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Séquençage et PCR à haut débit : application à la détection et la caractérisation d'agents pathogènes respiratoires aviaires et au contrôle de pureté microbiologique des vaccins / Next generation sequencing and high-throughput sequencing : Application to detection and characterization of avian respiratory pathogens and to the control of vaccine purity

Croville, Guillaume 30 October 2017 (has links)
La capacité de détection des agents pathogènes est un enjeu croissant tant les maladies infectieuses représentent un risque pour la santé animale et humaine. La globalisation des échanges commerciaux et des voyages, l’évolution des pratiques agricoles, les changements climatiques ou encore les migrations de masse sont autant de facteurs bouleversant la biologie des micro-organismes et de fait, leurs capacités d’émergence. Ce manuscrit décrit trois approches complémentaires, basées sur trois techniques innovantes de biologie moléculaire pour la détection d’agents pathogènes et appliquées à trois contextes différents : (i) la recherche d’une liste précise de micro-organismes par PCR quantitative en temps réel en format microfluidique, (ii) la détection sans a priori d’agents infectieux dans un milieu complexe par métagénomique et séquençage Illumina (Miseq) et (iii) le génotypage d’un agent infectieux sans amplification préalable des génomes par NGS (Nouvelles Générations de séquençage) de troisième génération, le MinION d’Oxford Nanopore Technologies. Ces trois études ont permis de montrer l’apport de ces techniques, qui présentent toutes des caractéristiques distinctes, adaptées à différentes applications. Au-delà de l’application de ces techniques au domaine du diagnostic microbiologique, leur utilisation dans le cadre du contrôle des médicaments immunologiques vétérinaires est une perspective prioritaire de ce travail. En effet, les préparations vaccinales vétérinaires sont soumises à l’obligation de recherche d’une liste d’agents pathogènes à exclure mais également à la vérification de l’identité génétique des souches vaccinales. L’accessibilité et les performances exponentielles des nouvelles technologies de PCR et de séquençage ouvrent ainsi des perspectives révolutionnaires dans le domaine du diagnostic et du contrôle microbiologique. / Detection of pathogens becomes an increasing challenge, since infectious diseases represent major risks for both human and animal health. Globalization of trade and travels, evolution of farming practices and global climatic changes, as well as mass migrations are impacting the biology of pathogens and their emerging potential. This manuscript describes three approaches, based on three innovative technologies of molecular biology applied to the detection of pathogens in three different settings : (i) detection of a list of pathogens using real-time quantitative PCR on a microfluidic platform, (ii) unbiased detection of pathogens in complex matrix, using metagenomics and Illumina (Miseq) sequencing and (iii) genotyping of pathogens without isolation of PCR-enrichment using a 3rd generation NGS (Next Generation Sequencing) platform MinION from Oxford Nanopore Technologies. The three studies shown the contribution of these techniques, each representing distinctive features, suitable for the respective applications. Beyond application of these techniques to the field of microbial diagnostics, their use for the control of veterinary immunological drugs is a priority of this project. Veterinary vaccines are not only submitted to mandatory detection of listed pathogens to be excluded, but also to validation of the genetic identity of vaccine strains. The exponential availability and performances of new PCR or sequencing technologies open cutting-edge perspectives in the field of microbial diagnostic and control.
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Diffusion des pestes aviaires dans les petits élevages familiaux des hauts plateaux malgaches. / Diffusion of Avian influenza and Newcastle disease in smallholder farming systems, Madagascar highlands.

Rasamoelina Andriamanivo, Harentsoaniaina 13 December 2011 (has links)
La maladie de Newcastle (MN) et l'influenza aviaire (IA) sont des maladies virales d'importances majeures. L'aviculture malgache est dominée par de petits élevages familiaux. Plusieurs facteurs de risque d'IA et de MN décrits dans la littérature sont présents à Madagascar. Les objectifs de cette thèse sont de déterminer les facteurs de risque associés à la transmission des virus de la MN et de l'IA ; d'évaluer leur niveau de circulation et leur incidence clinique ; d'étudier le rôle des circuits de commercialisation des volailles dans leur diffusion et de proposer des mesures de surveillance adaptées.Les sites d'étude étaient Antananarivo et son pourtour, et le Lac Alaotra. Une étude exploratoire des facteurs de risque a été effectuée, suivie d'une.surveillance épidémiologique événementielle et d'une épidémiologie participative pour estimer l'incidence clinique des maladies. Le rôle des circuits commerciaux a été évalué par des méthodes d'analyse de réseaux sociaux.La circulation des 2 virus était plus importante au Lac Alaotra, caractérisé par les rizières, les eaux de surface et les palmipèdes. Les élevages de basse-cour et les élevages de poulets à haut niveau relatif de protection sanitaire étaient les plus à risque à la MN Antananarivo. Leurs profils de facteurs de risque étaient l'absence de mesure de biosécurité et un contact avec plusieurs marchés pour le premier ; et une densité élevée, les visites des auxiliaires d'élevage et des collecteurs d'œufs et un contact avec d'autres acteurs pour le second. Il n'y a pas de circulation d'IAH, la MN est la maladie dominante avec un taux de mortalité de 44%. Le rôle du circuit de commercialisation a été confirmé. Les villages ayant les plus fortes connexions commerciales étaient les plus exposés à la MN mais constituaient aussi des super-diffuseurs de virus. L'association de plusieurs méthodes de surveillance a été discutée pour en améliorer la sensibilité, la faisabilité pratique et l'efficacité. / Newcastle disease (ND) and avian influenza (AI) are major poultry viral diseases. Poultry production in Madagascar is dominated by smallholder family system. Several risk factors for both diseases described in the literature are present in Madagascar: The objectives of this thesis were to determine the risk factors associated with transmission of AI and ND viruses; evaluate the intensity of their transmission and their clinical incidence; study the role of poultry trade network in their spread and suggest surveillance adapted to local conditions.Study sites were: Antananarivo and its surrounding and the Lake Alaotra. An exploratory study of risk factors was carried out. Passive surveillance and participatory surveys were combined to assess the incidence and clinical impact of AI and ND. The role of poultry-trade network was assessed using social network analysis methods. Higher circulating level for both viruses was observed in Lake Alaotra which is characterized by large paddy fields and surface water, and a high density of domestic waterfowl. At the farm level, backyard chicken and chicken farms with some biosecurity awareness were associated with higher risk of ND in Antananarivo. Risk factors associated with them were lack of biosecurity measures and contact with many markets for the former, and a high density of poultry, high exposition to the visits of animal health workers, egg collectors and multiple interactions with other poultry stakeholders for the second. There was no evidence of HPAI circulation The major infection was ND with an overall mortality rate of 44%, within observed outbreaks. The role of poultry trade in the spread of these viruses was confirmed. Villages with the highest commercial connections were the most exposed to ND. They were also super-spreaders of these viruses. The relevance of the specific combination of several methods of surveillance was discussed to improve their sensitivity, practical implementation, and effectiveness.
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Mathematical modelling of the infectious spread of avian influenza on a backyard chicken production chain in Thailand / Modélisation mathématique de la propagation de l'influenza aviaire dans une filière de poulets de basse-cour en Thaïlande

Wiratsudakul, Anuwat 26 June 2014 (has links)
L’Influenza Aviaire Hautement Pathogène H5N1 (IAHP à H5N1) a été déclaré en Thaïlande lors de plusieurs vagues épidémiques puis lors de cas sporadiques entre 2004 et 2008, et le risque persiste encore en Thaïlande. La plupart des foyers confirmés d’IAHP à H5N1 en Thaïlande ont eu lieu dans les populations de volailles de basse-cour. Les poulets de basse-cour sont élevés pour de nombreuses raisons, y compris pour un revenu supplémentaire. Ce commerce est géré informellement par les collecteurs de volailles qui peuvent être classés en collecteur-abatteur (TS), sous-collecteur (HT) et collecteur de collecteurs (TT). Ces collecteurs se déplacent entre villages avec les mêmes véhicules et matériel non nettoyés. Nous avons mesuré leurs activités commerciales dans l'espace et le temps. Nous avons développé un modèle spatial dynamique compartimental et stochastique de la filière de poulet de basse-cour dans une province. Nos résultats indiquent que ces échanges commerciaux peuvent contribuer à la propagation d’IAHP à H5N1 grâce au chevauchement des zones de collecte et aux distances parcourues. Des variations temporelles ont été observées lors de certaines grandes fêtes rituelles tel le Nouvel An chinois. Nous avons développé un modèle SIR couplé au modèle de la filière de poulets. Nous avons supposé que la maladie peut se propager par deux moyens : localement entre villages voisins et par les échanges commerciaux. Nous avons utilisé ce modèle infectieux de base pour tester plusieurs mesures de contrôle connexes. Nos résultats suggèrent que lors d’un foyer une interdiction totale et rapide de tous les échanges de volailles devrait être mise en oeuvre ainsi qu’une campagne de désinfection. / Highly pathogenic avian influenza H5N1 (HPAI H5N1) was recognized in Thailand by multiple epidemic waves and some sporadic cases between 2004 and 2008 but the risk of disease remerging in Thailand still remains up to present. Most of HPAI H5N1 confirmed outbreaks in Thailand occurred in backyard chicken populations. Backyard chickens are reared for many purposes including for additional cash income. Backyard chicken trade is informally managed by poultry traders which can be categorized into trader–slaughterhouse (TS), household trader (HT) and trader of trader (TT). These traders roam around different villages with the same unclean vehicle and facilities. Thus, their trade patterns in space and time are necessary to be elaborately studied. In our study, we developed a spatial compartmental stochastic dynamic model of backyard chicken trade network in a province of Thailand. Our model results indicated that the structure of poultry networks may contribute to HPAI H5N1 spread through overlapped catchment areas and long distance trades. Also, temporal variations of live poultry movements were observed during some major ritual festivals especially Chinese New Year. Subsequently, we developed an SIR model upon the dynamic model of backyard chicken trade network. It was assumed in this study that the disease can spread by two means: local spread to neighboring uninfected villages and spread by poultry traders. Then, we used this baseline infectious model to test multiple related control measures. Our ultimate results suggested that a complete ban of all poultry traders should be promptly implemented with poultry area disinfection campaign once the outbreak occurs.
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Spatial ecology of the persistence and spread of highly pathogenic avian influenza, H5N1 in Southern China / Ecologie spatiale contribuant à la persistence et la diffusion de la grippe aviaire hautement pathogène, souche H5N1, en Chine du Sud

Martin, Vincent 09 January 2012 (has links)
Les travaux de recherche effectués dans le cadre de cette thèse ont été guidés par le manque d’information et une compréhension limitée des mécanismes épidémiologiques à l’origine de l’émergence et de la diffusion de la grippe aviaire hautement pathogène, souche H5N1 en Chine du Sud, aussi reconnue comme l’épicentre potentiel de l’émergence des virus influenza aviaires à caractères pandémiques. <p>Dans ce cadre, des données spatio-temporelles relatives aux foyers de la maladie ainsi que des données de surveillance virologiques (isolement du virus effectué dans le cadre du système de surveillance nationale) ont été collectées sur une période de quatre ans et analysées afin d’éxplorer les facteurs de risque relatifs à l’émergence et persistence de la maladie dans certaine zones de production du sud de la Chine. Les analyses ainsi effectuées ont permis d’identifier, à travers l’utilisation de méthodes statistiques robustes ayant fait leur preuve dans le domaine de la santé ou de l’écologie (la régression logistique classique et les arbres de regression logistique), des facteurs de risque liés à certains types de production de volailles (canards élevés en plein air, zones riches en eau et par extension associées à la riziculture) ou des facteurs associés à l’activité humaine. A travers une représentation cartographique des facteurs ainsi identifiés, des cartes de risque ont été produites permettant ainsi de visualiser d’une part les zones à haut risque de persistence de l’infection virale et d’autre part les zones vulnérables à l’apparition de foyers de la maladie, donnant aux autorités nationales la possibilité de mieux cibler leurs politiques de surveillance et de contrôle. <p>Dans un second temps, notre étude s’est portée sur les marchés à volailles traditionnels du sud de la Chine qui représentent un risque permanent de persistence, d’évolution et de diffusion des virus influenza aviaires, ainsi qu’un risque important en matière de santé publique. La dynamique de ces marchés et les liens qui les unissent ont été étudiés à travers des outils d’analyse empruntés à la sociologie tels que l’Analyse des Réseaux Sociaux (Social Network Analysis). Grace à cette approche, l’importance de l’hygiène de ces marchés et notamment du nettoyage et de la désinfection des cages dans la persistence du virus a été mise en évidence. Enfin, des enquêtes effectuées auprès des vendeurs de volailles ont permis d’identifier l’origine et la destination des animaux vendus et de reconstruire des réseaux plus ou moins intriqués de liens commerciaux qui unissent ces marchés entre eux dans trois provinces du sud de la Chine. L’analyse de ces réseaux et de leurs configurations ont permis d’identifier des marchés à plus haut risque de persistence de l’infection du fait de leur position centrale au sein de ces réseaux. De même qu’il est indispensable de cibler la surveillance et le contrôle de la maladie dans des zones écologiquement favorables à la persistence des virus influenza aviaires, cette étude révèle l’importance de certaines pratiques hygiéniques et commerciales dans la persistence de la maladie et la nécessité de cibler la surveillance et le contrôle au niveau de certains de ces marchés situés au centre d’un réseau dense et connecté, pour pouvoir in fine mieux contrôler la maladie au niveau national.<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Evaluation des effets analgésiques du meloxicam après des chirurgies orthopédiques chez le pigeon (Columba livia)

Desmarchelier, Marion 12 1900 (has links)
L’évaluation de la douleur chez les oiseaux est difficile, puisque la plupart se comportent comme des proies et ont tendance à masquer tout signe extérieur de douleur. Les doses et les drogues utilisées pour traiter la douleur des oiseaux sont la plupart du temps basées sur une extrapolation d’autres espèces, ainsi que sur l’expérience clinique. Peu d’études de pharmacocinétique, d’efficacité et de toxicité sont disponibles dans la littérature. La plupart des études rapportées utilisent des stimuli nociceptifs éloignés des douleurs cliniques, comme les stimuli électriques ou thermiques, qui sont difficilement extrapolables à des situations rencontrées en pratique. L’objectif de notre projet était d’évaluer les effets analgésiques de deux doses de meloxicam chez le pigeon à l’aide d‘un modèle de fracture du fémur. La douleur post-opératoire a été évaluée pendant les quatre premiers jours suivant la chirurgie par trois méthodes : le suivi du poids porté sur la patte opérée comparativement à l’autre patte, quatre différentes échelles descriptives de douleur et la réalisation d’éthogrammes à l’aide d’enregistrements vidéo. L’administration de 0,5 mg/kg PO q12h de meloxicam n’a pas permis de réduire significativement les indicateurs de douleur mesurés comparativement à un groupe témoin recevant de la saline. Les pigeons ayant reçu 2 mg/kg PO q12h de meloxicam ont montré une réduction significative des indicateurs de douleur mesurés par les différentes méthodes. Nos résultats suggèrent que l’administration de 2 mg/kg PO q12h aux pigeons suite à une chirurgie orthopédique procure une analgésie supérieure aux doses actuellement recommandées dans la littérature. / Pain assessment is especially difficult in avian species, since many birds behave as prey and do not show any external signs of distress. Choice of drugs and dosages used in clinical practice are most of the time based on extrapolation from other species and clinical experience. Few pharmacokinetic, efficacy or toxicity research studies are available in the literature. Most of these studies used noxious stimuli, such as electric or thermal stimuli, and results are therefore difficult to extrapolate to clinical pain. The objective of our project was to study the analgesic efficacy of two dosages of meloxicam in pigeons, using a femoral fracture pain model. Postoperative pain was assessed during the first four postoperative days by three different methods: weight bearing load on the fractured limb versus the controlateral limb, four different descriptive pain scales and ethogram realization based on video recordings. Administration of 0.5 mg/kg PO q12h of meloxicam did not show any reduction in the measured level of pain compared to the control group that received saline. However, pigeons that received 2 mg/kg PO q12h showed a significant decrease in their pain levels, with the three different pain assessment methods. Our results suggest that 2 mg/kg can provide a superior level of analgesia compared to the dosages recommended in the current literature, for pigeons that have undergone an orthopedic surgery.
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Étude cas-témoins de l'épisode d'influenza aviaire hautement pathogène (H7N3) en Colombie-Britannique en 2004 utilisant des scores de biosécurité comme mesure de risque

Doucet, Annie January 2008 (has links)
Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.
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Sexage et phylogénie, à partir des gènes CHD (-Z et -W) et COX-1, des oiseaux de proie du Québec et de perroquets d’attrait vétérinaire

Gilbert, Karol'Ann 02 1900 (has links)
Connaître le sexe d’un oiseau est important pour divers domaines notamment pour les vétérinaires, les écologistes ainsi que pour les éleveurs d’oiseaux qui veulent former des couples qui serviront à la reproduction. Plusieurs espèces d’oiseaux, juvéniles et adultes, n’ont pas de dimorphisme sexuel. L’utilisation de l’ADN est une façon rapide de déterminer le sexe à partir d’un échantillon de sang, de muscle, de plumes ou de fèces. Par contre, la méthode devrait être validée pour chaque espèce et idéalement, standardisée. Le premier objectif de cette étude est de développer une méthode de sexage par séquençage des oiseaux à partir des séquences du gène CHD, en utilisant les oiseaux de proie et les perroquets vus en clinique au Québec. Un deuxième objectif est de faire l’identification de l’espèce à sexer, à partir du gène mitochondrial COX-1 et aussi à partir des séquences CHD-Z et CHD-W, utilisés pour le sexage. Un troisième objectif est d’évaluer les séquences sorties (CHD-Z, CHD-W et COX-1) en vue d’une étude phylogénique. Une extraction d’ADN a été effectuée chez 27 espèces de perroquets, 34 espèces d’oiseaux de proie, une corneille (Corvus brachyrhynchos) et un poulet (Gallus gallus). Une amplification par PCR a été exécutée pour les exons partiels 23 et 24 du gène CHD. Le séquençage de cet amplicon permettait de savoir s’il s’agissait d’un mâle (séquence simple CHD-Z) ou d’une femelle (séquences CHD-Z et CHD-W qui se chevauchent). Afin d’avoir des séquences CHD-W distinctes, un sous-clonage a été fait chez les femelles de chaque espèce. De cette manière, les séquences partielles du gène CHD, Z et W, ont été trouvées pour les espèces échantillonnées. Une étude phylogénique a été effectuée avec les séquences de COX-1, CHD-Z et CHD-W grâce au site « Clustal-Omega ». La méthode de sexage des oiseaux par séquençage du gène CHD est standard et efficace. Le gène COX-1 permet une meilleure identification des espèces parentes et le gène CHD-Z est le plus utile pour étudier la phylogénie profonde. / Knowing the sex of a bird is important for many disciplines, notably for veterinary, ecological and evolutionary studies, not to mention for bird breeders who need to form pairs for reproduction. For many species of birds, juveniles and adults do not display a sexual dimorphism. The use of DNA, derived from a sample of blood, muscle, feathers or feces, is a rapid method to determine a bird’s sex. However, this method must be validated for each species, and ideally, standardised. The first objective of this work was to develop a method of sexing birds by sequencing portions of their CHD gene, for birds of prey and parrots seen in veterinary clinics in Quebec. A second objective was to identify the species being sexed, first of all using the mitochondrial gene COX-1, and second of all using the CHD-Z and CHD-W sequences used for sexing. The third objective of these studies was to evaluate the sequences obtained (CHD-Z, CHD-W and COX-1) for performing phylogenetic studies. DNA was extracted from 27 species of parrots, 34 species of birds of prey, from one species of crow (Corvus brachyrhynchos) and from the chicken (Gallus gallus). A PCR amplification was performed for partial exons 23 and 24 of the CHD gene. Sequencing this amplicon resulted in simple CHD-Z sequences for a male and overlapping CHD-Z and CHD-W sequences for a female, allowing sexing of the bird. In order to obtain distinct CHD-W sequences, a sub-cloning was performed for females of each species. In this fashion, partial sequences of the CHD gene, both -Z and –W, were generated for the species studied. A phylogenetic study was performed using COX-1, CHD-Z and CHD-W sequences and the site “Clustal-Omega”. The method of sexing birds by sequencing was found to be standard and efficient. The COX-1 gene permitted a better resolution of closely related species, while the CHD-Z gene was the most useful for estimating deep phylogenetic relationships.
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Épidémiologie moléculaire des virus de l'influenza aviaire et de la maladie de Newcastle en Afrique de l'Ouest, en Afrique Centrale et au Luxembourg / Molecular epidemiology of avian influenza virus and Newcastle disease virus in West and Central Africa and in Luxembourg

Snoeck, Chantal 14 December 2012 (has links)
La viande de volaille et les oeufs constituent une source de protéines bon marché mais la production avicole est menacée par deux maladies virales, la grippe aviaire hautement pathogène et la maladie de Newcastle, ayant des implications économiques et de santé publique à travers le monde. L'introduction du virus de l'influenza aviaire (AIV) hautement pathogène H5N1 en Afrique en 2006 a souligné la nécessité d'une meilleure compréhension d'AIV en Afrique. Grâce à des études de surveillance, nous avons constaté que le virus H5N1 ne circulait plus après 2008 en Afrique subsaharienne. Toutefois, les analyses phylogénétiques réalisées sur le génome de virus faiblement pathogènes H5N2 trouvés chez des oiseaux sauvages au Nigeria ont révélé des caractéristiques de virus réassortants. La similitude d'un gène avec ceux trouvés dans d'autres virus d'Afrique australe renforce l'idée qu'AIV est capable de persister et circuler en Afrique. Nous avons également montré que de nouvelles souches virulentes du virus de la maladie de Newcastle (NDV) constituent la majorité des souches détectées. Leur distance génétique par rapport aux autres souches de NDV connues, leur diversité génétique et leur dispersion géographique suggèrent que ces souches ont probablement évolué localement, circulent depuis un certain temps dans la région et que le commerce et le mouvement d'animaux ont contribué à leur propagation. Nos résultats suggèrent également que la contribution des oiseaux sauvages à la dispersion des souches virulentes du NDV est probablement limitée. Au Luxembourg cependant, les oiseaux sauvages pourraient être un acteur important pour l'introduction du NDV / Poultry meat and eggs constitute one of the cheap sources of protein around the world but poultry production is threatened by two main viral diseases, highly pathogenic avian influenza and Newcastle disease, with economic and public health implications worldwide. The introduction of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in Africa in 2006 highlighted the necessity of a better understanding of avian influenza virus (AIV) in Africa. Through surveillance studies, we found that H5N1 virus was not circulating anymore in sub-Saharan Africa after 2008. However, phylogenetic analyses performed on the genome of low pathogenic H5N2 viruses found in wild birds in Nigeria revealed that they were reassortants. The similarity of one gene to those found in other AIV viruses from Southern Africa strengthened the hypothesis that AIV may actually persist and circulate in Africa. We have shown that new virulent strains of Newcastle disease virus (NDV) constituted the majority of the strains detected. Their genetic distance compared to other NDV strains, their genetic diversity and their geographic dispersion in West and Central Africa suggested that these strains probably evolved locally, that they circulated for some time in the region and that trade and movement of animals likely contributed to their spread. Our findings also suggested that the contribution of wild birds to the dispersion of virulent strains of NDV was probably limited. In Luxembourg however, wild birds may be an important player for the introduction of NDV strains
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Etude de la transmission du virus influenza au sein de populations d'Anatidae / The transmission of avian influenza virus inside an anatidea population

Mamlouk, Aymen 20 December 2011 (has links)
Les virus influenza A ont suscité à partir de l’année 1997 un intérêtsanitaire et économique mondial considérable après l’émergence d’une formehautement pathogène d’un virus influenza aviaire H5N1. Cette épizootie a misen évidence le danger majeur que constitue la proximité entre espècessensibles sauvages et domestiques. En effet, pouvant présenter lescaractéristiques de réservoirs de ces virus, les canards étaient les plussoupçonnés de transmettre l’infection, grâce à une pratique migratoireimportante et d’un portage asymptomatique fréquent. Ce portage associe dans la plupart des cas des virus faiblement pathogènesde sous-types multiples. Ces virus peuvent se transmettre aux volaillesdomestiques et émerger en épizootie à virus hautement pathogène dans le casparticulier des sous-types H5 et H7. Ces épizooties peuvent avoir desconséquences économiques considérables, avec une mortalité avoisinant les100%, et sanitaire avec un possible passage à l’homme. Notre projet vise à caractériser l’infection et la transmission des virusinfluenza faiblement pathogènes, après inoculation expérimentale à unepopulation de canards de surface et plongeurs. Il répond également à lanécessité d’établir des méthodes de surveillance des virus influenzaaviaires à l’arrivé des oiseaux migrateurs dans des zones humides à richepatrimoine ornithologique, et situées à proximité de régions à fortpotentiel en matière de production avicole (La Dombes comme exemple). / Since 1997, influenza A viruses has given rise to great sanitary andeconomic interest after the emergence of a highly pathogenic subtype ofavian influenza virus H5N1. This epizooty underlined the threat that couldbe the closeness of wild and domestic birds. Ducks which were actuallyshowing reservoirs characteristics were suspected to pass on the virusthanks to their migratory habits and asymptomatic porterage.This porterage mostly involves low pathogenic viruses of numerous subtypes.Those viruses could be transmitted to domestic poultries and emerge, in thecase of H5 and H7 subtypes, in a viral highly pathogenic epizooty. Thoseepizooties may have major economic (average 100% mortality) and sanitary(possible transmission to humans) consequences.Our study aims to characterize the infection and the transmission of lowpathogenic avian influenza viruses, after experimental inoculation tosurface and diving ducks. It suggests setting up epidemiologic surveillancemethods of avian influenza viruses after the arrival of migratory birds inmost important wetlands, which are close to major poultry breeding regions(The Dombes for instance).
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Evaluation des effets analgésiques du meloxicam après des chirurgies orthopédiques chez le pigeon (Columba livia)

Desmarchelier, Marion 12 1900 (has links)
L’évaluation de la douleur chez les oiseaux est difficile, puisque la plupart se comportent comme des proies et ont tendance à masquer tout signe extérieur de douleur. Les doses et les drogues utilisées pour traiter la douleur des oiseaux sont la plupart du temps basées sur une extrapolation d’autres espèces, ainsi que sur l’expérience clinique. Peu d’études de pharmacocinétique, d’efficacité et de toxicité sont disponibles dans la littérature. La plupart des études rapportées utilisent des stimuli nociceptifs éloignés des douleurs cliniques, comme les stimuli électriques ou thermiques, qui sont difficilement extrapolables à des situations rencontrées en pratique. L’objectif de notre projet était d’évaluer les effets analgésiques de deux doses de meloxicam chez le pigeon à l’aide d‘un modèle de fracture du fémur. La douleur post-opératoire a été évaluée pendant les quatre premiers jours suivant la chirurgie par trois méthodes : le suivi du poids porté sur la patte opérée comparativement à l’autre patte, quatre différentes échelles descriptives de douleur et la réalisation d’éthogrammes à l’aide d’enregistrements vidéo. L’administration de 0,5 mg/kg PO q12h de meloxicam n’a pas permis de réduire significativement les indicateurs de douleur mesurés comparativement à un groupe témoin recevant de la saline. Les pigeons ayant reçu 2 mg/kg PO q12h de meloxicam ont montré une réduction significative des indicateurs de douleur mesurés par les différentes méthodes. Nos résultats suggèrent que l’administration de 2 mg/kg PO q12h aux pigeons suite à une chirurgie orthopédique procure une analgésie supérieure aux doses actuellement recommandées dans la littérature. / Pain assessment is especially difficult in avian species, since many birds behave as prey and do not show any external signs of distress. Choice of drugs and dosages used in clinical practice are most of the time based on extrapolation from other species and clinical experience. Few pharmacokinetic, efficacy or toxicity research studies are available in the literature. Most of these studies used noxious stimuli, such as electric or thermal stimuli, and results are therefore difficult to extrapolate to clinical pain. The objective of our project was to study the analgesic efficacy of two dosages of meloxicam in pigeons, using a femoral fracture pain model. Postoperative pain was assessed during the first four postoperative days by three different methods: weight bearing load on the fractured limb versus the controlateral limb, four different descriptive pain scales and ethogram realization based on video recordings. Administration of 0.5 mg/kg PO q12h of meloxicam did not show any reduction in the measured level of pain compared to the control group that received saline. However, pigeons that received 2 mg/kg PO q12h showed a significant decrease in their pain levels, with the three different pain assessment methods. Our results suggest that 2 mg/kg can provide a superior level of analgesia compared to the dosages recommended in the current literature, for pigeons that have undergone an orthopedic surgery.

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