Semantic parsing is the process of mapping a natural-language sentence into a machine-readable, formal representation of its meaning. The LSTM Encoder-Decoder is a neural architecture with the ability to map a source language into a target one. We are interested in the problem of mapping natural language into SPARQL queries, and we seek to contribute with strategies that do not rely on handcrafted rules, high-quality lexicons, manually-built templates or other handmade complex structures. In this context, we present two contributions to the problem of semantic parsing departing from the LSTM encoder-decoder. While natural language has well defined vector representation methods that use a very large volume of texts, formal languages, like SPARQL queries, suffer from lack of suitable methods for vector representation. In the first contribution we improve the representation of SPARQL vectors. We start by obtaining an alignment matrix between the two vocabularies, natural language and SPARQL terms, which allows us to refine a vectorial representation of SPARQL items. With this refinement we obtained better results in the posterior training for the semantic parsing model. In the second contribution we propose a neural architecture, that we call Encoder CFG-Decoder, whose output conforms to a given context-free grammar. Unlike the traditional LSTM encoder-decoder, our model provides a grammatical guarantee for the mapping process, which is particularly important for practical cases where grammatical errors can cause critical failures. Results confirm that any output generated by our model obeys the given CFG, and we observe a translation accuracy improvement when compared with other results from the literature. / A análise semântica é o processo de mapear uma sentença em linguagem natural para uma representação formal, interpretável por máquina, do seu significado. O LSTM Encoder-Decoder é uma arquitetura de rede neural com a capacidade de mapear uma sequência de origem para uma sequência de destino. Estamos interessados no problema de mapear a linguagem natural em consultas SPARQL e procuramos contribuir com estratégias que não dependam de regras artesanais, léxico de alta qualidade, modelos construídos manualmente ou outras estruturas complexas feitas à mão. Neste contexto, apresentamos duas contribuições para o problema de análise semântica partindo da arquitetura LSTM Encoder-Decoder. Enquanto para a linguagem natural existem métodos de representação vetorial bem definidos que usam um volume muito grande de textos, as linguagens formais, como as consultas SPARQL, sofrem com a falta de métodos adequados para representação vetorial. Na primeira contribuição, melhoramos a representação dos vetores SPARQL. Começamos obtendo uma matriz de alinhamento entre os dois vocabulários, linguagem natural e termos SPARQL, o que nos permite refinar uma representação vetorial dos termos SPARQL. Com esse refinamento, obtivemos melhores resultados no treinamento posterior para o modelo de análise semântica. Na segunda contribuição, propomos uma arquitetura neural, que chamamos de Encoder CFG-Decoder, cuja saída está de acordo com uma determinada gramática livre de contexto. Ao contrário do modelo tradicional LSTM Encoder-Decoder, nosso modelo fornece uma garantia gramatical para o processo de mapeamento, o que é particularmente importante para casos práticos nos quais erros gramaticais podem causar falhas críticas em um compilador ou interpretador. Os resultados confirmam que qualquer resultado gerado pelo nosso modelo obedece à CFG dada, e observamos uma melhora na precisão da tradução quando comparada com outros resultados da literatura.

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These bacteria may also present the persistence phenotype, where a small population of susceptible bacteria survives after a high antimicrobial concentration treatment ? which the fraction of surviving cells may be affected by environmental conditions present in the medium. Thus, the aim of this study was to evaluate the influence of oxygen availability and galactose, sodium citrate and sheep blood presence in the formation of these cells upon meropenem and tobramycin exposure. For this, 10 clinical isolates, sent by the Clinical Pathology Laboratory of S?o Lucas Hospital, had their susceptibility characterized regarding the minimum inhibitory concentration (MIC) to tobramycin and meropenem. The influence of different environmental conditions was analyzed by exposing late exponential-phase cultures to meropenem and tobramycin for 48 h in the presence of sodium citrate, galactose and sheep blood; or in aerated or static condition. For all evaluations, aliquots were removed at determined time points, followed by serial decimal dilutions and drop plating technique on nutrient agar, to estimate the fraction of surviving cells. Aerated condition promoted a reduction of persister cells fraction ? independent of antimicrobial used ?, and, in addition, concentrations of tobramycin higher than 10X MIC provided even lower levels of these cells after 48 h of treatment. Regarding the presence of different sources of nutrients, it was observed that sodium citrate presence in 48 h of meropenem treatment promoted lower fraction of surviving cells when compared to this same antibiotic associated with galactose; whereas tobramycin exposure in the presence of galactose provided a reduced formation of persister cells in the first 6 h of treatment. Sheep blood, however, did not affect the fraction of surviving cells after 48 h of treatment, independently of the antimicrobial used. A remarkable heterogeneity in the behavior of all 10 isolates used in the study was present, regardless the conditions that have been exposed. Thus, it is possible that the conditions imposed in the experiments have influenced in the formation of persister cells by enhanced production of reactive oxygen species, and through the availability of more targets for antibiotic action by the bacterial growth stimulation. / Os pat?genos oportunistas do complexo Acinetobacter calcoaceticus-baumannii s?o respons?veis por diversas enfermidades, acometendo principalmente pacientes de unidades de tratamento intensivo e imunocomprometidos. Estas bact?rias podem ainda apresentar o fen?tipo de persist?ncia, onde uma pequena popula??o de bact?rias suscet?veis sobrevive ap?s o tratamento com elevadas concentra??es de antimicrobianos - podendo essa fra??o de c?lulas sobreviventes ser afetada pelas condi??es ambientais presentes no meio. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a influ?ncia da disponibilidade de oxig?nio e da presen?a de galactose, citrato de s?dio e sangue de carneiro na forma??o destas c?lulas frente ? exposi??o ao meropenem e ? tobramicina. Para isto, 10 isolados cl?nicos, cedidos pelo Laborat?rio de Patologia Cl?nica do Hospital S?o Lucas da PUCRS, tiveram sua suscetibilidade caracterizada quanto ? concentra??o inibit?ria m?nima (CIM) de tobramicina e de meropenem. A influ?ncia das diferentes condi??es ambientais foi analisada ao expor culturas de fase exponencial tardia ao meropenem e ? tobramicina por 48 h na presen?a de citrato de s?dio, galactose ou sangue de carneiro; ou em uma condi??o aerada ou est?tica. Para todas as observa??es, al?quotas foram removidas em tempos determinados, seguidas de dilui??es decimais seriadas e semeadura pela t?cnica da gota em ?gar nutriente, para estimar a fra??o de c?lulas sobreviventes. A condi??o aerada promoveu uma diminui??o na fra??o de c?lulas persisters - independente do antimicrobiano utilizado -, e tamb?m verificarmos que concentra??es superiores a 10X a CIM de tobramicina proporcionaram n?veis ainda menores destas c?lulas ap?s 48 h de tratamento. Quanto ? presen?a de diferentes fontes de nutrientes, foi observado que a presen?a de citrato de s?dio no tratamento de 48 h com meropenem proporcionou uma menor fra??o de c?lulas sobreviventes comparado a quando este mesmo antimicrobiano estava associado ? galactose; enquanto a exposi??o ? tobramicina na presen?a de galactose promoveu uma menor forma??o de c?lulas persisters nas primeiras 6 h de tratamento. O sangue de carneiro, entretanto, n?o afetou a fra??o de c?lulas sobreviventes ap?s 48 h de tratamento, independente do antimicrobiano utilizado. P?de-se ainda constatar uma not?vel heterogeneidade no comportamento de todos os 10 isolados utilizados no estudo, independente das condi??es as quais foram expostos. Desta forma, ? poss?vel que as condi??es avaliadas nos experimentos tenham influenciado a forma??o c?lulas persisters atrav?s da maior produ??o de esp?cies reativas de oxig?nio, e por disponibilizar mais alvos para a a??o dos antimicrobianos ao estimular o crescimento bacteriano.

Ensaio clínico aleatorizado conduzido para avaliar o impacto de intervenção intensiva para mudança de estilo de vida em indivíduos com sobrepeso em um Centro de Saúde-Escola em São José do Rio Preto, Estado de São Paulo, Brasil. Dos 259 voluntários (203 mulheres e 56 homens; idade entre 25 e 72 anos) que concordaram em participar do estudo, 104 foram elegíveis (83 mulheres e 21 homens), sendo distribuídos aleatoriamente em dois grupos: grupo intervenção (10 homens e 41 mulheres), com acompanhamento nutricional individualizado, e grupo controle (11 homens e 42 mulheres), que receberam somente orientações gerais e folheto explicativo sobre estilo de vida saudável. A avaliação da composição corporal, indicadores bioquímicos, consumo alimentar e estilo de vida - incluindo-se a prática de atividades físicas, foi realizada no princípio, após 6 meses e 1 ano de estudo. A intervenção nutricional consistiu de incentivo ao consumo de frutas, vegetais, óleo de oliva e produtos lácteos pobres em gordura, associados com a redução do consumo de gorduras saturadas e doces, bem como o estímulo à prática de atividades físicas por pelo menos 30 minutos ao dia. O programa de intervenção mostrou-se efetivo na redução do consumo de calorias, gorduras totais, gorduras saturadas, colesterol, freqüência de carnes, óleos/gorduras e doces. Além disso, observamos um incremento no consumo de fibra total da dieta, fibras de frutas e vegetais, ß-caroteno, vitamina A, cálcio, freqüência de consumo de frutas em geral, vegetais em geral, vegetais verde escuros e leite/derivados. O programa mostrou-se viável em unidades básicas de saúde e efetivo na redução de peso, índice de massa corporal, pressão arterial, colesterol total, LDL colesterol, ácido úrico, homocisteína, aumento da prática de atividades físicas, contribuindo para a melhoria da qualidade de vida no grupo intervenção. / Randomized Nutritional Intervention trial was carried out to evaluate the impact of intensive intervention in changing life style of overweight adults attending at a primary health care in São José do Rio Preto, São Paulo State, Brazil. Of the 259 volunteers (203 women and 56 men; 25 to 72 years old) that agreed in participating in the study, 104 were eligible (83 women and 21 men), and were randomly allocated in two groups: Nutrition Counseling group (42 women, 11 men) with individualized dietary counseling, and Control Group (41 women, 10 men) who recieved only general information and leaflets about healthy life style. The assessment of body composition, biochemical indicators, food consumption and life style – including practice of physical activity were carried out at baseline, 6 months and 1 year. The dietary interventions included increased intake of fruits, vegetables, olive oil and skimmed dairy products, together with reduced intake of saturated fat and sweets, as well as instructions for regular practice of physical activity for at least 30 minutes per day. The intervention program demonstrated to be effective in reducing consumption of calories, total fat, saturated fat, cholesterol, and frequency of meets, fats/oils and sweet groups. Moreover, we observed an increment in the consumption of dietary fiber, fiber of fruits and vegetables, ß-carotene, vitamin A, calcium, and in the frequency of fruits, vegetables, dark green vegetables and dairy products. The program demonstrated to be feasible at a primary health care unit and was effective in reducing weight, body mass index, blood pressure, total cholesterol, LDL cholesterol, uric acid, homocysteine, and improved the physical activity level and quality of life in the intervention group.

Introdução. As Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas (CRISPRs) são DNAs que consistem de repetições de nucleotídeos. Existem 3 tipos: CRISPR1-CAS, CRISPR3-CAS e CRISPR2. Os bacteriófagos são partículas virais que infectam bactérias. Os bacteriófagos SAP6, IME-EF1, BC-611, VD-13 e F4 são encontrados em E. faecalis assim como FL1ABC, FL2AB, FL3AB e FL4A. Objetivo. Identificar e caracterizar as classes de CRISPRs e bacteriófagos de E. faecalis e E. faecium isoaldos de amostras alimentares, clínicas e fezes de animais. Materiais e métodos. Foram usadas DNA de 153 isolados, sendo 98 de E. faecalis e 55 de E. faecium. A técnica de detecção foi a PCR utilizando iniciadores para os genes CRISPR1-Cas, CRISPR2, CRISPR3-cas e bacteriófagos, seguido por electroforese em gel de agarose. Resultados. Para E. faecalis foram detectadas 58 isolados que amplifacaram para o gene CRISPR1-Cas; 87 para CRISPR2 e 13 para CRISPR3-Cas. Para E. faecium foram detectadas 4 isolados positivos para o gene CRISPR1-Cas; 18 para CRISPR2 e 1 para CRISPR3-CAS. O bacteriófago FL2ABfoi detectado em 13 isolados de E. faecalis; o bacteriófago FL3AB em 13 isolados de E. faecalis e o FL4A em 28 isolados de E. faecalis. Conclusão. Neste estudo nos encontramos diferentes proporções e distribuições dos genes CRISPRs em E. faecalis e E. faecium. O bacteriófago FL4A apresentou-se como o mais frequente entre os bacteriófagos avalados. / Introduction. The CRISPR are small portions of DNA consisting of nucleotide repeats. There are three types of CRISPRs recognized: CRISPR-associated genes cas: CRISPR1-CAS and CRISPR3-CAS and a orphan locus lacking cas genes: CRISPR2. Bacteriophages are viral particles that infect bacterial. The bacteriophages SAP6, IME-EF1, BC-611 and F4 are found in E. faecalis as well as FL1ABC, FL2AB, FL3AB, FL4A. Objectivy: To Identify and to characterize CRISPRs genes and bacteriophage genes in E. faecalis and E. faecium isolated from food, clinical and animal fecal samples. Materials and methods. A total of 153 DNA samples were used, 98 from E. faecalis and 55 from E. faecium. The PCR technique using primers was used to detect the genes CRISPR1-Cas, CRISPR2, CRISPR3-cas and bacteriophages, followed the agarose gel electrophoresis. Results. To E. faecalis was detected 58 isolates that amplified the CRISPR1-Cas genes, 87 to CRISPR2 and 13 to CRISPR3-Cas. To E. faecium was detected 4 isolates positive to CRISPR1-Cas gene, 18 to CRISPR2 e 1 to CRISPR3-CAS. The FL2AB bacteriophage was detected in 13 isolates of E. faecalis; the FL3AB bacteriophage in 13 isolates of E. faecalis and the FL4A in 28 isolates of E. faecalis. Conclusion. In this work, we found out different proportions and distributions of CRISPRs genes in E. faecalis e E. faecium. The FL4A bacteriophage showed a high frequency among the bacteriophages tested.

Unraveling soil microbial ecology is essential for improving sustainable agricultural productivity. Community-based studies revolutionized this field in the last decades, but much is yet to be disclosed. This thesis proposed an approach to increase the resolution of such studies by combining 16S rDNA high-throughput sequencing and population genomics, aiming to further explore the differences pointed by community analyses, as well as to overcome the limitations of using operational taxonomic units (OTUs) as ecological entities, and to introduce the evolutionary thinking in microbial ecology. Our main goal was to understand the features that make bacteria able to colonize sugarcane rhizosphere or live saprophytically in bulk soil. Rhizosphere and bulk soil are contrasting habitats for microbial life as they are highly distinct in its physical, chemical and consequently biological characteristics. Our results indicated that sugarcane shapes the rhizosphere microbiome and metabolism of D-galacturonic acid is a key function for colonizing this niche. Among the taxa prevailing in the rhizosphere, Pseudomonas genus was targeted for a more detailed study considering its known attributes for plant growth promotion. Seventy-six fluorescent Pseudomonas spp. were isolated and submitted to whole genome sequencing (WGS). A comparative genomic analysis was performed between populations from rhizosphere and bulk soil. Phylogenetic analyses classified the isolates in the P. fluorescens (57) or P. putida (19) groups. Twelve putative new species and two new proposed P. fluorescens subgroups were found in the prospected tropical soil. Comparative genomics revealed that phosphatases or xylose-utilization genes were significantly enriched in the rhizosphere and bulk soil populations of the P. fluorescens group, respectively. D-galactonate catabolism was higher in the rhizosphere population of the P. putida group based on both genotypic and phenotypic results. Growth in D-xylose was further explored using genetic modified strains and confirmed that this sugar is more used by members of the bulk soil than the rhizosphere population of the P. fluorescens group, a pattern also observed in the bulk soil microbiome. In summary, these findings constitute a step forward in understanding the ecology of rhizosphere and bulk soil bacteria, by overcoming some limitations of community-based analyses and showing genomic differences between bacterial populations of these habitats. / Desvendar a ecologia microbiana do solo é essencial para aumentar a produtividade agrícola sustentável. Estudos baseados em comunidades revolucionaram esse campo nas últimas décadas, mas ainda há muito a ser revelado. Esta tese propôs uma abordagem para aumentar a resolução desses estudos, combinando sequenciamento em larga escala de rDNA 16S e genômica populacional, com o objetivo de explorar mais a fundo as diferenças apontadas por análises de comunidades, assim como superar as limitações do uso de unidades taxonômicas operacionais (UTOs) como entidades ecológicas e introduzir o pensamento evolutivo na ecologia microbiana. Nossa principal meta foi entender as características que tornam as bactérias hábeis em colonizar a rizosfera de cana-de-açúcar ou viver no solo saprofiticamente. Rizosfera e solo são hábitats contrastantes para a vida microbiana, já que são altamente distintos em suas características físicas, químicas e, consequentemente, biológicas. Nossos resultados indicaram que a cana-de-açúcar modifica o microbioma da rizosfera e o metabolismo do ácido D-galacturônico é uma função chave para colonizar este nicho. Dentre os táxons que prevalecem na rizosfera, o gênero Pseudomonas foi escolhido para um estudo mais detalhado, considerando os seus atributos de promoção de crescimento de plantas. Setenta e seis Pseudomonas spp. fluorescentes foram isoladas e submetidas ao sequenciamento do genoma. Uma análise de genômica comparativa foi realizada entre as populações obtidas do solo e rizosfera. As análises filogenéticas classificaram os isolados nos grupos P. fluorescens (57) ou P. putida (19). Doze prováveis novas espécies e dois novos subgrupos propostos de P. fluorescens foram encontrados no solo tropical prospectado. A genômica comparativa revelou que genes de fosfatases e de uso de xilose foram significativamente enriquecidos nas populações da rizosfera e solo do grupo P. fluorescens, respectivamente. O catabolismo do ácido D-galactônico foi maior na população da rizosfera do grupo P. putida, baseado tanto em resultados genotípicos quanto fenotípicos. O crescimento em D-xilose foi mais explorado usando linhagens geneticamente modificadas e confirmou que este açúcar é mais utilizado por membros da população do solo do que da rizosfera no grupo P. fluorescens, um padrão também observado no microbioma do solo. Em resumo, essas descobertas constituem um passo adiante no entendimento da ecologia bacteriana do solo e rizosfera, por superar algumas limitações de análises de comunidades e mostrar diferenças genômicas entre populações bacterianas destes hábitats.

As Síndromes mielodisplásicas (SMD) são doenças clonais da célula progenitora hematopoética, cursando com citopenias, medula óssea displástica e tendência à evolução para leucemia. As SMD secundárias estão associadas a fatores de risco como doenças congênitas (Anemia de Fanconi), doenças hematológicas adquiridas (aplasia medular, HPN), exposição à quimioterápicos (alquilantes, inibidores de topoisomerase II) e radioterapia e substâncias químicas (benzeno, petróleo). Agentes imunossupressores associados ou não a fatores hemopoéticos particularmente utilizados para tratamento da Aplasia medular também se associam à SMD secundária. A OMS recentemente adotou o termo síndrome mielodisplásica/neoplasia mielóde (SMD/NM) relacionada à terapêutica para englobar casos de neoplasias mielóides que preencham critérios morfológicos não somente de SMD, mas também de leucemia mielóide aguda (LMA) ou neoplasias mieloproliferativas. O objetivo do trabalho foi analisar dados clínicos, morfológicos e citogenéticos de 42 portadores de SMD/NM secundária em uma coorte de pacientes diagnosticados no SH-HCFMUSP no período de 1987 a 2008. Vinte e três pacientes (54,8%) eram homens, com mediana de idade de 53,5 (4-88) anos. 45,2% eram portadores de doenças onco-hematológicas, 26,2% de anemia aplástica, 14,3% de tumores sólidos e 14,3% de outras doenças (auto-imunes e transplante de órgãos sólidos). 33% dos pacientes utilizaram exclusivamente QT, 26% combinação QT e RT, 2% RT isolada e 28% agentes imunossupressores. Cinco (11,9%) pacientes haviam sido submetidos a TCTH autólogo para tratamento de doença oncohematológica prévia. A mediana da latência entre a doença primária e a SMD secundária foi de 85 meses (23- 221 meses). Oito pacientes foram submetidos ao TCTH alogênico aparentado para tratamento da SMD secundária. Anemia, neutropenia, plaquetopenia e blastos circulantes foram observados em 64,3%, 54,8%, 78,6% e 26,2% dos casos respectivamente. Cerca de 1/3 dos aspirados medulares apresentavam hemodiluição, 29,7% apresentavam hipocelularidade global, 62,2% apresentavam contagem de blastos superior a 5% e 14,3% sideroblastos em anel acima de 15%. Displasia da série eritróide, granulocítica e megacariocítica foi observada em 79,4%, 77,1% e 68,2% dos casos respectivamente. A histologia medular realizada em 22 casos revelou hipocelularidade global, ALIPs e nódulos linfóides em 9,1%, 23,8% e 40,9% dos casos. A detecção por imunoistoquímica de células CD34>1%, CD117>1%, agrupamento de células CD34+ e de CD117+ e da proteína p53+ foi observada respectivamente em 77,2%, 82,3%, 59%, 29,4% e 33,3% dos casos. Anormalidades clonais foram observadas em 84,3% dos casos, com grande predomínio das não balanceadas (96%), sendo 37% com monossomia 7, 44,4% cariótipos complexos e 18% com outras anormalidades . A mediana de sobrevida de sobrevida global foi de 5,7 meses, pacientes submetidos ao TCTH alogênico para tratamento da SMD/NM secundária tiveram mediana de 40 meses (p=0,007). Fatores associados à pior sobrevida incluíram: doença oncohematológica prévia, baixa contagem plaquetária, elevação de DHL e ferritina, presença de células CD117+ agrupadas, imunoexpressão positiva da p53, citogenética anormal, IPSS intermediário II ou alto risco. Nenhum parâmetro estudado do aspirado medular se associou à sobrevida. Houve tendência à associação da imunoexpressão positiva de p53 a cariótipo anormal e IPSS de maior risco. Não se observou associação entre a presença de ALIP, porcentagem de blastos na morfologia medular e células CD34+ e CD117+. Estes dados reforçam a importância da análise citogenética e da imunoistoquímica da biópsia de medula óssea para diagnóstico e prognóstico das SMD secundárias e do TCTH alogênico no seu tratamento. Mais estudos com maior número de casos devem ser realizados para confirmar a importância do escore IPSS na SMD secundárias, provavelmente substituindo a porcentagem de blastos ao aspirado medular, pela presença de células precursoras detectadas por imunoistoquímica / Myelodysplastic syndromes (MDS) are clonal hematopoietic stem cell disorders, characterized by cytopenias, dysplastic bone marrow (BM) and propensity to progress to acute myeloid leukemia. Secondary MDS are associated with risk factors such as congenital disorders (Fanconis anemia), acquired bone marrow failures, exposure to chemotherapy (alkylating agents, topoisomerase II inhibitors) agents and radiation and chemicals (benzene, petroleum). Immunosuppressive agents associated with hematopoietic growth factors are also associated with secondary MDS. The WHO classification has recently adopted the term therapy-related myeloid neoplasms for cases of myeloid malignancies that fulfill morphological criteria not only for MDS but also for AML or myeloproliferative neoplasms.The aim of the study was to analyze clinical, morphological and cytogenetic features of 42 patients with secondary MDS/MN in a cohort of patients diagnosed at our institution from 1987 to 2008. 23 patients (54.8%) were male, median age 53.5 (4-88) years. 45.2% had primary hematologic malignancies, 26.2% aplastic anemia, 14.3% solid tumors and 14.3% other diseases (autoimmune diseases and solid organ transplantation). 33% had undergone chemotherapy alone, 2% RT alone, 26% both modalities and 28% immunosuppressive agents. Five (11.9%) patients had undergone autologous HSCT for treatment of previous malignancies. The median latency between the primary disease and secondary MDS/MN was 85 (23-221) months. Eight patients underwent allogeneic HSCT (allo- HSCT) for treatment of related secondary MDS. Anemia, neutropenia, thrombocytopenia and peripheral blasts were observed in 64.3%, 54.8%, 78.6% and 26.2%, respectively. BM aspirates was poorly representative in 1/3 of cases, 29.7% global hypocellularity, 62.2% more than 5% of blast counts and 14.3% more than 15% of ring sideroblasts. Dysplasia in erythroid, granulocytic and megakaryocytic series was observed in 79.4%, 77.1% and 68.2%, respectively. Twenty two BM biopsies were performed. Global hypocellularity, ALIP and lymphoid nodules were shown in 9.1%, 23.8% and 40.9%. The immunohistochemistry showed more than 1% of CD34+ and CD117+ cells, clusters of CD34+ and CD117+ and immunoexpression of p53 protein in 77.2%, 82.3%, 59%, 29.4% and 33.3%, respectively. Clonal abnormalities were observed in 84.3% of cases with high prevalence of unbalanced (96%) rearrangements. 37% showed monosomy 7 and 44.4% complex karyotypes. The median overall survival was 5.7 for all patients and 40 months for patients treated with allo-HSCT (P=0.007). Hematologic malignancies, low platelet count, serum high LDH and ferritin, detection of CD117+ clusters, positive immunoexpression of p53, abnormal cytogenetics, intermediate-II or high-risk IPSS groups were associated with poor survival. No parameter studied from bone marrow aspirate had impact in survival. p53 expression was associated to abnormal karyotype (P=0.092) and IPSS risk (P=0.054). There was no association between the presence of ALIP, BM blast counts and immunoexpression of CD34+ and CD117+. Our study shows that cytogenetic analysis and BM immunohistochemistry are very important in diagnosis and prognosis, and that allo-HSCT could improve the survival of secondary MDS/MN. More studies with larger numbers of cases should be conducted to confirm the importance of the IPSS for secondary MDS, probably replacing the bone marrow aspirate blast counts by the immunohistochemistry detection of precursor cells

Alguns estudos sugerem que as pequenas vias aéreas têm um papel importante na fisiopatologia da lesão pulmonar aguda/ síndrome do desconforto respiratório agudo (LPA/SDRA). O epitélio respiratório que reveste as vias aéreas é capaz de liberar mediadores inflamatórios e está relacionado ainda com a produção de surfactante nas vias aéreas. Até o presente momento, existem poucos estudos que avaliaram se estas funções do epitélio que reveste as pequenas vias aéreas encontram-se alteradas na SDRA. No presente estudo, nós mensuramos a expressão da proteína de surfactante (PS) A e PS-B, a expressão de citocinas inflamatórias interleucina (IL)-6 e IL-8, e um índice de apoptose do epitélio que reveste as pequenas vias aéreas de pacientes com SDRA que foram submetidos a autópsia e comparamos estes resultados com os de indivíduos controle. Foram incluídos no estudo pulmões de autópsia de 31 pacientes com SDRA (PaO2/FiO2200, 45±14 anos, 16 homens) e 11 controles (52±16 anos, 7 homens). A expressão de IL-6, IL-8, PS-A e PS-B no epitélio das pequenas vias aéreas (diâmetro2.0mm) foi verificada através de reações de imunohistoquímica e análise de imagem. O índice de apoptose epitelial das vias aéreas foi avaliado através do método de TUNEL e da expressão de FAS/FASL. Avaliou-se ainda a densidade de células inflamatórias positivas para IL-6 e IL-8 na parede das pequenas vias aéreas. As vias aéreas dos pacientes com SDRA apresentaram maior expressão epitelial de IL-8 (p=0,006) e maior densidade de células inflamatórias expressando IL-6 (p=0,004) e IL-8 (p<0,001) quando comparadas com o grupo controle. Não houve diferenças na expressão epitelial de PS-A e PS-B ou no índice de apoptose epitelial entre os grupos SDRA e controle. Nossos resultados mostram que as pequenas vias aéreas participam da inflamação pulmonar de pacientes com SDRA, caracterizada pelo aumento na expressão de interleucinas próinflamatórias tanto em células inflamatórias da parede da via aérea quanto no epitélio. Nossos resultados sugerem ainda que a apoptose não é um mecanismo importante de morte de células epiteliais das vias aéreas de pacientes com SDRA / Recent studies suggest a role for distal airway injury in the pathophysiology of human ALI/ARDS. The epithelium lining the airways modulates airway function secreting a large number of molecules such as surfactant components and inflammatory mediators. So far, there is little information on how these secretory functions of the small airways are altered in ARDS. In the present study we assessed the airway expression of surfactant protein (SP) A and SP B, the expression of inflammatory cytokines IL-6 and IL-8, and an index of airway epithelial apoptosis of patients with ARDS submitted to autopsy and compared the results with those of control subjects. We studied autopsy lungs of 31 ARDS patients (PaO2/FiO2200, 45±14 years, 16 males) and 11 controls (52±16 years, 7 males). Using immunohistochemistry and image analysis, we quantified the expression of IL-6, IL-8 and SP-A and SP-B in the epithelium of small airways (diameter2.0mm). Airway epithelial apoptosis index was obtained with the TUNEL assay and FAS/FASL expression. We also quantified the density of inflammatory cells expressing IL-6 and IL-8 within the small airway walls. ARDS airways showed an increase in the epithelial expression of IL-8 (p=0.006) and an increased density of inflammatory cells expressing IL-6 (p=0.004) and IL-8 (p<0.001) when compared to controls. There were no differences in SP-A and SP-B epithelium expression or in epithelial apoptosis index between ARDS and controls. Our results show that the distal airways are involved in ARDS lung inflammation with higher expression of pro-inflammatory interleukins in both airway epithelial and inflammatory cells. Our results also suggest that apoptosis is not a major mechanism of airway epithelial cell death in ARDS

Unraveling soil microbial ecology is essential for improving sustainable agricultural productivity. Community-based studies revolutionized this field in the last decades, but much is yet to be disclosed. This thesis proposed an approach to increase the resolution of such studies by combining 16S rDNA high-throughput sequencing and population genomics, aiming to further explore the differences pointed by community analyses, as well as to overcome the limitations of using operational taxonomic units (OTUs) as ecological entities, and to introduce the evolutionary thinking in microbial ecology. Our main goal was to understand the features that make bacteria able to colonize sugarcane rhizosphere or live saprophytically in bulk soil. Rhizosphere and bulk soil are contrasting habitats for microbial life as they are highly distinct in its physical, chemical and consequently biological characteristics. Our results indicated that sugarcane shapes the rhizosphere microbiome and metabolism of D-galacturonic acid is a key function for colonizing this niche. Among the taxa prevailing in the rhizosphere, Pseudomonas genus was targeted for a more detailed study considering its known attributes for plant growth promotion. Seventy-six fluorescent Pseudomonas spp. were isolated and submitted to whole genome sequencing (WGS). A comparative genomic analysis was performed between populations from rhizosphere and bulk soil. Phylogenetic analyses classified the isolates in the P. fluorescens (57) or P. putida (19) groups. Twelve putative new species and two new proposed P. fluorescens subgroups were found in the prospected tropical soil. Comparative genomics revealed that phosphatases or xylose-utilization genes were significantly enriched in the rhizosphere and bulk soil populations of the P. fluorescens group, respectively. D-galactonate catabolism was higher in the rhizosphere population of the P. putida group based on both genotypic and phenotypic results. Growth in D-xylose was further explored using genetic modified strains and confirmed that this sugar is more used by members of the bulk soil than the rhizosphere population of the P. fluorescens group, a pattern also observed in the bulk soil microbiome. In summary, these findings constitute a step forward in understanding the ecology of rhizosphere and bulk soil bacteria, by overcoming some limitations of community-based analyses and showing genomic differences between bacterial populations of these habitats. / Desvendar a ecologia microbiana do solo é essencial para aumentar a produtividade agrícola sustentável. Estudos baseados em comunidades revolucionaram esse campo nas últimas décadas, mas ainda há muito a ser revelado. Esta tese propôs uma abordagem para aumentar a resolução desses estudos, combinando sequenciamento em larga escala de rDNA 16S e genômica populacional, com o objetivo de explorar mais a fundo as diferenças apontadas por análises de comunidades, assim como superar as limitações do uso de unidades taxonômicas operacionais (UTOs) como entidades ecológicas e introduzir o pensamento evolutivo na ecologia microbiana. Nossa principal meta foi entender as características que tornam as bactérias hábeis em colonizar a rizosfera de cana-de-açúcar ou viver no solo saprofiticamente. Rizosfera e solo são hábitats contrastantes para a vida microbiana, já que são altamente distintos em suas características físicas, químicas e, consequentemente, biológicas. Nossos resultados indicaram que a cana-de-açúcar modifica o microbioma da rizosfera e o metabolismo do ácido D-galacturônico é uma função chave para colonizar este nicho. Dentre os táxons que prevalecem na rizosfera, o gênero Pseudomonas foi escolhido para um estudo mais detalhado, considerando os seus atributos de promoção de crescimento de plantas. Setenta e seis Pseudomonas spp. fluorescentes foram isoladas e submetidas ao sequenciamento do genoma. Uma análise de genômica comparativa foi realizada entre as populações obtidas do solo e rizosfera. As análises filogenéticas classificaram os isolados nos grupos P. fluorescens (57) ou P. putida (19). Doze prováveis novas espécies e dois novos subgrupos propostos de P. fluorescens foram encontrados no solo tropical prospectado. A genômica comparativa revelou que genes de fosfatases e de uso de xilose foram significativamente enriquecidos nas populações da rizosfera e solo do grupo P. fluorescens, respectivamente. O catabolismo do ácido D-galactônico foi maior na população da rizosfera do grupo P. putida, baseado tanto em resultados genotípicos quanto fenotípicos. O crescimento em D-xilose foi mais explorado usando linhagens geneticamente modificadas e confirmou que este açúcar é mais utilizado por membros da população do solo do que da rizosfera no grupo P. fluorescens, um padrão também observado no microbioma do solo. Em resumo, essas descobertas constituem um passo adiante no entendimento da ecologia bacteriana do solo e rizosfera, por superar algumas limitações de análises de comunidades e mostrar diferenças genômicas entre populações bacterianas destes hábitats.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A tese analisa o papel desempenhado pela UNESCO no que se refere a disseminação de diretrizes e valores ideológicos no campo da educação no Brasil na virada do milênio e a tarefa educativa realizada pelo Programa das Escolas Associadas da UNESCO (PEA-UNESCO) como um dos mecanismos de difusão do modelo educacional da UNESCO no chão das escolas. Dessa forma, resgatamos, num primeiro momento, algumas categorias e conceitos marxianos e marxistas que foram utilizados como suporte teórico para análise do objeto, seguido de uma breve reflexão sobre os limites e as possibilidades de conjuntura. Num segundo momento, caracterizamos a política neoliberal como uma expressão político-pedagógica da nova sociabilidade e o Novo-Desenvolvimentismo no Brasil como uma forma de ressignificar o padrão de intervenção do Estado na economia e na questão social. Além disso, realizamos uma revisão de literatura e análise de estudos que elaboraram sínteses sobre a pedagogia da hegemonia e sua relação com os organismos multilaterais. Abordamos, num terceiro momento, por meio de pesquisa documental e análise bibliográfica, um pouco da história da UNESCO, seus princípios, conteúdos, métodos e seus principais encaminhamentos da virada do milênio, bem como sua articulação com os outros organismos multilaterais. Por último, analisamos o PEA-UNESCO no contexto da perspectiva educacional da UNESCO como forma de dar materialidade a análise. Deste modo, ao compreendermos a vinculação com a necessidade burguesa de educar o consenso e educar para o conformismo, concluímos que a UNESCO, no conteúdo e na forma através de diversas ações , vem exercendo a função de elaborar e difundir um modelo pedagógico que cimenta as orientações de políticas públicas educacionais dos demais organismos multilaterais. Afirma-se que ela cumpre um papel de intelectual orgânico ao contribuir de forma significativa para conformar as classes trabalhadoras aos valores requeridos pelo sistema capitalista no seu atual estágio ao compor o bloco histórico dominante. O PEA-UNESCO cumpre a tarefa pedagógica de difundir, ideologicamente, a perspectiva de educação ao longo da vida e a educação para o desenvolvimento sustentável como elementos que reforçam o processo de afirmação de uma nova sociabilidade requerida pelo Estado educador, no qual a UNESCO/PEA, na nova fase superior do imperialismo, cumpre um papel significativo

As principais incapacidades funcionais que se observam após o Acidente Vascular Encefálico (AVE), sob o ponto de vista clínico, decorrem da hemiparesia, da incoordenação, da hipertonia espástica dos membros superior e inferior contralaterais à lesão e da fraqueza ipsilateral e contralateral ao hemisfério lesado. Evidências sugerem que o aprendizado e a realização de tarefas motoras de habilidade podem induzir mudanças comportamentais e neurofisiológicas, o que ocorre tanto em animais intactos quanto naqueles submetidos às lesões do SNC. Nesse sentido, alguns trabalhos evidenciam a participação da atividade dendrítica, observada pelo aumento da imunorreatividade a MAP2, induzida por experiências comportamentais. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho motor e a expressão da MAP2 no córtex motor primário, em ratos sham ou submetidos à HIC e aos treinamentos de habilidade do alcance (TH) ou ao treinamento de não-habilidade (TNH). Para tanto, ratos Wistar adultos foram inicialmente adaptados às diferentes tarefas motoras empregadas ao longo de três semanas, sendo, posteriormente, submetidos à cirurgia de indução da hemorragia intracerebral (HIC) por meio da administração intra-estriatal de colagenase tipo IV ou de veículo (animais Sham) (S). Em seguida, os animais dos grupos S_TH e HIC_TH foram submetidos ao treinamento da tarefa de habilidade do alcance e preensão, os animais dos grupos S_TNH e HIC_TNH foram submetidos ao treinamento da tarefa de não-habilidade e os animais S_ST e HIC_ST não receberam nenhum tipo de treinamento durante 4 semanas. Ao longo desse período, os animais foram testados pelo teste do Staircase quanto ao desempenho motor ao final da 2° e 4° semana de treinamento. Encerrado o período de treinamento, os animais foram profundamente anestesiados, perfundidos e tiveram seus encéfalos processados para a análise imunoistoquímica. Os resultados mostram que a realização da tarefa de habilidade do alcance e preensão foi capaz de aumentar a imunorreatividade da MAP2 no córtex motor primário (M1) em ambos os hemisférios, tanto em animais lesados quanto em animais não-lesados. Além disso, os animais HIC e HIC_TNH apresentaram também aumento da imunorreatividade à MAP2 em ambos os hemisférios. Porém, apenas os animais HIC_TH apresentaram recuperação funcional dos movimentos do membro anterior afetado, avaliados pelo teste comportamental. Concluindo, o presente estudo demonstra que o treino de habilidade induz plasticidade dendrítica no M1 em condições normalidade e lesão e, como estratégia de reabilitação, mostra-se superior ao treino de não-habilidade, na recuperação funcional do membro anterior após a HIC experimental. / Under clinical view, the main functional impairment observed after stroke is resulting from the hemiparesis, incoordination, spastic hypertonia and from ipsilateral and contralateral weakness . Evidences suggest that learning and achievement of motor tasks ability may induce behavioral and neurophysiological changes, which occur in both intact and injured animals. Accordingly, some studies reveal the participation of dendritic activity, observed by increasing the immunoreactivity to MAP2, induced by behavioral experiences. Thus, the aim of this study was to evaluate the motor performance and the expression of MAP2 in primary motor cortex (M1), in rats submitted or not to the IHC and rehabilitation using skilled (SK) or unskilled (US) training. Animals were initially adapted to different motor tasks employed over three weeks, and, subsequently, submitted to surgery for the induction of intracerebral hemorrhage (IHC) by means of administration of bacterial collagenase type IV or vehicle (animals Sham) (S) into the striatum . Then, animals in groups S_SK and IHC_SK were submitted to the training skilled forelimb reaching, animals in groups S_US and IHC_US were submitted to the training unskilled and animals S and HIC received no type of training during 4 weeks. Throughout that period, the reaching ability was tested using the Staircase test at the end of 2nd and 4thweek of training. At the end of the rehabilitation period, animals were deeply anesthetized, perfused and the immunohistochemistry was processed. Results show that the achievement of the task skilled forelimb reaching was able to increase the MAP2 immunoreactivity in primary motor cortex (M1) in both hemispheres, both in injured animals as in intact animals. In addition, animals form IHC and IHC_US groups also presented increased immunoreactivity to MAP2 in both cerebral hemispheres. However, only IHC_SK animals presented functional recovery of movements of the forelimb, evaluated by test behavioral. In conclusion, this study shows that training of skills tasks can induce modifications in M1 under conditions of normality and lesion and, as a strategy of rehabilitation, induced higher plasticity than the unskilled training correlated with functional recovery of the forelimb after IHC experimental.