O armazenamento de saliva para avaliação da microbiota bucal muitas vezes é necessário, principalmente em estudos epidemiológicos. O objetivo desse estudo foi avaliar a viabilidade e a variabilidade da microbiota bucal, de amostras de saliva armazenadas em temperaturas de -20ºC e em nitrogênio liquido (N2L), após 3 e 10 meses. Uma alíquota de cada amostra de saliva estimulada, usando goma de mascar sem açúcar, foi processada em até 45 minutos após a sua coleta. As amostras foram armazenadas seguindo três métodos diferentes: no primeiro método, as amostras de saliva foram preparadas com glicerol 10% (G) e mantidas a -20ºC durante 8 horas e então armazenadas em botijão com N2L; no segundo foi utilizado o mesmo protocolo, porém, sem glicerol; no terceiro método as alíquotas foram preparadas com glicerol 10% e mantidas a -20ºC. Após semeadura das amostras e incubação o número de unidades formadoras de colônias (UFC) foi determinado e uma média de 30 colônias de cada amostra foi identificada por meio de provas bioquímicas. Não houve diferença significativa na contagem de UFC/mL das amostras processadas imediatamente após a coleta (2,1 x 107 UFC/mL) e após 3 meses de armazenamento em N2L (G) (4,5 x 106 UFC/mL), N2L (1,6 x 106 UFC/mL), e -20ºC (2,2 x 106 UFC/mL). Porém, após 10 meses de preservação em N2L (G) (4,5 x 105 UFC/mL), e N2L (2,3 x 105 UFC/mL), observou-se uma redução (p=0.0183) do número de UFC/mL em comparação com a avaliação inicial. Não houve diferença significativa no número de UFC nas amostras armazenadas com e sem crioprotetor. A determinação da variabilidade da microbiota bucal mostrou que as bactérias presentes nas amostras frescas dos gêneros Streptococcus, Staphylococcus e Bacillus mantiveram-se nos diferentes tempos de avaliação, mesmo que em diferentes concentrações. Baseado nos resultados obtidos pode-se sugerir que preservação de saliva a -20ºC e a -196ºC, são métodos de armazenamento eficazes, para avaliação da microbiota bucal, por um período de 3 e 10 meses. / Saliva storage for oral microbiota evaluation often is required, especially in epidemiologic studies. The aim of the present study was to assess the effects of different storage methods upon viability and the variability of the oral microbiota in saliva samples. One aliquot of each saliva sample was processed until 45 minutes after collection. Saliva was stimulated using chewing gum sugar free. The samples were storage following three different methods: in the first method, aliquots of saliva were mixed with glycerol 10% (G) and maintained at -20ºC for 8 hours and then stored in N2L; the second followed the same protocol without glycerol; and in the third method aliquots were prepared with glycerol 10% and maintained at -20ºC. From each sample the number as the colony-forming units (CFU/mL) was determined and 30 colonies were chosen and cells were identified by biochemical assays. There was not statistically significant difference on the number of CFU/mL of samples processed immediately after de collection and after 3 months as storage. However, after 10 months of storage in N2L, there was a decrease in the number of CFU/mL (p=0.0183) in comparison with the initial evaluation, and the number of CFU/mL in the samples stored with and without glycerol did not showed statistically significant difference. Although in different percentages of cell number, the oral microbiota variability evaluation showed that Streptococcus, Staphylococcus and Bacillus were maintained in the different times of evaluation. Based on our results, it is possible to suggest that the preservation of saliva in -20ºC and -196ºC are efficient storage methods for oral microbiota evaluation for a period of 3 and 10 months.

Resumo não disponível.

A ema (Rhea americana) é uma ave silvestre que habita o sudeste da América do Sul e tem sido criada em fazendas pela sua carne e penas. O comércio de carne de emas só é permitido de animais provenientes de criadouros comerciais regularizados junto ao IBAMA e abatido em frigoríficos legalizados. A presente tese teve como objetivo a pesquisa de Salmonella sp. em materiais oriundos de emas abatidas no Rio Grande do Sul. Coletaram-se um total de 70 aves aleatoriamente dentro de seis lotes distintos respeitando um mínimo de 10% do lote, no período de setembro a outubro de 2004. De todas as aves eram amostrados o conteúdo cecal e fígado para a detecção de Salmonella. De 26 aves, coletaram-se, ainda, suabe cloacal. Além disso, sangue de todas as 70 aves para exames sorológicos. Foram realizados para a pesquisa de Salmonela sp. exames bacteriológicos, de reação em cadeia da polimerase e sorológicos. Os resultados foram apresentados em cinco trabalhos distintos. No primeiro, se preconizou a padronização da técnica de sorologia rápida em soro de suíno utilizando-se uma amostra de S. Typhimurium isolada de ema, para a posterior utilização desta técnica nos soros coletados neste experimento. Foram testadas 60 amostras de soro suíno, sendo 30 sororreagentes e 30 não-reagentes no teste padrão de ELISA. Com o soro não diluído, determinou-se que a SAR exibiu sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo iguais a 96,7%, demonstrando que a soroaglutinação rápida, usando como antígeno Salmonella Typhimurium, é um teste de triagem eficaz para a detecção de anticorpos contra este patógeno em soro de suínos, apresentando alta sensibilidade, especificidade e valor preditivo positivo O segundo trabalho teve como objetivo identificar animais portadores de Salmonella sp. a partir de amostras de fígado, conteúdo cecal e suabe cloacal de emas (Rhea americana) ao abate e comparar o método bacteriológico padrão (MBP) com a soroaglutinaçao rápida utilizando S. Typhimurium como antígeno. Verificou-se isolamento de Salmonella sp. em 66 (94,2%) aves, sendo 60 (85,7%) em amostras de fígado, 42 (60%) em conteúdo cecal e 11 (42,3%) em suabe cloacal. Das 114 linhagens de salmonelas isoladas, identificaram-se 19 (16,6%) como S. enterica enterica rugosa, 41 (35,9%) como S. Typhimurium, 53 (46,5%) como S. Newport e uma amostra (0,9%) como S. Anatum. O terceiro trabalho relatou a detecção de Salmonella Anatum em uma amostra de fígado de ema. O quarto comparou o método bacteriológico para isolamento de Salmonella sp. e a reação em cadeia da polimerase. Os resultados obtidos demonstraram que a PCR detectou Salmonella sp. em um maior número de amostras provenientes de emas (Rhea americana) do que o MBP, concordando com resultados encontrados em outras espécies. Finalmente, no quinto estudo foi avaliada a resistência a antimicrobianos de 64 amostras de Salmonella Typhimurium isoladas. Observou-se resistência contra sulfonamida (73,44%), ácido nalidíxico (1,56%) e cefaclor (1,56%). Salienta-se o ineditismo dos trabalhos apresentados devido à pouca bibliografia na área de sanidade da produção de emas. / Greater Rhea (Rhea americana) is a southern South American native wild bird, which is breed in captivity for its feathers and meat. Commercialization of the Greater Rhea's meat is only allowed of animals deriving from commercial breeders who are regulated by IBAMA and slaughtered at legalized slaughterhouses. This thesis aims to research the Salmonella sp. presence in greater rhea samples in the Rio Grande Do Sul. We randomically collected 70 birds of 6 different flocks, respecting a minimum of 10% of the flock, in the period from September to October of 2004. All birds had liver and cecal material collected to Salmonella detection. Of 26 birds we collected cloacal swab. Moreover, we collected blood samples of 70 birds to serological exams. Bacteriological, serological and polymerase chain reaction (PCR) exams are made to research Salmonela sp. the results are presented in five different papers. At first paper, we standardize a RA test to detect anti-Salmonella antibodies from serum. We tested 60 samples of swine serum which were previously shown to be positive (30) and negative (30) to S. Typhimurium when tested with ELISA. The results show that the RA had sensitivity, specificity, predictive positive value and predictive negative value equal to 96.7% when used with non-diluted serum. Thus, this test can be applied to detect antibodies against S. Typhimurium in serum. The 2th paper, aims to identify Salmonella's reservoirs animals, using Greater Rhea (Rhea americana) liver samples, cecal material and cloacal swab, collected at slaughterhouse and to compare the rapid serum-agluttination method using S. Typhimurium antigen and the microbiological standard method (MSM). We detected Salmonella sp. at 66 (94.2%) birds, of this 60 (85.7%) in the liver, 42 (605) in the material cecal and 11 (42.3%) in the cloacal swab. Of the 114 Salmonella strains, we identify 19 (16.6%) to S. enterica enterica rough, 41 (35.9%) to S. Typhimurium, 53 (46.5%) to S. Newport e one sample (0.9%) to S. Anatum. All birds were serum non-reactives at RSA, but 37 were serum reactives at RSA-ST. The 3th paper reported the Salmonella Anatum detection in the greater rhea liver. The 4th paper, aims to compare a polymerase chain reaction (PCR) protocol to a standard microbiological technique (SMT) in the generic detection of Salmonella in liver, cecal material and cloacal swab of Greater Rheas samples. The present report demonstrates that the PCR technique can detect a higher number of Salmonella sp. positive samples in Greater Rhea when compared to the SMT, which agrees with previous results from other species. Finally, the 5th paper shows the resistance pattern of Salmonella sp. colonies. Salmonella-like colonies were serologically typed. We observed resistance against sulfonamide (73.4%), nalidixic acid (1.56%) and cefacloer (1.56%). As far we concerned there are no other thesis in the same subject.

Resumo não disponível.

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:10Z : No. of bitstreams: 1 000868807_20170803.pdf: 1048307 bytes, checksum: 0dffab6c7285f2f758c8340bfb3f7e3b (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-07T14:09:10Z: 000868807_20170803.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-07T14:10:14Z : No. of bitstreams: 1 000868807.pdf: 3365386 bytes, checksum: ea272827c7ffe9fa7ea3385d0c22cf85 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) /Cas (CRISPR associated proteins) de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / FAPESP: 2011/11761-7

Orientador: Ana Julia Fernandes Cardoso de Oliveira / Banca: Dejanira de Franceschi de Angelis / Banca: Edison Barbieri / Resumo: Uma das grandes preocupações ecológicas atuais refere-se ao impacto ambiental causado pela liberação antrópica de metais pesados em ambientes naturais, uma vez que esses poluentes são extremamente ubíquos e persistentes. Em altas concentrações metais pesados são extremamente tóxicos a bactérias, sendo capazes de influenciar na sua densidade e atividade metabólica. Por sua vez, bactérias são capazes de desenvolver mecanismos de resistência a metais pesados sendo importantes em estudos de biorremediação de áreas contaminadas por metais pesados. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi analisar a ocorrência e distribuição de bactérias resistentes a metais pesados na Baía do Araça em São Sebastião, SP. Do total de cepas isoladas, 12% foram sensíveis a todos os metais. Foi possível observar que a maior porcentagem de cepas resistentes se encontravam na região de sublitoral que é mais próxima ao canal de São Sebastião onde se concentra a atividade portuária. As cepas isoladas foram mais resistentes ao Cr, seguido de Zn, Cd e Cu. Em relação a concentração mínima inibitória, para o Cd foram poucas as cepas que resistiram a concentrações maiores que 200 μg mL-1. Já para o Cr, 36% das cepas cresceram mesmo na concentração de 3200 μg mL-1. Para Zn e Cu, poucas cepas (4% e 2%, respectivamente) cresceram na concentração 1600 μg mL-1 e nenhuma conseguiu resistir à maior concentração (3200 μg mL-1). Bacillus sp foi o genero com maior frequência de isolados, o que pode sugerir dominância em áreas contaminadas por metais pesados, especialmente as espécias Bacillus cereus e Bacillus pumilus. Staphyloccus sp, Planococcus maritmus e Vibrio alginoticus também foram isolados sugerindo potencial para utilização em processos de biorremediação / Abstract: One of the major ecological concerns, nowadays, refers to anthropogenic environmental impact caused by heavy metals release in diverses natural environments, since these pollutants are extremely persistent and pervasive. At high concentration heavy metals are extremely toxic to bacteria, being able to influence the density and metabolic activity. However, bacteria are capable to develop heavy metal resistance mechanisms in the environment, being important in bioremediation of contaminated areas. Therefore, the purpose of the study was to assess the occurrence and distribution of heavy metal resistance bacteria in Araça Bay, São Sebastião - SP. 12% of the isolated bacteria were sensitive to all metals. It was observed that the highest percentage of resistant strains were in the subtidal region that is closest to the São Sebastião channel, where port activity are concentrated. Bacterial isolates were more resistant to Cr, followed by Zn, Cd and Cu. Regarding the minimum inhibitory concentration, a lower number of strains resisted levels greater than 200 mg L-1 for Cd. While for Cr, 36% of the strains grew even at a concentration of 3200 mg L-1. For Zn, Cu, few strains (4% and 2%, respectively) grew in higher concentrations like 1600 mg L-1 and none could withstand the highest concentration (3200 mg L-1). Bacillus sp was the most isolated genera and may be a dominant genre in heavy metal contaminated areas, especially species Bacillus pumilus and Bacillus cereus. Staphylococcus sp, Planococcus maritmus and Vibrio aginoliticus were also isolated and have potential for use in bioremediation of contaminated sites / Mestre

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Antönio Nader Filho / Banca: Dirceu Rodrigues Meira / Banca: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Banca: Ruben Pablo Schocken-Iturrino / Resumo: O Bacillus cereus é um microrganismo ubíquo encontrado freqüentemente em produtos lácteos. As perdas econômicas e o risco que traz à saúde pública são alarmantes. Os objetivos deste trabalho foram pesquisar o Bacillus cereus em leite, verificar a sua capacidade enterotoxigênica e o risco que provoca à saúde pública e comparar diferentes técnicas utilizadas para detecção de toxinas. Para tal, foram analisadas 120 amostras de leite (30 de leite cru, 30 de leite pasteurizado, 30 de leite em pó e 30 de UAT). Para a pesquisa de enterotoxinas, foram utilizadas três técnicas. Encontraram-se contaminadas 15 (50,0%), 29 (96,7%), 22 (73,3%) e 4 (13,3%) amostras de leite cru, pasteurizado, em pó e UAT, respectivamente. Para a detecção de enterotoxinas pela técnica da alça ligada em coelhos, foram positivas, respectivamente, 1 (7,1%), 10 (35,7%) e 3 (13,6%) cepas das amostras de leite cru, pasteurizado e em pó. Para o teste de aumento de permeabilidade vascular dérmica, apresentaram-se enterotoxigênicas, respectivamente, 1 (7,1%), 1 (3,6%), 2 (9,1%) e 1 (4,0%) cepas isoladas de leite cru, pasteurizado, em pó e UAT. Para a detecção de enterotoxinas pela prova de aglutinação passiva em látex, apresentaram-se positivas 7 (63,6%), 4 (30,8%), 3 (33,3%) e 8 (80,0%) cepas isoladas, respectivamente, de leite cru, pasteurizado, em pó e UAT. Conclui-se que as amostras de leite analisadas, principalmente as amostras já processadas termicamente, deixam a desejar quanto a sua qualidade, colocando em risco a saúde dos consumidores. Conclui-se também que a técnica de aglutinação é a mais indicada para a detecção da enterotoxina produzida pelo Bacillus cereus. / Abstract: Bacillus cereus is a ubiquitous microorganism frequently found in milk products. The economic losses and the damage to public health they cause are enormous. The objectives of this work were to search for Bacillus cereus in milk, their enterotoxigenic activity to estimate the risks the use of this product may produce and to compare different techniques used to detection of enterotoxins. For that, 120 samples of milk were examined (30 of raw milk, 30 of pasteurized milk, 30 of milk powder and 30 of UHT milk). To test the enterotoxigenicity, three techniques were used. Bacillus cereus was present in 15 (50,0%), 29 (96,7%), 22 (73,0%) and 4 (13,3%) samples of raw milk, pasteurized milk, milk powder and UHT milk, respectively. For the enterotoxigenicity detection using the assay in the rabbit ileal loop, 1 (7,1%), 10 (35,7%) and 3 (13,6%) strains from raw milk, pasteurized milk and milk powder were positive. For the enterotoxigenicity detection using the assay for vascular permeability activity, 1 (7,1%), 1 (3,6%), 2 (9,1%) and 1 (4,0%) strains from raw milk, pasteurized milk, milk powder and UHT milk were positive, respectively. Using the reversed passive latex agglutination, diarrheal toxin production was shown to be 7 (63,6%), 4 (30,8%), 3 (33,3%) and 8 (80,0%) strains respectively isolated from raw milk, pasteurized milk, milk powder, and UHT milk. It was concluded that the milk samples analyzed didn't present good quality and may put in risk the health of consumers of such products. We also concluded that the reversed passive latex agglutination is the best technique to determine the enterotoxins produced from Bacillus cereus. / Doutor

Orientador: Antonio Carlos Paulillo / Banca: Lúcia Baldassi / Banca: Ednardo Rodrigues Freitas / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Angelo Berchieri Júnior / Resumo: Para as aves, a água é o nutriente essencial mais importante, sendo responsável pela maioria das funções do organismo. Em 2004 avaliou-se a qualidade da água utilizada em 20 granjas de postura comercial de Bastos/SP, Brasil, colhendo-se amostras dos poços, reservatórios e galpões. Nas amostras dos poços determinou-se a concentração de alumínio, cálcio, chumbo, cloro, cobre, enxofre, ferro, fósforo, magnésio, nitrito, potássio, selênio, sódio, sulfatos, zinco, pH e dureza. Nas amostras colhidas nos períodos de chuva e estiagem, realizaram-se as contagens de coliformes totais e fecais, estreptococos fecais, Pseudomonas aeruginosa e pesquisou-se Escherichia coli , Salmonella sp e Pasteurella multocida. A dureza da água de 35% das propriedades apresentou valores entre 60 - 110 mg CaCO3/L, em 45% o pH foi =6 e nenhuma apresentou pH >8. Entre as propriedades 50% apresentaram níveis de NO3-N =3 mg/L. Para todos os microrganismos pesquisados, o galpão de aves apresentou as maiores taxas de amostras positivas nos períodos de chuva e estiagem, ocorrendo a diminuição da % de isolamento no período de estiagem. A contagem bacteriana foi maior nas amostras de água do galpão, nos dois períodos de colheita. No reservatório, após a adição de cloro à água, o número de coliformes totais diminuiu e não houve detecção de coliformes fecais, estreptococos fecais e Pseudomonas aeruginosa. Em nenhuma das 440 amostras de água analisadas, nos períodos de chuva e estiagem, foram detectadas Salmonella sp e Pasteurella multocida. / Abstract: Water is considered the most important essential nutrient, for chickens, being responsible for most of the organism functions. In 2004, the quality of the water used in 20 laying hens farms from Bastos/SP, Brazil, was tested, picking samples from wells, water tanks and laying hens house. It was determinated in the well-water samples the concentration of aluminum, calcium, lead, chlorine, copper, iron, phosphorus, magnesium, nitrate, nitrite, potassium, selenium, sodium sulfate, zinc, pH and strength. In the water samples, collected in the rainy and dry seasons, were counted the total coliforms, fecal coliforms, fecal streptococci, Pseudomonas aeruginosa and was done the research of Escherichia coli , Salmonella sp e Pasteurella multocida. The strengths values of 35% of the farms was between 60-110 mg CaCO3/L, in 45%, the pH was =6 and no farms presented pH >8. Among the farms 50% presented levels of NO3-N =3. For all microorganism researched, the laying hens house presented the higher taxes of positives samples during the rainy or dry seasons, occurring a reduction of isolation taxes in the dry season. Both periods of collection the number of total coliforms; fecal coliforms; streptococci and Pseudomonas aeruginosa was higher in the samples from the laying hens houses. In the water tank, after chlorine addiction to the water, the number of total and fecal coliforms decreased and there wasn't detection of fecal streptococci and Pseudomonas aeruginosa. In none of the 440 water samples analyzed, in the rainy nor in the dry seasons, Salmonella sp and Pasteurella multocida were detected. / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-19Bitstream added on 2014-06-13T20:07:37Z : No. of bitstreams: 1 boarini_l_me_jabo.pdf: 330765 bytes, checksum: 5a2e1936a8b0a2fe8933d469fc9b46a7 (MD5) / A suinocultura vem ganhando espaço no mercado brasileiro, atualmente o interesse por alimentos saudáveis trouxe a carne suína como aliada e não mais como vilã. A partir disso, novas tecnologias como sistemas de confinamento, foram adotadas a fim de obter melhorias que visam principalmente à higiene do processo, alimentação balanceada dos animais e instalações adequadas. Nesse enquadramento, doenças infecciosas entéricas representam um problema importante na suinocultura, e estão envolvidas com grandes perdas econômicas e contaminação da carcaça comercializada. Considerando estes aspectos, o trabalho objetivou identificar Clostridium perfringens e Salmonella spp., a fim de alertar o setor suinícola sobre os riscos ainda disseminados que causam enfermidades nos suínos e contaminam os produtos que serão comercializados; e correlacionar a presença de Clostridium perfringens com interferências no ganho de peso dos animais. Foram realizadas contagens bacterianas para Clostridium spp. que apresentaram médias de 1,2x105 UFC/mL na primeira coleta e 7,88x102 UFC/mL na segunda coleta do confinamento, e nas amostras do frigorífico contou-se 1,8x104 UFC/mL. Os resultados obtidos por PCR foram positivos apenas para a toxina alfa (cpa), caracterizando uniformidade dos positivos (25%) para Clostridium perfringens tipo A do confinamento e 46,4% do frigorífico. Para Salmonella spp. com o gene invA foram detectados 9,5% de positivos nos animais do confinamento e 21,4% das amostras do frigorífico. E Salmonella Typhimurium com o gene fliC, foram positivas 3,57% no confinamento e 8,33% no frigorífico. Foi possível concluir que Clostridium perfringens e Salmonella spp. foram... / Swine production is becoming more popular in the Brazilian market, currently interest in healthy foods brought swine as an ally and not as a villain. From this, new technologies such as confinement systems were adopted in order to achieve improvements aimed primarily to process hygiene, a balanced diet of animals and adequate facilities. In this framework, enteric infectious diseases represent a important problem in the swine production, and are involved with large economic losses and contamination of carcass marketed. Considering these aspects, the study aimed to identify Clostridium perfringens and Salmonella spp. in order to alert the swine sector still scattered about the risks that cause diseases in swine and contaminate the products to be marketed; and correlating the presence of Clostridium perfringens with interference on weight gains of animals. Bacterial counts were performed for Clostridium spp presenting averages of 1.2 x105 CFU/ mL in the first test and 7.88 x102 CFU / mL in the second collection of confinement, and the samples of slaughterhouse told by 1.8 x104 CFU/ mL. The results obtained by PCR were positive only for the alpha-toxin (cpa), featuring uniformity of positive samples (25%) for Clostridium perfringens type A of confinement and 46.4% of the slaughterhouse. For Salmonella spp. with the invA gene were detected 9.5% of positive animals in confinement and 21.4% of samples from the slaughterhouse. And Salmonella Typhimurium with the gene fliC, were positive 3.57% in the confinament and 8.33% in the slaughterhouse. It was concluded that Clostridium perfringens and Salmonella spp. were... (Complete abstract click electronic access below)

Salmonella enterica subsp. enterica (S.) é considerada umas das causas mais comuns de doenças transmitidas por alimentos e a carne suína é responsável por um número significativo de casos de salmonelose humana. Além do risco apresentado por Salmonella como patógeno transmitido por alimentos, existe a preocupação mundial com a emergência de cepas resistentes a múltiplos agentes antimicrobianos. Esta tese compreende três estudos que visam determinar as bases fenotípicas e genotípicas da resistência aos agentes antimicrobianos entre isolados de Salmonella obtidos em diferentes etapas da cadeia produtiva de suínos. Um total de 225 isolados obtidos de fábricas de ração, ambiente, carcaças e conteúdo intestinal de suínos foram submetidos ao teste de suscetibilidade frente a doze agentes antimicrobianos através da técnica de disco difusão. A concentração inibitória mínima (MIC) para a ciprofloxacina foi avaliada através da técnica de diluição em ágar e genes de resistência a antimicrobianos foram investigados através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) [Capítulo 2]. Resistência a, pelo menos, um agente antimicrobiano foi observada em 76 % dos isolados testados e multi-resistência foi encontrada em 40,4 % dos isolados. A resistência ocorreu mais frequentemente à tetraciclina (54,5 %), sulfonamidas (39,6 %) e estreptomicina (33,7 %). A reduzida suscetibilidade à ciprofloxacina foi observada em 94,1 % dos isolados resistentes ao ácido nalidíxico. Foi possível observar que isolados de ambiente, conteúdo intestinal e carcaças apresentaram perfis genotípicos comuns. Vinte e sete isolados multi-resistentes de S. Derby foram investigados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total, genes de resistência e presença de integrons de classe 1 e 2 através da PCR [Capítulo 3]. Mesmo sendo provenientes de diferentes abatedouros, os isolados foram indistinguíveis em seus perfis fenotípicos e genotípicos de resistência e perfil de macro-restrição. Eles carreavam cassetes gênicos associados a integrons de classe 1 com uma nova variante do gene aadA, denominada aadA26, conferindo resistência à estreptomicina e espectinomicina. Os integrons de classe 1 foram identificados supostamente no cromossomo de S. Derby, uma vez que a hibridização não revelou sinal quando DNA plasmidial foi utilizado como alvo. A análise das sequências que flanqueiam o cassete gênico e a amplificação do gene merA sugerem a localização em elementos transponíveis da família Tn21. Quarenta e cinco isolados multi-resistentes de S. Typhimurium foram analisados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total. Genes de resistência, integrons e genes plasmidiais mediando resistência adquirida às quinolonas (PMQR) foram investigados por PCR. Os amplicons da região variável dos integrons e da região determinante de resistência às quinolonas (QRDR) foram sequenciados. Os plasmídeos foram caracterizados por lise alcalina, conjugação e identificação dos grupos de incompatibilidade [Capítulo 4]. Isolados multi-resistentes de S. Typhimurium apresentaram variabilidade em sua estrutura genômica e perfis fenotípicos e genotípicos de resistência. Apenas substituições únicas foram observadas em QRDR do gene gyrA e PMQR não foram encontrados. Integron de classe 1 abrigando o cassete gênico aadA ou um integron de classe 1 atípico com o cassete gênico dfrA12-orfF-aadA27 foram caracterizados. Ambos foram localizados em grandes plasmídeos conjugativos. Os genes de virulência plasmidiais de Salmonella spvR, spvA, spvB, rck e pefA foram identificados em um plasmídeo de resistência IncFIB. Os estudos realizados permitem concluir que cepas originárias de animais e carcaças apresentaram maior frequência de resistência quando comparadas com cepas de fábrica de ração, demonstrando que cepas resistentes selecionadas na granja podem chegar ao produto final e suínos podem servir como reservatórios de cepas multi-resistentes de Salmonella para humanos. Nesse sentido, a localização de genes de resistência em elementos genéticos móveis contribui para a manutenção e disseminação da resistência em isolados de Salmonella provenientes da cadeia produtiva de suínos. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) is considered one of the most common causes of food-borne diseases and pork has been associated with a significant number of human cases of salmonellosis. Additionally to the risk presented by Salmonella as a food-borne pathogen, there is a global concern about the emergence of antimicrobial multi-resistant isolates. This thesis comprises three studies that aimed to determine the phenotypic and genotypic basis of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from different steps of the swine production system. A total of 225 Salmonella isolates from feed mills, lairage environment, carcasses and intestinal content of the pigs were tested for antimicrobial susceptibility against twelve different antimicrobial agents by agar disc diffusion. The minimum inhibitory concentration (MIC) for ciprofloxacin was screened by agar dilution and antimicrobial resistance genes were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) assays [Chapter 2]. Among tested isolates, 76 % showed resistance to at least one antimicrobial agent and 40.4 % were multi-resistant. Resistance occurred most frequently to tetracycline (54.5 %), sulphonamides (39.6 %) and streptomycin (33.7 %). Thirty-two (94.1 %) nalidixic acid-resistant isolates exhibited decreased susceptibility to ciprofloxacin. It was observed that strains from lairage, carcasses and intestinal contents displayed common resistance gene profiles. Twenty-seven multi-resistant S. Derby were investigated for their molecular relationships by macrorestriction analysis, genotypic resistance and presence of the class 1 and 2 integrons by PCR assays [Chapter 3]. The isolates from different slaughterhouses displayed the same phenotypic and genotypic resistance, as well as indistinguishable macrorestriction pattern. They carried class 1 integron-associated gene cassette with a new aadA variant, designated aadA26, encoding for streptomycin and spectinomycin resistance. Since the hybridization experiments did not yield signals when using plasmid DNA as targets, the class 1 integrons are supposed to be located in the chromosomal DNA of S. Derby. The sequence of the flanking regions of this gene cassette and the amplification of the merA gene may indicate the location of the class 1 integron into a Tn21-related transposon. Forty-five multi-resistant S. Typhimurium isolates were analysed for their molecular relationships by macrorestriction analysis. Resistance genes, integrons and plasmid-mediated quinolone resistance genes (PMQR) were identified by PCR. Amplicons for the variable part of class 1 integrons and from the quinolone resistance-determining regions (QRDR) were sequenced. Plasmids were characterized by alkaline lysis, conjugation and replicon typing [Chapter 4]. Multiresistant S. Typhimurium isolates showed high variability in their genomic structure and resistance properties. Only single substitutions were found in the QRDR of gyrA and no PMQR were found. Class 1 integron with aadA23 gene cassette or an unusual integron carrying dfrA12-orfF-aadA27 gene cassette were characterized. Both located on large and conjugative plasmids. Salmonella plasmid-located virulence genes spvR, spvA, spvB, rck and pefA were found on a multi-resistance IncFIB plasmid. The studies conducted demonstrate that strains from pigs and carcasses displayed higher resistance frequency to most antimicrobial tested compared with isolates from feed mills, demonstrating that resistance genes selected on farm can be found in pork and pigs may serve as reservoirs of multi-resistant Salmonella strains. In this sense, the location of resistance genes on mobile genetic elements contributes to the maintenance and spread of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from swine production systems.