O armazenamento de saliva para avaliação da microbiota bucal muitas vezes é necessário, principalmente em estudos epidemiológicos. O objetivo desse estudo foi avaliar a viabilidade e a variabilidade da microbiota bucal, de amostras de saliva armazenadas em temperaturas de -20ºC e em nitrogênio liquido (N2L), após 3 e 10 meses. Uma alíquota de cada amostra de saliva estimulada, usando goma de mascar sem açúcar, foi processada em até 45 minutos após a sua coleta. As amostras foram armazenadas seguindo três métodos diferentes: no primeiro método, as amostras de saliva foram preparadas com glicerol 10% (G) e mantidas a -20ºC durante 8 horas e então armazenadas em botijão com N2L; no segundo foi utilizado o mesmo protocolo, porém, sem glicerol; no terceiro método as alíquotas foram preparadas com glicerol 10% e mantidas a -20ºC. Após semeadura das amostras e incubação o número de unidades formadoras de colônias (UFC) foi determinado e uma média de 30 colônias de cada amostra foi identificada por meio de provas bioquímicas. Não houve diferença significativa na contagem de UFC/mL das amostras processadas imediatamente após a coleta (2,1 x 107 UFC/mL) e após 3 meses de armazenamento em N2L (G) (4,5 x 106 UFC/mL), N2L (1,6 x 106 UFC/mL), e -20ºC (2,2 x 106 UFC/mL). Porém, após 10 meses de preservação em N2L (G) (4,5 x 105 UFC/mL), e N2L (2,3 x 105 UFC/mL), observou-se uma redução (p=0.0183) do número de UFC/mL em comparação com a avaliação inicial. Não houve diferença significativa no número de UFC nas amostras armazenadas com e sem crioprotetor. A determinação da variabilidade da microbiota bucal mostrou que as bactérias presentes nas amostras frescas dos gêneros Streptococcus, Staphylococcus e Bacillus mantiveram-se nos diferentes tempos de avaliação, mesmo que em diferentes concentrações. Baseado nos resultados obtidos pode-se sugerir que preservação de saliva a -20ºC e a -196ºC, são métodos de armazenamento eficazes, para avaliação da microbiota bucal, por um período de 3 e 10 meses. / Saliva storage for oral microbiota evaluation often is required, especially in epidemiologic studies. The aim of the present study was to assess the effects of different storage methods upon viability and the variability of the oral microbiota in saliva samples. One aliquot of each saliva sample was processed until 45 minutes after collection. Saliva was stimulated using chewing gum sugar free. The samples were storage following three different methods: in the first method, aliquots of saliva were mixed with glycerol 10% (G) and maintained at -20ºC for 8 hours and then stored in N2L; the second followed the same protocol without glycerol; and in the third method aliquots were prepared with glycerol 10% and maintained at -20ºC. From each sample the number as the colony-forming units (CFU/mL) was determined and 30 colonies were chosen and cells were identified by biochemical assays. There was not statistically significant difference on the number of CFU/mL of samples processed immediately after de collection and after 3 months as storage. However, after 10 months of storage in N2L, there was a decrease in the number of CFU/mL (p=0.0183) in comparison with the initial evaluation, and the number of CFU/mL in the samples stored with and without glycerol did not showed statistically significant difference. Although in different percentages of cell number, the oral microbiota variability evaluation showed that Streptococcus, Staphylococcus and Bacillus were maintained in the different times of evaluation. Based on our results, it is possible to suggest that the preservation of saliva in -20ºC and -196ºC are efficient storage methods for oral microbiota evaluation for a period of 3 and 10 months.

Resumo não disponível.

A ema (Rhea americana) é uma ave silvestre que habita o sudeste da América do Sul e tem sido criada em fazendas pela sua carne e penas. O comércio de carne de emas só é permitido de animais provenientes de criadouros comerciais regularizados junto ao IBAMA e abatido em frigoríficos legalizados. A presente tese teve como objetivo a pesquisa de Salmonella sp. em materiais oriundos de emas abatidas no Rio Grande do Sul. Coletaram-se um total de 70 aves aleatoriamente dentro de seis lotes distintos respeitando um mínimo de 10% do lote, no período de setembro a outubro de 2004. De todas as aves eram amostrados o conteúdo cecal e fígado para a detecção de Salmonella. De 26 aves, coletaram-se, ainda, suabe cloacal. Além disso, sangue de todas as 70 aves para exames sorológicos. Foram realizados para a pesquisa de Salmonela sp. exames bacteriológicos, de reação em cadeia da polimerase e sorológicos. Os resultados foram apresentados em cinco trabalhos distintos. No primeiro, se preconizou a padronização da técnica de sorologia rápida em soro de suíno utilizando-se uma amostra de S. Typhimurium isolada de ema, para a posterior utilização desta técnica nos soros coletados neste experimento. Foram testadas 60 amostras de soro suíno, sendo 30 sororreagentes e 30 não-reagentes no teste padrão de ELISA. Com o soro não diluído, determinou-se que a SAR exibiu sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo iguais a 96,7%, demonstrando que a soroaglutinação rápida, usando como antígeno Salmonella Typhimurium, é um teste de triagem eficaz para a detecção de anticorpos contra este patógeno em soro de suínos, apresentando alta sensibilidade, especificidade e valor preditivo positivo O segundo trabalho teve como objetivo identificar animais portadores de Salmonella sp. a partir de amostras de fígado, conteúdo cecal e suabe cloacal de emas (Rhea americana) ao abate e comparar o método bacteriológico padrão (MBP) com a soroaglutinaçao rápida utilizando S. Typhimurium como antígeno. Verificou-se isolamento de Salmonella sp. em 66 (94,2%) aves, sendo 60 (85,7%) em amostras de fígado, 42 (60%) em conteúdo cecal e 11 (42,3%) em suabe cloacal. Das 114 linhagens de salmonelas isoladas, identificaram-se 19 (16,6%) como S. enterica enterica rugosa, 41 (35,9%) como S. Typhimurium, 53 (46,5%) como S. Newport e uma amostra (0,9%) como S. Anatum. O terceiro trabalho relatou a detecção de Salmonella Anatum em uma amostra de fígado de ema. O quarto comparou o método bacteriológico para isolamento de Salmonella sp. e a reação em cadeia da polimerase. Os resultados obtidos demonstraram que a PCR detectou Salmonella sp. em um maior número de amostras provenientes de emas (Rhea americana) do que o MBP, concordando com resultados encontrados em outras espécies. Finalmente, no quinto estudo foi avaliada a resistência a antimicrobianos de 64 amostras de Salmonella Typhimurium isoladas. Observou-se resistência contra sulfonamida (73,44%), ácido nalidíxico (1,56%) e cefaclor (1,56%). Salienta-se o ineditismo dos trabalhos apresentados devido à pouca bibliografia na área de sanidade da produção de emas. / Greater Rhea (Rhea americana) is a southern South American native wild bird, which is breed in captivity for its feathers and meat. Commercialization of the Greater Rhea's meat is only allowed of animals deriving from commercial breeders who are regulated by IBAMA and slaughtered at legalized slaughterhouses. This thesis aims to research the Salmonella sp. presence in greater rhea samples in the Rio Grande Do Sul. We randomically collected 70 birds of 6 different flocks, respecting a minimum of 10% of the flock, in the period from September to October of 2004. All birds had liver and cecal material collected to Salmonella detection. Of 26 birds we collected cloacal swab. Moreover, we collected blood samples of 70 birds to serological exams. Bacteriological, serological and polymerase chain reaction (PCR) exams are made to research Salmonela sp. the results are presented in five different papers. At first paper, we standardize a RA test to detect anti-Salmonella antibodies from serum. We tested 60 samples of swine serum which were previously shown to be positive (30) and negative (30) to S. Typhimurium when tested with ELISA. The results show that the RA had sensitivity, specificity, predictive positive value and predictive negative value equal to 96.7% when used with non-diluted serum. Thus, this test can be applied to detect antibodies against S. Typhimurium in serum. The 2th paper, aims to identify Salmonella's reservoirs animals, using Greater Rhea (Rhea americana) liver samples, cecal material and cloacal swab, collected at slaughterhouse and to compare the rapid serum-agluttination method using S. Typhimurium antigen and the microbiological standard method (MSM). We detected Salmonella sp. at 66 (94.2%) birds, of this 60 (85.7%) in the liver, 42 (605) in the material cecal and 11 (42.3%) in the cloacal swab. Of the 114 Salmonella strains, we identify 19 (16.6%) to S. enterica enterica rough, 41 (35.9%) to S. Typhimurium, 53 (46.5%) to S. Newport e one sample (0.9%) to S. Anatum. All birds were serum non-reactives at RSA, but 37 were serum reactives at RSA-ST. The 3th paper reported the Salmonella Anatum detection in the greater rhea liver. The 4th paper, aims to compare a polymerase chain reaction (PCR) protocol to a standard microbiological technique (SMT) in the generic detection of Salmonella in liver, cecal material and cloacal swab of Greater Rheas samples. The present report demonstrates that the PCR technique can detect a higher number of Salmonella sp. positive samples in Greater Rhea when compared to the SMT, which agrees with previous results from other species. Finally, the 5th paper shows the resistance pattern of Salmonella sp. colonies. Salmonella-like colonies were serologically typed. We observed resistance against sulfonamide (73.4%), nalidixic acid (1.56%) and cefacloer (1.56%). As far we concerned there are no other thesis in the same subject.

Salmonella enterica subsp. enterica (S.) é considerada umas das causas mais comuns de doenças transmitidas por alimentos e a carne suína é responsável por um número significativo de casos de salmonelose humana. Além do risco apresentado por Salmonella como patógeno transmitido por alimentos, existe a preocupação mundial com a emergência de cepas resistentes a múltiplos agentes antimicrobianos. Esta tese compreende três estudos que visam determinar as bases fenotípicas e genotípicas da resistência aos agentes antimicrobianos entre isolados de Salmonella obtidos em diferentes etapas da cadeia produtiva de suínos. Um total de 225 isolados obtidos de fábricas de ração, ambiente, carcaças e conteúdo intestinal de suínos foram submetidos ao teste de suscetibilidade frente a doze agentes antimicrobianos através da técnica de disco difusão. A concentração inibitória mínima (MIC) para a ciprofloxacina foi avaliada através da técnica de diluição em ágar e genes de resistência a antimicrobianos foram investigados através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) [Capítulo 2]. Resistência a, pelo menos, um agente antimicrobiano foi observada em 76 % dos isolados testados e multi-resistência foi encontrada em 40,4 % dos isolados. A resistência ocorreu mais frequentemente à tetraciclina (54,5 %), sulfonamidas (39,6 %) e estreptomicina (33,7 %). A reduzida suscetibilidade à ciprofloxacina foi observada em 94,1 % dos isolados resistentes ao ácido nalidíxico. Foi possível observar que isolados de ambiente, conteúdo intestinal e carcaças apresentaram perfis genotípicos comuns. Vinte e sete isolados multi-resistentes de S. Derby foram investigados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total, genes de resistência e presença de integrons de classe 1 e 2 através da PCR [Capítulo 3]. Mesmo sendo provenientes de diferentes abatedouros, os isolados foram indistinguíveis em seus perfis fenotípicos e genotípicos de resistência e perfil de macro-restrição. Eles carreavam cassetes gênicos associados a integrons de classe 1 com uma nova variante do gene aadA, denominada aadA26, conferindo resistência à estreptomicina e espectinomicina. Os integrons de classe 1 foram identificados supostamente no cromossomo de S. Derby, uma vez que a hibridização não revelou sinal quando DNA plasmidial foi utilizado como alvo. A análise das sequências que flanqueiam o cassete gênico e a amplificação do gene merA sugerem a localização em elementos transponíveis da família Tn21. Quarenta e cinco isolados multi-resistentes de S. Typhimurium foram analisados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total. Genes de resistência, integrons e genes plasmidiais mediando resistência adquirida às quinolonas (PMQR) foram investigados por PCR. Os amplicons da região variável dos integrons e da região determinante de resistência às quinolonas (QRDR) foram sequenciados. Os plasmídeos foram caracterizados por lise alcalina, conjugação e identificação dos grupos de incompatibilidade [Capítulo 4]. Isolados multi-resistentes de S. Typhimurium apresentaram variabilidade em sua estrutura genômica e perfis fenotípicos e genotípicos de resistência. Apenas substituições únicas foram observadas em QRDR do gene gyrA e PMQR não foram encontrados. Integron de classe 1 abrigando o cassete gênico aadA ou um integron de classe 1 atípico com o cassete gênico dfrA12-orfF-aadA27 foram caracterizados. Ambos foram localizados em grandes plasmídeos conjugativos. Os genes de virulência plasmidiais de Salmonella spvR, spvA, spvB, rck e pefA foram identificados em um plasmídeo de resistência IncFIB. Os estudos realizados permitem concluir que cepas originárias de animais e carcaças apresentaram maior frequência de resistência quando comparadas com cepas de fábrica de ração, demonstrando que cepas resistentes selecionadas na granja podem chegar ao produto final e suínos podem servir como reservatórios de cepas multi-resistentes de Salmonella para humanos. Nesse sentido, a localização de genes de resistência em elementos genéticos móveis contribui para a manutenção e disseminação da resistência em isolados de Salmonella provenientes da cadeia produtiva de suínos. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) is considered one of the most common causes of food-borne diseases and pork has been associated with a significant number of human cases of salmonellosis. Additionally to the risk presented by Salmonella as a food-borne pathogen, there is a global concern about the emergence of antimicrobial multi-resistant isolates. This thesis comprises three studies that aimed to determine the phenotypic and genotypic basis of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from different steps of the swine production system. A total of 225 Salmonella isolates from feed mills, lairage environment, carcasses and intestinal content of the pigs were tested for antimicrobial susceptibility against twelve different antimicrobial agents by agar disc diffusion. The minimum inhibitory concentration (MIC) for ciprofloxacin was screened by agar dilution and antimicrobial resistance genes were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) assays [Chapter 2]. Among tested isolates, 76 % showed resistance to at least one antimicrobial agent and 40.4 % were multi-resistant. Resistance occurred most frequently to tetracycline (54.5 %), sulphonamides (39.6 %) and streptomycin (33.7 %). Thirty-two (94.1 %) nalidixic acid-resistant isolates exhibited decreased susceptibility to ciprofloxacin. It was observed that strains from lairage, carcasses and intestinal contents displayed common resistance gene profiles. Twenty-seven multi-resistant S. Derby were investigated for their molecular relationships by macrorestriction analysis, genotypic resistance and presence of the class 1 and 2 integrons by PCR assays [Chapter 3]. The isolates from different slaughterhouses displayed the same phenotypic and genotypic resistance, as well as indistinguishable macrorestriction pattern. They carried class 1 integron-associated gene cassette with a new aadA variant, designated aadA26, encoding for streptomycin and spectinomycin resistance. Since the hybridization experiments did not yield signals when using plasmid DNA as targets, the class 1 integrons are supposed to be located in the chromosomal DNA of S. Derby. The sequence of the flanking regions of this gene cassette and the amplification of the merA gene may indicate the location of the class 1 integron into a Tn21-related transposon. Forty-five multi-resistant S. Typhimurium isolates were analysed for their molecular relationships by macrorestriction analysis. Resistance genes, integrons and plasmid-mediated quinolone resistance genes (PMQR) were identified by PCR. Amplicons for the variable part of class 1 integrons and from the quinolone resistance-determining regions (QRDR) were sequenced. Plasmids were characterized by alkaline lysis, conjugation and replicon typing [Chapter 4]. Multiresistant S. Typhimurium isolates showed high variability in their genomic structure and resistance properties. Only single substitutions were found in the QRDR of gyrA and no PMQR were found. Class 1 integron with aadA23 gene cassette or an unusual integron carrying dfrA12-orfF-aadA27 gene cassette were characterized. Both located on large and conjugative plasmids. Salmonella plasmid-located virulence genes spvR, spvA, spvB, rck and pefA were found on a multi-resistance IncFIB plasmid. The studies conducted demonstrate that strains from pigs and carcasses displayed higher resistance frequency to most antimicrobial tested compared with isolates from feed mills, demonstrating that resistance genes selected on farm can be found in pork and pigs may serve as reservoirs of multi-resistant Salmonella strains. In this sense, the location of resistance genes on mobile genetic elements contributes to the maintenance and spread of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from swine production systems.

Resumo não disponível.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-10-19T15:48:22Z No. of bitstreams: 1 Luiz Gustavo Lopes de Oliveira.pdf: 1815847 bytes, checksum: a8c0f7c8a75ce5d8987d31d13d01beb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-19T15:48:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luiz Gustavo Lopes de Oliveira.pdf: 1815847 bytes, checksum: a8c0f7c8a75ce5d8987d31d13d01beb3 (MD5) Previous issue date: 2009-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / This paper has as an aim to accomplish a clinical epidemiological and bacteriological study of clinical mastitis in Santa Inês breed ewes in Pernambuco´s Wasteland Southern Region. The work was accomplished with 31 herds located in 15 cities. A total of 135 primiparous and multiparous ewes in different lactation stages were used. The clinical examination of the mammary gland was performed before the analysis of lacteal secretion and then the clinical mastitis cases were selected. In parallel, a questionnaire was applied over the main characteristics of the hygienic-sanitarium handling of the flock, as well as an anamnese of the studied sheep. From the 135 sheep under study 21 (15,5%) presented alterations in the gland. Of the mammary halves examined, it was verified that eight were totally fibrous and 18 presented alterations in the gland examination and/or in the analysis of the milky secretion, characterizing a picture of clinical mastitis. The mammary glands affected presented as more frequent signs fibrosis, asymmetry and/or alterations of the lacteal secretion. The hyperacute gangrenous mastitis was observed in two animals (12,5%). In over half of the sheep diagnosed with clinical mastitis (56,25%), the disease was diagnosed at the initial stage of lactation. Mastitis was observed in 48,4% of the studied herd, however the infection occurred most of the time at the post partum and weaning after three moths of age. Most of the sheep had three or more lactations and lambed only one product. Out of the 18 samples bacteriologically analyzed, o Staphylococcus aureus (38,88%) was the most frequent aetiological agent evidenced followed by coagulase-negative Staphylococcus (33,33%), Escherichia coli (5,56%), Enterobacter cloaceae (5,56%) and Pseudomonas spp (5,56%). All the stumps tested in vitro were sensitive to enrofloxacine, florfenicol, sulfazotrim and tetraciclin. Mastitis in sheep represents, apparently, a serious problem, there for there should be adopted hygienic-sanitary measures and of handling, seeking to minimize the economical impact characterized, almost in its totality, by the functional loss of the mammary gland affected. / Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de realizar um estudo clínicoepidemiológico e bacteriológico da mastite clínica em ovelhas da raça Santa Inês na região do Agreste Meridional do Estado de Pernambuco. O trabalho foi realizado em 31 rebanhos de ovinos da raça Santa Inês, localizados em 15 municípios. Foram utilizadas 135 ovelhas primíparas e multíparas em diferentes estágios de lactação. Realizou-se, inicialmente, o exame clínico de cada uma das glândulas mamárias com posterior análise da secreção láctea e triagem dos animais com mastite clínica. As amostras lácteas foram submetidas à análise bacteriológica e os agentes isolados isolados testados frente a diferentes antimicrobianos. Paralelamente, aplicou-se um questionário assinalando as principais características do manejo higiênico-sanitário do rebanho, bem como uma anamnese das ovelhas estudadas. Das 135 ovelhas em estudo, 21 (15,5%) apresentaram alterações na glândula mamária. Das metades mamárias examinadas, verificou-se que oito estavam totalmente fibrosadas e 18 apresentaram alterações no exame clínico da glândula mamária e/ou na análise da secreção láctea, caracterizando um quadro de mastite clínica. As glândulas mamárias acometidas apresentaram como sinais clínicos mais freqüentes a fibrose, a assimetria e/ou alterações na secreção láctea. A mastite hiperaguda gangrenosa foi observada em duas ovelhas (12,5%). Em mais da metade das ovelhas diagnosticadas com mastite clínica (56,25%), a enfermidade foi diagnosticada na fase inicial da lactação. Observou-se mastite clínica em 48,4% dos rebanhos investigados, sendo que nestes, a mastite ocorria na maioria das vezes logo após o parto e o desmame era realizado após três meses de idade. A maior parte das ovelhas tinha três ou mais lactações e possuía apenas um borrego. Das 18 amostras analisadas bacteriologicamente, o Staphylococcus aureus (38,88%) foi o agente mais frequente, seguido de Staphylococcus coagulase negativo (33,33%), Escherichia coli (5,56%), Enterobacter cloaceae(5,56%) e Pseudomonas spp (5,56%). Todas as amostras testadas in vitro foram sensíveis a enrofloxacina, florfenicol, sulfazotrim e a tetraciclina. A mastite em ovelhas representa, aparentemente, um sério problema na região, devendo ser adotadas medidas higiênico-sanitárias e de manejo, que visem minimizar o impacto econômico caracterizado, quase em sua totalidade, pela perda da funcionalidade da glândula mamária acometida.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-29T11:08:09Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1325365 bytes, checksum: df6e0b3ddeca1ccafeceb77f9dc9a0f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-29T11:08:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1325365 bytes, checksum: df6e0b3ddeca1ccafeceb77f9dc9a0f9 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A formação de biofilmes nas indústrias de alimentos é caracterizada, inicialmente, pelo acúmulo de materiais orgânicos em superfícies, sobre as quais comunidades bacterianas podem se formar. Estas estruturas tornam as células mais resistentes e de difícil remoção durante o processo de higienização e representam fonte potencial de contaminação dos alimentos. Objetivou-se neste estudo, avaliar a formação de biofilmes multiespécie em cupons de aço inoxidável pela microbiota contaminante do leite cru e analisar sua diversidade. Foram utilizadas duas amostras de leite, um recém-ordenhado e outro granelizado, com contaminação média de 10 4 UFC/mL e 10 6 UFC/mL de aeróbios mesófilos, respectivamente. Cupons de aço inoxidável foram mantidos imersos no leite a 7 + 2 oC e, a cada dois dias, o leite cru foi trocado por outro de mesma procedência. A formação do biofilme foi acompanhada por contagem padrão em placas das células sésseis e por microscopia de epifluorescência ao longo de 10 dias. No décimo dia, os biofilmes foram observados também por microscopia confocal a laser para determinar a estrutura em seu estado hidratado e visualizar a viabilidade celular. Para analisar a diversidade do biofilme multiespécie, foi utilizada a Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE). As bandas de DNA foram obtidas após amplificação do material genético extraído das células do biofilme utilizando oligonucleotídeos universais para o domínio Bacteria. O número de células sésseis no biofilme formado a partir do leite recém-ordenhado alcançou contagem de 10 5 UFC/cm 2 de psicrotróficos no décimo dia, enquanto o biofilme formado na presença do leite granelizado atingiu 10 6 UFC/cm 2 . A partir do 4o dia de incubação foi observado, pela microscopia de epifluorescência, nos cupons imersos no leite granelizado, aglomerados celulares que possivelmente se tratavam de biofilme, enquanto nos cupons imersos no leite recém- ordenhado essas estruturas foram observadas a partir do 8o dia. Nos cupons que ficaram imersos no leite recém-ordenhado não se visualizou biofilme pela microscopia confocal a laser, enquanto que cupons imersos no leite granelizado foram observados biofilmes com espessuras em torno de 18 μm, com células viáveis desde a base até o ápice. Houve similaridade de 85 % entre a comunidade do biofilme formado na presença das amostras de leite utilizadas. Entretanto, no biofilme formado pela microbiota contaminante do leite recém-ordenhado, a diminuição na diversidade foi observada ao longo dos dias 6, 8 e 10 de incubação, enquanto no biofilme formado pela microbiota contaminante do leite granelizado a diversidade aumentou ao longo do tempo de incubação. Pode-se concluir que a microbiota contaminante do leite cru refrigerado pode se aderir nas superfícies de aço inoxidável e formar biofilmes multiespécies e o grau de contaminação influencia no tempo de formação dessas estruturas. / The formation of biofilms in the food industry is characterized initially by the accumulation of organic materials on surfaces on which bacterial communities can form. These structures make the cells more resistant and difficult to remove during the hygiene process and represent a potential source of food contamination. The objective of this study was to evaluate the formation of multispecies biofilms in stainless steel coupons by the contaminating microbiota of raw milk and to analyze its diversity. It used two milk samples, one freshly milked and the other bulk tanks, with a mean contamination of 10 4 CFU/mL and 10 6 CFU/mL of mesophilic aerobes, respectively. Stainless steel coupons were kept immersed in the milk at 7 ± 2 oC and, every two days, raw milk was exchanged for another of the same origin. Biofilm formation was monitored by standard counting on sessile cells and by epifluorescence microscopy over 10 days. On the tenth day, biofilms were also observed by laser confocal microscopy to determine the structure in its hydrated state and visualize cell viability. In order to analyze the diversity of the multispecies biofilm, Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) was used. The DNA bands were obtained after amplification of the genetic material, extracted from the biofilm cells and using universal oligonucleotides for the Bacteria domain. The number of sessile cells in the biofilm formed from the freshly milked milk reached a count of 10 5 CFU/cm 2 of psychrotrophs on the tenth day, while the biofilm formed in the presence of the bulk tanks milk reached 10 6 CFU/cm 2 . From the 4 th day of incubation was observed by epifluorescence microscopy, in the coupons immersed in the bulk tanks milk, cell agglomerates that were possibly biofilms, while in the coupons immersed in the freshly milked milk these structures were observed from the 8 th day. In the coupons that were immersed in the freshly milked milk, no biofilm was visualized by laser confocal microscopy, while coupons immersed in the bulk tanks milk were observed biofilms with thicknesses around 18 μm, with viable cells from the base to the apex. There was a similarity de 85% between the community of the biofilm formed in the presence of the milk samples used. However, in the biofilm formed by the contaminating microbiota of freshly milked milk, a decrease in diversity was observed throughout days 6, 8 and 10 of incubation, while in the biofilm formed by the contaminating microbiota of bulk tanks milk the diversity increased over the time of incubation. It can be concluded that the contaminating microbiota of the refrigerated raw milk can adhere to the stainless steel surfaces and form multispecies biofilms and the degree of contamination influences the formation time of these structures. / Currículo Lattes não encontrado.

Orientadores: João Domingos Biagi, Antonio Carlos de Oliveira Ferraz / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-08-12T05:33:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fraiha_Marcos_D.pdf: 1875565 bytes, checksum: a372a466eacf5e49b82f4cdc2d006270 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O objetivo geral deste trabalho foi determinar os efeitos da taxa de cisalhamento, temperatura e pressão gerados no processo de extrusão de alimentos para animais sobre a viabilidade de esporos bacterianos. Baseado na fundamentação teórica de reologia de materiais, foi possível a construção de um reômetro fundamental utilizando materiais e operações simples de tornearia. Para caracterizar o comportamento reológico de alimentos para animais, uma mistura de grãos de milho e soja na proporção 70:30 (massa:massa) foi submetida ao reômetro capilar sob 3 níveis de temperatura e umidade da massa, e 4 taxas de cisalhamento aparente: 80, 120 e 160°C, 26,5±0,08; 30,4±0,31 e 33,4±0,05%; 30,4; 72,9; 304,3 e 728,6 s-1 respectivamente. Diferentes taxas de deformação e dimensões da matriz foram utilizadas para obtenção das taxas de cisalhamento acima. Os efeitos de umidade e temperatura da massa, e taxa de cisalhamento sobre a mistura de milho e soja foram ajustados para uma expressão única (P<0.001, R2 = 0.93): ?=18.769,7 (?) -0,86 e (-9,34U+935T), onde (?) é a taxa de cisalhamento, U é a teor de água na amostra e T é o inverso da temperatura na massa, em escala Kelvin. Como esperado, a mistura moída de milho e soja apresentou comportamento pseudoplástico. Outro experimento objetivou determinar os parâmetros de destruição térmica de esporos de Bacillus sterothermophilus ATCC 7953 e a estimativa de suas dimensões. Os valores de D121,1°C e z para os esporos suspensos em solução salina foram 8,8 min e 12,8 °C, respectivamente. Para aqueles suspensos em mistura milho e soja, D121,1°C e z foram 14,2 min e 23,7 °C , respectivamente. As micrografias indicaram que os esporos apresentam-se como bastonetes, homogêneos em forma e dimensão, cujos comprimento e diâmetro foram estimados em 2 e 1 µm, respectivamente. Outro experimento visou determinar o efeito da taxa de cisalhamento sobre a viabilidade de esporos de B. stearothermophilus sob escoamento viscométrico em reômetro capilar. Os esporos foram inoculados em mistura de milho e soja para contagem e umidade de 106 UFC/5g, e 30,0±0,30%, respectivamente. As amostras foram submetidas às taxas de cisalhamento aparentes variando de 728,6 a 3.643,0 s-1, sob 80°C. As contagens microbiológicas foram menores quando comparadas ao controle (P < 0,001). Baseados nos parâmetros termobacteriológicos dos esporos, a redução de viabilidade observada não pode ser explicada pelo efeito do calor isoladamente, e confirma a hipótese do efeito do fenômeno mecânico sobre a redução celular. Outro trabalho visou determinar o efeito do calor, pressão e taxa de cisalhamento sobre a viabilidade de esporos termodúricos em ração animal submetida ao processo de extrusão. Os esporos foram semeados em mistura de grãos moídos de milho e soja, para contagem final de 106 UFC/5g e umidade de 30%, e submetidos ao processo em extrusora de rosca simples. A pressão estática não influenciou a viabilidade, porém temperatura e tensão cisalhante reduziram a viabilidade dos microorganismos. O percentual da redução da viabilidade dos microorganismos está diretamente relacionado ao volume de material submetido ao gradiente de velocidade de escoamento. / Abstract: The overall objective of this thesis was to determine the effects of mass temperature, pressure and shear rate on the viability of bacterial spores. The first paper describes the design and construction of a capillary rheometer attached to an universal testing machine used to characterize feed ingredients. To characterize the rheological behavior of animal feed under viscometric flow, a 70:30 (mass:mass) mixture of ground corn and soybean grains was submitted to a capillary rheometer at 3 temperatures and moisture levels, and 4 shear rates: 80, 120 and 160 °C, 26.5±0.08; 30.4±0.31 and 33.4±0.05%; 30.4; 72.9; 304.3 and 728.6 s-1 respectively. Based on experimental data, moisture content, mass temperature and shear rate effects on apparent shear viscosity of corn-soy mix were fitted to a single expression (P<0.001, R2 = 0.93): ?=18.769,7 (?) -0,86 e (-9,34U+935T), where (?) is the shear rate, U is the sample moisture and T is the sample reciprocal temperature in Kelvin scale. In order to determine thermobacteriological parameters for B. stearothermophilus spores, they were suspended in saline solution medium (0,85%, pH 6,7) and in ground corn-soy mix to a final count of 106 CFU/mL and 106 CFU/5g, respectively, distributed to TDT tubes and submitted to heat, from 100 to 126 °C, for a period of time varying from 0 to 40 min. D121,1°C and z values for these spores, as determined in the saline solution, were 8.8 min and 12.8 °C, respectively. D121,1°C and z values determined in the corn-soy mix were 14.2 min and 23.7 °C, respectively. The micrographs indicated that the spores are homogeneous in shape and size, which length and diameters are 2 and 1 µm, respectively. Another experiment aimed to determine shear effects on the viability of bacterial spores under viscometric flow. The spores were inoculated in the feed mixture to a final count of 106 CFU/5g, and 30.0±0.30% moisture. Samples were submitted to apparent shear rates varying from 728.6 to 3,643.0 s-1 at 80 °C in a capillary rheometer. Microbial counts were lower after treatments compared to control (P<0.001). A final work determined the heat, pressure and shear rate effects on the viability of the spores sowed into feed, submitted to extrusion. Bacillus stearothermophilus spores were sowed into corn and soy grain mixture to 106 CFU/5g and moisture of 30%, and then submitted to the extrusion process in a single screw extruder. Static pressure had no effect, but heat and shear stress reduced microbial count. The higher shear rate due to rotational speed increase of screw did not affect cell viability. It was concluded that static pressure level did not affect the viability of Bacillus stearothermophilus spores but heat and shear stress did. These conclusions indicated that the volume of feed under a velocity gradient during mass flow through the screw channel remained unchanged in the last case, what resulted in the same percentage of spores submitted to shear stress. / Doutorado / Tecnologia Pós-Colheita / Doutor em Engenharia Agrícola

Orientador : Fumio Yokoya / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-18T04:20:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oriani_MariaRaqueldeGodoy_M.pdf: 3506082 bytes, checksum: a6a84567e488ebdd0225a7b620b46cf1 (MD5) Previous issue date: 1993 / Resumo: Levando-se em consideração os poucos conhecimentos sobre a incidência de bactériófagos de bactérias láticas mesofíliças, na indústria de leite do Estado de São Paulo, e a sua influência sobre a capacidade acidificante dos fermentos licticos disponíveis em nosso mercado, o presente trabalho foi conduzido com o intuito de esclarecer a real situação dos laticínios no Estado foram coletadas 33 amostras de soro de queijo em 17 laticínios, que foram submetidas ao teste de inibição da producão de ácido lático, como medida prévia para avaliar a presença de bacteriófagos. Os soros resultantes desses experimentos quando submetidos ao teste de placa de lise. indicaram, que uma diminuição de 10% na acidez na presença de amostra suspeita ao contrário do estabelecido na literatura, não reflete a veracidade da presença de bacteriófagos em uma amostra.Nossos resultados mostraram que 74% das amostras foram falso positivas e 1% delas, falso negativa. Dentre os 16 bacteriófagos isolados, 12 foram específicos para L. lactis, 3 para L. diacetylactis e 1 capaz de lisar ambos microrganismos, evidenciando atividade fágica em 65% das indústrias avaliadas.Utilizando uma mistura dos bacteriófagos isolados, procedeu-se aos testes com os fermentos lácticos comerciais (4 do tipo BD, 2 do tipo D, 5 do tipo O e 1 simples - Lactococcus diacetylactis). Em testes de acidificacão dos fermentos. em 8 horas, somente 2 do tipo O mostraram diferença na capacidade de acidificação. Verificou-se que os fermentos submetidos à repicagem diária, mantiveram os bacteriófagos após 2O subcultivos em 2 fermentos ( tipos BD e D), com variação na capacidade acidificante somente para o tipo BD. A partir dos fermentos, foram obtidas bactérias componentes, que foram testadas individualmente quanto à resistência aos bacteriófagos, mostrando que o nível de sensibilidade varia consideravelmente: 23% do fermento BD1 e 40% do fermento D2. O fermento O3 composto de 5 cepas, 1 mostrou sensibilidade e o fermento O4, constituído de 4 cepas, 2 foram sensíveis. 5 bacteriófagos de nossa coleção não se mostraram infectivos a nenhum dos isolados. Um dos bacteriófagos mostrou-se infectivo para a quase totalidade dos isolados / Abstract: Since the knowledge of phage on mesophilic acid bacteria in milk processing industry of the State of São Paulo, and its effect on acidification performance of commercially avaliable lactic acid starter, this work was designed to elucidate the real situation of milk industry in this State. A total of 33 samples of whey were collecd in 17 cheese factories and tested on hability to inhibity acid production by selected starter as a mean to detect the presence of bacteriophage. These tests have shown that a decrease of 10% or more in the amount of acid produced in the presence of suspected sample, was not good indicative of presence of phage as it has bean assumed in the literature. Our results showed that 74% of samples were false positive and 1 % were false negative. Amongst 16 phages isolated 12 were specific for L. Lactis, 3 for L. diacetylactis and one was capable to cause lyses of both species, which indicates contamination in 65% of the industries analyzed. Commercially available starters (4 type BD; 2 type D; 5 type O and one simple starter) were tested with mixture of isolated phages. With acidification test for 8 hours, only 2 type O showed positive results. Daily transfer of cultured retained phages even after 20 subcultures in both types (BD and D), with acidification difference only on type BD. Pure cultures isolated from commercial starters were tested for phage resistance. Among isolated from BD1 23% were sensitive; from Dz 40% were sensitive. The starter 03 were composed of 5 strains, and one were sensitive; starter 04 with 4 strains, 2 were sensitive. Five of isolated phages were not infective on any of the isolates but one of them were infective for most of them / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador : Vera Maria Santoro Belangero / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-07-19T04:29:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cavali_MonicadeLimaRaeder_M.pdf: 1297245 bytes, checksum: 2157d08913b55256f48d68c7892a3722 (MD5) Previous issue date: 1994 / Resumo: A avaliação da bacterioscopia em amostra de urina, não centrifugada e corada pelo método de Gram, foi utilizada em um serviço de atenção primária com o objetivo de se avaliar sua utilidade como exame de rotina em casos com suspeita de Infecção do Trato Urinário (ITU). Foram analisadas 78 crianças (correspondendo a 98 amostras) com idades de 15 dias a 10 anos, com suspeita de ITU e encaminhadas ao laboratório de referência dos postos de saúde, para coleta de urocultura. Nestes pacientes, foi utilizado método padronizado de coleta de urina, sendo o material obtido enviado para realização do sedimento e cultura de acordo com as normas de rotina do laboratório e também para a realização de bacterioscopia. Os prontuários destes pacientes foram revistos para se obter os sinais e sintomas que tinham sido considerados na suspeita clínica de ITU. Os resultados mostram que do ponto de vista clínico, o baixo ganho ponderal foi o principal motivo de encaminhamento, embora não tenha estado relacionado em nenhuma vez com urocultura positiva. A febre isolada ou associada e as queixas urinárias estiveram presentes em todos os casos em que a urocultura foi positiva. A análise do sedimento urinário mostrou que a leucocitúria em si tem um valor preditivo positivo para indicação de urocultura positiva muito baixo (29%) e especificidade de 75%. No entanto, quando se leva em conta a presença de leucocitúria maior ou igual a 100.000 leucócitos/ml, a especificidade é de 100%. Os resultados da bacterioscopia demonstraram que não houve casos de falso negativo entre estes resultados e os da urocultura, sendo a especificidade do método de 84,12% e a sensibilidade de 100%. De acordo com estes dados, a realização da urocultura somente em casos de bacterioscopia positiva ou inconclusiva, levaria a uma redução de 63% nos pedidos de urocultura / Abstract: The evaluation of bacterioscopy in a unspun, stained urine, using Gram method, was used in a primary care center, with the intention to evaluate its aplicability as a routine exam in children with a suspected Urinary Tract 1nfection (1TU). Ninety eight samples of seventy eight children aging from 1 month up to 10 years were analysed, with suspeited urinary tract infeccion and sent out to the laboratory to collect a specimen for urine culture. In these pacientes, an standardized method for the obtention of the samples was used and the obtained material transported to the laboratory to perform the urine sediment analysis and its culture and also to perform the bacterioscopy. The pacients history files were reviewed in order to know the signs and simptoms that were considered in their suspected UTIs. These results showed up that from the clinic point of view the failure to thrive was the main symptom of urine culture solicitation; although these results were not associated with positive urine culture. 1solated or associated fever and urinary simptoms were present in alI case of positive urine culture. The sediment analysis showed that piuria itself has a positive predictible value in relation to the positive urine culture very low (29%) and a specificity of 75%. On the other hand when we evaluated the leucocyte count of major or igual to 100.000/ml, the specificity was 100%. The bacterioscopy results demonstrated that there were no case of false negative between these results and those of urine culture. The specificity was 84,12% and the sensibility 100%. In accordance to the data of this study the request of urine culture in only positive or inconclusive bacterioscopy cases there shall be a 63% reduction in urine culture request / Mestrado / Mestre em Pediatria