na ausência e presença luz. A utilização de inibidores de radicais sugeriu que o mecanismo de interação entre os complexos A e B e o DNA é oxidativo, devido a identificação de espécies oxidativas. A adição de NaCl para verificar o mecanismo de interação do complexo, permitiu constatar que os dois complexos em estudo fazem interações eletrostáticas com o DNA. Foram utilizados dois ligantes de sulco, que sugeriu a interação por sulco maior do complexo A, no entanto não ficou claro se ocorre interação também por sulco menor, e para o complexo B verificou-se que o complexo não apresenta seletividade, podendo se ligar pelos dois sulcos. Os testes de UV mostram mudança nas bandas dos complexos, que pode ser indício de interação dos complexos A e B. As análises em coluna de exclusão mostram as bandas que indicam interação entre os complexos e o DNA. A determinação de Kb 1,31 x 105 M-1 (A) e 3,77 x 104 M-1(B) mostraram que os complexos se ligam ao DNA, e estão dentro da ordem encontrada para os complexos que apresentam interação. O experimento de viscosimetria indicou a ocorrência de interação eletrostática entre os complexos. O teste de AFM mostrou que os complexos A e B alteraram a conformação do DNA, indicando interação. A técnica de EPR mostrou o surgimento de radicais livres, na presença do complexo A e H2O2 mesmo sem irradiação.

Magister en Neurociencias / La epigenética como ciencia se dedica al estudio de la regulación de la transcripción de genes determinados, que está dada sin alteración en la secuencia de las bases nitrogenadas, siendo esta regulación marcas mitótica y meióticamente heredables. Diversas enfermedades han demostrado alteraciones en los patrones de metilación y por ende implicancia ambiental en la génesis de una patología determinada, entre estas encontramos el síndrome de Rett, Síndrome ATRX, Síndrome X frágil, e incluso publicaciones recientes han demostrado modificaciones epigenéticas en la patogenia del Alzheimer y el Parkinson. En este contexto y dada la prevalencia de enfermedades neurodegenerativas en nuestro país, y en especial de la enfermedad de Parkinson en la población chilena, es primordial evaluar la influencia ambiental que provoca la contaminación por metales en las modificaciones transcripcionales de genes puntuales y de significancia patológica y de cómo estos repercuten en la incidencia del Parkinson. Para esto se ha seleccionado una población minera del norte de nuestro país, en donde se ha descrito una gran incidencia y agregación de pacientes con enfermedad de Parkinson, los cuales comparten un factor ambiental en común: El haber estado expuestos a metales. Mi proyecto de tesis implica evaluar las diferencias en los patrones de metilación globales por medio de anticuerpos específicos para citosinas metiladas, analizando 4 grupos de trabajo: Pacientes parkinsonianos expuestos a contaminantes (trabajadores mineros), pacientes sanos expuestos a metales (trabajadores mineros), pacientes parkinsonianos sin exposición (muestras obtenidas de pacientes de Santiago) y pacientes sanos sin exposición (controles sanos de Santiago). Con esto se espera encontrar un espectro de metilación desde la muestra más metilada, (el control negativo, paciente sano sin exposición), hasta las muestras menos metiladas (pacientes parkinsonianos expuestos a metales). 5 Posteriormente se analizará el gen alfa-sinucleina (SNCA), el cual se ha descrito hipometilado en pacientes con Parkinson Idiopático (Ahmad Jowaed, 2010). Para esto se desarrollarán partidores específicos, tanto para muestras metiladas como no metiladas. Posteriormente se someterán tanto partidores como muestras a la secuenciación por bisulfito para posteriormente amplificar las muestras mediante PCR.

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Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales) / El presente estudio, tiene por objetivo realizar una revisión y análisis del Sistema Nacional de Registros de ADN, creado por la Ley 19.970 del año 2004.Para el correcto tratamiento de nuestro tema de estudio, se ha dividido este trabajo en cuatro partes: En una primera, a modo de introducción, se hace una explicación somera del ADN y su función vital en la identificación de las personas. Una segunda parte se ha dedicado al estudio de la Historia Fidedigna de la Creación de la ley. En una Tercera, se realiza un análisis artículo por artículo de las disposiciones de la Ley 19.970. En una cuarta parte se realiza un análisis de constitucionalidad formal y de fondo de los preceptos de la Ley 19.970. Y por último, se realiza un alcance acerca del valor probatorio que revisten estas pruebas de ADN. Se realiza en un primer capítulo una breve descripción de que es lo que es el ADN, Capítulo que no pretende en forma alguna convertirse en un trabajo científico acerca de esta materia, sino que simplemente se limita a exponer, basados en bibliografía especializada, ciertos parámetros y conceptos que son necesario manejar para poder entender las palabras técnicas que utilizará luego, tanto la Ley 19.970, como su Reglamento

No autorizada por el autor para ser publicada a texto completo / Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales) / La Ley N.° 19.970 establece el sistema nacional de Registros de Huellas de ADN de interés criminal. A través de la presente tesis de grado buscamos analizar las condiciones de legitimidad del tratamiento de las muestras biológicas y los resultados de los análisis que se realicen sobre ellas. Para ello nos serviremos del método científico aplicable a las investigaciones jurídicas, y en consecuencia descompondremos el problema del tratamiento de datos de huellas de ADN, identificando y estableciendo cuáles son las deficiencias y faltas de claridad existentes en nuestra normativa examinada a la luz de la doctrina y experiencia internacional y propondremos algunas soluciones. Los métodos de investigación que se utilizarán, entendiendo por tales aquellos que se refieren a los procedimientos que se usan con el propósito de llegar a demostrar una hipótesis, cumplir con los objetivos de un proyecto y dar una respuesta concreta al problema que se identificó, son de distintos tipos o especies, dentro de ellos el inductivo y el documental. Será inductivo, pues a partir de los fenómenos particulares, cuales son los registros de ADN previstos en la Ley N.° 19.970 se arribará a las conclusiones y premisas que servirán de base para demostrar la hipótesis, y será documental, pues se efectuará un examen de las fuentes formales del Derecho, como son la doctrina nacional y extranjera, las normas legales internas y de Derecho comparado, además de las resoluciones judiciales y administrativas que digan relación con la materia que se investiga. De acuerdo al núcleo central de la hipótesis de trabajo, sostenemos que la Ley N.° 19.970, Crea el Sistema Nacional de Registros de ADN, contraviene los principios y normativas de protección de datos, por lo que muchas de las actuaciones procesales establecidas para el Ministerio Público y los Tribunales adolecen al menos de falta de legitimidad, lo que pone en riesgo el sistema de derechos fundamentales y por ello es necesario esclarecer las condiciones de legitimidad en el uso de bases de datos de perfiles de ADN con fines de investigación criminal. Para los efectos de desarrollar la investigación, realizamos un análisis general, desde los principios básicos de la biología, el concepto de ADN y de huellas genéticas o huellas de ADN y la tecnología asociada, así como su habilidad a los efectos de determinar la identidad de una persona. Contrastada la información que hemos analizado con la Historia del Establecimiento de la Ley N.° 19.970 encontramos un alto grado de coincidencia en cuanto a la eficacia de la huella de ADN para estos efectos, con porcentajes de asertividad que superan el 99,6% de acuerdo a los distintos estudios realizados. A continuación efectuamos un examen de la huella de ADN y la muestra biológica a partir de la cual se determina a la luz de la legislación sobre protección de datos personales, en concreto la Ley N.° 19.628 de protección de la vida privada frente al tratamiento automatizado de datos personales y las normas de derecho comparado que se han pronunciado y que nos resultan relevantes por su cercanía a nuestra cultura jurídica. La principal conclusión que hemos obtenido a este respecto es que tanto las muestras biológicas como las huellas de ADN deben ser consideradas y tratadas como datos sensibles y por tanto estar sujetas a altos estándares de seguridad. A estos efectos comprobamos que en la historia de la ley como en el texto que en definitiva se aprobó se recoge esta idea, estableciéndose diversos resguardos de seguridad tanto en la obtención, como conservación, registro y comunicación de esta información. Una clara manifestación de esto es la necesidad de acreditación de los laboratorios que participan del análisis de las huellas de ADN. En un tercer enfoque de estudio, nos ha interesado revisar la Ley N.° 19.970 desde la óptica de la historia de su establecimiento, elemento que hemos considerado esencial a los efectos de la posterior aplicación de la misma. Especialmente, nos ha interesado desvelar la intención legislativa a la hora de establecer los distintos tipos de registros y las condiciones para que la información de una persona sea ingresada a los mismos y las condiciones de legitimidad del uso de esta información por los distintos agentes del Estado. No hemos realizado un análisis crítico de los tipos de delitos que se han incluido en el registro, pues consideramos que se aleja del objeto de nuestro estudio. De igual forma, no hemos efectuado un análisis sobre la naturaleza jurídica del registro, en cuanto a las finalidades de política criminal que pudieran estar asociadas, pues ello también dista del objeto de nuestro estudio. Ahora bien, para ilustrar como está funcionando el sistema, hemos detectado una sentencia que se refiere a la materia, relativa a la pertinencia de ingresar en el registro los datos de un adolescente infractor, que resulta interesante por la consideración general de que los datos de menores de 18 años deben ser tratados como datos sensibles. Finalmente, hemos realizado un estudio de la Ley N.° 19.970 a la luz de los principios del debido proceso, que se recogen a nivel internacional y nacional. Luego de analizar la legislación vigente, hemos arribado a que la ley adopta criterios adecuados respecto del resguardo de estos principios en los procedimientos de obtención, conservación y análisis de las muestras, sin embargo no queda claro que se dé plena satisfacción a los mismos en las normas relativas a los tipos de registros, las atribuciones de las policías y del Ministerio Público, a la hora de decidir sobre la toma de muestras y análisis. Creemos que esta materia debe ser seguida con atención en su experiencia práctica pues puede terminar afectando gravemente los principios de inocencia, derecho a la defensa, in dubio pro reo, etc. Asimismo, en la lista de delitos que habilitan la recogida y tratamiento de muestras, advertimos que la legislación ha adoptado un criterio expansionista, llegando incluso, en algunos casos, a prever la toma y análisis de muestras para delitos en los que estas pruebas no tienen relevancia, tales como el delito de violencia psicológica y las amenazas, a vía ejemplar. En consecuencia, concluimos que no sólo la novedad de la investigación, sino su pertinencia queda demostrada por cuanto las pruebas de ADN van adquiriendo cada vez mayor importancia, en todos los ámbitos de interés criminal

Les chloroéthènes sont les polluants majeurs des eaux souterraines et des nappes phréatiques. De par leur toxicité et leur effet cancérigène, ils représentent une préoccupation majeure pour les autorités publiques et sanitaires. La restauration des sites contaminés est possible par des techniques de dépollution biologique impliquant les microorganismes (bioremédiation microbienne). Cependant, la réussite des traitements dépend à la fois des conditions physicochimiques du site pollué et des capacités de dégradation de la microflore indigène. Ainsi, pour optimiser les processus de décontamination, l’identification et le suivi des différentes populations microbiennes sont indispensables avant et pendant le traitement. Les biopuces ADN fonctionnelles (FGA, Functional Gene Array), outils moléculaires haut débit, sont particulièrement bien adaptées pour des applications en bioremédiation. Leur élaboration nécessite de disposer de logiciels performants pour le design de sondes qui combinent à la fois une forte sensibilité, une très bonne spécificité et un caractère exploratoire, ce dernier étant indispensable pour la détection des séquences connues mais surtout de celles encore jamais décrites au sein d’échantillons environnementaux. Un nouveau logiciel, autorisant la sélection de sondes combinant tous ces critères, a été développé et nommé HiSpOD. Son utilisation pour la construction d’une FGA dédiée aux voies de biodégradation des chloroéthènes a permis d’évaluer l’effet de traitements de biostimulation sur la microflore indigène pour plusieurs sites industriels contaminés. Les données révèlent différentes associations entre microorganismes déhalorespirants qui sont fonction des paramètres environnementaux. / Chlorinated solvents are among the most frequent contaminants found in groundwater and subsurface ecosystems. Because of their high toxicity and carcinogenicity, they represent a serious risk for human health and the environment. Thus, such polluted sites need a rehabilitation treatment. Among remediation solutions, microbial bioremediation represents a less invasive and expensive alternative than physico-chemical treatments. However, the process efficiency greatly depends on the environmental conditions and the microbial populations’ biodegradation capacities. Therefore, bioremediation treatment optimization requires the identification and monitoring of such capacities before and during the treatment. Functional Gene Arrays (FGA), by profiling environmental communities in a flexible and easy-to-use manner, are well adapted for an application in bioremediation. But, constructing efficient microarrays dedicated to microbial ecology requires a probe design step allowing the selection of highly sensitive, specific and explorative oligonucleotides. After a detailed state of the art on probe design strategies suitable for microbial ecology studies, we present new software, called HiSpOD, generating efficient explorative probes for FGA dedicated to environmental applications. Finally, this bioinformatics tool was used to construct a FGA targeting most genes involved in chloroethenes biodegradation pathways which allowed the evaluation of biostimulation treatments conducted on indigenous bacterial populations for several industrial contaminated sites.

Chez la levure à bourgeon, l’établissement de domaines silencieux pour la transcription nécessite le recrutement du complexe SIR (Silencing Information Regulator).Mon travail de thèse s’est attaché à étudier une nouvelle voie d’établissement de la répression transcriptionnelle par les SIRs. Des travaux récents ont montré que la répétition en tandem de protéines fortement liées à l’ADN favorise la mise en silence d’un gène rapporteur voisin (Dubarry et al. 2011).En combinant des approches génétiques et moléculaires, j’ai pu montrer qu’un locus composé de 120 répétitions du site opérateur de l'opéron lactose (lacO) liées par la protéine LacI génère un stress chromatinien local et représente une source d'instabilité génomique. Cette instabilité étant limitée par la recombinaison homologue.Dans la seconde partie de ma thèse, j'ai étudié la dynamique d’établissement de la répression par les complexes lacO/LacI et montré que la répression transcriptionnelle et le recrutement du complexe SIR s'établissent sur plusieurs cycles cellulaires. En outre, mes résultats montrent que le complexe SIR stabilise les nucléosomes au niveau des complexes ADN / protéines de forte affinité.Enfin, deux cribles génétiques m’ont permis d’identifier les complexes HIR et LSM comme des facteurs impliqués dans l’hétérochromatinisation induite par les répétitions lacO/LacI. Les connaissances actuelles de ces complexes étant restreintes à la régulation de la transcription et au post-traitement des ARN messagers, d'autres études seront nécessaires pour disséquer le lien entre ces complexes et l'inhibition transcriptionnelle déclenchée par les complexes lacO /lacI. / Silent domains in budding yeast are formed by the recruitment and spreading of the Silent Information Regulator (SIR) complex.Previous studies showed that an array of tight protein-DNA complexes has the ability to trigger SIR dependent silencing of an ectopically placed EADE2I reporter (Dubarry et al. 2011). It was proposed that replication stress arising due to difficulties to replicate the array of tight protein-DNA complexes is the source of this phenomenon. In my work I have demonstrated that an array of 120 lacO repeats tightly bound by a LacI protein is a source of genomic instability. Investigating the genetic requirements for this event, I have demonstrated that homologous recombination pathways maintain the stability of the locus. My work is consistent with previous reports in fission yeast demonstrating that lacO/LacI is a chromatin stress site (Sofueva et al. 2011). As a second part of my PhD project, using an inducible system that I have developed, I followed the dynamics of establishment of silencing of an ectopically placed reporter gene. My results demonstrate that transcriptional silencing in this system takes many cell cycles to be established. Additionally, I have identified a novel role of the SIR proteins in stabilizing nucleosomes. In an attempt to elucidate the functional link between lacO/LacI and EADE2I silencing, I have performed two SGA (synthetic genetic array) screens. I have identified the HIR and LSM complexes involved into transcriptional regulation and mRNA processing respectively, as potential candidates. Further studies will elucidate the role of these factors on lacO/LacI induced silencing.

Antropóloga Física / El grupo canoero más septentrional del archipiélago patagónico occidental y el primero en extinguirse es conocido etnohistóricamente como Chono. Lo que sabemos de su organización social se basa en observaciones no sistemáticas de la etnia post-contacto y las características y alteración de los contextos mortuorios de cuevas y aleros rocosos solo permiten un mero vistazo a lo que fue este grupo. La reciente validación de la unidad genética de los antiguos habitantes del Archipiélago de los Chonos nos permite plantear nuevas interrogantes. El sitio mortuorio cueva Estero Sur constituye el osario más antiguo (~2000 AP) y numeroso hallado en la zona. La mínima divergencia de sus fechados lo define como un contexto ideal en la búsqueda de patrones de parentesco y residencia. Para ello, se caracterizó los haplotipos de DNA mitocondrial y cromosoma Y de los individuos de la cueva Estero Sur y una muestra control de fechados cercanos hallada en contextos mortuorios de cueva del Archipiélago de los Chonos. La frecuencia, diversidad y distancia genética de los linajes presentes en los individuos de ambos conjuntos indican un patrón probablemente aleatorio de uso mortuorio del sitio, descartando su uso exclusivo por parte de una familia nuclear, un matrilinaje o un patrilinaje. Este patrón concuerda con una depositación mortuoria dispersa, consecuencia de una alta y amplia movilidad

Des structures secondaires d’acides nucléiques atypiques, les structures G-quadruplex, peuvent se former autour d’un cation (K+ ou Na+) dans les régions riches en guanines, grâce à une association de type Hoogsteen. La formation de ces structures est impliquée dans de nombreux mécanismes biologiques, comme la réplication, la transcription ou l’épissage. Elles peuvent affecter l’architecture de l’ADN jusqu’au niveau de la chromatine et provoquer une instabilité importante, tant génétique qu’épigénétique. De nombreuses méthodes ont été développées afin de détecter ces structures in vivo et de comprendre leurs implications au niveau cellulaire. Cependant, le panel d’outils moléculaires disponible actuellement ne permet pas une exploration du génome complète et sélective. Nous avons souhaité développer des outils, capables de sonder efficacement un milieu biologique complexe à la recherche de structures G-quadruplex et d’évaluer le potentiel d’une stratégie thérapeutique anti-tumorale ciblant ces structures. Nous avons mis au point un panel de composés combinant des ligands d’ADN G-quadruplex (PDC, PhenDC3 et Métal-ttpy) avec une biotine et un groupement photoactivable, permettant la capture et l’extraction de structures G-quadruplex de milieux biologiques complexes. Les ligands ont été évalués grâce aux techniques de FID et de FRET-melting, et sélectionnés pour leur affinité mais aussi pour leur affinité pour l’ADN G-quadruplex, assurant un ciblage efficace. Il a également été possible de piéger directement une séquence G-quadruplex en utilisant un complexe de platine, formant un adduit métallique avec les bases de l’ADN. Grâce ce type de ligand d’ADN G-quadruplex, la liaison de coordination métallique joue le rôle de marqueur covalent. Nous avons déterminé sur gel d’électrophorèse la localisation des adduits formés par des complexes dérivés du tolylterpyridine-platine (Pt-ttpy) et étudié la cinétique de platination de l’ADN G-quadruplex. La fonctionnalisation du complexe Pt-ttpy par des groupements photoactivables a permis de réaliser un double-ancrage covalent dans une structure d’ADN G-quadruplex. Par ailleurs, la fonctionnalisation avec un fluorophore a conduit aux premières évaluations en milieu cellulaire.Enfin, notre panel de composés a été testé dans des conditions de capture supportée d’ADN G-quadruplex. Une mise au point de la technique de capture a été réalisée en utilisant des billes magnétiques recouvertes de streptavidine. Les expériences de capture sur billes ont montré que l’efficacité de nos outils varie en fonction de la topologie de la structure G-quadruplex ciblée et du ligand utilisé. Par ailleurs, le groupement photoactivable introduit sur certains de ces outils n’a pas permis d’améliorer la capture d’ADN G-quadruplex. Cependant, il a été possible d’utiliser ces outils en présence d’ADN génomique pour capturer efficacement de fragments d’ADN télomérique, par effet G-quadruplex. / Nucleic acids secondary structures may form in guanine-rich regions by Hoogsteen base-pairing around a cation (K+ or Na+) and stacking of guanine quartets. Those nucleic acid secondary structures called G-quadruplex are believed to play regulatory roles in the main functions related to DNA processing. However, although numerous sequences, potentially forming G4-structures are present in genomes, evidence concerning their in vivo formation and biological role remains limited. Primary aim of our research is to provide new chemical biology tools for evaluating the biological impacts of quadruplexes and the potential of our compounds for quadruplex-targeted anticancer therapy. We have synthetized a set of compounds equipped with biotin and cross linking moieties in order to trap and pull-down G4-structures in various cellular contexts. The G4-ligands (PDC, PhenDC3 and Metal-ttpy) were evaluated thanks to FID and FRET-melting assays, and carefully chosen to efficiently target G-quadruplexes but also to display enough selectivity for cellular assays. Direct trapping of a G-quadruplex structures can also be done by metal complexes, thanks to coordination with DNA bases. Platinum tolylterpyridine derivatives have been studied on gel electrophoresis to map the platination sites and to evaluate the kinetics of the phenomenon. By adding photo crosslinking moieties to Pt-ttpy, efficient double-anchoring has been done on DNA G-quadruplex structure. Moreover, first cellular imaging evaluations were done by adding a fluorophore to this platinum tolylterpyridine complex. To eventually probe quadruplex DNA at the genome-wide scale, full control of the trapping protocol is indeed a key step. Full development of the pull-down step has been done, using streptavidin-coated magnetic beads. On-beads experiments indicate that efficacy of trapping can vary dramatically depending on quadruplex and G4-ligand topologies. Moreover, photo crosslinking moiety, introduced on some compounds, has not shown any improvement of the trapping. However, the development of this method and the design of the capture compounds have led to an optimal isolation of telomeric G-quadruplex forming sequences, from genomic DNA.

Longtemps utilisés en palynologie pour l’étude des paléo-environnements, les coprolithes, excréments fossilisés, sont également d’importantes sources d’information pour des espèces disparues, producteurs ou proies. Grâce à de nombreux échantillons archéologiques provenant d’une dizaine de grottes, comme la Grotte Chauvet-Pont d’Arc, deux espèces ont pu être étudiées : le loup, Canis lupus, et l’hyène des cavernes, Crocuta crocuta spelaea.À partir d’un coprolithe de canidé, daté à 34 500 ans, un génome mitochondrial complet de Canis lupus a pu être reconstitué. Les analyses phylogénétiques ont montré que ce spécimen se situe en dehors de la diversité des chiens et loups actuels. Puis, les analyses menées sur des gènes nucléaires ont montré que le spécimen de Chauvet ne présente pas de traces évidentes de domestication. L’étude du coprolithe met en évidence un régime carné, avec un bol alimentaire comportant des traces d’ADN d’ours des cavernes, Ursus spelaeus.Dans un second temps, grâce à l’étude de nombreux coprolithes d’hyène des cavernes, une alimentation variée composée d’animaux de grande comme de petite taille a été mise en évidence pour ce carnivore. L’analyse plus fine des séquences d’ADN contenues dans l’un des échantillons a permis de reconstituer un génome mitochondrial complet pour une espèce aujourd’hui éteinte : le bison des forêts, Bison schoetensacki. En parallèle, grâce à l’étude d’un ossement de bison des steppes, Bison priscus, un génome mitochondrial complet a été obtenu pour cette espèce éteinte. L’ajout de ces deux nouvelles séquences mitochondriales à la phylogénie des bovidés a permis d’apporter des éclaircissements à cette dernière. / Coprolites have long been used in palynology for paleoenvironments reconstruction. They also are an important source of information on the DNA of the producing species and its diet. Using numerous archeological samples from several caves, including the Chauvet-Pont d’Arc cave, we studied coprolites for two species: the wolf, Canis lupus and the cave hyena, Crocuta crocuta spelaea.Using a canid coprolite from the Chauvet cave, dated back to 34 500 years, we obtained a complete mitochondrial genome sequence. Phylogenetic analyses highlight a maternal lineage that positions outside the diversity of extant dogs and wolfs. Then, analyzes conducted on the nuclear genes showed that the Chauvet canis lupus specimen does not display obvious indication of domestication. Analysing the coprolite for other species to indicate the diet of this specimen, we detected cave bear (Ursus spelaeus) DNA sequences.Second, using many cave hyena coprolites, a flexible diet consisting of large as well as small animals was demonstrated for this extinct carnivore. Focusing the analysis on a coprolite samples that contained large amounts of bovine DNA, we obtained for the first time a complete mitochondrial genome sequence for the extinct European forest bison, Bison schoetensacki. In parallel, a bone sample for the extinct steppe bison provided the first complete mitochondrial genome sequence for Bison priscus. These two genome sequences shed new lights on the phylogeny of Bovinae.