Orientador: Nelson Arno Wulff / Banca: Priscila Alves da Silva / Banca: Andrea Soares da Costa Fuentes / Resumo: O Huanglongbing (HLB) é a doença mais devastadora dos citros. No Brasil, o HLB está associado a presença de "Candidatus" Liberibacter asiaticus (Las) e Ca. L. americanus (Lam), ambas transmitidas pelo psilídeo Diaphorina citri. O sequenciamento e anotação dos profagos SC1 e SC2 no genoma de Las, identificou uma possível bacteriocina do tipo colicina Ia em SC1, e uma possível proteína de imunidade a colicina em SC2. Lam apresenta profagos similares no seu genoma, porém SP2 é degenerado, sem proteína de imunidade. Como houve uma inversão notável na ocorrência de Las em relação à Lam no Brasil, com o predomínio atual de Las, a presença de ambos os profagos pode conferir uma vantagem adaptativa a Las pela atividade da bacteriocina. Adicionalmente, Las tem lisozimas cromossômicas e de profago, que também podem estar envolvidas em competição bacteriana. A incapacidade de cultivo axênico de Las e Lam requer o uso de sistemas heterólogos para estudos funcionais. Genes com potencial envolvimento na biologia do profago e na competição bacteriana, como as colicinas e lisozimas foram avaliados. As lisozimas CLIBASIA_04790 e ED07_RS0204515, obtidas dos isolados de Las 3PA e Las 4PA, e as colicinas SC1_gp060 e lam_678 obtidas de isolados de Las 2PA, Las Poona e Lam São Paulo foram clonadas em vetor de expressão pET28a e superexpressas em E. coli BL21 (DE3). O crescimento destas bactérias, mensurado pelas médias dos valores de absorbância (OD600), mostraram efeito tóxico das construções com... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Huanglongbing (HLB) is the most devastating disease of citrus. In Brazil, HLB is associated with the presence of "Candidatus" Liberibacter asiaticus (Las) and Ca. L. americanus (Lam), both transmitted by psyllid Diaphorina citri. Sequencing and annotation of prophages SC1 and SC2 in the genome of Las, reveals the presence of a putative bacteriocin, colicin Ia in SC1, while in SC2 a possible colicin immunity-protein was found. Lam has similar prophages in the genome, though SP2 is degenerated, without immunity gene. As there was a striking inversion in the prevalence of Las in detriment of Lam, the presence of both prophages may confer an adaptative advantage to Las, due to the activity of the bacteriocin. Additionally, Las encodes both a chromosomal and phage lysozyme that may also be involved in bacterial competition. The inability of axenic cultivation of Las and Lam requires the use of heterologous systems for functional studies. Genes with potential involvement in prophage biology and bacterial competition, such as colicins and lysozymes, were evaluated. The lysozymes ORFs CLIBASIA_04790 and ED07_RS0204515, from Las isolates 3PA and Las 4PA, and the colicins SC1_gp060 and lam_678 obtained from isolates Las 2PA, Las Poona and Lam São Paulo were cloned into expression vector pET28a and superexpressed in E. coli BL21 (DE3) cells. The growth rate of these bacteria, measured by means of absorbance values (OD600), showed toxic effect of transformants expressing lysozymes, where... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:10Z : No. of bitstreams: 1 000868807_20170803.pdf: 1048307 bytes, checksum: 0dffab6c7285f2f758c8340bfb3f7e3b (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-07T14:09:10Z: 000868807_20170803.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-07T14:10:14Z : No. of bitstreams: 1 000868807.pdf: 3365386 bytes, checksum: ea272827c7ffe9fa7ea3385d0c22cf85 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) /Cas (CRISPR associated proteins) de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / FAPESP: 2011/11761-7

Orientador: Sergio Luis Felisbino / Resumo: O câncer de próstata (PCa) é o segundo tipo de câncer mais frequente e tem a segunda maior taxa de morbidade e mortalidade entre os homens. A cultura de células prostáticas LNCaP e PC3 tem sido utilizada para investigar possíveis alvos e vias de sinalização celular importantes para o crescimento e progressão do CaP. Trabalhos anteriores do nosso laboratório demonstraram que a presença de fibronectina no meio de cultura altera significativamente o padrão de expressão gênica dessas células. Também, bacteriófagos recentemente usados como agentes terapêuticos no tratamento de vários tipos de câncer, diretamente ou portadores de moléculas antitumorais, incluindo câncer de próstata, foram relatados. Estudos anteriores mostraram que bacteriófagos podem interagir com proteínas de membrana de células de mamíferos, incluindo integrinas que reconhecem sequências de RGD em proteínas virais, bem como fibronectina e outras moléculas da matriz extracelular. O objetivo deste projeto foi caracterizar a interação de três bacteriófagos com as duas linhagens celulares epiteliais prostáticas LNCaP e PC3. Estas duas linhas celulares foram cultivadas em seus meios de cultura, nos quais foram adicionados bacteriófagos com concentrações definidas. As células foram coletadas após 24 horas de tratamento. A expressão gênica de genes relacionados as vias integrinas ITGA5, ITGAV, ITGB1, ITGB3, ITGB5, AKT, PI3K, MAPK1, MAPK3, HSP27, HSP90, receptor de androgênio AR, STAT3, PGC1A foi analisada por qPCR. A a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Orientador: Raphael Lucio Andreatti Filho / Banca: Teresinha Knobl / Banca: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Resumo: O biofilme representa uma importante fonte de contaminação de alimentos, podendo estar presente em vários pontos da cadeia de processamento da carne de frango. O controle do biofilme na indústria alimentícia necessita de métodos alternativos, a fim de superar a resistência a desinfetantes comuns e garantir um alimento livre de resíduos químicos. Os objetivos deste estudo foram avaliar a influência das superfícies de inox, vidro e PVC sobre a formação de biofilmes de Salmonella spp. em diferentes momentos, e avaliar a ação lítica de um pool de bacteriófagos sobre biofilmes destas bactérias. A maioria das amostras foi classificada como fracas produtoras de biofilme, e os sorovares Heidelberg e Enteritidis apresentaram um número significativamente maior de amostras formadoras. As superfícies de inox e vidro favoreceram significativamente a formação de biofilme em três e cinco períodos, respectivamente. O pool de bacteriófagos reduziu a formação de biofilme nas superfícies de inox, vidro e PVC, e seu período de ação concentrou-se principalmente em 3h, porém estes resultados não foram estatisticamente significantes. Nossos achados sugerem que o sorovar e a superfície envolvidos podem interferir significativamente na produção de biofilme, porém através dos métodos utilizados neste estudo, não podemos confirmar a ação de bacteriófagos sobre biofilmes de Salmonella spp. nas superfícies de vidro, inox e PVC / Abstract: Biofilm is a major source of food contamination and may be present in various parts of the chicken meat processing chain. The control of biofilm in the food industry needs alternative methods in order to overcome resistance to disinfectants and ensure food free of chemical residues. The objective of this study was to evaluate the influence of the surfaces of stainless steel, glass and PVC in the biofilm formation by Salmonella spp. at different times and evaluate the action of a pool of bacteriophages against this bacterial biofilms. Most samples were classified as weak biofilm producers. Heidelberg and Enteritidis serotypes showed a significantly higher number of samples capable to produce biofilm. The surfaces of stainless steel and glass significantly favored the biofilm formation in three and five periods, respectively. The bacteriophage pool reduced biofilm formation on the surfaces of stainless steel, glass and PVC and its action period focused mainly at 3h. Our findings suggests that there is a difference in the production of biofilms by different serotypes of Salmonella spp., as well as significantly interference of the surfaces in the production of biofilms by this bacteria, however more studies should be conducted in order to characterize the bacteriophage action in the control of biofilms / Mestre

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:24:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-02. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:28:09Z : No. of bitstreams: 1 000849378.pdf: 472287 bytes, checksum: 106ccaa9a768ad6734e5c325b2277ff2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O biofilme representa uma importante fonte de contaminação de alimentos, podendo estar presente em vários pontos da cadeia de processamento da carne de frango. O controle do biofilme na indústria alimentícia necessita de métodos alternativos, a fim de superar a resistência a desinfetantes comuns e garantir um alimento livre de resíduos químicos. Os objetivos deste estudo foram avaliar a influência das superfícies de inox, vidro e PVC sobre a formação de biofilmes de Salmonella spp. em diferentes momentos, e avaliar a ação lítica de um pool de bacteriófagos sobre biofilmes destas bactérias. A maioria das amostras foi classificada como fracas produtoras de biofilme, e os sorovares Heidelberg e Enteritidis apresentaram um número significativamente maior de amostras formadoras. As superfícies de inox e vidro favoreceram significativamente a formação de biofilme em três e cinco períodos, respectivamente. O pool de bacteriófagos reduziu a formação de biofilme nas superfícies de inox, vidro e PVC, e seu período de ação concentrou-se principalmente em 3h, porém estes resultados não foram estatisticamente significantes. Nossos achados sugerem que o sorovar e a superfície envolvidos podem interferir significativamente na produção de biofilme, porém através dos métodos utilizados neste estudo, não podemos confirmar a ação de bacteriófagos sobre biofilmes de Salmonella spp. nas superfícies de vidro, inox e PVC / Biofilm is a major source of food contamination and may be present in various parts of the chicken meat processing chain. The control of biofilm in the food industry needs alternative methods in order to overcome resistance to disinfectants and ensure food free of chemical residues. The objective of this study was to evaluate the influence of the surfaces of stainless steel, glass and PVC in the biofilm formation by Salmonella spp. at different times and evaluate the action of a pool of bacteriophages against this bacterial biofilms. Most samples were classified as weak biofilm producers. Heidelberg and Enteritidis serotypes showed a significantly higher number of samples capable to produce biofilm. The surfaces of stainless steel and glass significantly favored the biofilm formation in three and five periods, respectively. The bacteriophage pool reduced biofilm formation on the surfaces of stainless steel, glass and PVC and its action period focused mainly at 3h. Our findings suggests that there is a difference in the production of biofilms by different serotypes of Salmonella spp., as well as significantly interference of the surfaces in the production of biofilms by this bacteria, however more studies should be conducted in order to characterize the bacteriophage action in the control of biofilms / FAPESP: 2013/07129-9

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-10Bitstream added on 2014-06-13T19:03:31Z : No. of bitstreams: 1 goncalves_gam_dr_botfmvz.pdf: 987293 bytes, checksum: 2f6198976c5d2283c70f3a12e6471c43 (MD5) / Apesar do avanço tecnológico da avicultura no Brasil e no mundo, as salmoneloses ainda são um fator limitante do sistema de criação. Os sorotipos Enteritidis e Typhimurium de Salmonella enterica subespécie enterica são os principais responsáveis por infecções em aves e nos homens, onde um ponto crítico no ciclo para ocorrência de infecções humanas se dá durante o abate de lotes contaminados durante o processamento causando uma contaminação cruzada dos subprodutos avícolas durante o processamento industrial. No presente estudo tratamos com fagoterapia por gavagem em aves em jejum no período de pré-abate (analisando cecos e inglúvio) e por imersão da carcaça, recortes e ovos contaminados com S. Enteritidis (SE). Ao término do estudo a fagoterapia por gavagem proporcionou a redução (P<0,01) da contagem de SE nos cecos das aves e eliminou a contaminação ingluviana; o uso da fagoterapia por imersão também proporcionou a redução (P<0,01) da contaminação por SE em carcaça e recortes de frangos e eliminou a contaminação do agente na casca de ovos. Observamos também que o tratamento combinado do coquetel contendo bacteriófagos isolados de diferentes origens não apresentou resultados melhores do que o contendo bacteriófagos de mesma origem e que os bacteriófagos isolados de água residual hospitalar apresentaram melhor desempenho nos experimentos / Not available

Orientador: Raphael Lucio Andreatti / Banca: Adriano Sakai Okamoto / Banca: João Pessoa Araújo Júnior / Banca: José Fernando Machado Menten / Banca: Terezinha Knobl / Resumo: Apesar do avanço tecnológico da avicultura no Brasil e no mundo, as salmoneloses ainda são um fator limitante do sistema de criação. Os sorotipos Enteritidis e Typhimurium de Salmonella enterica subespécie enterica são os principais responsáveis por infecções em aves e nos homens, onde um ponto crítico no ciclo para ocorrência de infecções humanas se dá durante o abate de lotes contaminados durante o processamento causando uma contaminação cruzada dos subprodutos avícolas durante o processamento industrial. No presente estudo tratamos com fagoterapia por gavagem em aves em jejum no período de pré-abate (analisando cecos e inglúvio) e por imersão da carcaça, recortes e ovos contaminados com S. Enteritidis (SE). Ao término do estudo a fagoterapia por gavagem proporcionou a redução (P<0,01) da contagem de SE nos cecos das aves e eliminou a contaminação ingluviana; o uso da fagoterapia por imersão também proporcionou a redução (P<0,01) da contaminação por SE em carcaça e recortes de frangos e eliminou a contaminação do agente na casca de ovos. Observamos também que o tratamento combinado do coquetel contendo bacteriófagos isolados de diferentes origens não apresentou resultados melhores do que o contendo bacteriófagos de mesma origem e que os bacteriófagos isolados de água residual hospitalar apresentaram melhor desempenho nos experimentos / Abstract: Not available / Doutor

Orientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Coorientador: Alexandre Secorun Borges / Banca: Vera Lúcia Mores Rall / Banca: João Pessoa Araújo Junior / Banca: Aline Maria da Silva / Banca: Mario Henrique de Barros / Resumo: Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR ("clustered regularly interspaced short palindromic repeats") /Cas ("CRISPR associated proteins") de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Abstract: Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / Doutor