En bacteris entèrics, les proteïnes de la família Hha/YmoA estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent factors ambientals. Ha estat descrit que la proteïna Hha d' Escherichia coli interacciona amb la proteïna H-NS formant un complex amb el DNA responsable de la termoregulació de l'expressió de l'operó hly d' E. coli. Altres proteïnes d'aquesta família, com YmoA i YdgT, també interaccionen amb la proteïna H-NS.La proteïna H-NS d' E. coli és una proteïna associada al nucleoide implicada en la regulació global de l'expressió gènica en funció de les condicions ambientals. H-NS es troba àmpliament distribuida entre bacteris Gram-negatius.El primer objectiu va ser determinar si la participació conjunta de les proteïnes Hha i H-NS era extensible a altres gens regulats per H-NS. Escollirerm l'operó bgl, silenciat per la proteïna H-NS. Mitjançant mesures de l'activitat i de la trasncripció de l'operó vam concloure que les proteïnes Hha i YdgT intervenen en el silenciament de l'operó bgl d'Escherichia coli.Es va analitzar la regulació de l'expressió gènica depenent de les proteïnes Hha i H-NS en diferents condicions d'osmolaritat per identificar les proteïnes diferencialment expressades. S'identificaren les proteïnes HdeA, l'expressió de la qual ja havia estat descrita com a regulada per H-NS; i HtrA, una proteasa sotmesa a osmoregulació. El complex Hha-H-NS és responsable de la repressió de l'expressió d'HtrA a baixa osmolaritat.En la seqüència completa del plàsmid R27 s'han identificat dos gens (orf182 i orf164) que codifiquen dues proteïnes homòlogues a Hha i H-NS, respectivament. Ja que la conjugació d'aquest plàsmid està sotmesa a termoregulació, i donat que les proteïnes Hha i H-NS estan implicades en la regulació de l'expressió gènica depenent de paràmetres ambientals, es va voler determinar: · A) el paper d'aquestes proteïnes, d'origen plasmídic i d'origen cromosòmic, en la regulació de la conjugació de R27,· B) i la intervenció de les proteïnes de codificació plasmídica en la fisiologia de la cèl·lula portadora del plàsmid. Es realitzaren estudis de la freqüència de conjugació del plàsmid, estudis de la transcripció dels gens de transferencia mitjançant microxips i RT-PCR, assaigs de retard en gel amb les proteïnes Hha i H-NS i observació de pilis per MET. Es va concloure que les proteïnes Hha i H-NS, tant de codificació plasmídica com cromosòmica, interven en la termoregulació de la conjugació del plàsmid, reprimint l'expressió dels gens de transferencia a elevada temperatura. En estudis de complementació s'observà que les proteïnes codificades als gens orf182 i orf164, compensen alguns fenotips causats per les mutacions dels gens hha i hns. Es va demostrar també la interacció in vitro de la proteïna H-NS plasmídica (ORF164) amb la proteïna Hha cromosòmica.Finalment, es va realitzar una anàlisi trancriptòmica de l'efecte de les mutacions hns i hha ydgT en el patró d'expressió gènica a Escherichia coli, per determinar quins gens estaven afectats en cada fons genètic i establir la relació entre la regulació per H-NS i per Hha/YdgT. La comparació dels patrons d'expressió entre la soca hns i la soca salvatge, han posat de manifest que un 7% dels gens d'E. coli presenten una alteració significativa de la seva expressió, i que un 68% dels casos corresponen a una sobreexpressió en la soca hns. L'analisi de l'expressió diferencial entre la soca hha ydgT i la soca hns demostra que la regulació de la soca hha ydgT segueix majoritàriment el mateix patró d'expressió que la soca salvatge. Es van identificar 22 gens amb expressió diferencial entre la soca hha ydgT i la soca salvatge, dels quals 18 presenten sobreexpressió en un fons genètic hha ydgT, i 12 coincideixen amb els gens regulats per H-NS. / In enteric bacteria, the proteins of Hha/YmoA family play an important role in regulation of gene expression in response to environmental signals. On another part, the nucleoid-associated protein H-NS is a relevant example of a global modulator. H-NS binds to Hha, and other proteins of Hha/YmoA family, to regulate gene expression depending on environmental conditions.The first goal was to determine if Hha and H-NS participate together regulating genes known as regulated by H-NS, like "bgl" operon silenced by H-NS, or other new genes in different osmolarity conditions. We conclude that Hha play a role in silencing "bgl" operon expression in "E. Coli" and that Hha-H-NS complex is responsible for the HtrA repression at low osmolarity.R27 plasmid code two proteins homologous to Hha and H-NS, respectively. Since R27 conjugation is thermoregulated, and given the fact that Hha and H-NS regulate gene expression depending on environmental parameters, we investigated the role of these proteins, in thermoregulation of R27 conjugation. We conclude that Hha and H-NS, of plasmidic and chromosomic origin, downregulate plasmid conjugation at high temperature. As well, we studied the intervention of Hha and H-NS R27 encoded proteins in the physiology of R27 host cells. We observed that these proteins compensate some of the phenotypes caused by hha and hns mutations.Finally, a transcriptomic analysis of the effect of the mutations "hns" and "hha ydgT" in "E. coli"i was carried out to establish the relationship between H-NS and Hha/YdgT regulation. The result showed that 7% of genes were affected by "hns" mutation and that 68% of these cases corresponds to an overexpression in hns strain. The analysis of "hha ydgT" strain demonstrates that its regulation follows mostly the same pattern of expression than the wild type strain, because "hha ydgT" mutations only affected 22 genes.

Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Agrarias / Made available in DSpace on 2012-10-17T08:30:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / A viabilidade da depuração do mexilhão Perna perna, em função de sua facilidade em desovar causando perdas no rendimento de carne, foi avaliada visando a utilização deste processo como garantia de qualidade sanitária, permitindo o escoamento da crescente produção deste molusco em Santa Catarina, Brasil. Um sistema experimental foi projetado e construído para depurar simultaneamente 60 kg de mexilhões, sendo 30 kg com água do mar filtrada e 30 kg com água do mar filtrada e tratada com cloro. Os mexilhões de cultivo, isentos de contaminação, foram previamente contaminados em aquários com Escherichia coli. O Perna perna mostrou um padrão de acumulação e eliminação de bactérias coliformes semelhante ao de outras espécies de moluscos bivalves, fixando o tempo de depuração desta espécie, para microrganismos, em 48 horas, sendo que os dois sistemas de água utilizados nas depurações eliminaram eficientemente as bactérias dos moluscos. Em todas as depurações realizadas ocorreram desovas e perdas significativas de carne. O efeito da depuração sobre o rendimento de carne foi verificado colhendo-se amostras antes e depois do processo para pesagem individual à fresco e após o cozimento. Foi avaliada também a utilização do método rápido de análise bacteriológica Petrifilmtm, o qual apresentou os mesmos padrões da técnica tradicional de análise de NMP.

Resumo não disponível.

O armazenamento de saliva para avaliação da microbiota bucal muitas vezes é necessário, principalmente em estudos epidemiológicos. O objetivo desse estudo foi avaliar a viabilidade e a variabilidade da microbiota bucal, de amostras de saliva armazenadas em temperaturas de -20ºC e em nitrogênio liquido (N2L), após 3 e 10 meses. Uma alíquota de cada amostra de saliva estimulada, usando goma de mascar sem açúcar, foi processada em até 45 minutos após a sua coleta. As amostras foram armazenadas seguindo três métodos diferentes: no primeiro método, as amostras de saliva foram preparadas com glicerol 10% (G) e mantidas a -20ºC durante 8 horas e então armazenadas em botijão com N2L; no segundo foi utilizado o mesmo protocolo, porém, sem glicerol; no terceiro método as alíquotas foram preparadas com glicerol 10% e mantidas a -20ºC. Após semeadura das amostras e incubação o número de unidades formadoras de colônias (UFC) foi determinado e uma média de 30 colônias de cada amostra foi identificada por meio de provas bioquímicas. Não houve diferença significativa na contagem de UFC/mL das amostras processadas imediatamente após a coleta (2,1 x 107 UFC/mL) e após 3 meses de armazenamento em N2L (G) (4,5 x 106 UFC/mL), N2L (1,6 x 106 UFC/mL), e -20ºC (2,2 x 106 UFC/mL). Porém, após 10 meses de preservação em N2L (G) (4,5 x 105 UFC/mL), e N2L (2,3 x 105 UFC/mL), observou-se uma redução (p=0.0183) do número de UFC/mL em comparação com a avaliação inicial. Não houve diferença significativa no número de UFC nas amostras armazenadas com e sem crioprotetor. A determinação da variabilidade da microbiota bucal mostrou que as bactérias presentes nas amostras frescas dos gêneros Streptococcus, Staphylococcus e Bacillus mantiveram-se nos diferentes tempos de avaliação, mesmo que em diferentes concentrações. Baseado nos resultados obtidos pode-se sugerir que preservação de saliva a -20ºC e a -196ºC, são métodos de armazenamento eficazes, para avaliação da microbiota bucal, por um período de 3 e 10 meses. / Saliva storage for oral microbiota evaluation often is required, especially in epidemiologic studies. The aim of the present study was to assess the effects of different storage methods upon viability and the variability of the oral microbiota in saliva samples. One aliquot of each saliva sample was processed until 45 minutes after collection. Saliva was stimulated using chewing gum sugar free. The samples were storage following three different methods: in the first method, aliquots of saliva were mixed with glycerol 10% (G) and maintained at -20ºC for 8 hours and then stored in N2L; the second followed the same protocol without glycerol; and in the third method aliquots were prepared with glycerol 10% and maintained at -20ºC. From each sample the number as the colony-forming units (CFU/mL) was determined and 30 colonies were chosen and cells were identified by biochemical assays. There was not statistically significant difference on the number of CFU/mL of samples processed immediately after de collection and after 3 months as storage. However, after 10 months of storage in N2L, there was a decrease in the number of CFU/mL (p=0.0183) in comparison with the initial evaluation, and the number of CFU/mL in the samples stored with and without glycerol did not showed statistically significant difference. Although in different percentages of cell number, the oral microbiota variability evaluation showed that Streptococcus, Staphylococcus and Bacillus were maintained in the different times of evaluation. Based on our results, it is possible to suggest that the preservation of saliva in -20ºC and -196ºC are efficient storage methods for oral microbiota evaluation for a period of 3 and 10 months.

Resumo não disponível.

A ema (Rhea americana) é uma ave silvestre que habita o sudeste da América do Sul e tem sido criada em fazendas pela sua carne e penas. O comércio de carne de emas só é permitido de animais provenientes de criadouros comerciais regularizados junto ao IBAMA e abatido em frigoríficos legalizados. A presente tese teve como objetivo a pesquisa de Salmonella sp. em materiais oriundos de emas abatidas no Rio Grande do Sul. Coletaram-se um total de 70 aves aleatoriamente dentro de seis lotes distintos respeitando um mínimo de 10% do lote, no período de setembro a outubro de 2004. De todas as aves eram amostrados o conteúdo cecal e fígado para a detecção de Salmonella. De 26 aves, coletaram-se, ainda, suabe cloacal. Além disso, sangue de todas as 70 aves para exames sorológicos. Foram realizados para a pesquisa de Salmonela sp. exames bacteriológicos, de reação em cadeia da polimerase e sorológicos. Os resultados foram apresentados em cinco trabalhos distintos. No primeiro, se preconizou a padronização da técnica de sorologia rápida em soro de suíno utilizando-se uma amostra de S. Typhimurium isolada de ema, para a posterior utilização desta técnica nos soros coletados neste experimento. Foram testadas 60 amostras de soro suíno, sendo 30 sororreagentes e 30 não-reagentes no teste padrão de ELISA. Com o soro não diluído, determinou-se que a SAR exibiu sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo iguais a 96,7%, demonstrando que a soroaglutinação rápida, usando como antígeno Salmonella Typhimurium, é um teste de triagem eficaz para a detecção de anticorpos contra este patógeno em soro de suínos, apresentando alta sensibilidade, especificidade e valor preditivo positivo O segundo trabalho teve como objetivo identificar animais portadores de Salmonella sp. a partir de amostras de fígado, conteúdo cecal e suabe cloacal de emas (Rhea americana) ao abate e comparar o método bacteriológico padrão (MBP) com a soroaglutinaçao rápida utilizando S. Typhimurium como antígeno. Verificou-se isolamento de Salmonella sp. em 66 (94,2%) aves, sendo 60 (85,7%) em amostras de fígado, 42 (60%) em conteúdo cecal e 11 (42,3%) em suabe cloacal. Das 114 linhagens de salmonelas isoladas, identificaram-se 19 (16,6%) como S. enterica enterica rugosa, 41 (35,9%) como S. Typhimurium, 53 (46,5%) como S. Newport e uma amostra (0,9%) como S. Anatum. O terceiro trabalho relatou a detecção de Salmonella Anatum em uma amostra de fígado de ema. O quarto comparou o método bacteriológico para isolamento de Salmonella sp. e a reação em cadeia da polimerase. Os resultados obtidos demonstraram que a PCR detectou Salmonella sp. em um maior número de amostras provenientes de emas (Rhea americana) do que o MBP, concordando com resultados encontrados em outras espécies. Finalmente, no quinto estudo foi avaliada a resistência a antimicrobianos de 64 amostras de Salmonella Typhimurium isoladas. Observou-se resistência contra sulfonamida (73,44%), ácido nalidíxico (1,56%) e cefaclor (1,56%). Salienta-se o ineditismo dos trabalhos apresentados devido à pouca bibliografia na área de sanidade da produção de emas. / Greater Rhea (Rhea americana) is a southern South American native wild bird, which is breed in captivity for its feathers and meat. Commercialization of the Greater Rhea's meat is only allowed of animals deriving from commercial breeders who are regulated by IBAMA and slaughtered at legalized slaughterhouses. This thesis aims to research the Salmonella sp. presence in greater rhea samples in the Rio Grande Do Sul. We randomically collected 70 birds of 6 different flocks, respecting a minimum of 10% of the flock, in the period from September to October of 2004. All birds had liver and cecal material collected to Salmonella detection. Of 26 birds we collected cloacal swab. Moreover, we collected blood samples of 70 birds to serological exams. Bacteriological, serological and polymerase chain reaction (PCR) exams are made to research Salmonela sp. the results are presented in five different papers. At first paper, we standardize a RA test to detect anti-Salmonella antibodies from serum. We tested 60 samples of swine serum which were previously shown to be positive (30) and negative (30) to S. Typhimurium when tested with ELISA. The results show that the RA had sensitivity, specificity, predictive positive value and predictive negative value equal to 96.7% when used with non-diluted serum. Thus, this test can be applied to detect antibodies against S. Typhimurium in serum. The 2th paper, aims to identify Salmonella's reservoirs animals, using Greater Rhea (Rhea americana) liver samples, cecal material and cloacal swab, collected at slaughterhouse and to compare the rapid serum-agluttination method using S. Typhimurium antigen and the microbiological standard method (MSM). We detected Salmonella sp. at 66 (94.2%) birds, of this 60 (85.7%) in the liver, 42 (605) in the material cecal and 11 (42.3%) in the cloacal swab. Of the 114 Salmonella strains, we identify 19 (16.6%) to S. enterica enterica rough, 41 (35.9%) to S. Typhimurium, 53 (46.5%) to S. Newport e one sample (0.9%) to S. Anatum. All birds were serum non-reactives at RSA, but 37 were serum reactives at RSA-ST. The 3th paper reported the Salmonella Anatum detection in the greater rhea liver. The 4th paper, aims to compare a polymerase chain reaction (PCR) protocol to a standard microbiological technique (SMT) in the generic detection of Salmonella in liver, cecal material and cloacal swab of Greater Rheas samples. The present report demonstrates that the PCR technique can detect a higher number of Salmonella sp. positive samples in Greater Rhea when compared to the SMT, which agrees with previous results from other species. Finally, the 5th paper shows the resistance pattern of Salmonella sp. colonies. Salmonella-like colonies were serologically typed. We observed resistance against sulfonamide (73.4%), nalidixic acid (1.56%) and cefacloer (1.56%). As far we concerned there are no other thesis in the same subject.

Salmonella enterica subsp. enterica (S.) é considerada umas das causas mais comuns de doenças transmitidas por alimentos e a carne suína é responsável por um número significativo de casos de salmonelose humana. Além do risco apresentado por Salmonella como patógeno transmitido por alimentos, existe a preocupação mundial com a emergência de cepas resistentes a múltiplos agentes antimicrobianos. Esta tese compreende três estudos que visam determinar as bases fenotípicas e genotípicas da resistência aos agentes antimicrobianos entre isolados de Salmonella obtidos em diferentes etapas da cadeia produtiva de suínos. Um total de 225 isolados obtidos de fábricas de ração, ambiente, carcaças e conteúdo intestinal de suínos foram submetidos ao teste de suscetibilidade frente a doze agentes antimicrobianos através da técnica de disco difusão. A concentração inibitória mínima (MIC) para a ciprofloxacina foi avaliada através da técnica de diluição em ágar e genes de resistência a antimicrobianos foram investigados através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) [Capítulo 2]. Resistência a, pelo menos, um agente antimicrobiano foi observada em 76 % dos isolados testados e multi-resistência foi encontrada em 40,4 % dos isolados. A resistência ocorreu mais frequentemente à tetraciclina (54,5 %), sulfonamidas (39,6 %) e estreptomicina (33,7 %). A reduzida suscetibilidade à ciprofloxacina foi observada em 94,1 % dos isolados resistentes ao ácido nalidíxico. Foi possível observar que isolados de ambiente, conteúdo intestinal e carcaças apresentaram perfis genotípicos comuns. Vinte e sete isolados multi-resistentes de S. Derby foram investigados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total, genes de resistência e presença de integrons de classe 1 e 2 através da PCR [Capítulo 3]. Mesmo sendo provenientes de diferentes abatedouros, os isolados foram indistinguíveis em seus perfis fenotípicos e genotípicos de resistência e perfil de macro-restrição. Eles carreavam cassetes gênicos associados a integrons de classe 1 com uma nova variante do gene aadA, denominada aadA26, conferindo resistência à estreptomicina e espectinomicina. Os integrons de classe 1 foram identificados supostamente no cromossomo de S. Derby, uma vez que a hibridização não revelou sinal quando DNA plasmidial foi utilizado como alvo. A análise das sequências que flanqueiam o cassete gênico e a amplificação do gene merA sugerem a localização em elementos transponíveis da família Tn21. Quarenta e cinco isolados multi-resistentes de S. Typhimurium foram analisados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total. Genes de resistência, integrons e genes plasmidiais mediando resistência adquirida às quinolonas (PMQR) foram investigados por PCR. Os amplicons da região variável dos integrons e da região determinante de resistência às quinolonas (QRDR) foram sequenciados. Os plasmídeos foram caracterizados por lise alcalina, conjugação e identificação dos grupos de incompatibilidade [Capítulo 4]. Isolados multi-resistentes de S. Typhimurium apresentaram variabilidade em sua estrutura genômica e perfis fenotípicos e genotípicos de resistência. Apenas substituições únicas foram observadas em QRDR do gene gyrA e PMQR não foram encontrados. Integron de classe 1 abrigando o cassete gênico aadA ou um integron de classe 1 atípico com o cassete gênico dfrA12-orfF-aadA27 foram caracterizados. Ambos foram localizados em grandes plasmídeos conjugativos. Os genes de virulência plasmidiais de Salmonella spvR, spvA, spvB, rck e pefA foram identificados em um plasmídeo de resistência IncFIB. Os estudos realizados permitem concluir que cepas originárias de animais e carcaças apresentaram maior frequência de resistência quando comparadas com cepas de fábrica de ração, demonstrando que cepas resistentes selecionadas na granja podem chegar ao produto final e suínos podem servir como reservatórios de cepas multi-resistentes de Salmonella para humanos. Nesse sentido, a localização de genes de resistência em elementos genéticos móveis contribui para a manutenção e disseminação da resistência em isolados de Salmonella provenientes da cadeia produtiva de suínos. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) is considered one of the most common causes of food-borne diseases and pork has been associated with a significant number of human cases of salmonellosis. Additionally to the risk presented by Salmonella as a food-borne pathogen, there is a global concern about the emergence of antimicrobial multi-resistant isolates. This thesis comprises three studies that aimed to determine the phenotypic and genotypic basis of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from different steps of the swine production system. A total of 225 Salmonella isolates from feed mills, lairage environment, carcasses and intestinal content of the pigs were tested for antimicrobial susceptibility against twelve different antimicrobial agents by agar disc diffusion. The minimum inhibitory concentration (MIC) for ciprofloxacin was screened by agar dilution and antimicrobial resistance genes were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) assays [Chapter 2]. Among tested isolates, 76 % showed resistance to at least one antimicrobial agent and 40.4 % were multi-resistant. Resistance occurred most frequently to tetracycline (54.5 %), sulphonamides (39.6 %) and streptomycin (33.7 %). Thirty-two (94.1 %) nalidixic acid-resistant isolates exhibited decreased susceptibility to ciprofloxacin. It was observed that strains from lairage, carcasses and intestinal contents displayed common resistance gene profiles. Twenty-seven multi-resistant S. Derby were investigated for their molecular relationships by macrorestriction analysis, genotypic resistance and presence of the class 1 and 2 integrons by PCR assays [Chapter 3]. The isolates from different slaughterhouses displayed the same phenotypic and genotypic resistance, as well as indistinguishable macrorestriction pattern. They carried class 1 integron-associated gene cassette with a new aadA variant, designated aadA26, encoding for streptomycin and spectinomycin resistance. Since the hybridization experiments did not yield signals when using plasmid DNA as targets, the class 1 integrons are supposed to be located in the chromosomal DNA of S. Derby. The sequence of the flanking regions of this gene cassette and the amplification of the merA gene may indicate the location of the class 1 integron into a Tn21-related transposon. Forty-five multi-resistant S. Typhimurium isolates were analysed for their molecular relationships by macrorestriction analysis. Resistance genes, integrons and plasmid-mediated quinolone resistance genes (PMQR) were identified by PCR. Amplicons for the variable part of class 1 integrons and from the quinolone resistance-determining regions (QRDR) were sequenced. Plasmids were characterized by alkaline lysis, conjugation and replicon typing [Chapter 4]. Multiresistant S. Typhimurium isolates showed high variability in their genomic structure and resistance properties. Only single substitutions were found in the QRDR of gyrA and no PMQR were found. Class 1 integron with aadA23 gene cassette or an unusual integron carrying dfrA12-orfF-aadA27 gene cassette were characterized. Both located on large and conjugative plasmids. Salmonella plasmid-located virulence genes spvR, spvA, spvB, rck and pefA were found on a multi-resistance IncFIB plasmid. The studies conducted demonstrate that strains from pigs and carcasses displayed higher resistance frequency to most antimicrobial tested compared with isolates from feed mills, demonstrating that resistance genes selected on farm can be found in pork and pigs may serve as reservoirs of multi-resistant Salmonella strains. In this sense, the location of resistance genes on mobile genetic elements contributes to the maintenance and spread of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from swine production systems.

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-19. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:30Z : No. of bitstreams: 1 000856534.pdf: 1786488 bytes, checksum: 60ef6090b71a2cdd53c351b1c89d36f9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Uma das grandes preocupações ecológicas atuais refere-se ao impacto ambiental causado pela liberação antrópica de metais pesados em ambientes naturais, uma vez que esses poluentes são extremamente ubíquos e persistentes. Em altas concentrações metais pesados são extremamente tóxicos a bactérias, sendo capazes de influenciar na sua densidade e atividade metabólica. Por sua vez, bactérias são capazes de desenvolver mecanismos de resistência a metais pesados sendo importantes em estudos de biorremediação de áreas contaminadas por metais pesados. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi analisar a ocorrência e distribuição de bactérias resistentes a metais pesados na Baía do Araça em São Sebastião, SP. Do total de cepas isoladas, 12% foram sensíveis a todos os metais. Foi possível observar que a maior porcentagem de cepas resistentes se encontravam na região de sublitoral que é mais próxima ao canal de São Sebastião onde se concentra a atividade portuária. As cepas isoladas foram mais resistentes ao Cr, seguido de Zn, Cd e Cu. Em relação a concentração mínima inibitória, para o Cd foram poucas as cepas que resistiram a concentrações maiores que 200 μg mL-1. Já para o Cr, 36% das cepas cresceram mesmo na concentração de 3200 μg mL-1. Para Zn e Cu, poucas cepas (4% e 2%, respectivamente) cresceram na concentração 1600 μg mL-1 e nenhuma conseguiu resistir à maior concentração (3200 μg mL-1). Bacillus sp foi o genero com maior frequência de isolados, o que pode sugerir dominância em áreas contaminadas por metais pesados, especialmente as espécias Bacillus cereus e Bacillus pumilus. Staphyloccus sp, Planococcus maritmus e Vibrio alginoticus também foram isolados sugerindo potencial para utilização em processos de biorremediação / One of the major ecological concerns, nowadays, refers to anthropogenic environmental impact caused by heavy metals release in diverses natural environments, since these pollutants are extremely persistent and pervasive. At high concentration heavy metals are extremely toxic to bacteria, being able to influence the density and metabolic activity. However, bacteria are capable to develop heavy metal resistance mechanisms in the environment, being important in bioremediation of contaminated areas. Therefore, the purpose of the study was to assess the occurrence and distribution of heavy metal resistance bacteria in Araça Bay, São Sebastião - SP. 12% of the isolated bacteria were sensitive to all metals. It was observed that the highest percentage of resistant strains were in the subtidal region that is closest to the São Sebastião channel, where port activity are concentrated. Bacterial isolates were more resistant to Cr, followed by Zn, Cd and Cu. Regarding the minimum inhibitory concentration, a lower number of strains resisted levels greater than 200 mg L-1 for Cd. While for Cr, 36% of the strains grew even at a concentration of 3200 mg L-1. For Zn, Cu, few strains (4% and 2%, respectively) grew in higher concentrations like 1600 mg L-1 and none could withstand the highest concentration (3200 mg L-1). Bacillus sp was the most isolated genera and may be a dominant genre in heavy metal contaminated areas, especially species Bacillus pumilus and Bacillus cereus. Staphylococcus sp, Planococcus maritmus and Vibrio aginoliticus were also isolated and have potential for use in bioremediation of contaminated sites

Orientadora : Profª Drª Nina Waszczynskyj / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Tecnologia, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos. Defesa: Curitiba, 09/04/2015 / Inclui referências : f. 95-110 / Resumo: O efeito sinergico de nitrito de sodio com lactato de sodio, combinados com extrato de oregano, oleos essenciais de coentro, cravo, alecrim, e noz-moscada, utilizados separadamente, foram testados em mortadela para controle da germinacao de esporos de Clostridium sporogenes ATCC® 11437. Foi realizado um experimento fatorial 2x2x6, onde a primeira variavel foi nitrito de sodio com duas concentracoes 60?g/g e 120?g/g. A segunda variavel foi lactato de sodio com dois niveis, um sem adicao e outro com a adicao de 1,2% p/v. A terceira variavel estudada foi conservante naturais com 6 niveis onde os niveis utilizados foram de 0,2% p/p de extrato de oregano, 0,2% p/v de oleos essenciais de coentro, alecrim e noz-moscada, e 0,17% p/v de oleo essencial de cravo. Foram inoculados na mortadela entre 1200 a 3000 esporos/g de C. sporogenes, sendo entao as mortadelas embaladas individualmente a vacuo e em seguida cozidas ate a temperatura no ponto central atingir 78oC. Cinco amostras de cada formulacao foram armazenadas em temperatura de 28oC ±1oC durante 60 dias ou ate ocorrer a germinacao dos esporos, que foi visualizada pelo estufamento das embalagens e confirmada pela presenca de celulas vegetativas. O produto apos o cozimento apresentou um pH variando entre 6,53 a 6,70, e atividade de agua entre 0,944 a 0,957. A utilizacao da concentracao de 1,2% de lactato de sodio nas formulacoes de mortadela apresentou um atraso na germinacao dos esporos. Para as formulacoes com 60?g/g de nitrito de sodio sem lactato de sodio o tempo medio para a germinacao dos esporos foi de 6 dias, e com adicao de lactato o tempo aumentou para 21 dias. Nas formulacoes com adicao de 120?g/g de nitrito sem lactato de sodio o tempo medio foi de 26 dias, e com adicao de 1,2% de lactato de sodio aumentou para 37 dias. Fazendo-se analise estatistica, utilizando um modelo linear generalizado com a resposta modelada por uma distribuicao de Poisson, tendo como resposta o tempo para germinacao dos esporos de C. sporogenes, obteve-se sinergismo entre o nitrito de sodio com oleo essencial de cravo (0,17%), onde o atraso na germinacao dos esporos passou de 17 dias para 34 dias (valores medios) com adicao de OE de cravo. Ocorreu tambem sinergismo entre lactato de sodio (1,2%) com o oleo essencial de coentro (0,20%), onde o atraso na germinacao dos esporos passou de 32 dias para 52 dias (valores medios) com adicao de OE de coentro. Ocorreu sinergismo entre nitrito de sodio, lactato de sodio e OE de alecrim (0,20%), onde o atraso na germinacao dos esporos passou de 17 dias para 25 dias (valores medios) com adicao de 60?g/g de nitrito e OE de alecrim, e de 32 dias para 45 dias (valores medios) com adicao de 120?g/g de nitrito e OE de alecrim. Os resultados obtidos indicam que a utilizacao de 1,2% de lactato de sodio influenciou negativamente na germinacao dos esporos, mostrando uma boa eficiencia do lactato de sodio contra microorganismos do genero Clostridium, e tambem indicou sinergismo entre o mesmo com nitrito de sodio e OE de coentro e alecrim. Palavras-chave: Botulismo. Atividade antibotulinica. Clostridium botulinum. Botulismo em produtos carneos. / Abstract: The synergistic effect of sodium nitrite with sodium lactate, combined with oregano extract, essential oils of coriander, cloves, rosemary, and nutmeg, used separately, were tested in mortadella for controlling the germination of Clostridium sporogenes ATCCR 11437 spores. A 2x2x6 factorial experiment was conducted, where first variable was sodium nitrite in two concentrations: 60?g/g and 120?g/g. Second variable was sodium lactate in two levels, one without and one with the addition of 1.2% w/v. The third studied variable was natural preservative in six levels, from which levels with 0.2% w/w of oregano extract, 0.2% w/v of essential oils from coriander, nutmeg, rosemary, and 0.17% w/v of essential oil of cloves were used. Between 1200 and 3000 spores/g of C. sporogenes were inoculated in mortadella, after which the mortadella were individually vacuum packed and cooked until temperature reached 78°C at the center point. Five samples of each formulation were stored at 28°C } 1°C of temperature for 60 days or until the germination of spores, which was visualized by the stuffing of the packaging and confirmed by the presence of vegetative cells. The product, after cooking, had pH ranging between 6.53 and 6.70, and water activity between 0.944 and 0.957. The use of sodium lactate at 1.2% of concentration in the mortadella formulations showed a delay in the germination of spores. For formulations with 60?g/g of sodium nitrite without sodium lactate the average time to the germination of spores was 6 days and with addition of lactate the time increased to 21 days. In formulations with the addition of 120?g/g of nitrite without sodium lactate average time was 26 days and with addition of 1.2% sodium lactate it increased to 37 days. A statistical analysis using a generalized linear model with the response modeled by means of a Poisson distribution, receiving in return the time for germination of C. sporogenes spores was performed. Synergism between sodium nitrite with essential oil of clove (0.17%) was obtained, and the delay in the germination of spores went from 17 to 34 days (average values) with the addition of essential oil of clove. Synergism between sodium lactate (1.2%) with essential oil of coriander (0.20%) also occurred, in which the delay in the germination of spores went from 32 to 52 days (average values) with the addition of essential oil of coriander. Synergism has occurred between sodium nitrite, sodium lactate and essential oil of rosemary (0.20%), and the delay in the germination of spores increased from 17 to 25 days (average values) with 60?g/g of nitrite and essential oil of rosemary added, and from 32 to 45 days (average values) with the addition of 120?g/g of nitrite and essential oil of rosemary. The results indicate that the utilization of 1.2% of sodium lactate influenced negatively on the germination of spores, showing a good effectiveness of sodium lactate against microorganisms of the Clostridium genus, and indicate synergism between it and sodium nitrite and essential oils of coriander and rosemary. Keywords: Botulism. Anti-botulinum activity. Clostridium botulinum. Botulism in meat products.

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-19Bitstream added on 2014-11-10T11:58:48Z : No. of bitstreams: 1 000788256.pdf: 2627517 bytes, checksum: a65ec6db83c105455e4c351ad5093e8c (MD5) / Considerou-se, na presente pesquisa, parâmetros físico-químicos e bacteriológicos ponderados como determinantes de estudo para a qualidade da água com coletas diárias de amostras em diversos bairros do município de Botucatu – SP, no período de 2007 a 2011. Para descrever o perfil da qualidade da água dos bairros, utilizou-se a técnica de análise multivariada de dados, especificamente a Análise de Agrupamento e Análise de Componentes Principais. A primeira empregou como indicador de similaridade entre os perfis de respostas dos bairros a distância euclidiana, queé a métrica mais utilizada quando os dados são quantitativos e, como algoritmo de agrupamento, o método hierárquico de Ward, que tem como objetivo produzir agrupamentos mais heterogêneos quanto possíveis. A Análise de Componentes Principais foi utilizada com o objetivo de realizar a redução do espaço paramétrico e, posteriormente, utilizar os eixos descritores do novo sistema de dados para a ordenação da qualidade da água por bairros e verificar a associação entre os dois procedimentos empregados. Os resultados obtidos pela análise de agrupamentos definiram o perfil geográfico da qualidade da água, constituído por cinco grupos de similaridade, formados respectivamente, por 13, 2, 7, 39 e 15 bairros. Os bairros em cada um dos grupos estavam praticamente distribuídos nos quatro pontos cardeais do município e os perfis médios de resposta de todos os grupos encontraram-se quase que totalmente em concordância com o padrão de qualidade da água, estabelecido pela Portaria no518, de marçoo de 2004. Já a Análise de Componentes Principais selecionou os três primeiros componentes que foram utilizados para obter as distâncias euclidianas das respostas dos bairros em relação à origem do novo sistema. Desta forma, foi possível realizar a ordenação dos pontos (bairros) de acordo com os ... / The following research involved some physical-chemical and bacteriological parameters that play a important role in the study of water quality by collecting daily samples from different neighborhoods in Botucatu city – SP, from the period of 2007 to 2011. The multivariate data analysis, specifically the Cluster Analysis and Principal Components Analysis was used to describe the profile of water quality of the city neighborhoods. To accomplish Cluster Analysis we used the Euclidean distance to find the similarity between the response profiles, which is the most used metric when data are quantitative, and the hierarchical method of Ward as clustering method, which produces heterogeneous clusters. Principal Components Analysis was used for achieving the reduction of the parametric space and afterward using the descriptors axes of the new data system for arranging water quality per neighborhoods, verifying the association between two used procedures. The results of cluster analysis defined the geographic profile of the water quality constituted of five groups of similarity, respectively, by 13,2, 7, 39 and 15 neighborhoods. The neighborhoods in each group were distributed according to the 4 positions of the city and the average profile of the responses of all groups were very similar to the standards of water quality established by the Brazilian Law no518, of March, 2004. The Analysis of Principal Components selected the first three components that were used to obtain the Euclidean distances of neighborhoods responses in relation to the origin of the new system. Thus, it was possible to perform the arrangement of the points (neighborhoods) according to the values of physico-chemical and bacteriological parameters