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Avaliação da circulação do Vírus da Encefalite de Saint Louis (SLEV) e do Vírus Oropouche (OROV)/Oropouche-like em três municípios brasileiros por reconstrução filogenética. /Moraes, Marília Mazzi. January 2019 (has links)
Orientador: Adriano Mondini / Resumo: Arbovírus é o acrônimo de vírus transmitidos por artrópodes hematófagos. Estes podem causar surtos importantes envolvendo animais e humanos. Arbovírus como Dengue (DENV), Zika (ZIKV), Febre Amarela (YFV) e Chikungunya (CHIKV) causaram epidemias importantes no Brasil nas últimas décadas. Febre, artralgia, mialgia, dor retroorbital, cefaleia e exantema são sintomas iniciais comuns de infecções causadas por arbovírus. Devido à similaridade dos sintomas iniciais e do diagnóstico baseado em aspectos clínicos, arbovírus de circulação menos comum normalmente acabam não sendo detectados. A detecção da circulação de um arbovírus é importante para responder questões epidemiológicas, como sua origem e como ocorreu sua dispersão. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar reconstrução filogenética do Flavivirus Encefalite de Saint Louis (SLEV), detectado em Araraquara (SP) e Sinop (MT), como também do Orthobunyavirus Oropouche (OROV) e de seus recombinates (OROV-like viruses), detectados no município de Ji-Paraná (RO). As amostras provenientes dos três municípios foram previamente testadas para a presença de Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus. O RNA viral foi obtido por dois métodos de extração e amplificado por PCR para posterior sequenciamento dos amplicons gerados. Em seguida, foi feita análise filogenética de sequências parciais dos genes que codificam a proteína NS5 de SLEV e o segmento S de OROV/OROV-like. A reconstrução filogenética sugere que o genótipo V de SLE... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Arbovirus is an acronym of arthropod-borne viruses. They can cause important outbreaks involving animals and humans. Arboviruses like Dengue (DENV), Zika (ZIKV), Yellow Fever (YFV), and Chikungunya (CHIKV) have been responsible for important epidemics in Brazil over the last decades. Fever, arthralgia, myalgia, retro-orbital pain, headache and rash are common initial symptoms found in infections by arboviruses. Due to the similar initial symptoms and diagnosis based on clinical aspects, several less frequent viruses are usually not even detected. The detection of a circulating arbovirus is important to tackle epidemiological questions, such as its origin and how it has spread. Therefore, the aim of this study was to perform the phylogenetic reconstruction of the Flavivirus Saint Louis Encephalitis (SLEV) that was detected in Araraquara (SP) and Sinop (MT), as well the Orthobunyavirus Oropouche (OROV) and its recombinants (OROV-like viruses) from Ji-Paraná (RO). Samples from the three cities were tested previously for the presence of Flavivirus, Alphavirus and Orthobunyavirus. Viral RNA was extracted with two methods and amplified by PCR for sequencing the generated amplicons. Thereafter, phylogenetic analysis were performed using partial sequences of the genes that encoding the NS5 protein of the SLEV and the S segment of the OROV/OROV-like. The phylogenetic reconstruction suggests that the genotype V of SLEV was circulating in Araraquara (SP) and Sinop (MT). Since only the S... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Aspectos epidemiológicos das infecções por arbovírus em pacientes do Hospital Escola Dr. Hélvio Auto (HEHA) – Maceió/AL / Epidemiological aspects of arbovirusinfections in patients of School Hospital Dr. Helvio Auto (HEHA) – Maceió/AL.Lira, Eloiza Lopes de 23 September 2016 (has links)
The arboviruses are transmitted by arthropod vectors, generating concern in public health by causing epidemics in many parts of the world. In the acute phase of their infection, these viruses cause asymptomatic infections or indistinguishable fever, hindering the clinical diagnosis, and consequently, appropriate treatment. In Brazil, there are several circulating arboviruses, with reports of outbreaks caused by Ilheus (ILHV), Saint Louis (SLEV), Rocio (ROCV) and Oropouche (OROV), besides dengue epidemic. However, in the state of Alagoas there is a deficit in the epidemiological and scientific data about these viruses. Thus, the aim of this study is to evaluate the epidemiology of circulating arboviruses in Alagoas, through the molecular detection of viral genomes and characterization of the epidemiologic profile of affected individuals. Therefore, we analyzed 230 samples (205 serum and 25 liquor) of patients attending at the Hospital Escola Hélvio Auto (HEHA), acquired between October 2013 and June 2014. After assay of PCR we detected 85 patients with viral RNA that had their epidemiologic profile analyzed in addition to the quantification of proinflammatory cytokines. Among the viruses screened, the serotype 4 dengue virus (DENV-4) was detected as circulating in Alagoas, which was introduced in the state in 2012, after the re-emergence in 2010 of the DENV-4 in Brazil. Furthermore, the symptoms commonly associated with infections caused by dengue virus were predominant in our patients. However, only 37.65% of the patients developed thrombocytopenia and 17.65% of them had a decrease in hematocrit level. They presented increased levels of AST and / or ALT. In addition, we identified correlation between the complaint of abdominal pain and thrombocytopenia. We also observed high levels of IL-10 in severe cases, in addition to high levels of IL -8 and IL -6 in the other samples. In view of this, the results are of great importance for the epidemiological surveillance department of Alagoas, due to the knowledge about the current serotype of dengue in the region and to the epidemiologic information that will help elaborate clinical management protocols to DENV-infected individuals. However, more studies are needed including individuals with viral genome not detected in order to find epidemiological differences over those DENV-infected and thus aid in clinical diagnosis. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / Os arbovírus são transmitidos por vetores artrópodes, os quais geram preocupação no âmbito da saúde pública por provocarem grandes epidemias em diversas partes do mundo. Durante a fase aguda de suas infecções, estes vírus provocam infecções assintomáticas ou com quadro febril indestinguível, o que dificulta o diagnóstico clínico diferencial e, por conseguinte, o tratamento de suporte adequado. No Brasil, há vários arbovírus circulantes, havendo, além das epidemias de dengue, relatos de surtos provocados pelo vírus Ilhéus (ILHV), Saint Louis (SLEV), Rocio (ROCV) e Oropouche (OROV). Contudo, no estado de Alagoas não há nenhum dado científico sobre estes vírus. Assim, o presente estudo propôs avaliar aspectos epidemiológicos das arboviroses circulantes em Alagoas, por meio da detecção molecular de genomas virais e caracterização do perfil epidemiológico dos indivíduos acometidos. Para tanto, foram analisadas 230 amostras (205 de soro e 25 de líquor) de pacientes atendidos no Hospital Escola Hélvio Auto, coletadas entre outubro de 2013 e junho de 2014. Após a triagem por PCR, os 85 pacientes com RNA viral detectado, tiveram seus perfis epidemiológicos analisados e foram submetidos a quantificação de citocinas pró-inflamatórias. Entre os vírus triados, o sorotipo 4 do vírus dengue (DENV-4), era o circulante em Alagoas sendo este introduzido no estado em 2012, após a reemergência em 2010 do DENV-4 no Brasil. Foi predominante os sintomas comumente relacionados a infecções provocadas pelo vírus dengue. Contudo, somente 37,65% dos pacientes desenvolveram plaquetopenia, além da observação de pacientes com decréscimo no nível de hematócrito (17,65%) e aumento nos níveis de TGO e/ou TGP. Ademais, identificamos correlação entre a queixa de dor abdominal com a manifestação de plaquetopenia. Observamos também níveis elevados de IL-10 em casos graves da doença, além do aumento significativo dos níveis de IL-8 e IL-6 nas demais amostras. Diante disto, os resultados obtidos são de grande importância para os órgãos de vigilância epidemiológica de Alagoas, pela ciência do sorotipo de dengue circulante e pelas informações epidemiológicas que servirão de suporte para criação e/ou manutenção de medidas de intervenção e manejo clínico aos indivíduos acometidos pelo DENV. Contudo, ainda são necessários mais estudos levando em consideração também os indivíduos com genoma viral não detectado a fim de verificar a existência de aspectos epidemiológicos distintivos entre os grupos, como auxílio ao diagnóstico clínico.
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Diagnóstico molecular de arboviroses brasileiras em soros de pacientes com doença febril aguda /Terzian, Ana Carolina Bernardes. January 2008 (has links)
Orientador: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Luiz Tadeu Moraes Figueiredo / Banca: Ireneu Luiz Maia / Resumo: As arboviroses freqüentemente são associadas com surtos nos seres humanos e representam um sério problema de saúde pública, com impactos econômico e social. Entre os arbovírus brasileiros, os vírus Mayaro (MAYV), Dengue (DENV), Febre Amarela (Yellow Fever - YFV), Rocio (ROCV) e Oropouche (OROV) são responsáveis por mais de 95% dos casos de arboviroses humanas no Brasil, causando muitas vezes a mesma sintomatologia clínica, especialmente na fase aguda das infecções. Este estudo teve como objetivo analisar a presença de arbovírus em soros de pacientes com doença febril aguda, durante epidemia de Dengue no município de São José do Rio Preto (SP), bem como de pacientes com doença febril aguda, negativos para Malária e arbovírus do município de Acrelândia (AC). Foi utilizada a técnica de RT-Nested-PCR para a detecção e identificação dos principais arbovírus brasileiros pertencentes aos gêneros Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus. Na análise molecular das amostras de São José do Rio Preto, 320 (98%) foram positivas para DENV-3, 3 (1%) para DENV-2, 6 (2%) para o SLEV. Uma destas amostras apresentou co-infecção por DENV-2 e DENV-3 e três amostras apresentaram co-infecção por DENV-3 e SLEV. A alta positividade para o DENV-3 está relacionada com a introdução deste sorotipo no município. Em amostras de Acrelândia, 5 positivas para DENV-3, 1 para MAYV e 2 positivas para OROV. A análise filogenética do gene do envelope mostrou que a amostra isolada de SLEV agrupou-se próxima às estirpes de Belém, que pertencem ao genótipo V. A amostra de OROV agrupou-se ao genótipo I, sendo este o mais distribuído na região Amazônica. Estes dados indicam a circulação de diferentes arbovírus em duas regiões distintas do Brasil e demonstram a necessidade de um sistema de vigilância eficiente para controlar a disseminação destes na população. / Abstract: Arboviruses are frequently associated with outbreaks in humans and represent a serious public health problem, with economic and social impacts. Among the Brazilian arboviruses, Mayaro virus (MAYV), Dengue virus (DENV), Yellow Fever virus (YVF), Rocio virus (ROCV) and Oropouche virus (OROV) are responsible for more than 95% of human cases in Brazil. These arboviruses usually present the same clinical symptoms, especially on the acute phase of infection. The aim of this study was to investigate the presence of arboviruses in serum of patient presenting acute febrile illness, during a dengue outbreak in the city of São José do Rio Preto (state of São Paulo) and the serum of patients who were tested negatively for malaria and arboviruses in the city of Acrelândia (state of Acre). The RT-Nested-PCR technique was applied to detect and to identify the main brazilian arboviruses, especially in Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus genera. The molecular analysis in the samples of São José do Rio Preto samples showed that 320 (98%) were positive for DENV-3, 3 (1%) to DENV-2, 6 (2%) to SLEV. Among the positive samples, one presented coinfection with DENV-2 and DENV-3 and three presented coinfection with DENV-3 and SLEV. The high positivity of DENV-3 is associated with the introduction of a new DENV serotype in the city. In the samples from Acrelândia, 5 were positive to DENV-3, 1 to MAYV and 2 positive to OROV. The phylogenetic analysis of the envelope gene from a positive SLEV sample indicated that the virus circulating in São José do Rio Preto is most related to strains from Belém, which belong to lineage V. The OROV belongs to lineage I, the most widespread in Amazon region. These results indicate the circulation of different arboviruses in two distinct regions of Brazil and they demonstrate the need of an efficient surveillance system to control the dissemination of these arbovirus in the population. / Mestre
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Caracterização molecular dos sorotipos da dengue e correlação dos índices pluviométricos e dos casos de dengue na Paraíba, no período de 2007-2015Gomes, Isabel Cristina Guerra 01 November 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-11-01 / Dengue belongs to the Flaviviridae family, genus Flavivirus and is a mosquito-borne viral infection. Dengue can be originated by any of the four DENV serotypes that can be categorized into: DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. The major vector is Aedes aegypti alongside with Aedes albopictus, and the spreading of dengue is attributed to the expansion in the niche of the vectors as well as by the global trade and travel increase, unplanned urbanization, and bad management of waste and water. Consequently, climate is considered an important factor in the temporal and spatial distribution of vector borne diseases. Despite being the most prevalent arbovirus disease worldwide, dengue has been neglected in the last years. Only through recent epidemic profile outbreaks of different arboviruses, such as zika (ZIKV) and chikungunya (CHIKV) all around the world promoted an alert to health authorities towards those diseases. Thus, this study evaluated the clinical characteristics and classification obtained from Information System for Notifiable Diseases (SINAN) reporting files. The monthly incidence of dengue cases was calculated by year/100,000 inhabitants. The detection and genotyping of DENV was done using nested RT–PCR, between 2007-2015, and in 2016 differentiation diagnostic was performed with real time PCR (qPCR) for ZIKV and CHIKV. Besides, this study evaluated the correlation between rainfall precipitation and dengue cases from 2007 to 2015, in João Pessoa-PB, Brazil Northeast. Data of rainfall were collected monthly through TRMM probe. In order to identify the influence of rainfall and dengue cases different distributed lag models were considered. Concerning the period of 2007 to 2015, results showed 55680 confirmed cases of dengue were reported in Paraiba. There was a higher prevalence of infection in patients aged between 15-34 years in all studied years. Our results demonstrated that the correlation (r ˃0.50) between rainfall and dengue cases occurrence increased in the first months after the rainy season, presenting more significant results considering a lag of three months. DENV 1 was the most identified virus (80.48%) in all studied years and co-circulation of the four DENV serotypes was observed in 2010, 2013 and 2014. Furthermore, we observed the simultaneous circulation of dengue, zika and chikungunya cases in 2016, and demonstrated a predominance of zika cases followed by chikungunya cases. Therefore, molecular characterization and correlation of dengue cases and rainfall data analyses may be useful for the future development of prediction technology towards dengue cases as well as others arboviruses, such as zika and chikungunya. / A dengue pertence à família Flaviviridae, gênero Flavivírus e é uma infecção viral transmitida por mosquitos. A doença pode ser originada por qualquer um dos quatro sorotipos DENV que podem ser categorizados em: DENV-1, DENV-2, DENV-3, e DEN-4. O principal vetor é o Aedes aegypti, seguido pelo Aedes albopictus, sendo a propagação da dengue atribuída à expansão de nichos dos vetores, bem como, pelo comércio global e aumento de viagens, a urbanização não planejada, e má gestão de resíduos e água. Dessa forma, o clima é considerado um fator importante na distribuição temporal e espacial das doenças transmitidas por vetores. Apesar de ser a arbovirose mais prevalente em todo o mundo, a dengue tem sido negligenciada nos últimos anos. Devido a recentes surtos epidêmicos de diferentes arbovírus, como zika (ZIKV) e chikungunya (CHIKV) em todo o mundo, houve um alerta para as autoridades de saúde em relação a transmissão e propagação das arboviroses. Assim, este estudo avaliou a classificação e as características clínicas dos casos de dengue, obtidas a partir das fichas de notificação do Sistema de Informação de Agravos de Notificação (SINAN). A incidência mensal de casos de dengue foi calculada pela população do ano/100.000 habitantes. A detecção e genotipagem dos sorotipos DENV utilizou a técnica nested RT-PCR, entre 2007-2015, e em 2016 para diagnóstico diferencial foi realizada a técnica PCR em tempo real (qPCR) para ZIKV e CHIKV. Além disso, este trabalho analisou a correlação entre a precipitação pluviométrica e casos de dengue entre 2007 e 2015, na cidade de João Pessoa - PB, Nordeste do Brasil. Os dados de precipitação foram coletados mensalmente através da sonda TRMM. A fim de identificar a influência dos casos de chuva e dengue, foram considerados diferentes modelos de defasagem distribuída. Os resultados mostraram que, em relação ao período de 2007 a 2015, foram notificados 55680 casos confirmados de dengue na Paraíba. Houve uma maior prevalência de infecção em indivíduos com idade entre 15-34 anos, em todos os anos estudados. Nossos resultados demonstraram a ocorrência da correlação (r ˃0.50) entre a precipitação e casos de dengue, esses apresentaram um aumento nos primeiros meses após o período chuvoso, demonstrando, pois resultados mais significativos ao considerar um lag de três meses. O DENV-1 foi o vírus mais prevalente (80,48%) em todos os anos estudados e a co-circulação dos quatro sorotipos DENV foi observada em 2010, 2013 e 2014. Além disso, observou-se a circulação simultânea de casos de dengue, zika e chikungunya em 2016, demonstrando a predominância dos casos de zika, seguido dos casos de chikungunya. Portanto, a caracterização molecular e a análise de correlação entre número de casos de dengue e precipitação pluviométrica são ferramentas importantes no futuro desenvolvimento de predição não só de casos de dengue, como também das arboviroses emergentes no estado da Paraíba, como a zika e a chikungunya.
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"Estudo de arboviroses em doadores de sangue na região Amazônica e em uma cidade do interior de São Paulo /Lavezzo, Lígia Carolina. January 2010 (has links)
Orientador: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Luiz Carlos de Mattos / Banca: Maria Roberta Fachini / Resumo: O Brasil é um país de dimensões continentais, com 8.512.000 km 2 , tem a maioria de seu território situado em área tropical, que associado a grande diversidade de flora e fauna, o que torna apropriada à ocorrência de zoonoses transmitidas por artropodes. Estudos sobre arbovírus na região, pelo Instituto Evandro Chagas, em 44 anos (1954-1998) identificaram um grande número de vírus, e pelo menos 187 diferentes arboviroses foram isoladas. A prevalência mundial de arboviroses cresceu dramaticamente nas últimas décadas, e nas áreas onde estas doenças são endêmicas, a transmissão por transfusão dificilmente é investigada. A preocupação com a transmissão de arboviroses, principalmente do Vírus Dengue (DENV), por transfusão sanguínea aumentou após a documentação da transmissão de West Nile Vírus (WNV) por transfusão nos EUA. DENV e WNV são semelhantes em alguns aspectos, o que suporta a hipótese de que dengue possa ser transmitida por transfusão sanguínea: são eficientemente transmitidos ao homem através da picada de mosquitos infectados; grande proporção das infecções é assintomática; níveis de viremia durante a fase de incubação pode exceder 106 virions por mL, e a transmissão de ambos foi documentada após transplante de órgão e em acidentes com profissionais da saúde. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi investigar a presença de arboviroses em 205 amostras clínicas de doadores de sangue da Região Amazônica e em amostras obtidas durante uma epidemia de Dengue, em 2006, na cidade de Tupã/SP. O RNA viral foi extraído, Multiplex-Nested-PCR foi realizada com o uso de primers gênero e espécie-específico para Flavivirus, Alphavirus, e, para a detecção e identificação do vírus Oropouche, realizou-se RT- Nested-PCR usando primers que se ligam no segmento S do genoma viral. Apesar da complexidade e número, a transmissão... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: O Brasil é um país de dimensões continentais, com 8.512.000 km 2 , tem a maioria de seu território situado em área tropical, que associado a grande diversidade de flora e fauna, o que torna apropriada à ocorrência de zoonoses transmitidas por artropodes. Estudos sobre arbovírus na região, pelo Instituto Evandro Chagas, em 44 anos (1954-1998) identificaram um grande número de vírus, e pelo menos 187 diferentes arboviroses foram isoladas. A prevalência mundial de arboviroses cresceu dramaticamente nas últimas décadas, e nas áreas onde estas doenças são endêmicas, a transmissão por transfusão dificilmente é investigada. A preocupação com a transmissão de arboviroses, principalmente do Vírus Dengue (DENV), por transfusão sanguínea aumentou após a documentação da transmissão de West Nile Vírus (WNV) por transfusão nos EUA. DENV e WNV são semelhantes em alguns aspectos, o que suporta a hipótese de que dengue possa ser transmitida por transfusão sanguínea: são eficientemente transmitidos ao homem através da picada de mosquitos infectados; grande proporção das infecções é assintomática; níveis de viremia durante a fase de incubação pode exceder 106 virions por mL, e a transmissão de ambos foi documentada após transplante de órgão e em acidentes com profissionais da saúde. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi investigar a presença de arboviroses em 205 amostras clínicas de doadores de sangue da Região Amazônica e em amostras obtidas durante uma epidemia de Dengue, em 2006, na cidade de Tupã/SP. O RNA viral foi extraído, Multiplex-Nested-PCR foi realizada com o uso de primers gênero e espécie-específico para Flavivirus, Alphavirus, e, para a detecção e identificação do vírus Oropouche, realizou-se RT- Nested-PCR usando primers que se ligam no segmento S do genoma viral. Apesar da complexidade e número... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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"Estudo de arboviroses em pacientes positivos para malária da região Amazônica" /Santana, Vinícius dos Santos. January 2010 (has links)
Orientador: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Paula Rahal / Banca: Carlos Eugênio Cavasani / Resumo: A região Amazônica apresenta extensas áreas de floresta e ecossistemas naturais, provendo condições favoráveis para a existência de muitos arbovírus. Mais de 200 arbovírus foram isolados na região Amazônica, e aproximadamente 40 estão associados a doenças humanas. Quatro dos 40 são considerados ser de importância para a saúde pública no Brasil: vírus da Dengue (sorotipos 1 a 4), Oropouche, Mayaro e Febre Amarela. Juntamente com os arbovírus, a malária é uma doença endêmica, e aproximadamente 98% dos casos estão restritos á região da Amazônia Legal. Este trabalho teve como objetivo analisar 111 amostras clínicas de soro de pacientes que residiam em Novo Repartimento (Pará), Porto Velho (Rondônia), Plácido de Castro (Acre) e Oiapoque (Amapá) previamente confirmados para malária. Para tal finalidade, foi utilizada a técnica de Multiplex-Nested-PCR e RT-Nested-PCR para a detecção e identificação dos principais arbovírus brasileiros, pertencentes aos gêneros Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus. Duas amostras de pacientes de Novo Repartimento foram positivas para Dengue sorotipo 2, e também, ambos tinham infecção por Plasmodium vivax . Apesar de dados escassos, infecções duplas por dengue e malária deveriam ser comuns em áreas onde ambas as doenças são co-endêmicas em muitas partes do mundo. Na região Amazônica Brasileira, esta situação provavelmente ocorre mais frequentemente que a detectada. Apesar de ambas as doenças causarem sintomas similares, e infecções simultâneas com dois agentes etiológicos podem resultar em uma doença com sintomas sobrepostos, e possivelmente, tanto o espectro clínico da doença e/ou o tratamento pode ser afetado. Neste contexto uma coinfecção por malaria e dengue não poderia ser descartada, e o diagnóstico deveria ser realizado concomitantemente para dengue e malária... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Amazon region has extensive forested areas and natural ecosystems, providing suitable conditions to the existence of several aboviruses. Over 200 arboviruses were isolated in the Amazon region, and about 40 are associated to human diseases. Four out of 40 are considered to be of public health importance in Brazil: dengue virus (serotypes 1-4), Oropouche, Mayaro and Yellow Fever. Along with aboviruses, malaria is an endemic disease caused by protozoans Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax and Plasmodium malariae in Brazil, and about 98% of the cases are restricted to the Legal Amazon region. The aim of this study was to test 99 serum clinical samples from patients living in Novo Repartimento (Pará), Porto Velho (Rondônia), Plácido de Castro (Acre) and 12 plasma samples from patients living in Oiapoque (Amapá), previously confirmed for malaria. For this purpose, we used Multiplex-Nested-PCR and RT-Nested-PCR assays for detection and identification of the major Brazilian arboviruses, belonging to the genus Flavivirus, Alphavirus and Orthobunyavirus. We detected Dengue virus serotype 2 in two serum samples from patients living in Novo Repartimento, and both had active Plasmodium vivax infections. Despite scant data, dual dengue and malaria dual infections should be common in areas where both diseases are co-endemic in many places of the world. In the Amazon region, this situation is likely to occur more frequently than detected. In spite of having similar clinical findings, and simultaneous infections with two etiological agents can result in a disease with overlapped symptoms, possibly either clinical spectrum of the disease or treatment can be affected. In this context, concurrent dengue and malaria could not be ruled out, and diagnosis should be made concomitantly in febrile patients living or returning from areas where both diseases are co-endemic... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Microevolução in vitro do vírus dengue, sorotipo-4: estudo de variações genéticas associadas ao aumento da competência viralNascimento, Valdinete Alves do 28 August 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-08-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Dengue virus (DENV) belongs to the family Flaviviridae and the genus Flavivirus, being recognized as four distinct serotypes termed DENV-1 to DENV-4. Like other RNA viruses, DENV displays variation in their sequences, with an error rate during replication cycle estimated at 10-3 to 10-5 errors / nucleotide. These variations are observed not only when samples from different individuals are analyzed, but also within the same host. Considering the need for a better understanding of related mechanisms of DENV evolutionary process and the emergence of viral subpopulations, this study aimed to evaluate the in vitro microevolution of dengue virus serotype-4, analyzing the existence of genetic variations associated with increased viral fitness. For this purpose, a sample of DENV-4 called BR005AM_2015 was inoculated in C6/36 cells and 25 serial passages were performed. After these passages, viral RNA extraction was performed and the cDNA was produced using a specificDENV-4 primer. The full-length genome of the sample BR005AM_2015 and passages 1, 5, 10, 15, 20 and 25 were obtained by the Sanger method using the ABI 3130 Genetic Analyzer and by Next-Generation Sequencing (NGS) using the Ion Torrent technology. The files generated after the sequencing reactions were analyzed using Geneious software version 7.1.7. The analysis of the data provided by the Sanger sequencing has shown that during the 25 passages, two nucleotide mutations occurred, one in the region which encodes for the envelope protein, resulting in the substitution of an amino acid residue T501P, and other silent mutation at NS1 gene. The results of NGS corroborate those obtained by Sanger sequencing. Moreover, seventeen other mutations not previously observed, being the same in the coding regions for proteins E, NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5. Of the total observed mutations, six of them led to residue substitution. Considering the observed amino acids substitutions, we conducted a study of viral kinetics by RT-qPCR using the ΔΔCt method which indicated a time-dependent increase in the number of copies of viral RNA present in both the supernatant or inside the infected cells, indicating a possible increase of the viral fitness. Other studies are necessary to confirm if the mutations described here also occurs in mammalian cells or in vivo systems, as well as to verify if the observed increase in viral fitness occurs in other systems. / O vírus Dengue (DENV) pertence à família Flaviviridae e ao gênero Flavivirus, sendo reconhecidos quatro sorotipos distintos denominados DENV-1 a DENV-4. Assim como os demais vírus RNA, o DENV exibe variação em suas sequências, com uma taxa de erro durante o ciclo de replicação estimada em 10-3 a 10-5 erros/nucleotídeo. Essas variações são observadas não só quando analisadas amostras de diferentes indivíduos, mas também dentro de um mesmo hospedeiro. Considerando a necessidade de uma maior compreensão dos mecanismos relacionados ao processo evolutivo do DENV e a emergência de subpopulações virais, o presente trabalho teve por objetivo avaliar a microevolução in vitro do vírus dengue, sorotipo-4, analisando a existência de variações genéticas associadas ao aumento da competência viral (viral fitness). Para tanto, uma amostra do DENV-4 denominada BR005AM_2015 foi inoculada em células C6/36, sendo realizadas passagens seriadas do vírus nesta linhagem celular até a passagem 25. Finalizadas as passagens, foi realizada extração do RNA viral e o cDNA foi produzido utilizando iniciador específico para DENV-4. O genoma completo da amostra BR005AM_2015 e das passagens 1, 5, 10, 15, 20 e 25 foi obtido pelo método Sanger utilizando sequenciador automático ABI 3130 genetic analyzer e por meio de sequenciamento de nova geração (NGS) utilizando a tecnologia Ion Torrent no equipamento Ion PGM™ System. Os arquivos gerados após as reações de sequenciamento foram analisados utilizando o software Geneious versão 7.1.7. A análise dos dados fornecidos pelo sequenciamento de Sanger mostrou que no decorrer das passagens ocorreram duas substituições de nucleotídeos, sendo uma na região codificante para a proteína do envelope que resultou na substituição de um resíduo de aminoácido e outra na região da proteína NS1, porém esta foi uma mutação silenciosa. Os resultados do NGS corroboraram com os obtidos pelo sequenciamento de Sanger e apresentaram outras dezessete mutações não observadas pelo método anterior, sendo as mesmas nas regiões codificantes para as proteínas E, NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5. Do total de mutações observadas, seis delas resultaram em substituição de resíduo de aminoácido. Considerando as mutações observadas, realizamos o estudo de cinética viral por RT-qPCR utilizando o método de ΔΔCt que indicou um aumento do número de cópias de RNA viral, dependente do tempo pós-infecção, tanto presente no sobrenadante de células infectadas quanto no interior das células, indicando um possível aumento da competência viral. Outros estudos se tornam necessários para confirmar se as mutações aqui encontradas também ocorrem em células de mamíferos e em sistemas in vivo, de maneira a verificar se o aumento do fitness viral observado neste estudo se repete em outros sistemas.
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Desenvolvimento de um modelo experimental de infecção subcutânea por vírus oropouche em hamster / Development of an experimental hamster model of subcutaneous infection by oropouche virusAlcir Humberto Rodrigues 22 October 2004 (has links)
O vírus Oropouche pertence à família Bunyaviridae, gênero Orthobunyavirus, sorogrupo Simbu, e é segunda causa mais freqüente de arbovirose febril no Brasil. Estima-se que mais de meio milhão de casos de febre do Oropouche tenham ocorrido no Brasil nos últimos 30 anos, havendo também ocorrências no Panamá, Peru, Suriname e Trinidad. Epidemias de febre do Oropouche têm sido registradas quase que exclusivamente na Amazônia. Porém, com o aquecimento global do planeta, desmatamentos e conseqüente redistribuição de insetos vetores e animais reservatórios, há risco de disseminação de vírus Oropouche para outras regiões do Brasil e da América do Sul. A patogenia da infecção por Oropouche não é bem entendida. Modelo em roedores, usando inoculação intracerebral, tem sido descrito, mas não com uso da via subcutânea, que mais se assemelha à rota natural da infecção. O objetivo deste trabalho foi estabelecer e caracterizar um modelo experimental de infecção com Oropouche, usando inoculação subcutânea em hamster, a fim de contribuir para o entendimento da patogenia do mesmo. Oropouche da linhagem BeAn19991, passado em cérebro de camundongo recém-nascido, foi inoculado (106,25 TCID50/100?L) por via subcutânea na coxa de hamsters sírios com 2-3 semanas de idade. Em torno de 3 dias alguns animais desenvolveram doença com sinais clínicos brandos caracterizados por: eriçamento dos pêlos e agressividade, outros com características mais graves: perda de peso, tremores sugestivos de calafrios, letargia e paralisia. Os animais foram sacrificados 1, 3, 5, 8 e 11 dias pós-inoculação ou quando eram encontrados em estado agônico. Baço, cérebro, coração, fígado, músculo e sangue foram colhidos para titulação viral, histologia e imunohistoquímica. Infiltrado inflamatório estava presente no cérebro, principalmente em torno dos vasos, meninges e discretamente no coração. O vírus Oropouche foi detectado no tecido cerebral (107,23 TCID50/g), no fígado (106,67TCID50/g) e no sangue (106 TCID50/g). Antígeno de Oropouche foi encontrado, difusamente no fígado, associado com hepatócitos e em neurônios de diversos locais do cérebro. Este modelo reproduz uma infecção sistêmica por Oropouche e pode tornar-se útil no estudo da patogênese, bem como para testar drogas antivirais e possíveis candidatos à vacina. / Oropouche virus belongs to the family Bunyaviridae, genus Orthobunyavirus, serogroup Simbu and is the second most frequent arboviral febrile illness in Brazil. There are estimates of more than half million cases of Oropouche fever in Brazil in the past 30 years, with cases registered in Panama, Peru, Suriname and Trinidad. Oropouche fever has been registered almost exclusively in the Amazon, but with the global warming, deforestation and the consequent redistribution of vectors and reservoir animals, the risk of Oropouche virus dissemination to others areas of Brazil and South America increases. However, the pathogenesis of Oropouche infection is not well understood. Rodent models using intracerebral inoculation have been described, but no attempts to use a route that more closely resembles the natural route of infection have been published. This study was conducted to establish and characterize an experimental model of infection with Oropouche, using subcutaneous inoculation of hamsters, in order to contribute to the understanding of Oropouche pathogenesis. We have established an experimental model through subcutaneous inoculation of hamsters in order to study pathogenesis. Suckling mouse brain passaged Oropouche strain BeAn19991 was inoculated (106,25 TCID50/100?L) subcutaneously in the thigh of syrian hamsters 2-3 weeks old. Around day 3 animals developed disease characterized by lethargy, paralysis, chill-like shaking and ruffled fur. Animals were sacrificed on days 1, 3, 5, 8 and 11 post-inoculation or whenever found to be agonic. Brain, heart, liver, spleen, muscle and blood were harvested for virus titration, histology and Oropouche immunohistochemistry. Inflammatory infiltrate was present in the brain, mostly as perivascular cuffs, meninges and some in the heart. Oropouche titers were 107,23 TCID50/g of tissue in brain 106,67 TCID50/g in liver, and 106 TCID50/g in blood. Oropouche antigen was detected diffusely distributed in the liver in association with hepatocytes, and in neurons in several regions of the brain. This model reproduces systemic Oropouche infection and may become useful in pathogenesis studies, as well as to test antiviral drugs and possible vaccine candidates.
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Arbovírus Morumbi (Phlebovirus : Bunnyaviridae) - estudo histopatológico e imuno-histoquímico do fígado na infecção experimental em camundongos: comparação entre as vias cerebral, intraperitoneal e subcutâneaBARROS, Vera Lúcia Reis Souza de January 2000 (has links)
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Previous issue date: 2000 / O vírus Morumbi é membro do sorogrupo Phlebotomus fever (família Bunyavírídae: gênero Phlebovírus) nativo da Região Amazônica. Seu vetor é desconhecido, mas supõem-se ser transmitido por flebotomíneos. Foi isolado em 1988 de ser humano apresentando quadro febril agudo. Este arbovírus, quando inoculado em camundongo por via cerebral, demonstrou viscerotropismo, induzindo inclusive lesões no fígado do animal inoculado. Com os objetivos de: i) estabelecer as características anátomo-patológicas e imuno-histoquímicas em fígado de camundongos albinos Swíss recém-nascidos experimentalmente infectados pelo vírus Morumbi; ii) verificar se o vírus apresenta hepatotropismo diferenciado na dependência de inoculação pelas vias cerebral, peritoneal ou subcutânea; iii) caracterizar detalhadamente os padrões anátomo-patológicos sequenciais no fígado; iv) demonstrar a localização do antígeno viral no tecido hepático ao longo da infecção experimental; v) estudar possíveis inter-relações entre os achados anátomo-patológicos e os imuno-histoquímicos. Foram estudados experimentalmente 71 camundongos Swíss recém-nascidos (dois e três dias), distribuídos ao final do experimento como segue: 21 animais inoculados por via intracerebral (IC), 21 por via intraperitoneal (IP) e 29 animais inoculados por via subcutânea (SC). Utilizou-se a dose infectante 5,0DL 50 /0,02ml de suspensão de vírus. Outros trinta, animais que não receberam inóculos, foram utilizados como grupo controle. Subgrupos de oito animais (seis inoculados e dois do grupo controle) foram sacrificados diariamente a intervalos de 24 em 24 horas, até 96 horas para os grupos IC e IP e até 120 horas para o grupo SC. Fragmentos de fígado de todos os animais foram fixados em solução de formalina neutra a 10%, incluídos em parafina, de onde foram obtidos cortes de 5 mm que foram corados pela técnica de hematoxilina-eosina para análise morfológica e, cortes adicionais, foram submetidos à técnica de imuno-histoquímica (Sistema Envision, DAKO, USA), utilizando a fosfatase alcalina e soro hiperimune do vírus Morumbi preparado em camundongos jovens, para detecção de antígeno viral. Foram estudados seis parâmetros de lesão em áreas portais e nove outros nos lóbulos, que foram semiquantificados numa escala que variou de zero (0) a três cruzes (+++), onde zero significou ausência de lesão e três cruzes lesão intensa. À microscopia óptica, ficou evidente que o vírus Morumbi inoculado em camundongos por três diferentes vias induz lesões em áreas portais e lobulares, caracterizando uma hepatite aguda com presença de corpúsculos acidófilos, semelhantes aos corpúsculos de Councilman -Rocha Lima, de distribuição irregular nos lóbulos, cujo aparecimento foi observado 24 horas pós-inoculação (p.i.) e atingiu o máximo de intensidade às 72 horas p.i. em animais inoculados por via IP. O exame imuno-histoquímico mostrou presença leve de antígeno viral a partir de 24 horas p.i. no grupo IC e a partir de 48 horas p.i. nos grupos IP e SC, havendo certo paralelismo em relação a intensidade de lesão morfológica, tendo- se observado o máximo de detecção de antígeno viral em animais inoculados por via IP e sacrificados às 72 horas p.i. A distribuição geral de antígeno foi observada especificamente nos lóbulos hepáticos, no citoplasma de hepatócitos íntegros e necrosados e no interior de células de Kupffer, não havendo preferência por nenhuma das três zonas do lóbulo. Concluiu-se que: i) o modelo de infecção experimental em camundongos foi excelente para o estudo das lesões causadas pelo vírus Morumbi, podendo ser selecionada a via IP como referencial; ii) em todas as vias utilizadas (IP, IC e SC) se confirmou a infecção pelo vírus Morumbi com marcante detecção de seu antígeno, no tecido hepático de camundongos Swiss; iii) a presença de antígeno do vírus Morumbi no fígado desses camundongos associou-se ao aparecimento de hepatite aguda, com necrose focal; iv)hepatite intensa pôde ser observada em fígado de camundongos sacrificados 72 h p.i. com o vírus Morumbi por via IP, o que não foi verificado com as outras duas vias; v) a hepatite aguda mostrou-se limitada, neste experimento, tendendo a desaparecer na maioria dos camundongos inoculados, com avançar das horas; vi) colestase não alteração freqüente na hepatite experimental pelo vírus Morumbi, quando inoculada por via IC, IP e SC; vii) o antígeno do vírus Morumbi teve predominância pela localização intracitoplasmática, padrão granular, nos hepatócitos e células de Kupffer; viii) antígeno viral foi detectado em fragmento hepático de animais experimentalmente inoculados com o vírus Morumbi, a partir das 24 horas via IC e a partir de 48 horas nas vias IP e SC. / Morumbi virus is a member of Phlebotomus Fever serogroup
(Bunyaviridae family, Phlebovirus genus), native from the Brazilian Amazon region.
It'svector is unknown, but is supposed to be, transmitted by phlebotomine sandflies.
It was isolated in 1988 from a human presenting an acute febrile illness. When
inoculated in the brain of Newborn Swiss mice, this arbovirus showed visceral
tropism, including liver damage. In order to establish the anatomopathological and
immunohistochemical characteristics in the liver of albino Swiss suckling mice
experimentally infected with Morumbi virus; to assess the differences of tropism of
the virus in the liver following the intra cerebral, intra peritoneal or subcutaneous
routes of inoculation; to detail the sequence of anatomical and pathological events in
the liver; to demonstrate the location of the viral antigen in the hepatic tissue during
the experimental assay; and to study the possible relationship between the
anatomopathological and immunohistochemical findings, an experimental study was
conducted with 71 Newborn Swiss mice (two or three days of age), distributed as
follows: 21 received intra cerebral inoculation (IC), 21 received intraperitoneal
inoculation (IP) and 29 received subcutaneous inoculation (SC). 0.02ml of virus
suspension was used as the infectious dose. The control was comprised of 30 mice
that were not inoculated. Subgroups of 8 mice (6 inoculated, 2 controls) were
euthanized daily, at intervals of 24 - 96 hours in the IC and IP groups, and until 120
hours in the SC group. Liver specimens from all mice were fixed in a 10% neutral
formalin solution, then embedded in paraffin wax to obtain 5f.lm sections that were
stained with haematoxylin/eosin for morphological analysis. Immunohistochemical
technique (Envision System, DAKO, USA) was employed in additional sections,
using alkaline phosphatase and hyper-immune anti-Morumbi virus serum prepared
into suckling mice, to detect the viral antigen. 6 patterns of portal lesion and 9
patterns of lobule lesion were studied in a scale from zero (0) to three (+++), where
zero represented absence of lesion and three represented severe lesion. Light
microscopy examination revealed that Morumbi virus was able to produce hepatic
lesions in the portal and lobular areas when inoculated in mice in three different
routes, raising an acute hepatitis, in which bodies similar to Councilman - Rocha
Lima bodies were observed, irregularly distributed in the lobules. The appearance of
those bodies occurred 24 hours post-inoculation (pi), with a peak at 72 hours pi in
miceis inoculated. The immunohistochemical technique showed mild presence of
viral antigen from 24 hours after inoculation in IC group and from 48 hours after in IP
and SC groups, showing a certain parallelism between the detection of viral antigens
and the morphological lesions. Maximum detection of the viral antigen was observed
in IP rout, specially those mice euthanized at 72 hours pi. General distribution of the
antigen was concentrated in the hepatic lobules, in the cytoplasm of normal and
necrotic hepatocytes, as well as inside the Kupffer cells, without any preference for
the three lobule areas. The following conclusions are made: i) experimentally
infected mice model was excellent to study the Morumbi virus-induced lesions, with
preference to IP rout; ii) in all inoculated routes (IP, IC and SC) there were evidence
of Morumbi virus infection, with a remarkable detection of its antigen in the hepatic
tissue of Swiss mice; iii) Morumbi virus antigen detected in the liver of Swiss mice
was associated with acute hepatitis and with focal necrosis; iv) an intense acute
hepatitis occurred in the liver of euthanized mice 72 hours pi with Morumbi virus by
the intraperitoneal route but was not observed in the other two used routes; v) in this
experiment, acute hepatitis was limited, showing a clear tendency to disappear in the
follow up in the majority of inoculated animals; vi) cholestasis was not very often
observed in the experimental hepatitis due to Morumbi virus; vii) Morumbi virus
antigen was detected predominantly in the cytoplasma and was exhibiting a granular
pattern in hepatocytes and Kupffer cells; viii) Morumbi viral antigen was detected as
early as 24 hours in hepatic tissue in IC route and 48 hours after IP and SC routes.
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Investigação molecular de alphavirus em pacientes febris durante epidemia de dengue em Mato Grosso, BrasilZuchi, Nayara 27 March 2014 (has links)
Submitted by Simone Souza (simonecgsouza@hotmail.com) on 2017-09-21T14:53:07Z
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Previous issue date: 2014-03-27 / CAPES / Introdução: O gênero Alphavirus, família Togaviridae, alberga arbovírus de importância médica relatados em áreas tropicais mundialmente. Nas Américas, os alfavírus de maior importância compreendem os das encefalites equinas e o vírus Mayaro (MAYV). No Brasil, o MAYV tem sido relatado em epidemias de doença febril principalmente no norte do país. O principal objetivo deste estudo foi investigar a situação epidemiológica de alfavírus em pacientes febris durante epidemia de dengue em Mato Grosso (MT).
Material e Métodos: Entre 2011 e 2012, 604 amostras de soro de pacientes com doença febril aguda suspeita de dengue durante epidemia em MT foram submetidas a Duplex-RT-PCR seguida de Multiplex-semi-nested-PCR para pesquisa dos alfavírus MAYV, vírus Aura e os vírus das encefalites equinas do Leste, Oeste e Venezuelana. Amostras positivas foram confirmadas em dois testes independentes e os produtos de PCR submetidos a sequenciamento nucleotídico. Amostras positivas foram submetidas a RT-PCR em tempo real (RT-qPCR) e isolamento viral em cultura de células. Todas as amostras foram também investigadas para flavivirus em um estudo paralelo.
Resultados: Foram encontrados 15/604 (2,5 %) pacientes positivos para o MAYV em Cuiabá (9), Várzea Grande (3), Nossa Senhora do Livramento (1) e Sorriso (2). Destes, 12 (80,0 %) apresentaram co-infecções com DENV-4 e 3 (20,0 %) infecções únicas pelo MAYV. Dentre 13 amostras submetidas a RT-qPCR, 10 (76,9 %) apresentaram carga viral entre log 0,965-3,321 cópias/μL.
Discussão: Casos esporádicos de infecção pelo MAYV foram identificados durante uma grande epidemia de dengue no MT em residentes de áreas urbanas, sem histórico recente de viagem ou visita a áreas rurais e/ou silvestres. A ocorrência do MAYV em estados adjacentes, em cidades afetadas pela rodovia Cuiabá-Santarém e soroprevalência em índios Xavantes no estado corroboram a evidência da circulação de MAYV no MT. Apesar do MAYV ser transmitido principalmente por Haemagogus janthinomys em áreas silvestres, as evidências encontradas no presente estudo sugerem a circulação de MAYV em área urbana de MT. Contudo, o ciclo de transmissão do vírus no estado não foi elucidado. A evidência de circulação do MAYV em indivíduos febris durante epidemia de dengue em área urbana deve ser motivo de atenção das autoridades locais de saúde pública para a eventual circulação silenciosa de outros arbovírus no estado. / Introduction: The Alphavirus genus, Togaviridae family, comprises arboviruses of medical importance reported in tropical areas worldwide. In the Americas, the most important alfaviruses are the equine encephalitis group and Mayaro virus (MAYV). In Brazil, MAYV has been reported in outbreaks of febrile illness mainly in the North region of the country. The aim of this study was to investigate the epidemiological situation of alfaviruses in febrile patients during a dengue outbreak in Mato Grosso (MT).
Material and methods: Between 2011 and 2012 in MT, 604 serum samples collected from patients suspected of acute febrile illness were submitted to Duplex-RT-PCR followed by Multiplex-semi-nested-PCR for MAYV, Aura virus and East, West and Venezuelan equine encephalitis viruses. Positive samples were confirmed twice in independent tests and, PCR products were submitted to nucleotide sequencing. Positive samples were also submitted to Real time RT-PCR (RT-qPCR) and inoculation in cell culture. The samples were also investigated for flaviviruses in a parallel study.
Amostras positivas foram submetidas a RT-PCR em tempo real (RT-qPCR) e isolamento viral em cultura de células. Todas as amostras foram também investigadas para flavivirus em um estudo paralelo.
Results: 15/604 (2.5 %) patients from Cuiabá (9), Várzea Grande (3), Nossa Senhora do Livramento (1) and Sorriso (2) were positive for MAYV; 12 (80 %) are co-infected with DENV-4 and 3 (20 %) are single infections with MAYV. Co-infected patients presented a wider variety of clinical manifestations. Among 13 samples tested by RT-qPCR, 10 (76.9 %) presented viral load ranging from log 0,965-3,321 copies/μL.
Discussion: Sporadic infections with MAYV were identified during a massive Dengue outbreak in MT in residents of urban areas without recent history of travel or visit to rural or sylvatic areas. The occurrence of MAYV infections in neighboring states, including cities affected by the Cuiabá-Santarém highway and seroprevalence in Xavante Indians from MT, corroborate the evidence of MAYV circulation in MT. Despite MAYV is transmitted mainly by Haemagogus janthinomys in sylvatic areas, the evidence found in this study suggests the circulation of MAYV in urban areas of MT. However, the transmission cycle of MAYV in MT remains to be determined. The evidence of MAYV circulation in febrile individuals during a dengue outbreak in urban areas should cause concerns in the local public health authorities about the eventual silent circulation of arboviruses in the state.
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