Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-02-08T13:00:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-02-08T17:58:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-08T17:58:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Previous issue date: 2017-12-20 / The use of Information and Communication Technology (ICT) as a strategic vector in organizations and the constant changes in the internal and external environment have increased the need for dedicated planning in this area. ICT becomes a strategic partner of all sectors and contributes directly to the best organizational performance, also increasing the demand for investments and resources. Having a strategic planning for the ICT area, aligned with flexible and agile strategic strategic planning (ISP), is essential to address the volatility of an organization's internal and external scenarios. The main objective of this research was to propose a strategic planning model for information and communication technology (PETIC) using concepts from the Scrum framework, based on a case study that used the observation in the Information and Communication Technology Center (CTIC) of Federal University of Amazonas (UFAM) and documentary research on the artifacts generated during the process of elaboration and execution of strategic ICT planning for the period 20162017. From the case study, it was possible to describe the process performed in UFAM and to produce a PETIC process based on Scrum concepts. / O uso da tecnologia da Informação e Comunicação (TIC) como vetor estratégico nas organizações e as constantes mudanças no ambiente interno e externo, aumentaram a necessidade de um planejamento dedicado para essa área. A TIC passa para um status de parceira estratégica de todos os setores e contribui diretamente para o melhor desempenho organizacional, aumentando também a demanda por investimentos e recursos. Ter um planejamento estratégico para área de TIC, alinhado ao planejamento estratégico institucional (PEI) que seja flexível e ágil, é essencial para atender à volatilidade dos cenários, interno e externo, de uma organização. Esta pesquisa teve como foco principal propor um modelo de planejamento estratégico de tecnologia da informação e comunicação (PETIC) utilizando conceitos do framework Scrum, a partir de um estudo de caso que utilizou a observação no Centro de Tecnologia da Informação e Comunicação (CTIC) da Universidade Federal do Amazonas (UFAM) e a pesquisa documental nos artefatos gerados durante seu processo de elaboração e execução do planejamento estratégico de TIC para o período de 2016-2017. A partir do estudo de caso, foi possível descrever o processo realizado na UFAM e produzir um processo de PETIC com base nos conceitos do Scrum.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-30T12:30:55Z No. of bitstreams: 1 Dissertação -Paulo Roberto Oliveira.pdf: 1880467 bytes, checksum: 0fac63b553f44e3e8bf4e3aa1c48e838 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-30T12:31:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação -Paulo Roberto Oliveira.pdf: 1880467 bytes, checksum: 0fac63b553f44e3e8bf4e3aa1c48e838 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-30T12:32:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação -Paulo Roberto Oliveira.pdf: 1880467 bytes, checksum: 0fac63b553f44e3e8bf4e3aa1c48e838 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-30T12:32:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação -Paulo Roberto Oliveira.pdf: 1880467 bytes, checksum: 0fac63b553f44e3e8bf4e3aa1c48e838 (MD5) Previous issue date: 2016-06-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / For Moore (2002), the importance of strategic management for the contemporary public administration is focused on how organizations create value of what they are producing , and guarantee the effectiveness of resources and internal processes. In this context, the integration of organizational elements became part of the central nervous system of organizations, making it essential to their incorporation in the formulation of content and implementation of organizational strategies (PRAHALAD; RAMASWAMY, 2004). Moreover, it is recognized that these elements are integrated into the formal systems (strategy, structure and technology) and informal (leaders, led and values) internal, thus prescribing the lead role to identify and control these critical success factors that can influence organizational alignment, and consequently the implementation of the strategy (BEER, et al., 2007). In this sense, the present study aims to analyze the degree of maturity of the critical factors of strategic alignment in the Legislative Assembly of the State of Amazonas. This is a quantitative and qualitative research of descriptive nature, with data collected through survey, using a structured questionnaire administered to a sample extract of one hundred and seven participants, distributed among the three organizational levels (strategic, tactical and functional) from different areas of ALE/AM. The questionnaire was organized in ten claims, based on the critical factors identified in the literature: coordination; competence; commitment; communication; conflict management; innovation; resource management; control; governance; adaptation. Respondents attributed notes on a scale of one to five (Likert scale) indicating the level of agreement with the statement. In the final phase, we used the study Labovitz and Rosansky (1997), Beer et al. (2005), Kaplan and Norton (2006), for the description and interpretation of results, and complementing, the assessment of the maturity of the critical factors considered Luftman scale (2000). In general, the classification of the maturity of the critical factors is positioned in the "low" level (Luftman, 2000), taking as reference the total average of the responses of the participants (2.46). In this sense, highlighted criteria point to an alignment initial process, considering the representation of fractionation of the critical factors involving the strategic alignment of ALE/AM. Results framework found in ALE/AM, it appears that a priori should focus efforts on integration between the strategic priorities and critical factors evaluated; promoting upward communication and downward, however, especially in understanding the process by servers in general, primarily at the lower levels; as well as the provision of effective control system, including performance indicators for the organization. / Para Moore (2002), a relevância da gestão estratégica para a administração pública contemporânea está centrada em como as organizações criam o valor do que estão produzindo, bem como, garantem a eficácia dos recursos e dos processos internos. Nesse contexto, a integração entre os elementos organizacionais passou a compor o sistema nervoso central das organizações, tornando-se essencial a sua incorporação nos conteúdos de formulação e implementação das estratégias organizacionais (PRAHALAD; RAMASWAMY, 2004). Ademais, reconhece-se que tais elementos estão integrados aos sistemas formais (estratégia, estrutura e tecnologia) e informais (líderes, liderados e valores) internos, assim, prescrevendo à liderança o papel de identificar e controlar esses fatores críticos de sucesso capazes de influenciar o alinhamento organizacional, e consequentemente, a execução da estratégia (BEER, et al., 2007). Nesse sentido, o estudo teve por objetivo analisar o grau de maturidade dos fatores críticos do alinhamento estratégico na Assembleia Legislativa do Estado do Amazonas. Trata-se de uma pesquisa quantitativa e qualitativa de natureza descritiva, cujos dados foram coletados por meio de survey, com o uso de um questionário estruturado aplicado a um extrato amostral de cento e sete participantes, distribuídos entre os três níveis organizacionais (estratégico, tático e funcional) das diversas áreas da ALE/AM. O questionário foi organizado em dez asserções, baseado nos fatores críticos identificados na literatura: coordenação; competência; compromisso; comunicação; gestão de conflitos; inovação; gestão de recursos; controle; governança; adaptação. Os respondentes atribuíram notas em uma escala de um a cinco (escala Likert) apontando o nível de concordância com a assertiva. Em última fase, utilizou-se os estudos de Labovitz e Rosansky (1997), Beer et al. (2005), Kaplan e Norton (2006), para a descrição e a interpretação dos resultados, e em complementaridade, a avaliação da maturidade dos fatores críticos considerou a escala de Luftman (2000). De forma geral, a classificação da maturidade dos fatores críticos se posicionou no nível “baixo” (LUFTMAN, 2000), tomando-se como referência a média total das respostas dos participantes (2,46). Nesse sentido, os critérios destacados apontam para um processo inicial de alinhamento, considerando o fracionamento de representatividade dos fatores críticos que implicam no alinhamento estratégico da ALE/AM. Do quadro de resultados verificado na ALE/AM, infere-se que, a priori, devem-se concentrar esforços na integração entre as prioridades estratégicas e os fatores críticos avaliados; na promoção da comunicação ascendente e descendente, porém, sobretudo na compreensão do processo pelos servidores em geral, primordialmente, nos níveis mais baixos; bem como, na dotação de sistema de controle efetivo, incluindo indicadores de desempenho, para a organização.

Esta dissertação relata o primeiro trabalho de pesquisa em alinhamento automático de textos paralelos envolvendo o português brasileiro (PB). Neste trabalho foram implementados cinco métodos de alinhamento sentencial automático bastante referenciados na literatura, incluindo métodos empíricos, lingüísticos e híbridos, avaliados com textos paralelos PB-inglês. Os resultados mostraram-se compatíveis com os relatados para outros pares de línguas, sendo que as maiores precisões (acima de 94%) foram obtidas em corpora sem ruídos (sem erros gramaticais e de tradução), conforme era esperado. Além disso, os resultados apontam muita semelhança no desempenho de todos os métodos, o que impossibilita a eleição de um deles como o melhor. Além da implementação dos métodos de alinhamento sentencial e dos corpora paralelos construídos para avaliá-los, outros recursos lingüísticos e computacionais de grande valor para as pesquisas em PLN foram gerados durante este trabalho. / As the first attempt at automatic parallel text alignment involving Brazilian Portuguese, in this research we implemented five well-known automatic sentence alignment methods, including empirical, linguistic and hybrid techniques, and evaluated them as applied to Brazilian Portuguese-English parallel texts. The results are in accordance with those reported for other pairs of languages, even in that highest precisions (above 94%) were obtained for corpora without noise (i.e. grammatical or translation errors), as expected. Furthermore, the results point to a virtual tie between the methods, it being impossible to elect one as the best. In addition to the implementations of those methods and the parallel corpora built to evaluate them, other linguistic and computational resources were built during this work which are of great value to PLN research.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-09-19T15:49:09Z No. of bitstreams: 1 joaolibaniocavalcante.pdf: 1018884 bytes, checksum: 511c83f5ff506a54fa60d3024258561e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-09-22T15:05:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 joaolibaniocavalcante.pdf: 1018884 bytes, checksum: 511c83f5ff506a54fa60d3024258561e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-22T15:05:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 joaolibaniocavalcante.pdf: 1018884 bytes, checksum: 511c83f5ff506a54fa60d3024258561e (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / A presente dissertação foi desenvolvida no âmbito do Mestrado Profissional em Gestão e Avaliação da Educação (PPGP) do Centro de Políticas Públicas e Avaliação da Educação da Universidade Federal de Juiz de Fora (CAEd/UFJF). O caso de gestão estudado tem como foco a Meta 7 do Plano Municipal de Educação do município de Itamarati e seu alinhamento com o Plano Estadual de Educação do Amazonas. O objetivo deste trabalho é descrever e analisar as ações de planejamento para o desencadeamento das estratégias e analisar o alinhamento da Meta 7 entre os planos municipal de Itamarati e o Plano Estadual de Educação do Amazonas, em busca de melhoria na qualidade da educação, no primeiro segmento do ensino fundamental, além de propor ações que levem à melhoria do Ideb. O interesse por desenvolvê-lo se deve ao fato de o município, nos últimos anos, apresentar uma regressão na média do Ideb no 5º ano do ensino fundamental. Assumimos como hipótese que o Plano Municipal de Educação tenha sido elaborado de forma participativa e democrática. Como metodologia, utilizamos a pesquisa documental e entrevistas semiestruturadas com profissionais da educação, entre eles gestor, professores, técnicos da equipe de coordenação e um delegado que participou da conferência para aprovação do plano. Os problemas detectados na pesquisa foram, principalmente, a falta de formação para os profissionais da educação, dificuldades para análise e leitura dos indicadores educacionais, e ausência do instrumento de gestão democrática e participativa. Com isso, propomos um plano de ação que vise contribuir para com a elevação do Índice de Desenvolvimento da Educação Básica no município, visando às melhorias na qualidade da educação. / This dissertation was developed on the Professional Master in Management and Evaluation of Public Education (PPGP) from the Center for Public Policies and Evaluation of Education from the Federal University of Juiz de Fora (CAEd / UFJF). The management case studied here focuses on the Mark 7 presented on the Municipal Education Plan from Itamarati city (in Brazil), and its alignment with the State Education Plan from Amazonas. The aim of this work is therefore to analyze the Mark 7 and its alignment with the State Education Plan, in order to improve the education quality in the elementary education first segment, and to propose actions which lead to the Ideb improvement. The interest in developing it is due to the fact that in the last years the city presented a regression in Ideb average on the 5th year of elementary school. We hypothesize that the Municipal Education Plan was elaborated in a participatory and democratic way. As a methodology, we used the documentary research and semi-structured interviews with education professionals, including managers, teachers, coordination team technicians and a delegate who participated in the conference to approve the plan. The problems detected in the research were mainly the lack of training for professionals in education, difficulties in analyzing and reading educational indicators, and lack of a democratic and participatory management tool. So, we propose an action plan that aims to contribute to the elevation of Ideb from the city, aiming at improvements on the education quality.

Orientador: Zanoni Dias / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-22T15:29:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_AndreAtanasioMaranhao_D.pdf: 2248939 bytes, checksum: b57ed5328b80a2fc7f36d1509558e756 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Alinhamento de seqüências é, reconhecidamente, uma das tarefas de maior importância em bioinformática. Tal importância origina-se no fato de ser uma operação básica utilizada por diversos outros procedimentos na área, como busca em bases de dados, visualização do efeito da evolução em uma família de proteínas, construção de árvores filogenéticas e identificação de motifs preservados. Seqüências podem ser alinhadas aos pares, problema para o qual já se conhece algoritmo exato com complexidade de tempo O(l2), para seqüências de comprimento l. Pode-se também alinhar simultaneamente três ou mais seqüências, o que é chamado de alinhamento múltiplo de seqüências (MSA, do inglês Multiple Sequence Alignment ). Este, que é empregado em tarefas como detecção de padrões para caracterizar famílias protéicas e predição de estruturas secundárias e terciárias de proteínas, é um problema NP - Difícil. Neste trabalho foram desenvolvidos métodos heurísticos para alinhamento múltiplo de seqüências de proteína. Estudaram-se as principais abordagens e métodos existentes e foi realizada uma série de implementações e avaliações. Em um primeiro momento foram construídos 342 alinhadores múltiplos utilizando a abordagem progressiva. Esta, que é uma abordagem largamente utilizada para construção de MSAs, consiste em três etapas. Na primeira delas é computada a matriz de distâncias. Em seguida, uma árvore guia é gerada com base na matriz e, finalmente, o MSA é construído através de alinhamentos de pares, cuja ordem é definida pela árvore. Os alinhadores desenvolvidos combinam diferentes métodos aplicados a cada uma das etapas. Para a computação das matrizes de distâncias foram desenvolvidos dois métodos, que são capazes também de gerar alinhamentos de pares de seqüências. Um deles constrói o alinhamento com base em alinhamentos locais e o outro utiliza uma função logarítmica para a penalização de gaps. Foram utilizados ainda outros métodos disponíveis numa ferramenta chamada PHYLIP. Para a geração das árvores guias, foram utilizados os métodos clássicos UPGMA e Neighbor Joining. Usaram-se implementações disponíveis em uma ferramenta chamada R. Já para a construção do alinhamento múltiplo, foram implementados os métodos seleção por bloco único e seleção do par mais próximo. Estes, que se destinam a seleção xiii do par de alinhamentos a agrupar no ciclo corrente, são comumente utilizados para tal tarefa. Já para o agrupamento de um par de alinhamentos, foram implementados 12 métodos inspirados em métodos comumente utilizados - alinhamento de consensos e alinhamento de perfis. Foram feitas todas as combinações possíveis entre esses métodos, resultando em 342 alinhadores. Eles foram avaliados quanto à qualidade dos alinhamentos que geram e avaliou-se também o desempenho dos métodos, utilizados em cada etapa. Em seguida foram realizadas avaliações no contexto de alinhamento baseado em consistência. Nesta abordagem, considera-se MSA ótimo aquele que estão de acordo com a maioria dos alinhamentos ótimos para os n(n ? 1)/2 alinhamentos de pares contidos no MSA. Alterações foram realizadas em um alinhador múltiplo conhecido, MUMMALS, que usa a abordagem. As modificações foram feitas no método de contagem k-mer, assim como, em outro momento, substituiu-se a parte inicial do algoritmo. Foram alterados os métodos para computação da matriz de distâncias e para geração da árvore guia por outros que foram bem avaliados nos testes realizados para a abordagem progressiva. No total, foram implementadas e avaliadas 89 variações do algoritmo original do MUMMALS e, apesar do MUMMALS já produzir alinhamentos de alta qualidade, melhoras significativas foram alcançadas. O trabalho foi concluído com a implementação e a avaliação de algoritmos iterativos. Estes se caracterizam pela dependência de outros alinhadores para a produção de alinhamentos iniciais. Ao alinhador iterativo cabe a tarefa de refinar tais alinhamentos através de uma série de ciclos até que haja uma estabilização na qualidade dos alinhamentos. Foram implementados e avaliados dois alinhadores iterativos não estocásticos, assim como um algoritmo genético (GA) voltado para a geração de MSAs. Nesse algoritmo genético, implementado na forma de um ambiente parametrizável para execução de algoritmos genéticos para MSA, chamado ALGAe, foram realizadas diversas experiências que progressivamente elevaram a qualidade dos alinhamentos gerados. No ALGAe foram incluídas outras abordagens para construção de alinhamentos múltiplos, tais como baseada em blocos, em consenso e em modelos. A primeira foi aplicada na geração de indivíduos para a população inicial. Foram implementados alinhadores baseados em blocos usando duas abordagens distintas e, para uma delas, foram implementadas cinco variações. A segunda foi aplicada na definição de um operador de cruzamento, que faz uso da ferramenta M-COFFEE para realizar alinhamentos baseados em consenso a partir de indivíduos da população corrente do GA, e a terceira foi utilizada para definir uma função de aptidão, que utiliza a ferramenta PSIPRED para predição das estruturas secundárias das seqüências. O ALGAe permite a realização de uma grande variedade de novas avaliações / Abstract: Sequence alignment is one the most important tasks of bioinformatics. It is a basic operation used for several procedures in that domain, such as sequence database searches, evolution effect visualization in an entire protein family, phylogenetic trees construction and preserved motifs identification. Sequences can be aligned in pairs and generate a pairwise alignment. Three or more sequences can also be simultaneously aligned and generate a multiple sequence alignment (MSA). MSAs could be used for pattern recognition for protein family characterization and secondary and tertiary protein structure prediction. Let l be the sequence length. The pairwise alignment takes time O(l2) to build an exact alignment. However, multiple sequence alignment is a NP-Hard problem. In this work, heuristic methods were developed for multiple protein sequence alignment. The main approaches and methods applied to the problem were studied and a series of aligners developed and evaluated. In a first moment 342 multiple aligners using the progressive approach were built. That is a largely used approach for MSA construction and is composed by three steps. In the first one a distance matrix is computed. Then, a guide tree is built based on the matrix and finally the MSA is constructed through pairwise alignments. The order to the pairwise alignments is defined by the tree. The developed aligners combine distinct methods applied to each of steps. Then, evaluations in the consistency based alignment context were performed. In that approach, a MSA is optimal when agree with the majority along all possible optimal pairwise alignments. MUMMALS is a known consistency based aligner. It was changed in this evaluation. The k-mer counting method was modified in two distinct ways. The k value and the compressed alphabet were ranged. In another evaluation, the k-mer counting method and guide tree construction method were replaced. In the last stage of the work, iterative algorithms were developed and evaluated. Those methods are characterized by other aligner's dependence. The other aligners generate an initial population and the iterative aligner performs a refinement procedure, which iteratively changes the alignments until the alignments quality are stabilized. Several evaluations were performed. However, a genetic algorithm for MSA construction stood out along this stage. In that aligner were added other approaches for multiple sequence alignment construction, such as block based, consensus based and template based. The first one was applied to initial population generation, the second one was used for a crossover operator creation and the third one defined a fitness function / Doutorado / Ciência da Computação / Doutor em Ciência da Computação

Made available in DSpace on 2014-06-12T17:42:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7385_1.pdf: 3690585 bytes, checksum: aa5278724af13ebfe020c723a0764189 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / As organizações enfrentam um ambiente econômico caracterizado por transformações freqüentes e imprevisíveis, mudanças tecnológicas, competição global, ampliação do comércio eletrônico, entre outros fatores, que reforçam as características dinâmicas deste ambiente. Para competir neste ambiente, as empresas precisam ser ágeis, rápidas e efetivas. Somente desta forma, conseguirão obter vantagens competitivas em relação aos seus competidores. A tecnologia da informação (TI) e os sistemas de informação (SI) podem contribuir de maneira significativa e eficiente para que as organizações atinjam este objetivo. Isto requer que os principais executivos vejam estes recursos como estratégicos e tenham conhecimento do potencial que representam para a competitividade de suas organizações. Implica também, que os gestores de TI/SI entendam mais dos negócios e estratégias das organizações, aproximando-se dos demais executivos e atuando mais como um deles do que como um especialista. Este estudo, a partir de uma pesquisa realizada em indústrias de autopeças, envolvendo gestores de TI/SI e gestores de outras áreas, procurou identificar como a TI/SI estão sendo utilizados nestas organizações e qual a percepção dos dois grupos de executivos a respeito destes recursos. Os resultados mostraram que, apesar da concordância quanto ao potencial estratégico da TI/SI, existe discordância quanto a outros fatores que poderiam ampliar seu uso para este fim. Isto evidencia que existe ainda muito espaço para o crescimento da TI/SI nas organizações

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study has the purposes to develop a methodology for the planning of communication that contributes to the internalization of organizational strategic planning. This is an exploratory study, of qualitative nature, that uses as techniques of data collection the bibliographical research, from the analysis of organizational management systems, strategic planning, organizational communication, and alignment, how basis to development of the model. The communication planning proposed was developed taking from a model the strategic planning of Estrada (2006), which allowed, therefore, align both planning and present the intervention of communication at every stage of the model developed by that author. As a result, it presents a planning methodology that enables communication and contributes to the internalization of strategic planning and, consequently, the effectiveness of organizational management. / O presente estudo visa desenvolver uma metodologia para o planejamento da comunicação que contribua para a internalização do planejamento estratégico organizacional. Trata-se de um estudo exploratório, de natureza qualitativa, que utiliza como técnicas de coleta de dados a pesquisa bibliográfica, a partir da análise dos sistemas de gestão organizacional, de planejamento estratégico, comunicação organizacional, e alinhamento, como fundamentação para a construção do modelo. O planejamento de comunicação proposto foi desenvolvido tomando como base o planejamento estratégico de Estrada (2006), o que possibilitou, assim, alinhá-los e apresentar a intervenção da comunicação em cada etapa do modelo elaborado pelo referido autor. Como resultante, apresenta-se uma metodologia de planejamento da comunicação que viabiliza e contribui com a internalização do planejamento estratégico, e, conseqüentemente, para a efetividade da gestão organizacional.

Orientador: João Batista de Miranda / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T13:37:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferreira_DanielBecharaJacob_M.pdf: 1620645 bytes, checksum: 6452df17927d464b10dd8a697e2a2126 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Introdução: A osteotomia valgizante no terço proximal da tíbia é considerada um método confiável para o tratamento de pacientes jovens com osteoartrite medial do joelho, associado a alinhamento em varo. Entretanto, procedimentos realizados para a correção de desalinhamentos no plano frontal podem alterar o alinhamento do plano sagital. Vários fatores estão relacionados ao aumento da inclinação posterior do planalto tibial pós-osteotomia valgizante no terço proximal da tíbia. Hipótese: O posicionamento posterior da placa-calço está relacionado com menor alteração da inclinação posterior do planalto tibial. Modelo do estudo: Estudo clínico retrospectivo. Métodos: Foram realizadas 42 osteotomias entre abril de 2007 e agosto de 2008. Imagens radiográficas em perfil do joelho foram obtidas no pré-operatório e no pós-operatório recente. Determinou-se o ângulo formado entre a tangente do planalto tibial medial e uma linha perpendicular ao eixo da cortical posterior da tíbia por medidas goniométricas manuais, antes e após cirurgia. Determinou-se também a posição relativa da placa-calço em relação à cortical posterior da tíbia. Resultados: Houve aumento de aproximadamente 34% no valor da inclinação posterior do planalto tibial após a cirurgia, com a média subindo de 7,6° para 10,2° (p = 0,0006). Existe correlação entre o ângulo de inclinação do planalto tibial pré-operatório e o seu valor pós-cirúrgico (r = 0,4131 e p = 0,0065). A posição relativa e o tamanho do implante não influenciaram as alterações do alinhamento sagital. Conclusão: Nesta população amostral houve aumento estatisticamente significativo da angulação da superfície articular tibial proximal, no plano sagital, após osteotomia valgizante no terço proximal da tíbia. O posicionamento posterior da placa-calço não foi relacionado a um menor aumento desta angulação / Abstract: Background: The high tibial osteotomy is considered a reliable method for the treatment of young patients with medial knee osteoarthritis associated with varus alignment. However, procedures performed to correct misalignments in the frontal plane can change the alignment of the sagittal plane. Several factors are related to the increase in the posterior inclination of the tibial plateau after high tibial osteotomy. Hypothesis: The posterior positioning of the Puddu plate causes less alteration of the posterior inclination of the tibial plateau. Study design: Retrospective clinical trial. Methods: Forty-two opening-wedge high tibial osteotomies were carried out. Lateral radiographic images of the knee were obtained preoperatively and right after surgery. The angle between the tangent of the medial tibial plateau and a line perpendicular to the axis of the posterior tibial cortex was determined by manual goniometric measurements before and after surgery. We also determined the relative position of the Puddu plate in relation to the posterior tibial cortex. Results: There was an increase of approximately 34% in the tibial slope after surgery, with the mean value rising from 7.6° to 10.2°. This difference was statistically significant (p = 0.0006). There is a correlation between the preoperative and postoperative inclination angles of the tibial plateau (r = 0.4131, p = 0.0065). The relative position and the size of the implant did not influence the changes in sagittal alignment. Conclusion: There was a statistically significant increase in the angulation of the proximal tibial articular surface in the sagittal plane after high tibial osteotomy. The posterior positioning of the Puddu plate was not related to a smaller increase of this angle / Mestrado / Fisiopatologia Cirúrgica / Mestre em Ciências

A origem dos novos genes é um processo importante para a evolução dos organismos, pois ela fornece fontes singulares para a inovação evolutiva. As abordagens que mostram como esses novos genes surgem e adquirem novas funções no curso da evolução são de fundamental importância, por exemplo, elas podem ajudar a correlacionar mutações com alterações metabólicas, fisiológicas e/ou morfológicas, indicando quais mutações podem ser importantes funcionalmente. Recentemente, uma nova abordagem, nomeada de filoestratigrafia, foi desenvolvida para estabelecer origem evolutiva dos genes. Neste método a emergência de novas sequências de um nó filogenético particular em uma linhagem ancestral-descente é inferida geralmente utilizando algoritmos de similaridade. No presente trabalho, nós fizemos uma pesquisa filoestratigráfica de dois bancos de dados de domínios proteicos, CATH e Pfam, para todas as entradas humanas descrevemos a origem dos domínios e arquiteturas humanas. Também realizamos uma nova abordagem para refinar os resultados por Male-PSI-BLAST, em um estudo de caso dos domínios príons e ADHs. A análise das duas bases de dados mostrou que existiram três períodos importantes de aparecimento de domínios proteicos humanos: a origem do organismo celular, Eucarioto e Euteleostomi, nos quais há um elevado número de surgimento de novos genes na linhagem ancestral-descente de humanos. Quando analisamos o aparecimento de arquiteturas, elas são evidentemente mais recentes que o aparecimento de domínios, embora, em seu conteúdo, possa haver domínios muito antigos misturados com domínios novos. Não notamos nenhuma tendência de acréscimo de novos domínios para arquiteturas que compreendem domínios antigos ou recentes. Para medir o grau de versatilidade de domínio, nós utilizamos a frequência ponderada de bigrama, uma combinação específica de dois domínios adjacentes. O teste de correlação de Spearman mostrou que existe uma baixa correlação negativa entre a idade de domínios e índices de versatilidade. Em um estudo de caso, demonstramos que é possível caracterizar descontinuidades evolutivas nos resultados de Male-PSI-BLAST entre domínios que surgiram a partir de outros. Pela primeira vez, a origem de todos os domínios e arquiteturas proteicas presentes nas bases de dados estudadas foi descrita, fornecendo um cenário evolutivo que pode ser mais explorado a partir das abordagens aqui desenvolvidas. / The origin of new genes is an important process for the evolution of organisms because they provide singular sources for evolutionary innovation. The approaches that show how these new genes arise and acquire new functions in the course of evolution are of fundamental importance: they can help to correlate mutations with metabolic, physiological, and morphological changes, indicating which mutations are likely to be functionally important. Recently, a new approach, named phylostratigraphy, was developed to establish the evolutionary origin of the genes. In this method the emergence of novel sequences at a particular phylogenetic node in a descendent-ancestor lineage is infer usually by using the similarity search algorithm. In the present work, we did a phylostratigraphical search of two protein domain databases, CATH and Pfam, for all human entries and depicted the origin of human domains and architectures. We also conducted a new approach to refine results by Male-PSI-BLAST in a case study of prions and ADH\'s domains. The analysis of two databases showed that there are three important periods of appearance of human gene domains: the origin of cellular organism, Eukaryote, and Euteleostomi appear to be important for production of new genes at the ancestor-descendent lineages that lead to the human species. However, when we analyze the appearance of architectures, they are by far more recent than the appearance of domains, although they might contain very ancient domains mixed with recent ones. We did not notice a bias of addition of new domains to architectures comprising either ancient or recent domains. To measure the degree of domain versatility, we used the weighted bigram frequency, where bigram is defined as a specific combination of two adjacent domains. The Spearman correlation test showed that there is a low negative correlation between the age of domains and versatility indexes. In the study of case, we have demonstrated that it is possible to characterize evolutionary ruptures in results of Male-PSI- BLAST between domains that emerged from others. For the first time the origin of all protein domains and architectures was depicted, providing an evolutionary scenario that can be further explored.

Na área de emparelhamento de ontologias, são utilizadas algumas métricas para avaliar os alinhamentos produzidos. As métricas baseadas em alinhamento têm como princípio básico confrontar um alinhamento proposto com um alinhamento de referência. Algumas destas métricas, entretanto, não têm alcançado êxito suficiente porque (i) não conseguem discriminar sempre entre um alinhamento totalmente errado e um quase correto; e (ii) não conseguem estimar o esforço do usuário para refinar o alinhamento resultante. Este trabalho tem como objetivo apresentar uma nova abordagem para avaliar os alinhamentos de ontologias. A nossa abordagem apresenta uma métrica na qual utilizamos as próprias consultas normalmente já realizadas nas ontologias originais para julgar a qualidade do alinhamento proposto. Apresentamos também alguns resultados satisfatórios de nossa abordagem em relação às outras métricas já existentes e largamente utilizadas. / In the ontology matching field, different metrics are used to evaluate the resulting alignments. Metrics based on alignment adopt the basic principle of verifying a proposed alignment against a reference alignment. Some of these metrics do not achieve good results because (i) they cannot always distinguish between a totally wrong alignment and one which is almost correct; and (ii) they cannot estimate the effort for the user to refine the resulting alignment. This work aims to present a new approach to evaluate ontology alignments. Our approach presents a measure that uses the usual queries in the original ontologies to assess the quality of the proposed alignment. We also present some satisfactory results of our approach with regard to widely used metrics.